sp|Q9ZVW2|HEN2_ARATH ----> DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH10
Intron 1 GTTTAATTTT ... GCACTACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.17 | 330 | 1 | 94 |
| A2 | 17.27 | 273 | 1 | 57 |
| A3 | 17.69 | 307 | 2 | 66 |
| A4 | 18.67 | 257 | 2 | 59 |
| A5 | 22.73 | 153 | 1 | 45 |
| A6 | 19.34 | 267 | 0 | 64 |
| A7 | 18.2 | 562 | 0 | 125 |
| A8 | 19.76 | 329 | 0 | 81 |
| A9 | 19.43 | 394 | 0 | 95 |
| A10 | 18.82 | 466 | 0 | 108 |
>TRINITY_DN118790_c3_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformGCAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCTCAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCA
TGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCATACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTAC
AGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTACGCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAG
CAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGACGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTCCGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGC
GCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTGTTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTG
TATCTCGTGGTCGACGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGAGGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTA
CAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGTGGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTC
AACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGGTGAGTTTAAATATTCTAGTTTTATTATTTTCACATTTAAATTTAATGGGTGCATGCATATGCTGTGCTTTG
TATTATCTTTCTGCATAGGAATCATCCATCAGGTTCTAAAACTTGTAAGGAGACTTCAGCTACCAGATGCATGTCAGTTACAACTGTGGTGAATATTAAGTATCAGATTGTTCTGCATACTTTACTTCTTAACATCTTTAATAGTTACTGGTGATCTCGTTTACTTGTACTAAGATTGGGATCAATTGTTTTGTGTGCTT
GATTGGGTAGTTTGCTATGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTT
GCAAGGAAATGATCTTGGGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTG
GTGCATCTGAGGAGACTTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATT
>TRINITY_DN118790_c3_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCATCAGTTTCAACATGATAAGgtttaattttgtcctttgggttcttttaatagcttaatgaattttggagattccctgtgacttttcccaaaagtccgtgttagtattattaatgaatatttgcaggcactaccagAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATCTGAGGAGA
CTTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATT
Intron 2 GTAATTATCA ... ATAATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.65 | 103 | 18 | 4 |
| A2 | 9.46 | 67 | 8 | 6 |
| A3 | 5.7 | 91 | 10 | 1 |
| A4 | 4.9 | 68 | 6 | 1 |
| A5 | 16.05 | 34 | 6 | 7 |
| A6 | 1.41 | 70 | 2 | 0 |
| A7 | 0.41 | 120 | 1 | 0 |
| A8 | 0 | 64 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 110 | 0 | 0 |
| A10 | 0.39 | 128 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN109464_c2_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformGGCCTATAGCTGCTTATCAAATAGGCCCAACCAACTCAGCTAGCCAAATAACCTAGGAATTGAACCCTGACCTCTGGCCTATAGCTGCTTATCAAATAGGCCCAACCAACTCAGCTAGCCAAATAACCTAGGAATTGAACCCTGACCTCTGGCCTATAGCTGCTTATCAAATAAGCCCAACCAACTCAGCTAGTTGTTTG
GCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGC
TCAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATCCATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCC
ATACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTA
CGCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGACGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTT
CCGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTCCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTT
GTTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGACGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGG
AGGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACG
TCGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCT
ATGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGTGTCTATTTTATGAAACATCAACAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGGTACAAG
TGCTGTTGTCTTATGGCCCAAATCTTCATTCTAATCATAATGCTAATATTTAACTGTTAGAGGAAAGTTGTAGGGATAAATATATTGCATAAGCATCAACAGAGTTGTTTTTAGAAAGGAAGCCTTGCAGGATCCCCTCTCTTCTTTGGAATATCTGGATGGAGGACAGTTCAAGTGCCAGCCACAATAGCGGCTGGTAA
CCCAGAGGGAGATACCTCAAA
>TRINITY_DN109464_c2_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:AAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGGTGAGTTTAAATATTCTAGTTTTATTATTTTCACATTTAAATTTAATGGGTGCATGCATATGCTGTGCTTTGTATTATCTTTCTGCATAGGAATCATCCATCAGGTTCTAAAACTTGTAAGGAGACTTCAGCTACCAGATGCATGTCAGTTACAACTGTGGTGAATATTAAGTATCA
GATTGTTCTGCATACTTTACTTCTTAACATCTTTAATAGTTACTGGTGATCTCGTTTACTTGTACTAAGATTGGGATCAATTGTTTTGTGTGCTTGATTGGGTAGTTTGCTATGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGA
ATATATTCAGgtaattatcaagttcatgttaaaagatcttcaaggtatatggtaaagaagggctattatttagaacatttctgaaggcaggcatcaaagattatacttctaggtcctttcattatatccttttttctttaattttattttattaaacattagtgtgtttcttgattgcatcatagagtctgggtatacta
ccaaataattgcagTGTCTATTTTATGAAACATCAACAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGGTACAAGTGCTGTTGTCTTATGGCCCAAATCTTCATTCTAATCATAATGCTAATATTTAACTGTTAGAGGAAAGTTGTAGGGATAAATATAT
TGCATAAGCATCAACAGAGTTGTTTTTAGAAAGGAAGCCTTGCAGGATCCCCTCTCTTCTTTGGAATATCTGGATGGAGGACAGTTCAAGTGCCAGCCACAATAGCGGCTGGTAACCCAGAGGGAGATACCTCAAA
Intron 3 GTATGTCTCT ... TCACATAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.29 | 68 | 61 | 54 |
| A2 | 44.16 | 86 | 68 | 25 |
| A3 | 49.23 | 66 | 64 | 23 |
| A4 | 55.75 | 50 | 63 | 45 |
| A5 | 36.67 | 38 | 22 | 13 |
| A6 | 41.67 | 70 | 50 | 1 |
| A7 | 39.8 | 118 | 78 | 0 |
| A8 | 37.93 | 72 | 44 | 0 |
| A9 | 42.56 | 112 | 83 | 0 |
| A10 | 41.78 | 85 | 61 | 0 |
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCTA
TGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTG
GGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATC
TGAGGAGACTTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGGAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGCTACCGGGGTAAACCATTCGTACCGGGGTAAACCATTCA
GTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGACATCGAGTGAGGCCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCACAGCTCTCAATCACTTGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTGTAATGACTCATA
TACATCTCTTACAGTTTACATCTTCTAAGGATTTGCTTCTGAGTAGATGCTCCACTTGCATTTGACCTTGCTTCATTGATTCTTATTTAATTTTTTAATTGTTCAAGTTGAAACATTTTAGGTTTGCAATGTGTTACTTTGGCTTTTGAGTATGCTAATTGCTTGTGAAACTTGATTGTTGAATATTGCTGATGCCTTGA
ACATAGAATTGCTGAACATAGTATTGCTGATGCTTGTGAAACTTGATATTTTCTTCTGTTTGAATTTGTATCAAGTTGTTAGAGAAGATTTGTTAGCATCTTGAAAACGGTTTTATACTTAATTCCACATATATAGGTGTTTGTTTCTACATAATATTAGATATGAAGTAACATACTGTCAATATGTGTCTTTGGCTATA
GATTTCTTTTGCTGATGTCTACACACTGTACAGGTTTATCTTAAGGTACATGGAGGTTTTAAGTATTAACTAACGGACTACTTTGGTTTCAAGATGCTAGGCTTTAACTAATGAATTAAGGTCATAGGATTCTAGGTTTTAATTAATGGGCTATTATTGTTCAGGGATGCTATAGAAGGTATCAGCCAAATTTAATGGCG
CGTTGGACTCAATTTGCACAATTCCATGGTCATTGCAATTGTTAAGATATCACATGTGGGGGTCCTTGATGGCATGGTTATCTCAATTCTTATGCTAGAGTACGGGGTGCTAAATAAGTGGATGGTGTCACGTGCCTCTGAATTTTACCATCTCGAAGTCCATCGTCTTAAGATATGGGCATTCGTGATGTGAAATAGGA
CAATTATGGACGAGGCAGAAAGAAGCCATTCACCCTTTATGTAGAATCCCTCAAGACAGACTCAAGGAAAAGCATACAATGTAGAGAAAAAATGAATATCCACAAATGGAGGAGGGATTTAGTTGGATTTACCTTGACAATCTGTTAAGTTGGGCATTCCAAGTAATGCACCCTTTGCCTGGAGACTTACCTGAGCTGTT
AATTAAAAAATTGAAATAGTGTCTTTTTTAGTTTCAATATCATCCTCTGAGTTCTCTGTTTTAGTGTGAATTAAAATTAAAATAGTCTCTTTATTGTCTGAGTTCCAAAAAAATTGCTAATCTCACTCTTCTTTGTTTTACCTTTTAAGCATATCAGCTTGAAAACTACAATGCTAGTCTCCAAGGCCGGGCTTTCCATT
ATAAGAACTGGTCCTTCCCCTTTTAGTGCTGCACTTTCATTTGCCTGATTTCTTATCTGATTTACTTTCATCTCTGTTAAAGAAAAGTCTTTTCCTTAGTATCTGCTTCATCATTTTGAAGATTCTCCTCTGCCATAAGAGACAATATTATGTATTACAAGCAATGTTGCATGACTCGGACTCAGCAAAGACTCGGCTGG
CACTTGATTCGTCGACTCTGGAAAGACTCGGGAAAGACCCGGGACAGACTCGACAAGACTCAGCAAATAGGAAAAAAACTTAAAATATGGTTCTTCTGCGT
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGGTGAGTT
TAAATATTCTAGTTTTATTATTTTCACATTTAAATTTAATCGGTGCATGCATGTGCTGTGCTTTGTATTATCTTTCTGCATAGGAATCATCCATCAGGTTCTAAAACTTGTAAGGAGACTTCAGCTACCAGATGCATGTCAGTTACAACTGTGGTGAATATTAAGTATCAGATTGTTCTGCATACTTTACTTCTTAACAT
CTTTAATAGTTACTGGTGATCTCGTTTACTTGTACTAAGATTGGGATCAATTGTTTTGTGTGCTTGATTGGGTAGTTTGCTATGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAG
GCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTGGGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATC
AGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATCTGAGGAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGgtatgtc
tcttaatcttttggtgttatatagtgctacttaaattttcctttttattttaatttttttttgacggaattcacataaagGGAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGGTACCGGGGTAAACCATTCGTACTGGGGTAAACCTTTCAGTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGACATCGAGTGAGG
CCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCACAGCTCTCAATCACTTGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTGTAATGACTCATATACATCTCTTACAGTTTACATCTTCTAAGGATTTGCTTCTGAGT
AGATGCTCCACTTGCATTTGACCTTGCTTCATTGATTCTTATTTAATTTTTTAATTGTTCAAGTTGAAACATTTTAGGTTTGCAATGTGTTACTTTGGCTTTTGAGTATGCTAATTGCTTGTGAAACTTGATTGTTGAATATTGCTGATGCCTTGAACATAGAATTGCTGAACATAGTATTGCTGATGCTTGTGAAACTT
GATATTTTCTTCTGTTTGAATTTGTATCAAGTTGTTAGAGAAGATTTGTTAGCATCTTGAAAACGGTTTTATACTTAATTCCACATATATAGGTGTTTGTTTCTACATAATATTAGATATGAAGTAACATACTGTCAATATGTGTCTTTGGCTATAGATTTCTTTTGCTGATGTCTACACACTGTACAGGTTTATCTTAA
GGTACATGGAGGTTTTAAGTATTAACTAACGGACTACTTTGGTTTCAAGATGCTAGGCTTTAACTAATGAATTAAGGTCATAGGATTCTAGGTTTTAATTAATGGGCTATTATTGTTCAGGGATGCTATAGAAGGTATCAGCCAAATTTAATGGCGCGTTGGACTCAATTTGCACAATTCCATGGTCATTGCAATTGTTA
AGATATCACATGTGGGGGTCCTTGATGGCATGGTTATCTCAATTCTTATGCTAGAGTACGGGGTGCTAAATAAGTGGATGGTGTCACGTGCCTCTGAATTTTACCATCTCGAAGTCCATCGTCTTAAGATATGGGCATTCGTGATGTGAAATAGGACAATTATGGACGAGGCAGAAAGAAGCCATTCACCCTTTATGTAG
AATCCCTCAAGACAGACTCAAGGAAAAGCATACAATGTAGAGAAAAAATGAATATCCACAAATGGAGGAGGGATTTAGTTGGATTTACCTTGACAATCTGTTAAGTTGGGCATTCCAAGTAATGCACCCTTTGCCTGGAGACTTACCTGAGCTGTTAATTAAAAAATTGAAATAGTGTCTTTTTTAGTTTCAATATCATC
CTCTGAGTTCTCTGTTTTAGTGTGAATTAAAATTAAAATAGTCTCTTTATTGTCTGAGTTCCAAAAAAATTGCTAATCTCACTCTTCTTTGTTTTACCTTTTAAGCATATCAGCTTGAAAACTACAATGCTAGTCTCCAAGGCCGGGCTTTCCATTATAAGAACTGGTCCTTCCCCTTTTAGTGCTGCACTTTCATTTGC
CTGATTTCTTATCTGATTTACTTTCATCTCTGTTAAAGAAAAGTCTTTTCCTTAGTATCTGCTTCATCATTTTGAAGATTCTCCTCTGCCATAAGAGACAATATTATGTATTACAAGCAATGTTGCATGACTCGGACTCAGCAAAGACTCGGCTGGCACTTGATTCGTCGACTCTGGAAAGACTCGGGAAAGACCCGGGA
CAGACTCGACAAGACTCAGCAAATAGGAAAAAAACTTAAAATATGGTTCTTCTGCGT
Intron 4 GTTTAATTTT ... ATATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.5 | 313.7 | 85.2 | 26.8 |
| A2 | 19.5 | 263 | 66.8 | 12.5 |
| A3 | 18.56 | 285 | 67.8 | 16.5 |
| A4 | 21.71 | 232 | 67.8 | 9.8 |
| A5 | 16.72 | 132.7 | 27.7 | 6.7 |
| A6 | 18.98 | 251 | 61.7 | 8 |
| A7 | 18.14 | 550.2 | 127.5 | 18.5 |
| A8 | 14.8 | 308 | 55.4 | 9.3 |
| A9 | 17.37 | 377.7 | 82.9 | 12.8 |
| A10 | 17.49 | 442.3 | 97.9 | 13.3 |
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCTA
TGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTG
GGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATC
TGAGGAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATTTGTTTTTTGACGGAATTCACATAAAGG
GAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGCTACCGGGGTAAACCATTCGTACCGGGGTAAACCATTCAGTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGACATCGAGTGAGGCCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCACAGCTCTCAATCACT
TGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTGTAATGACTCATATACATCTCTTACAGTTTACATCTTCTAAGGATTTGCTTCTGAGTAGATGCTCCACTTGCATTTGACCTTGCTTCATTGATTCTTATTTAATTTTTTAATTGTTCAAGTTGAAACATTTTAGGTTT
GCAATGTGTTACTTTGGCTTTTGAGTATGCTAATTGCTTGTGAAACTTGATTGTTGAATATTGCTGATGCCTTGAACATAGAATTGCTGAACATAGTATTGCTGATGCTTGTGAAACTTGATATTTTCTTCTGTTTGAATTTGTATCAAGTTGTTAGAGAAGATTTGTTAGCATCTTGAAAACGGTTTTATACTTAATTC
CACATATATAGGTGTTTGTTTCTACATAATATTAGATATGAAGTAACATACTGTCAATATGTGTCTTTGGCTATAGATTTCTTTTGCTGATGTCTACACACTGTACAGGTTTATCTTAAGGTACATGGAGGTTTTAAGTATTAACTAACGGACTACTTTGGTTTCAAGATGCTAGGCTTTAACTAATGAATTAAGGTCAT
