NA ----> NA

Intron 1 GTAATCATTG ... AAGTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.91	1	14	6
A2	77.78	3	8	13
A3	77.78	2	8	6
A4	88.89	1	5	11
A5	62.5	3	9	1
A6	61.54	20	40	24
A7	60	24	45	27
A8	67.66	27	59	54
A9	62.63	37	70	54
A10	60	17	27	24

>TRINITY_DN44572_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTCAATTCATAGGCACTGTGTACAAGTAGCAGCGGGATGGTCTATACAGCTGGCTGGATCACCTAGACACCCAGCTGCAAAAGAAAATGAAAAGGCTGGATCTTCTACACACCCAAATGCAAAAGAAAATGAAACAGGTATAATTTTCCCAGGGCCGCTGTGCCCTAGCAACTCTATTTATACAGACATCAAAAGCAT
GTGCAAGTAACGGTTTAAACTTGCAGGTTGTAACCCCAAATTGATTGTCTACGGTCTTACTATTACTAACCAAGGGTGTGGTGATAAAGGCATTCTATGGTGGAGCACTTTGTAGCAATTAAATGTTTATATAAGTGAGTCGTGGTTTGTCCATGTGACTCAATACTATAGTCTTGTATGAAATATTTCCACTCCACTAG
GGTGTGGTTGGTGAATAATTAAATGCACCCTACATAGTGGGTGATAGGCTGTAAGGGAGGTTTATGAAAAACAAGGCTTGGGATTTGATCCTCATTTCTCCAGAGCTCTGCATTTGTATGATGGTCTGTCTCTGCCTTAAATTGCGTCTACTGTGTGCCTTCAATTCCTGACCTGAGCATTGCTCATGGTCAGGGTTGTA
TGCATTTGTTCTGCTGCGATAAGGTGGACTCCCATCTTGGTTTCAGAGGAGTTTGGCGTGGTCGTGGTGGGTACTCTAAGCTATCGTGGCTATGGCAATGACAATGGTAAGTTCGGTCTTTCACACTACTCTATCTCTGGCAACCCTGGTACTGTACTTGTGTATTCTACTTGGTTTTCATGGGTGCTTCCCTGAGTCTT
TGACTCATTGGTTCTTTTGGAAGCCTAGAAGGGTCGCTTTAATGGCTGGAGCATCGAATGTTTAAATTTATGAGTTTTGTAAGAAAATGAAACTGGGAGAAGATGAGTCTTCTGTTTAAACTCTAAGGAGTTCTTGAGGTCATTTTCAATACTCGCTTGGTGTTTAGATGACTGTCATGTTTATGGTTTTGAAGTCCTAG
TTGGCATGGGTTGTGGCTCTCGTGAACTATGGTGAAGCTGGGGTTTTCGTAGGGGATTCTTCCCTGTAACAAAATGTCTGCATATATGTATTGGGTATGAAATGAAAATACAATTTTCTGTATAGCTCCTTTTCTTGTTTAATGAAATCCTTAGTCTAAGAATGAAAATTGGGGTCTGTGGAGTTCTATGAATGTAACTC
AATGTTTCCGATTTCTATGTTGTGCATTCTTTTAATTAAAGAAGTAGTTGTATGCGTTAGGGTA

