sp|Q7XZZ3|BAHL1_ORYSJ ----> Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 1
Intron 1 GTGAGTTCAA ... TGTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.27 | 319 | 77.8 | 105 |
| A2 | 19.16 | 232 | 37 | 73 |
| A3 | 20.46 | 241 | 48 | 76 |
| A4 | 23.68 | 290 | 78 | 102 |
| A5 | 17.42 | 119 | 19.2 | 31 |
| A6 | 13.54 | 564 | 60.6 | 116 |
| A7 | 18.12 | 857 | 128.2 | 251 |
| A8 | 18.7 | 711 | 87 | 240 |
| A9 | 15.19 | 903 | 72.6 | 251 |
| A10 | 17.3 | 725 | 93 | 210.4 |
>TRINITY_DN48372_c1_g2_i15 from sample A7 / Example spliced isoformCATTATTATGCAATTTCCTCTGTTTGTGTTTTCCTATTGTTTTAAAGGCATTGATCATGAAGTTTGGGGAGAGGTTTTCCGAGTATCTCCACGGAGAGGACGAGCATTTTCTGCACAAATGTACGCACGTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTTCTGAAAAAATGCCGTGTTGGATACTTGCACAATGGGACCGCATCC
GAGTCTGAAGGACGGCTCTACAGTTCACAAACGACAGAAAACGAAGACGCGATATGCACGGAAACAGGCAAAAGCGTTTCCAAGCTATCTGATTCATCCAGTACTACATGTTCTTCGCAAACTTGTCCAGTCTGTGACAAAATTTTCTTTTACGAGCTTACACAAGAAGTATCGGCTATAGTTGGTTGCTTCAATTCCCG
TGCCAGACGTTTGTTACATCTGCATCTTGCGTCCGGTTTTCAAAGGTATTTGTGGCGTATTAAACATTTCTTTGCTGATGATCATGAGGCAATGATTCGAGAAGGCCGGCACTTAGTCAGCTATGTGGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAATATGACAAAGTACATAGCTCAGTTAATGGGCGGA
ACTTCAAAACGAAGTTACAGGCGAAGCACATAGAGCTATTGAAGTCACCATGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAGATCAACGCAAGGGATTCGGGGCATGGACATATTGGTGAAATCTTTCCTGAATGTTCATGCGACTTTACTGGCAGCGATCCTGTTATTAAATGCACATTACCCGATTCCATGAAATTAGAGTTT
AACCTGACATGCCCTATTTGTCTGGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGCAACAATTGTGCGTGCACAGGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTT
GGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGATCTTATCCCTCTGTATAGAAGTGCATCTTATCCATCAAGGAAAAATAGTTACC
>TRINITY_DN48372_c1_g2_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:CATTATTATGCAATTTCCTCTGTTTGTGTTTTCCTATTGTTTTAAAGGCATTGATCATGAAGTTTGGGGAGAGGTTTTCCGAGTATCTCCACGGAGAGGACGAGCATTTTCTGCACAAATGTACGCACGTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTTCTGAAAAAATGCCGTGTTGGATACTTGCACAATGGGACCGCATCC
GAGTCTGAAGGACGGCTCTACAGTTCACAAACGACAGAAAACGAAGACGCGATATGCACGGAAACAGGCAAAAGCGTTTCCAAGCTATCTGATTCATCCAGTACTACATGTTCTTCGCAAACTTGTCCAGTCTGTGACAAAATTTTCTTTTACGAGCTTACACAAGAAGTATCGGCTATAGTTGGTTGCTTCAATTCCCG
TGCCAGACGTTTGTTACATCTGCATCTTGCGTCCGGTTTTCAAAGGTATTTGTGGCGTATTAAACATTTCTTTGCTGATGATCATGAGGCAATGATTCGAGAAGGCCGGCACTTAGTCAGCTATGTGGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAATATGACAAAGTACATAGCTCAGTTAATGGGCGGA
ACTTCAAAACGAAGTTACAGGCGAAGCACATAGAGCTATTGAAGTCACCATGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAGATCAACGCAAGGGATTCGGGGCATGGACATATTGGTGAAATCTTTCCTGAATGTTCATGCGACTTTACTGGCAGCGATCCTGTTATTAAATGCACATTACCCGATTCCATGAAATTAGAGTTT
AACCTGACATGCCCTATTTGTCTGgtgagttcaaactctgctggcgtttttagctgtccgtcttctttattaactggtactggcagttccaaggttctgatccagagtttgcatttcgtgtctggtatgtttaagagtgtgatatacagtaagctgagccccgtgcaaatataattgttcttttctttcctgttaataga
ttcacatgcctatagcattagggagacatatggtgttttgtgtaatttcattttctatgcattaaggtggttcttctgaccatcagtaatgttaccatggttttaggcattcattctcttggaaatctgcattagggaaatattgtgtactggtgcaacatgtttacaagctatccactttgtaggtgtgtcactatcca
taagcaacaaaaaatacaatgtaggaatagttaatactaatattccttttgattgtatggacatcttaccatggctgttgtggacttcccaagctaatatttgtgcctaagcgtacatttgagccatatggctctccagctcaatatcttgaaaattttaattcgtaatttttttaatcattctgcggttttacatgtga
agcatcttgggttttccctcattgtgcaaagatgtgggtgtgcatacccagtaagttagcaaccatgatcatctgctacatgctagcaaggagagcatcagaaacgaaatgtaccttgttagcttgtgccattgacgttttttgagcaatatctgaaccttgatatttaatgcattgaggagtttcttccacttgttaat
ttggtaagtgatcactattttctcgatgttgtcctgaattttagtccattgtattgcagGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGCAACAATTGTGCGTGCACAGGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATG
GGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGATCTTATCCCTCTGTATAGAAGTGCATCTTATCCATCAAGGAAAAATAGTTACC
Intron 2 GTAAGTTCAT ... TTAAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.3 | 436 | 172 | 64 |
| A2 | 20.95 | 332 | 117 | 59 |
| A3 | 17.67 | 354 | 100 | 52 |
| A4 | 16.55 | 373 | 92 | 56 |
| A5 | 18.23 | 166 | 48 | 26 |
| A6 | 16.13 | 548.4 | 124 | 87 |
| A7 | 18.12 | 1089 | 288 | 194 |
| A8 | 16.56 | 702.9 | 174 | 105 |
| A9 | 14.39 | 845 | 194 | 90 |
| A10 | 15.22 | 919 | 220 | 110 |
>TRINITY_DN48372_c1_g2_i15 from sample A7 / Example spliced isoformCATTATTATGCAATTTCCTCTGTTTGTGTTTTCCTATTGTTTTAAAGGCATTGATCATGAAGTTTGGGGAGAGGTTTTCCGAGTATCTCCACGGAGAGGACGAGCATTTTCTGCACAAATGTACGCACGTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTTCTGAAAAAATGCCGTGTTGGATACTTGCACAATGGGACCGCATCC
GAGTCTGAAGGACGGCTCTACAGTTCACAAACGACAGAAAACGAAGACGCGATATGCACGGAAACAGGCAAAAGCGTTTCCAAGCTATCTGATTCATCCAGTACTACATGTTCTTCGCAAACTTGTCCAGTCTGTGACAAAATTTTCTTTTACGAGCTTACACAAGAAGTATCGGCTATAGTTGGTTGCTTCAATTCCCG
TGCCAGACGTTTGTTACATCTGCATCTTGCGTCCGGTTTTCAAAGGTATTTGTGGCGTATTAAACATTTCTTTGCTGATGATCATGAGGCAATGATTCGAGAAGGCCGGCACTTAGTCAGCTATGTGGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAATATGACAAAGTACATAGCTCAGTTAATGGGCGGA
ACTTCAAAACGAAGTTACAGGCGAAGCACATAGAGCTATTGAAGTCACCATGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAGATCAACGCAAGGGATTCGGGGCATGGACATATTGGTGAAATCTTTCCTGAATGTTCATGCGACTTTACTGGCAGCGATCCTGTTATTAAATGCACATTACCCGATTCCATGAAATTAGAGTTT
AACCTGACATGCCCTATTTGTCTGGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGCAACAATTGTGCGTGCACAGGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTT
GGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGATCTTATCCCTCTGTATAGAAGTGCATCTTATCCATCAAGGAAAAATAGTTACC
>TRINITY_DN48372_c1_g2_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:CATTATTATGCAATTTCCTCTGTTTGTGTTTTCCTATTGTTTTAAAGGCATTGATCATGAAGTTTGGGGAGAGGTTTTCCGAGTATCTCCACGGAGAGGACGAGCATTTTCTGCACAAATGTACGCACGTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTTCTGAAAAAATGCCGTGTTGGATACTTGCACAATGGGACCGCATCC
GAGTCTGAAGGACGGCTCTACAGTTCACAAACGACAGAAAACGAAGACGCGATATGCACGGAAACAGGCAAAAGCGTTTCCAAGCTATCTGATTCATCCAGTACTACATGTTCTTCGCAAACTTGTCCAGTCTGTGACAAAATTTTCTTTTACGAGCTTACACAAGAAGTATCGGCTATAGTTGGTTGCTTCAATTCCCG
TGCCAGACGTTTGTTACATCTGCATCTTGCGTCCGGTTTTCAAAGGTATTTGTGGCGTATTAAACATTTCTTTGCTGATGATCATGAGGCAATGATTCGAGAAGGCCGGCACTTAGTCAGCTATGTGGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAATATGACAAAgtaagttcatgggaaattgcatcgt
tcatactacatgtttgttttttatttcgttgaaaaatatttcgtatgttccataaatcaccacacctcacattcaaggcctgataacctttatagtactgttaaccctgctggatcatgtagctcgccagggcagatggtcacatggaggagtgagaaatctctcgaaaaaaatgataggaagaaacccccttcccctag
agacgctttgagtctgaaatactatttgggatgctttttcccctagcaacaataggcctggtttcatcaacaactaataaggaaatttgaggagacacctgtcatccatccggctgccataattttcttatttcatctcaagttccagacattttcgctaaaatctcactctctgtcctttcagtcgatagaaagggtat
ttgaagggaccacccgcttagcttttcctgggcggtctgccccttagctatctctgaaaagaatatcgaaggaaggagtctccataattagatccggatgtaattagttaaaacatttgggttcaagactttattcatatgtgattccctttttaaatgcagGTACATAGCTCAGTTAATGGGCGGAACTTCAAAACGAA
GTTACAGGCGAAGCACATAGAGCTATTGAAGTCACCATGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAGATCAACGCAAGGGATTCGGGGCATGGACATATTGGTGAAATCTTTCCTGAATGTTCATGCGACTTTACTGGCAGCGATCCTGTTATTAAATGCACATTACCCGATTCCATGAAATTAGAGTTTAACCTGACATGCC
CTATTTGTCTGGTGAGTTCAAACTCTGCTGGCGTTTTTAGCTGTCCGTCTTCTTTATTAACTGGTACTGGCAGTTCCAAGGTTCTGATCCAGAGTTTGCATTTCGTGTCTGGTATGTTTAAGAGTGTGATATACAGTAAGCTGAGCCCCGTGCAAATATAATTGTTCTTTTCTTTCCTGTTAATAGATTCACATGCCTAT
AGCATTAGGGAGACATATGGTGTTTTGTGTAATTTCATTTTCTATGCATTAAGGTGGTTCTTCTGACCATCAGTAATGTTACCATGGTTTTAGGCATTCATTCTCTTGGAAATCTGCATTAGGGAAATATTGTGTACTGGTGCAACATGTTTACAAGCTATCCACTTTGTAGGTGTGTCACTATCCATAAGCAACAAAAA
ATACAATGTAGGAATAGTTAATACTAATATTCCTTTTGATTGTATGGACATCTTACCATGGCTGTTGTGGACTTCCCAAGCTAATATTTGTGCCTAAGCGTACATTTGAGCCATATGGCTCTCCAGCTCAATATCTTGAAAATTTTAATTCGTAATTTTTTTAATCATTCTGCGGTTTTACATGTGAAGCATCTTGGGTT
TTCCCTCATTGTGCAAAGATGTGGGTGTGCATACCCAGTAAGTTAGCAACCATGATCATCTGCTACATGCTAGCAAGGAGAGCATCAGAAACGAAATGTACCTTGTTAGCTTGTGCCATTGACGTTTTTTGAGCAATATCTGAACCTTGATATTTAATGCATTGAGGAGTTTCTTCCACTTGTTAATTTGGTAAGTGATC
