sp|Q94K85|CATB3_ARATH ----> Cathepsin B-like protease 3

Intron 1 GTCTGTAGTG ... CATTGAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.18	75	42	14
A2	23.5	70	30	13
A3	24.02	68	22	21
A4	25	45	18	12
A5	27.71	30	17	6
A6	22.63	106	28	34
A7	27.37	134	47	54
A8	23.27	122	35	39
A9	26.45	146	49	56
A10	22.22	98	35	21

>TRINITY_DN38071_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TTTAGAAGAGAGTTTAATATTTAGTTAATTGGATGTCCAAAAAATCATCAAATAAGGGTTAGGATAGGCAGAGATGATAAATTTTTTAGGATGATGAATCGTAGCTGTCAAGACATCAGGTTGACGACGTTGATCCCCAAGCTGTTTGGTGTGTTTGTCGTGTAAGATACGACTGGTAGCTGTGATTCATCTCATGCTAA
TGTTTTTGCAATTTTAATTCTACGCCAAAGAGGACAACTGTAGCAGAGAGAAAGAACAGCCATGGCGCCTCCCATCCTTGTTGTTTTCATCACTGTTATGCTTGCCTATATTAAGGTATCTGGACTAGAGTCCTTCCATTCCTTGGAGAGCCAAAGACCAATTCTTCAGAAATCATTTGTAGAACACATCAACAAACATT
CAAATGCTGGTTGGAAGGCTTCCATGAGTACCCGATTTTCCAATTACACGGTAGGAGAATTTGCACACCTCCTTGGTGTACTTCCCACTCCTCAGAAGCTGTTAGAATCTGTTCCTGTTCGAGTTTATCCCAAGGGTTTAAAGCTACCAAATAATTTTGATGCACGCAAAGCTTGGCCACATTGTACTTCTACTCGGAGC
ATCTTAGATCAGGGCCACTGTGGTTCATGTTGGGCATTTGCTGCAGTAGAAGCACTGTCAGACCGATTTTGCATTCACTTTCAAGTGAATGCCACTCTTTCAGAAAACGATTTAGTGGCATGCTGTGGATTTTTGTGTGGAGCAGGGTGTAATGGTGGTTTTCCATTATCTGCATGGCGGTATTTCCATCGAAGGGGTGT
TGTAACTGATGAGTGTGATCCCTACTTTGACAATGATGGTTGTAATCATCCTGGTTGCGAGCCTTCATATCCAACACCTCGGTGTGTCAGGCAGTGCACGGATAATCAAAAGTGGTCACATTCCAAGCATTACAGTGCAGATGCGTACAGAATAAAGTCAGATCCATACAATATAATGGCTGAAGTTTTCACTAATGGTC
CTGTAGAGGTCTCATTTTCTGTTTATGAGGACTTTGCCCATTATGAAACTGGTGTATACAAGCACGTCCAGGGTCGCTATTTAGGGGGACATGCTGTTAAGTTGATTGGGTGGGGCACGACAGATGAAGGAATTGATTATTGGCTGATCGCAAATTCTTGGAATACTGCTTGGGGTGAGGGAGGTTATTTCAAGATTGCA
AGGGGTGTTAATGAATGTGGGATTGAAAGGGAACCAGTGGCAGGGATGCCATCGGCTAAAAATTTGATTCAGGACCCAACAGATCAAATTGGTAAAAGTCGTCAGTCTTGGTGATTTGTTCACATTAATGTATGCTAAGGATATTTATTGATATGAGATACTTATTACAAGCATTTAGATACACTTACACAACTGGCTTA
TTGTCATTCTTCATATACAGAAATCAAGACTGCTTGCCTATTGTTGTTGAAACTTTGTTTGTCTGGTGGCCTTTGATTTGGTCTGCACATGCCCTATATATTTCACCTGCACTTCCTATAGATTTCACCTGCACTAGGGTATTCTGCCTGTGCTTGAGTTTTTGCTTGTACTGCATATTTACAGTGTGTTCTAGGTGTTT