>TRINITY_DN44572_c0_g1_i18 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTTCAATTCATAGGCACTGTGTACAAGTAGCAGCGGGATGGTCTATACAGCTGGCTGGATCACCTAGACACCCAGCTGCAAAAGAAAATGAAAAGGCTGGATCTTCTACACACCCAAATGCAAAAGAAAATGAAACAGGTATAATTTTCCCAGGGCCGCTGTGCCCTAGCAACTCTATTTATACAGACATCAAAAGCAT
GTGCAAGTAACGGTTTAAACTTGCAGGTTGTAACCCCAAATTGATTGTCTACGGTCTTACTATTACTAACCAAGGGTGTGGTGATAAAGGCATTCTATGGTGGAGCACTTTGTAGCAATTAAATGTTTATATAAGTGAGTCGTGGTTTGTCCATGTGACTCAATACTATAGTCTTGTATGAAATATTTCCACTCCACTAG
GGTGTGGTTGGTGAATAATTAAATGCACCCTACATAGTGGGTGATAGGCTGTAAGGGAGGTTTATGAAAAACAAGGCTTGGGATTTGATCCTCATTTCTCCAGAGCTCTGCATTTGTATGATGGTCTGTCTCTGCCTTAAATTGCGTCTACTGTGTGCCTTCAATTCCTGACCTGAGCATTGCTCATGGTCAGGGTTGTA
TGCATTTGTTCTGCTGCGATAAGGTGGACTCCCATCTTGGTTTCAGgtaatcattgcccctcttaagctatgttaaaacccttctttttctaaatgatgatctatataaaaaggaatgataggttcgatcttgtaatggactgcaagttgacagAGGAGTTTGGCGTGGTCGTGGTGGGTACTCTAAGCTATCGTGGCTA
TGGCAATGACAATGGTAAGTTCGGTCTTTCACACTACTCTATCTCTGGCAACCCTGGTACTGTACTTGTGTATTCTACTTGGTTTTCATGGGTGCTTCCCTGAGTCTTTGACTCATTGGTTCTTTTGGAAGCCTAGAAGGGTCGCTTTAATGGCTGGAGCATCGAATGTTTAAATTTATGAGTTTTGTAAGAAAATGAAA
CTGGGAGAAGATGAGTCTTCTGTTTAAACTCTAAGGAGTTCTTGAGGTCATTTTCAATACTCGCTTGGTGTTTAGATGACTGTCATGTTTATGGTTTTGAAGTCCTAGTTGGCATGGGTTGTGGCTCTCGTGAACTATGGTGAAGCTGGGGTTTTCGTAGGGGATTCTTCCCTGTAACAAAATGTCTGCATATATGTATT
GGGTATGAAATGAAAATACAATTTTCTGTATAGCTCCTTTTCTTGTTTAATGAAATCCTTAGTCTAAGAATGAAAATTGGGGTCTGTGGAGTTCTATGAATGTAACTCAATGTTTCCGATTTCTATGTTGTGCATTCTTTTAATTAAAGAAGTAGTTGTATGCGTTAGGGTA

Intron 2 GTGGTTGGAT ... TTACCGAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70	21	49	19
A2	62.16	14	23	2
A3	60.61	26	40	3
A4	56.67	13	17	0
A5	66.67	9	18	3
A6	53.35	292	334	7
A7	51.82	411	442	12
A8	52.84	605	678	19
A9	52.88	516	579	21
A10	52.93	241	271	27

>TRINITY_DN44572_c0_g1_i10 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTCAATTCATAGGCACTGTGTACAAGTAGCAGCGGGATGGTCTATACAGCTGGCTGGATCACCTAGAAACCCAACTGCAAAGGAAAATGAAAAGGCTGGATCGTCTACACACCCAAATGCAAAAGAAAATGAAACAGTGGTATCAAAGCACAGAGCGGTGATTCTTGTCTGCAGAAAACTCCAGTGTGTAGCCTATGT
GCAGAAAACGTGTGCAGGTGTGCAGAAACCCCCGTGTTTTGAATGTTTGAGAAACCTTGTGCTATCGTGCAGAGGAAGAGGAGAGCAGCTCGTCTGTTGAGGGTAGCGCGTCCGCTGAAAGAGACAGTCTACATAAAGCATAGCAAGCCACGGCTGAGTCTATAGTAGTGAAGAAAAGTTTCACATCTGTTAATAGCCGG
AGCCAAGCCAATGGTGACAAAAATTCTGGGCATTCTCTGAGATCTGAATCAAAAATTCTTGTAAGATTGAAGCTACATAGAAGTGAAAAACTAAAATGCATTCTCTAGTTTCAATTGTTGGAGTTATTTTTTCTAGAAAACAAAATTATCAGGAATGGTTTCACAAAGTTAAAAATACCCTTATTTTTAATGATATGTGG
GATGGAATTTGTGAAAATGAGAATTTAGAATATAAGAAATATGGAGAAGAAATAGTACCACCATTACCACA

