sp|O22493|GSH1_SOLLC ----> Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic


Intron 1 GTAGAACTAG ... GAGTGACCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A1222737728
A230.162139211
A327.272569629
A418.912235218
A521.64105298
A621.53266737
A725.234831635
A8192606110
A923.446814311
A1020.894091089



>TRINITY_DN133456_c2_g3_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
TTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCC
ATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTA
TCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCA
TATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGTAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAAT
ATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCT
TAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCAT
CATTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCC


>TRINITY_DN133456_c2_g3_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCAC
TAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAAC
AAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAA
CAGgtagaactagaaattggctctctcccattgtgtgtacttttgaaaatccattttggaaacttgcaagaaaaattagtctataatttcattgacataaaatgttggatttggactctttttgtgcctaatcactttggtgctatgttttattttttatctctcttgaaattaatctaataatagtatacttctgtgct
atgtgtgttttttaatgcataggaatccttcaattgttgatacaatcatattttattttcctcattttatttgctttggtttttgttttttcacaaatttaagaggtattatttaatcatcccaggattgtagtgttatccgctttttcttggtctaggcctttgcatgagataaaataattaaaatgttttttagatgg
aggagataatctaacaggcaattataatgtttttatggtgggactccgtgggagtgaccagGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGT



Intron 2 GTAGGGTTGC ... AAGGAATAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A183.6337160218
A290.318168167
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A488.219120164
A582.22166781
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A786.53105580769
A886.2998538696
A985.5399494676
A1089.3461442581



>TRINITY_DN48519_c0_g1_i9 from sample A10 / Example spliced isoform
TGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTTCCGAAGACGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTG
GGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGA


>TRINITY_DN48519_c0_g1_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:
AATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAGTTAAGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTCTGGT
CGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCAATGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGC
CTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTATGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACG
CAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTC
GAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAG
AATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAG
TACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCATTAGAAACTCTGCATCAGACTTGTGCTGAAG
TCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATATAATATAATGCGTGACTACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTTGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTT
AATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCATATTTGGACAGATACCGACAACAGTCGTTGTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATAC
ATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTATATCGGAATAAGAAGTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCCGAGGTAAGGCTTA
AGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGgtagggttgctgtatgatgagacctcacttcagtcagtgttggacctcacaaaggactggacactagaagaaatgcagatgttaaggaataagGTTCCGAAGACGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGAT
TCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGATTTGTACCATGGAAAGTGGGCTAAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTA
CTAAGCGCAACCAACTATGCCAACTTGCTGGTACATTCTATGTGGGAACTTGCATTGGTAAAGATCGAGAATGAACAAACTGCTGCGTCTTGAGAGGTGTTCCAAACGCTGCATTATCATTGTCATCATATGCAATGCTCATCTCATCGTCTAGTAGTTGAGCATTATAATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTG
AAAAAACTGTGGAGTTGCAATCCAACTCTGGACAAGGCTTGCATATAATTAAGATTTGTTGAATCTTAAACGTATGCAGTATGTATTGTTTGTCCAATTGAGCAAGGACTTTTCTTGAAGAATATTTTTGTGGAAGTGATGGCTTTTGTCAAATAGTTGTTTTTCGTATGTGTATCGAACAATACTTTCGAGTTTTCAAG
GACTTATCGCCTATGTTTGCCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTCACCCATATCCGCCAACACTTAGCTAGCTATGTCTCAGGATTAACGTATTTAGTTTTAGGTTGTGAAGCTCTATTTGAAAGGCTGCTGACATTGTGTTTTGCATGGTTAAGTTTGAATTTCAATTTTTGCTGTAGTTTTAAATGGTTC
ACTTTATTAATAGCATTCGGAGATGATTCTTGATATCCATGTCTATATAACTTTTGGAGATTGGTATATTATCATTCAAAATTGTTTCAAAGCAGCTCCTTTAACTTCTATTGAGTATATTCGTGTGCATATTTGGCATTCCAAATGGATTTAATTTGATTGGTAAAAAAA



Intron 3 GTAAAAGCTG ... ATTGGTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A133.33683418
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A438.4656354
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A632.11148701
A730.84148664
A830.73124552
A931.28167762
A1031.4585390



>TRINITY_DN111233_c0_g1_i16 from sample A4 / Example spliced isoform
ACTGATGGCACACCAACCAATGGAATAATCGTCATAATGATGGTGTTTATATTGGAAAGATAAATGCCATATAAACGTATCAAGTTATCAAGGCTGAGTAGAATCTGGAGGAGGAAGATCCGTGTAGGTATCTAGACCTTCATATGAAACCAACGCTGGTCTGTCCACCTCAGTCCAGCAATGTCCACTGAAATTTATAT
CACCACAACCTTTTCCTTAAAATCCTCTTTCCTCTTTGAGGAAATTAAAAACTAGGATGTGGGCTCCAGGGCAATAGAGTAATTTTCCTCCACTTCCAAAGTGATTTTAAATAATTAGCACGGGTACCATCCATTACAACCACTTTAACAAAATCACAAGAATAGCTCCGGATTTAGCCTTGATGCCCTCATCGCTTGCA
AGATCTCGATCCCCCACAGGTCTTTGGTGTGCTCGTTCAATCTGATTTAGAAGGCCCCCCAAACAGTAACAGGCATTTTATCTATGCTACTTTTTAAGCTTGTATGCTCACGGATAATTGAAGGTTGAAAGGCCCTAAGTCTCAGGCTTTTAGAGGAACCCAAGCATCAGAAAGCTTCACAATTTCACAGTGGACACGGA
TAGCCAGGGATAAATAATGGCACTGATTTCCCAAAGCTATGTTACATATAGCTGCCGTGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCAGAGTTATCATGCTGACAAACTGACCAGTAGAAGTTACAATGCCATAGGTTTGGATCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAG
AGAATAATTTGTATCAGAAATTTATGCATAAAGGGAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGCCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAG
AGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGA
AGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGTAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGG
TGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCGTTCACGGAAGGGAAACCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGAT
ACATTTAGGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAG
ATCTCACTTCAGTCATTATTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATGCAGATGTTAAGAAATAAGGTTCCGAAGACGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGA
AGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGA


