sp|Q9LSP7|UBC32_ARATH ----> Ubiquitin-conjugating enzyme E2 32

Intron 1 GTTTGGGTTA ... TATCTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.59	136	35.5	51.8
A2	19.84	101	25.8	25
A3	18.99	145	25.2	34
A4	25.53	105	23.5	36
A5	26.76	52	12.5	19
A6	18.38	573	139.8	129
A7	22.53	526	103.2	153
A8	22.66	454	106.3	133
A9	21.95	480	102	135
A10	21.5	482	115.3	132

>TRINITY_DN107457_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

AAGACATTGAAACCCACTCTTCCACAGGTCAGGAGATCGACTCCCGTGGGCGCTGGAGAACTAATAGTTCCAGGTAACAATTGTCTGTGAATTCGACTGATTTTGCGTTGGTGAGGGTATTCAGATCGGATAATTGAAGATGGACGGGGAGAAATTCAATATGAAGAATCCTGCCGTCAAGAGGATCCTGCAGGAAGTGA
AGGAAATGCAGAACAATCCCAGCGACGAATATATGAGCCTTCCATTAGAGGATAATATATTTGAGTGGCAGTTTGCCATTAGAGGACCCCGGGAAACGGAGTTTGAAGGCGGTATTTATCATGGTCGAATCCAGTTGCCTCCAGATTACCCATTGAAGCCTCCTTCCTTTATGTTATTGACGCCCAATGGAAGATTTGAA
ACTCAGACGAAAATATGCTTGAGCATTTCGAATTATCACCCTGAGCATTGGCAACCATCATGGAGCGTTCGAGCTGCATTGGTAGCACTTATTGCATTCATGCCAACAAAACCAGAAGGAGCAGTTGGATCTCTTGATTACTCCAAGGAAGAAAGGACTGCACTTGCTGTGAAGTCCCGTACACATCCACCAAAGTTTGG
AAATGCAGATCGTCAAAGATTAATTAATGAGGTTCATGAATATATGTTGAATAAGTCTCTTCCTGTACCTGAATGCTGTGCTGTGACAAATAATCAAGACACATGCAAACAATCTGTGATGTCTGATGTTGAGGACCAAGCCAATATAGTCGCAGCTGCGACTGCAGAACATCCCCAGGCAGGAGAACCTGAGATGGTCG
GAAATGTGAGTGACATGCATGTGAATGCTAATGCATCTACCCCAGGACTGAGAGTCCGTGGAGAGTTGAGATTATCTACAGAACCTGTTGTTGAAGTCACACAGACTGAACAGAGGAATCAAGAAGGGAGAAATAACTTAACAATTAGAGAACAGACATCACCTGACGACAGAGGGTTGACACTGTTAGCAGTCGGTTTA
ACTGTGGCTATTATTGCGCTTCTTATAAAGAAGTTTTTGAAGTCATACTGGTGGATTGGTCCCTAAGTATGCAATATTCTATGTATTTTGTCTTTTATGGAATTGTAATCTGTGAATATATGGTTATAGTGAACTCCTGTAATTTTGGTTTGATTTAAAGTTTACCTCGTACAAAGTTATTGAGAATTATTCTATTTGAA
CAACAGTTCAATTAATTTCAAGAATGAGGGCTATAGATCACTTTTTTGAACTTTGTCTCTATTTTCTTTTCTGCATGTGTGTTGGTTTGTGTAGTTTTAAAGATTGAGTTGTTTGTATCTACATGCCCT

