sp|Q9ZQ31|STY13_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase STY13
Intron 1 GTGAATTAAT ... TTCATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.59 | 13 | 10 | 5 |
| A2 | 8.33 | 22 | 0 | 4 |
| A3 | 16.67 | 15 | 4 | 2 |
| A4 | 10 | 9 | 0 | 2 |
| A5 | 17.65 | 7 | 1 | 2 |
| A6 | 21.39 | 79 | 18 | 25 |
| A7 | 14.84 | 66 | 9 | 14 |
| A8 | 16.56 | 63 | 13 | 12 |
| A9 | 20.42 | 76 | 13 | 26 |
| A10 | 16.8 | 52 | 9 | 12 |
>TRINITY_DN114457_c15_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGGGGCCGAATCTTCTTTTTCGTTGTAATCTCAAAATTAATTGTGTCGAGTGGCTCGCTCGCATCCTCCGAATCTCCAGGCCAATAAATTGTTATCTGTTACTGTATTTTGGGTCTTTGGGATATTCACGTCCCCTAATTTTCTTTTGTTAGTAATAACTCTTGCCTATTTCCAGTTGCATTTGCATTTGCATTTGCATTT
GATTCCATGAGTGAACAGAGACCTCCACTCCTGGCTCCTTGATTGAGGAGGCGCCTGAGTGTTATTTCTCACTATTTGTTATCCACTCAGGAAGTTGAATCGATCATGGAAACTACGGATTTGAGGAATCGGGGATCCGATGTGTAGGAGGCTCGATCTCGTGTTCTCTGTGCAGTAAATGTTTGAACATCACCCAATTG
ATCTGTGGGTATTCTGTTGGGTTTGTGGGTTTTCATTGTGAAGGATGGAGAAGGAGGATTCTCTGAGTGGGGATGGAGAAAACACGGAGAACGGCATGGAAGGGGATTGTAAGGGCGGCGAAAGCTCCAAAAAGAAGGAAGGGTTTTTCAGGGCAGACAAGATTGATCTGAAGAATTTAGATGCTCAGTTGGAGAGACAT
CTGTCCAAGGTATGGACTATGGAGAAGGAGGCCAAAAGACCGAAGGAGGACTGGGAAATCGACCTTAAGAAATTGGTTCTTAAGGGTAAGATAGCCCAGGGCACTTTTGGCAGTGTGTACAGAGGAGTCTTGGATGGTCAGGACGTTGCAGTAAAACTGCTTGACTGGGGAGAAGAGCAAATCAAAACAGAAGCTGAAGT
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CTTACCTTATAAAGAATCGAAGAAAAAAACTTGCTTTCGATATTGTGATCCAGTTAGCTTTGGACCTTTCAAGAGGGTTAAGCTATCTTCAATCAAAGAAGATAGTTCATAGAGATGTAAAAACAGAAAACGTGCTGCTGGACAAAAACCGAACACTTAAGATAGCAGACTTTGGTGTGGCTCGTGTTGAGGCTCAAAAT
CCCAAGGACATGACTGGTGAGACAGGAACCCTTGGTTACATGGCACCAGAGGTCCTTGATGGAAAACCATACAACAGAAAATGTGATGTTTACAGCTTCGGCATCTGTCTATGGGAGATTTACTGCTGTGATATGCCATATGCAGATTTGAGTTTTGCAGAGATGACCTCTGCAGTTGTCAAACAGAATCTGCGGCCGGA
AATTCCACGATGTTGCCCCAGTTCTCTTGCAAATGTGATGAAAAGATGCTGGGATGCTAATCCTGATAAGAGACCAGAGATGGATGAGGTGGTTAAAATGTTAGAGAATATAGATACCAATAAAGGTGGAGGAATGATCCCTCTTGATCAACCTCAGGGTTGTTTCTGCTTTTTCAAGCACCGTGGTCCTTAACTTATTT