>TRINITY_DN44572_c0_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTTCAATTCATAGGCACTGTGTACAAGTAGCAGCGGGATGGTCTATACAGCTGGCTGGATCACCTAGAAACCCAACTGCAAAGGAAAATGAAAAGGCTGGATCGTCTACACACCCAAATGCAAAAGAAAATGAAACAGgtggttggatcgttgttgatgaaaggttgagtccatagtgggacattgataacaatcaagg
caatggaagtactccggcagggttaccgagagTGGTATCAAAGCACAGAGCGGTGATTCTTGTCTGCAGAAAACTCCAGTGTGTAGCCTATGTGCAGAAAACGTGTGCAGGTGTGCAGAAACCCCCGTGTTTTGAATGTTTGAGAAACCTTGTGCTATCGTGCAGAGGAAGAGGAGAGCAGCTCGTCTGTTGAGGGTAGC
GCGTCCGCTGAAAGAGACAGTCTACATAAAGCATAGCAAGCCACGGCTGAGTCTATAGTAGTGAAGAAAAGTTTCACATCTGTTAATAGCCGGAGCCAAGCCAATGGTGACAAAAATTCTGGGCATTCTCTGAGATCTGAATCAAAAATTCTTGTAAGATTGAAGCTACATAGAAGTGAAAAACTAAAATGCATTCTCTA
GTTTCAATTGTTGGAGTTATTTTTTCTAGAAAACAAAATTATCAGGAATGGTTTCACAAAGTTAAAAATACCCTTATTTTTAATGATATGTGGGATGGAATTTGTGAAAATGAGAATTTAGAATATAAGAAATATGGAGAAGAAATAGTACCACCATTACCACA

Intron 3 GTAATCATTG ... GGACTACAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84	2	15	6
A2	65.71	6	8	15
A3	88.24	1	8	7
A4	88.24	1	4	11
A5	100	0	9	5
A6	56.1	27	47	22
A7	61.06	22	42	27
A8	63.83	34	59	61
A9	62.68	39	76	55
A10	69.23	10	26	19

>TRINITY_DN44572_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTCAATTCATAGGCACTGTGTACAAGTAGCAGCGGGATGGTCTATACAGCTGGCTGGATCACCTAGAAACCCAACTGCAAAGGAAAATGAAAAGGCTGGATCGTCTACACACCCAAATGCAAAAGAAAATGAAACAGGTGGTTGGATCGTTGTTGATGAAAGGTTGAGTCCATAGTGGGACATTGATAACAATCAAGG
CAATGGAAGTACTCCGGCAGGGTTACCGAGAGGTAAGAGTACTTGTAGATGTTTTTTGGACTTACTTAGCACTTTTGCTAACGTAGTTACTCCTATTGGGTTGCAGTTATAATTCTCCCAGGGCCGCTGTGCCCTAGCAACTCTATTTATACAGACATCAAAAGCATGAGCAAGTAATGGTTTAAACTTGCAGGTTGTAA
CCCTAACTTGATGGTCTAAGGTCTTACTATTACTACACAAGGGTGTGGTGATAGAGGCATTCTATGGTGGATCACTTTGTAGTAATTAAATGTTTATATAAGTGAGTCGTGGTGTGTCCATGCGACTCAATACTATAGTCTTGTATGAAATATTTCCACTCCACTAGGGTGTGGTTGGTGAAGACTTAAATGCACCCTAC
GTAGTGGGTGACAGGCTGTAAGGGAGGTTTACGAAAAACAAGGTTGGGGCTTTGATCCTCATTTCTCTAGAGCTCTGCATTTGTATGATGGTCTATCTCTGCCTTAAACTGCGTTTACTGTGTGCCTTCAATTCCCGACCTGAGCATCGTTCATGGTCAGGGTTGTCTACATTTGTTATGCTGCGACAAGGTGGACTCCC
AACTTGGTTTCAGTTGACAGAGGAGTCTGGCGTGGTCGTGGTGGGTACTCTAAGCTATCGTGGCTATGGCAATGACTATGGTAAGTCCAGTCTTTCACACTACTCTATCTCTGGAAACCCTAGTAGTGTACTTGTGTATTCTACTTGGTTTTCATGGGTGCTTCCCTGAGTCTTTGACTCATTGGTTATTTTGGAAGCAT
GGAAGGGTCGCTTTAATGGCTGGACCATTGAATGTTTAAATTTATGGGTTTTGTAAGAAAATGAAACT