>TRINITY_DN107457_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTGTTATCAAGGAAATGAACTGCATCATTGCAGTGTATGGATTCTGATGATGTTCCATGCCGTGTAGGGTTAAAAACTCTTATTCCTATAGTCCTTTGCATCATTGCTATTGTCCAGTGGGTTTATAGTAATACTTCTAAACATCATATCCACTTTCAAATGAACTAAAAAAGAAAATGCATATAACTTAAACTGCTAC
AGCTCAATGTATTGCAGCATAATGCTTTATCTGGAAGATATAGTCCATCATTATTATTCCCCAGATAATCTCGTGTCTCTGTGGAAAACGCTGTGTTATATCTTGTTTTATGTGATATATATATCATCTTCTAATATTATATAATTTTTGCAGTTCGAGCTGCATTGGTAGCACTTATTGCATTCATGCCAACAAAACCA
GAAGGAGCAGTTGGATCTCTTGATTACTCCAAGGAAGAAAGGACTGCACTTGCTGTGAAGTCCCGTACACATCCACCAAAGTTTGGAAATGCAGATCGTCAAAGATTAATTAATGAGgtttgggttatcatgtctttttatacttcagttaagcagcaaaccgttttttttgggagctacatttaaccagtcactttcat
tcatatcttgtagGTTCATGAATATATGTTGAATAAGTCTCTTCCTGTACCTGAATGCTGTGCTGTGACAAATAATCAAGACACATGCAAACAATCTGTGATGTCTGATGTTGAGGACCAAGCCAATATAGTCGCAGCTGCGACTGCAGAACATCCCCAGGCAGGAGAACCTGAGATGGTCGGAAATGTGAGTGACATGC
ATGTGAATGCTAATGCATCTACCCCAGGACTGAGAGTCCGTGGAGAGTTGAGATTATCTACAGAACCTGTTGTTGAAGTCACACAGACTGAACAGAGGAATCAAGAAGGGAGAAATAACTTAACAATTAGAGAACAGACATCACCTGACGACAGAGGGTTGACACTGTTAGCAGTCGGTTTAACTGTGGCTATTATTGCG
CTTCTTATAAAGAAGTTTTTGAAGTCATACTGGTGGATTGGTCCCTAAGTATGCAATATTCTATGTATTTTGTCTTTTATGGAATTGTAATCTGTGAATATATGGTTATAGTGAACTCCTGTAATTTTGGTTTGATTTAAAGTTTACCTCGTACAAAGTTATTGAGAATTATTCTATTTGAACAACAGTTCAATTAATTT
CAAGAATGAGGGCTATAGATCACTTTTTTGAACTTTGTCTCTATTTTCTTTTCTGCATGTGTGTTGGTTTGTGTAGTTTTAAAGATTGAGTTGTTTGTATCTACATGCCCT

Intron 2 GTAATTTTCA ... ATTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.8	164	3	73
A2	27.18	150	3.3	56
A3	26.63	146	6.8	53
A4	21.62	116	1.5	32
A5	30	70	1.5	30
A6	22.78	651	2.3	192
A7	21.14	634	1	170
A8	22.97	456	2.3	136
A9	22.49	572	3.5	166
A10	26.79	522	1	191

