sp|Q6XAT2|ERL2_ARATH ----> LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL2


Intron 1 GTAAGTTCCT ... TCGTATACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A114.292736
A224.532067
A34.483221
A41.333710
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A68.331120
A74.174622
A843612
A93.83812
A1002000



>TRINITY_DN106007_c1_g2_i12 from sample A5 / Example spliced isoform
CTCCTTTTAAAATTATAACTGAAAATATAATTTCTCTAAGGGTAGTTCTTACCATTTGCTTGGTCTGTGTGATTGGATGTGAATTTTTAGGGACCTATCCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTG
CAGAACTAGGAAACTTGAGAAGTATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTCCTATTCCTCGAGAACTTGGACAGCTACAGAATTTGGTTTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGATACCATGGCAGTTGACCAACTGCTTTAGCCTTACTACCCTAAATCTCTCCTGCAACAATTTG
TCAGGGAATATTCCTGACTTGAAGAACTTTACAAGGTTTACCCCAGAAAGCTTTTTCGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTTATTGGAAAGGATCACTTTGTGGAATATACTCGAAACAAACAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCT
CTTCCATTCAAATCACCCG


>TRINITY_DN106007_c1_g2_i6 from sample A5 / Example unspliced isoform:
GTCTTATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTT
GATTGGAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAA
GGTCATTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCA
AATGGTCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGAT
TATGGACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATT
GTACAAGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCC
ATCCTAGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGA
GGGTCCGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGGACCTAT
CCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGTATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTCCTATTCCTCGAGAACTTGGACAGCTACAGAATTTG
GTTTCACTgtaagttccttggaatgatccctaaaatacaatttattaataggttcacatgaatataactctgtagatggatcgtatacagGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGATACCATGGCAGTTGACCAACTGCTTTAGCCTTACTACCCTAAATCTCTCCTGCAACAATTTGTCAGGGAATATTCCTG
ACTTGAAGAACTTTACAAGGTTTACCCCAGAAAGCTTTTTCGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTTATTGGAAAGGATCACTTTGTGGAATATACTCGAAACAAACAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCTCTTCCATTCAAATCAC
CCG




Intron 2 GTAAGTCACA ... TGTCATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A60200
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A1008.300



>TRINITY_DN131461_c2_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTTGATTG
GAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCA
TTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGG
TCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGG
ACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACA
AGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCCATCCT
AGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAACATGACAAAGCTGAGCTACCTGCAACTAAATGACAATCAACTTACAGGGCAGATTCCACCTGAGCTGGGGAAGTTGGAACAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCACCTTGAAGGTC
CAATCCCAGAGAACATTAGTTCATGCGCTGCTCTTAATTACTTCAATGTGCATGGTAACCGCTTGAATGGAACAATTCCTCTGGAATTCCGTAAACTTGACAGCTTAACTTATTTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAAGGGAGCAATTCCCATAGAGCTGGGATATATTATAAATCTAGACACACTGGACCTCTCTAAA
AATGATATTTCTGGACCTATTCCGGGATCTGTTGGGGATTTGGAACATCTTTTAAAATTGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAACATCTTTTAAAATTGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAAACCTGAGAAGCATCGGGGATATAGACC
TTTCTGCTAACCGATTATCGGGTACTATTCCTCAAGAACTTGGACAGCTACAGAACTTGGTCTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGGTGCCATTTCAGTTGACCAACTGCTTCAGCCTTGCTACACTAAATCTCTCGTACAACAATTTATCCGGGAATATTCCTGCCGTAAAGAACTTTACAAGATTC
ACCCCAGAAAGCTTTTTAGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTGATTGGATTGGATCACTTTGTGGGATATACTCTAGACAATCAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATCGTTTGCATCTCATTGGGTTCAGTTTTATTAGTGTCTATGATTATTATAGCTCTCTACCGTTCAAATCAGCCTAAACCTTTCACCAAGGGGTC
AGCAAGCAAAACGGGTCAAGGTTCTCCGAGGCTGGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTCCACATGTATGATGACATAATGCGCATTACAGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTACAAATGTGTTCTTAAAAACTGTAAGCCAATTGCTATTAAAAGACTATACACGCACT
ACCCACAAAGCTTGCGGGAATTTGAGACCGAGTTAGGGACTGTTGGAAGTATCAAGCATCGGAATCTTGTCAGTTTGCATGGGATCTTCAAAGAAGATTAAGATAGACTGGAACACACGTCTAAGGATTGCTCTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTCCATCACGACTGTAACCCACGTATTATTCACAGAGATGT
AAAAACTTCCAA


>TRINITY_DN131461_c2_g1_i20 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTTGATTG
GAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCA
TTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGG
TCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGG
ACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTgtaagtcacaacacttgtatcttttggagtagatatagatttttttagagcattgatc
tttaaattgctgcatatcgataaacagtttcagtacattaagggttttacctggcagtagctcaaatattttgatatctgtcatgcag
TGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACAAGCTTTGAGATCTTGTATGTTTTCTGATTTTCCTAACTTTATAA




Intron 3 GTAAGTTTGT ... TTCGAGACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A610.71101.50
A72.0821.30.50
A832.95.83.51
A916.661.80.51
A1008.500



>TRINITY_DN131461_c2_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTTGATTG
GAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCA
TTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGG
TCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGG
ACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACA
AGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCCATCCT
AGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGAGGGTC
CGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGTGAGTTTTAGTT
ATTCTAGTGTCTTGGTTAAAGTTTCCAAGGTCTCCTTTTAAAATTATAACTGAAAATATAATTTCTCTAAGGGTAGTTCTTACCATTTGCTTGGTCTGTGTGATTGGATGTGAATTTTTAGGGACCTATCCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTG
AGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGT


>TRINITY_DN131461_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTTGATTG
GAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCA
TTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGG
TCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGG
ACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACA
AGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCCATCCT
AGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTgtaagtttgtgcctaaacctttttctaga
aagtcagtacaaaaacatcttcaaacctccttatactctagacattaatcatttgatctcttctggattcttgttgcaagtatttaacaatctgaggttgtattttttcgagacag
AAATCTTGCCAGAAATCAATTTGAGGGTCCGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTGTAAGTGGTATA
ATCTTCAAGCCAAGTGAGGAAATTGTGGAACACAATCTTGCATTGTCTAACAATATTGAGCTTCTGTCTTAACTTGTCCTTTGATGTGTAGCAATGTGCATGGCAACC




Intron 4 GTAAGTGGTA ... TGATGTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.661955.5
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>TRINITY_DN131461_c2_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTTGATTG
GAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCA
TTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGG
TCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGG
ACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACA
AGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCCATCCT
AGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGAGGGTC
CGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGTGAGTTTTAGTT
ATTCTAGTGTCTTGGTTAAAGTTTCCAAGGTCTCCTTTTAAAATTATAACTGAAAATATAATTTCTCTAAGGGTAGTTCTTACCATTTGCTTGGTCTGTGTGATTGGATGTGAATTTTTAGGGACCTATCCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTG
AGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGT


>TRINITY_DN131461_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTTGATTG
GAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCA
TTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGG
TCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGG
ACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACA
AGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCCATCCT
AGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTGTAAGTTTGTGCCTAAACCTTTTTCTAGA
AAGTCAGTACAAAAACATCTTCAAACCTCCTTATACTCTAGACATTAATCATTTGATCTCTTCTGGATTCTTGTTGCAAGTATTTAACAATCTGAGGTTGTATTTTTTCGAGACAGAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGAGGGTCCGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTgtaagtggtata
atcttcaagccaagtgaggaaattgtggaacacaatcttgcattgtctaacaatattgagcttctgtcttaacttgtcctttgatgtgtag
CAATGTGCATGGCAACC




Intron 5 GTAAGTCCTT ... TTCAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A102900
A26.673523
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A903300
A1003100



