sp|P93394|UPP_TOBAC ----> Uracil phosphoribosyltransferase

Intron 1 GTAAGCCATC ... CTTTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.99	15.1	0	2
A2	0	8.6	0	0
A3	6.51	14.5	0	1
A4	0	6	0	0
A5	15	5.8	0	1
A6	21.68	44	0	12
A7	15.46	38.6	1.5	7
A8	17.13	59.1	0	12
A9	22.96	42	0	12
A10	19.3	21.6	0	5

>TRINITY_DN35667_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCTAGTGTAATTCTTTACTGATGAGTTGGTCTACTAATTAAGCAAAATTCAAAGGTAAAACAATGATACGGTTTTTCTTAATACATTTCTTCAGGTTTGGCTGTGTTTTTGTTTTTATCGGGAGAAGTGGCAGCGGGGAGAGCCACACGGTTCGCTATCCAATATAACAACACTCGAAGGTTGCTGAATGTTAGACATC
CGATCATCAGATTATTATTATTACGTTCAGTTTGGGATTTGGGTGAGAGGAGGATATCTCTTATTCGAGCCGGAATGGCCAGTTGTATAGCTTCTTCTTCAATCGCTTCCCTTTCTACTAGCATCTCCAACTCCACTTCTTCTTCCTTCCCGCGTACTCAACCATCCCGATTACGCAGGCATTATTGCCCTGTAAAGTTT
CCAAGTTTCGTCTTCCAGTTTAGAAAAACAAGCAAAGCTAAGTTTGATGCCAAGTGTTTAGCAACGACAGAAAGCAGGAATGTTGCTGGCGAAAGGATGCTGGTTTTTGTCCCCCCACATCCCTTGATCAAGCATTGGGTATCTGTTCTTAGAAATGAGCAAAGCCCATGCCCTATTTTTAAAAGTGCGATGGCAGAACT
TGGGAGACTTCTTATTTACGAGGCATCAAGGGATTGGTTGCCCATTCTCAGCGGTGAGATCCAAACACCACTAGGAGTTGCATCTGTGGAGTTCATTGATCCAAGAGAGCCTGTGACGGTCAGAAAGTGGTCAATAAACATTACAACATGCATATAGTGCCGGTTTTGAGAGCTGGTCTTGTATTGGTGGAGCATGTGGC
ATCTATTTTACCTGCAACAAAAACATATCATGTTGGCTATTATAGAGATGAGAATACACTTCAACCAACTTTATATCTGAACAAACTGCCAGAGAGATTTCCAGAGGGGTCTCGTGTTCTTGTAGCTGATCCAATGCTCGCTACTGGTGGGACAATTGTTGCCACAATTGATCTATTGAAGGACAGGGGAATTGATCCCA
AGAATATACGTGTGGTTTCAGCTGTGGCTGCTCCTCCTGCACTTCAGAAATTAAGTGATAAATTTCCTGGGCTTCATGTCTATACTGGCACTATTGATATTACTCTGGATGAAAACGGATTTATTATTCCAGGTCTTGGGGATGCAGGAGACCGCAGCTATGGCACTTAACAAAGAGTAGATTAAAACTTCATATAGAGG
CCATAAAAACATTCAATTGGTTATCTTCTAGTGTCAGGAAATTGCTTTTTAATTTCATTTCAGTGAAATACACTCTTTTTGCAGAAACTAATCTTACTAATTCTTTTGAATAGTGAGTGCAAGTAAAATGTCGTCGTATAGGAAGCTTTGATTTCTGAAAGCCTAATCAACACATTCCCCGAATGGTAGGAAGCTATATA
AATGAAATCTCTCAAAATTCTAAGTTGTGTTGGTGGTAGAAAATTTTAATATAATGAAAGATTGTGACCCTTAATTTTGACACTGTCGTGCCCAAAAAACTGTGATAGTAACATTCTGTTGTTTGTATTTGACAAGCAATATGCATCAACAG

>TRINITY_DN35667_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATTAAGTGATAAATTTCCTGGgtaagccatcaagtttgtgttggtattgttgcaaaaaaaattcagtctagttagttcaatgatattttttctttttacagGCTTCATGTCTATACTGGCACTATTGATATTACTCTGGATGAAAACGGATTTATTATTCCAGGTCTTGGGGATGCAGGAGACCGCAGCTATGGCACTT
AACAAAGAGTAGATTAAAACTTCATATAGAGGCCATAAAAACATTCAATTGGTTATCTTCTAGTGTCAGGAAATTGCTTTTTAATTTCATTTCAGTGAAATACACTCTTTTTGCAGAAACTAATCTTACTAATTCTTTTGAATAGTGAGTGCAAGTAAAATGTCGTCGTATAGGAAGCTTTGATTTCTGAAAGCCTAATC
AACACATTCCCCGAATGGTAGGAAGCTATATAAATGAAATCTCTCAAAATTCTAAGTTGTGTTGGTGGTAGAAAATTTTAATATAATGAAAGATTGTGACCCTTAATTTTGACACTGTCGTGCCCAAAAAACTGTGATAGTAACATTCTGTTGTTTGTATTTGACAAGCAATATGCATCAACAG