ACTATTTTCTCGATGTTGTCCTGAATTTTAGTCCATTGTATTGCAGGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGCAACAATTGTGCGTGCACAGGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTG
ATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTGCAATCACGATTTATATTAGGCTTTTAGTTGATTGTGATTTATGTCATTACTTTGATATGCAGAAATTGTAAGTCAAAG
CATCCTTTTTTAATCATGTACTGTTGGTAATATTTGAACGCTCTGTTTATTAGGATCTTATCCCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGAAAAATAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAA
Intron 3 GTGCGAGCAT ... TGTTTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.39 | 116 | 120 | 89 |
| A2 | 48.62 | 93 | 90 | 86 |
| A3 | 39.11 | 116 | 66 | 83 |
| A4 | 54.09 | 73 | 97 | 75 |
| A5 | 51.3 | 47 | 55 | 44 |
| A6 | 39.37 | 174 | 86 | 140 |
| A7 | 43.08 | 255 | 146 | 240 |
| A8 | 51.64 | 133 | 100 | 184 |
| A9 | 43.54 | 223 | 143 | 201 |
| A10 | 39.36 | 265 | 141 | 203 |
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformGGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGG
ACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAATGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTC
AGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTCAAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCG
AGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAGTA
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGgtgcgagcatttcggctttgtaacaggaaattgacgaatagtttgcaggcgt
ttggattttgactgtttaaatatttggaagtcggtcatattttctttctattgagatctttctagcaagatttacgcggttacgggatctcctggaacatttattgtgaggatttaacgcgtttctatgcttagctttcttttgccccaaaaataaagctgtctcaactgaattttccgaggattgaaagcattcaaagc
tctgttaatgtctttattgccacctttgtgatatgttgaatttctcaatttaggcgctatcttcaagatttcagaattacgtagatggtcatatttcaggaacatttacgttttctttccgtttctttaaaaacgagtctgtgatgctttcaatctctgctgcttttcgatctatcgcattttttccgtctgaaagagat
cgcgtaaaaattccggcgactattccgtttttcggaagtcctatatataattttccctaaacacagcattctccttattctttatattcacaacacaagaagaagtatcagtttcctttgttgtaaaatcttggatatttcccgtcaaatgacgggacttttatgcaatttcctctgatggattgtgttttactgttgtt
ttgaagGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGGACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAA
TGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTCAGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTC
AAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCGAGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAGTAAGTTAAGGTGAAATGGTGTCGTTCATGCTACAATTGTTTGATTTTTTGGGTGGGAAAAAACTT
ACCGAGTTCCATAAATCACGATATTCACCACACCTCATATTCACATTCAAGGTCTAGTACCTTTTCTAGTACTATCAAAGCTGAGGTCGCATGTGGCCCGTCCGGGCAAGTGGTCCGATGGGAGGCGTAAGAAAACTGGGACAAATAGAGAGGAACACAACCCGTTTCCGTAGAGACGCTAAGCTTCTAAAATACTATTT
AGCTTCGCTTTTTTCCAGCCCTTAGTTCAACAGGGGGACTGGTTTTAAACTTTTAACAACAACCGATTAGGAAAAAATTGTGGAGATCCCTGTCCTCCATCGCTGCTACAAATTTCTTATTTCATTTCGAGTTCCCGATAATTTCGCTAAAATCTCATTCCTCTGTGCTTAGGTTCAGCCGATAGAAGGGGAGTTTCACG
GGATTACCTGCTGCCTTTTTCCTGGGCTCCCTCCCTGCCCCTCAGATACCTCTGAAAAGAATATGGAGGGATCTCCTTTAGATCTGGTGGTAATTTTCAACTATTCTGGGTTTTAGACTTTTAATAATGTGGTTTCATTTTTGAATGCAGGTACATAGCTCAGTCAATGGCCGGAACTTCAAGACAAAGTTACAGGCTAA
ACACATAGAGCTATTGAAGTCACCTTGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAAATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTTGTGAAATTTTTCCTGAATGCTCATGCGACTTTACTGGCACTGATCCAGTTATTACGTGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAACCTGACATGCCCCATCTGTCTGG
ATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGCAACATTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTCATTTGCCTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGC
AGGGGCTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTACAATCACGATTTGCATTAGGCTTTTAGTGATATACCATTGATGTTTATATGGATGAATTGCAAGTCAAAGCATATTTTTTAATCACGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGGATGATTGAGGGTTCCA
TTACTAACACGGATCCCAATTTGTATTAGGCTTTTAGTGATATACCAAAGCATATTTTTTAATCATGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGAATGATTAAGGGTTCCATTACTGAAACGTTTCATGACATTTGCATGTATCAATGCTGGCTAGACAAAAATACAAATATACCATATATGTATAACAAATGGTTTTTTTGTTTT
TCAATAATATATTAGCACAACTACTAACTTGTGGTCAGTGAACACCTATAAGTTCCAAGTTAAGTGTCATGAACAAGTTATTTGTTACTTGTTCTCCATGCTTAGTTGTAATAATCTGTTTTCTATGCCTCAACTATCTGTTACCTTCTTTAATTAAATGAGTTGTTCA
Intron 4 GTATTTCTTG ... GTAAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.31 | 338.7 | 32.7 | 14.8 |
| A2 | 4.99 | 252.3 | 15.2 | 1 |
| A3 | 6.52 | 301.1 | 23.1 | 6.6 |
| A4 | 6.49 | 222.7 | 16.1 | 14 |
| A5 | 5.96 | 106.8 | 7.1 | 5.6 |
| A6 | 2.93 | 782.3 | 25 | 5.1 |
| A7 | 3.84 | 1208.5 | 49.3 | 5.4 |
| A8 | 3.62 | 1151.5 | 47.4 | 3.9 |
| A9 | 4.72 | 1140.3 | 60.6 | 6.9 |
| A10 | 5.21 | 981.4 | 57 | 6.5 |
>TRINITY_DN48372_c1_g2_i13 from sample A7 / Example spliced isoformCATTATTATGCAATTTCCTCTGTTTGTGTTTTCCTATTGTTTTAAAGGCATTGATCATGAAGTTTGGGGAGAGGTTTTCCGAGTATCTCCACGGAGAGGACGAGCATTTTCTGCACAAATGTACGCACGTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTTCTGAAAAAATGCCGTGTTGGATACTTGCACAATGGGACCGCATCC
GAGTCTGAAGGACGGCTCTACAGTTCACAAACGACAGAAAACGAAGACGCGATATGCACGGAAACAGGCAAAAGCGTTTCCAAGCTATCTGATTCATCCAGTACTACATGTTCTTCGCAAACTTGTCCAGTCTGTGACAAAATTTTCTTTTACGAGCTTACACAAGAAGTATCGGCTATAGTTGGTTGCTTCAATTCCCG
TGCCAGACGTTTGTTACATCTGCATCTTGCGTCCGGTTTTCAAAGGTATTTGTGGCGTATTAAACATTTCTTTGCTGATGATCATGAGGCAATGATTCGAGAAGGCCGGCACTTAGTCAGCTATGTGGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAATATGACAAAGTAAGTTCATGGGAAATTGCATCGT
TCATACTACATGTTTGTTTTTTATTTCGTTGAAAAATATTTCGTATGTTCCATAAATCACCACACCTCACATTCAAGGCCTGATAACCTTTATAGTACTGTTAACCCTGCTGGATCATGTAGCTCGCCAGGGCAGATGGTCACATGGAGGAGTGAGAAATCTCTCGAAAAAAATGATAGGAAGAAACCCCCTTCCCCTAG
AGACGCTTTGAGTCTGAAATACTATTTGGGATGCTTTTTCCCCTAGCAACAATAGGCCTGGTTTCATCAACAACTAATAAGGAAATTTGAGGAGACACCTGTCATCCATCCGGCTGCCATAATTTTCTTATTTCATCTCAAGTTCCAGACATTTTCGCTAAAATCTCACTCTCTGTCCTTTCAGTCGATAGAAAGGGTAT
TTGAAGGGACCACCCGCTTAGCTTTTCCTGGGCGGTCTGCCCCTTAGCTATCTCTGAAAAGAATATCGAAGGAAGGAGTCTCCATAATTAGATCCGGATGTAATTAGTTAAAACATTTGGGTTCAAGACTTTATTCATATGTGATTCCCTTTTTAAATGCAGGTACATAGCTCAGTTAATGGGCGGAACTTCAAAACGAA
GTTACAGGCGAAGCACATAGAGCTATTGAAGTCACCATGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAGATCAACGCAAGGGATTCGGGGCATGGACATATTGGTGAAATCTTTCCTGAATGTTCATGCGACTTTACTGGCAGCGATCCTGTTATTAAATGCACATTACCCGATTCCATGAAATTAGAGTTTAACCTGACATGCC
CTATTTGTCTGGTGAGTTCAAACTCTGCTGGCGTTTTTAGCTGTCCGTCTTCTTTATTAACTGGTACTGGCAGTTCCAAGGTTCTGATCCAGAGTTTGCATTTCGTGTCTGGTATGTTTAAGAGTGTGATATACAGTAAGCTGAGCCCCGTGCAAATATAATTGTTCTTTTCTTTCCTGTTAATAGATTCACATGCCTAT
AGCATTAGGGAGACATATGGTGTTTTGTGTAATTTCATTTTCTATGCATTAAGGTGGTTCTTCTGACCATCAGTAATGTTACCATGGTTTTAGGCATTCATTCTCTTGGAAATCTGCATTAGGGAAATATTGTGTACTGGTGCAACATGTTTACAAGCTATCCACTTTGTAGGTGTGTCACTATCCATAAGCAACAAAAA
ATACAATGTAGGAATAGTTAATACTAATATTCCTTTTGATTGTATGGACATCTTACCATGGCTGTTGTGGACTTCCCAAGCTAATATTTGTGCCTAAGCGTACATTTGAGCCATATGGCTCTCCAGCTCAATATCTTGAAAATTTTAATTCGTAATTTTTTTAATCATTCTGCGGTTTTACATGTGAAGCATCTTGGGTT
TTCCCTCATTGTGCAAAGATGTGGGTGTGCATACCCAGTAAGTTAGCAACCATGATCATCTGCTACATGCTAGCAAGGAGAGCATCAGAAACGAAATGTACCTTGTTAGCTTGTGCCATTGACGTTTTTTGAGCAATATCTGAACCTTGATATTTAATGCATTGAGGAGTTTCTTCCACTTGTTAATTTGGGGCATCGAT
ACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTGC
AATCACGATTTATATTAGGCTTTTAGTTGATTGTGATTTATGTCATTACTTTGATATGCAGAAATTGTAAGTCAAAGCATCCTTTTTTAATCATGTACTGTTGGTAATATTTGAACGCTCTGTTTATTAGGATCTTATCCCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGAAAAATAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAG
TGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAA
>TRINITY_DN48372_c1_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:CATTATTATGCAATTTCCTCTGTTTGTGTTTTCCTATTGTTTTAAAGGCATTGATCATGAAGTTTGGGGAGAGGTTTTCCGAGTATCTCCACGGAGAGGACGAGCATTTTCTGCACAAATGTACGCACGTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTTCTGAAAAAATGCCGTGTTGGATACTTGCACAATGGGACCGCATCC
GAGTCTGAAGGACGGCTCTACAGTTCACAAACGACAGAAAACGAAGACGCGATATGCACGGAAACAGGCAAAAGCGTTTCCAAGCTATCTGATTCATCCAGTACTACATGTTCTTCGCAAACTTGTCCAGTCTGTGACAAAATTTTCTTTTACGAGCTTACACAAGAAGTATCGGCTATAGTTGGTTGCTTCAATTCCCG
