sp|Q9ZUT3|ALS3_ARATH ----> Protein ALUMINUM SENSITIVE 3

Intron 1 GTATGTATGG ... TGCAATTTAG

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A3	50	2	0	4
A4	53.33	7	4	12
A5	14.29	3	1	0
A6	52.94	4	3	6
A7	59.18	10	5	24
A8	50	3	2	4
A9	50	9	3	15
A10	53.19	11	4	21

>TRINITY_DN129391_c5_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

TCAATGGCAGCCTGTATTGCTGTTTTTCTCAGTGGATATGATTTGAAGTAGCCTGCAATATCTGTTATGTGTTTACATGAACAACATGCATTGTAGATCAGTCATATTGCATAATAAATAAACAGTTTAATTCATTCACATTAAACCCCTTGTGTTAAAATAGAGGCATAACAATCCAACATTCCTTTCATAACAGTCAT
AGAACATATTTTTGTTAGCAACATGTAGCATATAGTCATAGAATAGATACAGATAGTCACTGAACAGATAAAATAGAACATACCAGCATATCGTTGACAGTTCTCCTAAGCTTAATGAACTTCTGAAATGCAACAAATGTAGAATGTAGAATGGTTGATGCTTCTTTATAGTTTTCTCTTGTTGTGTTTGATTGGTAAAT
TGAGTTGGCATGGATCACAAACTTTTAAATTTGAATGAGTGAATAGGATTGAAGTTGGGGTGATCCGATGACTGGAAAAGAGCCAGTGTTGATCCATGTGCTTATGAACTTGTTTATGGTTGATTTGATTTACTTAATAGTTTGGTGTCATTTATTCCATTTGGAGGGTTGAATTGGGTGTGATCCGGTGGCTGGAAAAG
AGCCAGTGATGATTTGTGTTGATCCCTGTGCTGTTGAGAATGTTAATGGATTGTTTATTGTTGATTTGATTAATTAAATTGGTTTGGTGCCATTTATTGCAGTTGGAGGGTTGAGTGGTGGAACATGCATGCATGAGAAGCTGACCCCCCCCCCCCCTTTAGTGTGCAGTTTGTGAATTTTTGTTCATTTTCTAGGTGCT
TGATGGGGAGAGTTCTATGACCACAACTGGTCCTACACCACTGGTCCCTACACCACTATTGAAGTCTATCTCCTATGCCATTACATATGCAATCAATTATGGATTCCATGAATATAATAATAGAGAACAGTACATTAATTAGTTCCTTGGATATCGCCTCCTTGAAATTTTTCGAATGAGGATTCTATGAAGATAATAAC
GTTGAAATAGTCCATCGATTTGTTACATGGATATCACCTTCCAGAGCATTAGTAACCCATTTTGATGCCCAATCTGACGGTCAATGGATTTGAAGCACACCAGTAGAAACCTGCCCATGATAGGAGAAGCTGTAATCTCCACTGGAAAAACCTACCCAGGTCTCTCGAGCGTCCATCCCAAGGTAATATAGCCTTCAAAA
CTAAACCACTGGCACCTGATACAAACCTGTGTGTACTAGTTAAGAACAGAGGACCTTGAATGCTTTGGTTCTTCAAGAAATTTACAGTGTGTCACTAAGTTAAGAACAGAGGAACTTCAAGGCTTTGGTTCTTCAGAAAATTTAAAGTGTGTCACTAGTTAGGAGCGGATAGACGTGGGGTGTAATGGCTTCTCAGTGGG
TAGAGTTTCTTGAAGGAATGGTGAAGCCATTGGCTGCAACAGCAATAGTGGCAGTGGCAGTGGTGCTGTCCTATTTCCAGAAACTTGGCTTGGGGTGGGAGATGGTTTATTCAATAGCAAGGTCATTCCTTCAGCTCTCAATTATTGGATTTGTGCTGCAATTCATATTTGCCCAGAATAATGCTATATGGATCTTGGCA
GCCTACTTTTTCATGGTGATTGTGGCTGGTTATACAGCAGGTCAACGAGCAAAGCATGTCCCACATGGCTCATATGTTGCAGGGGCATCCATTTTAACAGGCACAGGATTGACTATGTTTTTGCTGGTAATATTGGATGTTTTTGATTTTACTCCCCAGTACATCATTCCAGTGGCAGGGATGATGGTTGGAAATGCAAT
GACAGTAACTGGTGTAACTATGAAGAGGCTGCGGGATGACCTCAAAATTCAGCAGAATTTGGTTGAGGCAGCCCTTGCTCTTGGAGCAACTCCTAGGCAAGCAACAGTTCAGCAGGTGAGAAGGGCCTTGATAATTGCACTGTCGCCAGTTTTGGATAATGCAAAAACAGTTGGACTCATTTCTCTCCCTGGAGCAATGA
CTGGTCTAATAATGGGAGGTGCCTCCCCTCTTGAAGCAATAAGTCTTCAAATTATTGTCATGAATATGATGATAGGCGCCACAACATTCAGTAGTATTATGTCAACCTACCTCAGTTGGCCATCGTTTTTCACAAAAGCATATCAACTTGAGACAAAGGTTTTCATGGCAGAATAGGATTTCATAGTGATCAATGACTAG
GTTTTCATGTCAGAATAGGATTTCATAGTGATCAACTACAGGCAATCTTGGACACCCAGTCAACATGTCAGATCATCTTCTGGTGAGAAAAGGTCAACTTGCTCAATTATAGACTTATTGCTTTCCTGAAATTTTCTTAAACTTGTCTTGGCCAGTCTGATTTGGAAATATGTTGGGCCCTGGCCATTACCTGCGTTCCT
AGTTTTTGTCCACACATAAGAAGGATAAGGCATGTCGTTCCATCAGTTTCAAGCAACGTGTCCTATTTTATTATACTTATTACATCTCCATGATTCAGATGGGGAATAAAAGGAATGCAGAGGAATCCTCACATAAGCAATCTAGCACTTTAGTTCAAGGAATCAATGTACAGTGTAATATTATTCAACGATTTTGACTA
TTTTCAAAATGTTTTATGTAATGATTGTGACTTTTCAAATTGGATTCGAACAAACCATTGTTTGCTTGTGTCACTAATGTCTCTAATTTGAAGTTGTAAGCTGGC