GCTCAGAAACAGGTTAGAAAGGCTTAGTAAAACCTTTCTATGAAAAGCGATAAACGGGACGATTATTTCATTGGTTCATTCAGATAATGTTGCTTATAATAGCAAATATTCTTAAACACGAAAGGTTTTTCATTGAAAATAATCAGTTTGTGTATACAGCATTATGTGATTTTCTTTGTAAGACCAGATTGAATCTGGTT
CAGCTCTGTTCCAGATAGGCCAGATTGAATCTGGTTCCACTCTGGTCCAGATAGATTGGGCCCTGACATTTGTAGTTATGTTACTATGATTTGAATCAAGCGCATAGCTTGATATTGCCTTTGAAATAAATTACTCATCATTTAAAAATCCTTCACAGGCCATTTCTGTCTTTGGTGGAGCTAACCTCCATAGAGATAGG
AAAGGTTCTCCTTTTCTATGTGTAATACTGTTATGTCACTTACAGTTCTAGTTTAC
>TRINITY_DN114457_c15_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGGGCCGAATCTTCTTTTTCGTTGTAATCTCAAAATTAATTGTGTCGAGTGGCTCGCTCGCATCCTCCGAATCTCCAGGCCAATAAATTGTTATCTGTTACTGTATTTTGGGTCTTTGGGATATTCACGTCCCCTAATTTTCTTTTGTTAGTAATAACTCTTGCCTATTTCCAGTTGCATTTGCATTTGCATTTGCATTT
GATTCCATGAGTGAACAGAGACCTCCACTCCTGGCTCCTTGATTGAGGAGGCGCCTGAGTGTTATTTCTCACTATTTGTTATCCACTCAGGAAGTTGAATCGATCATGGAAACTACGGATTTGAGGAATCGGGGATCCGATGTGTAGGAGGCTCGATCTCGTGTTCTCTGTGCAGTAAATGTTTGAACATCACCCAATTG
ATCTGTGGGTATTCTGTTGGGTTTGTGGGTTTTCATTGTGAAGGATGGAGAAGGAGGATTCTCTGAGTGGGGATGGAGAAAACACGGAGAACGGCATGGAAGGGGATTGTAAGGGCGGCGAAAGCTCCAAAAAGAAGGAAGGGTTTTTCAGGGCAGACAAGATTGATCTGAAGAATTTAGATGCTCAGTTGGAGAGACAT
CTGTCCAAGGTATGGACTATGGAGAAGGAGGCCAAAAGACCGAAGGAGGACTGGGAAATCGACCTTAAGAAATTGGTTCTTAAGGGTAAGATAGCCCAGGGCACTTTTGGCAGTGTGTACAGAGGAGTCTTGGATGGTCAGGACGTTGCAGTAAAACTGCTTGACTGGGGAGAAGAGCAAATCAAAACAGAAGCTGAAGT
AGCTGCAATAAGATCTGCCTTTCGTCAAGAAGTAGCTGTATGGCATACACTGGAACATCGCAATGTAACGAAGTTTCTGGGAGCTTCAATGGGTTCCTCAGACCTTATAGTTAATCCAAATGGTACTGAAGGTAGCACTGAAGGTCCATCGAATGCTTGTTGTGTTGTTGTAGAGTATCTCGCTGGAGGAACACTGAAGT
CTTACCTTATAAAGAATCGAAGAAAAAAACTTGCTTTCGATATTGTGATCCAGTTAGCTTTGGACCTTTCAAGAGGGTTAAGCTATCTTCAATCAAAGAAGATAGTTCATAGAGATGTAAAAACAGAAAACGTGCTGCTGGACAAAAACCGAACACTTAAGATAGCAGACTTTGGTGTGGCTCGTGTTGAGGCTCAAAAT
