sp|Q93ZE9|SFH3_ARATH ----> Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH3
Intron 1 GCATTTACTC ... CAGGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 59.59 | 14.9 | 27.2 | 17.7 |
| A2 | 56.11 | 10 | 16.5 | 9.4 |
| A3 | 30.17 | 27 | 9.5 | 14 |
| A4 | 39.53 | 23.9 | 15.2 | 16 |
| A5 | 30.45 | 10.7 | 5.4 | 4 |
| A6 | 24.39 | 29 | 5.8 | 13 |
| A7 | 30.86 | 34.7 | 6.4 | 24.6 |
| A8 | 47.06 | 22.7 | 16.7 | 24 |
| A9 | 27.72 | 33.7 | 12.6 | 13.3 |
| A10 | 39.27 | 30 | 10.9 | 28 |
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i28 from sample A1 / Example spliced isoformGTTTTTCCTCCGTCTTCTTCAATTCCAGGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTT
CTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGAACAGGGGGACA
AACAAAGGAGCTTCTTTGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCATATATGCGAAGCAACACATCACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGG
CGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGA
AAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTC
CCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGTACGCCTTGTCTTACCTTTTTCACTTTATTAACTATCCAAAAAGAACTTGCAAAATGCATTAAAGTAAAATTCTTCTCGTCTCCTCAAATTTTATCATGTTGCCCGTATAACAACCTGTCATGAAATGCTTTGAATTTTCAGAAAAATCATTATTTTTTT
GTATTTTCATTGGCCTGTATTAATATGGCATATGCATGCTCATATGTGAGAGCATTGAACACAACGAGGTGAGCCAAATTTTGAATTTTATCAAGGTTTTTACAGTGAGCAGATAGTGGTAATGAGAACTTTATAGAGGTAGCTCTGTCAAATTCATTGTCTTTATATACATAATGTTGCATATGAAACCCACAAACTTG
GCCAATTATAATTCAGGGAGCAATGCCGGTGAAGGTTTGAACTGGGTCATTAACATGGTAATGCCTAATGTCAACCACTAGATCACAACCCAGTGGGAATTGTCTTTATAGTACTTAATAATACATATTTATAATACAAAATTATGACAAAATTGGAGATTGAAGAGAAAAATAGATCTCAACATTTCATAAAACAAATA
TTAAGTAAAAATATGTTACCTTAAATAAATTTTCATAGAGGAAAGTGTGTTACCTCTCAGATTGTACGAGGATTTTTTCAAGGGGTAAAGATGCTGATGATCCATAAGAAGTCCAATGTATGGCTTGTCTAAGCCAAATTTGTAA
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGAGGTTTTCAACACTGGTTAATATTATAAAGTTGACCTTTAATGCTTCATTTATAAGTATGCTATTTACTATAAGGGAATTTTTTTGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGGTGAGAAATATCTTAATAAGGCCTTTATAGGCAGACTTAAACTTTAGA
TTGTTGGTTTTTCATCTCTTATACATACCTCTTATACCTTTTGCTTCTTTCATTTCAGAGGGATATTTCTTTACTTTGATCTTATATAGGCCTCAGGTTGACAGTCAGGGAATGCATTGAAAATGTTTTCTAATGTAGCATTGATTCTTTGGTTGATACAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGgcattt
actctttctcataccttctacatacaaatacttagtgacacttctttaaacatctgagcatctcaatcaacttatatttacatggcaccttttaaatgtctcgctatctctggaaagaatattgggaaaggtgcaaagcaatgtaaaattatcaagttattagatacagaatccatttttttgagacagaaaaccttatt
gctatttgctgtacatttctatcattagatgatgtaataagtttcttatagctatttgattattaatataatatttcaattattaatttgaccttggcaggatgcagTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCATATATGCGAAGCAACACATC
ACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGA
TGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCA
TTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGAT
TTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTAAGTGATTGCATATATCTAACCTTCAATTTTCTTCTCTTTAATGCAA
ATATTGGTGCCTGTTTAGAAGCACGAAATGTGTCTTGTCAGAATTCTTGAAAGGCATAGAAGATGATGGAGGTAACTCTTTGTGCTTTCTTTTACATTGAGAGGATGCAACTTAAAACCTCTTTTAACTTTGACAACTAAATAGGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGC
AGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAAATATGTGTATGCTTTATAAAATTTGCCTTGATATGTAACTACGAATGGTCACCTTGTTCCGGTTGTCGCATGCTTTGGAAGAAT
GTTTTCTCTCATGTGATGGCTTGTATTTCTATTTAAAGTTGAGCTAGTATGATCTGCGATAAGAACAAATCCACATTTATGTTTAGTTGATATCAAAATATTACGACTGCTTTTTGCGACATGCATTATTTCTTTTAAATATGTACATCTGCTAGATAAAAATATGCTGCTACAAAGACTACTAATTTTAGGATTGCATG
CATTATTACAAGTGAACTTTAAACTAACGAAAATTCAAGTGACATAACATCTCTATCTTTACAGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGGTGAAGTTTAAATCGCAGTTCCAGCTGTACATTTAAGACTGACAAAATATTAAATAGTTGACATGATTTTACCGATAAT
GTTTGCATCTTTTTTATCATTCTTTTGCAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCA
AAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGC
CTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGG
AAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCTTAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAG
CCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACACGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATACAAATATGAAAACCAG
Intron 2 GTCTCTCTCT ... ATCTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.56 | 51 | 8 | 8 |
| A2 | 37.7 | 19 | 10 | 13 |
| A3 | 12.5 | 49 | 11 | 3 |
| A4 | 18.11 | 52 | 17 | 6 |
| A5 | 10 | 9 | 2 | 0 |
| A6 | 7.58 | 183 | 24 | 6 |
| A7 | 11.34 | 129 | 30 | 3 |
| A8 | 11.47 | 166 | 32 | 11 |
| A9 | 7.69 | 156 | 20 | 6 |
| A10 | 6.34 | 133 | 16 | 2 |
>TRINITY_DN105415_c1_g1_i14 from sample A4 / Example spliced isoformGTTTCTTTATTCATTTGATACACTACCTATCTGATGATAGCTCTTGAAGGCCTTGTACTGTTTGAATATCCTTAGACAGTCTTGAGTATACAATCCAGTGAGTTAGATATTCATCTTGATCCAATCACATAACCATTATTGAGATCATAGTTAAGTTACCAGGCATCTTCGAACTACAACCTAAGAAGATTACAATAGTT
ACAATTGTATATGGTTTTTTTGTACACCTGTTAACTTATGCTTTTTGACAGATTACTGTAAAAAGAATACCTTCGGTTAACTGTTTTCAATTAAATCTTTTTTTGGAACAGATAGTATAGTATTTTTTGAGATATTCTACACCGCAAAGGAATTATAGTCCTCGACGTATGCATGTACTAGAAAAAATTAACTTTGATTC
CTATGAACAACAAGTTAATGGCTTTTCTTTTAGGAATATTAAGTCTACATAAGTTACGTTGTAATTCATTGATTTTTTTCCAAATTCTAGCAATTTAAGTCATTTTAAAATGGGCAAAAAGTACCAAAACAAAGTTCTATGGTTTGCATGAAAGTAAAACTATGATTTCCATCAAAATTTCTAATAAATTTAGAGGAAAA
TTTTCATAAAAAAATGAATCAATTTATCCACTTAACTTACTCCTTTCTAATATGCTTTTCATCAATAAATAATATTAATATGCTAAAAAAGACCCCAATTCTCAAATCAAATCAATATTAACATAGTTAGCCTAATGGTTAAGATTATGTATTTTCTCAATTCAAATCCAAAAAGGCTTGGGTATTACACCTTTGTAGAT
TATTTTTAAAACAAATTTGATGTTTGGATTCACCTTATTATAGTATAAATTCCTATATGCAAGAAACCCGATGGACCACCTGCTCTGGAACTTCAAGTCTACCACTCCAGGCCAGATCATAGTTATGAACAGAATCCAGCTAATTACGCCGTAAGGCGTTTCTCTAAGTGGGAGCGACTCCCCGAATTTTGATTTTTTTG