TGCCAGACGTTTGTTACATCTGCATCTTGCGTCCGGTTTTCAAAGGTATTTGTGGCGTATTAAACATTTCTTTGCTGATGATCATGAGGCAATGATTCGAGAAGGCCGGCACTTAGTCAGCTATGTGGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAATATGACAAAGTAAGTTCATGGGAAATTGCATCGT
TCATACTACATGTTTGTTTTTTATTTCGTTGAAAAATATTTCGTATGTTCCATAAATCACCACACCTCACATTCAAGGCCTGATAACCTTTATAGTACTGTTAACCCTGCTGGATCATGTAGCTCGCCAGGGCAGATGGTCACATGGAGGAGTGAGAAATCTCTCGAAAAAAATGATAGGAAGAAACCCCCTTCCCCTAG
AGACGCTTTGAGTCTGAAATACTATTTGGGATGCTTTTTCCCCTAGCAACAATAGGCCTGGTTTCATCAACAACTAATAAGGAAATTTGAGGAGACACCTGTCATCCATCCGGCTGCCATAATTTTCTTATTTCATCTCAAGTTCCAGACATTTTCGCTAAAATCTCACTCTCTGTCCTTTCAGTCGATAGAAAGGGTAT
TTGAAGGGACCACCCGCTTAGCTTTTCCTGGGCGGTCTGCCCCTTAGCTATCTCTGAAAAGAATATCGAAGGAAGGAGTCTCCATAATTAGATCCGGATGTAATTAGTTAAAACATTTGGGTTCAAGACTTTATTCATATGTGATTCCCTTTTTAAATGCAGGTACATAGCTCAGTTAATGGGCGGAACTTCAAAACGAA
GTTACAGGCGAAGCACATAGAGCTATTGAAGTCACCATGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAGATCAACGCAAGGGATTCGGGGCATGGACATATTGGTGAAATCTTTCCTGAATGTTCATGCGACTTTACTGGCAGCGATCCTGTTATTAAATGCACATTACCCGATTCCATGAAATTAGAGTTTAACCTGACATGCC
CTATTTGTCTGGTGAGTTCAAACTCTGCTGGCGTTTTTAGCTGTCCGTCTTCTTTATTAACTGGTACTGGCAGTTCCAAGGTTCTGATCCAGAGTTTGCATTTCGTGTCTGGTATGTTTAAGAGTGTGATATACAGTAAGCTGAGCCCCGTGCAAATATAATTGTTCTTTTCTTTCCTGTTAATAGATTCACATGCCTAT
AGCATTAGGGAGACATATGGTGTTTTGTGTAATTTCATTTTCTATGCATTAAGGTGGTTCTTCTGACCATCAGTAATGTTACCATGGTTTTAGGCATTCATTCTCTTGGAAATCTGCATTAGGGAAATATTGTGTACTGGTGCAACATGTTTACAAGCTATCCACTTTGTAGGTGTGTCACTATCCATAAGCAACAAAAA
ATACAATGTAGGAATAGTTAATACTAATATTCCTTTTGATTGTATGGACATCTTACCATGGCTGTTGTGGACTTCCCAAGCTAATATTTGTGCCTAAGCGTACATTTGAGCCATATGGCTCTCCAGCTCAATATCTTGAAAATTTTAATTCGTAATTTTTTTAATCATTCTGCGGTTTTACATGTGAAGCATCTTGGGTT
TTCCCTCATTGTGCAAAGATGTGGGTGTGCATACCCAGTAAGTTAGCAACCATGATCATCTGCTACATGCTAGCAAGGAGAGCATCAGAAACGAAATGTACCTTGTTAGCTTGTGCCATTGACGTTTTTTGAGCAATATCTGAACCTTGATATTTAATGCATTGAGGAGTTTCTTCCACTTGTTAATTTGGTAAGTGATC
ACTATTTTCTCGATGTTGTCCTGAATTTTAGTCCATTGTATTGCAGGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGCAACAATTGTGCGTGCACAGGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGgtatttcttgagctat
ttgtctttagtttttgaaaggagtgcacactcttgatgagtgttgcgtttcctttatccttttagacaagacttcagatattaggtatttagtaatttactttgatccctctctaggaagtagacttatagatgtaagtagggaaaagccattgaattctactagtgtaaatgcagATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTT
TATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCGAATATTCATTCCGTTCCAATGGCCGTTATTTGTTTTGACATTTGAACTTTGTGTTCGATTCCAGATTATGAATAGTATACATACGAATATGTTTTTCTGATGGTTTAAATCAGCTTGTCCTGTTCTGTCATCGTTATGTGTTTTGACATTGGAACTTTGG
ATAGTATACCCTATGATTATCCTTTTGTGATGGTTTAAATCAACAGGTGCAGAGGTGGGCTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCT
Intron 5 GTAAGACACA ... GCTAAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.12 | 28 | 14 | 15 |
| A2 | 24.39 | 31 | 11 | 9 |
| A3 | 34.46 | 58 | 37 | 24 |
| A4 | 23.08 | 35 | 11 | 10 |
| A5 | 34.62 | 17 | 10 | 8 |
| A6 | 16 | 84 | 20 | 12 |
| A7 | 21.55 | 91 | 36 | 14 |
| A8 | 26.89 | 121 | 54 | 35 |
| A9 | 25.65 | 100 | 39 | 30 |
| A10 | 29.36 | 83 | 56 | 13 |
>TRINITY_DN45107_c0_g1_i10 from sample A10 / Example spliced isoformGATGTGGACATGTTTTCTGCAACTTTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTCATTTGCCTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCAT
ACAGAACGGGCAGAGAGGGATCTTATCCCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGAAAAATAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAGGATCAGGATATTCAGATTTATCACAAGGCTTCACGGTTCTCTGAT
CACTCCTTGTCACCATCAGTTGGAATTCTGCCTTTCTTGGCTTTTGGGCCATCTAGTCGCATGCAACATAGTGGCAATTAGTTAGATTATTAAATTTTGTTTTTCATTGGAAAAAATGAAATAACTTGTGTATTTAAAAATGTTCAGCATCGCTTCAAAATTCATTGTTCTGATGGTGTTTTGATCTTGTACCAATCTGT
ACTTGCAAAGCAGGTGAACACTGAAAAGATGATGCTCGAAGTGGGGCATATTTGCAGGGTTCTGGATCTGGAATACTAGGAGGTGGTTCCTTGCAACATATAGCTTCCAATGCTCACTCCCAATGCAGTTCAGTGCATTCTCAGAGGTTTGGTTGTCACAGTGCCACAAGGTTGGCCGTTTTGTTCTATGAATGTTCAGA
GCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCCAAATAATGATAATTACCCTTTGTTG
>TRINITY_DN45107_c0_g1_i9 from sample A10 / Example unspliced isoform:CAGGTTTACCTGCATGTTTCTGATACACATTTAGATTTTGTTTTGTTGCAGAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAGGATCAGGATATTCAGgtaagacacacaaaactgtggatggatctatattcagttta
aactcttttaagttttaagccatatatcgaaccagaaggcaatttttccttggtttttgatattgggtggcgttcctatcggccaactagaattatttggagtaacacaactcaagtgacccctcccttctctcacaaggaaaagactcttaacatttgttttggttctatccttttgctaaatcagATTTATCACAAGG
CTTCACGGTTCTCTGATCACTCCTTGTCACCATCAGTTGGAATTCTGCCTTTCTTGGCTTTTGGGCCATCTAGTCGCATGCAACATAGTGGCAATTAGTTAGATTATTAAATTTTGTTTTTCATTGGAAAAAATGAAATAACTTGTGTATTTAAAAATGTTCAGCATCGCTTCAAAATTCATTGTTCTGATGGTGTTTTG
ATCTTGTACCAATCTGTACTTGCAAAGCAGGTGAACACTGAAAAGATGATGCTCGAAGTGGGGCATATTTGCAGGGTTCTGGATCTGGAATACTAGGAGGTGGTTCCTTGCAACATATAGCTTCCAATGCTCACTCCCAATGCAGTTCAGTGCATTCTCAGAGGTTTGGTTGTCACAGTGCCACAAGGTTGGCCGTTTTG
TTCTATGAATGTTCAGAGCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCCAAATAATGATAATTACCCTTTGTTGATGGCTATTTCGATGGAGAAGTAACGTATGGAACAAGAAAATGATGGGTGGTACCTTCTCCTATTGACGAGAGCCTGTCATTGGTTGTTGGCCCATTTGACAAGGATCGTCCCCCCGAC
TGTACCTGCTATTGTGTGATGATATTCCTTGGGGTTTGGATGGTTGTATTTTTTAACCCTTGGGTTTATAGAGACTACTTTGGGTTTATCTTAATTACTCTGCATTTTTTCTTTTCAAATACCATGTAATGATGTATATCTATCCTTATTCATTTTCCTACCTAGAATTTATAAACTTGACTTTTTTTTTAAAAGGTGTA
TTTTATTAATTTTCCTACCTAGGATTTATAGACTTGACTTACTTTAGGTTCTATCTTCATTAC
Intron 6 GTGAGTTGGA ... TTTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.73 | 239.7 | 30 | 13 |
| A2 | 12.42 | 187 | 9 | 2 |
| A3 | 15.72 | 209.7 | 10 | 6 |
| A4 | 10.95 | 159 | 11 | 3 |
| A5 | 15.94 | 69.7 | 5 | 2 |
| A6 | 12 | 481.3 | 26 | 7 |
| A7 | 16.02 | 722.7 | 57 | 25 |
| A8 | 20.19 | 673.7 | 76 | 50 |
| A9 | 9.81 | 699 | 29 | 8 |
| A10 | 18.33 | 628 | 62 | 26 |
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i11 from sample A9 / Example spliced isoformGGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGGTGCGAGCATTTCGGCTTTGTAACAGGAAATTGACGAATAGTTTGCAGGCGT
TTGGATTTTGACTGTTTAAATATTTGGAAGTCGGTCATATTTTCTTTCTATTGAGATCTTTCTAGCAAGATTTACGCGGTTACGGGATCTCCTGGAACATTTATTGTGAGGATTTAACGCGTTTCTATGCTTAGCTTTCTTTTGCCCCAAAAATAAAGCTGTCTCAACTGAATTTTCCGAGGATTGAAAGCATTCAAAGC
TCTGTTAATGTCTTTATTGCCACCTTTGTGATATGTTGAATTTCTCAATTTAGGCGCTATCTTCAAGATTTCAGAATTACGTAGATGGTCATATTTCAGGAACATTTACGTTTTCTTTCCGTTTCTTTAAAAACGAGTCTGTGATGCTTTCAATCTCTGCTGCTTTTCGATCTATCGCATTTTTTCCGTCTGAAAGAGAT
CGCGTAAAAATTCCGGCGACTATTCCGTTTTTCGGAAGTCCTATATATAATTTTCCCTAAACACAGCATTCTCCTTATTCTTTATATTCACAACACAAGAAGAAGTATCAGTTTCCTTTGTTGTAAAATCTTGGATATTTCCCGTCAAATGACGGGACTTTTATGCAATTTCCTCTGATGGATTGTGTTTTACTGTTGTT
TTGAAGGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGGACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAA
TGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTCAGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTC
AAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCGAGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAGTAAGTTAAGGTGAAATGGTGTCGTTCATGCTACAATTGTTTGATTTTTTGGGTGGGAAAAAACTT
ACCGAGTTCCATAAATCACGATATTCACCACACCTCATATTCACATTCAAGGTCTAGTACCTTTTCTAGTACTATCAAAGCTGAGGTCGCATGTGGCCCGTCCGGGCAAGTGGTCCGATGGGAGGCGTAAGAAAACTGGGACAAATAGAGAGGAACACAACCCGTTTCCGTAGAGACGCTAAGCTTCTAAAATACTATTT
AGCTTCGCTTTTTTCCAGCCCTTAGTTCAACAGGGGGACTGGTTTTAAACTTTTAACAACAACCGATTAGGAAAAAATTGTGGAGATCCCTGTCCTCCATCGCTGCTACAAATTTCTTATTTCATTTCGAGTTCCCGATAATTTCGCTAAAATCTCATTCCTCTGTGCTTAGGTTCAGCCGATAGAAGGGGAGTTTCACG
GGATTACCTGCTGCCTTTTTCCTGGGCTCCCTCCCTGCCCCTCAGATACCTCTGAAAAGAATATGGAGGGATCTCCTTTAGATCTGGTGGTAATTTTCAACTATTCTGGGTTTTAGACTTTTAATAATGTGGTTTCATTTTTGAATGCAGGTACATAGCTCAGTCAATGGCCGGAACTTCAAGACAAAGTTACAGGCTAA
ACACATAGAGCTATTGAAGTCACCTTGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAAATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTTGTGAAATTTTTCCTGAATGCTCATGCGACTTTACTGGCACTGATCCAGTTATTACGTGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAACCTGACATGCCCCATCTGTCTGG