CCCAAGGACATGACTGGTGAGACAGGAACCCTTGGTTACATGGCACCAGAGGTCCTTGATGGAAAACCATACAACAGAAAATGTGATGTTTACAGCTTCGGCATCTGTCTATGGGAGATTTACTGCTGTGATATGCCATATGCAGATTTGAGTTTTGCAGAGATGACCTCTGCAGTTGTCAAACAGgtgaattaatcatt
gtcacatttactctttaaaacaatttaagatttagtgtctttagagttcttagtcaaataagttgattttgcatcaatttgcttcatgtcagAATCTGCGGCCGGAAATTCCACGATGTTGCCCCAGTTCTCTTGCAAATGTGATGAAAAGATGCTGGGATGCTAATCCTGATAAGAGACCAGAGATGGATGAGGTGGTT
AAAATGTTAGAGAATATAGATACCAATAAAGGTGGAGGAATGATCCCTCTTGATCAACCTCAGGGTTGTTTCTGCTTTTTCAAGCACCGTGGTCCTTAACTTATTTGCTCAGAAACAGGTTAGAAAGGCTTAGTAAAACCTTTCTATGAAAAGCGATAAACGGGACGATTATTTCATTGGTTCATTCAGATAATGTTGCT
TATAATAGCAAATATTCTTAAACACGAAAGGTTTTTCATTGAAAATAATCAGTTTGTGTATACAGCATTATGTGATTTTCTTTGTAAGACCAGATTGAATCTGGTTCAGCTCTGTTCCAGATAGGCCAGATTGAATCTGGTTCCACTCTGGTCCAGATAGATTGGGCCCTGACATTTGTAGTTATGTTACTATGATTTGA
ATCAAGCGCATAGCTTGATATTGCCTTTGAAATAAATTACTCATCATTTAAAAATCCTTCACAGGCCATTTCTGTCTTTGGTGGAGCTAACCTCCATAGAGATAGGAAAGGTTCTCCTTTTCTATGTGTAATACTGTTATGTCACTTACAGTTCTAGTTTAC
Intron 2 GTTAGTAATA ... ATCCACTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80 | 4 | 9 | 16 |
| A2 | 86.21 | 4 | 6 | 25 |
| A3 | 80 | 6 | 4 | 24 |
| A4 | 67.86 | 9 | 6 | 19 |
| A5 | 84.62 | 2 | 1 | 11 |
| A6 | 69.23 | 8 | 7 | 18 |
| A7 | 83.33 | 7 | 4 | 35 |
| A8 | 90.91 | 1 | 4 | 10 |
| A9 | 73.68 | 15 | 15 | 42 |
| A10 | 80 | 8 | 14 | 32 |
>TRINITY_DN36697_c0_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGCGTAGGGGCCGAATCTTCTTTTTCGTTGTAATCTCAAAATTAATTGTGTCGAGTGGCTCGCTCGCATCCTCCGAATCTCCAGGCCAATAAATTGTTATCTGTTACTGTATTTTGGGTCTTTGGGATATTCACGTCCCCTAATTTTCTTTTGAAGTTGAATCGATCATGGAAACTACGGATTTGAGGAATCGGGGATCCG
ATGTGTAGGAGGCTCGATCTCGTGTTCTCTGTGCAGTAAATGTTTGAACATCACCCAATTGATCTGTGGGTATTCTGTTGGGTTTGTGGGTTTTCATTGTGAAGGATGGAGAAGGAGGATTCTCTGAGTGGGGATGGAGAAAACACGGAGAACGGCATGGAAGGGGATTGTAAGGGCGGCGAAAGCTCCAAAAAGAAGGA
AGGGTTTTTCAGGGCAGACAAGATTGATCTGAAGAATTTAGATGCTCAGTTGGAGAGACATCTGTCCAAGGTATGGACTATGGAGAAGGAGGCCAAAAGACCGAAGGAGGACTGGGAAATCGACCTTAAGAAATTGGTTCTTAAGGGTAAGATAGCCCAGGGCACTTTTGGCAGTGTGTACAGAGGAGTCTTGGATGGTC
