NA ----> NA

Intron 1 GTATTGTGCA ... GTTAATGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.54	22	15	5
A2	36.15	12.4	7	1
A3	36.64	11	6.4	0
A4	21.78	14.4	4	0.8
A5	36.36	7	4	4
A6	18.75	13	3	0
A7	40.98	16.4	11.4	3.1
A8	17.86	23	5	2.1
A9	21.78	14.4	4	1.5
A10	42.86	12	9	1.8

>TRINITY_DN114061_c1_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGAGGAGATGCATGAAGTAGAGGTGGGAATAACAGACCGAGCAGAAAATCTTGACAACAGACTAAATGAGCAGTATGAATTACAGATGACATATTGCGTACAGAGTAGAGCTGAAGTGTACAACATTGGTGTCAAATCAGAGGTTTGTACTGAGGGTGTTATTGATGAATTAGTTACTTATCCAGATTCTGCTTCTATT
CTGGCAGAATTATCTACAAAGGATGAAGACACTCCAAATGAAATAGCAAGTAATGAAATAAAGCCAAATTGTGCTTTAATTTGTCAAACTGATAGCACTTTGTTAACCGAAAGTATTTTATCAAGCAATGGTGTGATGGCATCAATTCAAACGAGCAATTTGGATGATGTTGAAAATACTCTACTGGTTGGTGACAAAGC
TGAAATGGAAGTTTCAGTGGATGAGATGCTTGAAGTAGAGGTGGGAAGAGCAGACCGAGCAGAAAAGCTTGATAATGGACTGAATGAGCAGCATGAATTACAGATGACATGTTCTGTACAAAGTAGAGCTGAAGTATACAACATTGGTGCCAATTCAGAGATTGATGGCACTGTGGAGAATGATAGATCTAAACTTTCTT
GTGCTTCCCATGGGCTAGAAATTTCTCAGCCTGAAAATTCTTGCCTTTCCAATACTGATCCTGTCGCTGAACTGCACAACATTGGCACGGGTAATTGGAAACCTATTTGGGACACTTATTACCAGAGGTATTATTACTGCAATTATGATACATGGGAAACATCATGGGACCCTCCAGGGGTGGAACTGCAGAAAGATCCT
CCTAGAATTGATGGAACTGATAACTGCATTACGGGAGAGCAGGTGATATGTAGAACAAGTAGCAAAAGTTATGATGGATGTTCAGGATCAACATTGACAGTTAAAGAAGATGCTACACTGGTGTATGAGAATTGCAGTGAAATGCTTCAAGAAACTGAAGATAATGCATTAAGCAAGCTTGAACTTGAAGCATGTGAGGT
GCCAAATATGCTGACTTACAGTATGGAATCTGAACAATTCAGTGGGAATGGTGCTTGTAATGGAGAGAACCTTTCAGCAGGCAATATTCTTGAAGACAGAGCTGATAACAAGGAATGGAAGGATTTAACAGAAAACAGCAACCCTCTTAAAGATGTGGAGATCCTTTGCTCAAAGGATATTTCACAAGGTTTAGAACAGT
TGGGCAATATGTGCTCATCCAAGGGCTCAGAGTTTGCGGGTCTGTTGGAGGAATCCCTGGATGCAATAGAGAGTTTACAAGTTTATTCACAAGCATGTGGTACTCATACTTGGTTTGATGACGATGGTAATATTAAAGATGAAAAGACTGTACTACCAGTAACTATGTATGTGCATGCCCAGGAGAGTGGGGCTTACAAT
GGACATAGATGTGGTACTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAAAATTAAGAATGAACATACTTCACAACCAATAACTACATGCATGCATTCTCAGGAGAGCAAGACTTACATTGGACATAGTTGTGGTAGTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAAAATTAAGAATGAACATACTTCACAACCAATAACTACATGCAT
GCATTCTCAGGAGAGCAAGACTTACATTGGACATAGTTGTGGTAGTCATATTTTGTTTGATGACGATGCATTAAGGATAAATGTACTTTACAATCAATGACTAAGCACATGCATGTTCATGGGAGTGAGGCTGACATTGACCATAGAGCAGAAGAAACCACTGAGGATGCTTCCATGTCTCAGATTTGTAGTGTGGGGAA
TAGTATGGCGGCTATGGCCCCAAGATTGCAGAAAAAAAAGAAGAGAGCCAGGCTGCGAAGGTTGTCATCTACAGATAAGGATGAAGAACCTCTGAAGAAACTCATTTTGCCTGGAATGGTGGAAGAGATGGGTAGTGATATTATCAAGTATTGGTGTAAGCGATATCAACTTTTTTCAAGGTTTGATGAAGGCATTAAGC
TAGATGAAGAAGGTTGGTTTTCTGTCACTCCTGAGGTTATTGCAAAGCATCATGCAGCACGCTGCGGGATTGGTACTATCATTGATTGCTTTACTGGAGTTGGTGGCAATGCAATTCAGTTTTCTGAAAAGTGTCATCATGTGATCGCTATAGATATAGATCCAAAAAAGATTGGTTACGCTCAACACAATGCAAGAATA
TATGGAGTTGCTGATAATATTGATTTCATTGTTGGTGATTTTTTCCAACTTGCTCCTTCTCTGAAGACCAATTCTCACTGTAACTCCCAAGCAGATGTGGTGTTTCTTTCTCCTCCTTGGGGAGGACCAGATTATGTGAAGGTTGAAAGATTTGATATTCAAGAGATGCTGAGACCCAAGGATGGTTTTTCTCTCTTCAA
AGCTGCACAGGTGATTGCACCAAATATTGTCATGTTTTTGCCACGAAATGTGGATCTGGATCAACTTGCTACGCTCAACACAATGCAAGAATATATGGAGTTGCTGATAATATTGATTTCATTGTTGGTGATTTTTTCCAACTTGCTCCTTCTCTGAAGACCAATTCTCACTGTAACTCCCAAGCAGATGTGGTGTTTCT
TTCTCC

