sp|P0DKC4|PGP1B_ARATH ----> Phosphoglycolate phosphatase 1B, chloroplastic

Intron 1 GTACACTGAA ... TATACCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.75	150	1	52
A2	21.95	124.5	1	35
A3	19.16	135	5	32
A4	15.7	64.5	0	12
A5	17.03	39	0	8
A6	20.71	544	1	142
A7	18.27	841.5	9	188
A8	22.49	1051.5	3	305
A9	18.88	722.5	0	168
A10	18.11	597.5	0	132

>TRINITY_DN43179_c0_g5_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

ATAAAATTTCTCAGCCACATATGGTTTCTCATTTATTCAAAGGCATTCAAATTCAATTGAAAAACGATAATGCCTAGGCAGGTGACGTGAAAATAGAACATATAGTATGTTGAGCAAGGGAGCCATGGTGGCTGCGACGGCAACATCGGCTCTTTGCTTTCGCGGTCATAATCGACCATTGCTCCATAACAATATTACTC
TGTCTCCCTCCTCGTTCAATCGCCTTAACACGTTGCAGGTCACGTCTTCGAAACCCGTATCCATCCAGGTCTCTTCTACCAGGCCAATATCTGCAATGGCAAATGCCGCTGGCAACGGTTCAGGCAAAACAGCGGCCCCTCCCCTAAGCGACGCGGAAGAATTGATAAACTCGGTGGAGACTTTCATCTTCGACTGTGAC
GGCGTGATATGGAAGGGAGACAGTTTGATTGCTGGCGTGCCGGAAACTTTAGACATGCTCAGGTCGAAGGGAAAGAGACTTGTGTTCGTGACAAACAATTCAACAAAGTCCCGAAAACAGTACGGGAAGAAATTTGAAACACTTGGTCTTACAGTTGGAGAGGAAGAAATTTTTGCTTCATCTTTTGCTGCAGCTGCATA
CTTGAAGTCAATTGATTTTCCTCAAGACAAAAAAGTTTACGTTATTGGGGAGGTTGGAATTCTGAAGGAACTGGAGCTTGCTGGCTTTAAGTACCTCGGTGGCCCGGATGATGCTGACCAAAGGATAGAGCTTAAACCCGGCTTTATTTTGGAGCAAGATAAAGATGTTGGTGCAGTTGTGGTTGGCTTTGATCGATATG
TCAATTATTACAAGATTCAGTATGGAACTCTCTGCATACGGGAAAATCCAGGATGTCTTTTCATTGCTACAAACTGTGATGCTGTCACTCATCTCACTGATGCTCAAGAATGGGCAGGTGGTGGTTCTATGGTCGGTGCGTTAAGAGGGTCAACTCAAAAAGAACCTATTGTTGTTGGGAAGCCCTCGACATTTATGATG
GATTACGTTTCAAAAAAGGATGCCACATTTCGGATTTTCTTCCTACACTAAAGGGACAATTCTATATATGACACATTGTTAAATGAATTCCATGATGAACAATGGAGCATCTATGGTCTTGTCGAGATACTTGATTTCAGATTAGTAAGTCACAGATATGCATGGTCGGTGACAGATTGGACACTGACATTTTATTTGGT
CAAAACGGTGGTTGCAGAACACTTCTCGTCCTTTCAGGTGTCACTACGCTGCCTATGCTTCAAAATCCTAGCAACAGTATTCAGCCAGATTTCTACGCAAACAAGGTGTCAGATCTCCTCATCAAGAAGGTTGCAAATGTTTAGGGATTTCAAACAATATAATATGTAAGCTGACTTTGAAAGTCTGTCCTCACCTAGCA
GGCTGCAATTGTTTAAAGCTTACAATCAATAAGATATGTAAGATGGCTTTCAAAGTCCTTTCTTGATATTTGATTCTATGTTGGAAAGCTCCTTCTCAACACCATTTGAATGTTGCAGACATAAATTGGCTATGTCTGGCCGTGTTTCTCATTTTTTTAAATCTTAAGATGACATAAACTTTTGAATGCACAAGCATTGT
GCTTTCCAATGCAGCCTTGTAAAAGTTATCATAGAAAGAAAAAATGAAAAACAAAATATGTGTCACTACAAATACTATAACCAGAATATAAAACAAAACAGCTAATGAATTTGAAATAATGTTTATGCTAGTTGACTTGGTCGGGGCATGGATGTTTGCACCGAAGAGGCACATTCTACAGTCCAGTAGGGGGACTTGTA
ACTCCTTCTGTGCTGATCCTGGAG