>TRINITY_DN106007_c1_g2_i2 from sample A5 / Example spliced isoform
GTCTTATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTT
GATTGGAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAA
GGTCATTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCA
AATGGTCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGAT
TATGGACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATT
GTACAAGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCC
ATCCTAGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAACATGACAAAGCTGAGCTACCTGCAACTAAATGACAATCAACTTACAGGGCAGATTCCACCTGAGCTGGGGAAGTTGGAACAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCACCTTGA
AGGTCCAATCCCAGAGAACATTAGTTCATGCGCTGCTCTTAATTACTTCAATGTGCATGGTAACCGCTTGAATGGAACAATTCCTCTGGAATTCCGTAAACTTGACAGCTTAACTTATTTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAAGGGAGCAATTCCCATAGAGCTGGGATATATTATAAATCTAGACACACTGGACCTCT
CTAAAAATGATATTTCTGGACCTATTCCGGGATCTGTTGGGGATTTGGAACATCTTTTAAAATTGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAAACCTGAGAAGCATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTACTATTCCTCAAGAACTTGGACAGCTACAGAACTTG
GTCTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGGTGCCATTTCAGTTGACCAACTGCTTCAGCCTTGCTACACTAAATCTCTCGTACAACAATTTATCCGGGAATATTCCTGCCGTAAAGAACTTTACAAGATTCACCCCAGAAAGCTTTTTAGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTGATTGGATTGGATCACTTTG
TGGGATATACTCTAGACAATCAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATCGTTTGCATCTCATTGGGTTCAGTTTTATTAGTGTCTATGATTATTATAGCTCTCTACCGTTCAAATCAGCCTAAACCTTTCACCAAGGGGTCAGCAAGCAAAACGGGTCAAGGTTCTCCGAGGCTGGTAATATTGCACATGGACATGGCCC
TCCACATGTATGATGACATAATGCGCATTACAGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTACAAATGTGTTCTTAAAAACTGTAAGCCAATTGCTATTAAAAGACTATACACGCACTACCCACAAAGCTTGCGGGAATTTGAGACCGAGTTAGGGACTGTTGGAAGTATCAAGCAT
CGGAATCTTGTCAGTTTGCATGGGTACTCTCTTTCTCCACATGGCAATTTGCTGTTCTACGACTATATGGTAAATGGAAGTTTGTGGGACATCTTACATGGATCTTCAAAGAAGATTAAGATAGACTGGAACACACGTCTAAGGATTGCTCTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTCCATCACGACTGTAACCCACG
TATTATTCACAGAGATGTAAAAACTTCCAATATTCTCTTAGATGACAATTTTGAAGCACATTTGTCAGACTTCGGCATTGCCAAGTGTATCCCCTCTGCAAAAACTCACACCTCTACCTATGTTATGGGTACCATTGGTTACATTGACCCTGAATATGCAAGGACATCGAGGCTTAATGAGAAGTCCGATGTGTACAGCT
ATGGCATTGTTCTTTTAGAGCTACTGACAGGGAGAAAAGCTGTGGATAACGACTCTAATTTGCTTCAGCTGATTCTATCAAAAGCAGACAACAATACAGTTATGGAAACTGTCGACCAACATGTAGCAGCAACCTGCACGGATCTTGGGGTTGTAAGAAAGATCTTCCAGCTTGCACTGCTTTGCACAAAGAGACAGCCT
TCTGACCGTCCCACCATGCATGAGGTTACTAGAGTTTTGCAGTCATTAGTACCAGCTTCTAAACAGACTCCGAGTATCCGAGTAAACCAACCAGCACCCAGCGACAACTACAGGAGATACTTGGATGAGTATGTGGAAGGCAATCACAGAGATGTTACAGGCAGCACGAGCAGCACTTCTGATGGGCATTTGTTTGTGAG
ATTTGGTGAG


>TRINITY_DN106007_c1_g2_i11 from sample A5 / Example unspliced isoform:
GCCGGGGGAACATCTTTTAAAATTGTAAGCTTTGTCTGTAGAAATCTTTTGAGAACAAATCAAGGTTTTATGGGTGAGAGTTATAATAACCATCATGGTCTCTATTGGATTGTGAATTCAAGGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAAACCTGAGAAGCATCGGGGATATgtaagt
cctttgcttaatttgtgtaatttgcaaagaattcttgttccttccacatctctatttagtgtacccatggccacttcaacaaaacagtaacatagtgcaacatcttttcaatgcag
AGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTACTATTCCTCAAGAACTTGGACAGCTACAGAACTTGGTCTCACTGATACTGAATAA
CAACAGTTTATCAGGGGAG




Intron 6 GTAAGATAAT ... TTGAATGCAG

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>TRINITY_DN131461_c2_g1_i18 from sample A1 / Example spliced isoform
TACCGAACCCGAACCGATCGACCAAAACGATTTGCAGACCGAGTTGATTCGGTTCCTTATCAAATCGGTAGATCAACCGATTACGAAACCAGTTTGGCCGATTTTTAAAACTTTGGTTGGAACAACTGTTCTAATTGAAAGTTTCTATCTATCCAACTTTCTAGAAAGTGTAGGTACATTGCACATTAATCATAGATCTA
TGCCAGAAATCACCTTGAAGGTCCAATCCCAGAGAACATTAGTTCATGCGCTGCTCTTAATTACTTCAATGTGCATGGTAACCGCTTGAATGGAACAATTCCTCTGGAATTCCGTAAACTTGACAGCTTAACTTATTTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAAGGGAGCAATTCCCATAGAGCTGGGATATATTATAAATC
TAGACACACTGGACCTCTCTAAAAATGATATTTCTGGACCTATTCCGGGATCTGTTGGGGATTTGGAACATCTTTTAAAATTGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAACATCTTTTAAAATTGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAAACCT
GAGAAGCATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTACTATTCCTCAAGAACTTGGACAGCTACAGAACTTGGTCTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGGTGCCATTTCAGTTGACCAACTGCTTCAGCCTTGCTACACTAAATCTCTCGTACAACAATTTATCCGGGAATATTCCTG
CCGTAAAGAACTTTACAAGATTCACCCCAGAAAGCTTTTTAGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTGATTGGATTGGATCACTTTGTGGGATATACTCTAGACAATCAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATCGTTTGCATCTCATTGGGTTCAGTTTTATTAGTGTCTATGATTATTATAGCTCTCTACCGTTCAAATCAG
CCTAAACCTTTCACCAAGGGGTCAGCAAGCAAAACGGGTCAAGGTTCTCCGAGGCTGGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTCCACATGTATGATGACATAATGCGCATTACAGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTACAAATGTGTTCTTAAAAACTGTAAGCCAATTGC
TATTAAAAGACTATACACGCACTACCCACAAAGCTTGCGGGAATTTGAGACCGAGTTAGGGACTGTTGGAAGTATCAAGCATCGGAATCTTGTCAGTTTGCATGGGTACTCTCTTTCTCCACATGGCAATTTGCTGTTCTACGACTATATGGTAAATGGAAGTTTGTGGGACATCTTACATGGATCTTCAAAGAAGATTA
AGATAGACTGGAACACACGTCTAAGGATTGCTCTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTCCATCACGACTGTAACCCACGTATTATTCACAGAGATGTAAAAACTTCCAACATTCTCCTAGATGCCAATTTTGAAGCTCATTTGTCAGACTTTGGCATTGCCAAGTGTATCCCTTCTGCAAAAACTCACACTTCTACC
TTTGTCATGGGTACCATTGGTTACATTGACCCTGAATATGCAAGGACGTTGAGGCTTAATGAGAAATCCGATGTGTACAGCTATGGCATTGTTCTTTTGGAGCTACTGACAGGGAGGAAAGCTGTGGATGATGACTCTAATTTGCATCAGCTGATTCTCTCTAAAGCAGACAACAACATGGTCATGGAAACTGTTGATCC
AGAAGTAGCAGCAACCTGCACAGATCTTGAGATTGTAAGAAAGATCTTCCAGCTTGCATTGCTTTGCACAAAGAGACAACCATCTGACCGTCCCACCATGTATGATGTTACTAGGGTTTTACAGTCGTTATTGCCATCTTTTAAACAAGCTCCAAGTATCAAGGTAAACCAACCGGCACCCAGTAGCAACTACAGGAGAT
ACTTGGACGAGTATGCGAAAGGCAATCATAGAGATGTTACAGGCAGCAGCACTTCTGATGGGCAGTTATTTGTGAGATTTGGTGAGGTTATTTCACAGAACATTGTTTGACAGAACAAGCCTCGGATGGAGCTCATAATCAAAAGTATCCAATTGTTGTTCATTCTACCTTTTAGTTCTGCCAGTGGATAAGCTAGCGTC
TTCGGTTCCGTCAAAAGCTCAGATGTTGTCAACTGCAGAAGTCTGAACTTGTTAAAGCAAGATGAGAGAGCAAACCTTTTGTGCATCGCTTTGCAGAGAGGCGGGTAAGAATCTCTGCAATATATTTGTTGGTCAAGTGGTTTAAAACTAGAGAAGTTAAACAACCCATATGTGACATTCTGTATATACTGTATCCAAAC
ATTCATCCGGATACGGCTGCGTTAAGGTGTGAAACATTTGCGGAAAGAAAATAGTGAATCATATTACAAGACAATAGTGAGAGCAACTTTTGTTGCTCCACACCGCCAGATAGAAATACCTAATATGGTTTGG