GTTCTCAGCCATCAGACCTTTTCGCTGACGATCGGGACTGGCTGAACCGTATATTCAACGGCGAAGCTTCAAGCTTGTGATTAAGCAATCCCGAAGAGCTTTATATTCTTTGCTTTTTCTTGATATTTTTCGTTCTTGCTACTCTGAGAGGCCTCTACGCTGCACCGCCTGCAACTAAGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTC
CCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGT
AGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGGTGAGAAATATCTTAATAAGGCCTTTATAGGCAGACTTAAACTTTAGATTGTTGGTTTTTCA
TCTCTTATACATACCTCTTATACCTTTTGCTTCTTTCATTTCAGAGGGATATTTCTTTACTTTGATCTTATATAGGCCTCAGGTTGACAGTCAGGGAATGCATTGAAAATGTTTTCTAATGTAGCATTGATTCTTTGGTTGATACAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGGCATTTACTCTTTCTCATAC
CTTCTACATACAAATACTTAGTGACACTTCTTTAAACATCTGAGCATCTCAATCAACTTATATTTACATGGCACCTTTTAAATGTCTCGCTATCTCTGGAAAGAATATTGGGAAAGGTGCAAAGCAATGTAAAATTATCAAGTTATTAGATACAGAATCCATTTTTTTGAGACAGAAAACCTTATTGCTATTTGCTGTAC
ATTTCTATCATTAGATGATGTAATAAGTTTCTTATAGCTATTTGATTATTAATATAATATTTCAATTATTAATTTGACCTTGGCAGGATGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCGTATATGCGAAGCAACACATCACTGAATTTGTTGA
AGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTA
GCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTG
GCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCA
GAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATG
CGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCT
ACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATT
GCTAATTTCCTTGGGA
>TRINITY_DN105415_c1_g1_i17 from sample A4 / Example unspliced isoform:GCTTTATGTTCTAAGTTTTTCGATATTTTATACATTGGCATTCACTTTATGTAAGCAAAGAAAGTTGAATCGTGCATACATTGAAACAAATACATCATGTAGTTTGCTCTGTTAACATAATCTGTTTTTCCTCCGTCTTCTTCAATTCCAGGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCA
CCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAG
ATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGAC
ATGTTCTTCATCTATCGTATATGCGAAGCAACACATCACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCT
ACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAA
GGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTC
CAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCT
GCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGgtctctctctctctctctctctctctccaaatatgtgtgtatgctttataaaatttgccttgatatgt
aactacgaatggtcaccttgttccggttgtcgcatgctttggaagaatgttttctctcatgtgatggcttgtatttctatttaaagttgagctagtatgatctgcgataagaacaaatccacatttatgtttagttgatatcaaaatattacgactgctttttgcgacatgcattatttcttttaaatatgtacatctgc
tagataaaaatatgctgctacaaagactactaattttaggattgcatgcattattacaagtgaactttaaactaacgaaaattcaagtgacataacatctctatctttacagGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGGTGAAGTTTAAATCGCAGTTCCAGCTGTACA
TTTAAGACTGACAAAATATTAAATAGTTGACATGATTTTACTGATAATGTTTGCATCTTTTTTATCATTCTTTTGCAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTG
TTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGA
Intron 3 GTGAGAAATA ... GTTGATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.16 | 8.7 | 15.2 | 32 |
| A2 | 50.97 | 7.6 | 4.7 | 11 |
| A3 | 31.27 | 26.8 | 14.7 | 9 |
| A4 | 39 | 18.5 | 6.5 | 17 |
| A5 | 41.83 | 7.2 | 3.8 | 6 |
| A6 | 28.3 | 21.7 | 12.9 | 4 |
| A7 | 19.49 | 21.3 | 6.2 | 4 |
| A8 | 48.15 | 14 | 10.2 | 15 |
| A9 | 26.41 | 41.6 | 19 | 11 |
| A10 | 42.23 | 15.1 | 11.6 | 10 |
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i28 from sample A1 / Example spliced isoformGTTTTTCCTCCGTCTTCTTCAATTCCAGGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTT
CTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGAACAGGGGGACA
AACAAAGGAGCTTCTTTGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCATATATGCGAAGCAACACATCACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGG
CGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGA
AAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTC
CCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGTACGCCTTGTCTTACCTTTTTCACTTTATTAACTATCCAAAAAGAACTTGCAAAATGCATTAAAGTAAAATTCTTCTCGTCTCCTCAAATTTTATCATGTTGCCCGTATAACAACCTGTCATGAAATGCTTTGAATTTTCAGAAAAATCATTATTTTTTT
GTATTTTCATTGGCCTGTATTAATATGGCATATGCATGCTCATATGTGAGAGCATTGAACACAACGAGGTGAGCCAAATTTTGAATTTTATCAAGGTTTTTACAGTGAGCAGATAGTGGTAATGAGAACTTTATAGAGGTAGCTCTGTCAAATTCATTGTCTTTATATACATAATGTTGCATATGAAACCCACAAACTTG
GCCAATTATAATTCAGGGAGCAATGCCGGTGAAGGTTTGAACTGGGTCATTAACATGGTAATGCCTAATGTCAACCACTAGATCACAACCCAGTGGGAATTGTCTTTATAGTACTTAATAATACATATTTATAATACAAAATTATGACAAAATTGGAGATTGAAGAGAAAAATAGATCTCAACATTTCATAAAACAAATA
TTAAGTAAAAATATGTTACCTTAAATAAATTTTCATAGAGGAAAGTGTGTTACCTCTCAGATTGTACGAGGATTTTTTCAAGGGGTAAAGATGCTGATGATCCATAAGAAGTCCAATGTATGGCTTGTCTAAGCCAAATTTGTAA
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGAGGTTTTCAACACTGGTTAATATTATAAAGTTGACCTTTAATGCTTCATTTATAAGTATGCTATTTACTATAAGGGAATTTTTTTGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGgtgagaaatatcttaataaggcctttataggcagacttaaactttaga
ttgttggtttttcatctcttatacatacctcttataccttttgcttctttcatttcagagggatatttctttactttgatcttatataggcctcaggttgacagtcagggaatgcattgaaaatgttttctaatgtagcattgattctttggttgatacagAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGGCATTT
ACTCTTTCTCATACCTTCTACATACAAATACTTAGTGACACTTCTTTAAACATCTGAGCATCTCAATCAACTTATATTTACATGGCACCTTTTAAATGTCTCGCTATCTCTGGAAAGAATATTGGGAAAGGTGCAAAGCAATGTAAAATTATCAAGTTATTAGATACAGAATCCATTTTTTTGAGACAGAAAACCTTATT
GCTATTTGCTGTACATTTCTATCATTAGATGATGTAATAAGTTTCTTATAGCTATTTGATTATTAATATAATATTTCAATTATTAATTTGACCTTGGCAGGATGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCATATATGCGAAGCAACACATC
ACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGCAAGTTATTATGAAAACAGAATTTATTTGCACCCACCTTACAATTATA
Intron 4 GTCTCTCTCT ... ATCTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.56 | 51 | 6.9 | 12.4 |
| A2 | 38.72 | 19 | 9.3 | 14.9 |
| A3 | 15.18 | 49 | 10.1 | 8 |
| A4 | 19.41 | 52 | 15.7 | 9.7 |