>TRINITY_DN43179_c0_g5_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TATGCATGGTCGGTGACAGATTGGACACTGACATTTTATTTGGTCAAAACGGTGGTTGCAGAACACTTCTCGTCCTTTCAGgtacactgaaaattgtttctgtttcatattttctcatacatgtgcatgcgcattaagtgcatacattgcagaattctcatattccattccatttgaaaagttcgtaccatttcaggcac
tgtatatgttttgttatctaaaatctgggattttcttgtgactttatgtttcgcttgtttgtctatctctcagtttctttacacaacaaactgggcagtttctgctgtaattgtaatatatgtataaattgaatgctttgattatatcaattctgtttgtaatcatatacctcagGTGTCACTACGCTGCCTATGCTTCA
AAATCCTAGCAACAGTATTCAGCCAGATTTCTACGCAAACAAGGTGTCAGATCTCCTCATCAAGAAGGTTGCAAATGTTTAGGGATTTCAAACAATATAATATGTAAGCTGACTTTGAAAGTCTGTCCTCACCTAGCAGGCTGCAATTGTTTAAAGCTTACAATCAATAAGATATGTAAGATGGCTTTCAAAGTCCTTTC
TTGATATTTGATTCTATGTTGGAAAGCTCCTTCTCAACACCATTTGAATGTTGCAGACATAAATTGGCTATGTCTGGCCGTGTTTCTCATTTTTTTAAATCTTAAGATGACATAAACTTTTGAATGCACAAGCATTGTGCTTTCCAATGCAGCCTTGTAAAAGTTATCATAGAAAGAAAAAATGAAAAACAAAATATGTG
TCACTACAAATACTATAACCAGAATATAAAACAAAACAGCTAATGAATTTGAAATAATGTTTATGCTAGTTGACTTGGTCGGGGCATGGATGTTTGCACCGAAGAGGCACATTCTACAGTCCAGTAGGGGGACTTGTAACTCCTTCTGTGCTGATCCTGGAG

Intron 2 GTGCGTATCT ... ATTATTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.56	55	36	14
A2	36.84	24	14	1
A3	37.97	49	30	7
A4	33.33	48	24	5
A5	33.33	18	9	1
A6	37.7	114	69	15
A7	38.14	180	111	14
A8	40.07	166	111	14
A9	40.63	133	91	12
A10	38.01	106	65	14

