sp|O48844|PSD1A_ARATH ----> 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 homolog A
Intron 1 GTGATGCAGT ... GTGTTACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.6 | 44 | 17 | 20 |
| A2 | 21.37 | 46 | 11 | 14 |
| A3 | 20.72 | 44 | 16 | 7 |
| A4 | 24.05 | 60 | 15 | 23 |
| A5 | 20 | 24 | 5 | 7 |
| A6 | 28.09 | 32 | 3 | 22 |
| A7 | 22.31 | 47 | 16 | 11 |
| A8 | 22.39 | 26 | 9 | 6 |
| A9 | 10.77 | 29 | 4 | 3 |
| A10 | 22.08 | 30 | 9 | 8 |
>TRINITY_DN109730_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformCTTTGCGTTGCTCCAACTCATCCTTCTCGTTCCCCTACTCTCCCAGTAATGTCTTAGCATCATTTCACTCTTTCAGGCCCACGGCCGAACAGAAATCCGGAGAAGCAAGGGTATATACATTGAATATATCACGCATATTCGAGGTTTTTCAGAGAGGGAAATTCCCGATATCATTTCAAAGAACAAATTTTGAGGGTTTT
CGGTCCCAGGGAAGATTTTATTTTCTTTTAAATTCGATTCGAACGAATCTTTGAACGAATACTGTTGAAAGCGTTCGATCTACAACAATGGTTGCTTGCATTAGCTCAGCCAGCGGGCTGCTGGCAATGCTCAACGAAGAACATCCGATGCTCAAGCTTCACGCGCTGACGAATCTTAACAGACTCGTGGACAATTTTTG
GCCGGAGATTTCAACCAGCGTCTCTATAATAGAAAGCTTATATGAAGATGAAGGTTTTGATCAACGACAGCTTGCTGGACTGGTGGCTTCAAAGGTTTTTTATTACCTTGGTGAACTCAACGACTCCTTGTCGTATGCGCTAGGTGCTGGACCCTTGTTTAATGTGTCAGAGGATTCAGATTACGTGCATGCTTTGCTTG
CTAAAGCCATAGATGAGTACTCCAGTCTTCGCATGAAAGCTGCAGAATCAAGTAAAGATACAGTGGAGATAGACCCTAGACTAGAGGAAATAGTAGAAAGAATGCTTGACAAGTGCATACTAGATGGCAAGTTCCAGCAGGCATTGGGAATTGCATTGGAGTGCCGAAGACTTGATAAGTTAGAAGAGTCGATCTTAAAA
AGTGATAATGTTGTTGGAATGCTTTCGTACTGCATTAATGTTTCTCATGGATTTGTCAGTAGAAGAGAGTATCGACACGAGGTTCTTGCACTCCTTGTTAAAATTTATCAAAAACTACCGTCACCTGATTATTTAAGCATTTGTCAGTGCCTCATGTTTCTAGATAAGCCTGCGAATGTTGCAAGTATATTGGAGAAGCT
CCTAAGAGGGGACAAGGATGATGCCTTGTTGGCCTTTCAGATAGCATTTGATTTGTTTGAGAATGAGGATCAAGCTTTCCTGATAAATGTTAGAAATCAACTTCCTGAGCCCAAGCATCAAGGCACCAGAAGTGCAGATGCTGGACAATCTTCAGGAGTGCAGGGTGATGTTTCTAATAATGGTAACACTGCAGCTCAAA
CGCCTGTTGCAATGGATACCTCTGACGATGTCCAAATGGCAGATGGTGCCACTGTTCCCAGTGGAGCTGATGATGAATTGGATGCAGTAGAATCCGTTTATGCAGAAAGACTAGTGAAGATTAAAGGGATTTTATCTGGTGAAACGGCTATACATCTAATATTACAGTTTTTGTACAGTCACAACAGGTCAGATCTGCTC
ATACTGAAGACCATAAAACAGTCTGTTGAAATGCGCAATAGTGTATGCCACAGTGCTACCATTTATGCCAATGCTTTGATGCATGCTGGAACAACTGCAGACACTTTCCTAAGAGAAAATTTGGAATGGCTGAGCAGAGCCACAAACTGGGCAAAGTTCAGTGCTACTGCTGGCTTGGGAGTCATTCACAGAGGTCATCT
TCAACAAGGTCGTTCTTTGATGGCTCCTTACCTTCCACAGAATGGTGCTAGTGGAGGTGGAAGTCCCTTTTCTGAGGGTGGAGCCCTATATGCCTTGGGACTTATACATGCAAACCATGGAGAAGGGATCAAGCAGTTCCTTCGTGAAAGCTTAAGCAGCGCAAATCTTGAAGTAATTCAGCATGGTGCATGCTTGGGTT
TGGGATTGGCAGCTTTAGGAACTGCTGATGAAGAAATTTATGATGAAGTCAGAACTGTTCTCTATACAGATAGTGCAGTTGCTGGAGAAGCTGCAGGTATTAGCATGGGTCTGCTTATGGTTGGGACTGCAAGTGAAAAAGCTGGTGAAATGCTTCAATATGCACATGAAACACAACATGAGAAGATTATCAGGGGTTTG
GCTCTTGGAATAGCCCTTACTGTTTATGGAAGGGAAGAAGAGGCAGATACACTTATTGAACAAATGACAAGGGATCAGGATCCTATTTTGCGATACGGTGGAATGTATGCACTCGCCTTGGCGTACTGTGGAACAGCCAATAACAAGGCTATCCGACGCCTTCTACACTTTGCTGTCTCAGATGTCAGTGATGATGTGAG