AGGACGTTGCAGTAAAACTGCTTGACTGGGGAGAAGAGCAAATCAAAACAGAAGCTGAAGTAGCTGCAATAAGATCTGCCTTTCGTCAAGAAGTAGCTGTATGGCATACACTGGAACATCGCAATGTAACGAAGTTTCTGGGAGCTTCAATGGGTTCCTCAGACCTTATAGTTAATCCAAATGGTACTGAAGGTAGCACT
GAAGGTCCATCGAATGCTTGTTGTGTTGTTGTAGAGTATCTCGCTGGAGGAACACTTAAGTCTTACCTTATAAAGAATCGAAGAAAAAAACTTGCTTTCGATATTGTGATCCAGTTAGCTTTGGACCTTTCAAGAGGGTTAAGCTATCTTCAATCAAAGAAGATAGTTCATAGAGATGTAAAAACAGAAAACGTGCTGCT
GGACAAAAACCGAACACTTAAGATAGCAGACTTTGGTGTGGCTCGTGTTGAGGCTCAAAATCCCAAGGACATGACTGGTGAGACAGGAACCCTTGGTTACATGGCACCAGAGGTCCTTGATGGAAAACCATACAACAGAAAATGTGATGTTTACAGCTTCGGCATCTGTCTATGGGAGATTTACTGCTGTGATATGCCAT
ATGCAGATTTGAGTTTTGCAGAGATGACCTCTGCAGTTGTCAAACAGAATCTGCGGCCGGAAATTCCACGATGTTGCCCCAGTTCTCTTGCAAATGTGATGAAAAGATGCTGGGATGCTAATCCTGATAAGAGACCAGAGATGGATGAGGTGGTTAAAATGTTAGAGAATATAGATACCAATAAAGGTGGAGGAATGATC
CCTCTTGATCAACCTCAGGGTTGTTTCTGCTTTTTCAAGCACCGTGGTCCTTAACTTATTTGCTCAGAAACAGGTTAGAAAGGCTTAGTAAAACCTTTCTATGAAAAGCGATAAACGGGACGATTATTTCATTGGTTCATTCAGATAATGTTGCTTATAATAGCAAATATTCTTAAACACGAAAGGTTTTTCATTGAAAA
TAATCAGTTTGTGTATACAGCATTATGTGATTTTCTTTGTAAGACCAGATTGAATCTGGTTCAGCTCTGTTCCAGATAGGCCAGATTGAATCTGGTTCCACTCTGGTCCAGATAGATTGGGCCCTGACATTTGTAGTTATGTTACTATGATTTGAATCAAGCGCATAGCTTGATATTGCCTTTGAAATAAATTACTCATC
ATTTAAAAATCCTTCACAGGCCATTTCTGTCTTTGGTGGAGCTAACCTCCATAGAGATAGGAAAGGTTCTCCTTTTCTATGTGTAATACTGTTATGTCACTTACAGTTCTAGTTTACTGTTTTTTTAATGGCCAATACCACTAATGGACACACACACATATGTAAAGACAGATCTGTCCATCTATGGGTCAATTTCTATG
GGATTATAAAGATAATGAAACTGTCCTATTGCCTCGCG
>TRINITY_DN36697_c0_g2_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCGTAGGGGCCGAATCTTCTTTTTCGTTGTAATCTCAAAATTAATTGTGTCGAGTGGCTCGCTCGCATCCTCCGAATCTCCAGGCCAATAAATTGTTATCTGTTACTGTATTTTGGGTCTTTGGGATATTCACGTCCCCTAATTTTCTTTTgttagtaataactcttgcctatttccagttgcatttgcatttgcatttg
catttgattccatgagtgaacagagacctccactcctggctccttgattgaggaggcgcctgagtgttatttctcactatttgttatccactcagGAAGTTGAATCGATCATGGAAACTACGGATTTGAGGAATCGGGGATCCGATGTGTAGGAGGCTCGATCTCGTGTTCTCTGTGCAGTAAATGTTTGAACATCACCC
