NA ----> NA

Intron 1 GTTCTACTCT ... CCTTCTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	2	8	2
A2	80	2	7	9
A3	81.82	2	12	6
A4	67.74	5	9	12
A5	-1	0	0	0
A6	81.82	5	21	24
A7	75.86	7	27	17
A8	67.01	16	37	28
A9	71.43	11	34	21
A10	57.78	19	26	26

>TRINITY_DN43069_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTGCCTCTGATTAGGAGGGATCGGAATATGCTAGTACACGATTTGTTGTACTTACGGGGAAGCCTGGAAGCCAACTCCCATAACTACCGCGTTCTTCGGTTGTTGTCTTCATTCGGTTGACTGGTCGATTGCCGTCACTGATTTTCTGCTAAAAAGCATCCATTCCCCAGTTAACACCACACCACTCCCCAATCACACT
ATTGGAAATTTGGAATCTTAAGAATGTTTGACATTCCGTCGAACAAGTCGGCTAAGCAAGTCGCTGAGGCTTAAAGAGTAAATTGGTGTAGGCTTTTTAAGCCATCATCAACTATGAACGAGCATCTATGGTACGTTCTTGGAGCTTTAGCTCTTGGTCAGCTGGTTTCGCTCAGCATGACCGGGGCCAGCTTCGCGTCT
TCAGCATTGTCAGACAAAGGGGTTGATGCACCAGTCACCCAGTCTTTAATTGTTTATATTCTTCTAGCTTTGATATATGGTGGTGTACTGCTATATCGTGGTAAAAAACTACAGGTTCCTTGGTATTGGTACATTTTATTGGCATTTGTTGATGTGGAAGGAAATTTTCTTGTTGTGAAGGCATATCAGTACACATCAAT
TACTAGCGTCACATTGTTGGACTGCTGGACCATCCCATGGGTTATGATTCTCACTTGTTTCTTTATCAAGACAAAATATACCCCGTGGCAGTTTGCTGGTGCTGTTATTTGTATTGTTGGGCTTGTTCTTGTTCTTTTCTCAGATGCGAGTACATCTGATTCAGGTGGAACCAAGCCAATTCTAGGTGACACTCTTGTTA
TTGCAGGAACTATTTTTTATGCAATGAGTAATGTTGGTGAGGAGTTCTGTGTAAAGAAGAAAGATCGTGTCGAGGTTGTTGCAATGCTTGGTGTTTTTGGAGCACTCATAAGTACAATCCAACTTCTCATATTTGAGAGGAAGGAATTAGAAAGTTTGGACTGGTCTTACACTATTATGACTGGAGCAACCCTTTTTAAT
CTGTCACTTTTGACTTCCGATATGTGGGCTATACTTATCCGCATATTTTTTTATCATAAAGCAGTTGATTGGTTATATTACGTTGCTTTTGGAGTTGTCGTTGTGGGCCTAACCATCTATTCAATCTATAGCGACAAAGAGAGCACTATTTTAAATGTGAGCGAAAATGATCCAAGTGAAAGCATACCGTACACACATCT
CAATCAAGAAAGGGATCTTAATATACCAGGCATAAATGTAACTCATGATTAGAAAATCACTCTTTAGCCTGAGTGTCACAGCCATCATTATTGTTTTAGAGTATTCAACCTTTGAACAAATTCATTACAAAGAATATAATTAAGCTACAATTGTTTTATAGATATACCAACATTATTTTTATTTAGGAAAATATTTTGAT
GTAGATTTAAATATTGAAATTTGAAGTAATAAACATCAAAAATTAAAGAAACTATGTTATAAGGAAATTTAATTTTGATTATGACTAAAATAATTCCATCATCACACATCTTTTTGGAACCATTGTGACACAATTTTGGCATATCTTAAACTACTTTGAACTTTATTTTCAAAAATATAACATAGCAACTTCATGTGATT
TTTTAACATTTCATCTTCAC