Intron 2 GTTTGGCTGT ... CCCTGTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84	4	3	21
A2	76.47	4	2	13
A3	70.21	14	0	33
A4	86.67	2	0	13
A5	85.71	1	0	6
A6	83.08	11	2	54
A7	84.95	14	1	79
A8	91.67	3	0	33
A9	80.53	22	1	91
A10	85.25	9	6	52

>TRINITY_DN38744_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

GGAACAATCGCCCTGTCCCTCGCAAAAAAAATGAAGCTTAAGTACCGTGTTTCACGTACATACCCATGAATGAATCTTTATTGACAAGATGGTCTACTGTTACTGATAAGATGGTCTGGATAAACAATGACACGTTTTGTCTTTATACATTTCTTCAGTTTCCAAGTTTCGTCTTCCAGTTTAGAAAAACAAGCAAAGCT
AAGTTTGATGCCAAGTGTTTAGCAACGACAGAAAGCAGGAATGTTGCTGGCGAAAGGATGCTGGTTTTTGTCCCCCCACATCCCTTGATCAAGCATTGGGTATCTGTTCTTAGAAATGAGCAAAGCCCATGCCCTATTTTTAAAAGTGCGATGGCAGAACTTGGGAGACTTCTTATTTACGAGGCATCAAGGGATTGGTT
GCCCATTCTCAGCGGTGAGATCCAAACACCACTAGGAGTTGCATCTGTGGAGTTCATTGATCCAAGAGAGCCTGTGACGATAGTGCCGGTTTTGAGAGCTGGTCTTGTATTGGTGGAGCATGTGGCATCTATTTTACCTGCAACAAAAACATATCATGTTGGCTATTATAGAGATGAGAATACACTTCAACCAACTTTAT
ATCTGAACAAACTGCCAGAGAGATTTCCAGAGGGGTCTCGTGTTCTTGTAGCTGATCCAATGCTCGCTACTGGTGGGACAATTGTTGCCACAATTGATCTATTGAAGGACAGGGGAATTGATCCCAAGAATATACGTGTGGTTTCAGCTGTGGCTGCTCCTCCTGCACTTCAGAAATTAAGTGATAAATTTCCTGGGCTT
CATGTCTATACTGGCACTATTGATATTACTCTGGATGAAAACGGATTTATTATTCCAGGTCTTGGGGATGCAGGAGACCGCAGCTATGGCACTTAACAAAGAGTAGATTAAAACTTCATATAGAGGCCATAAAAACATTCAATTGGTTATCTTCTAGTGTCAGGAAATTGCTTTTTAATTTCATTTCAGTGAAATACACT
CTTTTTGCAGAAACTAATCTTACTAATTCTTTTGAATAGTGAGTGCAAGTAAAATGTCGTCGTATAGGAAGCTTTGATTTCTGAAAGCCTAATCAACACATTCCCCGAATGGTAGGAAGCTATATAAATGAAATCTCTCAAAATTCTAAGTTGTGTTGGTGGTAGAAAATTTTAATATAATGAAAGATTGTGACCCTTAA
TTTTGACACTGTCGTGCCCAAAAAACTGTGATAGTAACATTCTGTTGTTTGTATTTGACAAGCAATATGCATCAACTCTAATTCAGTTTGTTCAGATTATTGCTAGTTTACTATTGTCTTCAAAGTCACTGCAGATTCTTTGTTTTGGTGGTCTCAAAATATTGTTTTCCTCATTCTCATATCTCACATGGAACGTACAA
GCCAACTGGGAGTTGGTTCACTG