>TRINITY_DN114061_c1_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGAGGAGATGCATGAAGTAGAGGTGGGAATAACAGACCGAGCAGAAAATCTTGACAACAGACTAAATGAGCAGTATGAATTACAGATGACATATTGCGTACAGAGTAGAGCTGAAGTGTACAACATTGGTGTCAAATCAGAGGTTTGTACTGAGGGTGTTATTGATGAATTAGTTACTTATCCAGATTCTGCTTCTATT
CTGGCAGAATTATCTACAAAGGATGAAGACACTCCAAATGAAATAGCAAGTAATGAAATAAAGCCAAATTGTGCTTTAATTTGTCAAACTGATAGCACTTTGTTAACCGAAAGTATTTTATCAAGCAATGGTGTGATGGCATCAATTCAAACGAGCAATTTGGATGATGTTGAAAATACTCTACTGGTTGGTGACAAAGC
TGAAATGGAAGTTTCAGTGGATGAGATGCTTGAAGTAGAGGTGGGAAGAGCAGACCGAGCAGAAAAGCTTGATAATGGACTGAATGAGCAGCATGAATTACAGATGACATGTTCTGTACAAAGTAGAGCTGAAGTATACAACATTGGTGCCAATTCAGAGATTGATGGCACTGTGGAGAATGATAGATCTAAACTTTCTT
GTGCTTCCCATGGGCTAGAAATTTCTCAGCCTGAAAATTCTTGCCTTTCCAATACTGATCCTGTCGCTGAACTGCACAACATTGGCACGGGTAATTGGAAACCTATTTGGGACACTTATTACCAGAGGTATTATTACTGCAATTATGATACATGGGAAACATCATGGGACCCTCCAGGGGTGGAACTGCAGAAAGATCCT
CCTAGAATTGATGGAACTGATAACTGCATTACGGGAGAGCAGGTGATATGTAGAACAAGTAGCAAAAGTTATGATGGATGTTCAGGATCAACATTGACAGTTAAAGAAGATGCTACACTGGTGTATGAGAATTGCAGTGAAATGCTTCAAGAAACTGAAGATAATGCATTAAGCAAGCTTGAACTTGAAGCATGTGAGGT
GCCAAATATGCTGACTTACAGTATGGAATCTGAACAATTCAGTGGGAATGGTGCTTGTAATGGAGAGAACCTTTCAGCAGGCAATATTCTTGAAGACAGAGCTGATAACAAGGAATGGAAGGATTTAACAGAAAACAGCAACCCTCTTAAAGATGTGGAGATCCTTTGCTCAAAGGATATTTCACAAGGTTTAGAACAGT
TGGGCAATATGTGCTCATCCAAGGGCTCAGAGTTTGCGGGTCTGTTGGAGGAATCCCTGGATGCAATAGAGAGTTTACAAGTTTATTCACAAGCATGTGGTACTCATACTTGGTTTGATGACGATGGTAATATTAAAGATGAAAAGACTGTACTACCAGTAACTATGTATGTGCATGCCCAGGAGAGTGGGGCTTACAAT
GGACATAGATGTGGTACTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAAAATTAAGAATGAACATACTTCACAACCAATAACTACATGCATGCATTCTCAGGAGAGCAAGACTTACATTGGACATAGTTGTGGTAGTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAAAATTAAGAATGAACATACTTCACAACCAATAACTACATGCAT
GCATTCTCAGGAGAGCAAGACTTACATTGGACATAGTTGTGGTAGTCATATTTTGTTTGATGACGATGCATTAAGGATAAATGTACTTTACAATCAATGACTAAGCACATGCATGTTCATGGGAGTGAGGCTGACATTGACCATAGAGCAGAAGAAACCACTGAGGATGCTTCCATGTCTCAGATTTGTAGTGTGGGGAA
TAGTATGGCGGCTATGGCCCCAAGATTGCAGAAAAAAAAGAAGAGAGCCAGGCTGCGAAGGTTGTCATCTACAGATAAGGATGAAGAACCTCTGAAGAAACTCATTTTGCCTGGAATGGTGGAAGAGATGGGTAGTGATATTATCAAGTATTGGTGTAAGCGATATCAACTTTTTTCAAGGTTTGATGAAGGCATTAAGC
TAGATGAAGAAGGTTGGTTTTCTGTCACTCCTGAGGTTATTGCAAAGCATCATGCAGCACGCTGCGGGATTGGTACTATCATTGATTGCTTTACTGGAGTTGGTGGCAATGCAATTCAGTTTTCTGAAAAGTGTCATCATGTGATCGCTATAGATATAGATCCAAAAAAGATTGGTTACGCTCAACACAATGCAAGAATA
TATGGAGTTGCTGATAATATTGATTTCATTGTTGGTGATTTTTTCCAACTTGCTCCTTCTCTGAAGgtattgtgcaatgttgcttccttttggttggcatgtatatgcaaatactgtgcttgatgatgctgaacatatgttaatgaagACCAATTCTCACTGTAACTCCCAAGCAGATGTGGTGTTTCTTTCTCC

Intron 2 GTGGTGGACA ... CCATATGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.95	2	7	10
A2	89.66	3	28	24
A3	63.64	8	13	15
A4	62.16	7	9	14
A5	53.33	7	8	8
A6	100	0	1	0
A7	60	2	3	3
A8	-1	0	0	0
A9	100	0	1	2
A10	100	0	4	1