AGGATTCTAGGTTTTAATTAATGGGCTATTATTGTTCAGGGATGCTATAGAAGGTATCAGCCAAATTTAATGGCGCGTTGGACTCAATTTGCACAATTCCATGGTCATTGCAATTGTTAAGATATCACATGTGGGGGTCCTTGATGGCATGGTTATCTCAATTCTTATGCTAGAGTACGGGGTGCTAAATAAGTGGATGG
TGTCACGTGCCTCTGAATTTTACCATCTCGAAGTCCATCGTCTTAAGATATGGGCATTCGTGATGTGAAATAGGACAATTATGGACGAGGCAGAAAGAAGCCATTCACCCTTTATGTAGAATCCCTCAAGACAGACTCAAGGAAAAGCATACAATGTAGAGAAAAAATGAATATCCACAAATGGAGGAGGGATTTAGTTG
GATTTACCTTGACAATCTGTTAAGTTGGGCATTCCAAGTAATGCACCCTTTGCCTGGAGACTTACCTGAGCTGTTAATTAAAAAATTGAAATAGTGTCTTTTTTAGTTTCAATATCATCCTCTGAGTTCTCTGTTTTAGTGTGAATTAAAATTAAAATAGTCTCTTTATTGTCTGAGTTCCAAAAAAATTGCTAATCTCA
CTCTTCTTTGTTTTACCTTTTAAGCATATCAGCTTGAAAACTACAATGCTAGTCTCCAAGGCCGGGCTTTCCATTATAAGAACTGGTCCTTCCCCTTTTAGTGCTGCACTTTCATTTGCCTGATTTCTTATCTGATTTACTTTCATCTCTGTTAAAGAAAAGTCTTTTCCTTAGTATCTGCTTCATCATTTTGAAGATTC
TCCTCTGCCATAAGAGACAATATTATGTATTACAAGCAATGTTGCATGACTCGGACTCAGCAAAGACTCGGCTGGCACTTGATTCGTCGACTCTGGAAAGACTCGGGAAAGACCCGGGACAGACTCGACAAGACTCAGCAAATAGGAAAAAAACTTAAAATATGGTTCTTCTGCGT
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTTCTGGGTGTATATTGATGCCAAATTCAATAGACTTTGGTTTCATAAATGCACTGAAATTCTATGATTATGCTTATCACTCGGTATAGTTTAGCATACTCAGTTCGTTAATGTAATTGTTTCAGATGTAACTGCCTTTTCTTTTATATTGAAATGTATCTTCTTTAAAGTTTAGACTAAGTTTCTACCTTCCTTTTG
TAGAGTGGAAGCCACATACCACTTTGTAATTATCTCATGGAAGTGTTCATGCAAGGAAATGAAAAACATCCATCAACATCTTGAAATTTCAATCATCTCAATTGGTTTGAGTGGGACTAAGCCTTTTGCGTTCATGGCAAGTTCGAAATACAGTGGCCTTTTCTGGTTGATTGACAGGTCTTGTTTACCGAAGCCAAAGT
TCAACTGCGAGGTGTTGTAGGCTTTGTGCATGACAGTTTTTTTTATTGTAAACATGCAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTGGGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAAT
TCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGgtttaattttgtcctttgggttcttttaatagcttaatgaattttggagattccctgtgacttttcccaaaagtccgtgttagtattattaatgaatatttgcagGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATCTGA
GGAGGTAAGTTCTTTCTGTTGATTGTAATCAGGCAAATCAGGATAATTTAGTACCATCCTAGATGTAGTTTTGTCTAGCTGACATTTCTAATATTTTCTACAGACTTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTAT
TTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATTTGTTTTTTGACGGAATTCACATAAAGGGAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATG
Intron 5 GCAATTCCTC ... GGGTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.97 | 41 | 87 | 5 |
| A2 | 60.88 | 48.2 | 75 | 3 |
| A3 | 64.51 | 46.8 | 85 | 7 |
| A4 | 74.67 | 19 | 56 | 0 |
| A5 | 67.39 | 15 | 31 | 2 |
| A6 | 75.01 | 267 | 801.2 | 2 |
| A7 | 70.93 | 248.8 | 607 | 5 |
| A8 | 76.51 | 307.2 | 1000.6 | 16 |
| A9 | 74.52 | 204.8 | 599 | 4 |
| A10 | 70.79 | 130 | 315 | 1 |
>TRINITY_DN41409_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCTCAGAAGCTC
ATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCATACCCACGG
GCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTACGCCATCGCC
ATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGACGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTCCGAGGTCTT
GAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTCCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTGTTTACACCG
ACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGACGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGAGGAGGAGGA
GGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGTGGAACATGT
TTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCTATGGGCCTGA
ATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTGGGGAAACCT
GCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATCTGAGGAGAC
TTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGATTAGGGTGAGAGATGGTACAACTGAGTGGGGATGGGGAGTGGTAGTTAATGTAGTGAAAAAGCCATCAATGCCACCCAGCTCGT
TACCTTCTCATATATTAGGTTCTCGTACTAGTAGTTATATAGTGGACACGCTTTTACATTGTGCTTCTGGCTTGACAAGTGATGGTCCCCGCCCAAAGCCATGTCCTGCTCCTCCCAGACAAAAAGGTGAAATGCATGTGGTACCTGTTCAACTGCCCCTTATTTGTTCTCTTAGTAATCTTAGGGTTGCCATTCCTCAA
GATCTACGACCAGCAGAGGCAAGGCAGAGTGTACTCATGGCTGTGCAAGAACTGGAAAAGCGATTTCCAAAAGGTCTTCCAAAGCTTGACCCTATTGAGGATATGGGCATTGATGATCCGGATTTTATCCAACTTGTAAAGGAAGTTGAAGGATTGGAGCAAAAGTTGCTTGCTCATCCCTTTTATAAGTCTGAACAGGA
TGAAAACCAGTTGAAGTCTTTTCAAAGAAAAGCACAACTAAATAGTGCAGCTCAGCAACTTCGAATGAAGATGCGTGACTCTCAGCTTCACAAATTTAGGGAAGAGTTAAAAAATCGGTCAAGAGTGCTTAAGCGACTTGGACACATTGATTCTGATGGTGTGGTGCAACTGAAAGGTCGGGCTGCTTGTCTCATTGACA
CAGGAGATGAACTTCTTGTAACAGAATTGATGTTCAATGGGACATTCAATGAGCTGGATCATCATCAATTAGCAGCACTTGCAAGCTGCTTCATTCCATGTGATAAATCAAATGAACAAGTACATTTGACTAATGAGCTTGTGAAACCATTGCGTCAGCTTCAGGATAGTGCACGATTGATTGCACAGGTTCAGCGTGAG
TGCAAGTTAGAAATTGATATAGAGCAGTATGTTGAGTCAACAACTCGTCCACATTTGATGGATGTCATCTACCATTGGTCTAAGGGTGCTTCATTTTCAGAGGTTACCAGTAGAACAGATATATTTGAGGGCAGTATCATACGCATGACAAGGAGGTTAGATGAGTTTTTGAATCAGCTGAAAGCTGCTGCACATGCAAT
TGGAGACACAAATCTAGAGAAGAAATTTGAGAGCAGCAGTGAAAGTCTTCGCCGTGGCATTATATTTGCAAATTCTTTGTATCTGTAAACAAGGAATATTCTTTATATTTGCCGCAGGTCATTTTTATGGGCCTGTTGAGTTAGTTGTATCGTAACATGGTGATATTGTAAAATTTTCTGGCTAGTGTTTCGTTGGAAGC
TCTTTCAGACTCCGGTGTTGCATGTTTTGCATAAATTGCATGTATTAGTTAGGTTGTACATATTCTGGTTAGTTCTTAGTTTTTCCAGTCGTGTGTTAAAAGGTTCGGGGGTTAGTCTAGATCAGTGTCATATTAGGTTTTTACCACTTAAATATGGTAAATTCCATGAGCCTTCAATGACATACATTTAGCCAACGTTA
TTTTCATATGTAACTAGATCAAGTTGCCTGTAAAAGGATTGCTTTTGAAGTCCCGCTGAACGACACCGTTATTATTAGAGGTGCATAGATCCAATGAATCCGATGGCAAATTACTGTTACCATGGTAATTCCAATATTTAGAAGTATATGAGATTCTCGTGTATAAACAATTAAATGTTACTCTATCTAACATCTAATTG
CTATTAGCATCGTGATAACAACGCTTTGTTCGCACAGCAATGCCCAAAGCAATCATTAAATTTTAATAGGGCTG
>TRINITY_DN41409_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:CCAAAGTGCTCTGGTGCAAGTCATTCTTTGACAATGTCGTCTCTGGTGGAACCGTCTCTGGTGGAACTAACTTTTGAAAGTAAGTTTCAGACCGGGAAATGGAGAAATTGTATTTTGTCCGAAGAATCACCGACAGGGAAAAGTATGATCGGTGTGTAATTGTCTGCCCAAACGATAAATAAGAATATGACATTAGATAT
CCATAATGTGCATTCCCATAAACATTGATTTGGGATTGGGAATCTAATTTGGCATCTCTGATGTAGTTATAGAAGTCGTGTTTCATATAGCTCATGTTATATTCTCCAAATCAGAAAACATATATCAGTATCAAATATGCAACTCTCCAATCTTCTACCAGAGTATTGGTTGTTGATGTGGTTTTCATTTTCTTCTGTAA