>TRINITY_DN38744_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGAACAATCGCCCTGTCCCTCGCAAAAAAAATGAAGCTTAAGTACCGTGTTTCACGTACATACCCATGAATGAATCTTTATTGACAAGATGGTCTACTGTTACTGATAAGATGGTCTGGATAAACAATGACACGTTTTGTCTTTATACATTTCTTCAGgtttggctgtgtttttgtttttatcgggagaagtggcagcgg
ggagagccacacggttcgctatccaatataacaacactcgaaggttgctgaatgttagacatccgatcatcagattattattattacgttcagtttgggatttgggtgagaggaggatatctcttattcgagccggaatggccagttgtatagcttcttcttcaatcgcttccctttctactagcatctccaactccact
tcttcttccttcccgcgtactcaaccatcccgattacgcaggcattattgccctgtaaagTTTCCAAGTTTCGTCTTCCAGTTTAGAAAAACAAGCAAAGCTAAGTTTGATGCCAAGTGTTTAGCAACGACAGAAAGCAGGAATGTTGCTGGCGAAAGGATGCTGGTTTTTGTCCCCCCACATCCCTTGATCAAGCATTG
GGTATCTGTTCTTAGAAATGAGCAAAGCCCATGCCCTATTTTTAAAAGTGCGATGGCAGAACTTGGGAGACTTCTTATTTACGAGGCATCAAGGGATTGGTTGCCCATTCTCAGCGGTGAGATCCAAACACCACTAGGAGTTGCATCTGTGGAGTTCATTGATCCAAGAGAGCCTGTGACGATAGTGCCGGTTTTGAGAG
CTGGTCTTGTATTGGTGGAGCATGTGGCATCTATTTTACCTGCAACAAAAACATATCATGTTGGCTATTATAGAGATGAGAATACACTTCAACCAACTTTATATCTGAACAAACTGCCAGAGAGATTTCCAGAGGGGTCTCGTGTTCTTGTAGCTGATCCAATGCTCGCTACTGGTGGGACAATTGTTGCCACAATTGAT
CTATTGAAGGACAGGGGAATTGATCCCAAGAATATACGTGTGGTTTCAGCTGTGGCTGCTCCTCCTGCACTTCAGAAATTAAGTGATAAATTTCCTGGGCTTCATGTCTATACTGGCACTATTGATATTACTCTGGATGAAAACGGATTTATTATTCCAGGTCTTGGGGATGCAGGAGACCGCAGCTATGGCACTTAACA
AAGAGTAGATTAAAACTTCATATAGAGGCCATAAAAACATTCAATTGGTTATCTTCTAGTGTCAGGAAATTGCTTTTTAATTTCATTTCAGTGAAATACACTCTTTTTGCAGAAACTAATCTTACTAATTCTTTTGAATAGTGAGTGCAAGTAAAATGTCGTCGTATAGGAAGCTTTGATTTCTGAAAGCCTAATCAACA
CATTCCCCGAATGGTAGGAAGCTATATAAATGAAATCTCTCAAAATTCTAAGTTGTGTTGGTGGTAGAAAATTTTAATATAATGAAAGATTGTGACCCTTAATTTTGACACTGTCGTGCCCAAAAAACTGTGATAGTAACATTCTGTTGTTTGTATTTGACAAGCAATATGCATCAACTCTAATTCAGTTTGTTCAGATT
ATTGCTAGTTTACTATTGTCTTCAAAGTCACTGCAGATTCTTTGTTTTGGTGGTCTCAAAATATTGTTTTCCTCATTCTCATATCTCACATGGAACGTACAAGCCAACTGGGAGTTGGTTCACTG

Intron 3 GTATGTAGAA ... GTTTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.27	16	0	6
A2	33.33	10	2	5
A3	31.25	11	1	5
A4	15.38	11	2	2
A5	0	2	0	0
A6	28.57	45	1	18
A7	23.75	61	7	19
A8	21.33	59	9	16
A9	28.07	41	0	16
A10	28.13	46	0	18