>TRINITY_DN97469_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

GGGAATTGTGATGGCCTGCTGCAATTCTTCTTGTTTTGGTGCTGCTGTTAACCACTTCATTTCTTGCAGTTGAACACTAAAATGTTGTTTGTAGCAGGGTGCTTACCATTTTATGGTGTCTTTAATGTTGGCTTAATATCATTGAACGGCCTCTGAGATATTTGTTGATGGTTTTTATGTTTTCAACAATTCTTTTATTG
TATTCTGTCCTGCTTTACAGAAGTTGAAGAGTCATGGGATTGGATCATATGAAATGAATTTACTAATTCTGTTGCCATTCCTTTACTATGGTGCCTTTATTATGCATCAAGGCAAAGGAACCAGAAACTAAAATGGCAGATTCTCCATTGGATTCTACAATATTATCAAATACAATGATGCAAGATTGCTCTTGCGTTTC
AGAATTGCATTCAATAAGAGGCTCATCTGCATTCTTAAGGATAACAGAGGTTTTCCTTGTGGATGAAGCTGCTACTGACAGACTGAATGATATGGTCTTTCAAGCACGATTGTTAAATAGAAATGTGACTAAGACACTGCTTCTATGGAAGACATGAATTTGATGAAGGAAATGATTGCACTGGGCCTTCCTAGCTCCTT
CTCTACAGGCTCTAAGGGAGAACATTTGAGAAGTACAACAAGGAACAGAAATTCTACAAAACAAAGGGGATCTGAACAAACTCAAATTAGAGATAGGGATTCACTGTACCTGCAGGCAGAGGTTTGTAATGAGGGTGTCATTGATGAAATAGTTACTTATCCAAATTCTGCTTCTATTCTGGCAGAATTATCTACAAAGG
ATGCAGCCACTCCAGTTGAAATATGGAGGAGATGCATGAAGTAGAGGTGGGAATAACAGACCGAGCAGAAAATCTTGACAACAGACTAAATGAGCAGTATGAATTACAGATGACATATTGCGTACAGAGTAGAGCTGAAGTGTACAACATTGGTGTCAAATCAGAGGTTTGTACTGAGGGTGTTATTGATGAATTAGTTA
CTTATCCAGATTCTGCTTCTATTCTGGCAGAATTATCTACAAAGGATGAAGACACTCCAAATGAAATAGCAAGTAATGAAATAAAGCCAAATTGTGCTTTAATTTGTCAAACTGATAGCACTTTGTTAACCGAAAGTATTTTATCAAGCAATGGTGTGATGGCATCAATTCAAACGAGCAATTTGGATGATGTTGAAAAT
ACTCTACTGGTTGGTGACAAAGCTGAAATGGAAGTTTCAGTGGATGAGATGCTTGAAGTAGAGGTGGGAAGAGCAGACCGAGCAGAAAAGCTTGATAATGGACTGAATGAGCAGCATGAATTACAGATGACATGTTCTGTACAAAGTAGAGCTGAAGTATACAACATTGGTGCCAATTCAGAGATTGATGGCACTGTGGA
GAATGATAGATCTAAACTTTCTTGTGCTTCCCATGGGCTAGAAATTTCTCAGCCTGAAAATTCTTGCCTTTCCAATACTGATCCTGTCGCTGAACTGCACAACATTGGCACGGGTAATTGGAAACCTATTTGGGACACTTATTACCAGAGGTATTATTACTGCAATTATGATACATGGGAAACATCATGGGACCCTCCAG
GGGTGGAACTGCAGAAAGATCCTCCTAGAATTGATGGAACTGATAACTGCATTACGGGAGAGCAGGTGATATGTAGAACAAGTAGCAAAAGTTATGATGGATGTTCAGGATCAACATTGACAGTTAAAGAAGATGCTACACTGGTGTATGAGAATTGCAGTGAAATGCTTCAAGAAACTGAAGATAATGCATTAAGCAAG
CTTGAACTTGAAGCATGTGAGGTGCCAAATATGCTGACTTACAGTATGGAATCTGAACAATTCAGTGGGAATGGTGCTTGTAATGGAGAGAACCTTTCAGCAGGCAATATTCTTGAAGACAGAGCTGATAACAAGGAATGGAAGGATTTAACAGAAAACAGCAACCCTCTTAAAGATGTGGAGATCCTTTGCTCAAAGGA
TATTTCACAAGGTTTAGAACAGTTGGGCAATATGTGCTCATCCAAGGGCTCAGAGTTTGCGGGTCTGTTGGAGGAATCCCTGGATGCAATAGAGAGTTTACAAGTTTATTCACAAGCATGTGGTACTCATACTTGGTTTGATGACGATGGTAATATTAAAGATGAAAAGACTGTACTACCAGTAACTATGTATGTGCATG
CCCAGGAGAGTGGGGCTTACAATGGACATAGATGTGGTACTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAAAATTAAGAATGAACATACTTCACAACCAATAACTACATGCATGCATTCTCAGGAGAGCAAGACTTACATTGGACATAGTTGTGGTAGTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAACATTAAGGATAAATGTACT
TTACAATCAATGACTAAGCACATGCATGTTCATGGGAGTGAGGCTGACATTGACCATAGAGCAGAAGAAACCACTGAGGATGCTTCCATGTCTCAGATTTGTAGTGTGGGGAATAGTATGGCGGCTATGGCCCCAAGATTGCAGAAAAAAAAGAAGAGAGCCAGGCTGCGAAGGTTGTCATCTACAGATAAGGATGAAGA
ACCTCTGAAGAAACTCG