>TRINITY_DN97864_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

GTGCAACGTGGCAATAGTTTGGTGGTCACACAATCAAAGAAAATGATATTTGAAGGCGTCAAATGTTCCATGAAGCCGCCTTCATAAAAAGACATTGAAACCCACTCTTCCACAGGTCAGGAGATCGACTCCCGTGGGCGCTGGAGAACTAATAGTTCCAGGTAACAATTGTCTGTGAATTCGACTGATTTTGCGTTGGT
GAGGGTATTCAGATCGGATAATTGAAGATGGACGGGGAGAAATTCAATATGAAGAATCCTGCCGTCAAGAGGATCCTGCAGGAAGTGAAGGAAATGCAGAACAATCCCAGCGACGAATATATGAGCCTTCCATTAGAGGATAATATATTTGAGTGGCAGTTTGCCATTAGAGGACCCCGGGAAACGGAGTTTGAAGGCGG
TATTTATCATGGTCGAATCCAGTTGCCTCCAGATTACCCATTGAAGCCTCCTTCCTTTATGTTATTGACGCCCAATGGAAGATTTGAAACTCAGACGAAAATATGCTTGAGCATTTCGAATTATCACCCTGAGCATTGGCAACCATCATGGAGCGTTCGAGCTGCATTGGTAGCACTTATTGCATTCATGCCAACAAAAC
CAGAAGGAGCAGTTGGATCTCTTGATTACTCCAAGGAAGAAAGGACTGCACTTGCTGTGAAGTCCCGTACACATCCACCAAAGTTTGGAAATGCAGATCGTCAAAGATTAATTAATGAGGTTCATGAATATATGTTGAATAAGTCTCTTCCTGTACCTGAATGCTGTGCTGTGACAAATAATCAAGACACATGCAAACAA
TCTGTGATGTCTGATGTTGAGGACCAAGCCAATATAGTCGCAGCTGCGACTGCAGAACATCCCCAGGCAGGAGAACCTGAGATGGTCGGAAATGTGAGTGACATGCATGTGAATGCTAATGCATCTACCCCAGGACTGAGAGTCCGTGGAGAGTTGAGATTATCTACAGAACCTGTTGTTGAAGTCACACAGACTGAACA
GAGGAATCAAGAAGGGAGAAATAACTTAACAATTAGAGAACAGACATCACCTGACGACAGAGGGTTGACACTGTTAGCAGTCGGTTTAACTGTGGCTATTATTGCGCTTCTTATAAAGAAGTTTTTGAAGTCATACTGGTGGATTGGTCCCTAAGTATGCAATATTCTATGTATTTTGTCTTTTATGGAATTGTAATCTG
TGAATATATGGTTATAGTGAACTCCTGTAATTTTGGTTTGATTTAAAGTTTACCTCGTACAAAGTTATTGAGAATTATTCTATTTGAACAACAGTTCAATTAATTTCAAGAATGAGGGCTATAGATCACTTTTTTGAACTTTGTCTCTATTTTCTTTTCTGCATGTGTGTTGGTTTGTGTAGTTTTAAAGATTGAGTTGT
TTGTATCTACATGCCCATCTCCCAAATTCAAAATGATGGTTGTAGCTGCAAAATGTTGAATTAATTTTCTAGAGCAGGTACAACTTGCTTGTGTAAAAGGAGTATCAAATTTACCATAAATTTAAGC

>TRINITY_DN97864_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCCAATGGAAGATTTGAAACTCAGACGAAAATATGCTTGAGCATTTCGAATTATCACCCTGAGCATTGGCAACCATCATGGAGCGgtaattttcaattattctgatatttattcatttttaaggtgtagaacaatcttattccttgttatatagattattatggaggttgtagcttagtcaaaccgtgtgatctccccat
gcattattaacataggaactaagtaaattagtctacccatgtgtggacctaaactctttaaattctttgtttttgctatggtttcttgagtttcactcatcaggagatctctatgtagtcttgagatgcttatgctttttaggtcctttctcaaacttggtcacattcctatgtcctgtatttctggtcattttgttttg
gagcaaggaatataggaacgttagtatttcaaggtttgttcttcttttccaagtattcaattgttcaatctctattctctctggttaattggttattctcatatgttatcgtgcacagatattgttcacagtaaatgggtatggtaggtacctgtttattgggcattccttatcaaaatatagagattgtgtaaccctgt
tttatttcgggtaaagcaatttttgcttataaatatatgctataattgctccaatttgaaggagtttaggagtgtcaatggaatatgatgggttccctctgcaatttcaagaggaattccttgctgttatcaaggaaatgaactgcatcattgcagtgtatggattctgatgatgttccatgccgtgtagggttaaaaac
tcttattcctatagtcctttgcatcattgctattgtccagtgggtttatagtaatacttctaaacatcatatccactttcaaatgaactaaaaaagaaaatgcatataacttaaactgctacagctcaatgtattgcagcataatgctttatctggaagatatagtccatcattattattccccagataatctcgtgtct
ctgtggaaaacgctgtgttatatcttgttttatgtgatatatatatcatcttctaatattatataatttttgcagTTCGAGCTGCATTGGTAGCACTTATTGCATTCATGCCAACAAAACCAGAAGGAGCAGTTGGATCTCTTGATTACTCCAAGGAAGAAAGGACTGCACTTGCTGTGAAGTCCCGTACACATCCACCA
AAGTTTGGAAATGCAGATCGTCAAAGATTAATTAATGAGGTTCATGAATATATGTTGAATAAGTCTCTTCCTGTACCTGAATGCTGTGCTGTGACAAATAATCAAGACACATGCAAACAATCTGTGATGTCTGATGTTGAGGACCAAGCCAATATAGTCGCAGCTGCGACTGCAGAACATCCCCAGGCAGGAGAACCTGA
GATGGTCGGAAATGTGAGTGACATGCATGTGAATGCTAATGCATCTACCCCAGGACTGAGAGTCCGTGGAGAGTTGAGATTATCTACAGAACCTGTTGTTGAAGTCACACAGACTGAACAGAGGAATCAAGAAGGGAGAAATAACTTAACAATTAGAGAACAGACATCACCTGACGACAGAGGGTTGACACTGTTAGCAG
TCGGTTTAACTGTGGCTATTATTGCGCTTCTTATAAAGAAGTTTTTGAAGTCATACTGGTGGATTGGTCCCTAAGTATGCAATATTCTATGTATTTTGTCTTTTATGGAATTGTAATCTGTGAATATATGGTTATAGTGAACTCCTGTAATTTTGGTTTGATTTAAAGTTTACCTCGTACAAAGTTATTGAGAATTATTC
TATTTGAACAACAGTTCAATTAATTTCAAGAATGAGGGCTATAGATCACTTTTTTGAACTTTGTCTCTATTTTCTTTTCTGCATGTGTGTTGGTTTGTGTAGTTTTAAAGATTGAGTTGTTTGTATCTACATGCCCATCTCCCAAATTCAAAATGATGGTTGTAGCTGCAAAATGTTGAATTAATTTTCTAGAGCAGGTA
CAACTTGCTTGTGTAAAAGGAGTATCAAATTTACCATAAATTTAAGC