AAGAACTGCAGTGTTGGCCCTTGGGTTTGTCTTATACTCGGAACCTGAGCAGACACCACGGGTTGTATCTTTGCTTTCCGAGTCATACAATCCACATGTTAGGTATGGAGCAGCTATAGCAGTGGGTGTTTCTTGTGCTGGTACAGGATTGAGTGAAGCCATTTCACTGCTAGAGCCTCTGACATCAGATGTAGTTGATT
TTGTTCGTCAAGGGGCTCTTATAGCAATGGCTATGGTTCTTGTTCAGACAAATGAATCACGTGAACCACGAGTAGGTAACTTCAGGCGTCAATTGGAGAAGATAATTCTCGATAAGCATGAGGACACCATGAGTAAGATGGGTGCAATTTTGGCTTCTGGTATTTTAGATGCAGGTGGCAGAAATGTAACTATTAAAGTA
CTTTCCAGGTCAAAACATGATAGAATGACTGCTGTTATTGGAATGGCAGTCTTCACACAGTTTTGGTATTGGTATCCACTTATCTATTTTTTGAGTCTTTCTTTCGCACCGACTGCTTTTATTGGGCTTAACTATGACTTGAAGACCCCAAAGTTTGAATTTATATCTGATGCGAAACCTTCGTTGTTTGAGTATCCTCG
CCCAATGGCACCTCCCACAACTACCTCAGCTGCAAAGCTGCCAACAGCTGTTTTGTCAACATCAGCAAGGGCTAAAACCAGAGGAAAAAAAGAAGCAGATCATAAAACTACAGTTGACAAATTATCTGGTGATGATGGTAATACATCTGTATCTGCTAATGGTGGTGCAGGCTCTGGAAAGGGCCCAAACTCTAGTGATA
AGGATGGCGAACCAATGCAGGTTGATGGTACATCTGACAAGAAAAATGAAGTGGAGCTATCTTCAGAGGTTCTCACAAATCCAGCTAGGGTTGTACCAGCACAGGAAAAGTATGTCAAGTTTTTTGAAGGGAGTAGATACATGCCTATTAAGCCAGCACGCTCGGGTTTTGTTCTACTAAGGGACATGCAGCCATCTGAA
CCAGAAGTACTTGTTTCAAGTGATGCACCTGCATCATCTCCATCAACAGGAAGTGTCTCGAATGCTCAGTTGCCTGCAGCAGCTGTTGAGGATGGAGAACCACAACCACCACAACCATTTGAATTCAATGCTTGAGTATATGCATGGGCTTCCACCCATTGCTGGAACTTATAAAGAATCACTCCTAAATTGCTGAATTG
TTCGTCCAAATATTCTTTGGTTGTGTATGTTTTGCAGCTCAGTTTTGACCTCATGTGTAAAATATTTCCTGCTGGCAGGCAACTAGTTTTCTAAACATTGGTCAAGGCGGTTAATTTGGAGATCCAACAAAGAGGCTAAAGCCTTCTGAGTGAATCGTTTCATTTGGTTGAATGTATTAGGCATAATTGTTGATTTATTA
TTTTTGTTTCCAACACATTTTCAAATCTTATAGATTTTTGCTTG
>TRINITY_DN109730_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTTTGCGTTGCTCCAACTCATCCTTCTCGTTCCCCTACTCTCCCAGTAATGTCTTAGCATCATTTCACTCTTTCAGGCCCACGGCCGAACAGAAATCCGGAGAAGCAAGGGTATATACATTGAATATATCACGCATATTCGAGGTTTTTCAGAGAGGGAAATTCCCGATATCATTTCAAAGAACAAATTTTGAGGGTTTT
CGGTCCCAGGGAAGATTTTATTTTCTTTTAAATTCGATTCGAACGAATCTTTGAACGAATACTGTTGAAAGCGTTCGATCTACAACAATGGTTGCTTGCATTAGCTCAGCCAGCGGGCTGCTGGCAATGCTCAACGAAGAACATCCGATGCTCAAGCTTCACGCGCTGACGAATCTTAACAGACTCGTGGACAATTTTTG
GCCGGAGATTTCAACCAGCGTCTCTATAATAGAAAGCTTATATGAAGATGAAGGTTTTGATCAACGACAGCTTGCTGGACTGGTGGCTTCAAAGGTTTTTTATTACCTTGGTGAACTCAACGACTCCTTGTCGTATGCGCTAGGTGCTGGACCCTTGTTTAATGTGTCAGAGGATTCAGATTACGTGCATGCTTTGCTTG
CTAAAGCCATAGATGAGTACTCCAGTCTTCGCATGAAAGCTGCAGAATCAAGTAAAGATACAGTGGAGATAGACCCTAGACTAGAGGAAATAGTAGAAAGAATGCTTGACAAGTGCATACTAGATGGCAAGTTCCAGCAGGCATTGGGAATTGCATTGGAGTGCCGAAGACTTGATAAGTTAGAAGAGTCGATCTTAAAA
AGTGATAATGTTGTTGGAATGCTTTCGTACTGCATTAATGTTTCTCATGGATTTGTCAGTAGAAGAGAGTATCGACACGAGGTTCTTGCACTCCTTGTTAAAATTTATCAAAAACTACCGTCACCTGATTATTTAAGCATTTGTCAGTGCCTCATGTTTCTAGATAAGCCTGCGAATGTTGCAAGTATATTGGAGAAGCT