>TRINITY_DN97469_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TATGGACCGTGACTTCGTAACACTCAAAACATCAAAGGAGTTCAATAGTAATGTTAAGCGCTAGAGCAAAACTGGGCGGGTTGCTGGTTGTTCCTGCCCTGGTCGGCATGTTGGGGATCTTCAGGGCCATTCTTGCATCCTTCAAAGCCTTCGTGAGAAAGATATCGTTGATGGTTGCCAAGGGAGACCGCTTTGACATC
CATGGACAGCTTACTGATACGGCAAAGGAACCAGAAACTAAAATGGCAGATTCTCCATTGGATTCTACAATATTATCAAATACAATGATGCAAGATTGCTCTTGCGTTTCAGAATTGCATTCAATAAGAGGCTCATCTGCATTCTTAAGGATAACAGAGGTTTTCCTTGTGGATGAAGCTGCTACTGACAGACTGAATGA
TATGGTCTTTCAAGCACGATTGTTAAATAGAAATGTGACTgtggtggacaatcctaaaagaagtcctccaaaggttgcgttcccatatgaagAAGACACTGCTTCTATGGAAGACATGAATTTGATGAAGGAAATGATTGCACTGGGCCTTCCTAGCTCCTTCTCTACAGGCTCTAAGGGAGAACATTTGAGAAGTACAA
CAAGGAACAGAAATTCTACAAAACAAAGGGGATCTGAACAAACTCAAATTAGAGATAGGGATTCACTGTACCTGCAGGCAGAGGTTTGTAATGAGGGTGTCATTGATGAAATAGTTACTTATCCAAATTCTGCTTCTATTCTGGCAGAATTATCTACAAAGGATGCAGCCACTCCAGTTGAAATATGGAGGAGATGCATG
AAGTAGAGGTGGGAATAACAGACCGAGCAGAAAATCTTGACAACAGACTAAATGAGCAGTATGAATTACAGATGACATATTGCGTACAGAGTAGAGCTGAAGTGTACAACATTGGTGTCAAATCAGAGGTTTGTACTGAGGGTGTTATTGATGAATTAGTTACTTATCCAGATTCTGCTTCTATTCTGGCAGAATTATCT
ACAAAGGATGAAGACACTCCAAATGAAATAGCAAGTAATGAAATAAAGCCAAATTGTGCTTTAATTTGTCAAACTGATAGCACTTTGTTAACCGAAAGTATTTTATCAAGCAATGGTGTGATGGCATCAATTCAAACGAGCAATTTGGATGATGTTGAAAATACTCTACTGGTTGGTGACAAAGCTGAAATGGAAGTTTC
AGTGGATGAGATGCTTGAAGTAGAGGTGGGAAGAGCAGACCGAGCAGAAAAGCTTGATAATGGACTGAATGAGCAGCATGAATTACAGATGACATGTTCTGTACAAAGTAGAGCTGAAGTATACAACATTGGTGCCAATTCAGAGATTGATGGCACTGTGGAGAATGATAGATCTAAACTTTCTTGTGCTTCCCATGGGC
TAGAAATTTCTCAGCCTGAAAATTCTTGCCTTTCCAATACTGATCCTGTCGCTGAACTGCACAACATTGGCACGGGTAATTGGAAACCTATTTGGGACACTTATTACCAGAGGTATTATTACTGCAATTATGATACATGGGAAACATCATGGGACCCTCCAGGGGTGGAACTGCAGAAAGATCCTCCTAGAATTGATGGA
ACTGATAACTGCATTACGGGAGAGCAGGTGATATGTAGAACAAGTAGCAAAAGTTATGATGGATGTTCAGGATCAACATTGACAGTTAAAGAAGATGCTACACTGGTGTATGAGAATTGCAGTGAAATGCTTCAAGAAACTGAAGATAATGCATTAAGCAAGCTTGAACTTGAAGCATGTGAGGTGCCAAATATGCTGAC
TTACAGTATGGAATCTGAACAATTCAGTGGGAATGGTGCTTGTAATGGAGAGAACCTTTCAGCAGGCAATATTCTTGAAGACAGAGCTGATAACAAGGAATGGAAGGATTTAACAGAAAACAGCAACCCTCTTAAAGATGTGGAGATCCTTTGCTCAAAGGATATTTCACAAGGTTTAGAACAGTTGGGCAATATGTGCT
CATCCAAGGGCTCAGAGTTTGCGGGTCTGTTGGAGGAATCCCTGGATGCAATAGAGAGTTTACAAGTTTATTCACAAGCATGTGGTACTCATACTTGGTTTGATGACGATGGTAATATTAAAGATGAAAAGACTGTACTACCAGTAACTATGTATGTGCATGCCCAGGAGAGTGGGGCTTACAATGGACATAGATGTGGT
ACTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAAAATTAAGAATGAACATACTTCACAACCAATAACTACATGCATGCATTCTCAGGAGAGCAAGACTTACATTGGACATAGTTGTGGTAGTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAACATTAAGGATAAATGTACTTTACAATCAATGACTAAGCACATGCATGTTCATGGGAG
TGAGGCTGACATTGACCATAGAGCAGAAGAAACCACTGAGGATGCTTCCATGTCTCAGATTTGTAGTGTGGGGAATAGTATGGCGGCTATGGCCCCAAGATTGCAGAAAAAAAAGAAGAGAGCCAGGCTGCGAAGGTTGTCATCTACAGATAAGGATGAAGAACCTCTGAAGAAACTCG

Intron 3 GTATGAGAAA ... TTGGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.45	19	5	6
A2	0	7	0	0
A3	17.24	24	0	10
A4	29.41	6	3	2
A5	23.08	10	0	6
A6	24.42	65	10	32
A7	20.44	72	22	15
A8	23.03	132	26	53
A9	19.73	59	8	21
A10	19.63	43	11	10