Intron 3 GTTTGGGTTA ... TATCTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.13	137	5	51
A2	19.84	101	0	25
A3	18.99	145	1	34
A4	25.53	105	1	36
A5	26.76	52	0	19
A6	18.32	575	3	129
A7	22.46	528	3	153
A8	22.66	454	8	133
A9	21.95	480	7	135
A10	21.48	482.5	3	132

>TRINITY_DN29741_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AAGACATTGAAACCCACTCTTCCACAGGTCAGGAGATCGACTCCCGTGGGCGCTGGAGAACTAATAGTTCCAGGTAACAATTGTCTGTGAATTCGACTGATTTTGCGTTGGTGAGGGTATTCAGATCGGATAATTGAAGATGGACGGGGAGAAATTCAATATGAAGAATCCTGCCGTCAAGAGGATCCTGCAGGAAGTGA
AGGAAATGCAGAACAATCCCAGCGACGAATATATGAGCCTTCCATTAGAGGATAATATATTTGAGTGGCAGTTTGCCATTAGAGGACCCCGGGAAACGGAGTTTGAAGGCGGTATTTATCATGGTCGAATCCAGTTGCCTCCAGATTACCCATTGAAGCCTCCTTCCTTTATGTTATTGACGCCCAATGGAAGATTTGAA
ACTCAGACGAAAATATGCTTGAGCATTTCGAATTATCACCCTGAGCATTGGCAACCATCATGGAGCGTTCGAGCTGCATTGGTAGCACTTATTGCATTCATGCCAACAAAACCAGAAGGAGCAGTTGGATCTCTTGATTACTCCAAGGAAGAAAGGACTGCACTTGCTGTGAAGTCCCGTACACATCCACCAAAGTTTGG
AAATGCAGATCGTCAAAGATTAATTAATGAGGTTCATGAATATATGTTGAATAAGTCTCTTCCTGTACCTGAATGCTGTGCTGTGACAAATAATCAAGACACATGCAAACAATCTGTGATGTCTGATGTTGAGGACCAAGCCAATATAGTCGCAGCTGCGACTGCAGAACATCCCCAGGCAGGAGAACCTGAGATGGTCG
GAAATGTGAGTGACATGCATGTGAATGCTAATGCATCTACCCCAGGACTGAGAGTCCGTGGAGAGTTGAGATTATCTACAGAACCTGTTGTTGAAGTCACACAGACTGAACAGAGGAATCAAGAAGGGAGAAATAACTTAACAATTAGAGAACAGACATCACCTGACGACAGAGGGTTGACACTGTTAGCAGTCGGTTTA
ACTGTGGCTATTATTGCGCTTCTTATAAAGAAGTTTTTGAAGTCATACTGGTGGATTGGTCCCTAAGTATGCAATATTCTATGTATTTTGTCTTTTATGGAATTGTAATCTGTGAATATATGGTTATAGTGAACTCCTGTAATTTTGGTTTGATTTAAAGTTTACCTCGTACAAAGTTATTGAGAATTATTCTATTTGAA
CAACAGTTCAATTAATTTCAAGAATGAGGGCTATAGATCACTTTTTTGAACTTTG