CTATTTGAATGCTCTCTTATGTTTCTCCTAATTTTCTATGCTTGGATGTATACATATGCATTGGATAATTCTTTGTGACAGC

>TRINITY_DN38071_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTTAGAAGAGAGTTTAATATTTAGTTAATTGGATGTCCAAAAAATCATCAAATAAGGGTTAGGATAGGCAGAGATGATAAATTTTTTAGGATGATGAATCGTAGCTGTCAAGACATCAGGTTGACGACGTTGATCCCCAAGCTGTTTGGTGTGTTTGTCGTGTAAGATACGACTGGTAGCTGTGATTCATCTCATGCTAA
TGTTTTTGCAATTTTAATTCTACACCAAAGAAGACAACTGTAGCAGAGAGAAATAACAGCCATGGCGCCTCCCATCCTTGTTGTTTTCATCACTGTTATGCTTGCCTATATTAAGGTATCTGGACTAGAGTCCTTCCATTCCTTGGAGAGCCAAAGACCAATTCTTCAGAAATCATTTGTAGAACACATCAACAAACATT
CAAATGCTGGTTGGAAGGCTTCCATGAGTACCCGATTTTCCAATTACACGGTAGGAGAATTTGCACACCTCCTTGGTGTACTTCCCACTCCTCAGAAGCTGTTAGAATCTGTTCCTGTTCGAGTTTATCCCAAGGGTTTAAAGCTACCAAATAATTTTGATGCACGCAAAGCTTGGCCACATTGTACTTCTACTCGGAGC
ATCTTAGgtctgtagtgcatgttaattggaaactttttgttatgaatttcttggggggcatattgattctacttgttattttgttagagctgctctcaacatactctatgagtcaactaaattgaatatgtagcaatcatcatagtaaaatagattctgctatcctcggtgattttccacacagaagctataaaacttgt
attagtcaatagacaaactaaaagaagttcttatcagcatatggagtgccaaaagttgtaatatgtaattgacatctgttggttgatttctgtggagtctggactatgagagttctgattgaaggccactcgcatcctctatgtcattgaatagATCAGGGCCACTGTGGTTCATGTTGGGCATTTGCTGCAGTAGAAGC
ACTGTCAGACCGATTTTGCATTCACTTTCAAGTGAATGCCACTCTTTCAGAAAACGATTTAGTGGCATGCTGTGGATTTTTGTGTGGAGCAGGGTGTAATGGTGGTTTTCCATTATCTGCATGGCGGTATTTCCATCGAAGGGGTGTTGTAACTGATGAGTGTGATCCCTACTTTGACAATGATGGTTGTAATCATCCTG
GTTGCGAGCCTTCATATCCAACACCTCGGTGTGTCAGGCAGTGCACGGATAATCAAAAGTGGTCACATTCCAAGCATTACAGTGCAGATGCGTACAGAATAAAGTCAGATCCATACAATATAATGGCTGAAGTTTTCACTAATGGTCCTGTAGAGGTCTCATTTTCTGTTTATGAGGACTTTGCCCATTATGAAACTGGT
GTATACAAGCACGTCCAGGGTCGCTATTTAGGGGGACATGCTGTTAAGTTGATTGGGTGGGGCACGACAGATGAAGGAATTGATTATTGGCTGATCGCAAATTCTTGGAATACTGCTTGGGGTGAGGGAGGTTATTTCAAGATTGCAAGGGGTGTTAATGAATGTGGGATTGAAAGGGAACCAGTGGCAGGGATGCCATC
GGCTAAAAATTTGATTCAGGACCCAACAGATCAAATTGGTAAAAGTCGTCAGTCTTGGTGATTTGTTCACATTAATGTATGCTAAGGATATTTATTGATATGAGATACTTATTACAAGCATTTAGATACACTTACACAACTGGCTTATTGTCATTCTTCATATACAGAAATCAAGACTGCTTGCCTATTGTTGTTGAAAC
