sp|P42748|UBC4_ARATH ----> Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4

Intron 1 GTATGTTTCA ... CACTGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.9	9.7	0	4
A2	21.98	10.7	0	3
A3	26.19	11.3	0	4
A4	52.38	10	0	11
A5	34.34	7.7	0	4
A6	28.52	78	1	31
A7	21.95	53.7	0	15
A8	40	27.3	0	18
A9	19.37	54.3	0	13
A10	17.67	23.3	0	5

>TRINITY_DN40262_c0_g2_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

CCACCTCTTGGATATTCACAATGACCGACACATCGATCTGTACTACTTCCCACTTTGGCATGAAGGGGCCCGGAAATGACACTGTATGAAAAGACATCATTAAAAAATAAAAATAAAAAAGCATATAATTAAAAAATAAAAATAAAAAAGCACGGGGAGTTTGGGATAAAATATTGTGTCAAACAAATGTCTTAAAATAC
CTCCCTATGTAGTAGTGACTTAAAGGTGGAAATGTTAATTTAGACTGGAATACCCCGATGAAGAAAAAGATGAACTATAAATTCGTAACCCCATTCAGTACATCCATCATAAATTCGACTAGTTTATTATCGTTGCGCTAAAGTGAGGGCTAGGTTTAATATGCTATCGGGGATGACCTATAGGTAATCGATAGCTAGGG
GATTATAACAGGGCATGGTTGAGTATTTGGATTGAAATTAATTGAATTGTAGGCGATCTCACTCAAAGGCCCACAACATGTTTACTCCAAGCAAGCGCACTCATACAGATCTTGTGAGGCTTATGATGACTGACTTCAAAGTGGAGACCATAGAGGATTCAACCACAAAATTTCATGTAGAGTTTAAAGGACCTCAAGAC
AGTCTTTACCAAGGTGGAGTGTGGATGGTTCGTGTGGAATTACCAGCTGATTATCCATTCAAATCACCATCAATTCGTTTTCTGAATAAGATCTACCATCCCAATGTTGCTGAGGGGTCTGGCAGCATTTGTATTGACGTTCTTAGACAGACTTGGTCTTCAATGTATGCTGGGGCCTTAATGGTGCGGGACAGGGAAGC
TTATGACCAGAAGGTGAAAGAATACTGTATTCGATATGCGAAGGCAGGAGATTCGGAATGGAAACAGGAAGAGGAAGGTAGCGAAGATACGAGTGACAATGAATCTGCCTCTGGTGATGAGTGAATGCCTGGTCCTGCAGACCCATGATATCCTAGATCCAGATGTTATTGAAGCTCAAACTGAGCTGATCCGCAATGCA
ATTTTGGAGAATGAAATTAATATTCCTTGCTTTGAATTGCGGGAAATTCATTAACGCTTCTATGAATTTTGGACAAAAACATTCTGGTCTTTTTGTAGCTACATGTGTATGAAGAAAAGGGTAATGCCGGAAATGTTTGTTATATCCATGTTCAATTCTCCAATGGGGAATGTATGAAAGATTGTTGTGATTTTTTTTGC
ATTAATGTTACATTATGCTTATATGATATTGTTCAGGACGGCAGCTCTAGAGAATAATATGATTCAATAAAATTATTGTGTCTTTTGCTCGACTCGTGGAACAAAA

>TRINITY_DN40262_c0_g2_i15 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TACAGATCTTGTGAGGCTgtatgtttcaaagccattctgcataataccatttgctaatattatcttcttttttcctttgttcaattgggtatcggtaatgggttagagttactgtaacgtaatgcgatatgatgcttttttttccttcttgataaatgcaagccttatgcaattcttgggacttgataacgtttttgaac
ctgatatcatatgaagttggttgtgcattggcttactggaaagtgcctgtcactgggcagTATGATGACTGACTTCAAAGTGGAGACCATAGAGGATTCAACCACAAAATTTCATGTAGAGTTTAAAGGACCTCAAGACAGTCTTTACCAAGGTGGAGTGTGGATGGTTCGTGTGGAATTACCAGCTGATTATCCATTCA
AATCACCATCAATTCGTTTTCTGAATAAGATCTACCATCCCAATGTTGCTGAGGGGTCTGGCAGCATTTGTATTGACGTTCTTAGACAGACTTGGTCTTCAATGTATGCTGGGGCCTTAATGGTGCGGGACAGGGAAGCTTATGACCAGAAGGTGAAAGAATACTGTATTCGATATGCGAAGGCAGGAGATTCGGAATGG
AAACAGGAAGAGGAAGGTAGCGAAGATACGAGTGACAATGAATCTGCCTCTGGTGATGAGTGAATGCCTGGTCCTGCAGACCCATGATATCCTAGATCCAGATGTTATTGAAGCTCAAACTGAGCTGATCCGCAATGCAATTTTGGAGAATGAAATTAATATTCCTTGCTTTGAATTGCGGGAAATTCATTAACGCTTCT
ATGAATTTTGGACAAAAACATTCTGGTCTTTTTGTAGCTACATGTGTATGAAGAAAAGGGTAATGCCGGAAATGTTTGTTATATCCATGTTCAATTCTCCAATGGGGAATGTATGAAAGATTGTTGTGATTTTTTTTGCATTAATGTTACATTATGCTTATATGATATTGTTCAGGACGGCAGCTCTAGAGAATAATATG
ATTCAATAAAATTATTGTGTCTTTTGCTCGACTCGTGGAACAAAA