>TRINITY_DN29741_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTCAAAGATTAATTAATGAGgtttgggttatcatgtctttttatacttcagttaagcagcaaaccgtttttttttgggagctacatttaaccagtcactttcattcatatcttgtagGTTCATGAATATATGTTGAATAAGTCTCTTCCTGTACCTGAATGCTGTGCTGTGACAAATAATCAAGACACATGCAAACAATC
TGTGATGTCTGATGTTGAGGACCAAGCCAATATAGTCGCAGCTGCGACTGCAGAACATCCCCAGGCAGGAGAACCTGAGATGGTCGGAAATGTGAGTGACATGCATGTGAATGCTAATGCATCTACCCCAGGACTGAGAGTCCGTGGAGAGTTGAGATTATCTACAGAACCTGTTGTTGAAGTCACACAGACTGAACAGA
GGAATCAAGAAGGGAGAAATAACTTAACAATTAGAGAACAGACATCACCTGACGACAGAGGGTTGACACTGTTAGCAGTCGGTTTAACTGTGGCTATTATTGCGCTTCTTATAAAGAAGTTTTTGAAGTCATACTGGTGGATTGGTCCCTAAGTATGCAATATTCTATGTATTTTGTCTTTTATGGAATTGTAATCTGTG
AATATATGGTTATAGTGAACTCCTGTAATTTTGGTTTGATTTAAAGTTTACCTCGTACAAAGTTATTGAGAATTATTCTATTTGAACAACAGTTCAATTAATTTCAAGAATGAGGGCTATAGATCACTTTTTTGAACTTTG

Intron 4 GTACTGATCT ... GGGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.35	375	105	75
A2	18.34	383	112	60
A3	19.33	409	116	80
A4	19.4	376	111	70
A5	20.69	207	80	28
A6	18.93	1278	430	167
A7	18.3	1324	456	137
A8	17.17	791	240	88
A9	17.43	1049	317	126
A10	18.4	1468	487	175

