sp|C0LGD7|Y1684_ARATH ----> Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g06840
Intron 1 GTCAGTATTT ... TATAACTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.49 | 10 | 13 | 10 |
| A2 | 46.67 | 8 | 9 | 5 |
| A3 | 45 | 11 | 13 | 5 |
| A4 | 65.71 | 6 | 20 | 3 |
| A5 | 48.39 | 8 | 11 | 4 |
| A6 | 29.41 | 6 | 4 | 1 |
| A7 | 29.41 | 18 | 11 | 4 |
| A8 | 32.69 | 35 | 18 | 16 |
| A9 | 26.42 | 39 | 20 | 8 |
| A10 | 33.33 | 32 | 19 | 13 |
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i13 from sample A8 / Example spliced isoformGTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAGGGAGGGAGGCAAAATCACAGAACTGTTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATT
GGTGGGGGAAGGCAGAATTGCAGCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATACGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAGGGGATGTGTATCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTGTTCCA
GCCATCCGAAGACCCCAAGGTGAAGAAATA
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAgtcagtatttctccatactttccttcattctttgtttggctcccatattgtaatcaatagttgattggttttgttggatgaactcgttctccatgaaat
ttggaaagactttaggacgactaaaccctaaaccgccatccagttatttttaacagttgcatatatcatgggcatttacactatgtgcatatcttttaacattgtagtttgttagtgtttctacgttttatatctcgagtttatttgatgtcttgtattgtactataactaagAGGGAGGGAGGCAAAATCACAGAACTG
TTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCAGCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATAGTGCGTATTTCTCCATTGTGTTGTTCATTTTTATTTTGATT
CTCATATTGTAATCATTAGTTTTTCCATTTTGTTTGTTAGATGATTGGTTGCTCGAGCATGACTAAACCCTAAACCATAGGCCATCCAATTTTTTTTAACAGCTCCATTTCATGGACATTTACGATGTAGTGTGTTTATTGTTAGTTAAGTGGAAAACCTAAAACCCATGAAATGATGGAGTGAAATTTAGATGGCTAAA
TCCTAAATGCCAAACCCGTCCAATTTTATTTTTAAGCAACATTTACGATGTCTTTTCAATTTGCATGTTCTTTACAAAGCGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAGGGGATGTGTATCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTTTTTAAAGCAGCTA
GTGTACCAATAGAATGGGAAGAACATTTTGTAGGGAAGGAAATAGATCCACGTACTGGTAGCTTTTTGACTTGGGAAAGCTTAGAATCAGTACGGAGAAATGGCATTGGGCTAAAAGGACCTATGGCTACTCCAATTGGCAAGGGGCATAGGTCATTGAATCTTACTTTGCGTAAGGAGCTTGGACTATATGCCAATGTG
AGACCTTGCTACAGTCTTCCTGGATATAAAACTCGATATGACAATGTGAATCTTGTCACTATTCGTGAAAACACAGAGGGAGAGTATAGTGGCCTTGAACATCAGAAGAATGTTGGGTTGTGCAGGCACAGTTGAGGCATACAGTTGCGTGGACCTTGCCACATCATTATTTGGAGGAGTCGACCAAGTGTTGCTGACTT
GTATTCTAACGTTGAAGAGTCTTCTATATTTAGATTTGTTGTTAGTCAAAGAGTATATACAGAGAACAGGGGTCGAGCCTAACTACACTTGAATATGTAACCCCATCATTAGTAGTTCATTGAGAACTTGAGACACAGTTAATGTTTAACATAGTCTGATTTGATTAGTGTGCTTTATGTACATATATTGTACATGGTTC
ATATAGTAGCGACAAACATGTTTAGGGGATCCTTTGTTATGTAAGCCCTAGTGCTGTAAATGATTTTGTGAGCCTGATGCTGTAAGATTGTTGAGAATGATCTCGGGTGCTGTCAAGAACCTGGTCAATTGGAGATTGTTTCCTGTGAGGCAAACTTGTACTTTGCTGTAACTTCTTTGTACATCTTGTTTTAGTTAGCT
AACAAAATTTTATCTTTTCT
Intron 2 GTCAGTATTT ... TATAACTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.49 | 10 | 13 | 10 |
| A2 | 46.67 | 8 | 9 | 5 |
| A3 | 45 | 11 | 13 | 5 |
| A4 | 65.71 | 6 | 20 | 3 |
| A5 | 48.39 | 8 | 11 | 4 |
| A6 | 29.41 | 6 | 4 | 1 |
| A7 | 29.41 | 18 | 11 | 4 |
| A8 | 32.69 | 35 | 18 | 16 |
| A9 | 26.42 | 39 | 20 | 8 |
| A10 | 33.33 | 32 | 19 | 13 |
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i5 from sample A8 / Example spliced isoformGTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAGGGAGGGAGGCAAAATCACAGAACTGTTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATT
GGTGGGGGAAGGCAGAATTGCAGCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATAGTGCGTATTTCTCCATTGTGTTGTTCATTTTTATTTTGATTCTCATATTGTAATCATTAGTTTTTCCATTTTGTTTGTTAGATGATTGGTTGCTCGAGCATGACTAAACCCTA
AACCATAGGCCATCCAATTTTTTTTAACAGCTCCATTTCATGGACATTTACGATGTAGTGTGTTTATTGTTAGTTAAGTGGAAAACCTAAAACCCATGAAATGATGGAGTGAAATTTAGATGGCTAAATCCTAAATGCCAAACCCGTCCAATTTTATTTTTAAGCAACATTTACGATGTCTTTTCAATTTGCATGTTCTT
TACAAAGCGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGTGAGACGATTTAATTTCTTTGTTTCCCATATATTTAATTTGGTTGAGCGGATCATTGGAATTATTTAAATCTATCATTGAATTGAATTACTTTTATTTAATTTGATTGTCTGGATGAGTGGATCATTGGAATTATCTAAATCTATCATT