>TRINITY_DN131461_c2_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTTGATTG
GAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCA
TTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGG
TCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGG
ACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACA
AGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCCATCCT
AGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAACATGACAAAGCTGAGCTACCTGCAACTAAATGACAATCAACTTACAGGGCAGATTCCACCTGAGCTGGGGAAGTTGGAACAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCACCTTGAAGGTC
CAATCCCAGAGAACATTAGTTCATGCGCTGCTCTTAATTACTTCAATGTGCATGGTAACCGCTTGAATGGAACAATTCCTCTGGAATTCCGTAAACTTGACAGCTTAACTTATTTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAAGGGAGCAATTCCCATAGAGCTGGGATATATTATAAATCTAGACACACTGGACCTCTCTAAA
AATGATATTTCTGGACCTATTCCGGGATCTGTTGGGGATTTGGAACATCTTTTAAAATTGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAACATCTTTTAAAATTGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAAACCTGAGAAGCATCGGGGATATAGACC
TTTCTGCTAACCGATTATCGGGTACTATTCCTCAAGAACTTGGACAGCTACAGAACTTGGTCTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGGTGCCATTTCAGTTGACCAACTGCTTCAGCCTTGCTACACTAAATCTCTCGTACAACAATTTATCCGGGAATATTCCTGCCGTAAAGAACTTTACAAGATTC
ACCCCAGAAAGCTTTTTAGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTGATTGGATTGGATCACTTTGTGGGATATACTCTAGACAATCAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATCGTTTGCATCTCATTGGGTTCAGTTTTATTAGTGTCTATGATTATTATAGCTCTCTACCGTTCAAATCAGCCTAAACCTTTCACCAAGGGGTC
AGCAAGCAAAACGGGTCAAGGTTCTCCGAGGCTGGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTCCACATGTATGATGACATAATGCGCATTACAGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTACAAATGTGTTCTTAAAAACTGTAAGCCAATTGCTATTAAAAGACTATACACGCACT
ACCCACAAAGCTTGCGGGAATTTGAGACCGAGTTAGGGACTGTTGGAAGTATCAAGCATCGGAATCTTGTCAGTTTGCATGGGTACTCTCTTTCTCCACATGGCAATTTGCTGTTCTACGACTATATGGTAAATGGAAGTTTGTGGGACATCTTACATGGATCTTCAAAGAAGATTAAGATAGACTGGAACACACGTCTA
AGGATTGCTCTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTCCATCACGACTGTAACCCACGTATTATTCACAGAGATGTAAAAACTTCCAACATTCTCCTAGATGCCAATTTTGAAGCTCATTTGTCAGACTTTGGCATTGCCAAGTGTATCCCTTCTGCAAAAACTCACACTTCTACCTTTGTCATGGGTACCATTGGTTA
CATTGACCCTGAATATGCAAGGACGTTGAGGCTTAATGAGAAATCCGATGTGTACAGCTATGGCATTGTTCTTTTGGAGCTACTGACAGGGAGGAAAGCTGTGGATGATGACTCTAATTTGCATCAGCTGgtaagataataggatttgtattctgtgaatttgcttcagttgccattgtttcattttgtcgattggcaag
gttgtttgtcttcagatactgcatggaccaagaaaataaagaaatagcatatgttttcttgacatgggcatttgaatgcag
ATTCTCTCTAAAGCAGACAACAACATGGTCATGGAAACTGTTGATCCAGAAGTAGCAGCAACCTGCACAGATCTTGAGATTGTAAGAAAGATCTTCCAGCTTGCA




Intron 7 GTGTATAGAT ... ATTGCCTCAG

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>TRINITY_DN44088_c0_g1_i9 from sample A9 / Example spliced isoform
TTTTTGTAATGAATTGTATGTAAAAAATGGAAATTGGATGTGCATGATAGGAAATAACTCTTTGGTAGTCAACGGCTGTATGCATATGCAGGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGAGGGTCCGATTCCA
GAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGGACCTATCCAACAATGATAT
TTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGTATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTCCTATTCCTCGAGAACTTGGACAGCTACAGAATTTGGTTTCACTGATAC
TGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGATACCATGGCAGTTGACCAACTGCTTTAGCCTTACTACCCTAAATCTCTCCTGCAACAATTTGTCAGGGAATATTCCTGACTTGAAGAACTTTACAAGGTTTACCCCAGAAAGCTTTTTCGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTTATTGGAAAGGATCACTTTGTGGAATATACTCG
AAACAAACAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCTCTTCCATTCAAATCACCCTAAACCATTCACCAAAGGGTCAGCAAGCAAAATGGGTCAAGGTTCTCCAAGGCTAGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTACACATGTATGA
TGATATAATGAGAATCACTGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTATAAATGTGTTCTTAAGAACTGTAAACCAATTGCTATTAAAAGGCTATACACACACTATCCACAAAGCTTGCGGGAATTCGAAACCGAGTTAGAGACTGTTGGAAGCATCAAACATCGGAATCTTGTCA
GTTTGCGTGGGTATTCTCTTTCTCCACATGGCAACTTGCTGTTCTACGACTACATGGCAAATGGAAGTTTGTGGGATATCTTACATGGATCTTCTAAAAAGATTAAGCTAGACTGGAACACTCGTCTAAGGATTGCTTTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTGCATCATGACTGTAACCCACGTATTATTCACAGA
GATGTAAAAACTTCCAACATTCTCCTAGATGCCAATTTTGAAGCTCATTTGTCAGACTTTGGCATTGCCAAGTGTATCCCTTCTGCAAAAACTCACACTTCTACCTTTGTCATGGGTACCATTGGTTACATTGACCCTGAATATGCAAGGACGTTGAGGCTTAATGAGAAATCCGATGTGTACAGCTATGGCATTGTTCT
TTTGGAGCTACTGACAGGGAGGAAAGCTGTGGATGATGACTCTAATTTGCATCAGCTGATTCTCTCTAAAGCAGACAACAACATGGTCATGGAAACTGTTGATCCAGAAGTAGCAGCAACCTGCACAGATCTTGAGATTGTAAGAAAGATCTTCCAGCTTGCATTGCTTTGCACAAAGAGACAACCATCTGACCGTCCCA
CCATGTATGATGTTACTAGGGTTTTACAGTCGTTATTGCCATCTTTTAAACAAGCTCCAAGTATCAAGGTAAACCAACCGGCACCCAGTAGCAACTACAGGAGATACTTGGACGAGTATGCGAAAGGCAATCATAGAGATGTTACAGGCAGCAGCACTTCTGATGGGCAGTTATTTGTGAGATTTGGTGAGGTTATTTCA
CAGAACATTGTTTGACAGAACAAGCCTCGGATGGAGCTCATAATCAAAAGTATCCAATTGTTGTTCATTCTACCTTTTAGTTCTGCCAGTGGATAAGCTAGCGTCTTCGGTTCCGTCAAAAGCTCAGATGTTGTCAACTGCAGAAGTCTGAACTTGTTAAAGCAAGATGAGAGAGCAAACCTTTTGTGCATCGCTTTGCA
GAGAGGCGGGTAAGAATCTCTGCAATATATTTGTTGGTCAAGTGGTTTAAAACTAGAGAAGTTAAACAACCCATATGTGACATTCTGTATATACTGTATCCAAACATTCATCCGGATACGGCTGCGTTAAGGTGTGAAACATTTGCGGAAAGAAAATAGTGAATCATATTACAAGACAATAGTGAGAGCAACTTTTGTTG
CTCCACACCGCCAGATAGAAATACCTAATATGGTTTGGATCAAAGTCCTCTCTGTCATAGCATGACAGCAATATATACATTGTTGCGATATATTAATTGTTCATGTGTTATACATGAATATTGTATGTCTTTATAGTGGATGTGTATTTTCTTATCAGTTGAGTTTTTCTTATAAAATGGATGTCTTTTTTCTTAGAATT
CTATATATGGATATGGATGGGGCTG