>TRINITY_DN114796_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TATGGTTTCTCATTTATTCAAAGGCATTCAAATTCAATTGAAAAACGATAATGCCTAGGCAGGTGACGTGAAAATAGAACATATAGTATGTTGAGCAAGGGAGCCATGGTGGCTGCGACGGCAACATCGGCTCTTTGCTTTCGCGGTCATAATCGACCATTGCTCCATAACAATATTACTCTGTCTCCCTCCTCGTTCAA
TCGCCTTAACACGTTGCAGGTCACGTCTTCGAAACCCGTATCCATCCAGGTCTCTTCTACCAGGCCAATATCTGCAATGGCAAATGCCGCTGGCAACGGTTCAGGCAAAACAGCGGCCCCTCCCCTAAGCGACGCGGAAGAATTGATAAACTCGGTGGAGACTTTCATCTTCGACTGTGACGGCGTGATATGGAAGGGAG
ACAGTTTGATTGCTGGCGTGCCGGAAACTTTAGACATGCTCAGGTCGAAGGGAAAGAGACTTGTGTTCGTGACAAACAATTCAACAAAGTCCCGAAAACAGTACGGGAAGAAATTTGAAACACTTGGTCTTACAGTTGGAGAGGAAGAAATTTTTGCTTCATCTTTTGCTGCAGCTGCATACTTGAAGTCAATTGATTTT
CCTCAAGACAAAAAAGTTTACGTTATTGGGGAGGTTGGAATTCTGAAGGAACTGGAGCTTGCTGGCTTTAAGTACCTCGGTGGCCCGGATGATGCTGACCAAAGGATAGAGCTTAAACCCGGCTTTATTTTGGAGCAAGATAAAGATGTTGGTGCAGTTGTGGTTGGCTTTGATCGATATGTCAATTATTACAAGATTCA
GTATGGAACTCTCTGCATACGGGAAAATCCAGGATGTCTTTTCATTGCTACAAACTGTGATGCTGTCACTCATCTCACTGATGCTCAAGAATGGGCAGGTGGTGGTTCTATGGTCGGTGCGTTAAGAGGGTCAACTCAAAAAGAACCTATTGTTGTTGGGAAGCCCTCGACATTTATGATGGATTACGTTTCAAAAAAGG
ATGCCACATTTCGGATTTTCTTCCTACACTAAAGGGACAATTCTATATATGACACATTGTTAAATGAATTCCATGATGAACAATGGAGCATCTATGGTCTTGTCGAGATACTTGATTTCAGATTAGTAAGTCACAGATATGCATGGTCGGTGACAGATTGGACACTGACATTTTATTTGGTCAAAACGGTGGTTGCAGAA
CACTTCTCGTCCTTTCAGGTGTCACTACGCTGCCTATGCTTCAAAATCCTAGCAACAGTATTCAGCCAGATTTCTACGCAAACAAGGTGTCAGATCTCCTCATCAAGAAGGTTGCAAATGTTTAGGGATTTCAAACAATATAATATGTAAGCTGACTTTGAAAGTCTGTCCTCACCTAGCAGGCTGCAATTGTTTAAAGC
TTACAATCAATAAGATATGTAAGATGGCTTTCAAAGTCCTTTCTTGATATTTGATTCTATGTTGGAAAGCTCCTTCTCAACACCATTTGAATGTTGCAGACATAAATTGGCTATGTCTGGCCGTGTTTCTCATTTTTTTAAATCTTAAGATGACATAAACTTTTGAATGCACAAGCATTGTGCTTTCCAATGCAGCCTTG
TAAAAGTTATCATAGA

>TRINITY_DN114796_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGATGATGCTGACCAAAGGATAGAGCTTAAACCCGGCTTTATTTTGGAGCAAGATAAAGATGTTGGTGCAGTTGTGGTTGGCTTTGATCGATATGTCAATTATTACAAGATTCAGTATGGAACTCTCTGCATACGGGAAAATCCAGGATGTCTTTTCATTGCTACAAACTGTGATGCTGTCACTCATCTCACTGATGCTC
AAGAATGGGCAGGTGGTGGTTCTATGGTCGGTGCGTTAAGAGGGTCAACTCAAAAAGAACCTATTGTTGTTGGGAAGCCCTCGACATTTATGATGGATTACGTTTCAAAAAAgtgcgtatctctccctctcttacccattgttcttcaaaataatttaatcaatcattttgttgatgtgtgatattcatgcatcttcatt
ttccttccttggtagactacgtggatctgtgacataataaaccgattagataatattcatttgtgatgcaaataatcttttgcattattatagGGATGCCACATTTCGGATTTTCTTCCTACACTAAAGGGACAATTCTATATATGACACATTGTTAAATGAATTCCATGATGAACAATGGAGCATCTATGGTCTTGTCG
AGATACTTGATTTCAGATTAGTAAGTCACAGATATGCATGGTCGGTGACAGATTGGACACTGACATTTTATTTGGTCAAAACGGTGGTTGCAGAACACTTCTCGTCCTTTCAGGTGTCACTACGCTGCCTATGCTTCAAAATCCTAGCAACAGTATTCAGCCAGATTTCTACGCAAACAAGGTGTCAGATCTCCTCATCA
AGAAGGTTGCAAATGTTTAGGGATTTCAAACAATATAATATGTAAGCTGACTTTGAAAGTCTGTCCTCACCTAGCAGGCTGCAATTGTTTAAAGCTTACAATCAATAAGATATGTAAGATGGCTTTCAAAGTCCTTTCTTGATATTTGATTCTATGTTGGAAAGCTCCTTCTCAACACCATTTGAATGTTGCAGACATAA
ATTGGCTATGTCTGGCCGTGTTTCTCATTTTTTTAAATCTTAAGATGACATAAACTTTTGAATGCACAAGCATTGTGCTTTCCAATGCAGCCTTGTAAAAGTTATCATAGA