CAAGTGAATTATGCTTATTTAATTTTTGAATTATGTTTATTTAATTTGGTTTGTTGATGAGTTATTCCTTCATGAAATATATAGAGCTTCTAGTATGATTAAACCCTAAACCATAGGCCATCCAATTGTTTTTAGCAGTCGCATTCATAGGCTATCCAATTGTTTTTAACAGTCGCGTTTCGTGGAGATTTACAATGTAA
ATCCATGTCTGTGCATACGTTTTTACAATTTAATGTGTTTGTGCATACGTTTTTTTCTGAATTTGTTAAGTGGAAAAACTAAACTCGATCCAGGGTTGAAATGAAATTTACATGGCTAACCCCATCCTATTTTGTCAATAAGTAGCATTTACGATTTCCTTCCCATTTGCATTTTCTTTACAAATTCCGGAGGGGGGGTG
TTCAACGGCCTCTTACAGGGTGATGCTATTTATTTTCTTTGTTATATATATAATTTGGTTTGCTCGTTGAGCGGATTTTTGGAATTATTTAAATCTATTATTTAAGAAAATTATCTTTGTATTTTAAGATAGAAATTCATTTTAAATATATATTTGGTCTATTGTTGTCTATTTTAAGATAGAAATTCATTGTTTTTAAC
AGGAGGGGATGTGTATCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTGATTTATCAATGTTCATCATCATATTTGGTTTTGTTCATTATATTATAAATTATAAATTTCTTTTTTCTTTGATTTTGTATCACTATTGTTATGGTTTTTATTTAACTTTTGATGCTGTC
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i12 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAgtcagtatttctccatactttccttcattctttgtttggctcccatattgtaatcaatagttgattggttttgttggatgaactcgttctccatgaaat
ttggaaagactttaggacgactaaaccctaaaccgccatccagttatttttaacagttgcatatcatgggcatttacactatgtgcatatcttttaacattgtagtttgttagtgtttctacgttttatatctcgagtttatttgatgtcttgtattgtactataactaagAGGGAGGGAGGCAAAATCACAGAACTGTT
GAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCAGCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATAGTGCGTATTTCTCCATTGTGTTGTTCATTTTTATTTTGATTCT
CATATTGTAATCATTAGTTTTTCCATTTTGTTTGTTAGATGATTGGTTGCTCGAGCATGACTAAACCCTAAACCATAGGCCATCCAATTTTTTTTAACAGCTCCATTTCATGGACATTTACGATGTAGTGTGTTTATTGTTAGTTAAGTGGAAAACCTAAAACCCATGAAATGATGGAGTGAAATTTAGATGGCTAAATC
CTAAATGCCAAACCCGTCCAATTTTATTTTTAAGCAACATTTACGATGTCTTTTCAATTTGCATGTTCTTTACAAAGCGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGTGAGACGATTTAATTTCTTTGTTTCCCATATATTTAATTTGGTTGAGCGGG
Intron 3 GTGCGTATTT ... CTTTACAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 59.73 | 6.9 | 11 | 9.5 |
| A2 | 44.52 | 14.7 | 18 | 5.6 |
| A3 | 76.71 | 3.8 | 11 | 14 |
| A4 | 69.73 | 7.7 | 17.8 | 17.5 |
| A5 | 58.9 | 4.3 | 4 | 7.8 |
| A6 | 29.88 | 12.9 | 7 | 4 |
| A7 | 26.77 | 35.7 | 14 | 11.8 |
| A8 | 34.11 | 20.1 | 14 | 6.7 |
| A9 | 34.32 | 37.2 | 28 | 10.8 |
| A10 | 32.09 | 40.4 | 34 | 4.1 |
>TRINITY_DN103590_c0_g4_i1 from sample A5 / Example spliced isoformACTATAAGCATGATGATATGGAACAGCGATATTCGTTCAGCATTGATCTCTCAGATCTGTGGGAGGGAGTCGGAATTACGGAACTGAAGGATACCGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATTGTGTGCATCGACATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAGGGAGGGAGGCAAAATCACAGAACTGTTGAAT
ATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGTATGGTGTCCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCAGCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATACGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAG
GGGATGTGTGTCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTGATTTATCAATGTTCATCATCATATTGGTTTTGTTCATTATATTATAAATTATAAATTTCTTTTTTCTTTTATATTATAAATTATAAATTTATTTTTTCT
>TRINITY_DN103590_c0_g4_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:ACTATAAGCATGATGATATGGAACAGCGATATTCGTTCAGCATTGATCTCTCAGATCTGTGGGAGGGAGTCGGAATTACGGAACTGAAGGATACCGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATTGTGTGCATCGACATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAGGGAGGGAGGCAAAATCACAGAACTGTTGAAT
ATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGTATGGTGTCCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCAGCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATAgtgcgtatttctccattgtgttgttcatttttattttgattctcat
attgtaatcattagtttttccattttgtttgttagatgattggttgctcgagcatgactaaaccctaaaccataggccatccaattttttttaacagctccatttcatggacatttacgatgtagtgtgtttattgttagttaagtggaaaacctaaaacccatgaaatgatggagtgaaatttagatggctaaatccta
aatgccaaacccgtccaattttatttttaagcaacatttacgatgtcttttcaatttgcatgttctttacaaagCGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAGGGGATGTGTGTCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTGATTTATCAATGTTCATCA
TCATATTGGTTTTGTTCATTATATTATAAATTATAAATTTCTTTTTTCTTTTATATTATAAATTATAAATTTATTTTTTCT
Intron 4 GTCAGTATTT ... AAAATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.37 | 40 | 13 | 5 |
| A2 | 17.89 | 39 | 9 | 8 |
| A3 | 20.75 | 42 | 13 | 9 |
| A4 | 19.33 | 48 | 20 | 3 |
| A5 | 28.57 | 20 | 11 | 5 |
| A6 | 30.77 | 9 | 4 | 4 |
| A7 | 19.33 | 48 | 11 | 12 |
| A8 | 28.13 | 46 | 18 | 18 |
| A9 | 22.48 | 50 | 20 | 9 |
| A10 | 30.16 | 44 | 19 | 19 |
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGTTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCA
GCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATACGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAGGGGATGTGTATCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTGTTCCAGCCATCCGAAGACCCCAAGGTG
AAGAAATA
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i12 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAgtcagtatttctccatactttccttcattctttgtttggctcccatattgtaatcaatagttgattggttttgttggatgaactcgttctccatgaaat
ttggaaagactttaggacgactaaaccctaaaccgccatccagttatttttaacagttgcatatcatgggcatttacactatgtgcatatcttttaacattgtagtttgttagtgtttctacgttttatatctcgagtttatttgatgtcttgtattgtactataactaagagggagggaggcaaaatcacagAACTGTT
GAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCAGCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATAGTGCGTATTTCTCCATTGTGTTGTTCATTTTTATTTTGATTCT
CATATTGTAATCATTAGTTTTTCCATTTTGTTTGTTAGATGATTGGTTGCTCGAGCATGACTAAACCCTAAACCATAGGCCATCCAATTTTTTTTAACAGCTCCATTTCATGGACATTTACGATGTAGTGTGTTTATTGTTAGTTAAGTGGAAAACCTAAAACCCATGAAATGATGGAGTGAAATTTAGATGGCTAAATC
CTAAATGCCAAACCCGTCCAATTTTATTTTTAAGCAACATTTACGATGTCTTTTCAATTTGCATGTTCTTTACAAAGCGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGTGAGACGATTTAATTTCTTTGTTTCCCATATATTTAATTTGGTTGAGCGGG
Intron 5 GTAATGATCA ... GCCTCCCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.1 | 11 | 20 | 7 |
| A2 | 55.1 | 11 | 15 | 12 |
| A3 | 36.71 | 25 | 14 | 15 |
| A4 | 80.95 | 2 | 13 | 4 |
| A5 | 43.75 | 9 | 4 | 10 |
| A6 | 46.43 | 15 | 15 | 11 |
| A7 | 58.56 | 23 | 29 | 36 |
| A8 | 39.29 | 17 | 10 | 12 |
| A9 | 52.38 | 20 | 25 | 19 |
| A10 | 58.7 | 19 | 30 | 24 |
>TRINITY_DN46278_c0_g1_i23 from sample A10 / Example spliced isoformGAAAAATCTATGTGCTCACTTATAAATATCACAAAAACTAAAACCCATTCTGTGTGGTGTCATCTCACTATTATTACAGTATGTGATCTGCCGCCTCCTCTAGAGATGGTGTTGGAATCTTAATCCGACTGCAGTATTTGCTTCATTGCATATCACTTCTCTCGCTCTTTTTTAGTTGGTCCCTTTCTTGTTATTGTTTG
CCAACGGGTTATTAATTCTTCTACAGAGTTTCTGTATCGATGAGTTTTATGGCATAGAATGTGAGCTACAGTTGGGGGCGCATGGCGATGGCGAATATGGGTTTTGCGCACAAGGGCATTTCTCCCTTTCGGCATCCTTTTGCCTTATATTTACATAAGTCCCAACGCACATTGGCTGCTGAAGCTGTTAGTGATGACGT
GGCCATTCCTTCCTCCCAAGTCGTCCGTTCTAATTCATGTGGGAAACCAGCGGGTTCAGTTCCCTCTTCACCAGCCGAACATGGATATGCTGACACTTTTGAATGGAAGGCACTCAACTCAAATAATCTTGGACTTTCAACTTCAATGATAAATGAAGAAACATCAACTGTTTTAAAAAAACTTCGGAAGAAAGGATATG
AAGCGTATCTTGTGGGAGGCTGCGTAAGGGATCTTCTTTTGAAGAGGACACCAAAAGACTTTGATATATTAACAAGTGCTGATCTCCCAGAGATTAAAAAAAAAATTTCTAGAAGCAAAATTGTTGGAAGACGGTTCCCCATTTGCCATGTTCATATTAAGGAGTCTATTGTTGAGGTTTCAAGCTTTAGTACATCTGAA
AGAAAGGGAAATAATACTTTCCGAGATTTTACAAAGAGGCCACATGGCTGTACTGATTGTGACTATGCTCGCTGGAAAAATTGTATGAAGCGTGACTTCACTATAAATGGGTTGATGTATGATCCATATGAAAATGTTGTTTATGATTATGCTGGCGGTATGGAAGATTTAAAAATGGCTAAGGTACGGACAGTAATTCC
TGCTCATGTCTCATTTGCAGAGGACCGTGCACGCATATTACGTGCAATCAGGATTGCAGCTCGTCTTGGCTTTCAATTTTCTAGAGATACAGCTCGTGCAATACAAGATTGTTCTCTTTCAATTCTACGGATTGAAAAGGCAAGGCTGATGATGGAAATGAACTATATGCTGGCATTTGGAGCAGCAGAGGCTTCTCTGC
GTTTGCTTTGGAGATTTGGACTTCTTGAAATTCTTCTTCCGATACAAGCAGCATATCTTGTTTCTCAAGGTTTTAGAAGACGTGACAAAAGTTCAAATATGCTTTTGGTTTTGTTTTCAAAATTGGATAATCTACTTGCTCCTAATCGACCATGCCATCATAGTTTATGGATAGCTTTACTAGCATTTCATTTGGCATTA
GTGGATGAACCTCGGGATGCCCTTGTTGTTACATCCTTTGTTATTTCAGTTCGTAATGGTGGGAATTTAGAGAAATCAGTGAATAAAGCAAGAGGGATTTGCAAAAAGGCTAATAAATTTCATCCTGAAGTGCTTGATGCTGTGGAAAATGAGTGCGATGAGTCAGTGATGGACAAGGTACTAGATTTAGCATTGGCAGT