>TRINITY_DN44088_c0_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:
ATAGTACATTACATTTTGACTATAAGCTTCTTTCATATTCAATTTTCAGAATGCTGAGTCTCTTGTTCTTTCCTTTGCACTCAGATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGT
TGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGAGGGTCCGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGA
ACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGGACCTATCCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGTATCGGGGATATAGACCTTTCTGC
TAACCGATTATCGGGTCCTATTCCTCGAGAACTTGGACAGCTACAGAATTTGGTTTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGATACCATGGCAGTTGACCAACTGCTTTAGCCTTACTACCCTAAATCTCTCCTGCAACAATTTGTCAGGGAATATTCCTGACTTGAAGAACTTTACAAGGTTTACCCCAG
AAAG
gtgtatagatataatcaagactcttatttttggatcaaattaagcgttttacttttttcaagatattcgcgagtatgtgcttctaatctgatgggaacgattattgcctcagCTTTTTCGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTTATTGGAAAGGATCACTTTGTGGAATATACTCGAAACAAATAAAAGGTGAGACAGG
ACAAAATTTTACAAATCAGGTTCCATAGATTAATATTAAATTTCCTGGAGATTATATTGATAAAGTGTAATCTGTTGATTGTGTAAATGGACAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCTCTTCCATTCAAATCACCCTAAACCATTCAC
CAAAGGGTCAGCAAGCAAAATGGGTCAAGGTTCTCCAAGGCTAGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTACACATGTATGATGATATAATGAGAATCACTGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTATAAATGTGTTCTTAAGAACTGTAAACCAATTGCTATTAAAAGGCTAT
ACACACACTATCCACAAAGCTTGCGGGAATTCGAAACCGAGTTAGAGACTGTTGGAAGCATCAAACATCGGAATCTTGTCAGTTTGCGTGGGTATTCTCTTTCTCCACATGGCAACTTGCTGTTCTACGACTACATGGCAAATGGAAGTTTGTGGGATATCTTACATGGATCTTCTAAAAAGATTAAGCTAGACTGGAAC
ACTCGTCTAAGGATTGCTTTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTGCATCATGACTGTAACCCACGTATTATTCACAGAGATGTAAAAACTTCCAACATTCTCCTAGATGCCAATTTTGAAGCTCATTTGTCAGACTTTGGCATTGCCAAGTGTATCCCTTCTGCAAAAACTCACACTTCTACCTTTGTCATGGGTAC
CATTGGTTACATTGACCCTGAATATGCAAGGACGTTGAGGCTTAATGAGAAATCCGATGTGTACAGCTATGGCATTGTTCTTTTGGAGCTACTGACAGGGAGGAAAGCTGTGGATGATGACTCTAATTTGCATCAGCTGATTCTCTCTAAAGCAGACAACAACATGGTCATGGAAACTGTTGATCCAGAAGTAGCAGCAA
CCTGCACAGATCTTGAGATTGTAAGAAAGATCTTCCAGCTTGCATTGCTTTGCACAAAGAGACAACCATCTGACCGTCCCACCATGTATGATGTTACTAGGGTTTTACAGTCGTTATTGCCATCTTTTAAACAAGCTCCAAGTATCAAGGTAAACCAACCGGCACCCAGTAGCAACTACAGGAGATACTTGGACGAGTAT
GCGAAAGGCAATCATAGAGATGTTACAGGCAGCAGCACTTCTGATGGGCAGTTATTTGTGAGATTTGGTGAGGTTATTTCACAGAACATTGTTTGACAGAACAAGCCTCGGATGGAGCTCATAATCAAAAGTATCCAATTGTTGTTCATTCTACCTTTTAGTTCTGCCAGTGGATAAGCTAGCGTCTTCGGTTCCGTCAA
AAGCTCAGATGTTGTCAACTGCAGAAGTCTGAACTTGTTAAAGCAAGATGAGAGAGCAAACCTTTTGTGCATCGCTTTGCAGAGAGGCGGGTAAGAATCTCTGCAATATATTTGTTGGTCAAGTGGTTTAAAACTAGAGAAGTTAAACAACCCATATGTGACATTCTGTATATACTGTATCCAAACATTCATCCGGATAC
GGCTGCGTTAAGGTGTGAAACATTTGCGGAAAGAAAATAGTGAATCATATTACAAGACAATAGTGAGAGCAACTTTTGTTGCTCCACACCGCCAGATAGAAATACCTAATATGGTTTGGATCAAAGTCCTCTCTGTCATAGCATGACAGCAATATATACATTGTTGCGATATATTAATTGTTCATGTGTTATACATGAAT
ATTGTATGTCTTTATAGTGGATGTGTATTTTCTTATCAGTTGAGTTTTTCTTATAAAATGGATGTCTTTTTTCTTAGAATTCTATATATGGATATGGATGGGGCTG