AATTGATCTGTGGGTATTCTGTTGGGTTTGTGGGTTTTCATTGTGAAGGATGGAGAAGGAGGATTCTCTGAGTGGGGATGGAGAAAACACGGAGAACGGCATGGAAGGGGATTGTAAGGGCGGCGAAAGCTCCAAAAAGAAGGAAGGGTTTTTCAGGGCAGACAAGATTGATCTGAAGAATTTAGATGCTCAGTTGGAGA
GACATCTGTCCAAGGTATGGACTATGGAGAAGGAGGCCAAAAGACCGAAGGAGGACTGGGAAATCGACCTTAAGAAATTGGTTCTTAAGGGTAAGATAGCCCAGGGCACTTTTGGCAGTGTGTACAGAGGAGTCTTGGATGGTCAGGACGTTGCAGTAAAACTGCTTGACTGGGGAGAAGAGCAAATCAAAACAGAAGCT
GAAGTAGCTGCAATAAGATCTGCCTTTCGTCAAGAAGTAGCTGTATGGCATACACTGGAACATCGCAATGTAACGAAGTTTCTGGGAGCTTCAATGGGTTCCTCAGACCTTATAGTTAATCCAAATGGTACTGAAGGTAGCACTGAAGGTCCATCGAATGCTTGTTGTGTTGTTGTAGAGTATCTCGCTGGAGGAACACT
TAAGTCTTACCTTATAAAGAATCGAAGAAAAAAACTTGCTTTCGATATTGTGATCCAGTTAGCTTTGGACCTTTCAAGAGGGTTAAGCTATCTTCAATCAAAGAAGATAGTTCATAGAGATGTAAAAACAGAAAACGTGCTGCTGGACAAAAACCGAACACTTAAGATAGCAGACTTTGGTGTGGCTCGTGTTGAGGCTC
AAAATCCCAAGGACATGACTGGTGAGACAGGAACCCTTGGTTACATGGCACCAGAGGTCCTTGATGGAAAACCATACAACAGAAAATGTGATGTTTACAGCTTCGGCATCTGTCTATGGGAGATTTACTGCTGTGATATGCCATATGCAGATTTGAGTTTTGCAGAGATGACCTCTGCAGTTGTCAAACAGAATCTGCGG
CCGGAAATTCCACGATGTTGCCCCAGTTCTCTTGCAAATGTGATGAAAAGATGCTGGGATGCTAATCCTGATAAGAGACCAGAGATGGATGAGGTGGTTAAAATGTTAGAGAATATAGATACCAATAAAGGTGGAGGAATGATCCCTCTTGATCAACCTCAGGGTTGTTTCTGCTTTTTCAAGCACCGTGGTCCTTAACT
TATTTGCTCAGAAACAGGTTAGAAAGGCTTAGTAAAACCTTTCTATGAAAAGCGATAAACGGGACGATTATTTCATTGGTTCATTCAGATAATGTTGCTTATAATAGCAAATATTCTTAAACACGAAAGGTTTTTCATTGAAAATAATCAGTTTGTGTATACAGCATTATGTGATTTTCTTTGTAAGACCAGATTGAATC
TGGTTCAGCTCTGTTCCAGATAGGCCAGATTGAATCTGGTTCCACTCTGGTCCAGATAGATTGGGCCCTGACATTTGTAGTTATGTTACTATGATTTGAATCAAGCGCATAGCTTGATATTGCCTTTGAAATAAATTACTCATCATTTAAAAATCCTTCACAGGCCATTTCTGTCTTTGGTGGAGCTAACCTCCATAGAG
ATAGGAAAGGTTCTCCTTTTCTATGTGTAATACTGTTATGTCACTTACAGTTCTAGTTTACTGTTTTTTTAATGGCCAATACCACTAATGGACACACACACATATGTAAAGACAGATCTGTCCATCTATGGGTCAATTTCTATGGGATTATAAAGATAATGAAACTGTCCTATTGCCTCGCG