AAAATCATCTTTAAATGCAATGGTGGATGAATACATTGTCTCTCAGGCTATGGCAAAATATCCTCAGGCACCATTCTCTAATCTGGTCTTCATAACAATACCAGCGTGTACAAAGGTCAGGAGCATCTTCAGTTGTGTTGAAGGTCACCGGGGCGATGTCAGATTCAAAAAAGACATGAATATAAATTACAAGTTTCTGG
TAGAGGGTGATCTGGAGGAGATTCGATATGTTTTTGCAAAAGTTGTAATAGATACACTATATTTCACTAATTTAGATGAGCCAAAGGATCAATACCCATCCTAAGATTTTAGTAACTTTCGTCAGAACTGTTCAATTTTAAAATCTCTAATTACTCCTGCTCATTTGGTTGACTTTGTTCTTTTGCCTGTATACACTATA
TTTCACTAATTTAGATGAGCCAAAGGAATCAAGGATCAATACCCATCCTAAGATTTTAGTAACTTTCGTCAGAACTGTTCAATTTTAAAATCTCTAATTACTCCTGCTCATTTGGTTGACTTTGTTCTTTTGCCTGTATACACTATATTTCACTAATTTA
>TRINITY_DN46278_c0_g1_i21 from sample A10 / Example unspliced isoform:GAAAAATCTATGTGCTCACTTATAAATATCACAAAAACTAAAACCCATTCTGTGTGGTGTCATCTCACTATTATTACAGTATGTGATCTGCCGCCTCCTCTAGAGATGGTGTTGGAATCTTAATCCGACTGCAGTATTTGCTTCATTGCATATCACTTCTCTCGCTCTTTTTTAGTTGGTCCCTTTCTTGTTATTGTTTG
CCAACGGGgtaatgatcacagtatagtctctctcttttcacatgcacagtatagtctctctcttattgtctataaacccgtgttaaatgttttatgtttttttagttgaaccatactcacatggcaccagcctttaatactgtattcattgcctccctagTTATTAATTCTTCTACAGAGTTTCTGTATCGATGAGTTTT
ATGGCATAGAATGTGAGCTACAGTTGGGGGCGCATGGCGATGGCGAATATGGGTTTTGCGCACAAGGGCATTTCTCCCTTTCGGCATCCTTTTGCCTTATATTTACATAAGTCCCAACGCACATTGGCTGCTGAAGCTGTTAGTGATGACGTGGCCATTCCTTCCTCCCAAGTCGTCCGTTCTAATTCATGTGGGAAACC
AGCGGGTTCAGTTCCCTCTTCACCAGCCGAACATGGATATGCTGACACTTTTGAATGGAAGGCACTCAACTCAAATAATCTTGGACTTTCAACTTCAATGATAAATGAAGAAACATCAACTGTTTTAAAAAAACTTCGGAAGAAAGGATATGAAGCGTATCTTGTGGGAGGCTGCGTAAGGGATCTTCTTTTGAAGAGGA
CACCAAAAGACTTTGATATATTAACAAGTGCTGATCTCCCAGAGATTAAAAAAAAAATTTCTAGAAGCAAAATTGTTGGAAGACGGTTCCCCATTTGCCATGTTCATATTAAGGAGTCTATTGTTGAGGTTTCAAGCTTTAGTACATCTGAAAGAAAGGGAAATAATACTTTCCGAGATTTTACAAAGAGGCCACATGGC
TGTACTGATTGTGACTATGCTCGCTGGAAAAATTGTATGAAGCGTGACTTCACTATAAATGGGTTGATGTATGATCCATATGAAAATGTTGTTTATGATTATGCTGGCGGTATGGAAGATTTAAAAATGGCTAAGGTACGGACAGTAATTCCTGCTCATGTCTCATTTGCAGAGGACCGTGCACGCATATTACGTGCAAT
CAGGATTGCAGCTCGTCTTGGCTTTCAATTTTCTAGAGATACAGCTCGTGCAATACAAGATTGTTCTCTTTCAATTCTACGGATTGAAAAGGCAAGGCTGATGATGGAAATGAACTATATGCTGGCATTTGGAGCAGCAGAGGCTTCTCTGCGTTTGCTTTGGAGATTTGGACTTCTTGAAATTCTTCTTCCGATACAAG
CAGCATATCTTGTTTCTCAAGGTTTTAGAAGACGTGACAAAAGTTCAAATATGCTTTTGGTTTTGTTTTCAAAATTGGATAATCTACTTGCTCCTAATCGACCATGCCATCATAGTTTATGGATAGCTTTACTAGCATTTCATTTGGCATTAGTGGATGAACCTCGGGATGCCCTTGTTGTTACATCCTTTGTTATTTCA
GTTCGTAATGGTGGGAATTTAGAGAAATCAGTGAATAAAGCAAGAGGGATTTGCAAAAAGGCTAATAAATTTCATCCTGAAGTGCTTGATGCTGTGGAAAATGAGTGCGATGAGTCAGTGATGGACAAGGTACTAGATTTAGCATTGGCAGTAAAATCATCTTTAAATGCAATGGTGGATGAATACATTGTCTCTCAGGC
TATGGCAAAATATCCTCAGGCACCATTCTCTAATCTGGTCTTCATAACAATACCAGCGTGTACAAAGGTCAGGAGCATCTTCAGTTGTGTTGAAGGTCACCGGGGCGATGTCAGATTCAAAAAAGACATGAATATAAATTACAAGTTTCTGGTAGAGGGTGATCTGGAGGAGATTCGATATGTTTTTGCAAAAGTTGTAA
TAGATACACTATATTTCACTAATTTAGATGAGCCAAAGGATCAATACCCATCCTAAGATTTTAGTAACTTTCGTCAGAACTGTTCAATTTTAAAATCTCTAATTACTCCTGCTCATTTGGTTGACTTTGTTCTTTTGCCTGTATACACTATATTTCACTAATTTAGATGAGCCAAAGGAATCAAGGATCAATACCCATCC
TAAGATTTTAGTAACTTTCGTCAGAACTGTTCAATTTTAAAATCTCTAATTACTCCTGCTCATTTGGTTGACTTTGTTCTTTTGCCTGTATACACTATATTTCACTAATTTA
Intron 6 GTATTTCTCC ... CTTTACAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 88.24 | 6 | 70 | 20 |
| A2 | 70.59 | 10 | 33 | 15 |
| A3 | 71.74 | 13 | 55 | 11 |
| A4 | 73.58 | 14 | 48 | 30 |
| A5 | 80 | 2 | 11 | 5 |
| A6 | 33.33 | 3 | 1 | 2 |
| A7 | 67.74 | 5 | 16 | 5 |
| A8 | 75 | 3 | 10 | 8 |
| A9 | 83.33 | 1 | 5 | 5 |
| A10 | 69.23 | 6 | 17 | 10 |
>TRINITY_DN115447_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformACCAGCTGATATGGAATGTTCGGAAAAGCATAAGACTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTGGGGAAACCAGCTGATAAAATGTGAAGAGTCTCTGTTTATTGTTTCTGGAGTTTCTTCTTATGTCTTGTATTGTATTGCTCCCTGTGATAACTGAGAGGGATGGAGGCACATTGTAGAAAGCTGGAGA
TGAGCAGCGGCACATGCATGTTGTGCAGAGATATCTCCTTCAACATTGACCTCTCAGATGGGTGAAAGGGAGGAAGAATTGCAGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGAAGTGGCACCGGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGCAGGATATTGGGGATGACGGCAGCA
AGGGTATGGTGTCCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCGGGGGAGGCAGATTACAGAGCTGAAGAATATTGAACATGAACAGCTGTACATACATGCAGCATATCTCGATCAACATTGGGCTCTCATATTGGTGACGGTGATATGCACGCGAGGGTTGGACGGATGGTGTTGAATCTGCATCTTCTTTACAAAGCGCGAGG
GTTGGACGGATGGTGTTGAACGGCCTCTTGCATATGCAGTTGGATGTGTATCCATGGCCGAAAAG
>TRINITY_DN115447_c0_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:ACCAGCTGATATGGAATGTTCGGAAAAGCATAAGACTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTGGGGAAACCAGCTGATAAAATGTGAAGAGTCTCTGTTTATTGTTTCTGGAGTTTCTTCTTATGTCTTGTATTGTATTGCTCCCTGTGATAACTGAGAGGGATGGAGGCACATTGTAGAAAGCTGGAGA
TGAGCAGCGGCACATGCATGTTGTGCAGAGATATCTCCTTCAACATTGACCTCTCAGATGGGTGAAAGGGAGGAAGAATTGCAGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGAAGTGGCACCGGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGCAGGATATTGGGGATGACGGCAGCA
AGGGTATGGTGTCCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCGGGGGAGGCAGATTACAGAGCTGAAGAATATTGAACATGAACAGCTGTACATACATGCAGCATATCTCGATCAACATTGGGCTCTCATATTGGTGACGGTGATATGCAgtatttctccgtggtttttttcattctttctttgattcccatattgtaaccagt
tgtttttctattctctttgttcgaccattagtttttcaattctgtttgttagatgactggtagctaagctttagtatgactaaaccctaaaccataggccatccaattgtttttaacaggtgcatttcatggacatttacgatttgtgcatatgtttttccctgctggtaaacttgaaaacctaaaacccatgaaataat
ggagtgaaatttagatggctaaatcctaaatgccaaacccgtccaattttatttattggtaacataaccatgaaaatttatgatgtgttttgaatttgcatgttctttacaaagCGCGAGGGTTGGACGGATGGTGTTGAATCTGCATCTTCTTTACAAAGCGCGAGGGTTGGACGGATGGTGTTGAACGGCCTCTTGCA
TATGCAGTTGGATGTGTATCCATGGCCGAAAAGCTGGAGGAAGTTCTGTCTCCCAGATTTAAAGGTAATTTATCAATGTTCATAATCATGTTTGGTTTCGGTTCCTTATTTATATTTATAAATTTCTGTTTTCTTTAACTTTCTATTTAATTTTGTATCAATGTTATCATGTTTTTTATTTATGTTTTGTTGGTCTCATT
TATAATTCATTTTATTTTGTTATTTGACATTTTATATTTTTTTTAATATATTTAATATTTTTTGTAATTTATATCAAGGAATAAAATTTTGTTCTGGAAAATGGGGTTAAAGCCAAATTGTAGTAATTTATTTATAAACAATATGTCTATATCATAGACAATGTAAATTAGTTTATTTACTTAAGAAAAAAGGAAAATAC
TTGGCTGTAACAAATATGGTGCTAGTGGTTGTTAGCCGAGTAGATAAAGTTTTGCTTGAGAGTTTTAACATTATTTTTTTTTTAATTATATTGAATTTTTTATATTAAGTTGATTGATTTTCAATTTAATTATATAATACGGTAGTTTTGATTAATGATTCTTTACTTTGTTATTAATTAGTGATTGTGAGTTCTGGTAC
TCTTTAGTCTTGCTTTAAATCTCATTTTTTATTATATTTATTTTTTGATATTAAATTGATTGATTTTTAATTTGATTATGTAATATGGTA
Intron 7 GTCAGTATTT ... AAAATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.37 | 40 | 13 | 5 |
| A2 | 17.89 | 39 | 9 | 8 |
| A3 | 20.75 | 42 | 13 | 9 |
| A4 | 19.33 | 48 | 20 | 3 |
| A5 | 28.57 | 20 | 11 | 5 |
| A6 | 30.77 | 9 | 4 | 4 |
| A7 | 19.33 | 48 | 11 | 12 |
| A8 | 28.13 | 46 | 18 | 18 |
| A9 | 22.48 | 50 | 20 | 9 |
| A10 | 30.16 | 44 | 19 | 19 |
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGTTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCA
GCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATACGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAGGGGATGTGTATCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTGTTCCAGCCATCCGAAGACCCCAAGGTG
AAGAAATA
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAgtcagtatttctccatactttccttcattctttgtttggctcccatattgtaatcaatagttgattggttttgttggatgaactcgttctccatgaaat
ttggaaagactttaggacgactaaaccctaaaccgccatccagttatttttaacagttgcatatatcatgggcatttacactatgtgcatatcttttaacattgtagtttgttagtgtttctacgttttatatctcgagtttatttgatgtcttgtattgtactataactaagagggagggaggcaaaatcacagAACTG
TTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCAGCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATAGTGCGTATTTCTCCATTGTGTTGTTCATTTTTATTTTGATT
CTCATATTGTAATCATTAGTTTTTCCATTTTGTTTGTTAGATGATTGGTTGCTCGAGCATGACTAAACCCTAAACCATAGGCCATCCAATTTTTTTTAACAGCTCCATTTCATGGACATTTACGATGTAGTGTGTTTATTGTTAGTTAAGTGGAAAACCTAAAACCCATGAAATGATGGAGTGAAATTTAGATGGCTAAA
TCCTAAATGCCAAACCCGTCCAATTTTATTTTTAAGCAACATTTACGATGTCTTTTCAATTTGCATGTTCTTTACAAAGCGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAGGGGATGTGTATCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTTTTTAAAGCAGCTA
GTGTACCAATAGAATGGGAAGAACATTTTGTAGGGAAGGAAATAGATCCACGTACTGGTAGCTTTTTGACTTGGGAAAGCTTAGAATCAGTACGGAGAAATGGCATTGGGCTAAAAGGACCTATGGCTACTCCAATTGGCAAGGGGCATAGGTCATTGAATCTTACTTTGCGTAAGGAGCTTGGACTATATGCCAATGTG