TAAGCTCAAAATCTGCTGGCATTTTTAGTTCTTGCTCTTCTTTAATAACAATTTCCTGCAGTTCCGAGGCTCTGATCCAGAGTTGGCATTTCTTATTTGGTGGGTTTAAGAGAGTAAAGTGCAGTAAGCTGAACCCCGTGCAATAAAAATATTTTATTTCTTTTCAGTTACCAGATTAGCATTAGGGACACATATGGTGC
TGTGTAATTCCATATTCTATGGATGGAGGCGGTTCTTCTGATTGATGGTGTCAGTTACCATGGTTTTATGCATTCATTCCTTTGGATATCTGCATTGTTACTGGGGAAATTGTGTACTGGTGTAGCATGTTTAGAAGTTAGGTTCGCCACTATCAGTGTGACACTCGATAAGAAACAAAATACAAGGTAGGCATAATTGA
TACTAAAATCCATTTGATTGTATGGATTTCTCACCATGGCCGGTATGGACTACCAAATCACGGAGTTACATTTGAGACCTGAGTCTCTCCAGCTCAAAACCTCGACAATTTTAATTTATAAATTGATTTATCTTTGTGCGGTTTGACCTTTGGAGGCGTGCATACTCAGAAAGTTAGCAACCGTGGTTATCTGTTACATG
CTAGAAATGAGAGCTTCAAAATAAAATTAACATTATTAGCCGTGCTGTTGCTGTTTATTTTGCAATATGTGGACTTTGATATTTGATGCATATAGGCGTTTCTTCCCCTTGTTAACTTAGTAAGTCACTATGTTCTCGATGTCTGAAATTATGTCCACTGTCATGCAGGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATG
TGGACATGTTTTCTGCAACAATTGTGCGTGCACAGGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAG
AACGGGCAGAGAGGGATCTTATCCCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGAAAAATAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAG
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGGTGCGAGCATTTCGGCTTTGTAACAGGAAATTGACGAATAGTTTGCAGGCGT
TTGGATTTTGACTGTTTAAATATTTGGAAGTCGGTCATATTTTCTTTCTATTGAGATCTTTCTAGCAAGATTTACGCGGTTACGGGATCTCCTGGAACATTTATTGTGAGGATTTAACGCGTTTCTATGCTTAGCTTTCTTTTGCCCCAAAAATAAAGCTGTCTCAACTGAATTTTCCGAGGATTGAAAGCATTCAAAGC
TCTGTTAATGTCTTTATTGCCACCTTTGTGATATGTTGAATTTCTCAATTTAGGCGCTATCTTCAAGATTTCAGAATTACGTAGATGGTCATATTTCAGGAACATTTACGTTTTCTTTCCGTTTCTTTAAAAACGAGTCTGTGATGCTTTCAATCTCTGCTGCTTTTCGATCTATCGCATTTTTTCCGTCTGAAAGAGAT
CGCGTAAAAATTCCGGCGACTATTCCGTTTTTCGGAAGTCCTATATATAATTTTCCCTAAACACAGCATTCTCCTTATTCTTTATATTCACAACACAAGAAGAAGTATCAGTTTCCTTTGTTGTAAAATCTTGGATATTTCCCGTCAAATGACGGGACTTTTATGCAATTTCCTCTGATGGATTGTGTTTTACTGTTGTT
TTGAAGGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGGACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAA
TGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTCAGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTC
AAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCGAGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAGTAAGTTAAGGTGAAATGGTGTCGTTCATGCTACAATTGTTTGATTTTTTGGGTGGGAAAAAACTT
ACCGAGTTCCATAAATCACGATATTCACCACACCTCATATTCACATTCAAGGTCTAGTACCTTTTCTAGTACTATCAAAGCTGAGGTCGCATGTGGCCCGTCCGGGCAAGTGGTCCGATGGGAGGCGTAAGAAAACTGGGACAAATAGAGAGGAACACAACCCGTTTCCGTAGAGACGCTAAGCTTCTAAAATACTATTT
AGCTTCGCTTTTTTCCAGCCCTTAGTTCAACAGGGGGACTGGTTTTAAACTTTTAACAACAACCGATTAGGAAAAAATTGTGGAGATCCCTGTCCTCCATCGCTGCTACAAATTTCTTATTTCATTTCGAGTTCCCGATAATTTCGCTAAAATCTCATTCCTCTGTGCTTAGGTTCAGCCGATAGAAGGGGAGTTTCACG
GGATTACCTGCTGCCTTTTTCCTGGGCTCCCTCCCTGCCCCTCAGATACCTCTGAAAAGAATATGGAGGGATCTCCTTTAGATCTGGTGGTAATTTTCAACTATTCTGGGTTTTAGACTTTTAATAATGTGGTTTCATTTTTGAATGCAGGTACATAGCTCAGTCAATGGCCGGAACTTCAAGACAAAGTTACAGGCTAA
ACACATAGAGCTATTGAAGTCACCTTGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAAATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTTGTGAAATTTTTCCTGAATGCTCATGCGACTTTACTGGCACTGATCCAGTTATTACGTGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAACCTGACATGCCCCATCTGTCTGG
TAAGCTCAAAATCTGCTGGCATTTTTAGTTCTTGCTCTTCTTTAATAACAATTTCCTGCAGTTCCGAGGCTCTGATCCAGAGTTGGCATTTCTTATTTGGTGGGTTTAAGAGAGTAAAGTGCAGTAAGCTGAACCCCGTGCAATAAAAATATTTTATTTCTTTTCAGTTACCAGATTAGCATTAGGGACACATATGGTGC
TGTGTAATTCCATATTCTATGGATGGAGGCGGTTCTTCTGATTGATGGTGTCAGTTACCATGGTTTTATGCATTCATTCCTTTGGATATCTGCATTGTTACTGGGGAAATTGTGTACTGGTGTAGCATGTTTAGAAGTTAGGTTCGCCACTATCAGTGTGACACTCGATAAGAAACAAAATACAAGGTAGGCATAATTGA
TACTAAAATCCATTTGATTGTATGGATTTCTCACCATGGCCGGTATGGACTACCAAATCACGGAGTTACATTTGAGACCTGAGTCTCTCCAGCTCAAAACCTCGACAATTTTAATTTATAAATTGATTTATCTTTGTGCGGTTTGACCTTTGGAGGCGTGCATACTCAGAAAGTTAGCAACCGTGGTTATCTGTTACATG
CTAGAAATGAGAGCTTCAAAATAAAATTAACATTATTAGCCGTGCTGTTGCTGTTTATTTTGCAATATGTGGACTTTGATATTTGATGCATATAGGCGTTTCTTCCCCTTGTTAACTTAGTAAGTCACTATGTTCTCGATGTCTGAAATTATGTCCACTGTCATGCAGGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATG
TGGACATGTTTTCTGCAACAATTGTGCGTGCACAGGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAG
AACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTGCAATCACGATTTATATTAGGCTTTTAGTTGATTGTGATTTATGTCATTACTTTGATATGCAGAAATTGTAAGTCAAAGCATCCTTTTTTAATCGTGTACTGTTGGTAATATTTGAACGCTCTGTTTATTAGGATCTTATCCCTGTATAGAAGTGCA
TCTTATTCATCAAGGAAAAATgtgagttggagaaaattgaattttgtataatgacaagattgcaatatctacattgattttatcagttcatatgctttaaaacttttaatcgttaatcctttgtacatcctttgtacacaaaattcaggtttacctgcatgtttctgatacacatttagattttgttttgttgcagAGTT
ACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAG
Intron 7 GTAAGCTCAA ... TGTCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.03 | 297 | 22 | 94 |
| A2 | 25.51 | 233 | 21 | 80 |
| A3 | 26.17 | 238 | 25 | 84.5 |
| A4 | 29.33 | 265 | 24 | 110 |
| A5 | 24.73 | 114 | 16 | 38 |
| A6 | 21.8 | 571 | 66 | 159.5 |
| A7 | 23.86 | 821.5 | 67 | 257.5 |
| A8 | 26.79 | 699.5 | 64.5 | 256 |
| A9 | 25.06 | 886.5 | 68 | 296.5 |
| A10 | 24.62 | 701 | 41 | 229 |
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i9 from sample A9 / Example spliced isoformGGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGGTGCGAGCATTTCGGCTTTGTAACAGGAAATTGACGAATAGTTTGCAGGCGT
TTGGATTTTGACTGTTTAAATATTTGGAAGTCGGTCATATTTTCTTTCTATTGAGATCTTTCTAGCAAGATTTACGCGGTTACGGGATCTCCTGGAACATTTATTGTGAGGATTTAACGCGTTTCTATGCTTAGCTTTCTTTTGCCCCAAAAATAAAGCTGTCTCAACTGAATTTTCCGAGGATTGAAAGCATTCAAAGC
TCTGTTAATGTCTTTATTGCCACCTTTGTGATATGTTGAATTTCTCAATTTAGGCGCTATCTTCAAGATTTCAGAATTACGTAGATGGTCATATTTCAGGAACATTTACGTTTTCTTTCCGTTTCTTTAAAAACGAGTCTGTGATGCTTTCAATCTCTGCTGCTTTTCGATCTATCGCATTTTTTCCGTCTGAAAGAGAT
CGCGTAAAAATTCCGGCGACTATTCCGTTTTTCGGAAGTCCTATATATAATTTTCCCTAAACACAGCATTCTCCTTATTCTTTATATTCACAACACAAGAAGAAGTATCAGTTTCCTTTGTTGTAAAATCTTGGATATTTCCCGTCAAATGACGGGACTTTTATGCAATTTCCTCTGATGGATTGTGTTTTACTGTTGTT
TTGAAGGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGGACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAA
TGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTCAGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTC
AAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCGAGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAGTACATAGCTCAGTCAATGGCCGGAACTTCAAGACAAAGTTACAGGCTAAACACATAGAGCTATTG
AAGTCACCTTGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAAATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTTGTGAAATTTTTCCTGAATGCTCATGCGACTTTACTGGCACTGATCCAGTTATTACGTGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAACCTGACATGCCCCATCTGTCTGGATACAGTGTTTGATCC
TGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGCAACATTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTCATTTGCCTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGGGGCTATTGGAAGG
AAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTACAATCACGATTTGCATTAGGCTTTTAGTGATATACCATTGATGTTTATATGGATGAATTGCAAGTCAAAGCATATTTTTTAATCACGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGGATGATTGAGGGTTCCATTACTAACACGGATCC
CAATTTGTATTAGGCTTTTAGTGATATACCAAAGCATATTTTTTAATCATGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGAATGATTAAGGGTTCCATTACTGAAACGTTTCATGACATTTGCATGTATCAATGCTGGCTAGACAAAAATACAAATATACCATATATGTATAACAAATGGTTTTTTTGTTTTTCAATAATATATTAGC
ACAACTACTAACTTGTGGTCAGTGAACACCTATAAGTTCCAAGTTAAGTGTCATGAACAAGTTATTTGTTACTTGTTCTCCATGCTTAGTTGTAATAATCTGTTTTCTATGCCTCAACTATCTGTTACCTTCTTTAATTAAATGAGTTGTTCA
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i12 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGGTGCGAGCATTTCGGCTTTGTAACAGGAAATTGACGAATAGTTTGCAGGCGT
TTGGATTTTGACTGTTTAAATATTTGGAAGTCGGTCATATTTTCTTTCTATTGAGATCTTTCTAGCAAGATTTACGCGGTTACGGGATCTCCTGGAACATTTATTGTGAGGATTTAACGCGTTTCTATGCTTAGCTTTCTTTTGCCCCAAAAATAAAGCTGTCTCAACTGAATTTTCCGAGGATTGAAAGCATTCAAAGC
TCTGTTAATGTCTTTATTGCCACCTTTGTGATATGTTGAATTTCTCAATTTAGGCGCTATCTTCAAGATTTCAGAATTACGTAGATGGTCATATTTCAGGAACATTTACGTTTTCTTTCCGTTTCTTTAAAAACGAGTCTGTGATGCTTTCAATCTCTGCTGCTTTTCGATCTATCGCATTTTTTCCGTCTGAAAGAGAT