>TRINITY_DN35705_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

AATACATTTCTTCAGGTTTGGCTGTGTTTTTGTTTTTATCGGGAGAAGTGGCAGCGGGGAGAGCCACACGGTTCGCTATCCAATATAACAACACTCGAAGGTTGCTGAATGTTAGACATCCGATCATCAGATTATTATTATTACGTTCAGTTTGGGATTTGGGTGAGAGGAGGATATCTCTTATTCGAGCCGGAATGGCC
AGTTGTATAGCTTCTTCTTCAATCGCTTCCCTTTCTACTAGCATCTCCAACTCCACTTCTTCTTCCTTCCCGCGTACTCAACCATCCCGATTACGCAGGCATTATTGCCCTGTAAAGTTTCCAAGTTTCGTCTTCCAGTTTAGAAAAACAAGCAAAGCTAAGTTTGATGCCAAGTGTTTAGCAACGACAGAAAGCAGGAA
TGTTGCTGGCGAAAGGATGCTGGTTTTTGTCCCCCCACATCCCTTGATCAAGCATTGGGTATCTGTTCTTAGAAATGAGCAAAGCCCATGCCCTATTTTTAAAAGTGCGATGGCAGAACTTGGGAGACTTCTTATTTACGAGGCATCAAGGGATTGGTTGATAGTGCCGGTTTTGAGAGCTGGTCTTGTATTGGTGGAGC
ATGTGGCATCTATTTTACCTGCAACAAAAACATATCATGTTGGCTATTATAGAGATGAGAATACACTTCAACCAACTTTATATCTGAACAAACTGCCAGAGAGATTTCCAGAGGGGTCTCGTGTTCTTGTAGCTGATCCAATGCTCGCTACTGGTGGGACAATTGTTGCCACAATTGATCTATTGAAGGACAGGGGAATT
GATCCCAAGAATATACGTGTGGTTTCAGCTGTGGCTGCTCCTCCTGCACTTCAGAAATTAAGTGATAAATTTCCTGGGCTTCATGTCTATACTGGCACTATTGATATTACTCTGGATGAAAACGGATTTATTATTCCAGGTCTTGGGGATGCAGGAGACCGCAGCTATGGCACTTAACAAAGAGTAGATTAAAACTTCAT
ATAGAGGCCATAAAAACATTCAATTGGTTATCTTCTAGTGTCAGGAAATTGCTTTTTAATTTCATTTCAGTGAAATACACTCTTTTTGCAGAAACTAATCTTACTAATTCTTTTGAATAGTGAGTGCAAGTAAAATGTCGTCGTATAGGAAGCTTTGATTTCTGAAAGCCTAATCAACACATTCCCCGAATGGTAGGAAG
CTATATAAATGAAATCTCTCAAAATTCTAAGTTGTGTTGGTGGTAGAAAATTTTAATATAATGAAAGATTGTGACCCTTAATTTTGACACTGTCGTGCCCAAAAAACTGTGATAGTAACATTCTGTTGTTTGTATTTGACAAGCAATATGCATCAACTCTAATTCAGTTTGTTCAGATTATTGCTAGTTTACTATTGTCT
TCAAAGTCACTGCAGATTCTTTGTTTTG

>TRINITY_DN35705_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGTTAACCTATATTGTGTCAAATGGGGTCAGCCTGGCTTATTAATAAAAAGTTAGTTTGGATGCCATTTACTCCTCATTTGTCATAATCTGTATTCATATTTCCGACTCTTGAGTGTTGGACCTTATTTGAAGTCCAAAACGTCTCTCATGACTCTCGAGTCTTTATTGCAGCCTAGCCTTCTGTGAATGCATCTTGATT
GATATGATCAATGTTTTGGCTTCTTAGGTGCACAAGTAAGGTAATCTTATTCTGTGCAGGTTTTTAAGGTTATAATCCTTTCTTTAATTCTCTAGAAAACCTAACATATGCTTATTTTGTCTCTGTGGACTGGTAGTACACAGCAAAAGAAAACCCTTCGTAGGAAAAGATGAAGCATAAGCAGAACTGGGATAGGTTGA
AAAGTTATTTGGCTTTGGGATATTTTCCTAAACTTGGTGTATCATCCATTAAACCTTATAATAGGAAACTATCCTATTTTGCATCTCTTAATTGTTAATACTTTGATGTTTAATATGTATTTGAACATCAGACTGCCAGAGAGATTTCCAGAGGGGTCTCGTGTTCTTGTAGCTGATCCAATGCTCGCTACTGgtatgta
gaatttacccatttgttttattaaacacccgttttttggatgcacgaaatcacatctctacctcctgtattggttctgcagattgacatttttatttaactcacaaccgacttgaaaatgtttcttcagGTGGGACAATTGTTGCCACAATTGATCTATTGAAGGACAGGGGAATTGATCCCAAGAATATACGTGTGGTT
TCAGCTGTGGCTGCTCCTCCTGCACTTCAGAAATTAAGTGATAAATTTCCTGGGCTTCATGTCTATACTGGCACTATTGATATTACTCTGGATGAAAACGGATTTATTATTCCAGGTCTTGGGGATGCAGGAGACCGCAGCTATGGCACTTAACAAAGAGTAGATTAAAACTTCATATAGAGGCCATAAAAACATTCAAT
TGGTTATCTTCTAGTGTCAGGAAATTGCTTTTTAATTTCATTTCAGTGAAATACACTCTTTTTGCAGAAACTAATCTTACTAATTCTTTTGAATAGTGAGTGCAAGTAAAATGTCGTCGTATAGGAAGCTTTGATTTCTGAAAGCCTAATCAACACATTCCCCGAATGGTAGGAAGCTATATAAATGAAATCTCTCAAAA
TTCTAAGTTGTGTTGGTGGTAGAAAATTTTAATATAATGAAAGATTGTGACCCTTAATTTTGACACTGTCGTGCCCAAAAAACTGTGATAGTAACATTCTGTTGTTTGTATTTGACAAGCAATATGCATCAACTCTAATTCAGTTTGTTCAGATTATTGCTAGTTTACTATTGTCTTCAAAGTCACTGCAGATTCTTTGT
TTTG