sp|D0EL35|CTC1_ARATH ----> CST complex subunit CTC1

Intron 1 GTGGGTGGTG ... AAATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.54	5	4	12
A2	59.38	13	17	21
A3	57.63	6	10	6.3
A4	45.31	9.7	11	5
A5	100	0	0	2
A6	55.56	18	26	19
A7	43.9	23	23	13
A8	48.87	34	30	35
A9	56.1	18	28	18
A10	50	14	9	19

>TRINITY_DN98671_c0_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

AATGAACCTACTTCATCAGTGAACCTTAGAGATGTTATGCTTTACATTCCATGTGAAGCAATTGTTATCATACAAGAGTTTATTGAGCATGTCAAAGCTAACATGATCCCTATAATCATGGGTGTGTATGATGCTTTTGAAAAATGTTTAGCTCACAGAACCATGGTAGGTGCCCCTCCACAATTTTCTAAGGCTACAGT
AACTGATAATAGTACCAAATTTGAAGGTAATTTACTGGAGGGAGAGTTGATATCCTTGCATGGAGAAGTTAAAGATGTCCTTTGCAAGGAACTGAATCCTTTTCTAAAGGAAAATAGAAACAGTTGCAAATGTCTATCTGCAGATATCAGTTCAATCTTTCTTCAGAAAGTAATGTACACTATCCATTTACAAGGCTCAC
ATGGTTCTGAGAAGATCCATCTTCGTGGAATATTCAAGAAATGTGTTTTGCCTCTTGGATTTGGACCAGGAGTGACTGCATCATTTTATCGTGTGCTTTTACGAAGTGACCCCAATGGAGAACAAGAGTTGTTGATTACTCCAGCATCATCTATTATGGTTAAGGCCACAAAAGAGGTTCTGTATCATGCTAATGGTAGA
TATAACACTGAAGCCAGTGATCCGTTGCTTACACAGAATGACAGGAACATTAAGGATTCGATTTTGATTTCATGTTTATCTAATGGCATTACTGAAGAAGGCATAAGACTTTGTTGCAGGGTTGTTTCTGTTCAGAGTTTAGTTCTAGAATGGCAGCCTGGAAAATATGAATCTGCTTGTTCATTGTTAAGAGGTGCCTT
AAATTCTATTCAAATAATTTCAGGGACTTTCATTTTAGATGATGGCTCAGGATTATGTGATTGCTGGGCTAGTGGTGTGAGGGCAGCACATCTTCTTAGTATATATTCAACAGCTAGAGAAATTTTTGAGAACTTGGGATCTCCACACAAGTTTTCAAAGAGAGGTGGAAAGAAGCCTAAGAGTACTGTTGGTTTCTTTC
TAGAAAAGTTGGCAAAGAAGCATCGACAAATTACTGTACAAAAGAACAATAGTGTGAGTTCCTCACATGCAAAGTTTATGATCCAAGGAGCTTCAAAGGAGATTCTAAGTCCAGAAGAGCAAATACTGATTTTGTTTGTCCTTGGAAAGGCATGTGATTCTGCTCCACTGGTGATTATTGGTAGCATTCTTAATTCACCA
GATCAAGAAACTGGAGAACAAAGCACGCATGATAAACTCGAAATAACTGGTGATCAGGAGAATTTTAGTACACTTACAGAATGCAGAAGAAAGATTTTGGCTAGACATGTTTCTGCTGTTAACTACTTACAGGAGGCTGGCAACATTTTTGAAGAGCTCGCCTGTGAAATTTAGTGGAACGGATGCAATGATTCACTTTT
TATGTTTTTCAGGTTTGCAAAGTTCTAGTGAAAATGCTTGATTGCATTCCCAGACATTTGTGATTGAGTGAGATCTGTCATGTTTATACCAAAAGGGTTGCATGGTACACAGCTGGAGGCAATCTAATTAACCAGAGATTGATTTGATATAGTACTCCATCTCGTACTTGTACCTGTTGTATTTGCTGTAAGATGTAATG
ATAATTCAACACTATTTATTTAATCAGAACTAGGCAATTCAAAGGCTTGATCCATCATGCTAATTTTCATTGAGATCAGATGGTTTAGCCTCATGTGAAGCTGGTTATGGATTCTGAGGAAGGGAATTTGAAGGAACTTGGAAGGGGCTTTTGACCAACGGAAATAAAATAATATAAAGAAGTTGTTTGGTCTCCATCAA
ATACAGCTCTTGATATAAGATATGATTGCACTTCGAAGATGATCTTTATAAGGGCATGGATGTTTGAAGAAAACATCAAGAATCCGAAGGAGATTGACGATATATGGTGCCGAGTTTATAGGCTGATTCCTCGCATCAATCTGTGCCCCATGGTAATCATTTTATTGTACTAGTAACCACTGCCATCTTTACATAAAGGC
AAAGTTGTATATTATATTTCAGGAGAATATGTATTTGTATCATAGTGGTTATATATTTTTCCATTTTATTTGTTTTGTTTTTCTTGTAATGAATCAGGTATTGTTATCTAC