CCTAAGAGGGGACAAGGATGATGCCTTGTTGGCCTTTCAGATAGCATTTGATTTGTTTGAGAATGAGGATCAAGCTTTCCTGATAAATGTTAGAAATCAACTTCCTGAGCCCAAGCATCAAGGCACCAGAAGTGCAGATGCTGGACAATCTTCAGGAGTGCAGGGTGATGTTTCTAATAATGGTAACACTGCAGCTCAAA
CGCCTGTTGCAATGGATACCTCTGACGATGTCCAAATGGCAGATGGTGCCACTGTTCCCAGTGGAGCTGATGATGAATTGGATGCAGTAGAATCCGTTTATGCAGAAAGACTAGTGAAGATTAAAGGGATTTTATCTGGTGAAACGGCTATACATCTAATATTACAGTTTTTGTACAGTCACAACAGGTCAGATCTGCTC
ATACTGAAGACCATAAAACAGTCTGTTGAAATGCGCAATAGTGTATGCCACAGTGCTACCATTTATGCCAATGCTTTGATGCATGCTGGAACAACTGCAGACACTTTCCTAAGAGAAAATTTGgtgatgcagttgtgcttttatatttacaataagtctaatttcacattaactgtgtttcttacagaattttgtatttt
tatattgatattttacggttttgatctattgtgttaccagGAATGGCTGAGCAGAGCCACAAACTGGGAAAAGTTCAGTGCTACAGCTGGCTTGGGAGTCATTCACAGGGGTCATTCACGGGGATCATCTTCAACAAGGTCGTTCTTTGATGGCTCCTTACCTTGCATAGAATGGTGCTAGTGGAGGTGGAAGTCCCTTT
TCTGAGGGTGGATCCCTATATTCCTTGGGACTTATACATTCAAACCATGGAGGAGGGATCAAGCAGTTCCTTCATGAAATCTTAAGCAGCGGAAATCTTGAAGTAAGCATCTGCTTTGGTTACATATATGCACTATTTTATAATAAAAATTTTGATTCACCCTATTTCTGCAGTTTGTTTTACTCTCAAAGGGAGCCCTT
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AGATACACTTATTGAACAAATGACAAGGGATCAGGATCCTATTTTGCGATACGGTGGAATGTATGCACTCGCCTTGGCGTACTGTGGAACAGCCAATAACAAGGCTATCCGACGCCTTCTACACTTTGCTGTCTCAGATGTCAGTGATGATGTGAGAAGAACTGCAGTGTTGGCCCTTGGGTTTGTCTTATACTCGGAAC
CTGAGCAGACACCACGGGTTGTATCTTTGCTTTCCGAGTCATACAATCCACATGTTAGGTATGGAGCAGCTATAGCAGTGGGTGTTTCTTGTGCTGGTACAGGATTGAGTGAAGCCATTTCACTGCTAGAGCCTCTGACATCAGATGTAGTTGATTTTGTTCGTCAAGGGGCTCTTATAGCAATGGCTATGGTTCTTGTT
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GGCAGTCTTCACACAGTTTTGGTATTGGTATCCACTTATCTATTTTTTGAGTCTTTCTTTCGCACCGACTGCTTTTATTGGGCTTAACTATGACTTGAAGACCCCAAAGTTTGAATTTATATCTGATGCGAAACCTTCGTTGTTTGAGTATCCTCGCCCAATGGCACCTCCCACAACTACCTCAGCTGCAAAGCTGCCAA
CAGCTGTTTTGTCAACATCAGCAAGGGCTAAAACCAGAGGAAAAAAAGAAGCAGATCATAAAACTACAGTTGACAAATTATCTGGTGATGATGGTAATACATCT
Intron 2 GTAAGCATCT ... TTTTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.86 | 32 | 21 | 18 |
| A2 | 37.5 | 5 | 6 | 0 |
| A3 | 37.14 | 11 | 7 | 6 |
| A4 | 44.83 | 16 | 19 | 7 |
| A5 | 50 | 4 | 6 | 2 |
| A6 | 35.19 | 35 | 29 | 9 |
| A7 | 22.39 | 26 | 12 | 3 |
| A8 | 30.91 | 19 | 11 | 6 |
| A9 | 24.24 | 25 | 10 | 6 |
| A10 | 33.33 | 32 | 19 | 13 |
>TRINITY_DN109730_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformCTTTGCGTTGCTCCAACTCATCCTTCTCGTTCCCCTACTCTCCCAGTAATGTCTTAGCATCATTTCACTCTTTCAGGCCCACGGCCGAACAGAAATCCGGAGAAGCAAGGGTATATACATTGAATATATCACGCATATTCGAGGTTTTTCAGAGAGGGAAATTCCCGATATCATTTCAAAGAACAAATTTTGAGGGTTTT
CGGTCCCAGGGAAGATTTTATTTTCTTTTAAATTCGATTCGAACGAATCTTTGAACGAATACTGTTGAAAGCGTTCGATCTACAACAATGGTTGCTTGCATTAGCTCAGCCAGCGGGCTGCTGGCAATGCTCAACGAAGAACATCCGATGCTCAAGCTTCACGCGCTGACGAATCTTAACAGACTCGTGGACAATTTTTG