TTTGTTTGTCTGGTGGCCTTTGATTTGGTCTGCACATGCCCTATATATTTCACCTGCACTTCCTATAGATTTCACCTGCACTAGGGTATTCTGCCTGTGCTTGAGTTTTTGCTTGTACTGCATATTTACAGTGTGTTCTAGGTGTTTCTATTTGAATGCTCTCTTATGTTTCTCCTAATTTTCTATGCTTGGATGTATAC
ATATGCATTGGATAATTCTTTGTGACAGC

Intron 2 GTAAGGTCTT ... GTCTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.74	63	26	9
A2	20.66	48	13	12
A3	18.89	88	25	16
A4	25.33	28	9	10
A5	18.64	24	10	1
A6	14.54	614	122	87
A7	15.51	648	135	103
A8	18.14	785	209	139
A9	18.13	490	139	78
A10	15.55	421	58	97

>TRINITY_DN113332_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GATATTTAGAAGAGAGTTTAATATTTAGTTAATTGGATGTCCAAAAAATCATCAAATAAGGGTTAGGATAGGCAGAGATGATAAATTTTTTAGGATGATGAATCGTAGCTGTCAAGACATCAGGTTGACGACGTTGATCCCCAAGCTGTTTGGTGTGTTTGTCGTGTAAGATACGACTGGTAGCTGTGATTCATCTCATG
CTAATGTTTTTGCAATTTTAATTCTACGCCAAAGAGGACAACTGTAGCAGAGAGAAAGAACAGCCATGGCGCCTCCCATCCTTGTTGTTTTCATCACTGTTATGCTTGCCTATATTAAGGTATCTGGACTAGAGTCCTTCCATTCCTTGGAGAGCCAAAGACCAATTCTTCAGAAATCATTTGTAGAACACATCAACAAA
CATTCAAATGCTGGTTGGAAGGCTTCCATGAGTACCCGATTTTCCAATTACACGGTAGGAGAATTTGCACACCTCCTTGGTGTACTTCCCACTCCTCAGAAGCTGTTAGAATCTGTTCCTGTTCGAGTTTATCCCAAGGGTTTAAAGCTACCAAATAATTTTGATGCACGCAAAGCTTGGCCACATTGTACTTCTACTCG
GAGCATCTTAGATCAGGGCCACTGTGGTTCATGTTGGGCATTTGCTGCAGTAGAAGCACTGTCAGACCGATTTTGCATTCACTTTCAAGTGAATGCCACTCTTTCAGAAAACGATTTAGTGGCATGCTGTGGATTTTTGTGTGGAGCAGGGTGTAATGGTGGTTTTCCATTATCTGCATGGCGGTATTTCCATCGAAGGG
GTGTTGTAACTGATGAGTGTGATCCCTACTTTGACAATGATGGTTGTAATCATCCTGGTTGCGAGCCTTCATATCCAACACCTCGGTGTGTCAGGCAGTGCACGGATAATCAAAAGTGGTCACATTCCAAGCATTACAGTGCAGATGCGTACAGAATAAAGTCAGATCCATACAATATAATGGCTGAAGTTTTCACTAAT
GGTCCTGTAGAGGTCTCATTTTCTGTTTATGAGGACTTTGCCCATTATGAAACTGGTGTATACAAGCACGTCCAGGGTCGCTATTTAGGGGGACATGCTGTTAAGTTGATTGGGTGGGGCACGACAGATGAAGGAATTGATTATTGGCTGATCGCAAATTCTTGGAATACTGCTTGGGGTGAGGGAGGTTATTTCAAGAT