AGACCTTGCTACAGTCTTCCTGGATATAAAACTCGATATGACAATGTGAATCTTGTCACTATTCGTGAAAACACAGAGGGAGAGTATAGTGGCCTTGAACATCAGAAGAATGTTGGGTTGTGCAGGCACAGTTGAGGCATACAGTTGCGTGGACCTTGCCACATCATTATTTGGAGGAGTCGACCAAGTGTTGCTGACTT
GTATTCTAACGTTGAAGAGTCTTCTATATTTAGATTTGTTGTTAGTCAAAGAGTATATACAGAGAACAGGGGTCGAGCCTAACTACACTTGAATATGTAACCCCATCATTAGTAGTTCATTGAGAACTTGAGACACAGTTAATGTTTAACATAGTCTGATTTGATTAGTGTGCTTTATGTACATATATTGTACATGGTTC
ATATAGTAGCGACAAACATGTTTAGGGGATCCTTTGTTATGTAAGCCCTAGTGCTGTAAATGATTTTGTGAGCCTGATGCTGTAAGATTGTTGAGAATGATCTCGGGTGCTGTCAAGAACCTGGTCAATTGGAGATTGTTTCCTGTGAGGCAAACTTGTACTTTGCTGTAACTTCTTTGTACATCTTGTTTTAGTTAGCT
AACAAAATTTTATCTTTTCT
Intron 8 GTAAACTTGA ... CTTTACAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 81.54 | 6 | 33 | 20 |
| A2 | 60.78 | 10 | 16 | 15 |
| A3 | 63.64 | 8 | 17 | 11 |
| A4 | 85.19 | 4 | 16 | 30 |
| A5 | 80 | 1 | 3 | 5 |
| A6 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A7 | 48.39 | 8 | 10 | 5 |
| A8 | 85.71 | 1 | 4 | 8 |
| A9 | 75 | 3 | 13 | 5 |
| A10 | 73.91 | 3 | 7 | 10 |
>TRINITY_DN115447_c0_g1_i14 from sample A2 / Example spliced isoformACCAGCTGATATGGAATGTTCGGAAAAGCATAAGACTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTGGGGAAACCAGCTGATAAAATGTGAAGAGTCTCTGTTTATTGTTTCTGGAGTTTCTTCTTATGTCTTGTATTGTATTGCTCCCTGTGATAACTGAGAGGGATGGAGGCACATTGTAGAAAGCTGGAGA
TGAGCAGCGGCACATGCATGTTGTGCAGAGATATCTCCTTCAACATTGACCTCTCAGATGGGTGAAAGGGAGGAAGAATTGCAGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGAAGTGGCACCGGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGCAGGATATTGGGGATGACGGCAGCA
AGGGTATGGTGTCCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCGGGGGAGGCAGATTACAGAGCTGAAGAATATTGAACATGAACAGCTGTACATACATGCAGCATATCTCGATCAACATTGGGCTCTCATATTGGTGACGGTGCATTTCATGGACATTTACGATTTGTGCATATGTTTTTCCCTGCTGCGCGAGGGTTGGACGG
ATGGTGTTGAATCTGCATCTTCTTTACAAAGCGCGAGGGTTGGACGGATGGTGTTGAACGGCCTCTTGCATATGCAGTTGGATGTGTATCCATGGCCGAAAAGCTGGAGGAAGTTCTGTCTCCCAGATTTAAAGGTAATTTATCAATGTTCATAATCATGTTTGGTTTCGGTTCCTTATTTATATTTATAAATTTCTGTT
TTCTTTAACTTTCTATTTAATTTTGTATCAATGTTATCATGTTTTTTATTTATGTTTTGTTGGTCTCATTTATAATTCATTTTATTTTGTTATTTGACATTTTATATTTTTTTTAATATATTTAATATTTTTTGTAATTTATATCAAGGAATAAAATTTTGTTCTGGAAAATGGGGTTAAAGCCAAATTGTAGTAATTTA
TTTATAAACAATATGTCTATATCATAGACAATGTAAATTAGTTTATTTACTTAAGAAAAAAGGAAAATACTTGGCTGTAACAAATATGGTGCTAGTGGTTGTTAGCCGAGTAGATAAAGTTTTGCTTGAGAGTTTTAACATTATTTTTTTTTTAATTATATTGAATTTTTTATATTAAGTTGATTGATTTTCAATTTAAT
TATATAATACGGTAGTTTTGATTAATGATTCTTTACTTTGTTATTAATTAGTGATTGTGAGTTCTGGTACTCTTTAGTCTTGCTTTAAATCTCATTTTTTATTATATTTATTTTTTGATATTAAATTGATTGATTTTTAATTTGATTATGTAATATGGTA
>TRINITY_DN115447_c0_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:ACCAGCTGATATGGAATGTTCGGAAAAGCATAAGACTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTGGGGAAACCAGCTGATAAAATGTGAAGAGTCTCTGTTTATTGTTTCTGGAGTTTCTTCTTATGTCTTGTATTGTATTGCTCCCTGTGATAACTGAGAGGGATGGAGGCACATTGTAGAAAGCTGGAGA
TGAGCAGCGGCACATGCATGTTGTGCAGAGATATCTCCTTCAACATTGACCTCTCAGATGGGTGAAAGGGAGGAAGAATTGCAGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGAAGTGGCACCGGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGCAGGATATTGGGGATGACGGCAGCA
AGGGTATGGTGTCCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCGGGGGAGGCAGATTACAGAGCTGAAGAATATTGAACATGAACAGCTGTACATACATGCAGCATATCTCGATCAACATTGGGCTCTCATATTGGTGACGGTGATATGCAGTATTTCTCCGTGGTTTTTTTCATTCTTTCTTTGATTCCCATATTGTAACCAGT
TGTTTTTCTATTCTCTTTGTTCGACCATTAGTTTTTCAATTCTGTTTGTTAGATGACTGGTAGCTAAGCTTTAGTATGACTAAACCCTAAACCATAGGCCATCCAATTGTTTTTAACAGGTGCATTTCATGGACATTTACGATTTGTGCATATGTTTTTCCCTGCTGgtaaacttgaaaacctaaaacccatgaaataat
ggagtgaaatttagatggctaaatcctaaatgccaaacccgtccaattttatttattggtaacataaccatgaaaatttatgatgtgttttgaatttgcatgttctttacaaagCGCGAGGGTTGGACGGATGGTGTTGAATCTGCATCTTCTTTACAAAGCGCGAGGGTTGGACGGATGGTGTTGAACGGCCTCTTGCA
TATGCAGTTGGATGTGTATCCATGGCCGAAAAGCTGGAGGAAGTTCTGTCTCCCAGATTTAAAGGTAATTTATCAATGTTCATAATCATGTTTGGTTTCGGTTCCTTATTTATATTTATAAATTTCTGTTTTCTTTAACTTTCTATTTAATTTTGTATCAATGTTATCATGTTTTTTATTTATGTTTTGTTGGTCTCATT