>TRINITY_DN111233_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:
ACTGATGGCACACCAACCAATGGAATAATCGTCATAATGATGGTGTTTATATTGGAAAGATAAATGCCATATAAACGTATCAAGTTATCAAGGCTGAGTAGAATCTGGAGGAGGAAGATCCGTGTAGGTATCTAGACCTTCATATGAAACCAACGCTGGTCTGTCCACCTCAGTCCAGCAATGTCCACTGAAATTTATAT
CACCACAACCTTTTCCTTAAAATCCTCTTTCCTCTTTGAGGAAATTAAAAACTAGGATGTGGGCTCCAGGGCAATAGAGTAATTTTCCTCCACTTCCAAAGTGATTTTAAATAATTAGCACGGGTACCATCCATTACAACCACTTTAACAAAATCACAAGAATAGCTCCGGATTTAGCCTTGATGCCCTCATCGCTTGCA
AGATCTCGATCCCCCACAGGTCTTTGGTGTGCTCGTTCAATCTGATTTAGAAGGCCCCCCAAACAGTAACAGGCATTTTATCTATGCTACTTTTTAAGCTTGTATGCTCACGGATAATTGAAGGTTGAAAGGCCCTAAGTCTCAGGCTTTTAGAGGAACCCAAGCATCAGAAAGCTTCACAATTTCACAGTGGACACGGA
TAGCCAGGGATAAATAATGGCACTGATTTCCCAAAGCTATGTTACATATAGCTGCCGTGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCAGAGTTATCATGCTGACAAACTGACCAGTAGAAGTTACAATGCCATAGGTTTGGATCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAG
AGAATAATTTGTATCAGAAATTTATGCATAAAGGGAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGCCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAG
AGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGA
AGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGTAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGG
TGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCGTTCACGGAAGGGAAACCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGAT
ACATTTAGgtaaaagctggctgtttattgctttgaactatgttctttattagattggatttcagtccctaatatcagcacgatagactatagttcccaatactttttctaggtttgacgcatggttttggatattaattgcttgttgatcagaggctattatttagaaactttgcacattattatggtctcacaacagat
gactgggttggtcgcttgatgtcaagtttaatcagattggaatttctcaggtttagtctaattttacatgctgtattgttgcaggtttgaaagttatgtggattatgctctagatgttcctatgtactttgtgtatcggaataagaattatgttgattgcagtggcatgtctttcaaagtattgtctcttgtctagacat
cctctttatatgaatcttagctctgaatttggtgaatggaaataattttgataatttcaaatttactttaatatcagctggaaacatttttaagctagaaatatagaaagtcattagatttttgatgtggggtttggaattctctgtgctctacatgttcctatgtaccatttatatttgaataacaagtatgcgtattg
cactggcacgtctttttcaaagtattggccattctctagatatactctttatatgaattgcacctctatgaatttggcaaatggaaagaatttaggatattttcaaatttactataaaataggatgaaaacattttaaagcttaaactatacaaagtcaatagaacattgatgaggtgtttggtgtactttgtgctattg
tttggagcttttttgtgaaaattaactttcacagaatgtgctgatataattattttgtattggtccagGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTTATCATCACACATTATCTATACTTACATATAAAGCTTTAA
TAAAAAATTATTTGTTTCATGTGCAATGGTGTCGGCTGTTGCCAAACTACTTGTCATGCTAATTTACCATGGTATAATGATGTAATGATCGTTGATGAGTTTCTTTCTACAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGT
TGCTGTATGATGAGATCTCACTTCAGTCATTATTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATGCAGATGTTAAGAAATAAGGTTCCGAAGACGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGT
GGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGA



Intron 4 GTTAAGTCTA ... TCCAGTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A133.630.6314.4
A226.733.85.610.8
A330.3516.42.66.6
A437.2524313
A543.113.21.42.6
A613151.81.8
A721.269.20.62.6
A816.6610.222.2
A925.6717.84.66.4
A1036.666.82.24.4



>TRINITY_DN44006_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform
AATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTT
CTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCAATGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAA
GTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCT
CTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTT
ACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTC
GTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAA
GCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCATTAGAAACTCTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAA
GATATAATATAATGCGTGACTACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTTGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAAT
GGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCATATTTGGACAGATACCGACAACAGTCGTTGTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTATATCGGAATAAGAAGTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAA
ATTACCATCATTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCCGAGGTAAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACC
TCACAAAGGACTGGACACTAGAAGAAATGCAGATGTTAAGGAATAAGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGG


>TRINITY_DN44006_c0_g1_i18 from sample A9 / Example unspliced isoform:
AATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTT
CTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCAATGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAA
GTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTACTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGgttaagtctatctccagtccagTTACGTCTATCTTCAGT
CCGTTTAAGAACATTCTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCAATGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCT
TTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCAC
CTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTA
GAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAAATTTATGCATAAAGGGAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAA
GACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACA
GGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCATTAGAAACTCTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGA
AGGGAAGATATAATATAATGCGTGACTACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTTGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAA
CCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCATATTTGGACAGATACCGACAACAGTCGTTGTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTATATCGGAATAAGAAGTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAA
GGGTAAATTACCATCATTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCCGAGGTAAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGT
TGGACCTCACAAAGGACTGGACACTAGAAGAAATGCAGATGTTAAGGAATAAGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGA
ACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGACTTGTACCATGGAAAATGGGCTAAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTACTAAGTGCAACCATCTATGCCAACTTGTTGGTACATACTACATGCATTACATACTACATGGGAACTTGCATTGGTAAAGATCAAGGATGAACAAACTGTGTCTTGAGAGGT
GTTCCAAAAGCTGCATTATCATTGTCGGCCTATGCAATGTTCATCTTATTATCTAATAGTCGAGCATTATAATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAGAAAAATGTGGAGCTGCAATCCAACTCTAGACAAGGTTTACATATTGTTAAGATTTGTTGAATCTAAAATGTATTATGTACTGTTTGTCCAATTGAG
CAAGGTCTTCTTTTGAAGATTTTTTTTGTGGAAGGGATGGCTTTTGTCAAGTAGTTCTTTTTCGTATGTGCATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGCCTATGTTTGCCAGGCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTGTGAAGCTCTACTGACATTGTGTTTTGCATGGTTAAGTTTGAATTT
CAATTTTCACCATAACTTTTGGAGATTGGTGTATTATCATTCAAAATTGTTGTCAATGCAGCTCCTTTAATTTCTATTGAGTACATTCGTGTGCATATTTTGCATTGCAAATGGATTAATTTGATTGGTAATAAAATGGTTCATTATCTTGACATGGAGCTATGTGTTGTTGCTCTAGCAGGGTACCGTAATTTGATAGA
ACACAATATCGTAATATGGTAATTAAAATACTATTTTACATAGATGTATTTAGCT



Intron 5 GTTATCATCA ... CTTTCTACAG

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A314.66105.112.318.5
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A911.829015.340.8
A1012.65219.915.333.3