>TRINITY_DN41287_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

GAGTTTACATGTCAGTCTGATCATATGTAAAATAACATGGAAGGAAAAATTGAAGGCTTTTGGATAGTGTCTGATTACTTTTTCTGTGGCTTGTATCCCTGATGTTTGTGGGCTCATTTTGCAGTTTTTCTCTCTTCAAAGCTGCACAGGTGATTGCACCAAATATTGTCATGTTTTTGCCACGAAATGTGGATCTGGAT
CAACTTGCTGAGCTGTCGTGGCTTTCCAATCCCCCTCTTGCACTTGAGATTGAGAAGAATTATGTGAATGGTAGATTGAAGGCAATCACTGCTTACTTCGGGGATATCTCATTACCTACTAGTATTCGACATGCCTGAGCAAACGTTGGATACTAAGAATGGCTCTGCATTTGATTCTAGGTCTGAGTGGGCGAGCAGAT
TCGTTGGAGTATACAGCATTAATTTTGCTTTGGGAGTATACAAGTGTGTTCTCTTTCAGGAAAAATAAGTTGAAAAGCTTGCCAATGGATGATAATGAAGTATACTCCATGAATCATTAATGGTTATTATTGGAAACTCTGTTGCTTGCTGGGAGTTATGGTTGTACACCATTTTGCTTGTTGGGGGTTATTAACTGTGA
AACTATGATGAATTATATAAAGCAAAGTTTAGGACATGTTTCAGGTCCGTTCTACAATATTTCTAGTAATTCAACCGGTTGGGGATACGTAGCCGTGAGCATATTCTTCCTTCTCCTTACAAAGTAGGCTTTTTATCAGTGTATCATTAACAGTCTGAACCTCAAGTCTTGGCATCGTTTTTTACGCATTTAAACCTTTT
CGATACCAGAGGTTGTAAAGTTCATTTATTAAATAAGACAGTCCATTCAAGCCTGAATGTGTACAATCCTTGTTAGGATTTCTTTAAAAGAAGATAAACTATAATATGTTTCATGAAGAAACCATTTGTTTCTCTTACATGGCATTTTTCTTTGATCCAATAATGGAGTTGTAAATGCTATTAATTTATAGGTGCTTTTG
CTTGGGAAGTAATATCTGTTGATGTTTTTCACATTTACAAGTTCCGCTCTGGTTTTAAAATGTTCTAGGG

>TRINITY_DN41287_c0_g1_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TAGATCTAAACTTTCTTGAGCTTCCCATGGGCTAGAAATTTCTCAGCCTGAAAATTCTTGCCTTTCCAATACTGATCCTGTCGCTGAACTGCACAACATTGGCACGGGTAATTGGAAACCTATTTGGGACACTTATTACCAGAGGTATTATTACTGCAATTATGATACATGGGAAACATCATGGGACCCTCCAGGGGTGG
AACTGCAGAAAGATCCTCCTAGAATTGATGGAACTGATAACTGCATTACGGGAGAGCAGGTGATATGTAGAACAAGTAGCAAAAGTTATGATGGATGTTCAGGATCAACATTGACAGTTAAAGAAGATGCTACACTGGTGTATGAGAATTGCAGTGAAATGCTTCAAGAAACTGAAGATAATGCATTAAGCAAGCTTGAA
CTTGAAGCATGTGAGGTGCCAAATATGCTGACTTACAGTATGGAATCTGAACAATTCAGTGGGAATGGTGCTTGTAATGGAGAGAACCTTTCAGCAGGCAATATTCTTGAAGACAGAGCTGATAACAAGGAATGGAAGGATTTAACAGAAAACAGCAACCCTCTTAAAGATGTGGAGATCCTTTGCTCAAAGGATATTTC
ACAAGGTTTAGAACAGTTGGGCAATATGTGCTCATCCAAGGGCTCAGAGTTTGCGGGTCTGTTGGAGGAATCCCTGGATGCAATAGAGAGTTTACAAGTTTATTCACAAGCATGTGGTACTCATACTTGGTTTGATGACGATGGTAATATTAAAGATGAAAAGACTGTACTACCAGTAACTATGTATGTGCATGCCCAGG
AGAGTGGGGCTTACAATGGACATAGATGTGGTACTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAAAATTAAGAATGAACATACTTCACAACCAATAACTACATGCATGCATTCTCAGGAGAGCAAGACTTACATTGGACATAGTTGTGGTAGTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAACATTAAGGATAAATGTACTTTACAA
TCAATGACTAAGCACATGCATGTTCATGGGAGTGAGGCTGACATTGACCATAGAGCAGAAGAAACCACTGAGGATGCTTCCATGTCTCAGATTTGTAGTGTGGGGAATAGTATGGCGGCTATGGCCCCAAGATTGCAGAAAAAAAAGAAGAGAGCCAGGCTGCGAAGGTTGTCATCTACAGATAAGGATGAAGAACCTCT
GAAGAAACTCATTTTGCCTGGAATGGTGGAAGAGATGGGTAGTGATATTATCAAGTATTGGTGTAAGCGATATCAACTTTTTTCAAGGTTTGATGAAGGCATTAAGCTAGATGAAGAAGGTTGGTTTTCTGTCACTCCTGAGGTTATTGCAAAGCATCATGCAGCACGCTGCGGGATTGGTACTATCATTGATTGCTTTA
CTGGAGTTGGTGGCAATGCAATTCAGTTTTCTGAAAAGTGTCATCATGTGATCGCTATAGATATAGATCCAAAAAAGATTGGTTACGCTCAACACAATGCAAGAATATATGGAGTTGCTGATAATATTGATTTCATTGTTGGTGATTTTTTCCAACTTGCTCCTTCTCTGAAGACCAATTCTCACTGTAACTCCCAAGCA
GATGTGGTGTTTCTTTCTCCTCCTTGGGGAGGACCAGATTATGTGAAGGTTGAAAGATTTGATATTCAAGAGATGCTGAGACCCAAGGATGGTTTTTCTCTCTTCAAAGCTGCACAGGTGATTGCACCAAATATTGTCATGTTTTTGCCACGAAATGTGGATCTGGATCAACTTGCTGAGCTGTCGTGGCTTTCCAATCC
CCCTCTTGCACTTGAGATTGAGAAGAATTATGTGAATGGTAGATTGAAGGCAATCACTGCTTACTTCGGGGATATCTCATTACCTACTAGTATTCGACATGCCTGAGCAAACGTTGGATACTAAGAATGGCTCTGCATTTGATTCTAGGTCTGAGTGGGCGAGCAGATTCGTTGGAGTATACAGCATTAATTTTGCTTTG
GGAGTATACAAGTGTGTTCTCTTTCAGGAAAAATAAGTTGAAAAGCTTGCCAATGGATGATAATGAAGTATACTCCATGAATCATTAATGGTTATTATTGGAAACTCTGTTGCTTGCTGGGAGTTATGGTTGTACACCATTTTGCTTGTTGGGGGTTATTAACTGTGAAACTATGATGAATTATATAAAGgtatgagaaa
ctacttttgatggtaaactattatgcactagttctttgattcggtattatatgttgatgcccaattacatgttttatgcaaaatgtcaaaatacttacgatatgttttaattggtttcagCAAAGTTTAGGACATGTTTCAGGTCCGTTCTACAATATTTCTAGTAATTCAACCGGTTGGGGATACGTAGCCGTGAGCAT
ATTCTTCCTTCTCCTTACAAAGTAGGCTTTTTATCAGTGTATCATTAACAGTCTGAACCTCAAGTCTTGGCATCGTTTTTTACGCATTTAAACCTTTTCGATACCAGAGGTTGTAAAGTTCATTTATTAAATAAGACAGTCCATTCAAGCCTGAATGTGTACAATCCTTGTTAGGATTTCTTTAAAAGAAGATAAACTAT
AATATGTTTCATGAAGAAACCATTTGTTTCTCTTACATGGCATTTTTCTTTGATCCAATAATGGAGTTGTAAATGCTATTAATTTATAGGTGCTTTTGCTTGGGAAGTAATATCTGTTGATGTTTTTCACATTTACAAGTTCCGCTCTGGTTTTAAAATGTTCTAGGG