Intron 2 GTATGTTTCA ... TACTGGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.11	8	0	1
A2	13.33	13	0	2
A3	16.67	15	0	3
A4	33.33	22	0	11
A5	23.08	10	0	3
A6	23.89	86	1	27
A7	14.06	55	0	9
A8	26.83	30	0	11
A9	16.92	54	0	11
A10	10.34	26	0	3

>TRINITY_DN40262_c0_g2_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

CCACCTCTTGGATATTCACAATGACCGACACATCGATCTGTACTACTTCCCACTTTGGCATGAAGGGGCCCGGAAATGACACTGTATGAAAAGACATCATTAAAAAATAAAAATAAAAAAGCATATAATTAAAAAATAAAAATAAAAAAGCACGGGGAGTTTGGGATAAAATATTGTGTCAAACAAATGTCTTAAAATAC
CTCCCTATGTAGTAGTGACTTAAAGGTGGAAATGTTAATTTAGACTGGAATACCCCGATGAAGAAAAAGATGAACTATAAATTCGTAACCCCATTCAGTACATCCATCATAAATTCGACTAGTTTATTATCGTTGCGCTAAAGTGAGGGCTAGGTTTAATATGCTATCGGGGATGACCTATAGGTAATCGATAGCTAGGG
GATTATAACAGGGCATGGTTGAGTATTTGGATTGAAATTAATTGAATTGTAGGCGATCTCACTCAAAGGCCCACAACATGTTTACTCCAAGCAAGCGCACTCATACAGATCTTGTGAGGCTTGCCTGTCACTGGGCAGTATGATGACTGACTTCAAAGTGGAGACCATAGAGGATTCAACCACAAAATTTCATGTAGAGT
TTAAAGGACCTCAAGACAGTCTTTACCAAGGTGGAGTGTGGATGGTTCGTGTGGAATTACCAGCTGATTATCCATTCAAATCACCATCAATTCGTTTTCTGAATAAGATCTACCATCCCAATGTTGCTGAGGGGTCTGGCAGCATTTGTATTGACGTTCTTAGACAGACTTGGTCTTCAATGTATGATCTTGTGAATGTA
TTTGAATTATTTCTTCCTCAACTTCTATTATATCCTAATCCAAATCATCCTTTAAATAAGGAAGCTGGGGCCTTAATGGTGCGGGACAGGGAAGCTTATGACCAGAAGGTGAAAGAATACTGTATTCGATATGCGAAGGCAGGAGATTCGGAATGGAAACAGGAAGAGGAAGGTAGCGAAGATACGAGTGACAATGAATC
TGCCTCTGGTGATGAGTGAATGCCTGGTCCTGCAGACCCATGATATCCTAGATCCAGATGTTATTGAAGCTCAAACTGAGCTGATCCGCAATGCAATTTTGGAGAATGAAATTAATATTCCTTGCTTTGAATTGCGGGAAATTCATTAACGCTTCTATGAATTTTGGACAAAAACATTCTGGTCTTTTTGTAGCTACATG
TGTATGAAGAAAAGGGTAATGCCGGAAATGTTTGTTATATCCATGTTCAATTCTCCAATGGGGAATGTATGAAAGATTGTTGTGATTTTTTTTGCATTAATGTTACATTATGCTTATATGATATTGTTCAGGACGGCAGCTCTAGAGAATAATATGATTCAATAAAATTATTGTGTCTTTTGCTCGACTCGTGGAACAAA
A

>TRINITY_DN40262_c0_g2_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TACAGATCTTGTGAGGCTgtatgtttcaaagccattctgcataataccatttgctaatattatcttcttttttcctttgttcaattgggtatcggtaatgggttagagttactgtaacgtaatgcgatatgatgcttttttttccttcttgataaatgcaagccttatgcaattcttgggacttgataacgtttttgaac
ctgatatcatatgaagttggttgtgcattggcttactggaaagTGCCTGTCACTGGGCAGTATGATGACTGACTTCAAAGTGGAGACCATAGAGGATTCAACCACAAAATTTCATGTAGAGTTTAAAGGACCTCAAGACAGTCTTTACCAAGGTGGAGTGTGGATGGTTCGTGTGGAATTACCAGCTGATTATCCATTCA
AATCACCATCAATTCGTTTTCTGAATAAGATCTACCATCCCAATGTTGCTGAGGGGTCTGGCAGCATTTGTATTGACGTTCTTAGACAGACTTGGTCTTCAATGTATGATCTTGTGAATGTATTTGAATTATTTCTTCCTCAACTTCTATTATATCCTAATCCAAATCATCCTTTAAATAAGGAAGCTGGGGCCTTAATG
GTGCGGGACAGGGAAGCTTATGACCAGAAGGTGAAAGAATACTGTATTCGATATGCGAAGGCAGGAGATTCGGAATGGAAACAGGAAGAGGAAGGTAGCGAAGATACGAGTGACAATGAATCTGCCTCTGGTGATGAGTGAATGCCTGGTCCTGCAGACCCATGATATCCTAGATCCAGATGTTATTGAAGCTCAAACTG
AGCTGATCCGCAATGCAATTTTGGAGAATGAAATTAATATTCCTTGCTTTGAATTGCGGGAAATTCATTAACGCTTCTATGAATTTTGGACAAAAACATTCTGGTCTTTTTGTAGCTACATGTGTATGAAGAAAAGGGTAATGCCGGAAATGTTTGTTATATCCATGTTCAATTCTCCAATGGGGAATGTATGAAAGATT
GTTGTGATTTTTTTTGCATTAATGTTACATTATGCTTATATGATATTGTTCAGGACGGCAGCTCTAGAGAATAATATGATTCAATAAAATTATTGTGTCTTTTGCTCGACTCGTGGAACAAAA