TTAAAAATTATGTCTATGTTGATGTGTTTGCAAAAATTATTTTTTCTGTTTGTTGCTATTATCCAATCCTCCATCAATGTTCTGGTTATTGCTACAGATATTTTAAGTTCAGTCATTCAGCCAGGATGTGAAATAGTTTCTGTGCAATAGTATTGTAATTTCTGCTTTAAGCTTCTTCAGAGGCAACCTGTGCTTATAAG
CGATAAGCATATCACTAGGAATCATTGGCAAAATAGGAATTGATAGTTTGATTGTTTGGAAGCATATCAATTGCAGCCAATTCACTATGTACTTGATAGTTAATCGTCGGCAAAATAGGAATGTGATAGTTTGACTGTTTGTTGATTAGACTTTTTCTTACATTTTCATTTATTCTGCTGCTGCTTTTTGCTCTAGATAA
AAGTGAATCATTGGCAAAAGTGGAATGTGATTGTTTGTTTGGTGGTTAGACCTCATATTTTTTCATTTCTGCATCTGCTACCTCTTCCTCTGTTTGCAGAGTAGAATTGATTGGGTGAAAGATATGTATTGCGGTTATAATTATTTTTAAATTTAGATGTCCAGTTTGAATGGGCATGTTTTTACAAGTGTGATGAGTTT
AAGCCATTCTTGAATGAAATTTTTTGTTGCTTACATCTAAAACCAGAAGAATTTAGTGAAATATATGTTTTTTTGCTAATATTGAAATAACATGTTTCGTGAATTATCTGAAGCTTAAAGCTGCTGCACATGCAATTGGAGACACAAATCTAGAGAAGAAATTTGAGAGCAGCAGTGAAAGTCTTCGCCGTGGCATTATA
TTTGCAAATTCTTTGTATCTGTAAACAAGGAATATTCTTTATATTTGCCGCAGGTCATTTTTATGGGCCTGTTGAGTTAGTTGTATCGTAACATGGTGATATTGTAAAATTTTCTGGCTAGTGTTTCGTTGGAAGCTCTTTCAGACTCCGGTGTTGCATGTTTTGCATAAATTGCATGTATTAGTTAGGTTGTACATATT
CTGGTTAGTTCTTAGTTTTTCCAGTCGTGTGTTAAAAGGTTCGGGGGTTAGTCTAGATCAGTGTCATATTAGGTTTTTACCACTTAAATATGGTAAATTCCATGAGCCTTCAATGACATACATTTAGCCAACGTTATTTTCATATGTAACTAGATCAAGTTGCCTGTAAAAGGATTGCTTTTGAAGTCCCGCTGAACGAC
ACCGTTATTATTAGAGgcaattcctcatcgaaattcccagtttcccacgtattatagctggggaattaggtttatttgaaatccttgatgttcaagttcatttattgctttcaaaatcataagagcgatggagaatttttaaatgtttaagtgagaaggtatactgttgctggtccactataatgacaatcttttatttc
attggttgttggttattgcgatcttctgtattttatcttatcgtgactttcaattatggtctggggtttgtagGTGCATAGATCCAATGAATCCGATGGCAAATTACTGTTACCATGGTAATTCCAATATTTAGAAGTATATGAGATTCTCGTGTATAAACAATTAAATGTTACTCTATCTAACATCTAATTGCTATTAG
CATCGTGATAACAACGCTTTGTTCGCACAGCAATGCCCAAAGCAATCATTAAATTTTAATAGGGCTG
Intron 6 GTGAGTTTAA ... GATTGGGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.42 | 255.8 | 56.7 | 49.8 |
| A2 | 10.62 | 173.7 | 42.8 | 21.9 |
| A3 | 11.06 | 264.8 | 50.4 | 35 |
| A4 | 10.2 | 193.5 | 41 | 23.3 |
| A5 | 12.57 | 82 | 23.6 | 12.6 |
| A6 | 9.75 | 166 | 22.8 | 19.8 |
| A7 | 8.1 | 319.5 | 44.8 | 31.2 |
| A8 | 7.2 | 153 | 41.8 | 13 |
| A9 | 9.33 | 289.5 | 47.9 | 33.6 |
| A10 | 9.63 | 336 | 50.2 | 39.9 |
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCTA
TGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTG
GGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATC
TGAGGAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATTTGTTTTTTGACGGAATTCACATAAAGG
GAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGCTACCGGGGTAAACCATTCGTACCGGGGTAAACCATTCAGTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGACATCGAGTGAGGCCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCACAGCTCTCAATCACT
TGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTGTAATGACTCATATACATCTCTTACAGTTTACATCTTCTAAGGATTTGCTTCTGAGTAGATGCTCCACTTGCATTTGACCTTGCTTCATTGATTCTTATTTAATTTTTTAATTGTTCAAGTTGAAACATTTTAGGTTT
GCAATGTGTTACTTTGGCTTTTGAGTATGCTAATTGCTTGTGAAACTTGATTGTTGAATATTGCTGATGCCTTGAACATAGAATTGCTGAACATAGTATTGCTGATGCTTGTGAAACTTGATATTTTCTTCTGTTTGAATTTGTATCAAGTTGTTAGAGAAGATTTGTTAGCATCTTGAAAACGGTTTTATACTTAATTC
CACATATATAGGTGTTTGTTTCTACATAATATTAGATATGAAGTAACATACTGTCAATATGTGTCTTTGGCTATAGATTTCTTTTGCTGATGTCTACACACTGTACAGGTTTATCTTAAGGTACATGGAGGTTTTAAGTATTAACTAACGGACTACTTTGGTTTCAAGATGCTAGGCTTTAACTAATGAATTAAGGTCAT
AGGATTCTAGGTTTTAATTAATGGGCTATTATTGTTCAGGGATGCTATAGAAGGTATCAGCCAAATTTAATGGCGCGTTGGACTCAATTTGCACAATTCCATGGTCATTGCAATTGTTAAGATATCACATGTGGGGGTCCTTGATGGCATGGTTATCTCAATTCTTATGCTAGAGTACGGGGTGCTAAATAAGTGGATGG
TGTCACGTGCCTCTGAATTTTACCATCTCGAAGTCCATCGTCTTAAGATATGGGCATTCGTGATGTGAAATAGGACAATTATGGACGAGGCAGAAAGAAGCCATTCACCCTTTATGTAGAATCCCTCAAGACAGACTCAAGGAAAAGCATACAATGTAGAGAAAAAATGAATATCCACAAATGGAGGAGGGATTTAGTTG
GATTTACCTTGACAATCTGTTAAGTTGGGCATTCCAAGTAATGCACCCTTTGCCTGGAGACTTACCTGAGCTGTTAATTAAAAAATTGAAATAGTGTCTTTTTTAGTTTCAATATCATCCTCTGAGTTCTCTGTTTTAGTGTGAATTAAAATTAAAATAGTCTCTTTATTGTCTGAGTTCCAAAAAAATTGCTAATCTCA
CTCTTCTTTGTTTTACCTTTTAAGCATATCAGCTTGAAAACTACAATGCTAGTCTCCAAGGCCGGGCTTTCCATTATAAGAACTGGTCCTTCCCCTTTTAGTGCTGCACTTTCATTTGCCTGATTTCTTATCTGATTTACTTTCATCTCTGTTAAAGAAAAGTCTTTTCCTTAGTATCTGCTTCATCATTTTGAAGATTC
TCCTCTGCCATAAGAGACAATATTATGTATTACAAGCAATGTTGCATGACTCGGACTCAGCAAAGACTCGGCTGGCACTTGATTCGTCGACTCTGGAAAGACTCGGGAAAGACCCGGGACAGACTCGACAAGACTCAGCAAATAGGAAAAAAACTTAAAATATGGTTCTTCTGCGT
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGgtgagtt
taaatattctagttttattattttcacatttaaatttaatcggtgcatgcatgtgctgtgctttgtattatctttctgcataggaatcatccatcaggttctaaaacttgtaaggagacttcagctaccagatgcatgtcagttacaactgtggtgaatattaagtatcagattgttctgcatactttacttcttaacat
ctttaatagttactggtgatctcgtttacttgtactaagattgggatcaattgttttgtgtgcttgattgggtagTTTGCTATGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGGTAATTATCAAGTTCATGTT
AAAAGATCTTCAAGGTATATGGTAAAGAAGGGCTATTATTTAGAACATTTCTGAAGGCAGGCATCAAAGATTATACTTCTAGGTCCTTTCATTATATCCTTTTTTCTTTAATTTTATTTTATTAAACATTAGTGTGTTTCTTGATTGCATCATAGAGTCTGGGTATACTACCAAATAATTGCAGTGTCTATTTTATGAAA
CATCAACAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGGTACAAGTGCTGTTGTCTTATGGCCCAAATCTTCATTCTAATCATAATGCTAATATTTAACTGTTAGAGGAAAGTTGTAGGGATAAATATATTGCATAAGCATCAACAGAGTTGTTTTTAGA
AAGGAAGCCTTGCAGGATCCCCTCTCTTCTTTGGAATATCTGGATGGAGGACAGTTCAAGTGCCAGCCACAATAGCGGCTGGTAACCCAGAGGGAGATACCTCAAATGAGGAACCTAATGGTTAACTCTTGCCTG
Intron 7 GTAATTATCA ... ACATCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.9 | 184.6 | 18 | 5 |
| A2 | 6 | 126.6 | 8 | 8 |
| A3 | 3.26 | 163.9 | 10 | 1 |
| A4 | 3.65 | 145.9 | 6 | 5 |
| A5 | 8.62 | 71.1 | 6 | 7 |
| A6 | 0.71 | 141.4 | 2 | 0 |
| A7 | 0.2 | 247.6 | 1 | 0 |
| A8 | 0 | 147.3 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 217.9 | 0 | 0 |
| A10 | 0.2 | 244.5 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCTA
TGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTG
GGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATC
TGAGGAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATTTGTTTTTTGACGGAATTCACATAAAGG
GAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGCTACCGGGGTAAACCATTCGTACCGGGGTAAACCATTCAGTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGACATCGAGTGAGGCCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCACAGCTCTCAATCACT
TGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTGTAATGACTCATATACATCTCTTACAGTTTACATCTTCTAAGGATTTGCTTCTGAGTAGATGCTCCACTTGCATTTGACCTTGCTTCATTGATTCTTATTTAATTTTTTAATTGTTCAAGTTGAAACATTTTAGGTTT
GCAATGTGTTACTTTGGCTTTTGAGTATGCTAATTGCTTGTGAAACTTGATTGTTGAATATTGCTGATGCCTTGAACATAGAATTGCTGAACATAGTATTGCTGATGCTTGTGAAACTTGATATTTTCTTCTGTTTGAATTTGTATCAAGTTGTTAGAGAAGATTTGTTAGCATCTTGAAAACGGTTTTATACTTAATTC
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AGGATTCTAGGTTTTAATTAATGGGCTATTATTGTTCAGGGATGCTATAGAAGGTATCAGCCAAATTTAATGGCGCGTTGGACTCAATTTGCACAATTCCATGGTCATTGCAATTGTTAAGATATCACATGTGGGGGTCCTTGATGGCATGGTTATCTCAATTCTTATGCTAGAGTACGGGGTGCTAAATAAGTGGATGG
TGTCACGTGCCTCTGAATTTTACCATCTCGAAGTCCATCGTCTTAAGATATGGGCATTCGTGATGTGAAATAGGACAATTATGGACGAGGCAGAAAGAAGCCATTCACCCTTTATGTAGAATCCCTCAAGACAGACTCAAGGAAAAGCATACAATGTAGAGAAAAAATGAATATCCACAAATGGAGGAGGGATTTAGTTG
GATTTACCTTGACAATCTGTTAAGTTGGGCATTCCAAGTAATGCACCCTTTGCCTGGAGACTTACCTGAGCTGTTAATTAAAAAATTGAAATAGTGTCTTTTTTAGTTTCAATATCATCCTCTGAGTTCTCTGTTTTAGTGTGAATTAAAATTAAAATAGTCTCTTTATTGTCTGAGTTCCAAAAAAATTGCTAATCTCA
CTCTTCTTTGTTTTACCTTTTAAGCATATCAGCTTGAAAACTACAATGCTAGTCTCCAAGGCCGGGCTTTCCATTATAAGAACTGGTCCTTCCCCTTTTAGTGCTGCACTTTCATTTGCCTGATTTCTTATCTGATTTACTTTCATCTCTGTTAAAGAAAAGTCTTTTCCTTAGTATCTGCTTCATCATTTTGAAGATTC
TCCTCTGCCATAAGAGACAATATTATGTATTACAAGCAATGTTGCATGACTCGGACTCAGCAAAGACTCGGCTGGCACTTGATTCGTCGACTCTGGAAAGACTCGGGAAAGACCCGGGACAGACTCGACAAGACTCAGCAAATAGGAAAAAAACTTAAAATATGGTTCTTCTGCGT
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGGTGAGTT
TAAATATTCTAGTTTTATTATTTTCACATTTAAATTTAATCGGTGCATGCATGTGCTGTGCTTTGTATTATCTTTCTGCATAGGAATCATCCATCAGGTTCTAAAACTTGTAAGGAGACTTCAGCTACCAGATGCATGTCAGTTACAACTGTGGTGAATATTAAGTATCAGATTGTTCTGCATACTTTACTTCTTAACAT
CTTTAATAGTTACTGGTGATCTCGTTTACTTGTACTAAGATTGGGATCAATTGTTTTGTGTGCTTGATTGGGTAGTTTGCTATGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGgtaattatcaagttcatgtt
aaaagatcttcaaggtatatggtaaagaagggctattatttagaacatttctgaaggcaggcatcaaagattatacttctaggtcctttcattatatccttttttctttaattttattttattaaacattagtgtgtttcttgattgcatcatagagtctgggtatactaccaaataattgcagtgtctattttatgaaa
catcaacagATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGGTACAAGTGCTGTTGTCTTATGGCCCAAATCTTCATTCTAATCATAATGCTAATATTTAACTGTTAGAGGAAAGTTGTAGGGATAAATATATTGCATAAGCATCAACAGAGTTGTTTTTAGA
AAGGAAGCCTTGCAGGATCCCCTCTCTTCTTTGGAATATCTGGATGGAGGACAGTTCAAGTGCCAGCCACAATAGCGGCTGGTAACCCAGAGGGAGATACCTCAAATGAGGAACCTAATGGTTAACTCTTGCCTG
Intron 8 GTAAGTTCTT ... TTTTCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.71 | 266.8 | 11.4 | 36.4 |
| A2 | 16.99 | 218.5 | 8 | 46.2 |
| A3 | 11.41 | 235.3 | 8.4 | 32.3 |
| A4 | 8.61 | 195.1 | 2.2 | 19.1 |
| A5 | 11.96 | 139 | 3.6 | 20 |
| A6 | 8.77 | 232.6 | 0 | 24.1 |
| A7 | 6.74 | 446.3 | 0 | 35.9 |
| A8 | 10.51 | 297.8 | 0 | 36.6 |
| A9 | 7.27 | 342.9 | 0 | 31.3 |
| A10 | 7.36 | 393.7 | 0 | 34.6 |
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCTA
TGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTG
GGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATC
TGAGGAGACTTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGGAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGCTACCGGGGTAAACCATTCGTACCGGGGTAAACCATTCA
GTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGACATCGAGTGAGGCCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCACAGCTCTCAATCACTTGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTGTAATGACTCATA
TACATCTCTTACAGTTTACATCTTCTAAGGATTTGCTTCTGAGTAGATGCTCCACTTGCATTTGACCTTGCTTCATTGATTCTTATTTAATTTTTTAATTGTTCAAGTTGAAACATTTTAGGTTTGCAATGTGTTACTTTGGCTTTTGAGTATGCTAATTGCTTGTGAAACTTGATTGTTGAATATTGCTGATGCCTTGA
ACATAGAATTGCTGAACATAGTATTGCTGATGCTTGTGAAACTTGATATTTTCTTCTGTTTGAATTTGTATCAAGTTGTTAGAGAAGATTTGTTAGCATCTTGAAAACGGTTTTATACTTAATTCCACATATATAGGTGTTTGTTTCTACATAATATTAGATATGAAGTAACATACTGTCAATATGTGTCTTTGGCTATA
GATTTCTTTTGCTGATGTCTACACACTGTACAGGTTTATCTTAAGGTACATGGAGGTTTTAAGTATTAACTAACGGACTACTTTGGTTTCAAGATGCTAGGCTTTAACTAATGAATTAAGGTCATAGGATTCTAGGTTTTAATTAATGGGCTATTATTGTTCAGGGATGCTATAGAAGGTATCAGCCAAATTTAATGGCG
CGTTGGACTCAATTTGCACAATTCCATGGTCATTGCAATTGTTAAGATATCACATGTGGGGGTCCTTGATGGCATGGTTATCTCAATTCTTATGCTAGAGTACGGGGTGCTAAATAAGTGGATGGTGTCACGTGCCTCTGAATTTTACCATCTCGAAGTCCATCGTCTTAAGATATGGGCATTCGTGATGTGAAATAGGA
CAATTATGGACGAGGCAGAAAGAAGCCATTCACCCTTTATGTAGAATCCCTCAAGACAGACTCAAGGAAAAGCATACAATGTAGAGAAAAAATGAATATCCACAAATGGAGGAGGGATTTAGTTGGATTTACCTTGACAATCTGTTAAGTTGGGCATTCCAAGTAATGCACCCTTTGCCTGGAGACTTACCTGAGCTGTT
AATTAAAAAATTGAAATAGTGTCTTTTTTAGTTTCAATATCATCCTCTGAGTTCTCTGTTTTAGTGTGAATTAAAATTAAAATAGTCTCTTTATTGTCTGAGTTCCAAAAAAATTGCTAATCTCACTCTTCTTTGTTTTACCTTTTAAGCATATCAGCTTGAAAACTACAATGCTAGTCTCCAAGGCCGGGCTTTCCATT
ATAAGAACTGGTCCTTCCCCTTTTAGTGCTGCACTTTCATTTGCCTGATTTCTTATCTGATTTACTTTCATCTCTGTTAAAGAAAAGTCTTTTCCTTAGTATCTGCTTCATCATTTTGAAGATTCTCCTCTGCCATAAGAGACAATATTATGTATTACAAGCAATGTTGCATGACTCGGACTCAGCAAAGACTCGGCTGG
CACTTGATTCGTCGACTCTGGAAAGACTCGGGAAAGACCCGGGACAGACTCGACAAGACTCAGCAAATAGGAAAAAAACTTAAAATATGGTTCTTCTGCGT
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTTCTGGGTGTATATTGATGCCAAATTCAATAGACTTTGGTTTCATAAATGCACTGAAATTCTATGATTATGCTTATCACTCGGTATAGTTTAGCATACTCAGTTCGTTAATGTAATTGTTTCAGATGTAACTGCCTTTTCTTTTATATTGAAATGTATCTTCTTTAAAGTTTAGACTAAGTTTCTACCTTCCTTTTG
TAGAGTGGAAGCCACATACCACTTTGTAATTATCTCATGGAAGTGTTCATGCAAGGAAATGAAAAACATCCATCAACATCTTGAAATTTCAATCATCTCAATTGGTTTGAGTGGGACTAAGCCTTTTGCGTTCATGGCAAGTTCGAAATACAGTGGCCTTTTCTGGTTGATTGACAGGTCTTGTTTACCGAAGCCAAAGT
TCAACTGCGAGGTGTTGTAGGCTTTGTGCATGACAGTTTTTTTTATTGTAAACATGCAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTGGGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAAT
TCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGTTTAATTTTGTCCTTTGGGTTCTTTTAATAGCTTAATGAATTTTGGAGATTCCCTGTGACTTTTCCCAAAAGTCCGTGTTAGTATTATTAATGAATATTTGCAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATCTGA
GGAGgtaagttctttctgttgattgtaatcaggcaaatcaggataatttagtaccatcctagatgtagttttgtctagctgacatttctaatattttctacagACTTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTAT
TTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATTTGTTTTTTGACGGAATTCACATAAAGGGAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATG
Intron 9 GTGAATTTTA ... CATGATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.58 | 182.5 | 47 | 8 |
| A2 | 23.01 | 144.5 | 43 | 5 |
| A3 | 27.4 | 146.3 | 55 | 5 |
| A4 | 18.4 | 156 | 35 | 6 |
| A5 | 23.27 | 99.5 | 30 | 3 |
| A6 | 19.18 | 299.8 | 71 | 7 |
| A7 | 19.89 | 399.8 | 99 | 1 |
| A8 | 23.14 | 372.8 | 112 | 8 |
| A9 | 17.95 | 385.8 | 84 | 2 |
| A10 | 21 | 305.5 | 81 | 0 |
>TRINITY_DN121678_c8_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformTTGTCACTTTCTTGGGGTCTGGGCATTATTAAAGCAGGGTGTGGGGAACGTTGGTGGTGTTACACTAATCATGATTAACAGTGTGGACAGGTGGGATTAGTTGTCACTTTCTTGGGGTCTGGGTATTCGTAAACTGTTTTGTTTTTTCCCATGTGATGTATTGCATTGTTTTCCAAACATGATAGTCTTTTAGACTTCTG
GTTTTCAAGATCTGTATTTATATTAAAACCAGCTCTATAGGATCGCTTGATAAGATCGTTAAGGTGAATGATGTTTAATTTAGTCTTTTGATTTAATATAATAGTATTTGTCCAGTTTCACCTTTCCTCTTTGAGTGAATTTCCTGAAGGAATACTTTTTTTTTACAAATATTAGAAAGTTTAGATGATACTGTGCTTCT
GTATCATCATTCTAGCATGTAATTATATGTTTTCTGAGGTTTCTAAACATGTGAAATGTCCCAGTGTTGTTCAGAAGGTGCGATAATTTATTATTTTTTGCTTTCTCATTCATCACTGTTGTTTCCAAGGGAGATTTGTAAGAAATTTTGCCTGTTTTGCAGATTAGGGTGAGAGATGGTACAACTGAGTGGGGATGGGG
AGTGGTAGTTAATGTAGTGAAAAAGCCATCAATGCCACCCAGCTCGTTACCTTCTCATATATTAGGTTCTCGTACTAGTAGTTATATAGTGGACACGCTTTTACATTGTGCTTCTGGCTTGACAAGTGATGGTCCCCGCCCAAAGCCATGTCCTGCTCCTCCCAGACAAAAAGGTGAAATGCATGTGGTACCTGTTCAAC
TGCCCCTTATTTGTTCTCTTAGTAATCTTAGGGTTGCCATTCCTCAAGATCTACGACCAGCAGAGGCAAGGCAGAGTGTACTCATGGCTGTGCAAGAACTGGAAAAGCGATTTCCAAAAGGTCTTCCAAAGCTTGACCCTATTGAGGATATGGGCATTGATGATCCGGATTTTATCCAACTTGTAAAGGAAGTTGAAGGA
TTGGAGCAAAAGTTGCTTGCTCATCCCTTTTATAAGTCTGAACAGGATGAAAACCAGTTGAAGTCTTTTCAAAGAAAAGCACAACTAAATAGTGCAGCTCAGCAACTTCGAATGAAGATGCGTGACTCTCAG
>TRINITY_DN121678_c8_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:GCTAGTTGTTTGGCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGC
TCGATTTAACGCTCAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTC
CACGAGGTGGCCATACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGC
CGTGGCCGAGTACGCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGACGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGC
TCTACAGGGGTTCCGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTCCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAG
CCCTGCCATGTTGTTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGACGAGAAAGAGGGGTTCAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAA
TGCCAAAGGTGGAGGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAG
AGAAACAAGACGTGGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACA
GAAACGTTTGCTATGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAA
GGAAATGATCTTGGGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCA
CGCTTGGTGCATCTGAGGAGACTTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGATTAGGGTGAGAGATGGTACAACTGAGTGGGGATGGGGAGTGGTAGTTAATGTAGTGAAAAAG
CCATCAATGCCACCCAGCTCGTTACCTTCTCATATATTAGGTTCTCGTACTAGTAGTTATATAGTGGACACGCTTTTACATTGTGCTTCTGGCTTGACAAGTGATGGTCCCCGCCCAAAGCCATGTCCTGCTCCTCCCAGACAAAAAGGTGAAATGCATGTGGTACCTGTTCAACTGCCCCTTATTTGTTCTCTTAGTAA
TCTTAGGGTTGCCATTCCTCAAGATCTACGACCAGCAGAGGCAAGGCAGAGTGTACTCATGGCTGTGCAAGAACTGGAAAAGCGATTTCCAAAAGGTCTTCCAAAGCTTGACCCTATTGAGGATATGGGCATTGATGATCCGGATTTTATCCAACTTGTAAAGGAAGTTGAAGGATTGGAGCAAAAGTTGCTTGCTCATC
CCTTTTATAAGgtgaattttatgttaacttgctactgtgagctgtcttatgaggtgcttattgttcttgaccgactatgtttacaattaaataatttgtggatatgttttgatatttccatgatacagTCTGAACAGGATGAAAACCAGTTGAAGTCTTTTCAAAGAAAAGCACAACTAAATAGTGCAGCTCAGCAACTT
CGAATGAAGATGCGTGACTCTCAGGTAACATTAGATAAAAATTTGGTGGGTCAGTAGACATTGTTCTGTGATATCGTAGAGGGAAGTGATACATATTTTGGTCAAAATAAATCTCTTTATTGTCTTTGCGACATATTACTTGTCATTTAGTGCTATGCATTTTTTTCATGAAATTGGGAGAACATTAGTTGTTTTTCCAA
GAAATTTTGGAACTACTTGTTGGAACAATAGGACTATCTATATCTTACTTTTGGGTAGGTAAGTGAGCAACAACTTTCTTTTATTTTTATCAGTGCCACTCTTATGTTTTGTGATAATTGTTGAATGGCGATAACTTGATGCTTACATTGGTAAAGGCATATAATCTTTAATGTAGTCTGGTATTAAATAACAAAAAATG
TTTGTATTTTATGGTTCTTTATCAAAGAGAAAACCTGTTAGAAAAAGGGCTATTTGTTTATATCAGAGTTAAAGTGGGGTGTTGAGTTGTATCTTTGCCTTTATGAATTTTTAGTCGACTGTATCTCATTCTTTTCATGATTGTTAGTAAAAATATAAATTTGATAATTGATTGCTTAGTTGTTAAAAAAGCGAGTCTTT
TGAGTAATCTTGGGTCAAACTCGACTGGGCACTATCCTGAACCATGTTAACTTGGTTGGAGTCTAAGCCTCTGTTTCAAGTCAAACTCCCTAGTAATGAGTCGGATCCTTCAGTACTCAATTTTGGACGGGTAAACTTACCACTGTCAACTATAAATGCCAAAAAAGAAAG
Intron 10 GTATGTCTCT ... TCACATAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.67 | 68 | 57 | 41.3 |
| A2 | 44.8 | 86 | 72 | 19 |
| A3 | 45.24 | 66 | 57.7 | 20 |
| A4 | 53.82 | 50 | 59.3 | 37.7 |
| A5 | 34.91 | 38 | 23.7 | 8.7 |
| A6 | 36.64 | 70 | 45 | 1 |
| A7 | 34.54 | 118 | 70.3 | 0 |
| A8 | 36.04 | 72 | 44.3 | 0 |
| A9 | 34.16 | 112 | 66.7 | 0.7 |
| A10 | 35.57 | 85 | 53 | 0 |
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCTA
TGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTG
GGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATC
TGAGGAGACTTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGGAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGCTACCGGGGTAAACCATTCGTACCGGGGTAAACCATTCA
GTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGACATCGAGTGAGGCCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCACAGCTCTCAATCACTTGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTGTAATGACTCATA
TACATCTCTTACAGTTTACATCTTCTAAGGATTTGCTTCTGAGTAGATGCTCCACTTGCATTTGACCTTGCTTCATTGATTCTTATTTAATTTTTTAATTGTTCAAGTTGAAACATTTTAGGTTTGCAATGTGTTACTTTGGCTTTTGAGTATGCTAATTGCTTGTGAAACTTGATTGTTGAATATTGCTGATGCCTTGA