>TRINITY_DN98671_c0_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AATGAACCTACTTCATCAGTGAACCTTAGAGATGTTATGCTTTACATTCCATGTGAAGCAATTGTTATCATACAAGAGTTTATTGAGCATGTCAAAGCTAACATGATCCCTATAATCATGGGTGTGTATGATGCTTTTGAAAAATGTTTAGCTCACAGAACCATGGTAGGTGCCCCTCCACAATTTTCTAAGGCTACAGT
AACTGATAATAGTACCAAATTTGAAGGTAATTTACTGGAGGGAGAGTTGATATCCTTGCATGGAGAAGTTAAAGATGTCCTTTGCAAGGAACTGAATCCTTTTCTAAAGGAAAATAGAAACAGTTGCAAATGTCTATCTGCAGATATCAGTTCAATCTTTCTTCAGAAAGTAATGTACACTATCCATTTACAAGGCTCAC
ATGGTTCTGAGAAGATCCATCTTCGTGGAATATTCAAGAAATGTGTTTTGCCTCTTGGATTTGGACCAGGAGTGACTGCATCATTTTATCGTGTGCTTTTACGAAGTGACCCCAATGGAGAACAAGAGTTGTTGATTACTCCAGCATCATCTATTATGGTTAAGGCCACAAAAGAGGTTCTGTATCATGCTAATGGTAGA
TATAACACTGAAGCCAGTGATCCGTTGCTTACACAGAATGACAGGAACATTAAGGATTCGATTTTGATTTCATGTTTATCTAATGGCATTACTGAAGAAGGCATAAGACTTTGTTGCAGGGTTGTTTCTGTTCAGAGTTTAGTTCTAGAATGGCAGCCTGGAAAATATGAATCTGCTTGTTCATTGTTAAGAGGTGCCTT
AAATTCTATTCAAATAATTTCAGGGACTTTCATTTTAGATGATGGCTCAGGATTATGTGATTGCTGGGCTAGTGGTGTGAGGGCAGCACATCTTCTTAGTATATATTCAACAGCTAGAGAAATTTTTGAGAACTTGGGATCTCCACACAAGTTTTCAAAGAGAGGTGGAAAGAAGCCTAAGAGTACTGTTGGTTTCTTTC
TAGAAAAGTTGGCAAAGAAGCATCGACAAATTACTGTACAAAAGAACAATAGTGTGAGTTCCTCACATGCAAAGTTTATGATCCAAGGAGCTTCAAAGGAGATTCTAAGTCCAGAAGAGCAAATACTGATTTTGTTTGTCCTTGGAAAGGCATGTGATTCTGCTCCACTGGTGATTATTGGTAGCATTCTTAATTCACCA
GATCAAGAAACTGGAGAACAAAGCACGCATGATAAACTCGAAATAACTGGTGATCAGGAGAATTTTAGTACACTTACAGAATGCAGAAGAAAGATTTTGGCTAGACATGTTTCTGCTGTTAACTACTTACAGGAGGCTGGCAACATTTTTGAAGAGCTCGCCTGTGAAATTTAGTGGAACGGATGCAATGATTCACTTTT
TATGTTTTTCAGGTTTGCAAAGTTCTAGTGAAAATGCTTGATTGCATTCCCAGACATTTGTGATTGAGTGAGATCTGTCATGTTTATACCAAAAGGGTTGCATGGTACACAGCTGGAGGCAATCTAATTAACCAGAGATTGATTTGATATAGTACTCCATCTCGTACTTGTACCTGTTGTATTTGCTGTAAGATGTAATG
ATAATTCAACACTATTTATTTAATCAGAACTAGGCAATTCAAAGGCTTGATCCATCATGCTAATTTTCATTGAGATCAGATGGTTTAGCCTCATGTGAAGCTGGTTATGGATTCTGAGGAAGGGAATTTGAAGGAACTTGGAAGGGGCTTTTGACCAACGGAAATAAAATAATATAAAGAAGTTGTTTGGTCTCCATCAA
ATACAGCTCTTGATATAAGATATGATTGCACTTCGAAGATgtgggtggtggtaaattctatttttttatattctggctttgaagatgcaccagagcagacatcttggactactgactcagtttctattctgtattgactttatcaaatttacagGATCTTTATAAGGGCATGGATGTTTGAAGAAAACATCAAGAATCCG
AAGGAGATTGACGATATATGGTGCCGAGTTTATAGGCTGATTCCTCGCATCAATCTGTGCCCCATGGTAATCATTTTATTGTACTAGTAACCACTGCCATCTTTACATAAAGGCAAAGTTGTATATTATATTTCAGGAGAATATGTATTTGTATCATAGTGGTTATATATTTTTCCATTTTATTTGTTTTGTTTTTCTTG
TAATGAATCAGGTATTGTTATCTAC