CGCGTAAAAATTCCGGCGACTATTCCGTTTTTCGGAAGTCCTATATATAATTTTCCCTAAACACAGCATTCTCCTTATTCTTTATATTCACAACACAAGAAGAAGTATCAGTTTCCTTTGTTGTAAAATCTTGGATATTTCCCGTCAAATGACGGGACTTTTATGCAATTTCCTCTGATGGATTGTGTTTTACTGTTGTT
TTGAAGGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGGACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAA
TGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTCAGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTC
AAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCGAGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAGTACATAGCTCAGTCAATGGCCGGAACTTCAAGACAAAGTTACAGGCTAAACACATAGAGCTATTG
AAGTCACCTTGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAAATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTTGTGAAATTTTTCCTGAATGCTCATGCGACTTTACTGGCACTGATCCAGTTATTACGTGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAACCTGACATGCCCCATCTGTCTGgtaagctcaaaatctgc
tggcatttttagttcttgctcttctttaataacaatttcctgcagttccgaggctctgatccagagttggcatttcttatttggtgggtttaagagagtaaagtgcagtaagctgaaccccgtgcaataaaaatattttatttcttttcagttaccagattagcattagggacacatatggtgctgtgtaattccatatt
ctatggatggaggcggttcttctgattgatggtgtcagttaccatggttttatgcattcattcctttggatatctgcattgttactggggaaattgtgtactggtgtagcatgtttagaagttaggttcgccactatcagtgtgacactcgataagaaacaaaatacaaggtaggcataattgatactaaaatccatttg
attgtatggatttctcaccatggccggtatggactaccaaatcacggagttacatttgagacctgagtctctccagctcaaaacctcgacaattttaatttataaattgatttatctttgtgcggtttgacctttggaggcgtgcatactcagaaagttagcaaccgtggttatctgttacatgctagaaatgagagctt
caaaataaaattaacattattagccgtgctgttgctgtttattttgcaatatgtggactttgatatttgatgcatataggcgtttcttccccttgttaacttagtaagtcactatgttctcgatgtctgaaattatgtccactgtcatgcagGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGC
AACATTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTCATTTGCCTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGGGGCTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGT
AAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTACAATCACGATTTGCATTAGGCTTTTAGTGATATACCATTGATGTTTATATGGATGAATTGCAAGTCAAAGCATATTTTTTAATCACGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGGATGATTGAGGGTTCCATTACTAACACGGATCCCAATTTGTATTAGGCTTTTAGTGATATACCA
AAGCATATTTTTTAATCATGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGAATGATTAAGGGTTCCATTACTGAAACGTTTCATGACATTTGCATGTATCAATGCTGGCTAGACAAAAATACAAATATACCATATATGTATAACAAATGGTTTTTTTGTTTTTCAATAATATACTAGCACAACTACTAACTTGTGGTAAGTGAACACCT
ATAGGTTCCAAGTTAAGTGCTATGAACAAGTTATTTGTTACTTGTTCTCCATGCTTAGTTGTAATAATCTGTTTTCTATGCCTCAACTATCTGTTACTTTATTTAATTAAATGAGTTGTTCA
Intron 8 GTAAGTGATC ... GCGTGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.66 | 54.4 | 38 | 168.6 |
| A2 | 79.22 | 31 | 18 | 102 |
| A3 | 75.06 | 46.8 | 16 | 126.2 |
| A4 | 81.83 | 32.2 | 20 | 126.8 |
| A5 | 81.98 | 11.2 | 6 | 44 |
| A6 | 73.8 | 91.2 | 15 | 207.2 |
| A7 | 72.92 | 167.2 | 66 | 376.2 |
| A8 | 73.6 | 166.4 | 65 | 383.2 |
| A9 | 77.6 | 145.2 | 33 | 407 |
| A10 | 78.02 | 118.8 | 30 | 355.4 |
>TRINITY_DN48372_c1_g2_i13 from sample A7 / Example spliced isoformCATTATTATGCAATTTCCTCTGTTTGTGTTTTCCTATTGTTTTAAAGGCATTGATCATGAAGTTTGGGGAGAGGTTTTCCGAGTATCTCCACGGAGAGGACGAGCATTTTCTGCACAAATGTACGCACGTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTTCTGAAAAAATGCCGTGTTGGATACTTGCACAATGGGACCGCATCC
GAGTCTGAAGGACGGCTCTACAGTTCACAAACGACAGAAAACGAAGACGCGATATGCACGGAAACAGGCAAAAGCGTTTCCAAGCTATCTGATTCATCCAGTACTACATGTTCTTCGCAAACTTGTCCAGTCTGTGACAAAATTTTCTTTTACGAGCTTACACAAGAAGTATCGGCTATAGTTGGTTGCTTCAATTCCCG
TGCCAGACGTTTGTTACATCTGCATCTTGCGTCCGGTTTTCAAAGGTATTTGTGGCGTATTAAACATTTCTTTGCTGATGATCATGAGGCAATGATTCGAGAAGGCCGGCACTTAGTCAGCTATGTGGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAATATGACAAAGTAAGTTCATGGGAAATTGCATCGT
TCATACTACATGTTTGTTTTTTATTTCGTTGAAAAATATTTCGTATGTTCCATAAATCACCACACCTCACATTCAAGGCCTGATAACCTTTATAGTACTGTTAACCCTGCTGGATCATGTAGCTCGCCAGGGCAGATGGTCACATGGAGGAGTGAGAAATCTCTCGAAAAAAATGATAGGAAGAAACCCCCTTCCCCTAG
AGACGCTTTGAGTCTGAAATACTATTTGGGATGCTTTTTCCCCTAGCAACAATAGGCCTGGTTTCATCAACAACTAATAAGGAAATTTGAGGAGACACCTGTCATCCATCCGGCTGCCATAATTTTCTTATTTCATCTCAAGTTCCAGACATTTTCGCTAAAATCTCACTCTCTGTCCTTTCAGTCGATAGAAAGGGTAT
TTGAAGGGACCACCCGCTTAGCTTTTCCTGGGCGGTCTGCCCCTTAGCTATCTCTGAAAAGAATATCGAAGGAAGGAGTCTCCATAATTAGATCCGGATGTAATTAGTTAAAACATTTGGGTTCAAGACTTTATTCATATGTGATTCCCTTTTTAAATGCAGGTACATAGCTCAGTTAATGGGCGGAACTTCAAAACGAA
GTTACAGGCGAAGCACATAGAGCTATTGAAGTCACCATGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAGATCAACGCAAGGGATTCGGGGCATGGACATATTGGTGAAATCTTTCCTGAATGTTCATGCGACTTTACTGGCAGCGATCCTGTTATTAAATGCACATTACCCGATTCCATGAAATTAGAGTTTAACCTGACATGCC
CTATTTGTCTGGTGAGTTCAAACTCTGCTGGCGTTTTTAGCTGTCCGTCTTCTTTATTAACTGGTACTGGCAGTTCCAAGGTTCTGATCCAGAGTTTGCATTTCGTGTCTGGTATGTTTAAGAGTGTGATATACAGTAAGCTGAGCCCCGTGCAAATATAATTGTTCTTTTCTTTCCTGTTAATAGATTCACATGCCTAT
AGCATTAGGGAGACATATGGTGTTTTGTGTAATTTCATTTTCTATGCATTAAGGTGGTTCTTCTGACCATCAGTAATGTTACCATGGTTTTAGGCATTCATTCTCTTGGAAATCTGCATTAGGGAAATATTGTGTACTGGTGCAACATGTTTACAAGCTATCCACTTTGTAGGTGTGTCACTATCCATAAGCAACAAAAA
ATACAATGTAGGAATAGTTAATACTAATATTCCTTTTGATTGTATGGACATCTTACCATGGCTGTTGTGGACTTCCCAAGCTAATATTTGTGCCTAAGCGTACATTTGAGCCATATGGCTCTCCAGCTCAATATCTTGAAAATTTTAATTCGTAATTTTTTTAATCATTCTGCGGTTTTACATGTGAAGCATCTTGGGTT
TTCCCTCATTGTGCAAAGATGTGGGTGTGCATACCCAGTAAGTTAGCAACCATGATCATCTGCTACATGCTAGCAAGGAGAGCATCAGAAACGAAATGTACCTTGTTAGCTTGTGCCATTGACGTTTTTTGAGCAATATCTGAACCTTGATATTTAATGCATTGAGGAGTTTCTTCCACTTGTTAATTTGGGGCATCGAT
ACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTGC
AATCACGATTTATATTAGGCTTTTAGTTGATTGTGATTTATGTCATTACTTTGATATGCAGAAATTGTAAGTCAAAGCATCCTTTTTTAATCATGTACTGTTGGTAATATTTGAACGCTCTGTTTATTAGGATCTTATCCCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGAAAAATAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAG
TGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAA
>TRINITY_DN48372_c1_g2_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:CATTATTATGCAATTTCCTCTGTTTGTGTTTTCCTATTGTTTTAAAGGCATTGATCATGAAGTTTGGGGAGAGGTTTTCCGAGTATCTCCACGGAGAGGACGAGCATTTTCTGCACAAATGTACGCACGTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTTCTGAAAAAATGCCGTGTTGGATACTTGCACAATGGGACCGCATCC
GAGTCTGAAGGACGGCTCTACAGTTCACAAACGACAGAAAACGAAGACGCGATATGCACGGAAACAGGCAAAAGCGTTTCCAAGCTATCTGATTCATCCAGTACTACATGTTCTTCGCAAACTTGTCCAGTCTGTGACAAAATTTTCTTTTACGAGCTTACACAAGAAGTATCGGCTATAGTTGGTTGCTTCAATTCCCG
TGCCAGACGTTTGTTACATCTGCATCTTGCGTCCGGTTTTCAAAGGTATTTGTGGCGTATTAAACATTTCTTTGCTGATGATCATGAGGCAATGATTCGAGAAGGCCGGCACTTAGTCAGCTATGTGGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAATATGACAAAGTAAGTTCATGGGAAATTGCATCGT
TCATACTACATGTTTGTTTTTTATTTCGTTGAAAAATATTTCGTATGTTCCATAAATCACCACACCTCACATTCAAGGCCTGATAACCTTTATAGTACTGTTAACCCTGCTGGATCATGTAGCTCGCCAGGGCAGATGGTCACATGGAGGAGTGAGAAATCTCTCGAAAAAAATGATAGGAAGAAACCCCCTTCCCCTAG
AGACGCTTTGAGTCTGAAATACTATTTGGGATGCTTTTTCCCCTAGCAACAATAGGCCTGGTTTCATCAACAACTAATAAGGAAATTTGAGGAGACACCTGTCATCCATCCGGCTGCCATAATTTTCTTATTTCATCTCAAGTTCCAGACATTTTCGCTAAAATCTCACTCTCTGTCCTTTCAGTCGATAGAAAGGGTAT
TTGAAGGGACCACCCGCTTAGCTTTTCCTGGGCGGTCTGCCCCTTAGCTATCTCTGAAAAGAATATCGAAGGAAGGAGTCTCCATAATTAGATCCGGATGTAATTAGTTAAAACATTTGGGTTCAAGACTTTATTCATATGTGATTCCCTTTTTAAATGCAGGTACATAGCTCAGTTAATGGGCGGAACTTCAAAACGAA
GTTACAGGCGAAGCACATAGAGCTATTGAAGTCACCATGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAGATCAACGCAAGGGATTCGGGGCATGGACATATTGGTGAAATCTTTCCTGAATGTTCATGCGACTTTACTGGCAGCGATCCTGTTATTAAATGCACATTACCCGATTCCATGAAATTAGAGTTTAACCTGACATGCC
CTATTTGTCTGGTGAGTTCAAACTCTGCTGGCGTTTTTAGCTGTCCGTCTTCTTTATTAACTGGTACTGGCAGTTCCAAGGTTCTGATCCAGAGTTTGCATTTCGTGTCTGGTATGTTTAAGAGTGTGATATACAGTAAGCTGAGCCCCGTGCAAATATAATTGTTCTTTTCTTTCCTGTTAATAGATTCACATGCCTAT
AGCATTAGGGAGACATATGGTGTTTTGTGTAATTTCATTTTCTATGCATTAAGGTGGTTCTTCTGACCATCAGTAATGTTACCATGGTTTTAGGCATTCATTCTCTTGGAAATCTGCATTAGGGAAATATTGTGTACTGGTGCAACATGTTTACAAGCTATCCACTTTGTAGGTGTGTCACTATCCATAAGCAACAAAAA
ATACAATGTAGGAATAGTTAATACTAATATTCCTTTTGATTGTATGGACATCTTACCATGGCTGTTGTGGACTTCCCAAGCTAATATTTGTGCCTAAGCGTACATTTGAGCCATATGGCTCTCCAGCTCAATATCTTGAAAATTTTAATTCGTAATTTTTTTAATCATTCTGCGGTTTTACATGTGAAGCATCTTGGGTT