>TRINITY_DN133456_c2_g3_i15 from sample A1 / Example spliced isoform
GCGAATCTTACTAATTATCAAATTTCCAACCATAAAATGTTAGGCGATATTTTTTTAAAAATATTCAAATTTATAAGGATTTTATATAGCTTTTGGACAATTTTGGAGATTTTTAGAGTAAAAAATTTAAATCCTATGATATTTGGGTGAATGATATTAGAAAAAAATGGAAAATGGTGAATTTTTATTTGGAAAAAACA
CTCGAAAATTAGCCCATGGGCGAATTTCGCCACTAAAATTTTCCTTGTATGGGTGCATGATACTGTGATCATGCACTTCTTTGAGAGGAAATGCTGCCTATGAACCACTACCAATTCAGCAAAATAATAGCCTCAAACTGGTCTTATAAGCAGCTGAATGGTCTTGATCCATCTTATTGCAAAGATTTCATAAGCATTTT
ATGGTACCAAGTTATTTGTTGGATCTTGATGATAGACTTTAGTATTTTGGGCAGGTATGTCATACTCGTAATTATTAGCTGGCTAGACAGATAAAGCTATTATGTATTTGCTACTGGTAGTAAGAGGCAGGTGCCATGCCTGCATAATGTTTTAGTCCACCATGACAGGTGTGATATATTATATAAGATGGTGGGTGTGC
CCCCATAAGAGGGGTTTTATACTTACGTGTTAACCTTTTCACAACAAAATGATTTCGATTACCATACTTGTTTTTCTGTATATTATGTACTTATTAAAAAAGAAGCCTTCCAGGATCACTTAGAGAGGGATGTTGTACAAGATTCAGTCTCACAGTTTTCTACAATTTTGTTGCAAATTTTTTCCTTAGGGTATTTTAAT
GGTCTTATGCTAACAATAGTGACCATTGTGTCAATTCCTTTTGTCATAGTCCTTTTTACGTTTTCTGTTTTGATGCCTTTTCTGTCTGCTTCTTGCTTGGGTTATTTATTGTTTTCCTAGCATTAGAATGTGTTGTGCTAACTTGTTTTCTATTGTTATAGGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCA
TATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCT
TCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTT
TGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGTAGAGGAAATG
GGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCG
GGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTA
TGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCATTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGA
AGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGATCTCACTTCAGTCATTATTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATGCAGATGTTAAGAAATAAGGTTGGAGATATTTTATCGACAAAATGTTATGTTTATTCTTAATTCGAATTTGAACAGAATCTAATTGTTGCTTAACTCGA
ACCTGAACCCAAACCGTGTGACTTTTGCCCCAATGATTGGCTAGACAATTTCTTGGTTTCTCATTACTTTTCCAAGGAAAAAAGCATAATATGTGTATTTCATGGATTGAAATGTTACATTACTTCAACAATATATGCTTATGGCATATAGTCATCATCAAAACGTCATGTGACTATGTCCATCAAAATATCTACTACTG
TAGTAGAAACTCCTAGAGCTATCAACCATTTTCTTTCAGCCATTACAGACCTGTACAATTTCTGAATTACAATGA


>TRINITY_DN133456_c2_g3_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCGAATCTTACTAATTATCAAATTTCCAACCATAAAATGTTAGGCGATATTTTTTTAAAAATATTCAAATTTATAAGGATTTTATATAGCTTTTGGACAATTTTGGAGATTTTTAGAGTAAAAAATTTAAATCCTATGATATTTGGGTGAATGATATTAGAAAAAAATGGAAAATGGTGAATTTTTATTTGGAAAAAACA
CTCGAAAATTAGCCCATGGGCGAATTTCGCCACTAAAATTTTCCTTGTATGGGTGCATGATACTGTGATCATGCACTTCTTTGAGAGGAAATGCTGCCTATGAACCACTACCAATTCAGCAAAATAATAGCCTCAAACTGGTCTTATAAGCAGCTGAATGGTCTTGATCCATCTTATTGCAAAGATTTCATAAGCATTTT
ATGGTACCAAGTTATTTGTTGGATCTTGATGATAGACTTTAGTATTTTGGGCAGGTATGTCATACTCGTAATTATTAGCTGGCTAGACAGATAAAGCTATTATGTATTTGCTACTGGTAGTAAGAGGCAGGTGCCATGCCTGCATAATGTTTTAGTCCACCATGACAGGTGTGATATATTATATAAGATGGTGGGTGTGC
CCCCATAAGAGGGGTTTTATACTTACGTGTTAACCTTTTCACAACAAAATGATTTCGATTACCATACTTGTTTTTCTGTATATTATGTACTTATTAAAAAAGAAGCCTTCCAGGATCACTTAGAGAGGGATGTTGTACAAGATTCAGTCTCACAGTTTTCTACAATTTTGTTGCAAATTTTTTCCTTAGGGTATTTTAAT
GGTCTTATGCTAACAATAGTGACCATTGTGTCAATTCCTTTTGTCATAGTCCTTTTTACGTTTTCTGTTTTGATGCCTTTTCTGTCTGCTTCTTGCTTGGGTTATTTATTGTTTTCCTAGCATTAGAATGTGTTGTGCTAACTTGTTTTCTATTGTTATAGGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCA
TATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCT
TCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTT
TGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGTAGAGGAAATG
GGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCG
GGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTA
TGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCATTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGgttatcatcacacattatctatacttacatataaagctttaataaaaaattctt
tgtttcatgtgcaatggtgtcggctgttgccaaactacttgtcatgctaatttaccatggtataatgatgtaatgatcgttgatgagtttctttctacagGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTATGGATTTAGATTGATA
ATATATTCTGACACAACGTTTTATGAATAAACATATATGCTTACATAACATCACTGCATTGGTTTATTACATTTCAGTTGAAACAATTGAAAGCTCAGTTTAAGAACGCAGATGTAAAGATCAACATTAACACATTAAATGCCTTTTGCTGTTGGGGAA



Intron 6 GTAGAACTAG ... GAGTGACCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A1222737715
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A1020.894091080



>TRINITY_DN123900_c2_g2_i11 from sample A2 / Example spliced isoform
AATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGTAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAGTTAAGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTCTGGT
CGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCAATGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTT
CAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGC
TGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGCCCTCCCACAGAAGATGTT
GCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTAT
GGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAAT
GGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTT
TTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCATATTTGGACAGATACCGACAACAGTCGTTGTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTATATCGGAATAAGAAGTATGTTGATTG
CAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCATTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCCGAGGTAAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGC
TGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACCTCACAAAGGACTGGACACTAGAAGAAATGCAGATGTTAAGGAATAAGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGG
TTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGACTTGTACCATGGAAAATGGGCTAAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTACTAAGTGCAACCATCTATGCCAACTTGTTGTTACATACTACATGGGAACTTGCATTGGTAAAGATCAAGGATGAACAAACT
GTGTCTTGAGAGGTGTTCCAAAAGCTGCATTATCATTGTTGGCCTGTGCAATGTTCATCTCATTATCTAATAGTCGAGCATTATAATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAGAAAAATGTGGAGCTGCAATCCAACTCTAGACAAGGTTTACATATTGTTAAGATTTGTTGAATCTAAAATGTATTATGTACTG
TTTGTCCAATTGAGCAAGGTCTTCTTTTGAAGATTTTTTTTGTGGAAGGGATGGCTTTTGTCAAGTAGTTCTTTTTCGTATGTGCATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGCCTATGTTTGCCAGGCA


>TRINITY_DN123900_c2_g2_i21 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TTCTTTTTATAAGGCCACAATCTGGATTAATTAACCTTTCAGAAATTGTATATACAATGTCTATTGTACTGTTCTATTTGATCTTCTTTTTACAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGG
TTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGgtagaactagaaattggctctctcccattgtgtgtacttttgaaaatccattttggaaacttgcaagaaaaattagtctatagtttcattgacataaaatgttggatttggactcttttgtgcctaatcactttggtgctatgttttatttttt
atctctcttgaaattaatctaataatagtatacttctgtgctatgtgtgttttttaatgcataggaatccttcaattgttcatacaatcatattttattttcctcattttatttgctttggtttttgttttttcacaaatttaagaggtatcatttaatcatcctagggttgtagtgttatccgctttttcttgatctag
gcctttgcatgagataatataattaaaatgtttttaagatggaggagataatctaacaggcaattataatgtttttctggtgggagtgaccagGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCA



Intron 7 GTAAAAACTT ... TTTGTGCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A143.9846.62449
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A1018.2250.4022



>TRINITY_DN112406_c1_g1_i29 from sample A5 / Example spliced isoform
CAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAG
AAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAG
GTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTT
ACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGG
GTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATC
AAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGCCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATT
GGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGC
CCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGAC
TCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCGTTCACGGAAGGGAAACCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGT
CGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAA
TCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATGCATATGTTAAGGAATAAGG
TTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGACTTGTACCATGGAAAATGGGCT
AAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTACTAAGTGCAACCATCTATGCCAACTTGTTGTTACATACTACATGGGAACTTGCATTGGTAAAGATCAAGGATGAACAAACTGTGTCTTGAGAGGTGTTCCAAAAGCTGCATTATCATTGTTGGCCTGTGCAATGTTCATCTCATTATCTAATAGTCGAGCATTAT
AATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAGAAAAATGTGGAGCTGCAATCCAACTCTAGACAAGGTTTACATATTGTTAAGATTTGTTGAATCTAAAATGTATTATGTACTGTTTGTCCAATTGAGCAAGGTCTTCTTTTGAAGATTTTTTTTGTGGAAGGGATGGCTTTTGTCAAGTAGTTCTTTTTCGTATGTG
CATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGCCTATGTTTGCCAGGCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTGTGAAGCTCTACTGACATTGTGTTTTGCATGGTTAAGTTTGAATTTCAACTTTCGCCATAACTTTTGGAGATTGGTGTATTATCATTCAAAATTGTTCTCAATGCAGCTCCTTTAA
TTTCTATTGAGTACATTCGTGTGCATATTTTGCATTGCAAATGGATTAATTTGATTGGTAATAAAATGGTTCATTATCTTGAC


>TRINITY_DN112406_c1_g1_i23 from sample A5 / Example unspliced isoform:
CAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAG
AAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAG
GTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTTTATTTTCTTTTAAAGAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTT
ACAGTTCGTTAATAGACCGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGTAAACACTACTTTCAGTTCATTACTCTGCTCATTCTTGTTAAGTAAAAATATTTCTTTTGTTTGTTGAAGAATCTAACCGGGTGATAACACTGGACATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCC
TCTTTTATCTAGgtaaaaacttatacttactttcaaaagctcttttcacctgtagcttttaacaaaagagtaaaattactctgcatctaaccaaaatgatagttcctttttgtgcaagGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCC
AGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAA
TTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGCCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCC
CAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGC
AATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCT
AAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCGTTCACGGAAGGGAAACCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTG
GACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCA
ATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATG
CATATGTTAAGGAATAAGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGACTT
GTACCATGGAAAATGGGCTAAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTACTAAGTGCAACCATCTATGCCAACTTGTTGTTACATACTACATGGGAACTTGCATTGGTAAAGATCAAGGATGAACAAACTGTGTCTTGAGAGGTGTTCCAAAAGCTGCATTATCATTGTTGGCCTGTGCAATGTTCATCTCATTA
TCTAATAGTCGAGCATTATAATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAGAAAAATGTGGAGCTGCAATCCAACTCTAGACAAGGTTTACATATTGTTAAGATTTGTTGAATCTAAAATGTATTATGTACTGTTTGTCCAATTGAGCAAGGTCTTCTTTTGAAGATTTTTTTTGTGGAAGGGATGGCTTTTGTCAAG
TAGTTCTTTTTCGTATGTGCATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGCCTATGTTTGCCAGGCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTGTGAAGCTCTACTGACATTGTGTTTTGCATGGTTAAGTTTGAATTTCAACTTTCGCCATAACTTTTGGAGATTGGTGTATTATCATTCAAAATTGTT
CTCAATGCAGCTCCTTTAATTTCTATTGAGTACATTCGTGTGCATATTTTGCATTGCAAATGGATTAATTTGATTGGTAATAAAATGGTTCATTATCTTGAC



Intron 8 GTAGGGTTGC ... AAGAAATAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A183.5937161216
A290.318168167
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A687.1276446582
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A886.3198540696
A985.5199493675
A1089.2961442575



>TRINITY_DN48519_c0_g1_i9 from sample A10 / Example spliced isoform
TGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTTCCGAAGACGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTG
GGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGA


>TRINITY_DN48519_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:
AATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAGTTAAGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTCTGGT
CGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCAATGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGC
CTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTATGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACG
CAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTC
GAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAG
AATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCAAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAG
TACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAG
TCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTTGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTT
AATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATAC
ATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTA
AGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGgtagggttgctgtatgatgagatctcacttcagtcattattggacctcacaaaggactggacattagaagaaatgcagatgttaagaaataagGTTCCGAAGACGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGAT
TCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGACTTGTACCATGGAAAATGGGCTAAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTA
CTAAGTGCAACCATCTATGCCAACTTGTTGTTACATACTACATGGGAACTTGCATTGGTAAAGATCAAGGATGAACAAACTGTGTCTTGAGAGGTGTTCCAAAAGCTGCATTATCATTGTTGGCCTGTGCAATGTTCATCTCATTATCTAATAGTCGAGCATTATAATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAGA
AAAATGTGGAGCTGCAATCCAACTCTAGACAAGGTTTACATATTGTTAAGATTTGTTGAATCTAAAATGTATTATGTACTGTTTGTCCAATTGAGCAAGGTCTTCTTTTGAAGAATTTTTTTGTGGAAAGGATGGCTTTAAAGTAGTTCTTTTTCGTATGTGCATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGC
CTATGTTTGCCAGGCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTGTGAAGCTCTACTGACATTGTGTTTTGCATGGTTAAGTTTGAATTTCAACTTTCGCCATAACTTTTGGAGATTGGTGTATTATCATTCAAAATTGTTGTCAATGCAGCTCCTTTAATTTCTATTGAGTACATTCGTGTGCATATTTTGCATTGC
AAATGGATTAATTTGATTGGTAATAAAATGGTTCATTATCTTGACA