Intron 8 GTGAGTGAAA ... TTGTGTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN47959_c0_g1_i14 from sample A7 / Example spliced isoform
CGCAGAGCCGGATGAAACTATTCCCGTCAAATGCCTCCAACTCGAAGCCATTGCCGTCGGAACGGATTATGTATTTATTTCGATATTCTGTCAGACACGTCGTCGGCATGACTGTAGTGCTATCTTAGTTGGTGGAAAATGAAGTAAATGTTGGTTTGTCAGGCTCTGATTTATTTCAAACGGGAACGATCTGATTTACT
TTAATCAGTGACAGAGTTCTGCACAGAAAATGGAAAATGGAGGGAGGAGGACTAAGTATGGCCTTGAATGTGGTTGAGCAATTGATGGAAGAGTAGGCAATGCTGGTTGATTGGAAGGATACTTAGAAATCAGCATACTCAGTGAATTTGGTTGTTCTCATTGACACTCTGTGTATCTGCAGCCATGGCGCCTGTATATG
GCATTCTGTTGTGGAGAAAACTCAGTGTGTATATCTCCTTCCTAGTCATATTTTGTCACTTCTTCGGCCTTCTATCCGCCGTTTCTGACGATGGAGCAGCTCTCTTGCTGATCAAGAAGTCGTTTCGTAATAGTGAAAACGTTCTATACAACTGGATCGATGCTGCTTCCAATGATTACTGTTCATGGAGGGGTGTCACA
TGTGACAATGCCACTTTCGTTGTGGTTGCATTGAATCTCTCTCATCTGAATCTCGGAGGAGAAATTTCCCCAGCGATTGGAAATCTGAAAAGCCTAGACTCAATAGACTTCAAAGGAAATGGTCTCCATGGTCAAATTCCCGACGAGATTGGAGACTGCTCTGCATTGAAAATCTTAGATGTCTCTTATAATTATTTATA
TGGAGACATTCCTTTTTCAATATCGAAGTTGAAACAGCTAGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGGACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGC
GCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACAAGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCT
ACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCCATCCTAGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAA
CATGACAAAGCTGAGCTACCTGCAACTAAATGACAATCAACTTACAGGGCAGATTCCACCTGAGCTGGGGAAGTTGGAACAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCACCTTGAAGGTCCAATCCCAGAGAACATTAGTTCATGCGCTGCTCTTAATTACTTCAATGTGCATGGTAACCGCTTGAATGGAACAATTC
CTCTGGAATTCCGTAAACTTGACAGCTTAACTTATTTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAAGGGAGCAATTCCCATAGAGCTGGGATATATTATAAATCTAGACACACTGGACCTCTCTAAAAATGATATTTCTGGACCTATTCCGGGATCTGTTGGGGATTTGGAACATCTTTTAAAATTGAACTTGAGTGGCAATAAA
CTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAAACCTGAGAAGCATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTACTATTCCTCAAGAACTTGGACAGCTACAGAACTTGGTCTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGGTGCCATTTCAGTTGACCAACTGCTTCAGCCTTGCTACACTAAA
TCTCTCGTACAACAATTTATCCGGGAATATTCCTGCCGTAAAGAACTTTACAAGATTCACCCCAGAAAGCTTTTTAGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTGATTGGATTGGATCACTTTGTGGGATATACTCTAGACAATCAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATCGTTTGCATCTCATTGGGTTCAGTTTTATTAGTGT
CTATGATTATTATAGCTCTCTACCGTTCAAATCAGCCTAAACCTTTCACCAAGGGGTCAGCAAGCAAAACGGGTCAAGGTTCTCCGAGGCTGGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTCCACATGTATGATGACATAATGCGCATTACAGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTT
TACAAATGTGTTCTTAAAAACTGTAAGCCAATTGCTATTAAAAGACTATACACGCACTACCCACAAAGCTTGCGGGAATTTGAGACCGAGTTAGGGACTGTTGGAAGTATCAAGCATCGGAATCTTGTCAGTTTGCATGGGTACTCTCTTTCTCCACATGGCAATTTGCTGTTCTACGACTATATGGTAAATGGAAGTTT
GTGGGACATCTTACATGGATCTTCAAAGAAGATTAAGATAGACTGGAACACACGTCTAAGGATTGCTCTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTCCATCACGACTGTAACCCACGTATTATTCACAGAGATGTAAAAACTTCCAATATTCTCTTAGATGACAATTTTGAAGCACATTTGTCAGACTTCGGCATTGCCA
AGTGTATCCCCTCTGCAAAAACTCACACCTCTACCTATGTTATGGGTACCATTGGTTACATTGACCCTGAATATGCAAGGACATCGAGGCTTAATGAGAAGTCCGATGTGTACAGCTATGGCATTGTTCTTTTAGAGCTACTGACAGGGAGAAAAGCTGTGGATAACGACTCTAATTTGCTTCAGCTGATTCTATCAAAA
GCAGACAACAATACAGTTATGGAAACTGTCGACCAACATGTAGCAGCAACCTGCACGGATCTTGGGGTTGTAAGAAAGATCTTCCAGCTTGCACTGCTTTGCACAAAGAGACAGCCTTCTGACCGTCCCACCATGCATGAGGTTACTAGAGTTTTGCAGTCATTAGTACCAGCTTCTAAACAGACTCCGAGTATCCGAGT
AAACCAACCAGCACCCAGCGACAACTACAGGAGATACTTGGATGAGTATGTGGAAGGCAATCACAGAGATGTTACAGGCAGCACGAGCAGCACTTCTGATGGGCATTTGTTTGTGAGATTTGGTGAGGTTATTTCACAGAACACTGTTTGACTGTAATGAAGGCTTGAACAAGCATCGGATGGAGCTCACAGTCAAATGT
ATCCAATTGTTCATTTTGCTCATCAGATACTGGATAATTTTGCATCAAAAGCCCAAATTTTGCAATTTGGTTTCTGGAACAGAGACTGCTACAGAAGTGTTTATTAAAGCAAACGAGAGTGCCCAGTGTGATCAGCAAATGCTTTGTGCATGGTTTTGCAGAGAGGCCAGTCAGAATCTCTGTAACATTTTTGTTGCTCT
AGTGGTTGGCTAATTGAAGTCCAGGAAACCCCTACATGACATCCAATAGATATTGTATCCAAACATTAAACGAAATATTGCTGATTTAAGGTATAAAACATTGTTGAAAGAAGATATGGATCATGTTACAAGACAATACTGAGCAGCGGTTGTTGGCCCCCAACCCCCAGATACAAAGGCCTAATATGGTTTACAATGGG
TTCATCTTTCTTTGATAGCATGACAGCATTATATACACTTCACAAACTGTTAATTATGGATACTGTACATGAACAATATTATATGTTTTTGATAAAAAGGCCCAATATGGTTTACAATGGATTCATCTTTCTTTGATAGCATGACAGCATTATATACACTTCACAAACTGTTAATTATGGATACTGTACATGAACAA


>TRINITY_DN47959_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:
AGTTTGTGGGACATCTTACATGgtgagtgaaatggatggcaaaagctatcaagaaatttaaaacatgtacaagggtcatataggcctagaaggagtttctaccaacttttcatatatagttgatgtttgctaatggccgaattggagaatctaaacaatgtttctttgtgtgtagGATCTTCAAAGAAGATTAAGATAGA
CTGGAACACACGTCTAAGGATTGCTCTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTCCATCACGACTGTAACCCACGTATTATTCACAGAGATGTAAAAACTTCCAA




Intron 9 GTGAGTTTTA ... GAATTTTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A151.04141513
A229.521145
A316.727.512
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A566.66102
A617.142.510
A714.29903
A818.344.511
A916.255.511
A100200



>TRINITY_DN131461_c2_g1_i24 from sample A1 / Example spliced isoform
TGATAATGTTGTTGCTTTTACAGAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGGACCTATCCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCT
CCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGTATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTCCTATTCCTCGAGAACTTGGACAGCTACAGAATTTGGTTTCACTGTAAGTTCCTTGGAATGATCCCTAAAATAC


>TRINITY_DN131461_c2_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTTGATTG
GAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCA
TTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGG
TCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGG
ACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACA
AGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCCATCCT
AGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGAGGGTC
CGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTgtgagttttagtt
attctagtgtcttggttaaagtttccaaggtctccttttaaaattataactgaaaatataatttctctaagggtagttcttaccatttgcttggtctgtgtgattggatgtgaatttttag
GGACCTATCCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTG
AGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGT




Intron 10 GTAAGCTTTG ... TGAATTCAAG

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A203500
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A601000
A744822
A84.552111
A93.452811
A1004400