TTCCCTCATTGTGCAAAGATGTGGGTGTGCATACCCAGTAAGTTAGCAACCATGATCATCTGCTACATGCTAGCAAGGAGAGCATCAGAAACGAAATGTACCTTGTTAGCTTGTGCCATTGACGTTTTTTGAGCAATATCTGAACCTTGATATTTAATGCATTGAGGAGTTTCTTCCACTTGTTAATTTGgtaagtgatc
actattttctcgatgttgtcctgaattttagtccattgtattgcaggatacagtgtttgatcctgttgcattgggatgtggacatgttttctgcaacaattgtgcgtgcacagGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTG
ATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTGCAATCACGATTTATATTAGGCTTTTAGTTGATTGTGATTTATGTCATTACTTTGATATGCAGAAATTGTAAGTCAAAG
CATCCTTTTTTAATCATGTACTGTTGGTAATATTTGAACGCTCTGTTTATTAGGATCTTATCCCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGAAAAATAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAA
Intron 9 GTGCGAATAT ... AAATCAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.88 | 447.8 | 55.5 | 29 |
| A2 | 8.61 | 330.6 | 32.5 | 26 |
| A3 | 10.05 | 369.8 | 43.5 | 19 |
| A4 | 10.93 | 309.8 | 39 | 26 |
| A5 | 14.18 | 145 | 24.5 | 16 |
| A6 | 8.77 | 1015.2 | 105.5 | 52 |
| A7 | 8.98 | 1631.8 | 174.5 | 88 |
| A8 | 9.09 | 1517.4 | 165.5 | 99 |
| A9 | 8.96 | 1443.6 | 153.5 | 57 |
| A10 | 7.52 | 1363 | 118 | 77 |
>TRINITY_DN45107_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformGATGTGGACATGTTTTCTGCAACTTTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTCATTTGCCTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCAT
ACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTGCAATCACGATTTATATTAGGCTTTTAGTTGATTGTGATTTATGTCATTACTTTGATATGCAGAAATTAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAA
TTCAGAAGGATCAGGATATTCAGGTGAACACTGAAAAGATGATGCTCGAAGTGGGGCATATTTGCAGGGTTCTGGATCTGGAATACTAGGAGGTGGTTCCTTGCAACATATAGCTTCCAATGCTCACTCCCAATGCAGTTCAGTGCATTCTCAGAGGTTTGGTTGTCACAGTGCCACAAGGTTGGCCGTTTTGTTCTATG
AATGTTCAGAGCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCCAAATAATGATAATTACCCTTTGTTGTCGGCGATTTCGATGGAGAAGCAACGTATGGAACAAGGTTGGCCGTTTTGTTCTATGAATGTTCAGAGCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCCAAATAATGATAATTACCCTT
TGTTGTCGGCGATTTCGATGGAGAAGCAACGTATGGAACAAGAAAATGATGGGTGGTACCTTCTCCTATTGACGAGAGCCTGTCATTGGTTGTTGGCCCATTTGACAAGGATCGTCCCCCCGACTGTACCTGCTATTGTGTGATGATATTCCTTGGGGTTTGGATGGTTGTATTTTTTAACCCTTGGGTTTATAGAGACT
ACTTTGGGTTTATCTTAATTACTCTGCATTTTTTCTTTTCAAATACCATGTAATGATGTATATCTATCCTTATTCATTTTCCTACCTAGAATTTATAAACTTGACTTTTTTTTTAAAAGGTGTATTTTATTAATTTTCCTACCTAGGATTTATAGACTTGACTTACTTTAGGTTCTATCTTCATTAC
>TRINITY_DN45107_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:GATGTGGACATGTTTTCTGCAACTTTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGGTATTTCTTGAGCTATTTGTCTTTAGTTTTTGAAAGGAGTGCACACTCTTGATGAGTGTTGCGTTTCCTTTATCCTTTTAGACAAGACTT
CAGATATTAGGTATTTAGTAATTTACTTTGATCCCTCTCTAGGAAGTAGACTTATAGATGTAAGTAGGGAAAAGCCATTGAATTCTACTAGTGTAAATGCAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGgtgcgaatattcattccgttccaatggccgttatttgtt
ttgacatttgaactttgtgttcgattccagattatgaatagtatacatacgaatatgtttttctgatggtttaaatcagcagGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTGCAATCACGATTTATATTAGGCTTTTAGTTGATTGTGATT
TATGTCATTACTTTGATATGCAGAAATTAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAGGATCAGGATATTCAGGTGAACACTGAAAAGATGATGCTCGAAGTGGGGCATATTTGCAGGGTTCTGGATCTGGAATACT
AGGAGGTGGTTCCTTGCAACATATAGCTTCCAATGCTCACTCCCAATGCAGTTCAGTGCATTCTCAGAGGTTTGGTTGTCACAGTGCCACAAGGTTGGCCGTTTTGTTCTATGAATGTTCAGAGCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCCAAATAATGATAATTACCCTTTGTTGTCGGCGATTTCGA
TGGAGAAGCAACGTATGGAACAAGGTTGGCCGTTTTGTTCTATGAATGTTCAGAGCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCCAAATAATGATAATTACCCTTTGTTGTCGGCGATTTCGATGGAGAAGCAACGTATGGAACAAGAAAATGATGGGTGGTACCTTCTCCTATTGACGAGAGCCTGTCATT
GGTTGTTGGCCCATTTGACAAGGATCGTCCCCCCGACTGTACCTGCTATTGTGTGATGATATTCCTTGGGGTTTGGATGGTTGTATTTTTTAACCCTTGGGTTTATAGAGACTACTTTGGGTTTATCTTAATTACTCTGCATTTTTTCTTTTCAAATACCATGTAATGATGTATATCTATCCTTATTCATTTTCCTACCT
AGAATTTATAAACTTGACTTTTTTTTTAAAAGGTGTATTTTATTAATTTTCCTACCTAGGATTTATAGACTTGACTTACTTTAGGTTCTATCTTCATTAC
Intron 10 GTAAGACACA ... TGCAAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.46 | 274.5 | 14 | 75 |
| A2 | 22.77 | 207 | 11 | 61 |
| A3 | 17.94 | 293 | 37 | 64 |
| A4 | 18.89 | 189 | 11 | 44 |
| A5 | 19.36 | 125 | 10 | 30 |
| A6 | 19.41 | 888.5 | 20 | 214 |
| A7 | 18.18 | 1674 | 36 | 372 |
| A8 | 20.22 | 1598 | 54 | 405 |
| A9 | 20.8 | 1318 | 39 | 346 |
| A10 | 17.1 | 1488.5 | 56 | 307 |
>TRINITY_DN45107_c0_g1_i7 from sample A10 / Example spliced isoformGATGTGGACATGTTTTCTGCAACTTTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTCATTTGCCTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCAT
ACAGAACGGGCAGAGAGGGATCTTATCCCTCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGAAAAATAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAGGATCAGGATATTCAGGTGAACACTGAAAAGATGATGCTCGA
AGTGGGGCATATTTGCAGGGTTCTGGATCTGGAATACTAGGAGGTGGTTCCTTGCAACATATAGCTTCCAATGCTCACTCCCAATGCAGTTCAGTGCATTCTCAGAGGTTTGGTTGTCACAGTGCCACAAGGTTGGCCGTTTTGTTCTATGAATGTTCAGAGCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCC
AAATAATGATAATTACCCTTTGTTGATGGCTATTTCGATGGAGAAGTAACGTATGGAACAAGAAAATGATGGGTGGTACCTTCTCCTATTGACGAGAGCCTGTCATTGGTTGTTGGCCCATTTGACAAGGATCGTCCCCCCGACTGTACCTGCTATTGTGTGATGATATTCCTTGGGGTTTGGATGGTTGTATTTTTTAA
CCCTTGGGTTTATAGAGACTACTTTGGGTTTATCTTAATTACTCTGCATTTTTTCTTTTCAAATACCATGTAATGATGTATATCTATCCTTATTCATTTTCCTACCTAGAATTTATAAACTTGACTTTTTTTTTAAAAGGTGTATTTTATTAATTTTCCTACCTAGGATTTATAGACTTGACTTACTTTAGGTTCTATCT
TCATTAC
>TRINITY_DN45107_c0_g1_i9 from sample A10 / Example unspliced isoform:CAGGTTTACCTGCATGTTTCTGATACACATTTAGATTTTGTTTTGTTGCAGAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAGGATCAGGATATTCAGgtaagacacacaaaactgtggatggatctatattcagttta
aactcttttaagttttaagccatatatcgaaccagaaggcaatttttccttggtttttgatattgggtggcgttcctatcggccaactagaattatttggagtaacacaactcaagtgacccctcccttctctcacaaggaaaagactcttaacatttgttttggttctatccttttgctaaatcagatttatcacaagg
cttcacggttctctgatcactccttgtcaccatcagttggaattctgcctttcttggcttttgggccatctagtcgcatgcaacatagtggcaattagttagattattaaattttgtttttcattggaaaaaatgaaataacttgtgtatttaaaaatgttcagcatcgcttcaaaattcattgttctgatggtgttttg
atcttgtaccaatctgtacttgcaaagcagGTGAACACTGAAAAGATGATGCTCGAAGTGGGGCATATTTGCAGGGTTCTGGATCTGGAATACTAGGAGGTGGTTCCTTGCAACATATAGCTTCCAATGCTCACTCCCAATGCAGTTCAGTGCATTCTCAGAGGTTTGGTTGTCACAGTGCCACAAGGTTGGCCGTTTTG
TTCTATGAATGTTCAGAGCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCCAAATAATGATAATTACCCTTTGTTGATGGCTATTTCGATGGAGAAGTAACGTATGGAACAAGAAAATGATGGGTGGTACCTTCTCCTATTGACGAGAGCCTGTCATTGGTTGTTGGCCCATTTGACAAGGATCGTCCCCCCGAC
TGTACCTGCTATTGTGTGATGATATTCCTTGGGGTTTGGATGGTTGTATTTTTTAACCCTTGGGTTTATAGAGACTACTTTGGGTTTATCTTAATTACTCTGCATTTTTTCTTTTCAAATACCATGTAATGATGTATATCTATCCTTATTCATTTTCCTACCTAGAATTTATAAACTTGACTTTTTTTTTAAAAGGTGTA
TTTTATTAATTTTCCTACCTAGGATTTATAGACTTGACTTACTTTAGGTTCTATCTTCATTAC
Intron 11 GTAAAACAAG ... TGTTTATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.15 | 518.2 | 159.8 | 77 |
| A2 | 22.85 | 395.4 | 124.8 | 52 |
| A3 | 22.06 | 425.8 | 128.6 | 51.6 |
| A4 | 27.41 | 340.8 | 137.4 | 45.4 |
| A5 | 29.5 | 149.8 | 65.2 | 18.2 |
| A6 | 27.53 | 1047.2 | 447.8 | 146.6 |
| A7 | 30.17 | 1555.6 | 744.6 | 241 |
| A8 | 33.01 | 1454.4 | 793.8 | 249.6 |
| A9 | 25.68 | 1485.8 | 568.8 | 184.8 |
| A10 | 30.61 | 1371.6 | 662.8 | 196.8 |
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i11 from sample A9 / Example spliced isoformGGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGGTGCGAGCATTTCGGCTTTGTAACAGGAAATTGACGAATAGTTTGCAGGCGT
TTGGATTTTGACTGTTTAAATATTTGGAAGTCGGTCATATTTTCTTTCTATTGAGATCTTTCTAGCAAGATTTACGCGGTTACGGGATCTCCTGGAACATTTATTGTGAGGATTTAACGCGTTTCTATGCTTAGCTTTCTTTTGCCCCAAAAATAAAGCTGTCTCAACTGAATTTTCCGAGGATTGAAAGCATTCAAAGC
TCTGTTAATGTCTTTATTGCCACCTTTGTGATATGTTGAATTTCTCAATTTAGGCGCTATCTTCAAGATTTCAGAATTACGTAGATGGTCATATTTCAGGAACATTTACGTTTTCTTTCCGTTTCTTTAAAAACGAGTCTGTGATGCTTTCAATCTCTGCTGCTTTTCGATCTATCGCATTTTTTCCGTCTGAAAGAGAT