TGCAAGGGGTGTTAATGAATGTGGGATTGAAAGGGAACCAGTGGCAGGGATGCCATCGGCTAAAAATTTGATTCAGGACCCAACAGATCAAATTGGTAAAAGTCGTCAGTCTTGGTGATTTGTTCACATTAATGTATGCTAAGGATATTTATTGATATGAGATACTTATTACAAGCATTTAGATACACTTACACAACTGG
CTTATTGTCATTCTTCATATACAGAAATCAAGACTGCTTGCCT

>TRINITY_DN113332_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATATTTAGAAGAGAGTTTAATATTTAGTTAATTGGATGTCCAAAAAATCATCAAATAAGGGTTAGGATAGGCAGAGATGATAAATTTTTTAGGATGATGAATCGTAGCTGTCAAGACATCAGGTTGACGACGTTGATCCCCAAGCTGTTTGGTGTGTTTGTCGTGTAAGATACGACTGGTAGCTGTGATTCATCTCATG
CTAATGTTTTTGCAATTTTAATTCTACGCCAAAGAGGACAACTGTAGCAGAGAGAAAGAACAGCCATGGCGCCTCCCATCCTTGTTGTTTTCATCACTGTTATGCTTGCCTATATTAAGGTATCTGGACTAGAGTCCTTCCATTCCTTGGAGAGCCAAAGACCAATTCTTCAGAAATCATTTGTAGAACACATCAACAAA
CATTCAAATGCTGGTTGGAAGGCTTCCATGAGTACCCGATTTTCCAATTACACGGTAGGAGAATTTGCACACCTCCTTGGTGTACTTCCCACTCCTCAGAAGCTGTTAGAATCTGTTCCTGTTCGAGTTTATCCCAAGGGTTTAAAGCTACCAAATAATTTTGATGCACGCAAAGCTTGGCCACATTGTACTTCTACTCG
GAGCATCTTAGATCAGGGCCACTGTGGTTCATGTTGGGCATTTGCTGCAGTAGAAGCACTGTCAGACCGATTTTGCATTCACTTTCAAGTGAATGCCACTCTTTCAGAAAACGATTTAGTGGCATGCTGTGGATTTTTGTGTGGAGCAGGGTGTAATGGTGGTTTTCCATTATCTGCATGGCGGTATTTCCATCGAAGGG
GTGTTGTAACTGATGAGTGTGATCCCTACTTTGACAATGATGGTTGTAATCATCCTGGTTGCGAGCCTTCATATCCAACACCTCGGTGTGTCAGGCAGTGCACGGATAATCAAAAGTGGTCACATTCCAAGCATTACAGTGCAGATGCGTACAGAATAAAGTCAGATCCATACAATATAATGGCTGAAGTTTTCACTAAT
GGTCCTGTAGAGGTCTCATTTTCTGTTTATGAGGACTTTGCCCATTATGAAACTGGTGTATACAAGCACGTCCAGGGTCGCTATTTAGGGGGACATGCTGTTAAGTTGATTGGGTGGGGCACGACAGATGAAGGAATTGATTATTGGCTGATCGCAAATTCTTGGAATACTGCTTGGGGTGAGgtaaggtcttcatggtt
atcattgtttttaaagcattgaaattttcctaaacaaaaagcattaacaaacaggtatcctaactgaaagcaatctaaatgatcgaatatagttctttctctctctctctttctccccatatatgtatatgtatttgcttcattcttagctgttgtggcaactgactatattagttagtgctgactgttatgtttgttgt
aaactctttattagatttctatctggcttaacaaatataattcattcacgagtcttgacagGGAGGTTATTTCAAGATTGCAAGGGGTGTTAATGAATGTGGGATTGAAAGGGAACCAGTGGCAGGGATGCCATCGGCTAAAAATTTGATTCAGGACCCAACAGATCAAATTGGTAAAAGTCGTCAGTCTTGGTGATTTG
TTCACATTAATGTATGCTAAGGATATTTATTGATATGAGATACTTATTACAAGCATTTAGATACACTTACACAACTGGCTTATTGTCATTCTTCATATACAGAAATCAAGACTGCTTGCCT