>TRINITY_DN106007_c1_g2_i2 from sample A5 / Example spliced isoform
GTCTTATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTT
GATTGGAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAA
GGTCATTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCA
AATGGTCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGAT
TATGGACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATT
GTACAAGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCC
ATCCTAGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAACATGACAAAGCTGAGCTACCTGCAACTAAATGACAATCAACTTACAGGGCAGATTCCACCTGAGCTGGGGAAGTTGGAACAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCACCTTGA
AGGTCCAATCCCAGAGAACATTAGTTCATGCGCTGCTCTTAATTACTTCAATGTGCATGGTAACCGCTTGAATGGAACAATTCCTCTGGAATTCCGTAAACTTGACAGCTTAACTTATTTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAAGGGAGCAATTCCCATAGAGCTGGGATATATTATAAATCTAGACACACTGGACCTCT
CTAAAAATGATATTTCTGGACCTATTCCGGGATCTGTTGGGGATTTGGAACATCTTTTAAAATTGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAAACCTGAGAAGCATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTACTATTCCTCAAGAACTTGGACAGCTACAGAACTTG
GTCTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGGTGCCATTTCAGTTGACCAACTGCTTCAGCCTTGCTACACTAAATCTCTCGTACAACAATTTATCCGGGAATATTCCTGCCGTAAAGAACTTTACAAGATTCACCCCAGAAAGCTTTTTAGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTGATTGGATTGGATCACTTTG
TGGGATATACTCTAGACAATCAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATCGTTTGCATCTCATTGGGTTCAGTTTTATTAGTGTCTATGATTATTATAGCTCTCTACCGTTCAAATCAGCCTAAACCTTTCACCAAGGGGTCAGCAAGCAAAACGGGTCAAGGTTCTCCGAGGCTGGTAATATTGCACATGGACATGGCCC
TCCACATGTATGATGACATAATGCGCATTACAGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTACAAATGTGTTCTTAAAAACTGTAAGCCAATTGCTATTAAAAGACTATACACGCACTACCCACAAAGCTTGCGGGAATTTGAGACCGAGTTAGGGACTGTTGGAAGTATCAAGCAT
CGGAATCTTGTCAGTTTGCATGGGTACTCTCTTTCTCCACATGGCAATTTGCTGTTCTACGACTATATGGTAAATGGAAGTTTGTGGGACATCTTACATGGATCTTCAAAGAAGATTAAGATAGACTGGAACACACGTCTAAGGATTGCTCTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTCCATCACGACTGTAACCCACG
TATTATTCACAGAGATGTAAAAACTTCCAATATTCTCTTAGATGACAATTTTGAAGCACATTTGTCAGACTTCGGCATTGCCAAGTGTATCCCCTCTGCAAAAACTCACACCTCTACCTATGTTATGGGTACCATTGGTTACATTGACCCTGAATATGCAAGGACATCGAGGCTTAATGAGAAGTCCGATGTGTACAGCT
ATGGCATTGTTCTTTTAGAGCTACTGACAGGGAGAAAAGCTGTGGATAACGACTCTAATTTGCTTCAGCTGATTCTATCAAAAGCAGACAACAATACAGTTATGGAAACTGTCGACCAACATGTAGCAGCAACCTGCACGGATCTTGGGGTTGTAAGAAAGATCTTCCAGCTTGCACTGCTTTGCACAAAGAGACAGCCT
TCTGACCGTCCCACCATGCATGAGGTTACTAGAGTTTTGCAGTCATTAGTACCAGCTTCTAAACAGACTCCGAGTATCCGAGTAAACCAACCAGCACCCAGCGACAACTACAGGAGATACTTGGATGAGTATGTGGAAGGCAATCACAGAGATGTTACAGGCAGCACGAGCAGCACTTCTGATGGGCATTTGTTTGTGAG
ATTTGGTGAG


>TRINITY_DN106007_c1_g2_i11 from sample A5 / Example unspliced isoform:
GCCGGGGGAACATCTTTTAAAATTgtaagctttgtctgtagaaatcttttgagaacaaatcaaggttttatgggtgagagttataataaccatcatggtctctattggattgtgaattcaagGAACTTGAGTGGCAATAAACTGAGTGGTTTTCTCCCAGCAGAATTTGGAAACCTGAGAAGCATCGGGGATATGTAAGT
CCTTTGCTTAATTTGTGTAATTTGCAAAGAATTCTTGTTCCTTCCACATCTCTATTTAGTGTACCCATGGCCACTTCAACAAAACAGTAACATAGTGCAACATCTTTTCAATGCAGAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTACTATTCCTCAAGAACTTGGACAGCTACAGAACTTGGTCTCACTGATACTGAATAA
CAACAGTTTATCAGGGGAG




Intron 11 GTAAGTAGTT ... GCTTTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A142402
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A60200
A711.11811
A825311
A912.5720
A106.67710



>TRINITY_DN106007_c1_g2_i6 from sample A5 / Example spliced isoform
GTCTTATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTT
GATTGGAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAA
GGTCATTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCA
AATGGTCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGAT
TATGGACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATT
GTACAAGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCC
ATCCTAGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGA
GGGTCCGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGGACCTAT
CCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGTATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTCCTATTCCTCGAGAACTTGGACAGCTACAGAATTTG
GTTTCACTGTAAGTTCCTTGGAATGATCCCTAAAATACAATTTATTAATAGGTTCACATGAATATAACTCTGTAGATGGATCGTATACAGGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGATACCATGGCAGTTGACCAACTGCTTTAGCCTTACTACCCTAAATCTCTCCTGCAACAATTTGTCAGGGAATATTCCTG
ACTTGAAGAACTTTACAAGGTTTACCCCAGAAAGCTTTTTCGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTTATTGGAAAGGATCACTTTGTGGAATATACTCGAAACAAACAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCTCTTCCATTCAAATCAC
CCG


>TRINITY_DN106007_c1_g2_i8 from sample A5 / Example unspliced isoform:
CTGTTATAGTACATTACATTTTGACTATAAGCTTCTTTCATATTCAATTTTCAGAATGCTGAGTCTCTTGTTCTTTCCTTTGCACTCAGATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACC
TGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGAGGGTCCGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTGTAAGTGGTATAATCTTCAAGCCAAGTGAGGAAATTGTGGAACACAATCTTGCATTGTCTAACAATATTGAGCTTCTGTCTTAACTTGTCCTTTG
ATGTGTAGCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTgtaagtagttgtaggccatatcctatgcaatttaacctataacataataaaccattgaattgcgttaatcatattcaatgtgactaactgataatgttgttgcttttacagAAATCTGTC
CTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGGACCTATCCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGT




Intron 12 GTAAGAATAC ... TGTTTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A110.9224.533.5
A27.141312
A328.27197.53.5
A48.8930.830.5
A551910.5
A610910
A733.3330150
A819.232150.5
A95.413521.5
A1034.621791.5



>TRINITY_DN131461_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTTGATTG
GAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCA
TTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGG
TCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGG
ACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACA
AGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCCATCCT
AGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGAGGGTC
CGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGGACCTATCCAAC
AATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGTATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTCCTATTCCTCGAGAACTTGGACAGCTACAGAATTTGGTTTC
ACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGATACCATGGCAGTTGACCAACTGCTTTAGCCTTACTACCCTAAATCTCTCCTGCAACAATTTGTCAGGGAATATTCCTGACTTGAAGAACTTTACAAGGTTTACCCCAGAAAGCTTTTTCGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTTATTGGAAAGGATCACTTTGTGGAA
TATACTCGAAACAAACAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCTCTTCCATTCAAATCACCCTAAACCATTCACCAAAGGGTCAGCAAGCAAAATGGGTCAAGGTTCTCCAAGGCTAGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTACAC
ATGTATGATGATATAATGAGAATCACTGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTATAAATGTGTTCTTAAGAACTGTAAACCAATTGCTATTAAAAGGCTATACACACACTATCCACAAAGCTTGCGGGAATTCGAAACCGAGTTAGAGACTGTTGGAAGCATCAAACATCGGAA
TCTTGTCAGTTTGCGTGGGTATTCTCTTTCTCCACATGGCAACTTGCTGTTCTACGACTACATGGCAAATGGAAGTTTGTGGGATATCTTACATGGTGAGTGGAATGGATGGCAACAACTATCAAGAAAAAATTAGATGTTCGAGGGGCAATAAAGGCCTCACTGGAGATTCCAACCAGCTTTTCATATATAATGTTTTC
TAATGTCCTAATTGGAAAATCTAAGAATCTAAGCAATGCC