CGCGTAAAAATTCCGGCGACTATTCCGTTTTTCGGAAGTCCTATATATAATTTTCCCTAAACACAGCATTCTCCTTATTCTTTATATTCACAACACAAGAAGAAGTATCAGTTTCCTTTGTTGTAAAATCTTGGATATTTCCCGTCAAATGACGGGACTTTTATGCAATTTCCTCTGATGGATTGTGTTTTACTGTTGTT
TTGAAGGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGGACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAA
TGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTCAGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTC
AAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCGAGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAGTAAGTTAAGGTGAAATGGTGTCGTTCATGCTACAATTGTTTGATTTTTTGGGTGGGAAAAAACTT
ACCGAGTTCCATAAATCACGATATTCACCACACCTCATATTCACATTCAAGGTCTAGTACCTTTTCTAGTACTATCAAAGCTGAGGTCGCATGTGGCCCGTCCGGGCAAGTGGTCCGATGGGAGGCGTAAGAAAACTGGGACAAATAGAGAGGAACACAACCCGTTTCCGTAGAGACGCTAAGCTTCTAAAATACTATTT
AGCTTCGCTTTTTTCCAGCCCTTAGTTCAACAGGGGGACTGGTTTTAAACTTTTAACAACAACCGATTAGGAAAAAATTGTGGAGATCCCTGTCCTCCATCGCTGCTACAAATTTCTTATTTCATTTCGAGTTCCCGATAATTTCGCTAAAATCTCATTCCTCTGTGCTTAGGTTCAGCCGATAGAAGGGGAGTTTCACG
GGATTACCTGCTGCCTTTTTCCTGGGCTCCCTCCCTGCCCCTCAGATACCTCTGAAAAGAATATGGAGGGATCTCCTTTAGATCTGGTGGTAATTTTCAACTATTCTGGGTTTTAGACTTTTAATAATGTGGTTTCATTTTTGAATGCAGGTACATAGCTCAGTCAATGGCCGGAACTTCAAGACAAAGTTACAGGCTAA
ACACATAGAGCTATTGAAGTCACCTTGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAAATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTTGTGAAATTTTTCCTGAATGCTCATGCGACTTTACTGGCACTGATCCAGTTATTACGTGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAACCTGACATGCCCCATCTGTCTGG
TAAGCTCAAAATCTGCTGGCATTTTTAGTTCTTGCTCTTCTTTAATAACAATTTCCTGCAGTTCCGAGGCTCTGATCCAGAGTTGGCATTTCTTATTTGGTGGGTTTAAGAGAGTAAAGTGCAGTAAGCTGAACCCCGTGCAATAAAAATATTTTATTTCTTTTCAGTTACCAGATTAGCATTAGGGACACATATGGTGC
TGTGTAATTCCATATTCTATGGATGGAGGCGGTTCTTCTGATTGATGGTGTCAGTTACCATGGTTTTATGCATTCATTCCTTTGGATATCTGCATTGTTACTGGGGAAATTGTGTACTGGTGTAGCATGTTTAGAAGTTAGGTTCGCCACTATCAGTGTGACACTCGATAAGAAACAAAATACAAGGTAGGCATAATTGA
TACTAAAATCCATTTGATTGTATGGATTTCTCACCATGGCCGGTATGGACTACCAAATCACGGAGTTACATTTGAGACCTGAGTCTCTCCAGCTCAAAACCTCGACAATTTTAATTTATAAATTGATTTATCTTTGTGCGGTTTGACCTTTGGAGGCGTGCATACTCAGAAAGTTAGCAACCGTGGTTATCTGTTACATG
CTAGAAATGAGAGCTTCAAAATAAAATTAACATTATTAGCCGTGCTGTTGCTGTTTATTTTGCAATATGTGGACTTTGATATTTGATGCATATAGGCGTTTCTTCCCCTTGTTAACTTAGTAAGTCACTATGTTCTCGATGTCTGAAATTATGTCCACTGTCATGCAGGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATG
TGGACATGTTTTCTGCAACAATTGTGCGTGCACAGGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAG
AACGGGCAGAGAGGGATCTTATCCCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGAAAAATAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAG
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGGTGCGAGCATTTCGGCTTTGTAACAGGAAATTGACGAATAGTTTGCAGGCGT
TTGGATTTTGACTGTTTAAATATTTGGAAGTCGGTCATATTTTCTTTCTATTGAGATCTTTCTAGCAAGATTTACGCGGTTACGGGATCTCCTGGAACATTTATTGTGAGGATTTAACGCGTTTCTATGCTTAGCTTTCTTTTGCCCCAAAAATAAAGCTGTCTCAACTGAATTTTCCGAGGATTGAAAGCATTCAAAGC
TCTGTTAATGTCTTTATTGCCACCTTTGTGATATGTTGAATTTCTCAATTTAGGCGCTATCTTCAAGATTTCAGAATTACGTAGATGGTCATATTTCAGGAACATTTACGTTTTCTTTCCGTTTCTTTAAAAACGAGTCTGTGATGCTTTCAATCTCTGCTGCTTTTCGATCTATCGCATTTTTTCCGTCTGAAAGAGAT
CGCGTAAAAATTCCGGCGACTATTCCGTTTTTCGGAAGTCCTATATATAATTTTCCCTAAACACAGCATTCTCCTTATTCTTTATATTCACAACACAAGAAGAAGTATCAGTTTCCTTTGTTGTAAAATCTTGGATATTTCCCGTCAAATGACGGGACTTTTATGCAATTTCCTCTGATGGATTGTGTTTTACTGTTGTT
TTGAAGGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGGACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAA
TGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTCAGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTC
AAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCGAGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAGTACATAGCTCAGTCAATGGCCGGAACTTCAAGACAAAGTTACAGGCTAAACACATAGAGCTATTG
AAGTCACCTTGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAAATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTTGTGAAATTTTTCCTGAATGCTCATGCGACTTTACTGGCACTGATCCAGTTATTACGTGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAACCTGACATGCCCCATCTGTCTGGTAAGCTCAAAATCTGC
TGGCATTTTTAGTTCTTGCTCTTCTTTAATAACAATTTCCTGCAGTTCCGAGGCTCTGATCCAGAGTTGGCATTTCTTATTTGGTGGGTTTAAGAGAGTAAAGTGCAGTAAGCTGAACCCCGTGCAATAAAAATATTTTATTTCTTTTCAGTTACCAGATTAGCATTAGGGACACATATGGTGCTGTGTAATTCCATATT
CTATGGATGGAGGCGGTTCTTCTGATTGATGGTGTCAGTTACCATGGTTTTATGCATTCATTCCTTTGGATATCTGCATTGTTACTGGGGAAATTGTGTACTGGTGTAGCATGTTTAGAAGTTAGGTTCGCCACTATCAGTGTGACACTCGATAAGAAACAAAATACAAGGTAGGCATAATTGATACTAAAATCCATTTG
ATTGTATGGATTTCTCACCATGGCCGGTATGGACTACCAAATCACGGAGTTACATTTGAGACCTGAGTCTCTCCAGCTCAAAACCTCGACAATTTTAATTTATAAATTGATTTATCTTTGTGCGGTTTGACCTTTGGAGGCGTGCATACTCAGAAAGTTAGCAACCGTGGTTATCTGTTACATGCTAGAAATGAGAGCTT
CAAAATAAAATTAACATTATTAGCCGTGCTGTTGCTGTTTATTTTGCAATATGTGGACTTTGATATTTGATGCATATAGGCGTTTCTTCCCCTTGTTAACTTAGTAAGTCACTATGTTCTCGATGTCTGAAATTATGTCCACTGTCATGCAGGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGC
AACAATTGTGCGTGCACAGGGGCATCGATACCAACCATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAACGTGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGgt
aaaacaagcaaaggaacattgggatctgcaatcacgatttatattaggcttttagttgattgtgatttatgtcattactttgatatgcagaaattgtaagtcaaagcatccttttttaatcgtgtactgttggtaatatttgaacgctctgtttattagGATCTTATCCCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGA
AAAATGTGAGTTGGAGAAAATTGAATTTTGTATAATGACAAGATTGCAATATCTACATTGATTTTATCAGTTCATATGCTTTAAAACTTTTAATCGTTAATCCTTTGTACATCCTTTGTACACAAAATTCAGGTTTACCTGCATGTTTCTGATACACATTTAGATTTTGTTTTGTTGCAGAGTTACCAGAATTGTGTGTA
AGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAG
Intron 12 GTAAGTTAAG ... TTGAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.54 | 413.2 | 116 | 36.1 |
| A2 | 13 | 328 | 67 | 31 |
| A3 | 12.85 | 339 | 75 | 25 |
| A4 | 13.26 | 363 | 82 | 29 |
| A5 | 12.64 | 159 | 37 | 9 |
| A6 | 12.17 | 523 | 89 | 56 |
| A7 | 11.19 | 1060.2 | 179 | 88.1 |
| A8 | 12.83 | 686 | 123 | 79 |
| A9 | 11.98 | 823 | 139 | 85 |
| A10 | 13.14 | 906.2 | 184 | 90 |
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i9 from sample A9 / Example spliced isoformGGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGGTGCGAGCATTTCGGCTTTGTAACAGGAAATTGACGAATAGTTTGCAGGCGT
TTGGATTTTGACTGTTTAAATATTTGGAAGTCGGTCATATTTTCTTTCTATTGAGATCTTTCTAGCAAGATTTACGCGGTTACGGGATCTCCTGGAACATTTATTGTGAGGATTTAACGCGTTTCTATGCTTAGCTTTCTTTTGCCCCAAAAATAAAGCTGTCTCAACTGAATTTTCCGAGGATTGAAAGCATTCAAAGC
TCTGTTAATGTCTTTATTGCCACCTTTGTGATATGTTGAATTTCTCAATTTAGGCGCTATCTTCAAGATTTCAGAATTACGTAGATGGTCATATTTCAGGAACATTTACGTTTTCTTTCCGTTTCTTTAAAAACGAGTCTGTGATGCTTTCAATCTCTGCTGCTTTTCGATCTATCGCATTTTTTCCGTCTGAAAGAGAT
CGCGTAAAAATTCCGGCGACTATTCCGTTTTTCGGAAGTCCTATATATAATTTTCCCTAAACACAGCATTCTCCTTATTCTTTATATTCACAACACAAGAAGAAGTATCAGTTTCCTTTGTTGTAAAATCTTGGATATTTCCCGTCAAATGACGGGACTTTTATGCAATTTCCTCTGATGGATTGTGTTTTACTGTTGTT
TTGAAGGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGGACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAA
TGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTCAGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTC
AAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCGAGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAGTACATAGCTCAGTCAATGGCCGGAACTTCAAGACAAAGTTACAGGCTAAACACATAGAGCTATTG
AAGTCACCTTGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAAATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTTGTGAAATTTTTCCTGAATGCTCATGCGACTTTACTGGCACTGATCCAGTTATTACGTGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAACCTGACATGCCCCATCTGTCTGGATACAGTGTTTGATCC
TGTTGCATTGGGATGTGGACATGTTTTCTGCAACATTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTCATTTGCCTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGGGGCTATTGGAAGG
AAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTACAATCACGATTTGCATTAGGCTTTTAGTGATATACCATTGATGTTTATATGGATGAATTGCAAGTCAAAGCATATTTTTTAATCACGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGGATGATTGAGGGTTCCATTACTAACACGGATCC
CAATTTGTATTAGGCTTTTAGTGATATACCAAAGCATATTTTTTAATCATGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGAATGATTAAGGGTTCCATTACTGAAACGTTTCATGACATTTGCATGTATCAATGCTGGCTAGACAAAAATACAAATATACCATATATGTATAACAAATGGTTTTTTTGTTTTTCAATAATATATTAGC