GCCGGAGATTTCAACCAGCGTCTCTATAATAGAAAGCTTATATGAAGATGAAGGTTTTGATCAACGACAGCTTGCTGGACTGGTGGCTTCAAAGGTTTTTTATTACCTTGGTGAACTCAACGACTCCTTGTCGTATGCGCTAGGTGCTGGACCCTTGTTTAATGTGTCAGAGGATTCAGATTACGTGCATGCTTTGCTTG
CTAAAGCCATAGATGAGTACTCCAGTCTTCGCATGAAAGCTGCAGAATCAAGTAAAGATACAGTGGAGATAGACCCTAGACTAGAGGAAATAGTAGAAAGAATGCTTGACAAGTGCATACTAGATGGCAAGTTCCAGCAGGCATTGGGAATTGCATTGGAGTGCCGAAGACTTGATAAGTTAGAAGAGTCGATCTTAAAA
AGTGATAATGTTGTTGGAATGCTTTCGTACTGCATTAATGTTTCTCATGGATTTGTCAGTAGAAGAGAGTATCGACACGAGGTTCTTGCACTCCTTGTTAAAATTTATCAAAAACTACCGTCACCTGATTATTTAAGCATTTGTCAGTGCCTCATGTTTCTAGATAAGCCTGCGAATGTTGCAAGTATATTGGAGAAGCT
CCTAAGAGGGGACAAGGATGATGCCTTGTTGGCCTTTCAGATAGCATTTGATTTGTTTGAGAATGAGGATCAAGCTTTCCTGATAAATGTTAGAAATCAACTTCCTGAGCCCAAGCATCAAGGCACCAGAAGTGCAGATGCTGGACAATCTTCAGGAGTGCAGGGTGATGTTTCTAATAATGGTAACACTGCAGCTCAAA
CGCCTGTTGCAATGGATACCTCTGACGATGTCCAAATGGCAGATGGTGCCACTGTTCCCAGTGGAGCTGATGATGAATTGGATGCAGTAGAATCCGTTTATGCAGAAAGACTAGTGAAGATTAAAGGGATTTTATCTGGTGAAACGGCTATACATCTAATATTACAGTTTTTGTACAGTCACAACAGGTCAGATCTGCTC
ATACTGAAGACCATAAAACAGTCTGTTGAAATGCGCAATAGTGTATGCCACAGTGCTACCATTTATGCCAATGCTTTGATGCATGCTGGAACAACTGCAGACACTTTCCTAAGAGAAAATTTGGTGATGCAGTTGTGCTTTTATATTTACAATAAGTCTAATTTCACATTAACTGTGTTTCTTACAGAATTTTGTATTTT
TATATTGATATTTTACGGTTTTGATCTATTGTGTTACCAGGAATGGCTGAGCAGAGCCACAAACTGGGAAAAGTTCAGTGCTACAGCTGGCTTGGGAGTCATTCACAGGGGTCATTCACGGGGATCATCTTCAACAAGGTCGTTCTTTGATGGCTCCTTACCTTGCATAGAATGGTGCTAGTGGAGGTGGAAGTCCCTTT
TCTGAGGGTGGATCCCTATATTCCTTGGGACTTATACATTCAAACCATGGAGGAGGGATCAAGCAGTTCCTTCATGAAATCTTAAGCAGCGGAAATCTTGAAGTAATTTAACATGGTGAAGTAACATAGAACTCTCTTTGAATATTTTTCTACTTGAAGCTATCAAAATATTCTTATTGCTTGGATCTACCTAGAAGATA
TGATCCCGATTTAAAAATGATATGCGGGGGTTTGGATCTTGGGATAGCCCTTATTGTTTATGGAAGGGAAGAAGAGGCAGATACACTTATTGAACAAATGACAAGGGATCAGGATCCTATTTTGCGATACGGTGGAATGTATGCACTCGCCTTGGCGTACTGTGGAACAGCCAATAACAAGGCTATCCGACGCCTTCTAC
ACTTTGCTGTCTCAGATGTCAGTGATGATGTGAGAAGAACTGCAGTGTTGGCCCTTGGGTTTGTCTTATACTCGGAACCTGAGCAGACACCACGGGTTGTATCTTTGCTTTCCGAGTCATACAATCCACATGTTAGGTATGGAGCAGCTATAGCAGTGGGTGTTTCTTGTGCTGGTACAGGATTGAGTGAAGCCATTTCA
CTGCTAGAGCCTCTGACATCAGATGTAGTTGATTTTGTTCGTCAAGGGGCTCTTATAGCAATGGCTATGGTTCTTGTTCAGACAAATGAATCACGTGAACCACGAGTAGGTAACTTCAGGCGTCAATTGGAGAAGATAATTCTCGATAAGCATGAGGACACCATGAGTAAGATGGGTGCAATTTTGGCTTCTGGTATTTT
AGATGCAGGTGGCAGAAATGTAACTATTAAAGTACTTTCCAGGTCAAAACATGATAGAATGACTGCTGTTATTGGAATGGCAGTCTTCACACAGTTTTGGTATTGGTATCCACTTATCTATTTTTTGAGTCTTTCTTTCGCACCGACTGCTTTTATTGGGCTTAACTATGACTTGAAGACCCCAAAGTTTGAATTTATAT
CTGATGCGAAACCTTCGTTGTTTGAGTATCCTCGCCCAATGGCACCTCCCACAACTACCTCAGCTGCAAAGCTGCCAACAGCTGTTTTGTCAACATCAGCAAGGGCTAAAACCAGAGGAAAAAAAGAAGCAGATCATAAAACTACAGTTGACAAATTATCTGGTGATGATGGTAATACATCT