Intron 4 GTAAGTAATG ... GAAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.82	10.8	15	12.4
A2	46.38	13.6	9.8	13.6
A3	81.45	2.9	13.9	11.8
A4	37.98	12.7	5	10.6
A5	82.51	2	10	8.9
A6	76.47	0.9	2	3.8
A7	20.13	13.6	4	2.8
A8	100	0	0	1
A9	75	1	5	1
A10	75.73	3	9	9.8

>TRINITY_DN109376_c0_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoform

CAAAACATCAAAGGAGTTCAATAGTAATGTTAAGCGCTAGAGCAAAACTGGGCGGGTTGCTGGTTGTTCCTGCCCTGGTCGGCATGTTGGGGATCTTCAGGGCCATTCTTGCATCCTTCAAAGCCTTCGTGAGAAAGATATCGTTGATGGTTGCCAAGGGAGACCGCTTTGACATCCATGGACAGCTTACTGATACGGCA
AAGGAACCAGAAACTAAAATGGCAGATTCTCCATTGGATTCTACAATATTATCAAATACAATGATGCAAGATTGCTCTTGCGTTTCAGAATTGCATTCAATAAGAGGCTCATCTGCATTCTTAAGGATAACAGAGGTTTTCCTTGTGGATGAAGCTGCTACTGACAGACTGAATGATATGGTCTTTCAAGCACGATTGTT
AAATAGAAATGTGACTGTGGTGGACAATCCTAAAAGAAGTCCTCCAAAGGTTGCGTTCCCATATGAAGAAGACACTGCTTCTATGGAAGACATGAATTTGATGAAGGAAATGATTGCACTGGGCCTTCCTAGCTCCTTCTCTACAGGCTCTAAGGGAGAACATTTGAGAAGTACAACAAGGAACAGAAATTCTACAAAAC
AAAGGGGATCTGAACAAACTCAAATTAGAGATAGGGATTCACTGTCCCTGCAGGCAGAGGTTTGTAATGAGGGTGTCATTGATGAAATAGTTACTTATCCAAATTCTGCTTCTATTCTGGCAGAATTATCTACAAAGGATGCAGCCACTCCAGTTGAAATATGGAGGAGATGCATGAAGTAGAGGTGGGAATAACAGACC
GAGCAGAAAATCTTGACAACAGACTAAATGAGCAGTATGAATTACAGATGACATATTGCGTACAGAGTAGAGCTGAAGTGTACAACATTGGTGTCAAATCAGAGGTTTGTACTGAGGGTGTTATTGATGAATTAGTTACTTATCCAGATTCTGCTTCTATTCTGGCAGAATTATCTACAAAGGATGAAGACACTCCAAAT
GAAATAGCAAGTAATGAAATAAAGCCAAATTGTGCTTTAATTTGTCAAACTGATAGCACTTTGTTAACCGAAAGTATTTTATCAAGCAATGGTGTGATGGCATCAATTCAAACGAGCAATTTGGATGATGTTGAAAATACTCTACTGGTTGGTGACAAAGCTGAAATGGAAGTTTCAGTGGATGAGATGCTTGAAGTAGA
GGTGGGAAGAGCAGACCGAGCAGAAAAGCTTGATAATGGACTGAATGAGCAGCATGAATTACAGATGACATGTTCTGTACAAAGTAGAGCTGAAGTATACAACATTGGTGCCAATTCAGAGATTGATGGCACTGTGGAGAATGATAGATCTAAACTTTCTTGTGCTTCCCATGGGCTAGAAATTTCTCAGCCTGAAAATT
CTTGCCTTTCCAATACTGATCCTGTCGCTGAACTGCACAACATTGGCACGGGTAATTGGAAACCTATTTGGGACACTTATTACCAGAGGTATTATTACTGCAATTATGATACATGGGAAACATCATGGGACCCTCCAGGGGTGGAACTGCAGAAAGATCCTCCTAGAATTGATGGAACTGATAACTGCATTACGGGAGAG
CAGGTGATATGTAGAACAAGTAGCAAAAGTTATGATGGATGTTCAGGATCAACATTGACAGTTAAAGAAGATGCTACACTGGTGTATGAGAATTGCAGTGAAATGCTTCAAGAAACTGAAGATAATGCATTAAGCAAGCTTGAACTTGAAGCATGTGAGGTGCCAAATATGCTGACTTACAGTATGGAATCTGAACAATT