>TRINITY_DN129391_c5_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCAATGGCAGCCTGTATTGCTGTTTTTCTCAGTGGATATGATTTGAAGTAGCCTGCAATATCTGTTATGTGTTTACATGAACAACATGCATTGTAGATCAGTCATATTGCATAATAAATAAACAGTTTAATTCATTCACATTAAACCCCTTGTGTTAAAATAGAGGCATAACAATCCAACATTCCTTTCATAACAGTCAT
AGAACATATTTTTGTTAGCAACATGTAGCATATAGTCATAGAATAGATACAGATAGTCACTGAACAGATAAAATAGAACATACCAGCATATCGTTGACAGTTCTCCTAAGCTTAATGAACTTCTGAAATGCAACAAATGTAGAATGTAGAATGGTTGATGCTTCTTTATAGTTTTCTCTTGTTGTGTTTGATTGGTAAAT
TGAGTTGGCATGGATCACAAACTTTTAAATTTGAATGAGTGAATAGGATTGAAGTTGGGGTGATCCGATGACTGGAAAAGAGCCAGTGTTGATCCATGTGCTTATGAACTTGTTTATGGTTGATTTGATTTACTTAATAGTTTGGTGTCATTTATTCCATTTGGAGGGTTGAATTGGGTGTGATCCGGTGGCTGGAAAAG
AGCCAGTGATGATTTGTGTTGATCCCTGTGCTGTTGAGAATGTTAATGGATTGTTTATTGTTGATTTGATTAATTAAATTGGTTTGGTGCCATTTATTGCAGTTGGAGGGTTGAGTGGTGGAACATGCATGCATGAGAAGCTGACCCCCCCCCCCCCTTTAGTGTGCAGgtatgtatggcaccccccccaatcagtgtgt
aggtatgaatggtagctggtttcagtgggctcactgacgtatgtatatcctctagtggagattcgttgggtttgaagtgataggcaatctgtacttgtggactgggcaatgttggaagtcttaaggttcaattagatctttatgtcagagaatgtttggatgtggcagggacaagatgggttgtagttttggactgtcag
ttatgtacaattgacattaataggactgtttgtaaacaactatgggtctagtcatcttaatgcttgcttttatacctattttggactttatatatattcaaataatataacttgcaatttagTTTGTGAATTTTTGTTCATTTTCTAGGTGCTTGATGGGGAGAGTTCTATGACCACAACTGGTCCTACACCACTGGTCC
CTACACCACTATTGAAGTCTATCTCCTATGCCATTACATATGCAATCAATTATGGATTCCATGAATATAATAATAGAGAACAGTACATTAATTAGTTCCTTGGATATCGCCTCCTTGAAATTTTTCGAATGAGGATTCTATGAAGATAATAACGTTGAAATAGTCCATCGATTTGTTACATGGATATCACCTTCCAGAGC
ATTAGTAACCCATTTTGATGCCCAATCTGACGGTCAATGGATTTGAAGCACACCAGTAGAAACCTGCCCATGATAGGAGAAGCTGTAATCTCCACTGGAAAAACCTACCCAGGTCTCTCGAGCGTCCATCCCAAGGTAATATAGCCTTCAAAACTAAACCACTGGCACCTGATACAAACCTGTGTGTACTAGTTAAGAAC
AGAGGACCTTGAATGCTTTGGTTCTTCAAGAAATTTACAGTGTGTCACTAAGTTAAGAACAGAGGAACTTCAAGGCTTTGGTTCTTCAGAAAATTTAAAGTGTGTCACTAGTTAGGAGCGGATAGACGTGGGGTGTAATGGCTTCTCAGTGGGTAGAGTTTCTTGAAGGAATGGTGAAGCCATTGGCTGCAACAGCAATA
GTGGCAGTGGCAGTGGTGCTGTCCTATTTCCAGAAACTTGGCTTGGGGTGGGAGATGGTTTATTCAATAGCAAGGTCATTCCTTCAGCTCTCAATTATTGGATTTGTGCTGCAATTCATATTTGCCCAGAATAATGCTATATGGATCTTGGCAGCCTACTTTTTCATGGTGATTGTGGCTGGTTATACAGCAGGTCAACG
AGCAAAGCATGTCCCACATGGCTCATATGTTGCAGGGGCATCCATTTTAACAGGCACAGGATTGACTATGTTTTTGCTGGTAATATTGGATGTTTTTGATTTTACTCCCCAGTACATCATTCCAGTGGCAGGGATGATGGTTGGAAATGCAATGACAGTAACTGGTGTAACTATGAAGAGGCTGCGGGATGACCTCAAAA
TTCAGCAGAATTTGGTTGAGGCAGCCCTTGCTCTTGGAGCAACTCCTAGGCAAGCAACAGTTCAGCAGGTGAGAAGGGCCTTGATAATTGCACTGTCGCCAGTTTTGGATAATGCAAAAACAGTTGGACTCATTTCTCTCCCTGGAGCAATGACTGGTCTAATAATGGGAGGTGCCTCCCCTCTTGAAGCAATAAGTCTT
CAAATTATTGTCATGAATATGATGATAGGCGCCACAACATTCAGTAGTATTATGTCAACCTACCTCAGTTGGCCATCGTTTTTCACAAAAGCATATCAACTTGAGACAAAGGTTTTCATGGCAGAATAGGATTTCATAGTGATCAATGACTAGGTTTTCATGTCAGAATAGGATTTCATAGTGATCAACTACAGGCAATC
TTGGACACCCAGTCAACATGTCAGATCATCTTCTGGTGAGAAAAGGTCAACTTGCTCAATTATAGACTTATTGCTTTCCTGAAATTTTCTTAAACTTGTCTTGGCCAGTCTGATTTGGAAATATGTTGGGCCCTGGCCATTACCTGCGTTCCTAGTTTTTGTCCACACATAAGAAGGATAAGGCATGTCGTTCCATCAGT
TTCAAGCAACGTGTCCTATTTTATTATACTTATTACATCTCCATGATTCAGATGGGGAATAAAAGGAATGCAGAGGAATCCTCACATAAGCAATCTAGCACTTTAGTTCAAGGAATCAATGTACAGTGTAATATTATTCAACGATTTTGACTATTTTCAAAATGTTTTATGTAATGATTGTGACTTTTCAAATTGGATTC
GAACAAACCATTGTTTGCTTGTGTCACTAATGTCTCTAATTTGAAGTTGTAAGCTGGC