>TRINITY_DN109730_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTTTGCGTTGCTCCAACTCATCCTTCTCGTTCCCCTACTCTCCCAGTAATGTCTTAGCATCATTTCACTCTTTCAGGCCCACGGCCGAACAGAAATCCGGAGAAGCAAGGGTATATACATTGAATATATCACGCATATTCGAGGTTTTTCAGAGAGGGAAATTCCCGATATCATTTCAAAGAACAAATTTTGAGGGTTTT
CGGTCCCAGGGAAGATTTTATTTTCTTTTAAATTCGATTCGAACGAATCTTTGAACGAATACTGTTGAAAGCGTTCGATCTACAACAATGGTTGCTTGCATTAGCTCAGCCAGCGGGCTGCTGGCAATGCTCAACGAAGAACATCCGATGCTCAAGCTTCACGCGCTGACGAATCTTAACAGACTCGTGGACAATTTTTG
GCCGGAGATTTCAACCAGCGTCTCTATAATAGAAAGCTTATATGAAGATGAAGGTTTTGATCAACGACAGCTTGCTGGACTGGTGGCTTCAAAGGTTTTTTATTACCTTGGTGAACTCAACGACTCCTTGTCGTATGCGCTAGGTGCTGGACCCTTGTTTAATGTGTCAGAGGATTCAGATTACGTGCATGCTTTGCTTG
CTAAAGCCATAGATGAGTACTCCAGTCTTCGCATGAAAGCTGCAGAATCAAGTAAAGATACAGTGGAGATAGACCCTAGACTAGAGGAAATAGTAGAAAGAATGCTTGACAAGTGCATACTAGATGGCAAGTTCCAGCAGGCATTGGGAATTGCATTGGAGTGCCGAAGACTTGATAAGTTAGAAGAGTCGATCTTAAAA
AGTGATAATGTTGTTGGAATGCTTTCGTACTGCATTAATGTTTCTCATGGATTTGTCAGTAGAAGAGAGTATCGACACGAGGTTCTTGCACTCCTTGTTAAAATTTATCAAAAACTACCGTCACCTGATTATTTAAGCATTTGTCAGTGCCTCATGTTTCTAGATAAGCCTGCGAATGTTGCAAGTATATTGGAGAAGCT
CCTAAGAGGGGACAAGGATGATGCCTTGTTGGCCTTTCAGATAGCATTTGATTTGTTTGAGAATGAGGATCAAGCTTTCCTGATAAATGTTAGAAATCAACTTCCTGAGCCCAAGCATCAAGGCACCAGAAGTGCAGATGCTGGACAATCTTCAGGAGTGCAGGGTGATGTTTCTAATAATGGTAACACTGCAGCTCAAA
CGCCTGTTGCAATGGATACCTCTGACGATGTCCAAATGGCAGATGGTGCCACTGTTCCCAGTGGAGCTGATGATGAATTGGATGCAGTAGAATCCGTTTATGCAGAAAGACTAGTGAAGATTAAAGGGATTTTATCTGGTGAAACGGCTATACATCTAATATTACAGTTTTTGTACAGTCACAACAGGTCAGATCTGCTC
ATACTGAAGACCATAAAACAGTCTGTTGAAATGCGCAATAGTGTATGCCACAGTGCTACCATTTATGCCAATGCTTTGATGCATGCTGGAACAACTGCAGACACTTTCCTAAGAGAAAATTTGGTGATGCAGTTGTGCTTTTATATTTACAATAAGTCTAATTTCACATTAACTGTGTTTCTTACAGAATTTTGTATTTT
TATATTGATATTTTACGGTTTTGATCTATTGTGTTACCAGGAATGGCTGAGCAGAGCCACAAACTGGGAAAAGTTCAGTGCTACAGCTGGCTTGGGAGTCATTCACAGGGGTCATTCACGGGGATCATCTTCAACAAGGTCGTTCTTTGATGGCTCCTTACCTTGCATAGAATGGTGCTAGTGGAGGTGGAAGTCCCTTT
TCTGAGGGTGGATCCCTATATTCCTTGGGACTTATACATTCAAACCATGGAGGAGGGATCAAGCAGTTCCTTCATGAAATCTTAAGCAGCGGAAATCTTGAAgtaagcatctgctttggttacatatatgcactattttataataaaaattttgattcaccctatttctgcagtttgttttactctcaaagggagccctt
acagatgtgatgtattttttacagGTAATTTAACATGGTGAAGTAACATAGAACTCTCTTTGAATATTTTTCTACTTGAAGCTATCAAAATATTCTTATTGCTTGGATCTACCTAGAAGATATGATCCCGATTTAAAAATGATATGCGGGGGTTTGGATCTTGGGATAGCCCTTATTGTTTATGGAAGGGAAGAAGAGGC
AGATACACTTATTGAACAAATGACAAGGGATCAGGATCCTATTTTGCGATACGGTGGAATGTATGCACTCGCCTTGGCGTACTGTGGAACAGCCAATAACAAGGCTATCCGACGCCTTCTACACTTTGCTGTCTCAGATGTCAGTGATGATGTGAGAAGAACTGCAGTGTTGGCCCTTGGGTTTGTCTTATACTCGGAAC
CTGAGCAGACACCACGGGTTGTATCTTTGCTTTCCGAGTCATACAATCCACATGTTAGGTATGGAGCAGCTATAGCAGTGGGTGTTTCTTGTGCTGGTACAGGATTGAGTGAAGCCATTTCACTGCTAGAGCCTCTGACATCAGATGTAGTTGATTTTGTTCGTCAAGGGGCTCTTATAGCAATGGCTATGGTTCTTGTT