| A5 | 15.41 | 9 | 1.8 | 1.9 |
| A6 | 10.64 | 183 | 19.1 | 27.5 |
| A7 | 14.52 | 129 | 26.5 | 20.1 |
| A8 | 14.85 | 166 | 27.6 | 33.7 |
| A9 | 11.25 | 156 | 16.4 | 25.9 |
| A10 | 10.06 | 133 | 12.9 | 19.4 |
>TRINITY_DN117042_c8_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoformTTAGCTAGCTTGGATTTTAAATAATTAGAATTTTCTAATCCTTCGTGCATGATTTTTTATTCCGATAATTGGCTTTATGTTCTAAGTTTTTCGATATTTTATACATTGGCATTCACTTTATGTAAGCAAAGAAAGTTGAATCGTGCATACATTGAAACAAATACATCATGTAGTTTGCTCTGTTAACATAATCTGTTTTT
CCTCCGTCTTCTTCAATTCCAGGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTA
ATTATGGCTGGACTTCCTCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGGTGAGAAATATCTTAATA
AGGCCTTTATAGGCAGACTTAAACTTTAGATTGTTGGTTTTTCATCTCTTATACATACCTCTTATACCTTTTGCTTCTTTCATTTCAGAGGGATATTTCTTTACTTTGATCTTATATAGGCCTCAGGTTGACAGTCAGGGAATGCATTGAAAATGTTTTCTAATGTAGCATTGATTCTTTGGTTGATACAGAACAGGGGG
ACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGGCATTTACTCTTTCTCATACCTTCTACATACAAATACTTAGTGACACTTCTTTAAACATCTGAGCATCTCAATCAACTTATATTTACATGGCACCTTTTAAATGTCTCGCTATCTCTGGAAAGAATATTGGGAAAGGTGCAAAGCAATGTAAAATTATCAAGTTATTAGATACAGA
ATCCATTTTTTTGAGACAGAAAACCTTATTGCTATTTGCTGTACATTTCTATCATTAGATGATGTAATAAGTTTCTTATAGCTATTTGATTATTAATATAATATTTCAATTATTAATTTGACCTTGGCAGGATGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCT
TCATCTATCGTATATGCGAAGCAACACATCACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGTGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCA
TCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGA
GCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTT
AGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTT
ACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAA
AGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTT
CATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGA
>TRINITY_DN117042_c8_g2_i16 from sample A2 / Example unspliced isoform:CGATGGACCACCTGCTCTGGAACTTCAAGTCTACCACTCCAGGCCAGATCATAGTTATGAACAGAATCCAGCTAATTACGCCGTAAGGCGTTTCTCTAAGTGGGAGCGACTCCCCGAATTTTGATTTTTTTCGTTCTCAGCCATCAGACCTTTTCGCTGACGATCGGGACTGGCTGAACCGTATATTCAACGGCGAAGCT
TCAAGCTTGTGATTAAGCAATCCCGAAGAGCTTTATATTCTTTGCTTTTTCTTGATATTTTTCGTTCTTGCTACTCTGAGAGGCCTCTACGCTGCACCGCCTGCAACTAAGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAAT
CACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTC
CTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCGTATATGCGAAGCAACACATCACTG
AATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGTGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGC
AACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTC
ATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTT
GACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACT
TGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGgtctctctctctctctctctctctccaaatatgtgtgtatgctttataaaatttgccttgatatgtaactacgaatggtcaccttgttccggttgtcgcatgctttgga
agaatgttttctctcatgtgatggcttgtatttctatttaaagttgagctagtatgatctgcgataagaacaaatccacatttatgtttagttgatatcaaaatattacgactgctttttgcgacatgcattatttcttttaaatatgtacatctgctagataaaaatatgctgctacaaagactactaattttaggatt
gcatgcattattacaagtgaactttaaactaacgaaaattcaagtgacataacatctctatctttacagGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGGTGAAGTTTAAATCGCAGTTCCAGCTGTACATTTAAGACTGACAAAATATTAAATAGTTGACATGATTTTACCG
ATAATGTTTGCATCTTTTTTATCATTCTTTCGCAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCT
CTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGA
Intron 5 GTCTCTCTCT ... ATCTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.85 | 51 | 8 | 11.5 |
| A2 | 39.09 | 19 | 10 | 14.5 |
| A3 | 15.23 | 49 | 11 | 7 |
| A4 | 19.88 | 52 | 17 | 9 |
| A5 | 15.19 | 9 | 2 | 1.5 |
| A6 | 11.01 | 183 | 24 | 23.3 |
| A7 | 15.43 | 129 | 32 | 16.8 |
| A8 | 15.07 | 166 | 32 | 29.3 |
| A9 | 11.37 | 156 | 20 | 22 |
| A10 | 10.2 | 133 | 16 | 16 |
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i22 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATA
CTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAAT
GATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATA
CAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGG
TTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCT
GAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGG
CCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAAT
TCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGCCTGTAAATTGGAT
GCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGGAAAGTATTTCATA
ATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCTTAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAGCCACATGTACTGG
TCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACACGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATACAAATATGAAAACCAG
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGAGGTTTTCAACACTGGTTAATATTATAAAGTTGACCTTTAATGCTTCATTTATAAGTATGCTATTTACTATAAGGGAATTTTTTTGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGGTGAGAAATATCTTAATAAGGCCTTTATAGGCAGACTTAAACTTTAGA
TTGTTGGTTTTTCATCTCTTATACATACCTCTTATACCTTTTGCTTCTTTCATTTCAGAGGGATATTTCTTTACTTTGATCTTATATAGGCCTCAGGTTGACAGTCAGGGAATGCATTGAAAATGTTTTCTAATGTAGCATTGATTCTTTGGTTGATACAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGGCATTT
ACTCTTTCTCATACCTTCTACATACAAATACTTAGTGACACTTCTTTAAACATCTGAGCATCTCAATCAACTTATATTTACATGGCACCTTTTAAATGTCTCGCTATCTCTGGAAAGAATATTGGGAAAGGTGCAAAGCAATGTAAAATTATCAAGTTATTAGATACAGAATCCATTTTTTTGAGACAGAAAACCTTATT
GCTATTTGCTGTACATTTCTATCATTAGATGATGTAATAAGTTTCTTATAGCTATTTGATTATTAATATAATATTTCAATTATTAATTTGACCTTGGCAGGATGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCATATATGCGAAGCAACACATC
ACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGA
TGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCA
TTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGAT
TTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTAAGTGATTGCATATATCTAACCTTCAATTTTCTTCTCTTTAATGCAA
ATATTGGTGCCTGTTTAGAAGCACGAAATGTGTCTTGTCAGAATTCTTGAAAGGCATAGAAGATGATGGAGGTAACTCTTTGTGCTTTCTTTTACATTGAGAGGATGCAACTTAAAACCTCTTTTAACTTTGACAACTAAATAGGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGC
AGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGgtctctctctctctctctctctctccaaatatgtgtatgctttataaaatttgccttgatatgtaactacgaatggtcaccttgttccggttgtcgcatgctttggaagaat
gttttctctcatgtgatggcttgtatttctatttaaagttgagctagtatgatctgcgataagaacaaatccacatttatgtttagttgatatcaaaatattacgactgctttttgcgacatgcattatttcttttaaatatgtacatctgctagataaaaatatgctgctacaaagactactaattttaggattgcatg
cattattacaagtgaactttaaactaacgaaaattcaagtgacataacatctctatctttacagGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGGTGAAGTTTAAATCGCAGTTCCAGCTGTACATTTAAGACTGACAAAATATTAAATAGTTGACATGATTTTACCGATAAT
GTTTGCATCTTTTTTATCATTCTTTTGCAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCA
AAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGC
CTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGG
AAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCTTAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAG
CCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACACGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATACAAATATGAAAACCAG
Intron 6 GTAAAATTGC ... TTCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.68 | 26 | 3 | 3.3 |
| A2 | 5.55 | 34.2 | 8 | 2 |
| A3 | 30.29 | 38.4 | 5 | 16.9 |
| A4 | 25.34 | 30 | 5 | 11 |
| A5 | 0 | 6.9 | 0 | 0 |
| A6 | 8.25 | 78.7 | 2 | 9.1 |
| A7 | 7.6 | 75.1 | 2 | 7.6 |
| A8 | 10.51 | 82.9 | 7 | 10.4 |
| A9 | 10.61 | 86.8 | 0 | 14.1 |
| A10 | 9.7 | 75.3 | 3 | 11.3 |
>TRINITY_DN120975_c0_g2_i9 from sample A3 / Example spliced isoformATAATAATTAAAAGCGTCATTATTAAGTTTCTGTTCCTGATTTAAAGGTGCCAGCAAGAAGGAAAAGATAAAATTGGTTATCTATTTTTGGGAAAAAACGGTCTTTTGCTAAAAAGATGGCAATCTCGCCTTATCCATCAGCCTTGGAAGATTTCCTGCAGCTGTCGAAGATTATGAGGATATAAAGATCAGTTGAAGAT
AAAGTTTTGACCATTAGAATAGGATCTTTTCCTAGTTTATTGTAATATGTTTTCGACTGCCTATTTTTAGTAAATCAGATCCAGTTTCTTAGGATCTGGAACTGTCTTGTAAAGGCTATAAAGCCTAAAACTTCAGAAGAGGTAGGAGGGTTCGATTTTGAGTTCTACACTGTACTGCGATTGTGACAGAGACCCTTTCT
ATAATCTATTCAGCCTACAAGCTTCTTTCATTGTTATTGTCAGATCTTCTCTTCTATTTCTGTTCTATGCTTATGAATTGAATTCTGTTCTTTATCTATGTTTACATAATCCACGGGTGACTGTCATCTTACCTACTGATTAGTGAGCAAAGGATCATAAGTAATCATACTAGTTTGTTGGCCCATCATATGTATTGTTT
TATATATATGTTCTGGTTAATTGATTAGTTTCTTTATTCATTTGATACACTACCTATCTGATGATAGCTCTTGAAGGCCTTGTACTGTTTGAATATCCTTAGACAGTCTTGAGTATACAATCCAGTGAGTTAGATATTCATTTTGATCCAATCACATAACCATTATTGAGATCATAGTTAAGTTACCAGGCATCTTCGAA
CTACAACCTAAGAAGATTACAATAGTTACAATTGTATATGGTTTTTTTGTACACCTGTTAACTTATGCTTTTTGACAGATTACTGTAAAAAGAATACCTTCGGTTAACTGTTTTCAATTAAATCTTTTTTTGGAACAGATAGTATAGTATTTTTTGAGATATTCTACACCGCAAAGGAATTATAGTCCTCGACGTATGCA
TGTACTAGAAAAAATTAACTTTGATTCCTATGAACAACAAGTTAATGGCTTTTCTTTTAGGAATATTAAGTCTACATAAGTTACGTTGTAATTCATTGATTTTTTTCCAAATTCTAGCAATTTAAGTCATTTTAAAATGGGCAAAAAGTACCAAAACAAAGTTTTATGGTTTGCATGAAAGTAAAACTATGATTTCCATC
AAAATTTCTAATAAATTTAGAGGAAAATTTTCATAAAAAAATGAATCAATTTATCCACTTAACTTACTCCTTTCTAATATGCTTTTCATCAATAAATAATATTAATATGCTAAAAAAGACCCCAATTCTCAAATCAAATCAATATTAACATAGTTAGCCTAATGGTTAAGATTATGTATTTTCTCAATTCAAATCCAAAA
AGGCTTGGGTATTACACCTTTGTAGATTATTTTTAAAACAAATTTGATGTTTGGATTCACCTTATTATAGTATAAATTCCTATATGCAAGAAACCCGATGGACCACCTGCTCTGGAACTTCAAGTCTACCACTCCAGGCCAGATCATAGTTATGAACAGAATCCAGCTAATTACGCCGTAAGGCGTTTCTCTAAGTGGGA
GCGACTCCCCGAATTTTGATTTTTTTCGTTCTCAGCCATCAGACCTTTTCGCTGACGATCGGGACTGGCTGAACCGTATATTCAACGGCGAAGCTTCAAGCTTGTGATTAAGCAATCCCGAAGAGCTTTATATTCTTTGCTTTTTCTTGATATTTTTCGTTCTTGCTACTCTGAGAGGCCTCTACGCTGCACCGCCTGCA
ACTAAGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCC
TCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGGTGAGAAATATCTTAATAAGGCCTTTATAGGCAGA
CTTAAACTTTAGATTGTTGGTTTTTCATCTCTTATACATACCTCTTATACCTTTTGCTTCTTTCATTTCAGAGGGATATTTCTTTACTTTGATCTTATATAGGCCTCAGGTTGACAGTCAGGGAATGCATTGAAAATGTTTTCTAATGTAGCATTGATTCTTTGGTTGATACAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTC
TTTGCAGGCATTTACTCTTTCTCATACCTTCTACATACAAATACTTAGTGACACTTCTTTAAACATCTGAGCATCTCAATCAACTTATATTTACATGGCACCTTTTAAATGTCTCGCTATCTCTGGAAAGAATATTGGGAAAGGTGCAAAGCAATGTAAAATTATCAAGTTATTAGATACAGAATCCATTTTTTTGAGAC
AGAAAACCTTATTGCTATTTGCTGTACATTTCTATCATTAGATGATGTAATAAGTTTCTTATAGCTATTTGATTATTAATATAATATTTCAATTATTAATTTGACCTTGGCAGGATGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCGTATATGC
GAAGCAACACATCACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGTGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCT
TTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGC
TGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACT
TCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCT
CTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCT
TTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTC
ATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGCCTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGAT
TATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGGAAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATG
CGACTTGGAATGCATAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAGCCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACGCGGGATTCTATTTGGATG
CTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATATAAATATGAAAACCAGACAACATACTTAGTGTAATGCTCTCAAGTTACCGAATTCTATGACTACAATCGACCAAGATGGATTCTAAAATTATGAGAATTTTAAGATG
GAATCTAATCTATGAGTACTATTAAGCAAA