ACATAGAATTGCTGAACATAGTATTGCTGATGCTTGTGAAACTTGATATTTTCTTCTGTTTGAATTTGTATCAAGTTGTTAGAGAAGATTTGTTAGCATCTTGAAAACGGTTTTATACTTAATTCCACATATATAGGTGTTTGTTTCTACATAATATTAGATATGAAGTAACATACTGTCAATATGTGTCTTTGGCTATA
GATTTCTTTTGCTGATGTCTACACACTGTACAGGTTTATCTTAAGGTACATGGAGGTTTTAAGTATTAACTAACGGACTACTTTGGTTTCAAGATGCTAGGCTTTAACTAATGAATTAAGGTCATAGGATTCTAGGTTTTAATTAATGGGCTATTATTGTTCAGGGATGCTATAGAAGGTATCAGCCAAATTTAATGGCG
CGTTGGACTCAATTTGCACAATTCCATGGTCATTGCAATTGTTAAGATATCACATGTGGGGGTCCTTGATGGCATGGTTATCTCAATTCTTATGCTAGAGTACGGGGTGCTAAATAAGTGGATGGTGTCACGTGCCTCTGAATTTTACCATCTCGAAGTCCATCGTCTTAAGATATGGGCATTCGTGATGTGAAATAGGA
CAATTATGGACGAGGCAGAAAGAAGCCATTCACCCTTTATGTAGAATCCCTCAAGACAGACTCAAGGAAAAGCATACAATGTAGAGAAAAAATGAATATCCACAAATGGAGGAGGGATTTAGTTGGATTTACCTTGACAATCTGTTAAGTTGGGCATTCCAAGTAATGCACCCTTTGCCTGGAGACTTACCTGAGCTGTT
AATTAAAAAATTGAAATAGTGTCTTTTTTAGTTTCAATATCATCCTCTGAGTTCTCTGTTTTAGTGTGAATTAAAATTAAAATAGTCTCTTTATTGTCTGAGTTCCAAAAAAATTGCTAATCTCACTCTTCTTTGTTTTACCTTTTAAGCATATCAGCTTGAAAACTACAATGCTAGTCTCCAAGGCCGGGCTTTCCATT
ATAAGAACTGGTCCTTCCCCTTTTAGTGCTGCACTTTCATTTGCCTGATTTCTTATCTGATTTACTTTCATCTCTGTTAAAGAAAAGTCTTTTCCTTAGTATCTGCTTCATCATTTTGAAGATTCTCCTCTGCCATAAGAGACAATATTATGTATTACAAGCAATGTTGCATGACTCGGACTCAGCAAAGACTCGGCTGG
CACTTGATTCGTCGACTCTGGAAAGACTCGGGAAAGACCCGGGACAGACTCGACAAGACTCAGCAAATAGGAAAAAAACTTAAAATATGGTTCTTCTGCGT
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCTA
TGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTG
GGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATC
TGAGGAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGgtatgtctcttaatcttttggtgttatatagtgctacttaaattttcctttttattttaatttgttttttgacggaattcacataaagG
GAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGCTACCGGGGTAAACCATTCGTACCGGGGTAAACCATTCAGTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGACATCGAGTGAGGCCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCACAGCTCTCAATCACT
TGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTGTAATGACTCATATACATCTCTTACAGTTTACATCTTCTAAGGATTTGCTTCTGAGTAGATGCTCCACTTGCATTTGACCTTGCTTCATTGATTCTTATTTAATTTTTTAATTGTTCAAGTTGAAACATTTTAGGTTT
GCAATGTGTTACTTTGGCTTTTGAGTATGCTAATTGCTTGTGAAACTTGATTGTTGAATATTGCTGATGCCTTGAACATAGAATTGCTGAACATAGTATTGCTGATGCTTGTGAAACTTGATATTTTCTTCTGTTTGAATTTGTATCAAGTTGTTAGAGAAGATTTGTTAGCATCTTGAAAACGGTTTTATACTTAATTC
CACATATATAGGTGTTTGTTTCTACATAATATTAGATATGAAGTAACATACTGTCAATATGTGTCTTTGGCTATAGATTTCTTTTGCTGATGTCTACACACTGTACAGGTTTATCTTAAGGTACATGGAGGTTTTAAGTATTAACTAACGGACTACTTTGGTTTCAAGATGCTAGGCTTTAACTAATGAATTAAGGTCAT
AGGATTCTAGGTTTTAATTAATGGGCTATTATTGTTCAGGGATGCTATAGAAGGTATCAGCCAAATTTAATGGCGCGTTGGACTCAATTTGCACAATTCCATGGTCATTGCAATTGTTAAGATATCACATGTGGGGGTCCTTGATGGCATGGTTATCTCAATTCTTATGCTAGAGTACGGGGTGCTAAATAAGTGGATGG
TGTCACGTGCCTCTGAATTTTACCATCTCGAAGTCCATCGTCTTAAGATATGGGCATTCGTGATGTGAAATAGGACAATTATGGACGAGGCAGAAAGAAGCCATTCACCCTTTATGTAGAATCCCTCAAGACAGACTCAAGGAAAAGCATACAATGTAGAGAAAAAATGAATATCCACAAATGGAGGAGGGATTTAGTTG
GATTTACCTTGACAATCTGTTAAGTTGGGCATTCCAAGTAATGCACCCTTTGCCTGGAGACTTACCTGAGCTGTTAATTAAAAAATTGAAATAGTGTCTTTTTTAGTTTCAATATCATCCTCTGAGTTCTCTGTTTTAGTGTGAATTAAAATTAAAATAGTCTCTTTATTGTCTGAGTTCCAAAAAAATTGCTAATCTCA
CTCTTCTTTGTTTTACCTTTTAAGCATATCAGCTTGAAAACTACAATGCTAGTCTCCAAGGCCGGGCTTTCCATTATAAGAACTGGTCCTTCCCCTTTTAGTGCTGCACTTTCATTTGCCTGATTTCTTATCTGATTTACTTTCATCTCTGTTAAAGAAAAGTCTTTTCCTTAGTATCTGCTTCATCATTTTGAAGATTC
TCCTCTGCCATAAGAGACAATATTATGTATTACAAGCAATGTTGCATGACTCGGACTCAGCAAAGACTCGGCTGGCACTTGATTCGTCGACTCTGGAAAGACTCGGGAAAGACCCGGGACAGACTCGACAAGACTCAGCAAATAGGAAAAAAACTTAAAATATGGTTCTTCTGCGT
Intron 11 GTAAGTTCTT ... TCCCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.15 | 271 | 13.5 | 44.3 |
| A2 | 22.3 | 222 | 8.8 | 66 |
| A3 | 13.11 | 249 | 9 | 42 |
| A4 | 10.55 | 203.5 | 2.5 | 26.3 |
| A5 | 11.28 | 132 | 3.8 | 19 |
| A6 | 11.25 | 240.5 | 0 | 34.8 |
| A7 | 8.46 | 461 | 0 | 52.3 |
| A8 | 11.35 | 294 | 0 | 41 |
| A9 | 9.82 | 361 | 0 | 48.5 |
| A10 | 7.92 | 393 | 0 | 40.3 |
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGCT
CAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATACATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCCA
TACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTAC
GCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGATGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTTC
CGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTTCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTTG
TTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGGCGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGGA
GGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACGT
GGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCTA
TGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTG
GGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATC
TGAGGAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATTTGTTTTTTGACGGAATTCACATAAAGG
GAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGCTACCGGGGTAAACCATTCGTACCGGGGTAAACCATTCAGTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGACATCGAGTGAGGCCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCACAGCTCTCAATCACT
TGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTGTAATGACTCATATACATCTCTTACAGTTTACATCTTCTAAGGATTTGCTTCTGAGTAGATGCTCCACTTGCATTTGACCTTGCTTCATTGATTCTTATTTAATTTTTTAATTGTTCAAGTTGAAACATTTTAGGTTT
GCAATGTGTTACTTTGGCTTTTGAGTATGCTAATTGCTTGTGAAACTTGATTGTTGAATATTGCTGATGCCTTGAACATAGAATTGCTGAACATAGTATTGCTGATGCTTGTGAAACTTGATATTTTCTTCTGTTTGAATTTGTATCAAGTTGTTAGAGAAGATTTGTTAGCATCTTGAAAACGGTTTTATACTTAATTC
CACATATATAGGTGTTTGTTTCTACATAATATTAGATATGAAGTAACATACTGTCAATATGTGTCTTTGGCTATAGATTTCTTTTGCTGATGTCTACACACTGTACAGGTTTATCTTAAGGTACATGGAGGTTTTAAGTATTAACTAACGGACTACTTTGGTTTCAAGATGCTAGGCTTTAACTAATGAATTAAGGTCAT
AGGATTCTAGGTTTTAATTAATGGGCTATTATTGTTCAGGGATGCTATAGAAGGTATCAGCCAAATTTAATGGCGCGTTGGACTCAATTTGCACAATTCCATGGTCATTGCAATTGTTAAGATATCACATGTGGGGGTCCTTGATGGCATGGTTATCTCAATTCTTATGCTAGAGTACGGGGTGCTAAATAAGTGGATGG