Intron 3 GTAAGGTCTT ... TCTTTATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.78	19	26	3
A2	52	12	13	4
A3	54.35	21	25	3
A4	60	6	9	2
A5	66.67	5	10	1
A6	53.98	104	122	14.6
A7	51.33	128	135	15.4
A8	51.35	198	209	32
A9	52.65	125	139	24
A10	49.15	60	58	12

>TRINITY_DN36918_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CAAGGGTTAGGATAGGCAGAGATGATAAATTTTTTAGGATGATGAATCGTAGCTGTCAAGACATCAGGTTGACGACGTTGATCCCCAAGCTGTTTGGTGTGTTTGTCGTGTAAGATACGACTGGTAGCTGTGATTCATCTCATGCTAATGTTTTTGCAATTTTAATTCTACGCCAAAGAGGACAACTGTAGCAGAGAGAA
AGAACAGCCATGGCGCCTCCCATCCTTGTTGTTTTCATCACTGTTATGCTTGCCTATATTAAGGTATCTGGACTAGAGTCCTTCCATTCCTTGGAGAGCCAAAGACCAATTCTTCAGAAATCATTTGTAGAACACATCAACAAACATTCAAATGCTGGTTGGAAGGCTTCCATGAGTACCCGATTTTCCAATTACACGGT
AGGAGAATTTGCACACCTCCTTGGTGTACTTCCCACTCCTCAGAAGCTGTTAGAATCTGTTCCTGTTCGAGTTTATCCCAAGGGTTTAAAGCTACCAAATAATTTTGATGCACGCAAAGCTTGGCCACATTGTACTTCTACTCGGAGCATCTTAGATCAGGGCCACTGTGGTTCATGTTGGGCATTTGCTGCAGTAGAAG
CACTGTCAGACCGATTTTGCATTCACTTTCAAGTGAATGCCACTCTTTCAGAAAACGATTTAGTGGCATGCTGTGGATTTTTGTGTGGAGCAGGGTGTAATGGTGGTTTTCCATTATCTGCATGGCGGTATTTCCATCGAAGGGGTGTTGTAACTGATGAGTGTGATCCCTACTTTGACAATGATGGTTGTAATCATCCT
GGTTGCGAGCCTTCATATCCAACACCTCGGTGTGTCAGGCAGTGCACGGATAATCAAAAGTGGTCACATTCCAAGCATTACAGTGCAGATGCGTACAGAATAAAGTCAGATCCATACAATATAATGGCTGAAGTTTTCACTAATGGTCCTGTAGAGGTCTCATTTTCTGTTTATGAGGACTTTGCCCATTATGAAACTGG
TGTATACAAGCACGTCCAGGGTCGCTATTTAGGGGGACATGCTGTTAAGTTGATTGGGTGGGGCACGACAGATGAAGGAATTGATTATTGGCTGATCGCAAATTCTTGGAATACTGCTTGGGGTGAGATTTCTATCTGGCTTAACAAATATAATTCATTCACGAGTCTTGACAGGGAGGTTATTTCAAGATTGCAAGGGG
TGTTAATGAATGTGGGATTGAAAGGGAACCAGTGGCAGGGATGCCATCGGCTAAAAATTTGATTCAGGACCCAACAGATCAAATTGGTAAAAGTCGTCAGTCTTGGTGATTTGTTCACATTAATGTATGCTAAGGATATTTATTGATATGAGATACTTATTACAAGCATTTAGATACACTTACACAACTGGCTTATTGTC
ATTCTTCATATACAGAAATCAAGACTGCTTGCCTATTGTTGTTGAAACTTTGTTTGTCTGGTGGCCTTTGATTTGGTCTGCACATGCCCTATATATTTCACCTGCACTTCCTATAGATTTCACCTGCACTAGGGTATTCTGCCTGTGCTTGAGTTTTTGCTTGTACTGCATATTTACAGTGTGTTCTAGGTGTTTCTATT