CAGTGGGAATGGTGCTTGTAATGGAGAGAACCTTTCAGCAGGCAATATTCTTGAAGACAGAGCTGATAACAAGGAATGGAAGGATTTAACAGAAAACAGCAACCCTCTTAAAGATGTGGAGATCCTTTGCTCAAAGGATATTTCACAAGGTTTAGAACAGTTGGGCAATATGTGCTCATCCAAGGGCTCAGAGTTTGCGG
GTCTGTTGGAGGAATCCCTGGATGCAATAGAGAGTTTACAAGTTTATTCACAAGCATGTGGTACTCATACTTGGTTTGATGACGATGGTAATATTAAAGATGAAAAGACTGTACTACCAGTAACTATGTATGTGCATGCCCAGGAGAGTGGGGCTTACAATGGACATAGATGTGGTACTCATATTTTGTTTGATGACGAT
GGTAAAATTAAGAATGAACATACTTCACAACCAATAACTACATGCATGCATTCTCAGGAGAGCAAGACTTACATTGGACATAGTTGTGGTAGTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAACATTAAGGATAAATGTACTTTACAATCAATGACTAAGCACATGCATGTTCATGGGAGTGAGGCTGACATTGACCATAGAGC
AGAAGAAACCACTGAGGATGCTTCCATGTCTCAGATTTGTAGTGTGGGGAATAGTATGGCGGCTATGGCCCCAAGATTGCAGAAAAAAAAGAAGAGAGCCAGGCTGCGAAGGTTGTCATCTACAGATAAGGATGAGGAACCTCTGAAGAAACTCATTTTGCCTGGAATGGTGGAAGAGATGGGTAGTGATATTATCAAGT
ATTGGTGTAAGCGATATCAACTTTTTTCAAGGTTTGATGAAGGCATTAAGCTAGATGAAGAAGGTTGGTTTTCTGTCACTCCTGAGGTTATTGCAAAGCATCATGCAGCACGCTGCGGGATTGGTACTATCATTGATTGCTTTACTGGAGTTGGTGGCAATGCAATTCAGTTTTCTGAAAAGTGTCATCATGTGATCGCT
ATAGATATAGATCCAAAAAAGATTGGTTACGCTCAACACAATGCAAGAATATATGGAGTTGCTGATAATATTGATTTCATTGTTGGTGATTTTTTCCAACTTGCTCCTTCTCTGAAGGCAGATGTGGTGTTTCTTTCTCCTCCTTGGGGAGGACCAGATTATGTGAAGGTTGAAAGATTTGATATTCAAGAGATGCTGAG
ACCCAAGGATGGTTTTTCTCTCTTCAAAGCTGCACAGGTGATTGCACCAAATATTGTCATGTTTTTGCCACGAAATGTGGATCTGGATCAACTTGCTGAGCTGTCGTGGCTTTCCAATCCCCCTCTTGCACTTGAGATTGAGAAGAATTATGTGAATGGTAGATTGAAGGCAATCACTGCTTACTTCGGGGATATCTCAT
TACCTACTAGTATTCGACATGCCTGAGCAAACGTTGGATACTAAGAATGGCTCTGCATTTGATTCTAGGTCTGAGTGGGCGAGCAGATTCGTTGGAGTATACAGCATTAATTTTGCTTTGGGAGTATACAAGTGTGTTCTCTTTCAGGAAAAATAAGTTGAAAAGCTTGCCAATGGATGATAATGAAGTATACTCCATGA
ATCATTAATGGTTATTATTGGAAACTCTGTTGCTTGCTGGGAGTTATGGTTGTACACCATTTTGCTTGTTGGGGGTTATTAACTGTGAAACTATGATGAATTATATAAAGCAAAGTTTAGGACATGTTTCAGGTCCGTTCTACAATATTTCTAGTAATTCAACCGGTTGGGGATACGTAGCCGTGAGCATATTCTTCCTT
CTCCTTACAAAGTAGGCTTTTTATCAGTGTATCATTAACAGTCTGAACCTCAAGTCTTGGCATCGTTTTTTACGCATTTAAACCTTTTCGATACCAGAGGTTGTAAAGTTCATTTATTAAATAAGACAGTCCATTCAAG