ACAACTACTAACTTGTGGTCAGTGAACACCTATAAGTTCCAAGTTAAGTGTCATGAACAAGTTATTTGTTACTTGTTCTCCATGCTTAGTTGTAATAATCTGTTTTCTATGCCTCAACTATCTGTTACCTTCTTTAATTAAATGAGTTGTTCA
>TRINITY_DN44599_c2_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGTGAATTGGCCAATTTGAAAACGAAACATATATAGCCTATGTTGGTCATTAAAAACGTTGTAAAGCGTTATGAGAGTTCTACTCAATGTCTCTAAGAGACAACAAGACCTACCCTTAATGGCCACGATGGTCCATTACTGCTCCGAGAAGCTTCCACGTGTATTTTCTCACTATTAATATTCATCGGTGGCTTACTTTA
ACCCTTTTGGCTCAACAGTCCGAAAACGTGCCCTACACGTTTAATGGCGGCTCTGGATTTTATCTGTAACGCGTCATTTTTTTTCGTTTTCAAGCCGCGGAACCCTTTGGCCCTTTAAGGCCCATGAATTTACCCAGTTTGCCGAAAAAATTGTTTGATTTGCGGCCGTAAATTTGCTCAGTTTATTGAAAAAATAGTTT
GATTCGCCAGGTTTGGAGATTTTGTTGCCGGAATTAGCTTTGGCTTATGAGTAATATGTTCTTGTTTTTTGGATCGGTGCTTATCGATTCAGGTATGTATTATTTCCAGTCACTCTATTAGAATTGGCAAGATGTTTTGCATTGTGTATTTTTTGGGCCATATATATGAAATCGTCGTCACTACCATCGTTCCTTCGGAG
TGTCTGACTGGATTTTTTAGGCTTTTGCCTCCTAAGGCGATTCTCTTGAGGAAAAATCAAGATCTTTGGCCAATTTCTGCCGTTCTTGCTTGAATTTCTGAAAAGTTAATCGATTCGCTTTCTAAATTCCTGATTCGTTCAAGGAAAGGTGCGAGCATTTCGGCTTTGTAACAGGAAATTGACGAATAGTTTGCAGGCGT
TTGGATTTTGACTGTTTAAATATTTGGAAGTCGGTCATATTTTCTTTCTATTGAGATCTTTCTAGCAAGATTTACGCGGTTACGGGATCTCCTGGAACATTTATTGTGAGGATTTAACGCGTTTCTATGCTTAGCTTTCTTTTGCCCCAAAAATAAAGCTGTCTCAACTGAATTTTCCGAGGATTGAAAGCATTCAAAGC
TCTGTTAATGTCTTTATTGCCACCTTTGTGATATGTTGAATTTCTCAATTTAGGCGCTATCTTCAAGATTTCAGAATTACGTAGATGGTCATATTTCAGGAACATTTACGTTTTCTTTCCGTTTCTTTAAAAACGAGTCTGTGATGCTTTCAATCTCTGCTGCTTTTCGATCTATCGCATTTTTTCCGTCTGAAAGAGAT
CGCGTAAAAATTCCGGCGACTATTCCGTTTTTCGGAAGTCCTATATATAATTTTCCCTAAACACAGCATTCTCCTTATTCTTTATATTCACAACACAAGAAGAAGTATCAGTTTCCTTTGTTGTAAAATCTTGGATATTTCCCGTCAAATGACGGGACTTTTATGCAATTTCCTCTGATGGATTGTGTTTTACTGTTGTT
TTGAAGGCTTTGAACATGAAGTTTGGGGAGAGATTTTCAGAGTATCTACACGGAGAGGACGAGAATTTTCTTGACAAATGTTCGCACCTCGAATACAAACGGTTGAAAAAGGTACTAAAAAAGTGCCGTGTTGGATACTTGCATAACGGGACCGCATCGGCCTCTGAAGGAGGGCATTATACTTCACAAACGACGGAAAA
TGAAGATGTGATCTGCGAGGAAACAGCCAAAGGCATGTTCAGGTCATGTGATTCATTCAGCACGACATGTTCTTCGGAAACTTGTGCAGTGTGTGACCGAATTTTCTTCTACGAGCTTACAAAAGAAGTATCAGCTATAGTGGGTTGCTTCAGTGCCCGTGCCAGACGTTTGTTGCATCTGCATCTTGCGTCTGGTTTTC
AAAGGTATCTGTGGCGTGTTAAACACTTCTTTGCTGATGATCATGAGACAATGATTCGAGAAGGCCGGCATTTAGTCAACTATGTCGCCATGAATGCCATTGCGATTCGAAAGATTCTGAAAAAGTATGACAAAgtaagttaaggtgaaatggtgtcgttcatgctacaattgtttgattttttgggtgggaaaaaactt
accgagttccataaatcacgatattcaccacacctcatattcacattcaaggtctagtaccttttctagtactatcaaagctgaggtcgcatgtggcccgtccgggcaagtggtccgatgggaggcgtaagaaaactgggacaaatagagaggaacacaacccgtttccgtagagacgctaagcttctaaaatactattt
agcttcgcttttttccagcccttagttcaacagggggactggttttaaacttttaacaacaaccgattaggaaaaaattgtggagatccctgtcctccatcgctgctacaaatttcttatttcatttcgagttcccgataatttcgctaaaatctcattcctctgtgcttaggttcagccgatagaaggggagtttcacg
ggattacctgctgcctttttcctgggctccctccctgcccctcagatacctctgaaaagaatatggagggatctcctttagatctggtggtaattttcaactattctgggttttagacttttaataatgtggtttcatttttgaatgcagGTACATAGCTCAGTCAATGGCCGGAACTTCAAGACAAAGTTACAGGCTAA
ACACATAGAGCTATTGAAGTCACCTTGGTTAATTGAATTGATTGCGTTTCAAATCAACACAAGAGATTCAGAGCATGGACATATTTGTGAAATTTTTCCTGAATGCTCATGCGACTTTACTGGCACTGATCCAGTTATTACGTGCACATTACCTGATTCTGTGAAATTGGAGTTTAACCTGACATGCCCCATCTGTCTGG
TAAGCTCAAAATCTGCTGGCATTTTTAGTTCTTGCTCTTCTTTAATAACAATTTCCTGCAGTTCCGAGGCTCTGATCCAGAGTTGGCATTTCTTATTTGGTGGGTTTAAGAGAGTAAAGTGCAGTAAGCTGAACCCCGTGCAATAAAAATATTTTATTTCTTTTCAGTTACCAGATTAGCATTAGGGACACATATGGTGC
TGTGTAATTCCATATTCTATGGATGGAGGCGGTTCTTCTGATTGATGGTGTCAGTTACCATGGTTTTATGCATTCATTCCTTTGGATATCTGCATTGTTACTGGGGAAATTGTGTACTGGTGTAGCATGTTTAGAAGTTAGGTTCGCCACTATCAGTGTGACACTCGATAAGAAACAAAATACAAGGTAGGCATAATTGA
TACTAAAATCCATTTGATTGTATGGATTTCTCACCATGGCCGGTATGGACTACCAAATCACGGAGTTACATTTGAGACCTGAGTCTCTCCAGCTCAAAACCTCGACAATTTTAATTTATAAATTGATTTATCTTTGTGCGGTTTGACCTTTGGAGGCGTGCATACTCAGAAAGTTAGCAACCGTGGTTATCTGTTACATG
CTAGAAATGAGAGCTTCAAAATAAAATTAACATTATTAGCCGTGCTGTTGCTGTTTATTTTGCAATATGTGGACTTTGATATTTGATGCATATAGGCGTTTCTTCCCCTTGTTAACTTAGTAAGTCACTATGTTCTCGATGTCTGAAATTATGTCCACTGTCATGCAGGATACAGTGTTTGATCCTGTTGCATTGGGATG
TGGACATGTTTTCTGCAACATTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTCATTTGCCTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGGGGCTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAG
AACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTACAATCACGATTTGCATTAGGCTTTTAGTGATATACCATTGATGTTTATATGGATGAATTGCAAGTCAAAGCATATTTTTTAATCACGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGGATGATTGAGGGTTCCATTACTAACACGGATCCCAATTTGTATTAGGC
TTTTAGTGATATACCAAAGCATATTTTTTAATCATGGGGCAGAATAGCGTCGAGGTGAATGATTAAGGGTTCCATTACTGAAACGTTTCATGACATTTGCATGTATCAATGCTGGCTAGACAAAAATACAAATATACCATATATGTATAACAAATGGTTTTTTTGTTTTTCAATAATATACTAGCACAACTACTAACTTG
TGGTAAGTGAACACCTATAGGTTCCAAGTTAAGTGCTATGAACAAGTTATTTGTTACTTGTTCTCCATGCTTAGTTGTAATAATCTGTTTTCTATGCCTCAACTATCTGTTACTTTATTTAATTAAATGAGTTGTTCA
Intron 13 GTTGGCCGTT ... ATGGAACAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.94 | 198 | 200 | 98 |
| A2 | 48.85 | 105.7 | 115.8 | 86 |
| A3 | 47.01 | 177 | 187 | 127 |
| A4 | 47.13 | 106 | 110 | 79 |
| A5 | 41.63 | 61 | 61 | 26 |
| A6 | 44.39 | 734 | 750 | 422 |
| A7 | 45.39 | 1169.3 | 1200.3 | 743 |
| A8 | 44.19 | 1412 | 1444 | 792 |
| A9 | 45.17 | 1092 | 1121 | 678 |
| A10 | 44.98 | 1014 | 1044 | 614 |
>TRINITY_DN45107_c0_g1_i7 from sample A10 / Example spliced isoformGATGTGGACATGTTTTCTGCAACTTTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTCATTTGCCTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCAT
ACAGAACGGGCAGAGAGGGATCTTATCCCTCTGTATAGAAGTGCATCTTATTCATCAAGGAAAAATAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAGGATCAGGATATTCAGGTGAACACTGAAAAGATGATGCTCGA
AGTGGGGCATATTTGCAGGGTTCTGGATCTGGAATACTAGGAGGTGGTTCCTTGCAACATATAGCTTCCAATGCTCACTCCCAATGCAGTTCAGTGCATTCTCAGAGGTTTGGTTGTCACAGTGCCACAAGGTTGGCCGTTTTGTTCTATGAATGTTCAGAGCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCC
AAATAATGATAATTACCCTTTGTTGATGGCTATTTCGATGGAGAAGTAACGTATGGAACAAGAAAATGATGGGTGGTACCTTCTCCTATTGACGAGAGCCTGTCATTGGTTGTTGGCCCATTTGACAAGGATCGTCCCCCCGACTGTACCTGCTATTGTGTGATGATATTCCTTGGGGTTTGGATGGTTGTATTTTTTAA
CCCTTGGGTTTATAGAGACTACTTTGGGTTTATCTTAATTACTCTGCATTTTTTCTTTTCAAATACCATGTAATGATGTATATCTATCCTTATTCATTTTCCTACCTAGAATTTATAAACTTGACTTTTTTTTTAAAAGGTGTATTTTATTAATTTTCCTACCTAGGATTTATAGACTTGACTTACTTTAGGTTCTATCT
TCATTAC
>TRINITY_DN45107_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:GATGTGGACATGTTTTCTGCAACTTTTGTGCGTGCACAGGTGCATCAATACCAACAATTGAAGGGGTCAAAGCGGCCAATCAGCATGCCAGGTGCCCAATATGCAGACAGGTATTTCTTGAGCTATTTGTCTTTAGTTTTTGAAAGGAGTGCACACTCTTGATGAGTGTTGCGTTTCCTTTATCCTTTTAGACAAGACTT
CAGATATTAGGTATTTAGTAATTTACTTTGATCCCTCTCTAGGAAGTAGACTTATAGATGTAAGTAGGGAAAAGCCATTGAATTCTACTAGTGTAAATGCAGATGGGAGTTTATGCTGATTCTGTTTATTTGACTGAGTTGGGCTTGCTGGTGAAGAAAAGGTGCGAATATTCATTCCGTTCCAATGGCCGTTATTTGTT
TTGACATTTGAACTTTGTGTTCGATTCCAGATTATGAATAGTATACATACGAATATGTTTTTCTGATGGTTTAAATCAGCAGGTGCAGAGGTTATTGGAAGGAAAGATTGCATACAGAACGGGCAGAGAGGGTAAAACAAGCAAAGGAACATTGGGATCTGCAATCACGATTTATATTAGGCTTTTAGTTGATTGTGATT
TATGTCATTACTTTGATATGCAGAAATTAGTTACCAGAATTGTGTGTAAGAGTGGGTGCGGGTGCAGATTGGGTATGTCTGTGGGAGTTGATTGAGATTTTAAGATTGAGGAATTCAGAAGGATCAGGATATTCAGGTGAACACTGAAAAGATGATGCTCGAAGTGGGGCATATTTGCAGGGTTCTGGATCTGGAATACT
AGGAGGTGGTTCCTTGCAACATATAGCTTCCAATGCTCACTCCCAATGCAGTTCAGTGCATTCTCAGAGGTTTGGTTGTCACAGTGCCACAAGgttggccgttttgttctatgaatgttcagagcgccatagcagggagtgccgccactggtaaccccagccaaataatgataattaccctttgttgtcggcgatttcga
tggagaagcaacgtatggaacaagGTTGGCCGTTTTGTTCTATGAATGTTCAGAGCGCCATAGCAGGGAGTGCCGCCACTGGTAACCCCAGCCAAATAATGATAATTACCCTTTGTTGTCGGCGATTTCGATGGAGAAGCAACGTATGGAACAAGAAAATGATGGGTGGTACCTTCTCCTATTGACGAGAGCCTGTCATT
GGTTGTTGGCCCATTTGACAAGGATCGTCCCCCCGACTGTACCTGCTATTGTGTGATGATATTCCTTGGGGTTTGGATGGTTGTATTTTTTAACCCTTGGGTTTATAGAGACTACTTTGGGTTTATCTTAATTACTCTGCATTTTTTCTTTTCAAATACCATGTAATGATGTATATCTATCCTTATTCATTTTCCTACCT
AGAATTTATAAACTTGACTTTTTTTTTAAAAGGTGTATTTTATTAATTTTCCTACCTAGGATTTATAGACTTGACTTACTTTAGGTTCTATCTTCATTAC