TGTCACGTGCCTCTGAATTTTACCATCTCGAAGTCCATCGTCTTAAGATATGGGCATTCGTGATGTGAAATAGGACAATTATGGACGAGGCAGAAAGAAGCCATTCACCCTTTATGTAGAATCCCTCAAGACAGACTCAAGGAAAAGCATACAATGTAGAGAAAAAATGAATATCCACAAATGGAGGAGGGATTTAGTTG
GATTTACCTTGACAATCTGTTAAGTTGGGCATTCCAAGTAATGCACCCTTTGCCTGGAGACTTACCTGAGCTGTTAATTAAAAAATTGAAATAGTGTCTTTTTTAGTTTCAATATCATCCTCTGAGTTCTCTGTTTTAGTGTGAATTAAAATTAAAATAGTCTCTTTATTGTCTGAGTTCCAAAAAAATTGCTAATCTCA
CTCTTCTTTGTTTTACCTTTTAAGCATATCAGCTTGAAAACTACAATGCTAGTCTCCAAGGCCGGGCTTTCCATTATAAGAACTGGTCCTTCCCCTTTTAGTGCTGCACTTTCATTTGCCTGATTTCTTATCTGATTTACTTTCATCTCTGTTAAAGAAAAGTCTTTTCCTTAGTATCTGCTTCATCATTTTGAAGATTC
TCCTCTGCCATAAGAGACAATATTATGTATTACAAGCAATGTTGCATGACTCGGACTCAGCAAAGACTCGGCTGGCACTTGATTCGTCGACTCTGGAAAGACTCGGGAAAGACCCGGGACAGACTCGACAAGACTCAGCAAATAGGAAAAAAACTTAAAATATGGTTCTTCTGCGT
>TRINITY_DN131919_c2_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTTCTGGGTGTATATTGATGCCAAATTCAATAGACTTTGGTTTCATAAATGCACTGAAATTCTATGATTATGCTTATCACTCGGTATAGTTTAGCATACTCAGTTCGTTAATGTAATTGTTTCAGATGTAACTGCCTTTTCTTTTATATTGAAATGTATCTTCTTTAAAGTTTAGACTAAGTTTCTACCTTCCTTTTG
TAGAGTGGAAGCCACATACCACTTTGTAATTATCTCATGGAAGTGTTCATGCAAGGAAATGAAAAACATCCATCAACATCTTGAAATTTCAATCATCTCAATTGGTTTGAGTGGGACTAAGCCTTTTGCGTTCATGGCAAGTTCGAAATACAGTGGCCTTTTCTGGTTGATTGACAGGTCTTGTTTACCGAAGCCAAAGT
TCAACTGCGAGGTGTTGTAGGCTTTGTGCATGACAGTTTTTTTTATTGTAAACATGCAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTTGGGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAAT
TCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGTTTAATTTTGTCCTTTGGGTTCTTTTAATAGCTTAATGAATTTTGGAGATTCCCTGTGACTTTTCCCAAAAGTCCGTGTTAGTATTATTAATGAATATTTGCAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCATCTGA
GGAGgtaagttctttctgttgattgtaatcaggcaaatcaggataatttagtaccatcctagatgtagttttgtctagctgacatttctaatattttctacagacttcccttgcagATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTAT
TTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATTTGTTTTTTGACGGAATTCACATAAAGGGAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATG
Intron 12 GTTATTCCTT ... GTCACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.2 | 237 | 60 | 14 |
| A2 | 27.87 | 176 | 68 | 2 |
| A3 | 25.29 | 195 | 66 | 4 |
| A4 | 25.79 | 236 | 82 | 8 |
| A5 | 30.36 | 78 | 34 | 2 |
| A6 | 24.32 | 498 | 160 | 1 |
| A7 | 25.15 | 500 | 168 | 5 |
| A8 | 25.85 | 631 | 220 | 4 |
| A9 | 25.92 | 483 | 169 | 4 |
| A10 | 25 | 324 | 108 | 6 |
>TRINITY_DN109464_c2_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoformGGCCTATAGCTGCTTATCAAATAGGCCCAACCAACTCAGCTAGCCAAATAACCTAGGAATTGAACCCTGACCTCTGGCCTATAGCTGCTTATCAAATAGGCCCAACCAACTCAGCTAGCCAAATAACCTAGGAATTGAACCCTGACCTCTGGCCTATAGCTGCTTATCAAATAAGCCCAACCAACTCAGCTAGTTGTTTG
GCTTCAAGAGTATACATGTTTGGCTGCATATATATATATATATATATATGGATAACGCCACTATTATAAAGCTCGAAGGAAATATAACGTTAGCCAGGGTTTTGCTGAAAGTGTAATGTGGGTTTTTCAAAGCCCACTCAGTGACAGTCGATTTAAGGAATACACAGAGACGTCAGCAGCTCCGCAGCTCGATTTAACGC
TCAGAAGCTCATCATAACTCCAAACAATCCATACGTTTTTTTCTCAGACCTCACACTGTTAAATCATGGAGGAGTCACCGACTCTCGGCAAACGTAAGGCAGGGGAAACGCCGGACAGCAGGGCCGAGGAGCTAAAACCGGAAGCCGAAGTTGAGCTGAAGCGCCGCAACATGGTTCGAACCTGCGTCCACGAGGTGGCC
ATACCCACGGGCTACGCCTCGGCCATGGACGAGACCAAACACGGGACAATTTCGAATCCCGTCTACAGCGGTCCAATGGCGAAGACCTACCCGTTTAACCTGGACCCTTTCCAGCAGGTCTCCGTATCCTGCCTGGAGCGCAACGAATCGGTTCTCGTGTCGGCCCACACCTCGGCCGGGAAGACGGCCGTGGCCGAGTA
CGCCATCGCCATGGCCTTCAGGGACAAGCAACGGGTCATATACACGTCACCTCTGAAGGCCCTGAGCAACCAGAAGTACCGGGAGCTCAGCCACGAGTTCACGGACGTAGGGCTAATGACGGGTGACGTGTCCATGTCCCCGAATGCCTCGTGCCTCGTCATGACCACGGAGATTCTCAGAGGGATGCTCTACAGGGGTT
CCGAGGTCTTGAAAGAGGTTGCCTGGGTCATCTTTGACGAGATTCACTACATGAAGGACCGGGAGCGCGGGGTCGTGTGGGAGGAGAGCATAATTTTCCTTCCCCCGGCTATCAAAATGGTGTTTCTCTCGGCCACCATGTCGAATGCCACGGAATTTGCCGAGTGGATCTGCAAGCTGCACGCCCAGCCCTGCCATGTT
GTTTACACCGACTTCCGGCCGACTCCGCTTCAGCATTATGCATTTCCGGTCGGGGGTTCCGGGCTGTATCTCGTGGTCGACGAGAAAGAGGGGTTTAGAGAGGACAATTTCTTGAAGGCGCAGGAGTCGTTCCCCAAGAAAATACATGACGATGGCCTGGCTTCAGCGAGGAATGGGTTGCAGGGGAATGCCAAAGGTGG
AGGAGGAGGAGGAGGCAAGGGTGCGAAAGGCGGGAAAGGCAGCGGAGGTGTAGGTTCCGACATCTACAAAATTGTGAAGATGATTATGGAGCGGAAGTTTCAGCCAGTAATTGTTTTCAGTTTTAGTCGCCGTGAGTGCGAACAACATGCCATGTCCATGTCTAAGCTTGACTTTAATTCTGAGGAAGAGAAACAAGACG
TCGAACATGTTTTTCAAAATGCAATACTATGCCTTGATGAGGAAGACAGAAATCTTCCTGCTGTTCAACTAATGCTCCCGTTGCTTAAAAGGGGCATTGCAGTACATCACTCAGGTCTTCTTCCCATCATTAAGGAGCTGGTGGAGCTTCTCTTTCAAGAAGGTCTTATAAAAGCCCTCTTTGCTACAGAAACGTTTGCT
ATGGGCCTGAATATGCCTGCAAAGACTGTCGTTTTTACAGCACTCAGAAAATTTGATGGGGACAGCCATCGTTGGATGGCTTCTGGTGAATATATTCAGATGAGTGGTAGAGCTGGAAGGCGGGGAAAAGATGGACGTGGCATTTGTATTATTATGATTGATGAACAGATGGACTTGAAGACTTGCAAGGAAATGATCTT
GGGGAAACCTGCACCTTTAGTTAGTACCTTCAGGTTGAGCTATTACACGCTACTAAATTTAATGAGCCGAGCTGAGGGACAATTTGATTCTGAATATTGCATCAAGAATTCTTTCCATCAGTTTCAACATGATAAGGCACTACCAGAAGTTGAAGAGAAGATTGCAAAATTGGAGCAAGAAGCAGCCACGCTTGGTGCAT
CTGAGGAGACTTCCCTTGCAGATTATCATAAATTGAGACTAGATATAGCAGAATTAGAGAAACAAATGATGAATGAAATTACTAGGCCTGAGCGTGTTCTTCTATTTCTGGTTCCTGGTAGGCTGGTATGTCTCTTAATCTTTTGGTGTTATATAGTGCTACTTAAATTTTCCTTTTTATTTTAATTTGTTTTTTGACGG
AATTCACATAAAGGGAAACCCTCTGGGCACTTCCCATCATTTCGAGGATGCTACCGGGGTAAACCATTCGTACCGGGGTAAACCATTCAGTTGCAGTTTTGGCAGCCTAATCCTGTGGGGATATCGAGTGAGGCCCACAATATTCACAGAGGCAGCCAGCCCTTGGGACTTGACCCCGTGATCTCCTGCTTGCAATTCAC
AGCTCTCAATCACTTGAGCTAATTCACTGGGATTTACGTACATTTACCTATGACAATAATGCTTGATTTGATTTTTATTAGGGTGAGAGATGGTACAACTGAGTGGGGATGGGGAGTGGTAGTTAATGTAGTGAAAAAGCCATCAATGCCACCCAGCTCGTTACCTTCTCATATATTAGGTTCTCGTACTAGTAGTTATA
TAGTGGACACGCTTTTACATTGTGCTTCTGGCTTGACAAGTGATGGTCCCCGCCCAAAGCCATGTCCTGCTCCTCCCAGACAAAAAGGTGAAATGCATGTGGTACCTGTTCAACTGCCCCTTATTTGTTCTCTTAGTAATCTTAGGGTTGCCATTCCTCAAGATCTACGACCAGCAGAGGCAAGGCAGAGTGTACTCATG
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>TRINITY_DN109464_c2_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGCCTATAGCTGCTTATCAAATAGGCCCAACCAACTCAGCTAGCCAAATAACCTAGGAATTGAACCCTGACCTCTGGCCTATAGCTGCTTATCAAATAGGCCCAACCAACTCAGCTAGCCAAATAACCTAGGAATTGAACCCTGACCTCTGGCCTATAGCTGCTTATCAAATAAGCCCAACCAACTCAGCTAGTTGTTTG
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