Intron 2 GTTGTTTCTG ... TTCATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.35	8	8	25
A2	88.89	2	18	14
A3	67.57	6	6	19
A4	65.22	8	14	16
A5	52.38	5	2	9
A6	69.23	2	2	7
A7	70.21	7	10	23
A8	77.27	5	13	21
A9	75.61	5	11	20
A10	64.71	6	10	12

>TRINITY_DN44684_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

CTTCATCAGTGAACCTTAGAGATGTTATGCTTTACATTCCATGTGAAGCAATTGTTATCATACAAGAGTTTATTGAGCATGTCAAAGCTAACATGATCCCTATAATCATGGGTGTGTATGATGCTTTTGAAAAATGTTTAGCTCACAGAACCAGGGTAGGTGCCCCTCAACAATTTTCTAAGGCTACAGTAACTGATAAT
AGTACCAAATTTGAAGGTAATTTACTGGAGGGAGAGTTGATATCCTTGCATGGAGAAGTTAAAGATGTCCTTTGCAAGGAACTGAATCCTTTTCTAAAGGAAAATAGAAACAGTTGCAAATGTCTATCTGCAGATATCAGTTCAATCTTTCTTCAGAAAGTAATGTACACTATCCATTTACAAGGCTCACATGGTTCTGA
GAAGATCCATCTTCGTGGAATATTCAAGAAATGTGTTTTGCCTCTTGGATTTGGACCAGGAGTGACTGCATCATTTTATCGTGTGCTTTTACGAAGTGACCCCAATGGAGAACAAGAGTTGTTGATTACTCCAGCATCATCTATTATGGTTAAGGCCACAAAAGAGGTTCTGTATCATGCTAATGGTAGATATAACACTG
AAGCCAGTGATCCGTTGCTTACACAGAATGACAGGAACATTAAGGATTCGATTTTGATTTCATGTTTATCTAATGGCATTACTGAAGAAGGCATAAGACTTTGTTGCAGGATGATGGCTCAGGATTATGTGATTGCTGGGCTAGTGGTGTGAGGGCAGCACATCTGCTTAGTATATATTCAACAGCTAGAGAAATTTTTG
AGAACTTGGGATCTCCACACAAGTTTTCAAAGAGAGGTGGAAAGAAGCCTAAGAGTACTGTTGGTTTCTTTCTAGAAAAGTTGGCAAAGAAGCATCGACAAATTACTGTACAAAAGAACAATAGTGTGAGTTCCTCACATGCAAAGTTTATGATCCAAGGAGCTTCAAAGGAGATTCTAAGTCCAGAAGAGCAAATACTG
ATTTCGTTTGTCCTTGGAAAGGCATGTGATTCTGCTCCACTGGTGATTATTGGTAGCATTCTTAATTCACCAGATCAAGAAACTGGAGAACAAAGCACGCATGATAAACTCGAAATAACTGGTGATCAGGAGAATTTTAGTACACTTACAGAATGCAGAAGAAAGATTTTGGCTAGACATGTTTCTGCTGTTAACTACTT
ACAGGAGGCTGGCAACATTTTTGAAGAGCTCGCCTGTGAAATTTAGTGGAACGGATGCAATGATTCACTTTTTATGTTTTTCAGGTTTGCAAAGTTCTAGTGAAAATGCTTGATTGCATTCCCAGACATTTGTGATTGAGTGAGATCTGTCATGTTTATACCAAAAGGGTTGCATGGTACACAGCTGGAGGCAATCTAAT
TAACCAGAGATTGATTTGATATAGTACTCCATCTCGTACTTGTACCTGTTGTATTTGCTGTAAGATGTAATGATAATTCAACACTATTTATTTAATCAGAACTAGGCAATTCAAAGGCTTGATCCATCATGCTAATTTTCATTGAGATCAGATGGTTTAGCCTCATGTGAAGCTGGTTATGGATTCTGAGGAAGGGAATT
TGAAGGAACTTGGAAGGGGCTTTTGACCAACGGAAATAAAATAATATAAAGAAGTTGTTTGGTCTCCATCAAATACAGCTCTTGATATAAGATATGATTGCACTTCGAAGATG