CAGACAAATGAATCACGTGAACCACGAGTAGGTAACTTCAGGCGTCAATTGGAGAAGATAATTCTCGATAAGCATGAGGACACCATGAGTAAGATGGGTGCAATTTTGGCTTCTGGTATTTTAGATGCAGGTGGCAGAAATGTAACTATTAAAGTACTTTCCAGGTCAAAACATGATAGAATGACTGCTGTTATTGGAAT
GGCAGTCTTCACACAGTTTTGGTATTGGTATCCACTTATCTATTTTTTGAGTCTTTCTTTCGCACCGACTGCTTTTATTGGGCTTAACTATGACTTGAAGACCCCAAAGTTTGAATTTATATCTGATGCGAAACCTTCGTTGTTTGAGTATCCTCGCCCAATGGCACCTCCCACAACTACCTCAGCTGCAAAGCTGCCAA
CAGCTGTTTTGTCAACATCAGCAAGGGCTAAAACCAGAGGAAAAAAAGAAGCAGATCATAAAACTACAGTTGACAAATTATCTGGTGATGATGGTAATACATCT
Intron 3 GTAAAAATCC ... GCTATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12 | 66 | 7 | 11 |
| A2 | 22.41 | 45 | 8 | 18 |
| A3 | 22.22 | 84 | 13 | 35 |
| A4 | 21.5 | 42 | 8 | 15 |
| A5 | 19.66 | 47 | 11 | 12 |
| A6 | 12.82 | 17 | 0 | 5 |
| A7 | 19.23 | 21 | 4 | 6 |
| A8 | 30 | 7 | 5 | 1 |
| A9 | 25 | 15 | 6 | 4 |
| A10 | 11.9 | 37 | 2 | 8 |
>TRINITY_DN109730_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoformCTTTGCGTTGCTCCAACTCATCCTTCTCGTTCCCCTACTCTCCCAGTAATGTCTTAGCATCATTTCACTCTTTCAGGCCCACGGCCGAACAGAAATCCGGAGAAGCAAGGGTATATACATTGAATATATCACGCATATTCGAGGTTTTTCAGAGAGGGAAATTCCCGATATCATTTCAAAGAACAAATTTTGAGGGTTTT
CGGTCCCAGGGAAGATTTTATTTTCTTTTAAATTCGATTCGAACGAATCTTTGAACGAATACTGTTGAAAGCGTTCGATCTACAACAATGGTTGCTTGCATTAGCTCAGCCAGCGGGCTGCTGGCAATGCTCAACGAAGAACATCCGATGCTCAAGCTTCACGCGCTGACGAATCTTAACAGACTCGTGGACAATTTTTG
GCCGGAGATTTCAACCAGCGTCTCTATAATAGAAAGCTTATATGAAGATGAAGGTTTTGATCAACGACAGCTTGCTGGACTGGTGGCTTCAAAGGTTTTTTATTACCTTGGTGAACTCAACGACTCCTTGTCGTATGCGCTAGGTGCTGGACCCTTGTTTAATGTGTCAGAGGATTCAGATTACGTGCATGCTTTGCTTG
CTAAAGCCATAGATGAGTACTCCAGTCTTCGCATGAAAGCTGCAGAATCAAGTAAAGATACAGTGGAGATAGACCCTAGACTAGAGGAAATAGTAGAAAGAATGCTTGACAAGTGCATACTAGATGGCAAGTTCCAGCAGGCATTGGGAATTGCATTGGAGTGCCGAAGACTTGATAAGTTAGAAGAGTCGATCTTAAAA
AGTGATAATGTTGTTGGAATGCTTTCGTACTGCATTAATGTTTCTCATGGATTTGTCAGTAGAAGAGAGTATCGACACGAGGTTCTTGCACTCCTTGTTAAAATTTATCAAAAACTACCGTCACCTGATTATTTAAGCATTTGTCAGTGCCTCATGTTTCTAGATAAGCCTGCGAATGTTGCAAGTATATTGGAGAAGCT
CCTAAGAGGGGACAAGGATGATGCCTTGTTGGCCTTTCAGATAGCATTTGATTTGTTTGAGAATGAGGATCAAGCTTTCCTGATAAATGTTAGAAATCAACTTCCTGAGCCCAAGCATCAAGGCACCAGAAGTGCAGATGCTGGACAATCTTCAGGAGTGCAGGGTGATGTTTCTAATAATGGTAACACTGCAGCTCAAA
CGCCTGTTGCAATGGATACCTCTGACGATGTCCAAATGGCAGATGGTGCCACTGTTCCCAGTGGAGCTGATGATGAATTGGATGCAGTAGAATCCGTTTATGCAGAAAGACTAGTGAAGATTAAAGGGATTTTATCTGGTGAAACGGCTATACATCTAATATTACAGTTTTTGTACAGTCACAACAGGTCTGAAGTCTCT
TCTTGTGCAATATTTTCTCATATTTGAATGATTTGTTTTGTAATTCGATTTTGTATTCCCTGATGTGCATTTGATGACTTTTGCATGCTTTAACTTGCAATTGTTTTTTTTAAATGGAACTAGTATGCAATCATGTTAAAATAATGACACAAGAATCTTCTAATTTCTTCTACCAATGAATGGTCTTTATTTACAGCACA
AGTCAAAACTTAGAAATGTGTGAGTATATTATATTGGGATCTTGTTCAAAGGCATCATTGCGGAGATAATTGAGCACA