Intron 2 GTATGTATGG ... CATTTTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.28	19	7.3	20
A2	35.71	18	4	10
A3	36.36	21	0	12
A4	40.91	13	3.3	9
A5	11.11	8	1	1
A6	36	32	2	18
A7	45.71	38	4.7	32
A8	37.04	17	1.7	10
A9	46.67	32	3	28
A10	45.16	51	3.7	42

>TRINITY_DN129391_c5_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

ATGGTATTCTGCCCCGTTCATTTTTTCCCGGGCCCGATATGTGGGCCTTTGCCCACCCTAGTAGTGGTGCACCTTGGCTCATTTGATGGCGACGTTGCATGCTGGTGCTAGTACGTCGGTGGTTCCATGGCGGTCTTGCCTGGCTCTTGTTTCGGACCGTCTACTCATTTGATGTTTCGTGGAGTTGTTGCTTGGTGGTT
CTTCACGGTCTGGTGTGTTGGTGTTGTGTGGACCCTCTGCTGCGATTTTTTGGCCTGCGTGGTTGACTCTGTGAAGCTGCTTCTTGGTCCAAAAACGACCTTTGCAATCAAGGTAGCGGCAGGAGGGAGGCGATGGCATCCATTGGATGGCAGCACGTGTTTGTTTTGGATGGCAGTGCGTGTTCTCTGTTGGAGGGTTG
AGTGGTGGAACATGCATGCATGAGAAGCTGACCCCCCCCCCCCCTTTAGTGTGCAGGTGCTTGATGGGGAGAGTTCTATGACCACAACTGGTCCTACACCACTGGTCCCTACACCACTATTGAAGTCTATCTCCTATGCCATTACATATGCAATCAATTATGGATTCCATGAATATAATAATAGAGAACAGTACATTAAT
TAGTTCCTTGGATATCGCCTCCTTGAAATTTTTCGAATGAGGATTCTATGAAGATAATAACGTTGAAATAGTCCATCGATTTGTTACATGGATATCACCTTCCAGAGCATTAGTAACCCATTTTGATGCCCAATCTGACGGTCAATGGATTTGAAGCACACCAGTAGAAACCTGCCCATGATAGGAGAAGCTGTAATCTC
CACTGGAAAAACCTACCCAGGTCTCTCGAGCGTCCATCCCAAGGTAATATAGCCTTCAAAACTAAACCACTGGCACCTGATACAAACCTGTGTGTACTAGTTAAGAACAGAGGACCTTGAATGCTTTGGTTCTTCAAGAAATTTACAGTGTGTCACTAAGTTAAGAACAGAGGAACTTCAAGGCTTTGGTTCTTCAGAAA
ATTTAAAGTGTGTCACTAGTTAGGAGCGGATAGACGTGGGGTGTAATGGCTTCTCAGTGGGTAGAGTTTCTTGAAGGAATGGTGAAGCCATTGGCTGCAACAGCAATAGTGGCAGTGGCAGTGGTGCTGTCCTATTTCCAGAAACTTGGCTTGGGGTGGGAGATGGTTTATTCAATAGCAAGGTCATTCCTTCAGCTCTC
AATTATTGGATTTGTGCTGCAATTCATATTTGCCCAGAATAATGCTATATGGATCTTGGCAGCCTACTTTTTCATGGTGATTGTGGCTGGTTATACAGCAGGTCAACGAGCAAAGCATGTCCCACATGGCTCATATGTTGCAGGGGCATCCATTTTAACAGGCACAGGATTGACTATGTTTTTGCTGGTAATATTGGATG
TTTTTGATTTTACTCCCCAGTACATCATTCCAGTGGCAGGGATGATGGTTGGAAATGCAATGACAGTAACTGGTGTAACTATGAAGAGGCTGCGGGATGACCTCAAAATTCAGCAGAATTTGGTTGAGGCAGCCCTTGCTCTTGGAGCAACTCCTAGGCAAGCAACAGTTCAGCAGGTGAGAAGGGCCTTGATAATTGCA
CTGTCGCCAGTTTTGGATAATGCAAAAACAGTTGGACTCATTTCTCTCCCTGGAGCAATGACTGGTCTAATAATGGGAGGTGCCTCCCCTCTTGAAGCAATAAGTCTTCAAATTATTGTCATGAATATGATGATAGGCGCCACAACATTCAGTAGTATTATGTCAACCTACCTCAGTTGGCCATCGTTTTTCACAAAAGC
ATATCAACTTGAGACAAAGGTTTTCATGGCAGAATAGGATTTCATAGTGATCAATGACTAGGTTTTCATGTCAGAATAGGATTTCATAGTGATCAACTACAGGCAATCTTGGACACCCAGTCAACATGTCAGATCATCTTCTGGTGAGAAAAGGTCAACTTGCTCAATTATAGACTTATTGCTTTCCTGAAATTTTCTTA
AACTTGTCTTGGCCAGTCTGATTTGGAAATATGTTGGGCCCTGGCCATTACCTGCGTTCCTAGTTTTTGTCCACACATAAGAAGGATAAGGCATGTCGTTCCATCAGTTTCAAGCAACGTGTCCTATTTTATTATACTTATTACATCTCCATGATTCAGATGGGGAATAAAAGGAATGCAGAGGAATCCTCACATAAGCA
ATCTAGCACTTTAGTTCAAGGAATCAATGTACAGTGTAATATTATTCAACGATTTTGACTATTTTCAAAATGTTTTATGTAATGATTGTGACTTTTCAAATTGGATTCGAACAAACCATTGTTTGCTTGTGTCACTAATGTCTCTAATTTGAAGTTGTAAGCTGGC