>TRINITY_DN131461_c2_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GAGTTATATTAACCCCATGATCTTTATTAGATTTTGAGAAGTTTAATGGGTGAGAATATTATTAATCCTATTATCTCTATTGGATTATGAATTCAAGGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGTATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTCCT
ATTCCTCGAGAACTTGGACAGCTACAGAATTTGGTTTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGATACCATGGCAGTTGACCAACTGCTTTAGCCTTACTACCCTgtaagaatacctgaattggcccctatttttagttcatttcattgtgaaattccagagggaacaagctttgtatacatattccttgta
gtgattgataatggaaatgatcaatttgttttacag
AAATCTCTCCTGCAACAATTTGTCAGGGAATATTCCTGACTTGAAGAACTTTACAAGGTTTACCCCAGAAAGCTTTTTCGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTTATTGGAAAGGATCACTTTGTGGAATATACTCGAAACAAACAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAG
CTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCTCTTCCATTCAAATCACCCTAAACCATTCACCAAAGGGTCAGCAAGCAAAATGGGTCAAGGTTCTCCAAGGCTAGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTACACATGTATGATGATATAATGAGAATCACTGAAAATTTGAAT
GAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTATAAATGTGTTCTTAAGAACTGTAAACCAATTGCTATTAAAAGGCTATACACACACTATCCACAAAGCTTGCGGGAATTCGAAACCGAGTTAGAGACTGTTGGAAGCATCAAACATCGGAATCTTGTCAGTTTGCGTGGGTATTCTCTTTCTCCACATGG
CAACTTGCTGTTCTACGACTACATGGCAAATGGAAGTTTGTGGGATATCTTACATGGATCTTCTAAAAAGATTAAGCTAGACTGGAACACTCGTCTAAGGATTGCTTTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTGCATCATGACTGTAACCCACGTATTATTCACAGAGATGTAAAAACTTCCAACATTCTCCTAGATG
CCAATTTTGAAGCTCATTTGTCAGACTTTGGCATTGCCAAGTGTATCCCTTCTGCAAAAACTCACACTTCTACCTTTGTCATGGGTACCATTGGTTACATTGACCCTGAATATGCAAGGACGTTGAGGCTTAATGAGAAATCCGATGTGTACAGCTATGGCATTGTTCTTTTGGAGCTACTGACAGGGAGGAAAGCTGTG
GATGATGACTCTAATTTGCATCAGCTGATTCTCTCTAAAGCAGACAACAACATGGTCATGGAAACTGTTGATCCAGAAGTAGCAGCAACCTGCACAGATCTTGAGATTGTAAGAAAGATCTTCCAGCTTGCATTGCTTTGCACAAAGAGACAACCATCTGACCGTCCCACCATGTATGATGTTACTAGGGTTTTACAGTC
GTTATTGCCATCTTTTAAACAAGCTCCAAGTATCAAGGTAAACCAACCGGCACCCAGTAGCAACTACAGGAGATACTTGGACGAGTATGCGAAAGGCAATCATAGAGATGTTACAGGCAGCAGCACTTCTGATGGGCAGTTATTTGTGAGATTTGGTGAGGTTATTTCACAGAACATTGTTTGACAGAACAAGCCTCGGA
TGGAGCTCATAATCAAAAGTATCCAATTGTTGTTCATTCTACCTTTTAGTTCTGCCAGTGGATAAGCTAGCGTCTTCGGTTCCGTCAAAAGCTCAGATGTTGTCAACTGCAGAAGTCTGAACTTGTTAAAGCAAGATGAGAGAGCAAACCTTTTGTGCATCGCTTTGCAGAGAGGCGGGTAAGAATCTCTGCAATATATT
TGTTGGTCAAGTGGTTTAAAACTAGAGAAGTTAAACAACCCATATGTGACATTCTGTATATACTGTATCCAAACATTCATCCGGATACGGCTGCGTTAAGGTGTGAAACATTTGCGGAAAGAAAATAGTGAATCATATTACAAGACAATAGTGAGAGCAACTTTTGTTGCTCCACACCGCCAGATAGAAATACCTAATAT
GGTTTGG




Intron 13 GTATGTTTTC ... TTCTTATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A14.762011
A211.433135
A34.762020
A415.561907
A533.331248
A60400
A701900
A80800
A901600
A1001700



>TRINITY_DN106007_c1_g2_i6 from sample A5 / Example spliced isoform
GTCTTATTAATTTGAAAGGGAACGGTCTGCTTTTTTCCAAGCGGTGACAGAGGGCCGGTGCTGCAGCAGGAGGTCAGATTGCTCAGTGTACTGTGATGAGATGAGATAACAATTCATTCAACATGGAGAAGGACTTCGGCTAGTTTGGCTTTGAATCTAGCAGTTTGGGCAATTGTTGGAAGAATAAGCAATTGCTGGTT
GATTGGAAGAATACTCAGAATACTAAGTGAACTTTGTTGTTCTCATTGCTACTGTGTATCTGCAGCCATGGTGCCCATCTATGACATTTTGTGCTGGAGAAAACTTACTGTGTATCTGTCTTTCTTGGTCATGTTTCTTCACTCCTTCGGCCTTCTATCTGTTGCTACAGATGATGGAGCAGCTCTACTGGAGATTAAAA
GGTCATTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTCTAGAATCAATTGACCTCAAATCA
AATGGTCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTGTCTCAGATTCCAAACTTGAAGAT
TATGGACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATT
GTACAAGCTTTGAGATCTTGGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTCACTACAAGGAAATAAGCTGAGAGGAAGGATTCCAGAAGTAATTGGTCTCATGCAGGCTCTGGCTGTTCTGGATTTGAGTGATAATCACCTTACTGGAACAATTCCTCCC
ATCCTAGGCAATTTGACTTACACTGGAAAGCTATATTTGCACAGTAATAATCTCACTGGATCTATTCCACCAGAATTGGGGAATATGACAAAGCTGGGTTACCTGCAGCTAAATGACAATCAACTGACTGGGCAAATTCCACCTGAGTTGGGGAAGTTGGAGCAGCTGTTCGAATTAAATCTTGCCAGAAATCAATTTGA
GGGTCCGATTCCAGAGAACATTAGTTCATGTGTTGCTCTTATTTTCTTCAATGTGCATGGCAACCGTTTGAACGGGACTATTCCTCGGGAATTTAAAAAACTTGATAGGCTAACATATCTAAATCTGTCCTCCAACAATATCAGTGGAACAATTCCGATAGAGCTGGCGCATATTATAAATCTAGACAGATTGGACCTAT
CCAACAATGATATTTCTGGACATATTCCGGGATCTATTGGGAATATGGAACATCTTTTAAAACTGAACTTGAGTGGAAATAAATTGAATGGGTTTCTCCCTGCAGAACTAGGAAACTTGAGAAGTATCGGGGATATAGACCTTTCTGCTAACCGATTATCGGGTCCTATTCCTCGAGAACTTGGACAGCTACAGAATTTG
GTTTCACTGTAAGTTCCTTGGAATGATCCCTAAAATACAATTTATTAATAGGTTCACATGAATATAACTCTGTAGATGGATCGTATACAGGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGATACCATGGCAGTTGACCAACTGCTTTAGCCTTACTACCCTAAATCTCTCCTGCAACAATTTGTCAGGGAATATTCCTG
ACTTGAAGAACTTTACAAGGTTTACCCCAGAAAGCTTTTTCGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTTATTGGAAAGGATCACTTTGTGGAATATACTCGAAACAAACAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCTCTTCCATTCAAATCAC
CCG