TGAATGCTCT

>TRINITY_DN36918_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAAGGGTTAGGATAGGCAGAGATGATAAATTTTTTAGGATGATGAATCGTAGCTGTCAAGACATCAGGTTGACGACGTTGATCCCCAAGCTGTTTGGTGTGTTTGTCGTGTAAGATACGACTGGTAGCTGTGATTCATCTCATGCTAATGTTTTTGCAATTTTAATTCTACGCCAAAGAGGACAACTGTAGCAGAGAGAA
AGAACAGCCATGGCGCCTCCCATCCTTGTTGTTTTCATCACTGTTATGCTTGCCTATATTAAGGTATCTGGACTAGAGTCCTTCCATTCCTTGGAGAGCCAAAGACCAATTCTTCAGAAATCATTTGTAGAACACATCAACAAACATTCAAATGCTGGTTGGAAGGCTTCCATGAGTACCCGATTTTCCAATTACACGGT
AGGAGAATTTGCACACCTCCTTGGTGTACTTCCCACTCCTCAGAAGCTGTTAGAATCTGTTCCTGTTCGAGTTTATCCCAAGGGTTTAAAGCTACCAAATAATTTTGATGCACGCAAAGCTTGGCCACATTGTACTTCTACTCGGAGCATCTTAGATCAGGGCCACTGTGGTTCATGTTGGGCATTTGCTGCAGTAGAAG
CACTGTCAGACCGATTTTGCATTCACTTTCAAGTGAATGCCACTCTTTCAGAAAACGATTTAGTGGCATGCTGTGGATTTTTGTGTGGAGCAGGGTGTAATGGTGGTTTTCCATTATCTGCATGGCGGTATTTCCATCGAAGGGGTGTTGTAACTGATGAGTGTGATCCCTACTTTGACAATGATGGTTGTAATCATCCT
GGTTGCGAGCCTTCATATCCAACACCTCGGTGTGTCAGGCAGTGCACGGATAATCAAAAGTGGTCACATTCCAAGCATTACAGTGCAGATGCGTACAGAATAAAGTCAGATCCATACAATATAATGGCTGAAGTTTTCACTAATGGTCCTGTAGAGGTCTCATTTTCTGTTTATGAGGACTTTGCCCATTATGAAACTGG
TGTATACAAGCACGTCCAGGGTCGCTATTTAGGGGGACATGCTGTTAAGTTGATTGGGTGGGGCACGACAGATGAAGGAATTGATTATTGGCTGATCGCAAATTCTTGGAATACTGCTTGGGGTGAGgtaaggtcttcatggttatcattgtttttaaagcattgaaattttcctaaacaaaaagcattaacaaacaggt
atcctaactgaaagcaatctaaatgatcgaatatagttctttctctctctctctttctccccatatatgtatatgtgtttgcttcattcttagctgttgtggcaactgactatattagttagtgctgactgttatgtttgttgtaaactctttattagATTTCTATCTGGCTTAACAAATATAATTCATTCACGAGTCTT
GACAGGGAGGTTATTTCAAGATTGCAAGGGGTGTTAATGAATGTGGGATTGAAAGGGAACCAGTGGCAGGGATGCCATCGGCTAAAAATTTGATTCAGGACCCAACAGATCAAATTGGTAAAAGTCGTCAGTCTTGGTGATTTGTTCACATTAATGTATGCTAAGGATATTTATTGATATGAGATACTTATTACAAGCAT
TTAGATACACTTACACAACTGGCTTATTGTCATTCTTCATATACAGAAATCAAGACTGCTTGCCTATTGTTGTTGAAACTTTGTTTGTCTGGTGGCCTTTGATTTGGTCTGCACATGCCCTATATATTTCACCTGCACTTCCTATAGATTTCACCTGCACTAGGGTATTCTGCCTGTGCTTGAGTTTTTGCTTGTACTGC
ATATTTACAGTGTGTTCTAGGTGTTTCTATTTGAATGCTCT