>TRINITY_DN129391_c5_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCAATGGCAGCCTGTATTGCTGTTTTTCTCAGTGGATATGATTTGAAGTAGCCTGCAATATCTGTTATGTGTTTACATGAACAACATGCATTGTAGATCAGTCATATTGCATAATAAATAAACAGTTTAATTCATTCACATTAAACCCCTTGTGTTAAAATAGAGGCATAACAATCCAACATTCCTTTCATAACAGTCAT
AGAACATATTTTTGTTAGCAACATGTAGCATATAGTCATAGAATAGATACAGATAGTCACTGAACAGATAAAATAGAACATACCAGCATATCGTTGACAGTTCTCCTAAGCTTAATGAACTTCTGAAATGCAACAAATGTAGAATGTAGAATGGTTGATGCTTCTTTATAGTTTTCTCTTGTTGTGTTTGATTGGTAAAT
TGAGTTGGCATGGATCACAAACTTTTAAATTTGAATGAGTGAATAGGATTGAAGTTGGGGTGATCCGATGACTGGAAAAGAGCCAGTGTTGATCCATGTGCTTATGAACTTGTTTATGGTTGATTTGATTTACTTAATAGTTTGGTGTCATTTATTCCATTTGGAGGGTTGAATTGGGTGTGATCCGGTGGCTGGAAAAG
AGCCAGTGATGATTTGTGTTGATCCCTGTGCTGTTGAGAATGTTAATGGATTGTTTATTGTTGATTTGATTAATTAAATTGGTTTGGTGCCATTTATTGCAGTTGGAGGGTTGAGTGGTGGAACATGCATGCATGAGAAGCTGACCCCCCCCCCCCCTTTAGTGTGCAGgtatgtatggcaccccccccaatcagtgtgt
aggtatgaatggtagctggtttcagtgggctcactgacgtatgtatatcctctagtggagattcgttgggtttgaagtgataggcaatctgtacttgtggactgggcaatgttggaagtcttaaggttcaattagatctttatgtcagagaatgtttggatgtggcagggacaagatgggttgtagttttggactgtcag
ttatgtacaattgacattaataggactgtttgtaaacaactatgggtctagtcatcttaatgcttgcttttatacctattttggactttatatatattcaaataatataacttgcaatttagtttgtgaatttttgttcattttctagGTGCTTGATGGGGAGAGTTCTATGACCACAACTGGTCCTACACCACTGGTCC
CTACACCACTATTGAAGTCTATCTCCTATGCCATTACATATGCAATCAATTATGGATTCCATGAATATAATAATAGAGAACAGTACATTAATTAGTTCCTTGGATATCGCCTCCTTGAAATTTTTCGAATGAGGATTCTATGAAGATAATAACGTTGAAATAGTCCATCGATTTGTTACATGGATATCACCTTCCAGAGC
ATTAGTAACCCATTTTGATGCCCAATCTGACGGTCAATGGATTTGAAGCACACCAGTAGAAACCTGCCCATGATAGGAGAAGCTGTAATCTCCACTGGAAAAACCTACCCAGGTCTCTCGAGCGTCCATCCCAAGGTAATATAGCCTTCAAAACTAAACCACTGGCACCTGATACAAACCTGTGTGTACTAGTTAAGAAC
AGAGGACCTTGAATGCTTTGGTTCTTCAAGAAATTTACAGTGTGTCACTAAGTTAAGAACAGAGGAACTTCAAGGCTTTGGTTCTTCAGAAAATTTAAAGTGTGTCACTAGTTAGGAGCGGATAGACGTGGGGTGTAATGGCTTCTCAGTGGGTAGAGTTTCTTGAAGGAATGGTGAAGCCATTGGCTGCAACAGCAATA
GTGGCAGTGGCAGTGGTGCTGTCCTATTTCCAGAAACTTGGCTTGGGGTGGGAGATGGTTTATTCAATAGCAAGGTCATTCCTTCAGCTCTCAATTATTGGATTTGTGCTGCAATTCATATTTGCCCAGAATAATGCTATATGGATCTTGGCAGCCTACTTTTTCATGGTGAGTTTCTGTTACTTTCTGCATTGTCATCG
ATAGAATCAAATTTTTGGGTTTGTTTGGAGTTGGTTTTCAATCGAGAAGCAATTAAAATATGAAAAAGATTATTGGATTTTCTCTGTAATTCTGTGTATGGGGAAGAAGAAGGCCAGTCATTTTCTCGTCCCCATTGTTTTCAATGGGTTGTTGGTGGTGGCCCGGTGGGCTAGAGGCCTACTTTATGTATATCTGTATA
TGGTATATACATCAATTTACACACCAAAAACACAAACACAGGAGCACATATATTGCGTTAAGATTTTTCTTTTTTGTTTCTTTAAAGCCAAGAGAGTATATGTCATATATTGTTTGGAGAAAACCTGGAAACCTTGATCAAACTCAATAAATTGCAATGAATACTGCTGTTGTTTTATAAAGATAATAGTTTCTGTTGGT
TTTTCAATTTTGTGTTAGTATTATTAGGCACCCACGTTTTCACTGTGGTCTCTAAAACTGCACAGAACACTTACAGATTTTTCATCATCACAGTCTAAAGAGGGCTTCACAAGAGCGCACCATACTTGCCATGGATAAGGGCACCATACCTGCCCTGGATACATTCTTAGTTTTAGTTTGTGGGAAG