Intron 9 GTAAAAGCTG ... ATTGTTGCAG

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>TRINITY_DN122306_c1_g1_i19 from sample A3 / Example spliced isoform
GGCGAATCTAGTTACCTCGTGACACTGAAATTGTCCAAGAATACCTTTTATTGCGTTGCAACACAAATTGGCCACAAACATTTATACTAAACTTCGACTGAATCGAATCCCAATACACTGATGGCACACCAACCAATGGAATAATCGTCATAATGATGGTGTTTATATTGGAAAGATAAATGCCATATAAACGTATCAAG
TTATCAAGGCTGAGTAGAATCTGGAGGAGGAAGATCCGTGTAGGTATCTAGACCTTCATATGAAACCAACGCTGGTCTGTCCACCTCAGTCCAGCAATGTCCACTGAAATTTATATCACCACAACCTTTTCCTTAAAATCCTCTTTCCTCTTTGAGGAAATTAAAAACTAGGATGTGGGCTCCAGGGCAATAGAGTAATT
TTCCTCCACTTCCAAAGTGATTTTAAATAATTAGCACGGGTACCATCCATTACAACCACTTTAACAAAATCACAAGAATAGCTCCGGATTTAGCCTTGATGCCCTCATCGCTTGCAAGATCTCGATCCCCCACAGGTCTTTGGTGTGCTCGTTCAATCTGATTTAGAAGGCCCCCCAAACAGTAACAGGCATTTTATCTA
TGCTACTTTTTAAGCTTGTATGCTCACGGATAATTGAAGGTTGAAAGGCCCTAAGTCTCAGGCTTTTAGAGGAACCCAAGCATCAGAAAGCTTCACAATTTCACAGTGGACACGGATAGCCAGGGATAAATAATGGCACTGATTTCCCAAAGCTATGTTACATATAGCTGCCGTGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCA
GAGTTATCATGCTGACAAACTGACCAGTAGAAGTTACAATGCCATAGGTTTGGATCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAAATTTATGCATAAAGGGAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTG
CGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATG
GAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCATTAGAAACTCTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATG
GGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTT
TTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGC
AGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCT
GTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATGCATATGTTAAGGAATAAGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGT
TTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGACTTGTACCATGGAAAATGGGCTAAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTACTAAGTGCAACCATCTATGCCAACTTGTTGGTACATACTACATGCAAACTTGCATTGGTAAAGATCAAGGATGAACAAACTG
TGTCTTGAGAGGTGTTCCAAAAGCTGCATTATCATTGTCGGCCTATGCAATGTTCATCTTATTATCTAATAGTCGAGCATTATAATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAGAAAAATGTGGAGCTGCAATCCAACTCTAGACAAGGTTTACATATTGTTAAGATTTGTTGAATCTAAAATGTATTATGTACTGT
TTGTCCAATTGAGCAAGGTCTTCTTTTGAAGATTTTTTTTGTGGAAGGGATGGCTTTTGTCAAGTAGTTCTTTTTCGTATGTGCATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGCCTATGTTTGCCAGGCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTGTGAAGCTCTACTGACATTGTGTTTTGCATGGT
TAAGTTTGAATTTCAATTTTCACCATAACTTTTGGAGATTGGTGTATTATCATTCAAAATTGTTGTCAATGCAGCTCCTTTAATTTCTATTGAGTACATTCGTGTGC


>TRINITY_DN122306_c1_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GGCGAATCTAGTTACCTCGTGACACTGAAATTGTCCAAGAATACCTTTTATTGCGTTGCAACACAAATTGGCCACAAACATTTATACTAAACTTCGACTGAATCGAATCCCAATACACTGATGGCACACCAACCAATGGAATAATCGTCATAATGATGGTGTTTATATTGGAAAGATAAATGCCATATAAACGTATCAAG
TTATCAAGGCTGAGTAGAATCTGGAGGAGGAAGATCCGTGTAGGTATCTAGACCTTCATATGAAACCAACGCTGGTCTGTCCACCTCAGTCCAGCAATGTCCACTGAAATTTATATCACCACAACCTTTTCCTTAAAATCCTCTTTCCTCTTTGAGGAAATTAAAAACTAGGATGTGGGCTCCAGGGCAATAGAGTAATT
TTCCTCCACTTCCAAAGTGATTTTAAATAATTAGCACGGGTACCATCCATTACAACCACTTTAACAAAATCACAAGAATAGCTCCGGATTTAGCCTTGATGCCCTCATCGCTTGCAAGATCTCGATCCCCCACAGGTCTTTGGTGTGCTCGTTCAATCTGATTTAGAAGGCCCCCCAAACAGTAACAGGCATTTTATCTA
TGCTACTTTTTAAGCTTGTATGCTCACGGATAATTGAAGGTTGAAAGGCCCTAAGTCTCAGGCTTTTAGAGGAACCCAAGCATCAGAAAGCTTCACAATTTCACAGTGGACACGGATAGCCAGGGATAAATAATGGCACTGATTTCCCAAAGCTATGTTACATATAGCTGCCGTGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCA
GAGTTATCATGCTGACAAACTGACCAGTAGAAGTTACAATGCCATAGGTTTGGATCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAAATTTATGCATAAAGGGAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTG
CGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATG
GAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCATTAGAAACTCTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATG
GGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTT
TTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGgtaaaagctggctgtttattgctttgaactatgttctttattagattggatttcagtccctaatatcagcacgata
gactatagttcccaatactttttctaggtttgacgcatggttttggatattaattgcttgttgatcagaggctattatttagaaactttgcacattattatggtctcacaacagatgactgggttggtcgcttgatgtcaagtttaatcagattggaatttctcaggtttagtctaattttacatgctgtattgttgcag


GTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTAAGAGGT
ACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATGCATATGTTAAGGAATAAGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTG
TTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGACTTGTACCATGGAAAATGGGCTAAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTACTAAGT
GCAACCATCTATGCCAACTTGTTGGTACATACTACATGCAAACTTGCATTGGTAAAGATCAAGGATGAACAAACTGTGTCTTGAGAGGTGTTCCAAAAGCTGCATTATCATTGTCGGCCTATGCAATGTTCATCTTATTATCTAATAGTCGAGCATTATAATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAGAAAAATG
TGGAGCTGCAATCCAACTCTAGACAAGGTTTACATATTGTTAAGATTTGTTGAATCTAAAATGTATTATGTACTGTTTGTCCAATTGAGCAAGGTCTTCTTTTGAAGATTTTTTTTGTGGAAGGGATGGCTTTTGTCAAGTAGTTCTTTTTCGTATGTGCATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGCCTA
TGTTTGCCAGGCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTGTGAAGCTCTACTGACATTGTGTTTTGCATGGTTAAGTTTGAATTTCAATTTTCACCATAACTTTTGGAGATTGGTGTATTATCATTCAAAATTGTTGTCAATGCAGCTCCTTTAATTTCTATTGAGTACATTCGTGTGC



Intron 10 GTGAGCAATC ... TCTTATACAG

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>TRINITY_DN133456_c2_g3_i11 from sample A1 / Example spliced isoform
TTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCC
ATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTA
TCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCA
TATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGTAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAAT
ATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCT
TAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCAT
CATTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCC


>TRINITY_DN133456_c2_g3_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTgtgagcaatctctctctagacttctttttacttcatgtatttttggatctcatccttgtattttcttcaat
tataagattttgtttttcttatacagATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTT
CCTATGTACTTTGT