>TRINITY_DN109730_c0_g1_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTTTGCGTTGCTCCAACTCATCCTTCTCGTTCCCCTACTCTCCCAGTAATGTCTTAGCATCATTTCACTCTTTCAGGCCCACGGCCGAACAGAAATCCGGAGAAGCAAGGGTATATACATTGAATATATCACGCATATTCGAGGTTTTTCAGAGAGGGAAATTCCCGATATCATTTCAAAGAACAAATTTTGAGGGTTTT
CGGTCCCAGGGAAGATTTTATTTTCTTTTAAATTCGATTCGAACGAATCTTTGAACGAATACTGTTGAAAGCGTTCGATCTACAACAATGGTTGCTTGCATTAGCTCAGCCAGCGGGCTGCTGGCAATGCTCAACGAAGAACATCCGATGCTCAAGCTTCACGCGCTGACGAATCTTAACAGACTCGTGGACAATTTTTG
GCCGGAGATTTCAACCAGCGTCTCTATAATAGAAAGCTTATATGAAGATGAAGGTTTTGATCAACGACAGCTTGCTGGACTGGTGGCTTCAAAGGTTTTTTATTACCTTGGTGAACTCAACGACTCCTTGTCGTATGCGCTAGGTGCTGGACCCTTGTTTAATGTGTCAGAGGATTCAGATTACGTGCATGCTTTGCTTG
gtaaaaatccagctgccattggaagattatgttgttgctaaggatgttaagcaagtaatattatgcatcagcataggaacttgactaaaagttgcctatcagatacacatttgtcaggttttaataatttggttgtctcattgctatttcagCTAAAGCCATAGATGAGTACTCCAGTCTTCGCATGAAAGCTGCAGAAT
CAAGTAAAGATACAGTGGAGATAGACCCTAGACTAGAGGAAATAGTAGAAAGAATGCTTGACAAGTGCATACTAGATGGCAAGTTCCAGCAGGCATTGGGAATTGCATTGGAGTGCCGAAGACTTGATAAGTTAGAAGAGTCGATCTTAAAAAGTGATAATGTTGTTGGAATGCTTTCGTACTGCATTAATGTTTCTCAT
GGATTTGTCAGTAGAAGAGAGTATCGACACGAGGTTCTTGCACTCCTTGTTAAAATTTATCAAAAACTACCGTCACCTGATTATTTAAGCATTTGTCAGTGCCTCATGTTTCTAGATAAGCCTGCGAATGTTGCAAGTATATTGGAGAAGCTCCTAAGAGGGGACAAGGATGATGCCTTGTTGGCCTTTCAGATAGCATT
TGATTTGTTTGAGAATGAGGATCAAGCTTTCCTGATAAATGTTAGAAATCAACTTCCTGAGCCCAAGCATCAAGGCACCAGAAGTGCAGATGCTGGACAATCTTCAGGAGTGCAGGGTGATGTTTCTAATAATGGTAACACTGCAGCTCAAACGCCTGTTGCAATGGATACCTCTGACGATGTCCAAATGGCAGATGGTG
CCACTGTTCCCAGTGGAGCTGATGATGAATTGGATGCAGTAGAATCCGTTTATGCAGAAAGACTAGTGAAGATTAAAGGGATTTTATCTGGTGAAACGGCTATACATCTAATATTACAGTTTTTGTACAGTCACAACAGGTCAGATCTGCTCATACTGAAGACCATAAAACAGTCTGTTGAAATGCGCAATAGTGTATGC
CACAGTGCTACCATTTATGCCAATGCTTTGATGCATGCTGGAACAACTGCAGACACTTTCCTAAGAGAAAATTTGGAATGGCTGAGCAGAGCCACAAACTGGGCAAAGTTCAGTGCTACTGCTGGCTTGGGAGTCATTCACAGAGGTCATCTTCAACAAGGTCGTTCTTTGATGGCTCCTTACCTTCCACAGAATGGTGC
TAGTGGAGGTGGAAGTCCCTTTTCTGAGGGTGGAGCCCTATATGCCTTGGGACTTATACATGCAAACCATGGAGAAGGGATCAAGCAGTTCCTTCGTGAAAGCTTAAGCAGCGCAAATCTTGAAGTAATTCAGCATGGTGCATGCTTGGGTTTGGGATTGGCAGCTTTAGGAACTGCTGATGAAGAAATTTATGATGAAG
TCAGAACTGTTCTCTATACAGATAGTGCAGTTGCTGGAGAAGCTGCAGGTATTAGCATGGGTCTGCTTATGGTTGGGACTGCAAGTGAAAAAGCTGGTGAAATGCTTCAATATGCACATGAAACACAACATGAGAAGATTATCAGGGGTTTGGCTCTTGGAATAGCCCTTACTGTTTATGGAAGGGAAGAAGAGGCAGAT
ACACTTATTGAACAAATGACAAGGGATCAGGATCCTATTTTGCGATACGGTGGAATGTATGCACTCGCCTTGGCGTACTGTGGAACAGCCAATAACAAGGCTATCCGACGCCTTCTACACTTTGCTGTCTCAGATGTCAGTGATGATGTGAGAAGAACTGCAGTGTTGGCCCTTGGGTTTGTCTTATACTCGGAACCTGA
GCAGACACCACGGGTTGTATCTTTGCTTTCCGAGTCATACAATCCACATGTTAGGTATGGAGCAGCTATAGCAGTGGGTGTTTCTTGTGCTGGTACAGGATTGAGTGAAGCCATTTCACTGCTAGAGCCTCTGACATCAGATGTAGTTGATTTTGTTCGTCAAGGGGCTCTTATAGCAATGGCTATGGTTCTTGTTCAGA