Intron 3 GTAAGTTTTC ... GCATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.32	105	19	0
A2	21.67	94	26	0
A3	20.11	151	38	0
A4	16.82	89	18	2
A5	2.13	46	1	0
A6	13.01	622	93	0
A7	16.87	670.3	136	0
A8	16.57	518.5	103	0
A9	17.7	539.5	116	0
A10	15.33	475	86	0

>TRINITY_DN43581_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CCGAGGCATGGTATTCTGCCCCGTTCATTTTTTCCCGGGCCCGATATGTGGGCCTTTGCCCACCCTAGTAGTGGTGCACCTTGGCTCATTTGATGGCGACGTTGCATGCTGGTGCTAGTACGTCGGTGGTTCCATGGCGGTCTTGCCTGGCTCTTGTTTCGGACCGTCTACTCATTTGATGTTTCGTGGAGTTGTTGCTT
GGTGGTTCTTCACGGTCTGGTGTGTTGGTGTTGTGTGGACCCTCTGCTGCGATTTTTTGGCCTGCGTGGTTGACTCTGTGAAGCTGCTTCTTGGTCCAAAAACGACCTTTGCAATCAAGGTAGCGGCAGGAGGGAGGCGATGGCATCCATTGGATGGCAGCACGTGTTTGTTTTGGATGGCAGTGCGTGTTCTCTGGTGA
TTGTGGCTGGTTATACAGCAGGTCAACGAGCAAAGCATGTCCCACATGGCTCATATGTTGCAGGGGCATCCATTTTAACAGGCACAGGATTGACTATGTTTTTGCTGGTAATATTGGATGTTTTTGATTTTACTCCCCAGTACATCATTCCAGTGGCAGGGATGATGGTTGGAAATGCAATGACAGTAACTGGTGTAACT
ATGAAGAGGCTGCGGGATGACCTCAAAATTCAGCAGAATTTGGTTGAGGCAGCCCTTGCTCTTGGAGCAACTCCTAGGCAAGCAACAGTTCAGCAGGTGAGAAGGGCCTTGATAATTGCACTGTCGCCAGTTTTGGATAATGCAAAAACAGTTGGACTCATTTCTCTCCCTGGAGCAATGACTGGTCTAATAATGGGAGG
TGCCTCCCCTCTTGAAGCAATAAGTCTTCAAATTATTGTCATGAATATGATGATAGGCGCCACAACATTCAGTAGTATTATGTCAACCTACCTCAGTTGGCCATCGTTTTTCACAAAAGCATATCAACTTGAGACAAAGGTTTTCATGGCAGAATAGGATTTCATAGTGATCAATGACTAGGTTTTCATGTCAGAATAGG
ATTTCATAGTGATCAACTACAGGCAATCTTGGACACCCAGTCAACATGTCAGATCATCTTCTGGTGAGAAAAGGTCAACTTGCTCAATTATAGACTTATTGCTTTCCTGAAATTTTCTTAAACTTGTCTTGGCCAGTCTGATTTGGAAATATGTTGGGCCCTGGCCATTACCTGCGTTCCTAGTTTTTGTCCACACATAA
GAAGGATAAGGCATGTCGTTCCATCAGTTTCAAGCAACGTGTCCTATTTTATTATACTTATTACATCTCCATGATTCAGATGGGGAATAAAAGGAATGCAGAGGAATCCTCACATAAGCAATCTAGCACTTTAGTTCAAGGAATCAATGTACAGTGTAATATTATGCAACGATTTTGACTTTTTTCAAAATGTTTTATGT
AATGATTGTGACTTTTCAAATTGGATTCGAACAAACCATTGTTTGCTTGTGTCACTAATGTCTCTAATTTGAAGTTGTAAGCTGGACTCTTTCTCATGGTATATTGACATCTTCATCATTTCAGCA

