sp|Q8L836|MA657_ARATH ----> 65-kDa microtubule-associated protein 7
Intron 1 GTATTTATTC ... TTATTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.85 | 184 | 18 | 86 |
| A2 | 38.52 | 174 | 18 | 109 |
| A3 | 35.73 | 286 | 15 | 159 |
| A4 | 35.71 | 117 | 10 | 65 |
| A5 | 38.35 | 82 | 5 | 51 |
| A6 | 32.62 | 630 | 8 | 305 |
| A7 | 37.46 | 1057 | 68 | 633 |
| A8 | 33.88 | 802 | 29 | 411 |
| A9 | 35.28 | 877 | 97 | 478 |
| A10 | 37.12 | 1030 | 45 | 608 |
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i4 from sample A5 / Example spliced isoformATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAG
TTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGAC
CAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCA
GTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAA
ATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACA
TCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTT
GAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAA
AGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTT
GTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAA
TGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTG
GGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAAT
TAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATG
TGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAG
ATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTAT
CTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACCC
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:ATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGACTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGC
TGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCT
CCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATA
GGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAA
CTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGT
CAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGT
GCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAA
TGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGTAATCAGTAAATTTTATATGGAGTTTAACA
GACTGATTCTTTTCAAGCAATGGATAGTTTGTGGGGTTTGCTGATTACGAAACTGATCAAACTGATTATAGACAATTAATGACTTTGTAAATAGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGGTATATTAGAGATCTGAA
CTCATCCAAAATGGTAATGTTTATTGTTCCAGGTTTTTTAGCAATTGACATTTTGCTGGTGCATTTTGGTCCAGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTGAGTCAAACCTGTTCTGTTAACTATATATATCTTTCTTGTTGTCTATATG
TTTTTCAGTTTTTTTTCTATGTTCCAATAGTGGTTATATTATTTCAAAAAATGCAGGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGgtatttattccgggatgtcttagcattctgaaattctaatttactagaactacttaaacatgactttgc
atattaaattgtttattcacagGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTG
ATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAG
TTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTG
AACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAG
TTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTA
CGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACC
C
Intron 2 GTGGGTTCAA ... TTGCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.39 | 207 | 0 | 32 |
| A2 | 17.02 | 195 | 0 | 40 |
| A3 | 19.25 | 214 | 1 | 51 |
| A4 | 13.99 | 123 | 0 | 20 |
| A5 | 21.88 | 100 | 1 | 28 |
| A6 | 15.75 | 123 | 0 | 23 |
| A7 | 16.12 | 458 | 0 | 88 |
| A8 | 14.44 | 243 | 0 | 41 |
| A9 | 15.37 | 446 | 0 | 81 |
| A10 | 16.87 | 473 | 0 | 96 |
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i4 from sample A5 / Example spliced isoformATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAG
TTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGAC
CAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCA
GTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAA
ATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACA
TCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTT
GAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAA
AGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTT
GTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAA
TGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTG
GGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAAT
TAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATG
TGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAG
ATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTAT
CTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACCC
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:AAAAGAAACTTAGAATTCAAAAAgtgggttcaatatgcttaggatcactgcattttgagttaatgccactatatttctgcctgttcaatttctttttaagcatacattttttaatgttttgctctgtcattgctttcagTTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAG
AAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACAT
ATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTA
CAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATA
CCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGT
GCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGT
GTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTT
AAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAG
GCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTA
GCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGG
TAAAACCATTGCTTAGTGCACCC
Intron 3 GTAAAATGTT ... CTTTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.72 | 71 | 25 | 101 |
| A2 | 60.91 | 77 | 24 | 120 |
| A3 | 60.62 | 76 | 31 | 117 |
| A4 | 62.56 | 76 | 18 | 127 |
| A5 | 67.9 | 26 | 10 | 55 |
| A6 | 60.34 | 23 | 5 | 35 |
| A7 | 66.52 | 75 | 29 | 149 |
| A8 | 64.89 | 33 | 8 | 61 |
| A9 | 58.95 | 78 | 30 | 112 |
| A10 | 65.59 | 96 | 30 | 183 |
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i4 from sample A5 / Example spliced isoformATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAG
TTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGAC
CAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCA
GTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAA
ATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACA
TCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTT
GAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAA
AGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTT
GTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAA
TGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTG
GGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAAT
TAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATG
TGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAG
ATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTAT
CTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACCC
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:ATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGgtaaaatgtttacctgtcaaatgacttgacttgagtcctcccgtcgctttatctcgtcgc
tgtgcaaagctttttccgtaacattttatttctgtattttcttgttctgctttttccagTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCT
CCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATA
GGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAA
CTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGT
CAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGT
GCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAA
TGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAG
CTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGG
TTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGT
AAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGG
TTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTT
CATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTG
TTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGAT
AGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACCC
Intron 4 GTATATTAGA ... TTTGGTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.29 | 206 | 10 | 4 |
| A2 | 0.97 | 205 | 4 | 0 |
| A3 | 1.18 | 293 | 6 | 1 |
| A4 | 2.2 | 111 | 4 | 1 |
| A5 | 3.06 | 111 | 5 | 2 |
| A6 | 0.81 | 366 | 6 | 0 |
| A7 | 1.46 | 912 | 19 | 8 |
| A8 | 1.5 | 622 | 13 | 6 |
| A9 | 1.31 | 791 | 12 | 9 |
| A10 | 2.16 | 770 | 28 | 6 |
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i4 from sample A5 / Example spliced isoformATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAG
TTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGAC
CAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCA
GTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAA
ATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACA
TCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTT
GAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAA
AGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTT
GTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAA
TGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTG
GGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAAT
TAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATG
TGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAG
ATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTAT
CTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACCC
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:ATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGACTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGC
TGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCT
CCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATA
GGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAA
CTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGT
CAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGT
GCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAA
TGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGTAATCAGTAAATTTTATATGGAGTTTAACA
GACTGATTCTTTTCAAGCAATGGATAGTTTGTGGGGTTTGCTGATTACGAAACTGATCAAACTGATTATAGACAATTAATGACTTTGTAAATAGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGgtatattagagatctgaa
ctcatccaaaatggtaatgtttattgttccaggttttttagcaattgacattttgctggtgcattttggtccagCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTGAGTCAAACCTGTTCTGTTAACTATATATATCTTTCTTGTTGTCTATATG
TTTTTCAGTTTTTTTTCTATGTTCCAATAGTGGTTATATTATTTCAAAAAATGCAGGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGTATTTATTCCGGGATGTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGC
ATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTG
ATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAG
TTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTG
AACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAG
TTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTA
CGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACC
C
Intron 5 GTGAGTCAAA ... AAAAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.5 | 206 | 11 | 13 |
| A2 | 1.66 | 148 | 2 | 3 |
| A3 | 0.4 | 247 | 1 | 1 |
| A4 | 1.8 | 109 | 3 | 1 |
| A5 | 5.81 | 81 | 2 | 8 |
| A6 | 0.39 | 380 | 2 | 1 |
| A7 | 1.06 | 790 | 11 | 6 |
| A8 | 0.99 | 601 | 7 | 5 |
| A9 | 2.58 | 699 | 9 | 28 |
| A10 | 2.25 | 695 | 17 | 15 |
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i4 from sample A5 / Example spliced isoformATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAG
TTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGAC
CAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCA
GTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAA
ATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACA
TCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTT
GAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAA
AGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTT
GTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAA
TGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTG
GGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAAT
TAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATG
TGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAG
ATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTAT
CTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACCC
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:ATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGACTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGC
TGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCT
CCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATA
GGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAA
CTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGT
CAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGT
GCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAA
TGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGTAATCAGTAAATTTTATATGGAGTTTAACA
GACTGATTCTTTTCAAGCAATGGATAGTTTGTGGGGTTTGCTGATTACGAAACTGATCAAACTGATTATAGACAATTAATGACTTTGTAAATAGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGGTATATTAGAGATCTGAA
CTCATCCAAAATGGTAATGTTTATTGTTCCAGGTTTTTTAGCAATTGACATTTTGCTGGTGCATTTTGGTCCAGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCgtgagtcaaacctgttctgttaactatatatatctttcttgttgtctatatg
tttttcagttttttttctatgttccaatagtggttatattatttcaaaaaatgcagGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGTATTTATTCCGGGATGTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGC
ATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTG
ATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAG
TTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTG
AACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAG
TTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTA
CGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACC
C
Intron 6 GTCAGCCTTT ... CACTCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.43 | 208 | 56 | 38 |
| A2 | 19.57 | 148 | 36 | 36 |
| A3 | 17.67 | 240 | 68 | 35 |
| A4 | 20.29 | 163 | 44 | 39 |
| A5 | 14.63 | 70 | 10 | 14 |
| A6 | 19.22 | 748 | 164 | 192 |
| A7 | 18.12 | 879 | 193 | 196 |
| A8 | 19.24 | 917 | 212 | 225 |
| A9 | 21.95 | 745 | 213 | 206 |
| A10 | 17.54 | 790 | 161 | 175 |
>TRINITY_DN40966_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformGTCGCAGTTTCAAACCTCGTGCATTAATGCAGGCGAATAAAAGAATGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGA
CTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGCTGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCA
GTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGAC
AAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAAT
TTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGA
AGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAA
AGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATAT
GGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACA
ACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACC
TTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGC
CATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGT
CAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAA
AGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGC
TCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGC
ATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTA
AAACCATTGCTTAGTGCATCC
>TRINITY_DN40966_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTGGCTTGAAGACTACAACAGGGTAATCAGTAAATTTTATATGGAGTTTAACAGACTGATTCTTTTCAAGCAATGGATAGTTTGTGGGGTTTGCTGATTACGAAACTGATCAAACTGATTATAGACAATTAATGACTTTGTAAATAGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGC
AGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGGTATATTAGAGATCTGAACTCATCCAAAATGGTAATGTTTATTGTTCCAGGTTTTTTAGCAATTGACATTTTGCTGGTGCATTTTGGTCCAGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGG
CGTGAGTCAAACCTGTTCTGTTAACTATATATATCTTTCTTGTTGTCTATATGTTTTTCAGTTTTTTTTCTATGTTCCAATAGTGGTTATATTATTTCAAAAAATGCAGGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGTATTTATTCCGGGAT
GTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGCATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAAC
CCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTG
GTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGgtcagcctttgttttgcggctagggacttgtaaatataacttgaatgtaaacactttgtttcctgcatttcttttcttggaggagttccataagaaactttgtgctattttctgtaaactatggtgttttgcattttaataataaat
atgcacaatcttcaaataatgaatcaagttttgtttgcactctttagTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGA
CCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGA
GTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTG
TTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATG
TGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCATCC
Intron 7 GTAATCAGTA ... TTGTAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.4 | 174 | 30.5 | 8 |
| A2 | 3.21 | 181 | 25.5 | 6 |
| A3 | 3.29 | 206 | 35.5 | 7 |
| A4 | 2.44 | 80 | 17.5 | 2 |
| A5 | 6.58 | 71 | 11 | 5 |
| A6 | 1.02 | 290 | 42 | 3 |
| A7 | 1.37 | 646 | 105 | 9 |
| A8 | 1.09 | 452 | 69.5 | 5 |
| A9 | 1.67 | 529 | 86 | 9 |
| A10 | 2.74 | 569 | 80.5 | 16 |
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i4 from sample A5 / Example spliced isoformATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAG
TTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCTCCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGAC
CAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATAGGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCA
GTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAACTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAA
ATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGTCAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACA
TCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGTGCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTT
GAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAATGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAA
AGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTT
GTATATGATGGCGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAA
TGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTGATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTG
GGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAGTTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAAT
TAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTGAACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATG
TGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAGTTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAG
ATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTACGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTAT
CTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACCC
>TRINITY_DN103065_c0_g3_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:ATAAAAGAAGGTGGGCGGTTTGACTGAAAGTATACAAATTAATACGGTGTCCATCTATCCGTTAAGGTTAAAACACAGCGGCCATTTAAAGACATTTTAGTGGGGTTTTTGAGTTTTATCTCGAGGATTTAAACTTCACGGTAAAATGTTTACCTGTCAAATGACTTGACTTGAGTCCTCCCGTCGCTTTATCTCGTCGC
TGTGCAAAGCTTTTTCCGTAACATTTTATTTCTGTATTTTCTTGTTCTGCTTTTTCCAGTGATCTGAGGTTCGAATCCCTCATCTAAGCTCAGCGAAGCAGTGAATTCGTGTCGAGAAGTTTGAAAGCTAACCAGCGGTGTGTCTCGAATGATACCCTCGGCCAGTGAGCTGTCTGTCCGCATGGACACTACTTGCAGCT
CCTTGCTGCGAGAACTTCAGCATATTTGGGATGAGATTGGAGAAAGTGATGTCGAGAGGGACAAGATGCTTTTAGAACTGGAGAAAGAGTGTTTGGAGGTTTACTGTAGGAAGGTGGACCAAGCTAGCCATGCAAGGGCACGGCTTCATCAGTCACTTGCAGACAAGGAAGCAGAGCTTGCATTTCTGATAGCTTCCATA
GGAGACAGGAATCTTCACTCTCAGCCAGAGAAAATACCAGGAACCTTGAAAGAGCAGCTTGCAATCGTCACCCCACAATTAGAAGAGTTGCGATTAAGAAAGGAGGAGCGCATTAAGCAGTTTGCAGAAGTGAAAGCGCAAATTCAAAAAATATCTGGAGAAATTTCAGGTTATTCCCATCGAAGTGATGTTGTTCTGAA
CTCAATCAATGGGGAAGAAGATGACTTGTCACTTAGAAAGTTAGATGAGTATCATGCACATCTTCAAGCACTCCAGAAAGAGAAGAGTGACCGCCTTCGCAAGGTACTGGAATATATAAATGAGGTGCATGGACTTTGTGCGGTACTTGGTATGGACTTCTGGAAGACTGTCAGTGAAGTACATCCAAGTTTGCCTGAGT
CAGCTCCTGGACAGACAAAAAACATTAGCAACGAGACATTGGAGGGATTATCGCAGACCATTCAGACATTGAAAGATGAAAAGAAACTTAGAATTCAAAAATTGCAAGATCTTGGAACATCTTTGGTTGAACTTTGGAACCTGATGGATACTTCAATGGAAGAAAGAGAACGATTTAGAAATGTTGTATGCAATCTTGGT
GCATTAGATAATGAAGTGACAGGCTCAGGTGCTCTTGCACTGGACATCATTGAGCAGGCGGAGGTAGAAGTTGAAAGATTGAATCTGCTGAAGGCAAGCAAAATGAAAGAATTAGTGTTGAAAAAGAGGATAGAGTTGGAGGAAATATGCAGACGAGCACATATGGAACCAGATGCCAGCACGGCACCAGAGAAGTCCAA
TGCTCTGATTGATGCTGGTATGGTGGACCCTTCTGAGCTTCTAGCTAATATTGAATCACAAATATTGAAAGCAAAGGAAGATGTTGTAAGCAGGAAAGAAATTATGGATAAAATAGAAAAGTGGCTTGCAGCTTGTGAAGAGGAAAGCTGGCTTGAAGACTACAACAGGgtaatcagtaaattttatatggagtttaaca
gactgattcttttcaagcaatggatagtttgtggggtttgctgattacgaaactgatcaaactgattatagacaattaatgactttgtaaatagGATGAGAATAGATACAGTGCTAGCAAGGGAGCTCACATAAATCTCAAACGTGCAGAGCGGGCTCGAGTAACTGTGAACAAAATTCCTGGTATATTAGAGATCTGAA
CTCATCCAAAATGGTAATGTTTATTGTTCCAGGTTTTTTAGCAATTGACATTTTGCTGGTGCATTTTGGTCCAGCTCTTGTTGAGAATTTGAAGGCTAAAACACGTGCTTGGGAAGAAGAAAAAGGAATACCTTTTGTATATGATGGCGTGAGTCAAACCTGTTCTGTTAACTATATATATCTTTCTTGTTGTCTATATG
TTTTTCAGTTTTTTTTCTATGTTCCAATAGTGGTTATATTATTTCAAAAAATGCAGGTACGGTTGCTGGCAATGCTCGAGGAGTATACCTTTGTGAGACAAGAAAGGGAGGAGCAAAAGAAACGGTTTCGGGTATTTATTCCGGGATGTCTTAGCATTCTGAAATTCTAATTTACTAGAACTACTTAAACATGACTTTGC
ATATTAAATTGTTTATTCACAGGATCAGAAGCGGTTACAAGAACAATTTCTAACAGAGCAGGAAGCTTTGTTTGGATCCAAACCCAGTCCAAATAAAAATCATAGCATTAAGAGAGTACAGGGTTTGCGAGCAAATGGAAGCACAACCCCCACAAATCGTCGCCTTTCACTTGGAGGTGCCATGCTTTCAGGAAATTTTG
ATCTTACTCCTCGGGTAAATGGGATCACTCCACGACATAATGGATTTGGCAAGGATAGCAGGAGGAGGCCTGCAGCACCATTGAATTATGTCGCAATATGTAAAGAAGATACAGTCTCACTTGCATCTGTGGGTGGGTCTGAGTTTGGTTCTCCCTAGGCTGGATGACTTCAATTTGTGTCAAATATGCTATGCCCCAAG
TTTGTTTTGCAGATGGTTGAGCTGAACTGGAAGTAATCATTCAGAGAAGGATCAATGATGGATTTTCTGGGGCTGGTCTGTACTTTTAGTACACTTGTACAATGTAATTTGTACCAATATTTAGAGCTGGTGAATTAATCTTAGTGCCTAGGACCTCAGTTAACACACTCAACTTTTTAAAGAGATAGTTTAATGGCCTG
AACCGTCACTTAATTTCATTGCACTGGTTCATGAAATTGCCATTTGTAGTTTGTACAGTTTAGGTCATTGCTTGTGAGACCTAAGGTTGGTTGACTTTTATGATTGGAACTTTTCTTCTGTGAATTGATGTAATGTGGAATGGAAAGATTCGAGTCAGTACTCATTGTGGAGGAAAAGGCTCAGCATGATTATTGGATAG
TTTAACGATTCTCTTGTTTGGTTGGAGATCTGAAAGGCAGGTGTGAGCCTGTTTGCTGGAGCTTCACTCTTTAAGTTGGTTAATCTTGGATTGGCTCTACTAAAAATCTTTTCTGGTATGTTGGGCATTTGTGAGATACGTACTAGTACTGTGTTAATATATGGTCGAATATATTTTAGCATGGGACCAATGTTTTTCTA
CGTAGTTGATTTGGATAGTTTTCTGAAGTTGGTGGATTCTCTCTTTATAATATGAAGAAAATAGTGTAATTATTTTTCTTTCATGGTTGGCCATGATGAACATGAGCTGCAAGCTTATCTGTGGTTTTTGTTTATCTGGGATTTTCTTGAATGTGCAGTCAGATGTTTTGACTACAGGTAAAACCATTGCTTAGTGCACC
C