>TRINITY_DN109376_c0_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAAAACATCAAAGGAGTTCAATAGTAATGTTAAGCGCTAGAGCAAAACTGGGCGGGTTGCTGGTTGTTCCTGCCCTGGTCGGCATGTTGGGGATCTTCAGGGCCATTCTTGCATCCTTCAAAGCCTTCGTGAGAAAGATATCGTTGATGGTTGCCAAGGGAGACCGCTTTGACATCCATGGACAGCTTACTGATACGGCA
AAGGAACCAGAAACTAAAATGGCAGATTCTCCATTGGATTCTACAATATTATCAAATACAATGATGCAAGATTGCTCTTGCGTTTCAGAATTGCATTCAATAAGAGGCTCATCTGCATTCTTAAGGATAACAGAGGTTTTCCTTGTGGATGAAGCTGCTACTGACAGACTGAATGATATGGTCTTTCAAGCACGATTGTT
AAATAGAAATGTGACTGTGGTGGACAATCCTAAAAGAAGTCCTCCAAAGGTTGCGTTCCCATATGAAGAAGACACTGCTTCTATGGAAGACATGAATTTGATGAAGGAAATGATTGCACTGGGCCTTCCTAGCTCCTTCTCTACAGGCTCTAAGGGAGAACATTTGAGAAGTACAACAAGGAACAGAAATTCTACAAAAC
AAAGGGGATCTGAACAAACTCAAATTAGAGATAGGGATTCACTGTCCCTGCAGGCAGAGGTTTGTAATGAGGGTGTCATTGATGAAATAGTTACTTATCCAAATTCTGCTTCTATTCTGGCAGAATTATCTACAAAGGATGCAGCCACTCCAGTTGAAATAgtaagtaatggaataattgcaaattgtgctttaacttat
ccaactgacacctctttgttaactgaaagtattatttcaagcaaggatgagatggcatcaattcaaaactgcaatttggatgatgtcaaaaataatttgctggttagtgacaaaactgaaatggaaatttcagTGGAGGAGATGCATGAAGTAGAGGTGGGAATAACAGACCGAGCAGAAAATCTTGACAACAGACTAAA
TGAGCAGTATGAATTACAGATGACATATTGCGTACAGAGTAGAGCTGAAGTGTACAACATTGGTGTCAAATCAGAGGTTTGTACTGAGGGTGTTATTGATGAATTAGTTACTTATCCAGATTCTGCTTCTATTCTGGCAGAATTATCTACAAAGGATGAAGACACTCCAAATGAAATAGCAAGTAATGAAATAAAGCCAA
ATTGTGCTTTAATTTGTCAAACTGATAGCACTTTGTTAACCGAAAGTATTTTATCAAGCAATGGTGTGATGGCATCAATTCAAACGAGCAATTTGGATGATGTTGAAAATACTCTACTGGTTGGTGACAAAGCTGAAATGGAAGTTTCAGTGGATGAGATGCTTGAAGTAGAGGTGGGAAGAGCAGACCGAGCAGAAAAG
CTTGATAATGGACTGAATGAGCAGCATGAATTACAGATGACATGTTCTGTACAAAGTAGAGCTGAAGTATACAACATTGGTGCCAATTCAGAGATTGATGGCACTGTGGAGAATGATAGATCTAAACTTTCTTGTGCTTCCCATGGGCTAGAAATTTCTCAGCCTGAAAATTCTTGCCTTTCCAATACTGATCCTGTCGC
TGAACTGCACAACATTGGCACGGGTAATTGGAAACCTATTTGGGACACTTATTACCAGAGGTATTATTACTGCAATTATGATACATGGGAAACATCATGGGACCCTCCAGGGGTGGAACTGCAGAAAGATCCTCCTAGAATTGATGGAACTGATAACTGCATTACGGGAGAGCAGGTGATATGTAGAACAAGTAGCAAAA
GTTATGATGGATGTTCAGGATCAACATTGACAGTTAAAGAAGATGCTACACTGGTGTATGAGAATTGCAGTGAAATGCTTCAAGAAACTGAAGATAATGCATTAAGCAAGCTTGAACTTGAAGCATGTGAGGTGCCAAATATGCTGACTTACAGTATGGAATCTGAACAATTCAGTGGGAATGGTGCTTGTAATGGAGAG
AACCTTTCAGCAGGCAATATTCTTGAAGACAGAGCTGATAACAAGGAATGGAAGGATTTAACAGAAAACAGCAACCCTCTTAAAGATGTGGAGATCCTTTGCTCAAAGGATATTTCACAAGGTTTAGAACAGTTGGGCAATATGTGCTCATCCAAGGGCTCAGAGTTTGCGGGTCTGTTGGAGGAATCCCTGGATGCAAT
AGAGAGTTTACAAGTTTATTCACAAGCATGTGGTACTCATACTTGGTTTGATGACGATGGTAATATTAAAGATGAAAAGACTGTACTACCAGTAACTATGTATGTGCATGCCCAGGAGAGTGGGGCTTACAATGGACATAGATGTGGTACTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAAAATTAAGAATGAACATACTTCAC
AACCAATAACTACATGCATGCATTCTCAGGAGAGCAAGACTTACATTGGACATAGTTGTGGTAGTCATATTTTGTTTGATGACGATGGTAACATTAAGGATAAATGTACTTTACAATCAATGACTAAGCACATGCATGTTCATGGGAGTGAGGCTGACATTGACCATAGAGCAGAAGAAACCACTGAGGATGCTTCCATG
TCTCAGATTTGTAGTGTGGGGAATAGTATGGCGGCTATGGCCCCAAGATTGCAGAAAAAAAAGAAGAGAGCCAGGCTGCGAAGGTTGTCATCTACAGATAAGGATGAGGAACCTCTGAAGAAACTCATTTTGCCTGGAATGGTGGAAGAGATGGGTAGTGATATTATCAAGTATTGGTGTAAGCGATATCAACTTTTTTC
AAGGTTTGATGAAGGCATTAAGCTAGATGAAGAAGGTTGGTTTTCTGTCACTCCTGAGGTTATTGCAAAGCATCATGCAGCACGCTGCGGGATTGGTACTATCATTGATTGCTTTACTGGAGTTGGTGGCAATGCAATTCAGTTTTCTGAAAAGTGTCATCATGTGATCGCTATAGATATAGATCCAAAAAAGATTGGTT
ACGCTCAACACAATGCAAGAATATATGGAGTTGCTGATAATATTGATTTCATTGTTGGTGATTTTTTCCAACTTGCTCCTTCTCTGAAGGTACTTTCATTCCTTTTTTCTTGTCAGCACTATGTTGGAAAGAATGTGACAGGAAAGTAGACACTGCAGATCTGTGTCTTTTAAATCACTGTTTTATGCATCAAGATACTG
GTCCTACAATTTAGCATACTTAAAAGTGCCTCCAGTACATACCATCCAGTTATGATGGATGCATTTTCATGGTCTGTAATTCTTGGCTTCAATTATTCATTGTCTCG