>TRINITY_DN44684_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CTTCATCAGTGAACCTTAGAGATGTTATGCTTTACATTCCATGTGAAGCAATTGTTATCATACAAGAGTTTATTGAGCATGTCAAAGCTAACATGATCCCTATAATCATGGGTGTGTATGATGCTTTTGAAAAATGTTTAGCTCACAGAACCAGGGTAGGTGCCCCTCAACAATTTTCTAAGGCTACAGTAACTGATAAT
AGTACCAAATTTGAAGGTAATTTACTGGAGGGAGAGTTGATATCCTTGCATGGAGAAGTTAAAGATGTCCTTTGCAAGGAACTGAATCCTTTTCTAAAGGAAAATAGAAACAGTTGCAAATGTCTATCTGCAGATATCAGTTCAATCTTTCTTCAGAAAGTAATGTACACTATCCATTTACAAGGCTCACATGGTTCTGA
GAAGATCCATCTTCGTGGAATATTCAAGAAATGTGTTTTGCCTCTTGGATTTGGACCAGGAGTGACTGCATCATTTTATCGTGTGCTTTTACGAAGTGACCCCAATGGAGAACAAGAGTTGTTGATTACTCCAGCATCATCTATTATGGTTAAGGCCACAAAAGAGGTTCTGTATCATGCTAATGGTAGATATAACACTG
AAGCCAGTGATCCGTTGCTTACACAGAATGACAGGAACATTAAGGATTCGATTTTGATTTCATGTTTATCTAATGGCATTACTGAAGAAGGCATAAGACTTTGTTGCAGGgttgtttctgttcagagtttagttctagaatggcagcctggaaaatatgaatctgcttgttcattgttaagaggtgccttaaattctatt
caaataatttcagggactttcattttagATGATGGCTCAGGATTATGTGATTGCTGGGCTAGTGGTGTGAGGGCAGCACATCTGCTTAGTATATATTCAACAGCTAGAGAAATTTTTGAGAACTTGGGATCTCCACACAAGTTTTCAAAGAGAGGTGGAAAGAAGCCTAAGAGTACTGTTGGTTTCTTTCTAGAAAAGTT
GGCAAAGAAGCATCGACAAATTACTGTACAAAAGAACAATAGTGTGAGTTCCTCACATGCAAAGTTTATGATCCAAGGAGCTTCAAAGGAGATTCTAAGTCCAGAAGAGCAAATACTGATTTCGTTTGTCCTTGGAAAGGCATGTGATTCTGCTCCACTGGTGATTATTGGTAGCATTCTTAATTCACCAGATCAAGAAA
CTGGAGAACAAAGCACGCATGATAAACTCGAAATAACTGGTGATCAGGAGAATTTTAGTACACTTACAGAATGCAGAAGAAAGATTTTGGCTAGACATGTTTCTGCTGTTAACTACTTACAGGAGGCTGGCAACATTTTTGAAGAGCTCGCCTGTGAAATTTAGTGGAACGGATGCAATGATTCACTTTTTATGTTTTTC
AGGTTTGCAAAGTTCTAGTGAAAATGCTTGATTGCATTCCCAGACATTTGTGATTGAGTGAGATCTGTCATGTTTATACCAAAAGGGTTGCATGGTACACAGCTGGAGGCAATCTAATTAACCAGAGATTGATTTGATATAGTACTCCATCTCGTACTTGTACCTGTTGTATTTGCTGTAAGATGTAATGATAATTCAAC
ACTATTTATTTAATCAGAACTAGGCAATTCAAAGGCTTGATCCATCATGCTAATTTTCATTGAGATCAGATGGTTTAGCCTCATGTGAAGCTGGTTATGGATTCTGAGGAAGGGAATTTGAAGGAACTTGGAAGGGGCTTTTGACCAACGGAAATAAAATAATATAAAGAAGTTGTTTGGTCTCCATCAAATACAGCTCT
TGATATAAGATATGATTGCACTTCGAAGATGATGTTTATAAGGGCATGGATGTTTGAAGAAAACATCAAGAATCCGAAGGAGATTGACGATATATGGTGCCGAGTTTATAGGCTGATTCCTTGCATCAATCTGTGCCCCATGGTAATCATTTTATTGTACTAGTAACCACTGCCATCTTTACATAAAGGCAAAGTTGTAT
ATTATATTTCAGGAGAATATGTATTTGTATCATAGTGGTTATATATTTTTCCATTTTATTTGTTTTGTTTTTCTTGTAATGAATCAGGTATTGTTATCTACTAATAAACATAGTCATCAAATATAATTACAAGAGTCACAGTCATGGCTCAAAAATTAGAACCATCTGATGACTCCAACCCCATACAGCATGATCTTTAC
GCAAAAGCTGTTGAGATTAAAGAGAAGACATGGCATGACGGATTATAGATGCCTATATCATTATAAAGTGTTTAGCTATTCATTTTACTATCAATTGATCTTCCTACAAGCATATAGAAGAATCC