>TRINITY_DN44572_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTTCAATTCATAGGCACTGTGTACAAGTAGCAGCGGGATGGTCTATACAGCTGGCTGGATCACCTAGAAACCCAACTGCAAAGGAAAATGAAAAGGCTGGATCGTCTACACACCCAAATGCAAAAGAAAATGAAACAGGTGGTTGGATCGTTGTTGATGAAAGGTTGAGTCCATAGTGGGACATTGATAACAATCAAGG
CAATGGAAGTACTCCGGCAGGGTTACCGAGAGGTAAGAGTACTTGTAGATGTTTTTTGGACTTACTTAGCACTTTTGCTAACGTAGTTACTCCTATTGGGTTGCAGTTATAATTCTCCCAGGGCCGCTGTGCCCTAGCAACTCTATTTATACAGACATCAAAAGCATGAGCAAGTAATGGTTTAAACTTGCAGGTTGTAA
CCCTAACTTGATGGTCTAAGGTCTTACTATTACTACACAAGGGTGTGGTGATAGAGGCATTCTATGGTGGATCACTTTGTAGTAATTAAATGTTTATATAAGTGAGTCGTGGTGTGTCCATGCGACTCAATACTATAGTCTTGTATGAAATATTTCCACTCCACTAGGGTGTGGTTGGTGAAGACTTAAATGCACCCTAC
GTAGTGGGTGACAGGCTGTAAGGGAGGTTTACGAAAAACAAGGTTGGGGCTTTGATCCTCATTTCTCTAGAGCTCTGCATTTGTATGATGGTCTATCTCTGCCTTAAACTGCGTTTACTGTGTGCCTTCAATTCCCGACCTGAGCATCGTTCATGGTCAGGGTTGTCTACATTTGTTATGCTGCGACAAGGTGGACTCCC
AACTTGGTTTCAGgtaatcattgcccctcttaagctatgttaaaacccttcttttcctaaatgattatctatataaaaaggaatgacaggtttgatcttgtaatggactacaagTTGACAGAGGAGTCTGGCGTGGTCGTGGTGGGTACTCTAAGCTATCGTGGCTATGGCAATGACTATGGTAAGTCCAGTCTTTCACA
CTACTCTATCTCTGGAAACCCTAGTAGTGTACTTGTGTATTCTACTTGGTTTTCATGGGTGCTTCCCTGAGTCTTTGACTCATTGGTTATTTTGGAAGCATGGAAGGGTCGCTTTAATGGCTGGACCATTGAATGTTTAAATTTATGGGTTTTGTAAGAAAATGAAACT

Intron 4 GTAAGAGTAC ... TGGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.04	24.7	11.3	12.3
A2	59.44	10	4.3	14.7
A3	66.58	8	7.3	16.7
A4	67.78	6	7.3	12.7
A5	41.82	6	4	4.3
A6	47	39	15.3	34.7
A7	30.19	42	6.3	18.3
A8	28.8	49	10.3	20
A9	39.99	54	20.3	37
A10	22.51	78	9	22.7