CAAATGAATCACGTGAACCACGAGTAGGTAACTTCAGGCGTCAATTGGAGAAGATAATTCTCGATAAGCATGAGGACACCATGAGTAAGATGGGTGCAATTTTGGCTTCTGGTATTTTAGATGCAGGTGGCAGAAATGTAACTATTAAAGTACTTTCCAGGTCAAAACATGATAGAATGACTGCTGTTATTGGAATGGCA
GTCTTCACACAGTTTTGGTATTGGTATCCACTTATCTATTTTTTGAGTCTTTCTTTCGCACCAACTGCTTTTATTGGGCTTAAATATGACTTGAAGATCCCAAAGTTTGAATTTATATCTGATGCAAAACCTTCATTGTTTGACTATCCCCGCCCAATGGCACCTCCCGCAACTACCTCAGCTGCAAAGCTACCAACAAC
TGTTTTGTCAACACCAGCAAGGGATAAAACCAGAGGAAAAAAAGAAGCAGATCATAAAACTACAGTTGACAAATTATCTGGTGATGATGGTAATACATCTATATCTAGTAATGGTGGTGCAGGCTCTGGAAAGGGCCCAAACTCTAGTTATAAGGATGGTGAACCAATGCAGGTAATTAATGTTCCTGTTAAGGTGCTTT
TTGTCAAGAGGGGCTTCTTTTAAAAATGGA
Intron 4 GTATGGAGCA ... CACATGTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 1.02 | 97 | 1 | 0 |
| A2 | 10.67 | 67 | 8 | 4 |
| A3 | 0 | 62 | 0 | 0 |
| A4 | 5.88 | 80 | 5 | 4 |
| A5 | 9.52 | 19 | 2 | 0 |
| A6 | 1.14 | 87 | 1 | 0 |
| A7 | 4.55 | 84 | 4 | 0 |
| A8 | 7.46 | 62 | 5 | 0 |
| A9 | 10.53 | 68 | 8 | 2 |
| A10 | 0 | 39 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN45241_c1_g1_i16 from sample A6 / Example spliced isoformCTCAGATGTCAGTGATGATGTGAGAAGAACTGCAGTGTTGGCCCTTGGGTTTGTCTTATACTCGGAACCTGAGCAGACACCACGGGTTGTATCTTTGCTTTCCGAGTCATTTTCTGAGTCACACAATCCACATGTTAGGTATGGAGCAGCTATAGCAGTGGGTGTTTCTTGTGCTGGTACAGGATTGAGTGAAGCCATTT
CACTGCTAGAGCCTCTGACATCAGATGTAGTTGATTTTGTTCGTCAAGGGGCTCTTATAGCAATGGCTATGGTTCTTGTTCAAACAAATGAATCACATGAACCACGAGTAGGTAACTTCAGGAACATCGGCCTGTCCTGAAGGAAAATTTTACTGCAGAAATGTGGGGCATACACCTCTTTTACTATTCTCATCTCGGGT
GAATGATGACACCACGGGTTATATCTTTGCTTTCTGAGTCACACAATCCACATGTTAGGTATGGAGCAGCTATAGCAGTGGGTGTTTCTTGTGCTGGTACAGGATTGAGTGAAGCCATTTCACTG
>TRINITY_DN45241_c1_g1_i15 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAGGCAAGACGAGACACGCAAGGGTTGCCCCACAGGGTAGGCCTGTGTAGATGGATGAAGAGGAGGCAGCGATGGATGGATAAAGGAGGCTCGGGTGGAGCAGAGGCCGAGTTAGGAGGGAAGGGCTGCGAGGAAAAGGGAGCAGTGGAGATGGAAGGGGGTTGGAGAGGTTAGGACTGTGGTAAGGCCGTGGCCTAGCT
AAGGGAAGAACATGCTGTAAGTAGGAGAGGGCTGCGGATAGGAGCACAGCGTGTGGAGAGGGGACGCAGAAGGGAGGGGACCGAATATCAAGGGGATGGCCGCGAGCAACAAAGGTCACGGAGTATGGAGCTGCGGAGGGGGAGCCACCAACAGGAGGGCAACGGGGAGGTGCGAACGCCAAGGAGAGGGGGCTGCGAAA
TGGCGAAGGGAGCAGCCGGTGGACGGATCACGGGTAACAGAGAGGTTGCGGGCGAGCTATGGAGGCCACAAATTGGGCGAGGGCGGCAGTTAAAGGAGGCCACAGATTGGGCGAGCTATGGAGTCTACAGATTGGGCGAGTTGTGGAGTCCAAGGGTTTCTCCAATGGAAATCCAATTGTTTTACCTTCTCAGTTCTGCG
TGGTCTGTCTTTTGTGGGTGCAGAGCTTTCTGTTCTGTTGTTCAACAAGATATGCTCTTTCTGCATTCAGATCTGGAACATCGGCCTGTCCTGAAGGAAAATTTTACTGCAGAAATGTGGGGCATACACCTCTTTTACTATTCTCATCTCGGGTGAATGATGGCAGACACCACGGGTTATATCTTTGCTTTCTGAGTCAC
ACAATCCACATGTTAGgtatggagcagctatagcagtgggtgtttcttgtgctggtacagtttctgagtcacacaatccacatgttagGTATGGAGCAGCTATAGCAGTGGGTGTTTCTTGTGCTGGTACAGGATTGAGTGAAGCCATTTCACTG