TATAATTCATTTTATTTTGTTATTTGACATTTTATATTTTTTTTAATATATTTAATATTTTTTGTAATTTATATCAAGGAATAAAATTTTGTTCTGGAAAATGGGGTTAAAGCCAAATTGTAGTAATTTATTTATAAACAATATGTCTATATCATAGACAATGTAAATTAGTTTATTTACTTAAGAAAAAAGGAAAATAC
TTGGCTGTAACAAATATGGTGCTAGTGGTTGTTAGCCGAGTAGATAAAGTTTTGCTTGAGAGTTTTAACATTATTTTTTTTTTAATTATATTGAATTTTTTATATTAAGTTGATTGATTTTCAATTTAATTATATAATACGGTAGTTTTGATTAATGATTCTTTACTTTGTTATTAATTAGTGATTGTGAGTTCTGGTAC
TCTTTAGTCTTGCTTTAAATCTCATTTTTTATTATATTTATTTTTTGATATTAAATTGATTGATTTTTAATTTGATTATGTAATATGGTA
Intron 9 GTGCGTATTT ... CTTTACAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.37 | 6.9 | 11 | 10.1 |
| A2 | 43.21 | 14.7 | 18 | 4.4 |
| A3 | 76.71 | 3.8 | 11 | 14 |
| A4 | 66.88 | 7.7 | 17.5 | 13.7 |
| A5 | 59.72 | 4.3 | 4 | 8.3 |
| A6 | 29.88 | 12.9 | 7 | 4 |
| A7 | 27.12 | 35.7 | 14 | 12.3 |
| A8 | 34.51 | 20.1 | 14 | 7 |
| A9 | 35.34 | 37.3 | 28 | 12.6 |
| A10 | 32.09 | 40.3 | 34 | 4 |
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGTTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCA
GCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATACGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAGGGGATGTGTATCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTGTTCCAGCCATCCGAAGACCCCAAGGTG
AAGAAATA
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAGGGAGGGAGGCAAAATCACAGAACTGTTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATT
GGTGGGGGAAGGCAGAATTGCAGCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATAgtgcgtatttctccattgtgttgttcatttttattttgattctcatattgtaatcattagtttttccattttgtttgttagatgattggttgctcgagcatgactaaacccta
aaccataggccatccaattttttttaacagctccatttcatggacatttacgatgtagtgtgtttctgcgtatgtttttcattgttagttaagtggaaaacctaaaacccatgaaatgatggagtgaaatttagatggctaaatcctaaatgccaaacccgtccaattttatttttaagcaacatttacgatgtcttttc
aatttgcatgttctttacaaagCGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAGGGGATGTGTATCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTTTTTAAAGCAGCTAGTGTACCAATAGAATGGGAAGAACATTTTGTAGGGAAGGAAATAGATCCACGTACTG
GTAGCTTTTTGACTTGGGAAAGCTTAGAATCAGTACGGAGAAATGGCATTGGGCTAAAAGGACCTATGGCTACTCCAATTGGCAAGGGGCATAGGTCATTGAATCTTACTTTGCGTAAGGAGCTTGGACTATATGCCAATGTGAGACCTTGCTACAGTCTTCCTGGATATAAAACTCGATATGACAATGTGAATCTTGTC
ACTATTCGTGAAAACACAGAGGGAGAGTATAGTGGCCTTGAACATCAGAAGAATGTTGGGTTGTGCAGGCACAGTTGAGGCATACAGTTGCGTGGACCTTGCCACATCATTATTTGGAGGAGTCGACCAAGTGTTGCTGACTTGTATTCTAACGTTGAAGAGTCTTCTATATTTAGATTTGTTGTTAGTCAAAGAGTATA
TACAGAGAACAGGGGTCGAGCCTAACTACACTTGAATATGTAACCCCATCATTAGTAGTTCATTGAGAACTTGAGACACAGTTAATGTTTAACATAGTCTGATTTGATTAGTGTGCTTTATGTACATATATTGTACATGGTTCATATAGTAGCGACAAACATGTTTAGGGGATCCTTTGTTATGTAAGCCCTAGTGCTGT
AAATGATTTTGTGAGCCTGATGCTGTAAGATTGTTGAGAATGATCTCGGGTGCTGTCAAGAACCTGGTCAATTGGAGATTGTTTCCTGTGAGGCAAACTTGTACTTTGCTGTAACTTCTTTGTACATCTTGTTTTAGTTAGCTAACAAAATTTTATCTTTTCT
Intron 10 GTGATATGCA ... TTTTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 81.58 | 14 | 74 | 50 |
| A2 | 75.76 | 8 | 31 | 19 |
| A3 | 68.81 | 17 | 55 | 20 |
| A4 | 63.64 | 22 | 54 | 23 |
| A5 | 54.84 | 7 | 15 | 2 |
| A6 | 38.46 | 4 | 2 | 3 |
| A7 | 57.38 | 13 | 20 | 15 |
| A8 | 73.33 | 4 | 12 | 10 |
| A9 | 68 | 4 | 7 | 10 |
| A10 | 70 | 6 | 19 | 9 |
>TRINITY_DN115447_c0_g1_i14 from sample A2 / Example spliced isoformACCAGCTGATATGGAATGTTCGGAAAAGCATAAGACTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTGGGGAAACCAGCTGATAAAATGTGAAGAGTCTCTGTTTATTGTTTCTGGAGTTTCTTCTTATGTCTTGTATTGTATTGCTCCCTGTGATAACTGAGAGGGATGGAGGCACATTGTAGAAAGCTGGAGA
TGAGCAGCGGCACATGCATGTTGTGCAGAGATATCTCCTTCAACATTGACCTCTCAGATGGGTGAAAGGGAGGAAGAATTGCAGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGAAGTGGCACCGGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGCAGGATATTGGGGATGACGGCAGCA
AGGGTATGGTGTCCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCGGGGGAGGCAGATTACAGAGCTGAAGAATATTGAACATGAACAGCTGTACATACATGCAGCATATCTCGATCAACATTGGGCTCTCATATTGGTGACGGTGCATTTCATGGACATTTACGATTTGTGCATATGTTTTTCCCTGCTGCGCGAGGGTTGGACGG