>TRINITY_DN120975_c0_g2_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:ATAATAATTAAAAGCGTCATTATTAAGTTTCTGTTCCTGATTTAAAGGTGCCAGCAAGAAGGAAAAGATAAAATTGGTTATCTATTTTTGGGAAAAAACGGTCTTTTGCTAAAAAGATGGCAATCTCGCCTTATCCATCAGCCTTGGAAGATTTCCTGCAGCTGTCGAAGATTATGAGGATATAAAGATCAGTTGAAGAT
AAAGTTTTGACCATTAGAATAGGATCTTTTCCTAGTTTATTGTAATATGTTTTCGACTGCCTATTTTTAGTAAATCAGATCCAGTTTCTTAGGATCTGGAACTGTCTTGTAAAGGCTATAAAGCCTAAAACTTCAGAAGAGGTAGGAGGGTTCGATTTTGAGTTCTACACTGTACTGCGATTGTGACAGAGACCCTTTCT
ATAATCTATTCAGCCTACAAGCTTCTTTCATTGTTATTGTCAGATCTTCTCTTCTATTTCTGTTCTATGCTTATGAATTGAATTCTGTTCTTTATCTATGTTTACATAATCCACGGGTGACTGTCATCTTACCTACTGATTAGTGAGCAAAGGATCATAAGTAATCATACTAGTTTGTTGGCCCATCATATGTATTGTTT
TATATATATGTTCTGGTTAATTGATTAGTTTCTTTATTCATTTGATACACTACCTATCTGATGATAGCTCTTGAAGGCCTTGTACTGTTTGAATATCCTTAGACAGTCTTGAGTATACAATCCAGTGAGTTAGATATTCATTTTGATCCAATCACATAACCATTATTGAGATCATAGTTAAGTTACCAGGCATCTTCGAA
CTACAACCTAAGAAGATTACAATAGTTACAATTGTATATGGTTTTTTTGTACACCTGTTAACTTATGCTTTTTGACAGATTACTGTAAAAAGAATACCTTCGGTTAACTGTTTTCAATTAAATCTTTTTTTGGAACAGATAGTATAGTATTTTTTGAGATATTCTACACCGCAAAGGAATTATAGTCCTCGACGTATGCA
TGTACTAGAAAAAATTAACTTTGATTCCTATGAACAACAAGTTAATGGCTTTTCTTTTAGGAATATTAAGTCTACATAAGTTACGTTGTAATTCATTGATTTTTTTCCAAATTCTAGCAATTTAAGTCATTTTAAAATGGGCAAAAAGTACCAAAACAAAGTTTTATGGTTTGCATGAAAGTAAAACTATGATTTCCATC
AAAATTTCTAATAAATTTAGAGGAAAATTTTCATAAAAAAATGAATCAATTTATCCACTTAACTTACTCCTTTCTAATATGCTTTTCATCAATAAATAATATTAATATGCTAAAAAAGACCCCAATTCTCAAATCAAATCAATATTAACATAGTTAGCCTAATGGTTAAGATTATGTATTTTCTCAATTCAAATCCAAAA
AGGCTTGGGTATTACACCTTTGTAGATTATTTTTAAAACAAATTTGATGTTTGGATTCACCTTATTATAGTATAAATTCCTATATGCAAGAAACCCGATGGACCACCTGCTCTGGAACTTCAAGTCTACCACTCCAGGCCAGATCATAGTTATGAACAGAATCCAGCTAATTACGCCGTAAGGCGTTTCTCTAAGTGGGA
GCGACTCCCCGAATTTTGATTTTTTTCGTTCTCAGCCATCAGACCTTTTCGCTGACGATCGGGACTGGCTGAACCGTATATTCAACGGCGAAGCTTCAAGCTTGTGATTAAGCAATCCCGAAGAGCTTTATATTCTTTGCTTTTTCTTGATATTTTTCGTTCTTGCTACTCTGAGAGGCCTCTACGCTGCACCGCCTGCA
ACTAAGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCC
TCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGTT
TTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCGTATATGCGAAGCAACACATCACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGTGTGGGTGCA
TCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCA
ATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGA
AAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTC
ATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTAAGTGATTGCATATATCTAACCTTCAATTTTCTTCTCTTTAATGCAAATATTGGTGCCTGTTTAGAAGCAAGAAATGTGTCTTGTCAGAATTCTTGAAAGGCATAGAAGATGATGGAGGTAACTCTTTGTGCTTTCTTTTACATCGAGAGGATGCA
ACTTAAAACCTCTTTTAACTTTGACAACTAAATAGGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGgtaaaattgcaccatctcaataagggtgtattcactctgacttttattttctcatgatctgcaagagtacttttaattatatacaattctaactttttacttaattc
ttgattttttctttcagagaaaagctctttgcttttcgatatatttgcatctagcattttctgaaacctcaaattttttctgtgcagGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTT
GCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCA
AAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGC
CTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGG
AAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCATAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAG
CCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACGCGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATATAAATATGAAAACCAGACAACATACTTAGTGTAATGCTCTCA
AGTTACCGAATTCTATGACTACAATCGACCAAGATGGATTCTAAAATTATGAGAATTTTAAGATGGAATCTAATCTATGAGTACTATTAAGCAAA
Intron 7 GTGAAGTTTA ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.87 | 63.7 | 5.5 | 21 |
| A2 | 26.04 | 39.8 | 6.9 | 14 |
| A3 | 17.31 | 62.2 | 1.6 | 13 |
| A4 | 12.59 | 62.8 | 4.4 | 9 |
| A5 | 19.34 | 20.9 | 0 | 5 |
| A6 | 11.42 | 246.6 | 4.7 | 31.6 |
| A7 | 12.59 | 208.6 | 2.6 | 30 |
| A8 | 16.79 | 256.5 | 8.9 | 51.6 |
| A9 | 13.63 | 222 | 4.4 | 35 |
| A10 | 12.95 | 159.2 | 0.8 | 23.6 |
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i22 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATA
CTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAAT
GATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATA
CAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGG
TTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCT
GAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGG
CCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAAT
TCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGCCTGTAAATTGGAT
GCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGGAAAGTATTTCATA
ATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCTTAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAGCCACATGTACTGG
TCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACACGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATACAAATATGAAAACCAG
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGAGGTTTTCAACACTGGTTAATATTATAAAGTTGACCTTTAATGCTTCATTTATAAGTATGCTATTTACTATAAGGGAATTTTTTTGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGGTGAGAAATATCTTAATAAGGCCTTTATAGGCAGACTTAAACTTTAGA
TTGTTGGTTTTTCATCTCTTATACATACCTCTTATACCTTTTGCTTCTTTCATTTCAGAGGGATATTTCTTTACTTTGATCTTATATAGGCCTCAGGTTGACAGTCAGGGAATGCATTGAAAATGTTTTCTAATGTAGCATTGATTCTTTGGTTGATACAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGGCATTT
ACTCTTTCTCATACCTTCTACATACAAATACTTAGTGACACTTCTTTAAACATCTGAGCATCTCAATCAACTTATATTTACATGGCACCTTTTAAATGTCTCGCTATCTCTGGAAAGAATATTGGGAAAGGTGCAAAGCAATGTAAAATTATCAAGTTATTAGATACAGAATCCATTTTTTTGAGACAGAAAACCTTATT
GCTATTTGCTGTACATTTCTATCATTAGATGATGTAATAAGTTTCTTATAGCTATTTGATTATTAATATAATATTTCAATTATTAATTTGACCTTGGCAGGATGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCATATATGCGAAGCAACACATC
ACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGA
TGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCA
TTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGAT
TTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTAAGTGATTGCATATATCTAACCTTCAATTTTCTTCTCTTTAATGCAA
ATATTGGTGCCTGTTTAGAAGCACGAAATGTGTCTTGTCAGAATTCTTGAAAGGCATAGAAGATGATGGAGGTAACTCTTTGTGCTTTCTTTTACATTGAGAGGATGCAACTTAAAACCTCTTTTAACTTTGACAACTAAATAGGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGC
AGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAAATATGTGTATGCTTTATAAAATTTGCCTTGATATGTAACTACGAATGGTCACCTTGTTCCGGTTGTCGCATGCTTTGGAAGAAT
GTTTTCTCTCATGTGATGGCTTGTATTTCTATTTAAAGTTGAGCTAGTATGATCTGCGATAAGAACAAATCCACATTTATGTTTAGTTGATATCAAAATATTACGACTGCTTTTTGCGACATGCATTATTTCTTTTAAATATGTACATCTGCTAGATAAAAATATGCTGCTACAAAGACTACTAATTTTAGGATTGCATG
CATTATTACAAGTGAACTTTAAACTAACGAAAATTCAAGTGACATAACATCTCTATCTTTACAGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGgtgaagtttaaatcgcagttccagctgtacatttaagactgacaaaatattaaatagttgacatgattttaccgataat
gtttgcatcttttttatcattcttttgcagCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCA
AAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGC
CTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGG
AAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCTTAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAG
CCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACACGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATACAAATATGAAAACCAG
Intron 8 GTCTCTCTCT ... ATCTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.73 | 51 | 8 | 22 |
| A2 | 42.42 | 19 | 9 | 19 |
| A3 | 23.44 | 49 | 11 | 19 |
| A4 | 24.64 | 52 | 16 | 18 |
| A5 | 30.77 | 9 | 2 | 6 |
| A6 | 21.29 | 183 | 24 | 75 |
| A7 | 25.65 | 129 | 31 | 58 |
| A8 | 25.56 | 166 | 30 | 84 |
| A9 | 22 | 156 | 18 | 70 |
| A10 | 21.76 | 133 | 16 | 58 |
>TRINITY_DN44817_c3_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoformTTTGGCTTTATAGTATAAATTCCTATATGCAAGAAACCCGATGGACCACCTGCTCTGGAACTTCAAGTCTACCACTCCAGGCCAGATCATAGTTATGAACAGAATCCAGCTAATTACGCCGTAAGGCGTTTCTCTAAGTGGGAGCGACTCCCCGAATTTTGATTTTTTTGGTTCTCAGCCATCAGACCTTTTCGCTGACG
ATCGGGACTGGCTGAACCGTATATTCAACGGCGAAGCTTCAAGCTTGTGATTAAGCAATCCCGAAGAGCTTTATATTCTTTGCTTTTTCTTGATATTTTTCGTTCTTGCTACTCTGAGAGGCCTCTACGCTGCACCGCCTGCAACTAAGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCC
CAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATT
GGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAG
CTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAA
GCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTA
CTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTT
CTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATG
CTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGC
TCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGCCTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAG
ATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGGAAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTA
TGCGACTTGGAATGCATAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAGCCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACGCGGGATTCTATTTGGA
TGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATATAAATATGAAAACCAGACAACATACTTAGTGTAATGCTCTCAAGTTACCGAATTCTATGACTACAATCGACCAAGATGGATTCTAAAATTATGAGAATTTTAAGA
TGGAATCTAAT
>TRINITY_DN44817_c3_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTAACCTTCAATTTTCTTCTCTTTAATGCAAATATTGGTGCCTGTTTAGAAGCACGAAATGTGTCTTGTCAGAATTCTTGAAAGGCATAGAAGATGATGGAGGTAACTCTTTGTGCTTTCTTTTACATCGAGAGGATGCAACTTAAAACCTCTTTTAACTTTGACAACTAAATAGGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCG
GCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGgtctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctccaaatatgtgtgtatgctttataaaatttgccttga
tatgtaactacgaatggtcaccttgttccggttgtcgcatgctttggaagaatgttttctctcatgtgatggcttgtatttctatttaaagttgagctagtatgatctgcgataagaacaaatccacatttatgtttagttgatatcaaaatattacgactgctttttgcgacatgcattatttcttttaaatatgtaca
tctgctagataaaaatatgctgctacaaagactactaattttaggattgcatgcattattacaagtgaactttaaactaacgaaaattcaagtgacataacatctctatctttacagGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGG
CACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTG
GAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGCCTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAA
TAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGGAAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCG
CTCTGTATGCGACTTGGAATGCATAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAGCCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACGCGGGATTCT
ATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATATAAATATGAAAACCAGACAACATACTTAGTGTAATGCTCTCAAGTTACCGAATTCTATGACTACAATCGACCAAGATGGATTCTAAAATTATGAGAAT
TTTAAGATGGAATCTAAT
Intron 9 GCATTTACTC ... GTGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.19 | 18 | 24.3 | 23 |
| A2 | 46.11 | 17 | 15.3 | 14 |
| A3 | 30.4 | 38 | 8.3 | 25 |
| A4 | 38.54 | 30 | 14.7 | 23 |
| A5 | 38.89 | 7 | 5 | 4 |
| A6 | 27.12 | 34 | 6.3 | 19 |
| A7 | 32.6 | 41 | 6.7 | 33 |
| A8 | 45.06 | 26 | 15 | 28 |
| A9 | 31.11 | 38 | 12.3 | 22 |
| A10 | 38.68 | 38 | 10 | 38 |
>TRINITY_DN44670_c1_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformCTATATGCAAGAAACCCGATGGACCACCTGCTCTGGAACTTCAAGTCTACCACTCCAGGCCAGATCATAGTTATGAACAGAATCCAGCTAATTACGCCGTAAGGCGTTTCTCTAAGTGGGAGCGACTCCCCGAATTTTGATTTTTTTGGTTCTCAGCCATCAGACCTTTTCGCTGACGATCGGGACTGGCTGAACCGTAT
ATTCAACGGCGAAGCTTCAAGCTTGTGATTAAGCAATCCCGAAGAGCTTTATATTCTTTGCTTTTTCTTGATATTTTTCGTTCTTGCTACTCTGAGAGGCCTCTACGCTGCACCGCCTGCAACTAAGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGC
TACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAG
CAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCGTATATGCGAAGCAACACATCACTGAATT
TGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACT
CATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTT
CTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACT
TTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCA
GGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCG
GAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAG
GCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGCCTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGT
TGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGGAAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCATAGGATT
CAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAGCCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACGCGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTAT
TAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATATAAATATGAAAACCAGACAACATACTTAGTGTAATGCTCTCAAGTTACCGAATTCTATGACTACAATCGACCAAGATGGATTCTAAAATTATGAGAATTTTAAGATGGAATCTAATCTATGAGTACTA
TTAAGCAAGATGGATTCTAATATTGTTAGATTTTTAAGAAGGATTCTAGTATTGTTCCAAA
>TRINITY_DN44670_c1_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:TTAGGGAAAAACTCGCGACTTTTTAAAAAGTCGCCGATTTTTCGGCGAGGTTTTCAACACTGGTTAATATTATAAAGTTGACCTTTAATGCTTCATTTATAAGTATGCTATTTACTATAAGGGAATTTTTTTGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGGTG
AGAAATATCTTAATAAGGCCTTTATAGGCAGACTTAAACTTTAGATTGTTGGTTTTTCATCTCTTATACATACCTCTTATACCTTTTGCTTCTTTCATTTCAGAGGGATATTTCTTTACTTTGATCTTATATAGGCCTCAGGTTGACAGTCAGGGAATGCATTGAAAATGTTTTCTAATGTAGCATTGATTCTTTGGTTG
ATACAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGgcatttactctttctcataccttctacatacaaatacttagtgacacttctttaaacatctgagcatctcaatcaacttatatttacatggcaccttttaaatgtctcgctatctctggaaagaatattgggaaaggtgcaaagcaatgtaaaattatcaa
gttattagatacagaatccatttttttgagacagaaaaccttattgctatttgctgtacatttctatcattagatgatgtaataagtttcttatagctatttgattattaatataatatttcaattattaatttgaccttggcaggatgcagttttgtttttgtgtttgcagATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAG
AATTGGACATGTTCTTCATCTATCGTATATGCGAAGCAACACATCACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATG
GAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACC
CATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGA
TCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTTG
GTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTG
ATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCC
TATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGCCTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACA
CTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGGAAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATAT
TGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCATAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAGCCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCC
AATGAGGACCAACGCGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATATAAATATGAAAACCAGACAACATACTTAGTGTAATGCTCTCAAGTTACCGAATTCTATGACTACAATCGACCAAG
ATGGATTCTAAAATTATGAGAATTTTAAGATGGAATCTAATCTATGAGTACTATTAAGCAAGATGGATTCTAATATTGTTAGATTTTTAAGAAGGATTCTAGTATTGTTCCAAA
Intron 10 GTGAGTGTAA ... TATGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.41 | 36 | 0 | 15 |
| A2 | 31.71 | 28 | 0 | 13 |
| A3 | 15.38 | 33 | 2 | 6 |
| A4 | 29.82 | 40 | 1 | 17 |
| A5 | 12 | 22 | 0 | 3 |
| A6 | 18.66 | 109 | 0 | 25 |
| A7 | 14.73 | 110 | 0 | 19 |
| A8 | 17.71 | 158 | 0 | 34 |
| A9 | 17.83 | 106 | 0 | 23 |
| A10 | 12.77 | 82 | 0 | 12 |
>TRINITY_DN117042_c8_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoformTTAGCTAGCTTGGATTTTAAATAATTAGAATTTTCTAATCCTTCGTGCATGATTTTTTATTCCGATAATTGGCTTTATGTTCTAAGTTTTTCGATATTTTATACATTGGCATTCACTTTATGTAAGCAAAGAAAGTTGAATCGTGCATACATTGAAACAAATACATCATGTAGTTTGCTCTGTTAACATAATCTGTTTTT
CCTCCGTCTTCTTCAATTCCAGGTCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTA
ATTATGGCTGGACTTCCTCAAATACTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGGTGAGAAATATCTTAATA
AGGCCTTTATAGGCAGACTTAAACTTTAGATTGTTGGTTTTTCATCTCTTATACATACCTCTTATACCTTTTGCTTCTTTCATTTCAGAGGGATATTTCTTTACTTTGATCTTATATAGGCCTCAGGTTGACAGTCAGGGAATGCATTGAAAATGTTTTCTAATGTAGCATTGATTCTTTGGTTGATACAGAACAGGGGG
ACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGGCATTTACTCTTTCTCATACCTTCTACATACAAATACTTAGTGACACTTCTTTAAACATCTGAGCATCTCAATCAACTTATATTTACATGGCACCTTTTAAATGTCTCGCTATCTCTGGAAAGAATATTGGGAAAGGTGCAAAGCAATGTAAAATTATCAAGTTATTAGATACAGA
ATCCATTTTTTTGAGACAGAAAACCTTATTGCTATTTGCTGTACATTTCTATCATTAGATGATGTAATAAGTTTCTTATAGCTATTTGATTATTAATATAATATTTCAATTATTAATTTGACCTTGGCAGGATGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCT
TCATCTATCGTATATGCGAAGCAACACATCACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGTGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCA
TCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGA
GCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTT
AGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTT
ACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAA
AGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTT
CATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGA
>TRINITY_DN117042_c8_g2_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:TCCAAATTTAGGTGTCTTTTGgtgagtgtaaaagtgtcttttgttgatcgtaatttttttagttccattcgagagttccaatgttacccttgttattgaactgcattatatttcaactgaacactacattatgttgcagGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCA
AATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTGTAAGTGATTGCATATATCTAACCTTCAATTTTCTTCTCTTTAATGCAAATATTGGTGCCTGTTTAGAAGCACGAAATGTGTCTTGTCAGAA
TTCTTGAAAGGCATAGAAGATGATGGAGGTAACTCTTTGTGCTTTCTTTTACATTGAGAGGATGCAACTTAAAACCTCTTTTAACTTTGACAACTAAATAGGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGG
ATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTC
CTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGA
Intron 11 GTAAGTGATT ... AACTAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 43.84 | 41 | 32 | 14.3 |
| A2 | 16.28 | 36 | 7 | 14.3 |
| A3 | 28.26 | 33 | 13 | 13.6 |
| A4 | 29.17 | 17 | 7 | 4.8 |
| A5 | 29.41 | 12 | 5 | 2.7 |
| A6 | 31.03 | 80 | 36 | 13.3 |
| A7 | 30.1 | 72 | 31 | 12.1 |
| A8 | 30.53 | 91 | 40 | 22.7 |
| A9 | 19.54 | 70 | 17 | 13.5 |
| A10 | 26.97 | 65 | 24 | 18 |
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i22 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCTTCAACTCGAGCTTTCCCTTCAATACGGTGTTCTTTTATTGCACCCCAAAGTGCAATTGCTAGTTAGCTACAAGTGACTGAAATCACAACAATGGCAGATATGGTGACGGAGGGGAGATGGAGATGGTTTTGGCCAGCCATGGCCATAGCTCTCAGCCTTCGTCTTCTATTAATTATGGCTGGACTTCCTCAAATA
CTCGTCGCCCGCCCTGAAGTAGCGACCCCGCTCACCAGCCTCCGCAGATTGGCGGAGGGGCAATGGTTGAAGCAGTTATCCATGTCTCCTTATGCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAAT
GATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGATGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATA
CAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCATTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGG
TTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGATTTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCT
GAAATCTTATCCTTCTGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGCAGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGG
CCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAGTGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAAT
TCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAATTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGCCTGTAAATTGGAT
GCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGGTGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGGAAAGTATTTCATA
ATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCTTAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATCTCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAGCCACATGTACTGG
TCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACACGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGATTTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATACAAATATGAAAACCAG
>TRINITY_DN128537_c3_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGAGGTTTTCAACACTGGTTAATATTATAAAGTTGACCTTTAATGCTTCATTTATAAGTATGCTATTTACTATAAGGGAATTTTTTTGCAGGATCTATGTACCATGGTTCACCTTTACTACTTGCAGTCCTTGGGCCATTTACAGTCAGTAGGTGAGAAATATCTTAATAAGGCCTTTATAGGCAGACTTAAACTTTAGA
TTGTTGGTTTTTCATCTCTTATACATACCTCTTATACCTTTTGCTTCTTTCATTTCAGAGGGATATTTCTTTACTTTGATCTTATATAGGCCTCAGGTTGACAGTCAGGGAATGCATTGAAAATGTTTTCTAATGTAGCATTGATTCTTTGGTTGATACAGAACAGGGGGACAAACAAAGGAGCTTCTTTGCAGGCATTT
ACTCTTTCTCATACCTTCTACATACAAATACTTAGTGACACTTCTTTAAACATCTGAGCATCTCAATCAACTTATATTTACATGGCACCTTTTAAATGTCTCGCTATCTCTGGAAAGAATATTGGGAAAGGTGCAAAGCAATGTAAAATTATCAAGTTATTAGATACAGAATCCATTTTTTTGAGACAGAAAACCTTATT
GCTATTTGCTGTACATTTCTATCATTAGATGATGTAATAAGTTTCTTATAGCTATTTGATTATTAATATAATATTTCAATTATTAATTTGACCTTGGCAGGATGCAGTTTTGTTTTTGTGTTTGCAGATTTTTTGGCAGCTCTGCTATTGCACAGAATTGGACATGTTCTTCATCTATCATATATGCGAAGCAACACATC
ACTGAATTTGTTGAAGTCTTTACAAATTCCAGGAAATTTAGGAGCTAGAGATGTTGCAGCACTTGTATATTTATGGAATCCTTTGGCGATTGCTAGCTGCGTGGGTGCATCGATGTCATCTATAGAAAATCTAATGATTCTTTTGGCCATTTATGGAGCATCTACACGCATCATTCCATTGGCAGCTTTTGGATGGGTGA
TGGCAACTCATTTAGCCCTTTATCCTGCAATATTAATCATTCCGGTCGTATTTCTTTTAGGCTATGGTCCCGATACTCCTCCAAGAAAGTTGTTTAGAGATGCAAAGCAATCTGGTGATTCTGGTCTGGACAATACAGATCCTGCGAAGCAGACCCATGGAAAGGATGGAGCTAAAGATATTCAAGCTGAAGGATATCCA
TTTCATTTCTTGTGGCGACCTGTAACAAGTTTTATTGTTTGGTCTGCAATCTGGTGGCTATATATTTTAGGACTATGCAGTATTTCCCTTAAGCATTATGGCGGCTTGAAAGAAATGTTTAAAGAGACATATGGGTTCATCTTAACTGTTGAAGATCTGTCTCCAAATTTAGGTGTCTTTTGGTACTTCTTCACAGAGAT
TTTTGACTTTTTCAGAGTTTTCTTCCTTCTGGTCTTCCATGCAAATATTTTGTTCATGATACTACCATTGACAATACGCCTCAACCATCGCCCATGTTTTCTTGCCTTCATCTTTGTTGCCATCACGGCAATGCTGAAATCTTATCCTTCTgtaagtgattgcatatatctaaccttcaattttcttctctttaatgcaa
atattggtgcctgtttagaagcacgaaatgtgtcttgtcagaattcttgaaaggcatagaagatgatggaggtaactctttgtgctttcttttacattgagaggatgcaacttaaaacctcttttaactttgacaactaaatagGTTGGTGACTCTGCACTTTACCTCGGCCTCGGTTCTCTATTCATGAATGAACTTGC
AGGGATGCGTTTTTCATTCTTCCTTTTGAATGGATTTACCGGGATTGTTCTTTTGAGTCCAGTCATGTACAACCTTTGGATTTGGAGGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAAATATGTGTATGCTTTATAAAATTTGCCTTGATATGTAACTACGAATGGTCACCTTGTTCCGGTTGTCGCATGCTTTGGAAGAAT
GTTTTCTCTCATGTGATGGCTTGTATTTCTATTTAAAGTTGAGCTAGTATGATCTGCGATAAGAACAAATCCACATTTATGTTTAGTTGATATCAAAATATTACGACTGCTTTTTGCGACATGCATTATTTCTTTTAAATATGTACATCTGCTAGATAAAAATATGCTGCTACAAAGACTACTAATTTTAGGATTGCATG
CATTATTACAAGTGAACTTTAAACTAACGAAAATTCAAGTGACATAACATCTCTATCTTTACAGGGAACTGGAAATGCAAACTTTTATTTTGCTACTGCTTTGGCCTACGCCTGTTTTGAGCTGATTTTGATCGTAGAAAGTGTTGGCACAATGCTTTGCCATGATAGATCTCTTCGGAAGCTACTTACTCTAAATAGAG
TGCATCAAACGGGTGATTCCTGAAAGGAAATTACAGGTTCTTGTTTAGAAGAGCTTTGTTTTGGGATTTCCACCACAATTTTCTCTCTTCAAAGGCAATTCAATTCTTGGGGGAGCTTTGGTCCTATCCTTAGCTATTTCATTTTTGGAAATGCTCATATTTATTGTGCATTCAAAGGCAATTGCTAATTTCCTTGGGAA
TTGTTTTCTGATGTAGTTACATTCTTATCGAAAGGATTTGAAAAGTGTTTCAGAATCTCTCTTTCGATCTGAAAGCGTGTTATGCATGTGCCTGTAAATTGGATGCCACTTGGTTGAACAAACACTGACCGGGGTTTTCTTAGTGAATAGCAAGATTATTTCTATCTTGATATTTGTTGTCATTGTTCATCATGTTTTGG
TGATAAAGTAAGACTATAGATGCTCAAGAATGGTCAAATATGACAGGCTCATAAATTATGAGACTAAACATCCTCTGGCATCCAAAAAAGGAAAGTATTTCATAATGCTTTCTAATCCCAATATTGAAGATTTTGGATAAATCTGCGCTCTGTATGCGACTTGGAATGCTTAGGATTCAATACACATCTGAACACCTATC
TCAAACTCCTGAGCTTAGGAGCTTTATTTTACCATGCACGGGATTTAGTAAATTGTATTTTTTATGCAGTCAAGGCACATTGGTGATGTAGCCACATGTACTGGTCCTTTTTCCCAAAAATCCCAATGAGGACCAACACGGGATTCTATTTGGATGCTAATTTTGACTCTATGTTATTAGTTATATGCAGTGAGACTGAT
TTTTAACATGGTGTATTCTATCACCTTGTAAATGAAAATGGTTAGCATACAAATATGAAAACCAG