>TRINITY_DN43581_c0_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTAAAATCAAGAGCCTTAGGAAAACATCCCTTAAAATGTAAAATTAAGAGCCTTGGATTTTTTTGGACTACTTTGGTGATCTGGCACTCAGATCTGCTTTGGTTCGTTGCAGAAAACCTTCAACTTGGAATGGGGTTTTAAAGTGTCTTCTTGAGTGTGGTTGTTTAGCAAATTCTGCATGGCCATAAGCCTTCAGCTGT
TTGGGATTACCTCTCTGCATGTTCATCTGGCCAAGGGCAGTTTATTTGCCTTTCAGCTGGCTAAGCACAGTTTTGTGGAGCCTCATTATTATCACCTCGCTGAGGACAGTTCCAATCAAAATCTTTCATAAGGTAAGATAGATTGACAGTATCAATCAAGTTGCAGAGATTTTCATTGCAATAGTGTGAACAGGAGTTGA
GATTAACCGTCTCCCTTGACAGTTTCTTCATTTTGACATTGCTGTACATCTCAGATTTATCTTCTTTGGTTGTTGTAAAACAATTTTAAATGTTTTATTATTTACTTTTAAAAGTACTTTTTATTAAATTTTTGGTGGGTCAGCGATGGCGTCCCCCGAAACTTGGGGAGTTTCTCCAGCTGTCCTTGAAACTTATTCCC
TGGGCCCTGAACTGTGGCGAAATGTAGCCCATCCCCAAAACTTGGCGAAAAATAATTGCAAAATTAAGATGTAAACTGTTAACTTTTGGCCTGAAATGTTGACCAAAACGCTGAATGCGAGAGGTAACTGAATTGTATTATCCAAGGGAGTGGGAAACACGTAAAACAGTAAAGACAACCTTAGTGTACTGTTCTCATCA
TCTGCAACAGTAAAACGTTCATGAGATGATACATGCTACCTATGGTTCTCTGAAAATTGTGACATATTTCAAAGGCTTCTTCAATTGTTTTAAACTAAAATTCTAGAAAGCACAGTTTAAATGAATTTAACATCTCAATATTGGAATGAGATATATCAAGTATACTATATGTACATGATAAATTGTATATGACAAAAGCT
TGTACTGCAGAACCATATGAAATATACTTTCCTAGCCCTGCAAATGAATACTAGTAAATAAAAAATTGTCTCTTCAATGATCACTCTATTGATATGATGATGTACAGTAGGTCTAACTATACACCCTCTAATGGCTCTACATTCTCATCATCTGGACATTTCAACTCTACATCATGATTAACCAGCCATCTTCCTTGAAA
TCTGCCTTAAAGTCTAAAGATTCCCTACTTGGTATGATGGCAAATGAATGCCATACACTGTTTGAAAACATGCTATAGCCTATGTATCATACTGTTCTAAGAGGAGCCTTCACCTAGAGTTGGAGGAGATTGATCTAATTAAATTACTAATGGAACAGTATCCTGTATACACAAAGAAAACTGAAAACTATGTAGATACT
ACATCTGACACTACGATAAACATTTAAACCATTTTACTCTTTTAATTATAATATTGCCTTTGTGAGGCTTATCATTTCATTTATTCCTGTTATAGGTTTACCATGATTTTGTAAGTGGGTGTTATTTTCCTTCACACAGTTGGTCTCAAGAAGACTGTTTTTGTTCCAGGTGATTGTGGCTGGTTATACAGCAGGTCAAC
GAGCAAAGCATGTCCCACATGGCTCATATGTTGCAGGGGCATCCATTTTAACAGGCACAGGATTGACTATGTTTTTGCTGGTAATATTGGATGTTTTTGATTTTACTCCCCAGTACATCATTCCAGTGGCAGGGATGATGGTTGGAAATGCAATGACAGTAACTGGTGTAACTATGAAGAGGCTGCGGGATGACCTCAAA
ATTCAGCAGAATTTGgtaagttttcctttatttatttatcatacgggcactccaatgctcaactactcttccctcgtctgcagctctgtatctatcttgtctggaaaagatgctagtctatacatcttagtgagtgcttttgcttctttgttgtttaactcatagaatctgcatgtgcagGTTGAGGCAGCCCTTGCTCT
TG