ATGGTGTTGAATCTGCATCTTCTTTACAAAGCGCGAGGGTTGGACGGATGGTGTTGAACGGCCTCTTGCATATGCAGTTGGATGTGTATCCATGGCCGAAAAGCTGGAGGAAGTTCTGTCTCCCAGATTTAAAGGTAATTTATCAATGTTCATAATCATGTTTGGTTTCGGTTCCTTATTTATATTTATAAATTTCTGTT
TTCTTTAACTTTCTATTTAATTTTGTATCAATGTTATCATGTTTTTTATTTATGTTTTGTTGGTCTCATTTATAATTCATTTTATTTTGTTATTTGACATTTTATATTTTTTTTAATATATTTAATATTTTTTGTAATTTATATCAAGGAATAAAATTTTGTTCTGGAAAATGGGGTTAAAGCCAAATTGTAGTAATTTA
TTTATAAACAATATGTCTATATCATAGACAATGTAAATTAGTTTATTTACTTAAGAAAAAAGGAAAATACTTGGCTGTAACAAATATGGTGCTAGTGGTTGTTAGCCGAGTAGATAAAGTTTTGCTTGAGAGTTTTAACATTATTTTTTTTTTAATTATATTGAATTTTTTATATTAAGTTGATTGATTTTCAATTTAAT
TATATAATACGGTAGTTTTGATTAATGATTCTTTACTTTGTTATTAATTAGTGATTGTGAGTTCTGGTACTCTTTAGTCTTGCTTTAAATCTCATTTTTTATTATATTTATTTTTTGATATTAAATTGATTGATTTTTAATTTGATTATGTAATATGGTA
>TRINITY_DN115447_c0_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:ACCAGCTGATATGGAATGTTCGGAAAAGCATAAGACTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTGGGGAAACCAGCTGATAAAATGTGAAGAGTCTCTGTTTATTGTTTCTGGAGTTTCTTCTTATGTCTTGTATTGTATTGCTCCCTGTGATAACTGAGAGGGATGGAGGCACATTGTAGAAAGCTGGAGA
TGAGCAGCGGCACATGCATGTTGTGCAGAGATATCTCCTTCAACATTGACCTCTCAGATGGGTGAAAGGGAGGAAGAATTGCAGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGAAGTGGCACCGGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGCAGGATATTGGGGATGACGGCAGCA
AGGGTATGGTGTCCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCGGGGGAGGCAGATTACAGAGCTGAAGAATATTGAACATGAACAGCTGTACATACATGCAGCATATCTCGATCAACATTGGGCTCTCATATTGGTGACGgtgatatgcagtatttctccgtggtttttttcattctttctttgattcccatattgtaaccagt
tgtttttctattctctttgttcgaccattagtttttcaattctgtttgttagatgactggtagctaagctttagtatgactaaaccctaaaccataggccatccaattgtttttaacagGTGCATTTCATGGACATTTACGATTTGTGCATATGTTTTTCCCTGCTGGTAAACTTGAAAACCTAAAACCCATGAAATAAT
GGAGTGAAATTTAGATGGCTAAATCCTAAATGCCAAACCCGTCCAATTTTATTTATTGGTAACATAACCATGAAAATTTATGATGTGTTTTGAATTTGCATGTTCTTTACAAAGCGCGAGGGTTGGACGGATGGTGTTGAATCTGCATCTTCTTTACAAAGCGCGAGGGTTGGACGGATGGTGTTGAACGGCCTCTTGCA
TATGCAGTTGGATGTGTATCCATGGCCGAAAAGCTGGAGGAAGTTCTGTCTCCCAGATTTAAAGGTAATTTATCAATGTTCATAATCATGTTTGGTTTCGGTTCCTTATTTATATTTATAAATTTCTGTTTTCTTTAACTTTCTATTTAATTTTGTATCAATGTTATCATGTTTTTTATTTATGTTTTGTTGGTCTCATT
TATAATTCATTTTATTTTGTTATTTGACATTTTATATTTTTTTTAATATATTTAATATTTTTTGTAATTTATATCAAGGAATAAAATTTTGTTCTGGAAAATGGGGTTAAAGCCAAATTGTAGTAATTTATTTATAAACAATATGTCTATATCATAGACAATGTAAATTAGTTTATTTACTTAAGAAAAAAGGAAAATAC
TTGGCTGTAACAAATATGGTGCTAGTGGTTGTTAGCCGAGTAGATAAAGTTTTGCTTGAGAGTTTTAACATTATTTTTTTTTTAATTATATTGAATTTTTTATATTAAGTTGATTGATTTTCAATTTAATTATATAATACGGTAGTTTTGATTAATGATTCTTTACTTTGTTATTAATTAGTGATTGTGAGTTCTGGTAC
TCTTTAGTCTTGCTTTAAATCTCATTTTTTATTATATTTATTTTTTGATATTAAATTGATTGATTTTTAATTTGATTATGTAATATGGTA
Intron 11 GTGAGACGAT ... TTTTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.77 | 3.5 | 9 | 3 |
| A2 | 51.28 | 5.5 | 6 | 3 |
| A3 | 55 | 2.5 | 5 | 1 |
| A4 | 63.5 | 3 | 8 | 2 |
| A5 | 36.43 | 5.5 | 6 | 0 |
| A6 | 61.11 | 3.5 | 0 | 4 |
| A7 | 42.88 | 17 | 4 | 9 |
| A8 | 42.09 | 11 | 6 | 7 |
| A9 | 21.82 | 13 | 4 | 2 |
| A10 | 53.21 | 15.5 | 4 | 10 |
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAACTGTTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATTGGTGGGGGAAGGCAGAATTGCA
GCGATATCTTGATCAACATTGGGATCTCATATTAACATTGGCCTCTCAGATTTGCGACGGTGATACGCGAGAGTTGGACGGATGGTGTTGAACGACCTCTTACATATGGAGGGGATGTGTATCGATGGCCGAAATGTAGGAGGAAGTTCAGGTCTCCAAGAGTTTGAAAGGTGTTCCAGCCATCCGAAGACCCCAAGGTG
AAGAAATA
>TRINITY_DN43367_c0_g2_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTGGGAAAAGAAACTCAATATTAAAGCATAAGGCTAGATTCATTGAATCGTGGATCAAGATTTTACCGTTTGGGAAACCAGCTGATACAATATGAAGAGTCTCTCTTTATAATCTTTCTGGAGTTTCTCTTTATGTCTTGTATTGTATATGCTGTGCAGCGATATTCGTTCAGCATTGACCTCTCAGATCGGTGGGAGG
GAGGCGGAATTACGGAACTGAAGGATACTGGAGATGAGCAGCGGCACCTGCATGGTGTGCAGCGATATCTCATTCAGCGTTGGCCTCTCAGATTGGTGATAAGGGAGGGAGGCAAAATCACAGAACTGTTGAATATTGGGGATGACGGCAGCAAGGGCATGGTGTCAGCGATATCTTGTTCAACATTGGCCTCTCGGATT
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