>TRINITY_DN113744_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

TGTACAAGTAGCAGCTGGATGGTCTATACAGCTGGCTGGATCACCTAGAAACCCAACTGCAAAGGAAAATGAAAAGGCTGGATCGTCTACACACCCAAATGCAAAAGAAAATGAAACAGGTGGTTGGATCGTTGTTGATGAAAGGTTGAGTCCATAGTGGGACATTGATAACAATCAAGGCAATGGAAGTACTCCGGCAG
GGTTACCGAGAGTTATAATTCTCCCAGGGCCGCTGTGCCCTAGCAACTCTATTTATACAGACATCAAAAGCATGAGCAAGTAATGGTTTAAACTTGCAGGTTGTAACCCTAACTTGATGGTCTAAGGTCTTACTATTACTACACAAGGGTGTGGTGATAGAGGCATTCTATGGTGGATCACTTTGTAGTAATTAAATGTT
TATATAAGTGAGTCGTGGTGTGTCCATGCGACTCAATACTATAGTCTTGTATGAAATATTTCCACTCCACTAGGGTGTGGTTGGTGAAGACTTAAATGCACCCTACGTAGTGGGTGACAGGCTGTAAGGGAGGTTTACGAAAAACAAGGTTGGGGCTTTGATCCTCATTTCTCTAGAGCTCTGCATTTGTATGATGGTCT
ATCTCTGCCTTAAACTGCGTTTACTGTGTGCCTTCAATTCCCGACCTGAGCATCGTTCATGGTCAGGGTTGTCTACATTTGTTATGCTGCGACAAGGTGGACTCCCAACTTGGTTTCAGGTAATCTTTGCCCCTCTTAAGCTATGTTAAAACCCTTCTTTTCCTAAATGATTATCTATATAAAAAGGAATGACAGGTTTG
ATCTTGTAATGGACTACAAGTTGATAGAGGAGTCTGGCGTGGTCGTGGTGGGTACTCTAAGCTATCGTGGCTATGGCAATGACTATGGTAAGTCCAGTCTTTCACACTACTCTATCTCTGGAAACCCTAGTAGTGTACTTGTGTATTCTACTTGGTTTTCATGGGTTCTTCCCTGAGTCTTTGACTCATTGGTTATTTTG
GAAGCATGGAAGGGTCGCTTTAATGGCTGGACCATTGAATGTTTAAATTTATGGGTTTTGTAAGAAAATGAAACTCGGAGAAGACAAGTCTTATGTTTAAACTCCAAGGAGTTCTTGAGGTTATTTTTAATACTGGCTTGGTGCTTAGATGACTATCGTGTTTATGGTTTTGAATCCCTAGTTGGCATGGGTTGTGGCTC
TCGTGAACTATGTTGAAGTTGGGGTTTTCGCAGGG

>TRINITY_DN113744_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGTTACCGAGAGgtaagagtacttgtagatgttttttggacttacttagcacttttgctaacgtagttactcctattgggttgcagTTATAATTCTCCCAGGGCCGCTGTGCCCTAGCAACTCTATTTATACAGACATCAAAAGCATGAGCAAGTAATGGTTTAAACTTGCAGGTTGTAACCCTAACTTGATGGTCTAAG
GTCTTACTATTACTACACAAGGGTGTGGTGATAGAGGCATTCTATGGTGGATCACTTTGTAGTAATTAAATGTTTATATAAGTGAGTCGTGGTGTGTCCATGCGACTCAATACTATAGTCTTGTATGAAATATTTCCACTCCACTAGGGTGTGGTTGGTGAAGACTTAAATGCACCCTACGTAGTGGGTGACAGGCTGTA
AGGGAGGTTTACGAAAAACAAGGTTGGGGCTTTGATCCTCATTTCTCTAGAGCTCTGCATTTGTATGATGGTCTATCTCTGCCTTAAACTGCGTTTACTGTGTGCCTTCAATTCCCGACCTGAGCATCGTTCATGGTCAGGGTTGTCTACATTTGTTATGCTGCGACAAGGTGGACTCCCAACTTGGTTTCAGGTAATCT
TTGCCCCTCTTAAGCTATGTTAAAACCCTTCTTTTCCTAAATGATTATCTATATAAAAAGGAATGACAGGTTTGATCTTGTAATGGACTACAAGTTGATAGAGGAGTCTGGCGTGGTCGTGGTGGGTACTCTAAGCTATCGTGGCTATGGCAATGACTATGGTAAGTCCAGTCTTTCACACTACTCTATCTCTGGAAACC
CTAGTAGTGTACTTGTGTATTCTACTTGGTTTTCATGGGTTCTTCCCTGAGTCTTTGACTCATTGGTTATTTTGGAAGCATGGAAGGGTCGCTTTAATGGCTGGACCATTGAATGTTTAAATTTATGGGTTTTGTAAGAAAATGAAACTCGGAGAAGACAAGTCTTATGTTTAAACTCCAAGGAGTTCTTGAGGTTATTT
TTAATACTGGCTTGGTGCTTAGATGACTATCGTGTTTATGGTTTTGAATCCCTAGTTGGCATGGGTTGTGGCTCTCGTGAACTATGTTGAAGTTGGGGTTTTCGCAGGG