>TRINITY_DN106007_c1_g2_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:
AGCAGCTCTACTGGAGATTAAAAGGTCATTTCGTGATACTGATAACGTGCTTTACGAATGGATTGATGCCACAACAAACGATTACTGCTCCTGGAGAGGTGTAACGTGCGACAATGTCACCTTCGATGTAGTTGCACTGAACCTTTCTCATTTGAATCTCGGAGGTGAAATTTCCCCAGTCATTGGCAATCTGAAGAGTC
TAGAATCAATTGACCTCAAATCAAATGGTCTCTCTGGCCAAATTCCTGACGAGATTGGCGATTGCTCTGCTTTGAAAATCCTAGATGTCTCTTATAATGATTTATATGGAGACATTCCTTTTTCGATATCAAAGTTGAAACAACTTGAACAACTGATTGTGAAGAATAACCAGTTAATGGGGCCTATCCCTTCAACGCTG
TCTCAGATTCCAAACTTGAAGATTATGGACTTGGCACAGAATCAATTAAGCGGGGAGATCCCCAGGCTCATCTATTGGAATGAAGTTTTGCAATATTTGGGGTTGCGCAACAACTTCTTGGTTGGAACACTCTCCCCTGACCTGTGTCAGCTGACAGGATTGTGGTACTTGTAAGTCACAACACTTGTATCTTTTGGAGT
AGATATAGATTTTTTTAGAGCATTGATCTTTAAATTGCTGCATATCGATAAACAGTTTCAGTACATTAAGGGTTTTACCTGGCAGTAGCTCAAATATTTTGATATCTGTCATGCAGTGATGTGCGAAGCAACAACTTGACGGGAACCATTCCTGATAATATTGGAAATTGTACAAGCTTTGAGATCTTgtatgttttctg
attttcctaactttataaatgaacaaatgggttgacatgtatggtatggtgcattactcttgtgatgcatacttagcactggttggattggtgctgttgttcttatcag
GGACTTGTCATATAATCAACTTACAGGAAAGATCCCCTTCAACATTGGGTTTCTACAAGTGGCTACTCTGTAAGTAAAAAGAATAACAGTG
CTGAAATAGGTGTTATAGTATCTTATGCCATCACCGATCCTTCTTGCTTCTTGCCCACTGCTGTATATTATTTTAATGAAACATAATAAGTATCATAATTTTTTTATTGAATGGATAGGGATATATGACATCATGCTTGTTGTCTAA




Intron 14 GTGAGTGGAA ... TTGTATGTAG

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>TRINITY_DN47959_c0_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoform
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CTCACTGATACTGAATAACAACAGTTTATCAGGGGAGATACCATGGCAGTTGACCAACTGCTTTAGCCTTACTACCCTAAATCTCTCCTGCAACAATTTGTCAGGGAATATTCCTGACTTGAAGAACTTTACAAGGTTTACCCCAGAAAGCTTTTTCGGAAATCCAGGTCTCTGTGGTTATTGGAAAGGATCACTTTGTG
GAATATACTCGAAACAAACAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCTCTTCCATTCAAATCACCCTAAACCATTCACCAAAGGGTCAGCAAGCAAAATGGGTCAAGGTTCTCCAAGGCTAGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTA
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GAATCTTGTCAGTTTGCGTGGGTATTCTCTTTCTCCACATGGCAACTTGCTGTTCTACGACTACATGGCAAATGGAAGTTTGTGGGATATCTTACATGGATCTTCTAAAAAGATTAAGCTAGACTGGAACACTCGTCTAAGGATTGCTTTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCTGCATCATGACTGTAACCCACGTA
TTATTCACAGAGATGTAAAAACTTCCAACATTCTCCTAGATGCCAATTTTGAAGCTCATTTGTCAGACTTTGGCATTGCCAAGTGTATCCCTTCTGCAAAAACTCACACTTCTACCTTTGTCATGGGTACCATTGGTTACATTGACCCTGAATATGCAAGGACGTTGAGGCTTAATGAGAAATCCGATGTGTACAGCTAT
GGCATTGTTCTTTTGGAGCTACTGACAGGGAGGAAAGCTGTGGATGATGACTCTAATTTGCATCAGCTGGTAAGATAATAGGATTTGTATTCTGTGAATTTGCTTCAGTTGCCATTGTTTCATTTTGTCGATTGGCAAGGTTGTTTGTCTTCAGATACTGCATGGACCAAGAAAATAAAGAAATAGCATATGTTTTCTTG
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CCATCTTTTAAACAAGCTCCAAGTATCAAGGTAAACCAACCGGCACCCAGTAGCAACTACAGGAGATACTTGGACGAGTATGCGAAAGGCAATCATAGAGATGTTACAGGCAGCAGCACTTCTGATGGGCAGTTATTTGTGAGATTTGGTGAGGTTATTTCACAGAACATTGTTTGACAGAACAAGCCTCGGATGGAGCT
CATAATCAAAAGTATCCAATTGTTGTTCATTCTACCTTTTAGTTCTGCCAGTGGATAAGCTAGCGTCTTCGGTTCCGTCAAAAGCTCAGATGTTGTCAACTGCAGAAGTCTGAACTTGTTAAAGCAAGATGAGAGAGCAAACCTTTTGTGCATCGCTTTGCAGAGAGGCGGGTAAGAATCTCTGCAATATATTTGTTGGT
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ATCAAAGTCCTCTCTGTCATAGCATGACAGCAATATATACATTGTTGCGATATATTAATTGTTCATGTGTTATACATGAATATTGTATGTCTTTATAGTGGATGTGTATTTTCTTATCAGTTGAGTTTTTCTTATAAAATGGATGTCTTTTTTC


>TRINITY_DN47959_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:
TCCAACAATATCAAGGGAGCAATTCCCATAGAGCTGGGATATATTATAAATCTAGACACACTGGACCTCTCTAAAAATGATATTTCTGGACCTATTCCGGGATCTGTTGGGGATTTGGAACATCTTTTAAAATTAGACCTTTCTGCTAAGTGAGTATCGGATAATATTCCTCAAGAACTTGGAAAGCTATAGAATTTGGT
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GAATATACTCGAAACAAACAAAAGCTTCTGTCTCAACACCAGCTATTGTTTGCATCTCATTTGGTTCAGTGATATTAGTGTGTGTGATCATTATAGCTCTCTTCCATTCAAATCACCCTAAACCATTCACCAAAGGGTCAGCAAGCAAAATGGGTCAAGGTTCTCCAAGGCTAGTAATATTGCACATGGACATGGCCCTA
CACATGTATGATGATATAATGAGAATCACTGAAAATTTGAATGAGAAATATATAATTGGCTATGGTGCTACAAGCACAGTTTATAAATGTGTTCTTAAGAACTGTAAACCAATTGCTATTAAAAGGCTATACACACACTATCCACAAAGCTTGCGGGAATTCGAAACCGAGTTAGAGACTGTTGGAAGCATCAAACATCG
GAATCTTGTCAGTTTGCGTGGGTATTCTCTTTCTCCACATGGCAACTTGCTGTTCTACGACTACATGGCAAATGGAAGTTTGTGGGATATCTTACATGgtgagtggaatggatggcaacaactatcaagaaaaaattagatgttcgaggggcaataaaggcctcactggagattccaaccagcttttcatatataatgtt
ttctaatgtcctaattggaaaatctaagaatctaagcaatgcctcttgtatgtag
GATCTTCTAAAAAGATTAAGCTAGACTGGAACACTCGTCTAAGGATTGCTTTGGGAGCTGCACAAGGTCTAGCATATCT