Intron 11 GTTAAGTCTA ... TTTGTTGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN45068_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform
GTTCAAAGTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAAATCTAACCGGGTGATAACACTGGTCATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACT
AAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTA
TCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTAC
TGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGA
GACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGTAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGT
GAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTTGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAA
ATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCA


>TRINITY_DN45068_c0_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:
GTTCAAAGTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAgttaagtctatctccagtccaggtttaagaacattctggtcgttctaccattgaaattatatagtctttaaggtttcttgcaatggcttga
gtttttcatcttggcgagtaatcgtttagactgtagtaattttggttaagggtctcgaccctggtactgttctgtcctcaacatgagtgttgagcaatataatggagggtttttaattttattttcttttaaagaacagaggcaaaggcctctcggctaccatggctctttggttaattttacagttcgttaatagaccg
aaaccttagctcgacgcagggccatgaagcaaaatttgaacagcctcaagcaaatgtaaacactactttcagttcattactctgctcattcttgttaagtaaaaatatttcttttgtttgttgaagAATCTAACCGGGTGATAACACTGGTCATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAAC
CCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAG
CACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCAC
AGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGG
ATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGTAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTC
CAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTTGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGC
AACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCA



Intron 12 GTATTGTCTC ... ATTGGTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN122306_c1_g1_i19 from sample A3 / Example spliced isoform
GGCGAATCTAGTTACCTCGTGACACTGAAATTGTCCAAGAATACCTTTTATTGCGTTGCAACACAAATTGGCCACAAACATTTATACTAAACTTCGACTGAATCGAATCCCAATACACTGATGGCACACCAACCAATGGAATAATCGTCATAATGATGGTGTTTATATTGGAAAGATAAATGCCATATAAACGTATCAAG
TTATCAAGGCTGAGTAGAATCTGGAGGAGGAAGATCCGTGTAGGTATCTAGACCTTCATATGAAACCAACGCTGGTCTGTCCACCTCAGTCCAGCAATGTCCACTGAAATTTATATCACCACAACCTTTTCCTTAAAATCCTCTTTCCTCTTTGAGGAAATTAAAAACTAGGATGTGGGCTCCAGGGCAATAGAGTAATT
TTCCTCCACTTCCAAAGTGATTTTAAATAATTAGCACGGGTACCATCCATTACAACCACTTTAACAAAATCACAAGAATAGCTCCGGATTTAGCCTTGATGCCCTCATCGCTTGCAAGATCTCGATCCCCCACAGGTCTTTGGTGTGCTCGTTCAATCTGATTTAGAAGGCCCCCCAAACAGTAACAGGCATTTTATCTA
TGCTACTTTTTAAGCTTGTATGCTCACGGATAATTGAAGGTTGAAAGGCCCTAAGTCTCAGGCTTTTAGAGGAACCCAAGCATCAGAAAGCTTCACAATTTCACAGTGGACACGGATAGCCAGGGATAAATAATGGCACTGATTTCCCAAAGCTATGTTACATATAGCTGCCGTGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCA
GAGTTATCATGCTGACAAACTGACCAGTAGAAGTTACAATGCCATAGGTTTGGATCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAAATTTATGCATAAAGGGAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTG
CGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATG
GAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCATTAGAAACTCTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATG
GGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTT
TTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGC
AGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCT
GTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATGCATATGTTAAGGAATAAGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGT
TTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGACTTGTACCATGGAAAATGGGCTAAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTACTAAGTGCAACCATCTATGCCAACTTGTTGGTACATACTACATGCAAACTTGCATTGGTAAAGATCAAGGATGAACAAACTG
TGTCTTGAGAGGTGTTCCAAAAGCTGCATTATCATTGTCGGCCTATGCAATGTTCATCTTATTATCTAATAGTCGAGCATTATAATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAGAAAAATGTGGAGCTGCAATCCAACTCTAGACAAGGTTTACATATTGTTAAGATTTGTTGAATCTAAAATGTATTATGTACTGT
TTGTCCAATTGAGCAAGGTCTTCTTTTGAAGATTTTTTTTGTGGAAGGGATGGCTTTTGTCAAGTAGTTCTTTTTCGTATGTGCATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGCCTATGTTTGCCAGGCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTGTGAAGCTCTACTGACATTGTGTTTTGCATGGT
TAAGTTTGAATTTCAATTTTCACCATAACTTTTGGAGATTGGTGTATTATCATTCAAAATTGTTGTCAATGCAGCTCCTTTAATTTCTATTGAGTACATTCGTGTGC


>TRINITY_DN122306_c1_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GGCGAATCTAGTTACCTCGTGACACTGAAATTGTCCAAGAATACCTTTTATTGCGTTGCAACACAAATTGGCCACAAACATTTATACTAAACTTCGACTGAATCGAATCCCAATACACTGATGGCACACCAACCAATGGAATAATCGTCATAATGATGGTGTTTATATTGGAAAGATAAATGCCATATAAACGTATCAAG
TTATCAAGGCTGAGTAGAATCTGGAGGAGGAAGATCCGTGTAGGTATCTAGACCTTCATATGAAACCAACGCTGGTCTGTCCACCTCAGTCCAGCAATGTCCACTGAAATTTATATCACCACAACCTTTTCCTTAAAATCCTCTTTCCTCTTTGAGGAAATTAAAAACTAGGATGTGGGCTCCAGGGCAATAGAGTAATT
TTCCTCCACTTCCAAAGTGATTTTAAATAATTAGCACGGGTACCATCCATTACAACCACTTTAACAAAATCACAAGAATAGCTCCGGATTTAGCCTTGATGCCCTCATCGCTTGCAAGATCTCGATCCCCCACAGGTCTTTGGTGTGCTCGTTCAATCTGATTTAGAAGGCCCCCCAAACAGTAACAGGCATTTTATCTA
TGCTACTTTTTAAGCTTGTATGCTCACGGATAATTGAAGGTTGAAAGGCCCTAAGTCTCAGGCTTTTAGAGGAACCCAAGCATCAGAAAGCTTCACAATTTCACAGTGGACACGGATAGCCAGGGATAAATAATGGCACTGATTTCCCAAAGCTATGTTACATATAGCTGCCGTGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCA
GAGTTATCATGCTGACAAACTGACCAGTAGAAGTTACAATGCCATAGGTTTGGATCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAAATTTATGCATAAAGGGAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTG
CGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATG
GAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCATTAGAAACTCTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATG
GGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATATAATATAATGCGTGACTACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTT
TTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAATGGATTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGTCGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTAAAAGCTGGCTGTTTATTGCTTTGAACTATGTTCTTTATTAGATTGGATTTCAGTCCCTAATATCAGCACGATA
GACTATAGTTCCCAATACTTTTTCTAGGTTTGACGCATGGTTTTGGATATTAATTGCTTGTTGATCAGAGGCTATTATTTAGAAACTTTGCACATTATTATGGTCTCACAACAGATGACTGGGTTGGTCGCTTGATGTCAAGTTTAATCAGATTGGAATTTCTCAGGTTTAGTCTAATTTTACATGCTGTATTGTTGCAG
GTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAgtattgtctcttctctagacatcctctttatatgaattttagctctgaatttggtgaatggaaatagttttgataatttcaaatttactttaatatcagctggaaa
catttttaagctagaaatatagaaagtcattagattattgatgcggggtttggaattctctgtgctctacatgttcctatgtaccatttatatttgaataacaagtatgcgtattgcactggcacgtctttttcaaagtattggccagtctctagatatactctttatatgaattgcacctctatgaatttggcaaatgg
aaagaatttaggatattttcaaatttactataaaatcggatgaaaacattttaaagcttaaactatagaaagtcattagaacattgatgaggtgtttggtgtactttgtgctattgtttggagcttttttgtgaaaattaactttcacagaatgtgctgatataattattttgtattggtccagGATTTCATGAAGGGTA
AATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTTATCATCACACATTATCTATACTTACATATAAAGCTTTAATAAAAAATTCTTTGTTTCATGTGCAATGGTGTCGGCTGTTGCCAAACTCCTTGTCATGCTAATTTACCATGGTATAATGATGTA
ATGATTGTTGATGAGTTTCTTTCTACAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATGCATATGTTAAGGAATA
AGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGA



Intron 13 GTTAAGTCTA ... TTTGTTGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A169.5771612
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A484.626337
A557.14346
A66.671410
A752.639101
A862.5350
A964.716112
A1069.577162



>TRINITY_DN48519_c0_g1_i10 from sample A10 / Example spliced isoform
AATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAAATCTAACCGGGTGATAACACTGGTCATTATATGTTTGCA
AGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTA
TGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGC


>TRINITY_DN48519_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:
AATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAgttaagtctatctccagtccaggtttaagaacattctggt
cgttctaccattgaaattatatagtctttaaggtttcttgcaatggcttgagtttttcatcttggcgagtaatcgtttagactgtagtaattttggttaagggtctcgaccctggtactgttctgtcctcaacatgagtgttgagcaatataatggagggtttttaattgtattttcttttaaacaacagaggcaaaggc
ctctcggctaccatggctctttggttaattttacatgagaaaatgggtcttatgttctcttggttcaaagtacatctcagaaattacataagaggaaattggatcctctcttattcaaatttcatgtcaagaaattggatctggtggattaaggtggatttatgctatgttcgttaatagaacgaaaccttagctcgacg
cagggccatgaagcaaaatttgaacagcctcaagcaaatgtaaacactactttcagttcattactctgctcattcttgttaagtaaaaatatttcttttgtttgttgaagAATCTAACCGGGTGATAACACTGGACG



Intron 14 GTTTAAGAAC ... TCAACATGAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A176.6222172
A264.71241444
A371.8320951
A468.49231950
A576.329229
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A75611514
A84414111
A948.5718917
A106012318



>TRINITY_DN44006_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform
AATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTT
CTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCAATGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAA
GTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCT
CTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTT
ACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTC
GTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAA
GCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCATTAGAAACTCTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAA
GATATAATATAATGCGTGACTACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTTGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAACCAAAT
GGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCATATTTGGACAGATACCGACAACAGTCGTTGTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTATATCGGAATAAGAAGTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAA
ATTACCATCATTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCCGAGGTAAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACC
TCACAAAGGACTGGACACTAGAAGAAATGCAGATGTTAAGGAATAAGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGG


>TRINITY_DN44006_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:
AATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTT
CTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCAATGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAA
GTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTACTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGGTTAAGTCTATCTCCAGTCCAGTTACGTCTATCTTCAGT
CCgtttaagaacattctggtcgttctaccattgaaattatatagtctttaaggtttcttgcaatggcttgagtttttcatcttggcgagtaatcgtttagactgtagtaattttggttaagggtctcgaccctggtactgttctgtcctcaacatgagAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCT
TTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCAC
CTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTA
GAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAAATTTATGCATAAAGGGAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAA
GACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACA
GGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCATTAGAAACTCTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGA
AGGGAAGATATAATATAATGCGTGACTACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTTGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCATTCACGGAAGGGAAA
CCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCATATTTGGACAGATACCGACAACAGTCGTTGTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTATATCGGAATAAGAAGTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAA
GGGTAAATTACCATCATTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCCGAGGTAAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGT
TGGACCTCACAAAGGACTGGACACTAGAAGAAATGCAGATGTTAAGGAATAAGGTTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGA
ACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGATTTGTACCATGGAAAGTGGGCTAAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTACTAAGCGCAACCAACTATGCCAACTTGCTGGTACATTCTATGTGGGAACTTGCATTGGTAAAGATCGAGAATGAACAAACTGCTGCGTCTTGAGAGGTGTTCCAAACGCTG
CATTATCATTGTCATCATATGCAATGCTCATCTCATCGTCTAGTAGTTGAGCATTATAATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAAAAAACTGTGGAGTTGCAATCCAACTCTGGACAAGGCTTGCATATAATTAAGATTTGTTGAATCTTAAACGTATGCAGTATGTATTGTTTGTCCAATTGAGCAAGGACTT
TTCTTGAAGAATATTTTTGTGGAAGTGATGGCTTTTGTCAAATAGTTGTTTTTCGTATGTGTATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGCCTATGTTTGCCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTCACCCATATCCGCCAACACTTAGCTAGCTATGTCTCAGGATTAACGTATTTAGTTTTAG
GTTGTGAAGCTCTATTTGAAAGGCTGCTGACATTGTGTTTTGCATGGTTAAGTTTGAATTTCAATTTTTGCTGTAGTTTTAAATGGTTCACTTTATTAATAGCATTCGGAGATGATTCTTGATATCCATGTCTATATAACTTTTGGAGATTGGTATATTATCATTCAAAATTGTTTCAAAGCAGCTCCTTTAACTTCTAT
TGAGTATATTCGTGTGCATATTTGGCATTCCAAATGGATTTAATTTGATTGGTAATAAAATGGTTCATTATCTTGACATGGAGCTATGTGTTGTTGCTCTAGCAGGGTACCGTAATTTGATAGAACACAATATCGTAATATGGTAATTAAAATACTATTTTACATAGATGTATTTAGCT



Intron 15 GTTACGTCTA ... TTCAGTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A846.343.426.648.2
A945.4667.841.871.6
A1038.788.223.687.8



>TRINITY_DN133456_c2_g3_i17 from sample A1 / Example spliced isoform
GGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGT
TCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGA
ATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAATCAAAGCATATCAC
TAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGTAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATG
CGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGACTCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTTAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCT


>TRINITY_DN133456_c2_g3_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GGAAATTGGATCCTCTCTTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAgttacgtctatcttcagtccagGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCAC
TAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGTCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAAC
AAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATTGGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAA
CAGGTAGAACTAGAAATTGGCTCTCTCCCATTGTGTGTACTTTTGAAAATCCATTTTGGAAACTTGCAAGAAAAATTAGTCTATAATTTCATTGACATAAAATGTTGGATTTGGACTCTTTTTGTGCCTAATCACTTTGGTGCTATGTTTTATTTTTTATCTCTCTTGAAATTAATCTAATAATAGTATACTTCTGTGCT
ATGTGTGTTTTTTAATGCATAGGAATCCTTCAATTGTTGATACAATCATATTTTATTTTCCTCATTTTATTTGCTTTGGTTTTTGTTTTTTCACAAATTTAAGAGGTATTATTTAATCATCCCAGGATTGTAGTGTTATCCGCTTTTTCTTGGTCTAGGCCTTTGCATGAGATAAAATAATTAAAATGTTTTTTAGATGG
AGGAGATAATCTAACAGGCAATTATAATGTTTTTATGGTGGGACTCCGTGGGAGTGACCAGGATAATCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGCCCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGT



Intron 16 GTAAACACTA ... TGTTTGCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A135.5640.927.922.6
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A527.912012.57.9
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A815.19175.43.6
A95.54456.92.8
A106.89539.44.7



>TRINITY_DN112406_c1_g1_i29 from sample A5 / Example spliced isoform
CAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAG
AAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAG
GTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTT
ACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGG
GTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATC
AAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGCCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGAATCAGGATGCAAGCCCAAGGAGAAGTGGAGGATT
GGGACCGAACATGAAAAGTTTGGTTTTCAACAGAGTACTTTGCAACCGATGAAGTACGAACAAATTTCAGAATTACTTTTGGGCATGGCAGAACGTTTTGGTTGGGATAAGGTTATGGAAGGAGACTTTATTATTGGCCTCAAACAGGATAAGCAAAGCATATCACTAGAGCCAGGTGGGCAATTCGAGCTCAGTGGTGC
CCCAGTAGAAACTTTGCATCAGACTTGTGCTGAAGTCAACTCACATCTTTACCAGGTAAAAGCTGTGGCAGAGGAAATGGGTCTGGGGTTCCTAGGGATTGGGTTCCAACCAAAATGGGCTGTGAAGGATATACCAATAATGCCGAAGGGAAGATACAATATAATGCGTGAATACATGCCTAAAGTAGGGTCTCTAGGAC
TCGACATGATGTTTCGAACATGTACTGTACAGGTGAATCTTGACTTCAGTTCAGAGGTAGATATGGTGCGTAAGTTTCGGGCTGGACTTGCCTTGCAGCCTATCGCAACAGCACTTTTTGCAAATTCACCGTTCACGGAAGGGAAACCAAATGGTTTTCTTAGCTATAGAAGCCAAATTTGGACTGATACCGACAACAGT
CGTTCTGGAATGCTTCCCTTTGTTTTTGATGATACATTTAGGTTTGAAAGTTATGTGGATTATGCTCTAGATGTTCCTATGTACTTTGTGTATCGGAATAAGAATTATGTTGATTGCAGTGGCATGTCTTTCAAAGATTTCATGAAGGGTAAATTACCATCGTTACCTGGTGAATTGCCCAATCTTAATGATTGGGAGAA
TCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATGCATATGTTAAGGAATAAGG
TTCCGAAGATGGGTTTGAAGACTCCTTTCCGAGATTCGTTGTTGAAGCATGTAGCAGAAGATATTTTGCGACTGGCGAAAGAAGGCTTGCATAGAAGAGGCTTCAAGGAAAGTGGGTTTTTAAATGAAGTAGATGAAGTTGTTAGAACAGGTGTTACACCAGCAGAAAGACTTCTGGACTTGTACCATGGAAAATGGGCT
AAGAGTGTGGACCCAGTTTTTGAAGAGCTTCTTTACTAAGTGCAACCATCTATGCCAACTTGTTGTTACATACTACATGGGAACTTGCATTGGTAAAGATCAAGGATGAACAAACTGTGTCTTGAGAGGTGTTCCAAAAGCTGCATTATCATTGTTGGCCTGTGCAATGTTCATCTCATTATCTAATAGTCGAGCATTAT
AATGAATAACGCATCCTCCATTTGTAATATTGAGAAAAATGTGGAGCTGCAATCCAACTCTAGACAAGGTTTACATATTGTTAAGATTTGTTGAATCTAAAATGTATTATGTACTGTTTGTCCAATTGAGCAAGGTCTTCTTTTGAAGATTTTTTTTGTGGAAGGGATGGCTTTTGTCAAGTAGTTCTTTTTCGTATGTG
CATCAAACAATACTTTCGAGTTTTCAAGGACTTATCGCCTATGTTTGCCAGGCAGGCATGAACAAACATTCAGCACACCAAACTGTGAAGCTCTACTGACATTGTGTTTTGCATGGTTAAGTTTGAATTTCAACTTTCGCCATAACTTTTGGAGATTGGTGTATTATCATTCAAAATTGTTCTCAATGCAGCTCCTTTAA
TTTCTATTGAGTACATTCGTGTGCATATTTTGCATTGCAAATGGATTAATTTGATTGGTAATAAAATGGTTCATTATCTTGAC


>TRINITY_DN112406_c1_g1_i23 from sample A5 / Example unspliced isoform:
CAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAG
AAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAG
GTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTTTATTTTCTTTTAAAGAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTT
ACAGTTCGTTAATAGACCGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATgtaaacactactttcagttcattactctgctcattcttgttaagtaaaaatatttcttttgtttgttgaagaatctaaccgggtgataacactggacattatatgtttgcaagCGGGCCGGCCTCC
TCTTTTATCTAGGTAAAAACTTATACTTACTTTCAAAAGCTCTTTTCACCTGTAGCTTTTAACAAAAGAGTAAAATTACTCTGCATCTAACCAAAATGATAGTTCCTTTTTGTGCAAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCC
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ATCTTAATGATTGGGAGAATCATCTTACTACTATTTTCCCTGAGGTGAGGCTTAAGAGGTACTTGGAGATGAGAGGGGCAGATGGAGGTCCTTGGAGAAGATTGTGTGCTTTACCAGCATTATGGGTAGGGTTGCTGTATGATGAGACCTCACTTCAGTCAGTGTTGGACCTCACAAAGGACTGGACATTAGAAGAAATG
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CA


>TRINITY_DN46181_c0_g1_i14 from sample A8 / Example unspliced isoform:
ATTTATGCTAGTTACGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTCTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCAATGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATA
TAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAgttaagtctatctccagtccaggtttaagaacattttggtcgtt
ctaccattgaaattatatagtctttaaggtttcttgcaatggcttgagtttttcatcttggcgagtaatcgtttagactgtagtaattttggttaagggtctcgaccctggtactgttctgtcctcaacatgagtgttgagcaatataatggagggtttttaattgtattttcttttaaacaacagAGGCAAAGGCCTCT
CGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGC
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CTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGTGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAAATTTATGCATAAAGGGAGGGGCAATCTTCTGGTTGTTGCTGCAAGCCCTCCCACAGAAGATGTTGCGGTACTGTCAGAACCACTAACAAAACAAGACCTCGTTGCTTATCTGGCATCAGG
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