Intron 4 GTAATATTGG ... GCAATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.7	53	168	181
A2	65.79	52	88	112
A3	72.12	69	164	193
A4	67.61	63	128	135
A5	61.73	31	53	47
A6	66.99	321	591	712
A7	64.12	395	649	763
A8	65.85	250	422	542
A9	68.78	259	530	611
A10	66.26	265	493	548

>TRINITY_DN103523_c1_g1_i11 from sample A5 / Example spliced isoform

CCGAGGCATGGTATTCTGCCCCGTTCATTTTTTCCCGGGCCCGATATGTGGGCCTTTGCCCACCCTAGTAGTGGTGCACCTTGGCTCATTTGATGGCGACGTTGCATGCTGGTGCTAGTACGTCGGTGGTTCCATGGCGGTCTTGCCTGGCTCTTGTTTCGGACCGTCTACTCATTTGATGTTTCGTGGAGTTGTTGCTT
GGTGGTTCTTCACGGTCTGGTGTGTTGGTGTTGTGTGGACCCTCTGCTGCGATTTTTTGGCCTGCGTGGTTGACTCTGTGAAGCTGCTTCTTGGTCCAAAAACGACCTTTGCAATCAAGGTAGCGGCAGGAGGGAGGCGATGGCATCCATTGGATGGCAGCACGTGTTTGTTTTGGATGGCAGTGCGTGTTCTCTGGTGA
TTGTGGCTGGTTATACAGCAGGTCAACGAGCAAAGCATGTCCCACATGGCTCATATGTTGCAGGGGCATCCATTTTAACAGGCACAGGATTGACTATGTTTTTGCTGTAACTGGTGTAACTATGAAGAGGCTGCGGGATGACCTCAAAATTCAGCAGAATTTGGTTGAGGCAGCCCTTGCTCTTGGAGCAACTCCTAGGC
AAGCAACAGTTCAGCAGGTAAGAAGGGCCTTGATACTTGCACTCTCGCCAGTTTTGGATAATGCAAAGACAGTTGGGCTCATTTCTCTC

>TRINITY_DN103523_c1_g1_i7 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CCGAGGCATGGTATTCTGCCCCGTTCATTTTTTCCCGGGCCCGATATGTGGGCCTTTGCCCACCCTAGTAGTGGTGCACCTTGGCTCATTTGATGGCGACGTTGCATGCTGGTGCTAGTACGTCGGTGGTTCCATGGCGGTCTTGCCTGGCTCTTGTTTCGGACCGTCTACTCATTTGATGTTTCGTGGAGTTGTTGCTT
GGTGGTTCTTCACGGTCTGGTGTGTTGGTGTTGTGTGGACCCTCTGCTGCGATTTTTTGGCCTGCGTGGTTGACTCTGTGAAGCTGCTTCTTGGTCCAAAAACGACCTTTGCAATCAAGGTAGCGGCAGGAGGGAGGCGATGGCATCCATTGGATGGCAGCACGTGTTTGTTTTGGATGGCAGTGCGTGTTCTCTGGTGA
TTGTGGCTGGTTATACAGCAGGTCAACGAGCAAAGCATGTCCCACATGGCTCATATGTTGCAGGGGCATCCATTTTAACAGGCACAGGATTGACTATGTTTTTGCTGgtaatattggatgtttttgattttactccccagtacatcattccagtggcagggatgatggttggaaatgcaatgacagTAACTGGTGTAACT
ATGAAGAGGCTGCGGGATGACCTCAAAATTCAGCAGAATTTGGTTGAGGCAGCCCTTGCTCTTGGAGCAACTCCTAGGCAAGCAACAGTTCAGCAGGTGAGAAGGGCCTTGATAATTGCACTGTCGCCAGTTTTGGATAATGCAAAAACAGTTGGACTCATTTCTCTCCCTGGAGCAATGACTGGTCTAATAATGGGAGG
TGCCTCCCCTCTTGAAGCAATAAGTCTTCAAATTATTGTCATGAATATGATGATAGGCGCCACAACATTCAGTAGTATTATGTCAACCTACCTCAGTTGGCCATCGTTTTTCACAAAAGCATATCAACTTGAGACAAAGGTTTTCATGGCAGAATAGGATTTCATAGTGATCAATGACTAGGTTTTCATGTCAGAATAGG
ATTTCATAGTGATCAACTACAGGCAATCTTGGACACCCAGTCAACATGTCAGATCATCTTCTGGTGAGAAAAGGTCAACTTGCTCAATTATAGACTTATTGCTTTCCTGAAATTTTCTTAAACTTGTCTTGGCCAGTCTGATTTGGAAATATGTTGGGCCCTGGCCATTACCTGCGTTCCTAGTTTTTGTCCACACATAA
GAAGGATAAGGCATGTCGTTCCATCAGTTTCAAGCAACGTGTCCTATTTTATTATACTTATTACATCTCCATGATTCAGATGGGGAATAAAAGGAATGCAGAGGAATCCTCACATAAGCAATCTAGCACTTTAGTTCAAGGAATCAATGTACAGTGTAA

Intron 5 GTTTGGACCC ... TCTGTGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A4	1.97	189.3	4.8	8.1
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A6	1.97	1208.8	30.4	64.7
A7	1.94	1013.5	23.9	52.4
A8	1.92	624.5	15.1	28.5
A9	1.75	1033.8	22.3	53.7
A10	1.84	933.6	21.5	40.6