>TRINITY_DN105832_c0_g2_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

TAAAAAGACATTGAAACCCACTCTTCCACAGGTCAGGAGATCGACTCCCGTGGGCGCTGGAGAACTAATAGTTCCAGGTAACAATTGTCTGTGAATTCGACTGATTTTGCGTTGGTGAGGGTATTCAGATCGGATAATTGAAGATGGACGGGGAGAAATTCAATATGAAGAATCCTGCCGTCAAGAGGATCCTGCAGGAA
GTGAAGGAAATGCAGAACAATCCCAGCGACGAATATATGAGCCTTCCATTAGAGGATAATATATTTGAGTGGCAGTTTGCCATTAGAGGACCCCGGGAAACGGAGTTTGAAGGCGGTATTTATCATGGTCGAATCCAGTTGCCTCCAGATTACCCATTGAAGCCTCCTTCCTTTATGTTATTGACGCCCAATGGAAGATT
TGAAACTCAGACGAAAATATGCTTGAGCATTTCGAATTATCACCCTGAGCATTGGCAACCATCATGGAGCGTTCGAGCTGCATTGGTAGCACTTATTGCATTCATGCCAACAAAACCAGAAGGAGCAGTTGGATCTCTTGATTACTCCAAGGAAGAAAGGACTGCACTTGCTGTGAAGTCCCGTACACATCCACCAAAGT
TTGGAAATGCAGATCGTCAAAGATTAATTAATGAGGTTCATGAATATATGTTGAATAAGTCTCTTCCTGTACCTGAATGCTGTGCTGTGACAAATAATCAAGACACATGCAAACAATCTGTGATGTCTGATGTTGAGGACCAAGCCAATATAGTCGCAGCTGCGACTGCAGAACATCCCCAGGCAGGAGAACCTGAGATG
GTCGGAAATGTGAGTGACATGCATGTGAATGCTAATGCATCTACCCCAGGACTGAGAGTCCGTGGAGAGTTGAGATTATCTACAGAACCTGTTGTTGAAGTCACACAGACTGAACAGAGGAATCAAGAAGGGAGAAATAACTTAACAATTAGAGAACAGACATCACCTGACGACAGAGGGTTGACACTGTTAGCAGTCGG
TTTAACTGTGGCTATTATTGCGCTTCTTATAAAGAAGTTTTTGAAGTCATACTGGTGGATTGGTCCCTAAGTATGCAATATTCTATGTATTTTGTCTTTTATGGAATTGTAATCTGTGAATATATGGTTATAGTGAACTCCTGTAATTTTGGTTTGATTTAAAGTTTACCTCGTACAAAGTTATTGAGAATTATTCTATT
TGAACAACAGTTCAATTAATTTCAAGAATGAGGGCTATAGATCACTTTTTTGAACTTTGTCTCTATTTTCTTTTCTGCATGTGTGTTGGTTTGTGTAGTTTTAAAGATTGAGTTGTTTGTATCTACATGCCCATCTCCCAAATTCAAAATGATGGTTGTAGCTGCAAAATGTTGAATTAATTTTCTAGAGCAGGTACAAC
TTGCTTGTGTAAAAGGAGTATCAAATTTACCATAAATTTAAGCAGGGATGCATCACGAGACATACAGCGCGGAAACCCAGCATTTCCCTGTGATCTAAGCTAATGTCCATGAAATGAGCAGGGGATGGCCTTAAGCGCTTAGACTGGAAAATGAAAAAACACTAACCCTGA

>TRINITY_DN105832_c0_g2_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TAAAAAGACATTGAAACCCACTCTTCCACAGGTCAGGAGATCGACTCCCGTGGGCGCTGGAGAACTAATAGTTCCAGGTAACAATTGTCTGTGAATTCGACTGATTTTGCGTTGGTGAGGGTATTCAGATCGGATAATTGAAGATGGACGGGGAGAAATTCAATATGAAGAATCCTGCCGTCAAGAGGATCCTGCAGGAA
GTGAAGGAAATGCAGAACAATCCCAGCGACGAATATATGAGCCTTCCATTAGAGgtactgatctactttccctccatttcgtagagatccaatagcattcatccggttttttggtcggtctgcaatttaatttttataacctgttgtgtgggtgtaatcaaatgaaggtgtcatgtcagggttttcgagagaaaaaaaag
gaagagaatatgattaatttaggatttcttgatgggatattttctctttccttttgttttgagcagatagtttaggtggtttttgaacagcttgtcttggggttttcagGATAATATATTTGAGTGGCAGTTTGCCATTAGAGGACCCCGGGAAACGGAGTTTGAAGGCGGTATTTATCATGGTCGAATCCAGTTGCCTC
CAGATTACCCATTGAAGCCTCCTTCCTTTATGTTATTGACGGTATGCTACTTTCCCCTTTTAAATAGTGTTGTTGAATGTAATGGCTTTGCGGTTTGATTTTGACACTGTCACTGGCACACATAGAGATCGAATGCACAATTCAACAATAATTCGTTTATGTTCTTATATGGTTGAGAGGTTCCAATCTAGGCAATTCTG
AATTCCACAAAGAGTTAACCTTAGCTTTAAGGATTGGGTTGAGTAATGTCAACTCAGTGTGCCTTATTGCGTGCAAGGCTTACCTATCCTTTTGGCCTTTAGAAAGGAATATCTCCTTCTGGATTTGAGGAGAATGTGGATGCTCCGTTCAGTGTATAACCAGATTGCCTTTATTTTCTGATAAATGGATGCCCATTCTG
GTTCAGAAAATTTGGTGGCGTAGCGTAATTTTATAGATGAGCTACCAACTATGCAATTCAATTTAATTACAAATGTTGACCAGCTTGTTACTCTTGGC