>TRINITY_DN43069_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTGCCTCTGATTAGGAGGGATCGGAATATGCTAGTACACGATTTGTTGTACTTACGGGGAAGCCTGGAAGCCAACTCCCATAACTACCGCGTTCTTCGGTTGTTGTCTTCATTCGGTTGACTGGTCGATTGCCGTCACTGATTTTCTGCTAAAAAGCATCCATTCCCCAGTTAACACCACACCACTCCCCAATCACACT
ATTGGAAATTTGGAATCTTAAGAATGTTTGACATTCCGTCGAACAAGTCGGCTAAGCAAGTCGCTGAGGCTTAAAGAGTAAATTGGTGTAGGCTTTTTAAGCCATCATCAACTATGAACGAGCATCTATGGTACGTTCTTGGAGCTTTAGCTCTTGGTCAGCTGGTTTCGCTCAGCATGACCGGGGCCAGCTTCGCGTCT
TCAGCATTGTCAGACAAAGGGGTTGATGCACCAGTCACCCAGTCTTTAATTGTTTATATTCTTCTAGCTTTGATATATGGTGGTGTACTGCTATATCGTGGTAAAAAACTACAGGTTCCTTGGTATTGGTACATTTTATTGGCATTTGTTGATGTGGAAGGAAATTTTCTTGTTGTGAAGGCATATCAGTACACATCAAT
TACTAGCGTCACATTGTTGGACTGCTGGACCATCCCATGGGTTATGATTCTCACTTGTTTCTTTATCAAGACAAAATATACCCCGTGGCAGTTTGCTGGTGCTGTTATTTGTATTGTTGGGCTTGTTCTTGTTCTTTTCTCAGATGCGAGTACATCTGATTCAGGTGGAACCAAGCCAATTCTAGGTGACACTCTTGTTA
TTGCAGGAACTATTTTTTATGCAATGAGTAATGTTGGTGAGGAGTTCTGTGTAAAGAAGAAAGATCGTGTCGAGGTTGTTGCAATGCTTGGTGTTTTTGGAGCACTCATAAGTACAATCCAACTTCTCATATTTGAGAGGAAGGAATTAGAAAGTTTGGACTGGTCTTACACTATTgttctactctttcttggatttgga
ctatcaatgtttgcattctacactggcgtgccattccttctaaagATGACTGGAGCAACCCTTTTTAATCTGTCACTTTTGACTTCCGATATGTGGGCTATACTTATCCGCATATTTTTTTATCATAAAGCAGTTGATTGGTTATATTACGTTGCTTTTGGAGTTGTCGTTGTGGGCCTAACCATCTATTCAATCTATAG
CGACAAAGAGAGCACTATTTTAAATGTGAGCGAAAATGATCCAAGTGAAAGCATACCGTACACACATCTCAATCAAGAAAGGGATCTTAATATACCAGGCATAAATGTAACTCATGATTAGAAAATCACTCTTTAGCCTGAGTGTCACAGCCATCATTATTGTTTTAGAGTATTCAACCTTTGAACAAATTCATTACAAA
GAATATAATTAAGCTACAATTGTTTTATAGATATACCAACATTATTTTTATTTAGGAAAATATTTTGATGTAGATTTAAATATTGAAATTTGAAGTAATAAACATCAAAAATTAAAGAAACTATGTTATAAGGAAATTTAATTTTGATTATGACTAAAATAATTCCATCATCACACATCTTTTTGGAACCATTGTGACAC
AATTTTGGCATATCTTAAACTACTTTGAACTTTATTTTCAAAAATATAACATAGCAACTTCATGTGATTTTTTAACATTTCATCTTCAC

Intron 2 GTTTACAGTC ... CATGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44	1.9	1	2
A2	50	1	0	2
A3	69.95	1.9	2.9	6
A4	41.5	7	0.9	9
A5	36.36	7	2	6
A6	64.16	1.9	3.9	3
A7	51.27	10.9	9	14
A8	56.36	8.9	7.9	15
A9	35.73	11.7	3.9	9
A10	40.08	11.9	7.9	8

>TRINITY_DN107217_c10_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

GGAAATTTGGAATCTTAAGAATGTTTGACATTCCGTCGAACAAGTCGGCTAAGCAAGTCGCTGAGGCTTAAAGAGTAAATTGGTGTAGGCTTTTTAAGCCATCATCAACTATGAACGAGCATCTATGGTACGTTCTTGGAGCTTTAGCTCTTGGTCAGCTGGTTTCGCTCAGCATGACCGGGGCCAGCTTCGCGTCTTCA
GCATTGTCAGACAAAGGGGTTGATGCACCAGTCACCCAGTCTTTAATTGTTTATATTCTTCTAGCTTTGATATATGGTGGTGTACTGCTATATCGTGGTAAAAAACTACAGGTTCCTTGGTATTGGTACATTTTATTGGCATTTGTTGATGTGGAAGGAAATTTTCTTGTTGTGAAGGCATATCAGTACACATCAATTAC
TAGCGTCACATTGTTGGACTGCTGGACCATCCCATGGGTTATGATTCTCACTTGTTTCTTTATCAAGACAAAATATACCCCGTGGCAGTTTGCTGGTGCTGTC

>TRINITY_DN107217_c10_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GGAAATTTGGAATCTTAAGAATGTTTGACATTCCGTCGAACAAGTCGGCTAAGCAAGTCGCTGAGGCTTAAAGgtttacagtctgttgggcaaatgaattaaccatatttagagctccctttaattatgttaaaagccttcaagcctgagtaatcttgcacatgctgcagAGTAAATTGGTGTAGGCTTTTTAAGCCATC
ATCAACTATGAACGAGCATCTATGGTACGTTCTTGGAGCTTTAGCTCTTGGTCAGCTGGTTTCGCTCAGCATGACCGGGGCCAGCTTCGCGTCTTCAGCATTGTCAGACAAAGGGGTTGATGCACCAGTCACCCAGTCTTTAATTGTTTATATTCTTCTAGCTTTGATATATGGTGGTGTACTGCTATATCGTGGTAAAA
AACTACAGGTTCCTTGGTATTGGTACATTTTATTGGCATTTGTTGATGTGGAAGGAAATTTTCTTGTTGTGAAGGCATATCAGTACACATCAATTACTAGCGTCACATTGTTGGACTGCTGGACCATCCCATGGGTTATGATTCTCACTTGTTTCTTTATCAAGACAAAATATACCCCGTGGCAGTTTGCTGGTGCTGTC