>TRINITY_DN110395_c1_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoform

AGGCATGGTATTCTGCCCCGTTCATTTTTTCCCGGGCCCGATATGTGGGCCTTTGCCCACCCTAGTAGTGGTGCACCTTGGCTCATTTGATGGCGACGTTGCATGCTGGTGCTAGTACGTCGGTGGTTCCATGGCGGTCTTGCCTGGCTCTTGTTTCGGACCGTCTACTCATTTGATGTTTCGTGGAGTTGTTGCTTGGT
GGTTCTTCACGGTCTGGTGTGTTGGTGTTGTGTGGACCCTCTGCTGCGATTTTTTGGCCTGCGTGGTTGACTCTGTGAAGCTGCTTCTTGGTCCAAAAACGACCTTTGCAATCAAGGTAGCGGCAGGAGGGAGGCGATGGCATCCATTGGATGGCAGCACGTGTTTGTTTTGGATGGCAGTGCGTGTTCTCTGGTAGGGA
TACCCTGCCAGCTTCTCCATGCCCGTGTTTTCAACACACTCAATTCATCCATGGATGTTTTTTGCTGGTTATTGTAACTTCATCTCTGGTTTGGTTGGAGGTTGTTACCGGTTCGATGTTTGTCTCTGGTTTGGTTTGTTTGGAGGTTGTCTTTGGTTTTTTACCGGTTCGATGTCTGTATTTTATCTCTGCATCATTGT
TGTGGGTGCTAGGATAGGCTCTTTCTCTCAATGGATTTGAAAGCCCTAATGGAATTGTTCGAAGGGGATTCACCCTGTATTTGTAGTGGAAGGGTTTGTCCCTTGTTTAAATTGCTGGTTCGGGGTGTTATTGCAGAGGAAGGGCTTATCCCTCAGTCCTTTTGCCTCATGGGATGTAACTTATTGTAACTATTTTTCGA
GGTAGGTTTTTTGCTGAGGCATTTGTCAAGGTAGGGTTTTTGCTGAGGTGTCGAGGTAGGGTTCTGGGATGATTCTGAATTGCTTATGTATTTGGGTCAAATTCGATATGGCAAAGACTGTTCTGCATTCTTTGTTTTGTTAGCAAAAATCAATTACTTCAATATGGATTGTTACTAGTTATGTTGTTGTTATTGGCATT
GAGAAATCGAGCTATTGTTAATGGTTATGTTTTTGTTAATAGCATTGAAAAATTGAGCTATTGCTACTAGATATGCTTTGGTTTCTTGGTGTATTTGGTGAGGTATATTGATATTGTTAATATGTTGTTGTTTAGAATCAGATGCTGAATGAGATGTCTTTGAATGTATGCATACCAAATTTATGTTGGAG

>TRINITY_DN110395_c1_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAAACGACCTTTGCAATCAAGgtttggaccctcatctatctcacatttcatccacttttttgttttttcacaggctctgacattctcatgctccatttttttatgtttggctatggtttctgtggtagGTAGCGGCAGGAGGGAGGCGATGGCATCCATTGGATGGCAGCACGTGTTTGTTTTGGATGGCAGTGCGTGTT
CTCTGTTGGAGGGTTGAGTGGTGGAACATGCATGCATGAGAAGCTGACCCCCCCCCCCCCTTTAGTGTGCAGGTGCTTGATGGGGAGAGTTCTATGACCACAACTGGTCCTACACCACTGGTCCCTACACCACTATTGAAGTCTATCTCCTATGCCATTACATATGCAATCAATTATGGATTCCATGAATATAATAATAG
AGAACAGTACATTAATTAGTTCCTTGGATATCGCCTCCTTGAAATTTTTCGAATGAGGATTCTATGAAGATAATAACGTTGAAATAGTCCATCGATTTGTTACATGGATATCACCTTCCAGAGCATTAGTAACCCATTTTGATGCCCAATCTGACGGTCAATGGATTTGAAGCACACCAGTAGAAACCTGCCCATGATAG
GAGAAGCTGTAATCTCCACTGGAAAAACCTACCCAGGTCTCTCGAGCGTCCATCCCAAGGTAATATAGCCTTCAAAACTAAACCACTGGCACCTGATACAAACCTGTGTGTACTAGTTAAGAACAGAGGACCTTGAATGCTTTGGTTCTTCAAGAAATTTACAGTGTGTCACTAAGTTAAGAACAGAGGAACTTCAAGGC
TTTGGTTCTTCAGAAAATTTAAAGTGTGTCACTAGTTAGGAGCGGATAGACGTGGGGTGTAATGGCTTCTCAGTGGGTAGAGTTTCTTGAAGGAATGGTGAAGCCATTGGCTGCAACAGCAATAGTGGCAGTGGCAGTGGTGCTGTCCTATTTCCAGAAACTTGGCTTGGGGTGGGAGATGGTTTATTCAATAGCAAGGT
CATTCCTTCAGCTCTCAATTATTGGATTTGTGCTGCAATTCATATTTGCCCAGAATAATGCTATATGGATCTTGGCAGCCTACTTTTTCATGGTGAGTTTCTGTTACTTTCTGCATTGTCATCGATAGAATCAAATTTTTGGGTTTGTTTGGAGTTGGTTTTCA