sp|Q04960|DNJH_CUCSA ----> DnaJ protein homolog
Intron 1 GTATGCAATG ... ATGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.92 | 2100 | 613 | 304 |
| A2 | 19.17 | 1642 | 486 | 293 |
| A3 | 19.17 | 2022 | 565 | 394 |
| A4 | 18.92 | 1847 | 517 | 345 |
| A5 | 17.87 | 1105 | 246 | 235 |
| A6 | 17.67 | 2117 | 490 | 419 |
| A7 | 18.67 | 4760 | 1107 | 1079 |
| A8 | 16.81 | 2737 | 528 | 578 |
| A9 | 17.92 | 4538 | 970 | 1011 |
| A10 | 18.67 | 4679 | 1030 | 1118 |
>TRINITY_DN38433_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoformGCTCAACTTGGGAGTAGATTAGATTGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTT
GCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGGGGAGGAAGTTCCCGAGGCTCATTCAAGGAATTTGCGCTGCGCTTGTCAAATTTCTTCCCAGCAATCTCAGCCGGCCTCTGGCTGTATAAATCGCTCTTTGCAGGTTTAATTGTGAAAGAGAAGAATCTTGCTTTGGCCTGTATTTCTTCCTGAAGTTGTTGGAGATTTCAAGAATT
TGTAGCTGAAGGGTTTCACCGTATTATTTTTCGTAAGTGAAAATGTTTGGAGCTCGCGCCCCTAAGAAGAGTGACAGCACTAGGTATTATGAAATCCTGGGAGTGCCAAAGAATGCTTCACAGGATGATATGAAGAAAGCTTACAGAAAGGCCGCTATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGTTTAA
GGAACTTGCTCAGGCGTATGAGGTACTTAGTGATCCTGAGAAAAGAGAGATTTATGACCAGTATGGAGAGGATGCCCTTAAAGAAGGGATGGGTGGCGGTGGCGGTCACGATCCATTTGACATTTTTCAATCATTCTTTGGTGGAAATCCTTTTGGAGGTGGAAGCAGCAGGGGGGGAAGCCGCAGACAAAGGAGAGGTG
AGGATGTTGTTCACCCCTTGAAGGTATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGAAATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGGACCTTCAATGATCCAG
CAAATGCAACATGTCTGCAGTGATTGTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCACAATGCAAGGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTCCCGACACGGTTACCGGTGA
CATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAGGAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACGATCTTTTCGTTGAGCATACTTTATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAACG
ATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCGGCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCTGTAGATTTCCCAGATACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAG
GAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGGTGGGCCAAGAGTACAATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATAGTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTT
CCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGCAAATATGATTTTATTTTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATTCGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTC
AGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTATCATTGTTAATTGGTTTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTTATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGAC
ACATGTTTGAGGCAC
>TRINITY_DN38433_c0_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCTCAACTTGGGAGTAGATTAGATTGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTT
GCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGGGGAGGAAGTTCCCGAGGCTCATTCAAGGAATTTGCGCTGCGCTTGTCAAATTTCTTCCCAGCAATCTCAGCCGGCCTCTGGCTGTATAAATCGCTCTTTGCAGGTTTAATTGTGAAAGAGAAGAATCTTGCTTTGGCCTGTATTTCTTCCTGAAGTTGTTGGAGATTTCAAGAATT
TGTAGCTGAAGGGTTTCACCGTATTATTTTTCGTAAGTGAAAATGTTTGGAGCTCGCGCCCCTAAGAAGAGTGACAGCACTAGGTATTATGAAATCCTGGGAGTGCCAAAGAATGCTTCACAGGATGATATGAAGAAAGCTTACAGAAAGGCCGCTATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGgtatg
caatgcaaaccctattcagagtctgttattggtaaacagaggagtctttacagattgttaccttctttaaagggtcacggtgtcccctaaaaggaagttaaattctttagggttatttgggtaatgtttccttaagcacagggttcggaaggttaaatttaggaagctatttttaaaaattccagtaagcagggccatat
atttttcccaaactaaaccctgggaattttattagaggatgcgaagcaaaaatgctagctaatggcaatgggcaaggttaacggagtttatgcaaaaatcttcaacactgtttcggtttttctgtattctaagtagatttacttagtttatgaggtgcgggcctccccaaaatactattaaagattgcatttctgtgtct
tgttatgactttggctttcatctgcctcgaaagctttttcgatgtgttatcgtctgcaaatttaccgacatctagggttattgaaatgcatctttctcaggacatctgtatcttgtattgtgattaattataattgcaattccagggcgagtataggcaattataattgttagaggaggaccgctttgcatgggttaaat
atgtttcaattagttaattttgggcagatattttaggagtgttttcaatgcaaaagtccgaaccccaaattcagggttttgttaatttactttttctatttcttaaactcttatgtgaaaatgactgaactgtaggaatatactcccaaccgtggatcgatatatacacttaggtgactttatggttataattcatgttg
tatgtttgcagTTTAAGGAACTTGCTCAGGCGTATGAGGTACTTAGTGATCCTGAGAAAAGAGAGATTTATGACCAGTATGGAGAGGATGCCCTTAAAGAAGGGATGGGTGGCGGTGGCGGTCACGATCCATTTGACATTTTTCAATCATTCTTTGGTGGAAATCCTTTTGGAGGTGGAAGCAGCAGGGGGGGAAGCCGC
AGACAAAGGAGAGGTGAGGATGTTGTTCACCCCTTGAAGGTATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGAAATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGG
ACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGATTGTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCACAATGCAAGGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTCCCG
ACACGGTTACCGGTGACATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAGGAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACGATCTTTTCGTTGAGCATACTTTATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAG
TTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCGGCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCTGTAGATTTCCCAGATACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCA
TGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGGTGGGCCAAGAGTACAATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATAGTTATAGATTGGA
TTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGCAAATATGATTTTATTTTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATTCGTTGGAAAGATA
TTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTATCATTGTTAATTGGTTTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTTATGCGGTGCATCC
TAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCAC
Intron 2 GTAAAAACAT ... ATTTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.02 | 2519.6 | 407.1 | 636.1 |
| A2 | 12.73 | 2226.2 | 349.1 | 603.5 |
| A3 | 12.41 | 2409 | 366.4 | 640.8 |
| A4 | 13.42 | 1691.6 | 282.6 | 412.5 |
| A5 | 12.47 | 911 | 139.7 | 208.7 |
| A6 | 11.31 | 7684.6 | 1046 | 2167.9 |
| A7 | 11.02 | 12680.8 | 1674.8 | 3689.7 |
| A8 | 12.07 | 14042 | 2067.9 | 3732.6 |
| A9 | 12.01 | 11249 | 1648.1 | 3066.7 |
| A10 | 11.31 | 9419.8 | 1282.4 | 2552.1 |
>TRINITY_DN117718_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTTGCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGGG
GAGGAAGTTCCCGAGGCTCATTCAAGGAATTTGCGCTGCGCTTGTCAAATTTCTTCCCAGCAATCTCAGCCGGCCTCTGGCTGTATAAATCGCTCTTTGCAGGTTTAATTGTGAAAGAGAAGAATCTTGCTTTGGCCTGTATTTCTTCCTGAAGTTGTTGGAGATTTCAAGAATTTGTAGCTGAAGGGTTTCACCGTATT
ATTTTTCGTAAGTGAAAATGTTTGGAGCTCGCGCCCCTAAGAAGAGTGACAGCACTAGGTATTATGAAATCCTGGGAGTGCCAAAGAATGCTTCACAGGATGATATGAAGAAAGCTTACAGAAAGGCCGCTATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGTTTAAGGAACTTGCTCAGGCGTATGAGGTA
CTTAGTGATCCTGAGAAAAGAGAGATTTATGACCAGTATGGAGAGGATGCCCTTAAAGAAGGGATGGGTGGCGGTGGCGGTCACGATCCATTTGACATTTTTCAATCATTCTTTGGTGGAAATCCTTTTGGAGGTGGAAGCAGCAGGGGGGGAAGCCGCAGACAAAGGAGAGGTGAGGATGTTGTTCACCCCTTGAAGGT
ATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGAAATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGGACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGATT
GTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCACAATGCAAGGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTCCCGACACGGTTACCGGTGACATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAG
GAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACGATCTTTTCGTTGAGCATACTTTATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCG
GCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCTGTAGATTTCCCAGATACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTC
AACAGGAAGCTTATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGGTGGGCCAAGAGTACAATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATA
GTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGCAAATATGATTTTATTTTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATT
CGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTATCATTGTTAATTGGTTTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTT
ATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCACCTTATACACTGTTTATTTATTAATCCTCTTTATGGAAACTCTCTCTTACAGGAGATTTGTTTCGGAAGTAGTGTTTCGTATTTAATTACCTTGGTTAGCCTCCAGAAAGAGTTTCGTATTTAATTACCATCGTTGGCCTCGGGTTTTGTTTGTCGA
TTGCGATCTCC
>TRINITY_DN117718_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGgtaaaaacattgtgatttgtaaccttatgcagattaaaacgagtttttactttgaaaaatctgatgattatatattattgattttttcagGTCAGTTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCGGCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCTGTAGAT
TTCCCAGATACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAA
AAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGGTGGGCCAAGAGTACAATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATAGTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGT
AAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGCAAATATGATTTTATTTTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATTCGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTA
GATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTATCATTGTTAATTGGTTTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTTATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCA
CCTTATACACTGTTTATTTATTAATCCTCTTTATGGAAACTCTCTCTTACAGGAGATTTGTTTCGGAAGTAGTGTTTCGTATTTAATTACCTTGGTTAGCCTCCAGAAAGAGTTTCGTATTTAATTACCATCGTTGGCCTCGGGTTTTGTTTGTCGATTGCGATCTCC
Intron 3 GTAATTTGAG ... TTTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.12 | 3450 | 1058.3 | 790 |
| A2 | 21.65 | 3251 | 1147.9 | 649 |
| A3 | 21.04 | 3733 | 1335.1 | 654.2 |
| A4 | 22.03 | 2485.9 | 802.8 | 602 |
| A5 | 20.91 | 1499 | 500.8 | 292 |
| A6 | 21.51 | 5978 | 2322.8 | 954 |
| A7 | 21.58 | 13360 | 5223.4 | 2133 |
| A8 | 21.23 | 10434 | 3696.5 | 1930 |
| A9 | 21.04 | 12256 | 4706.9 | 1824.9 |
| A10 | 22.07 | 11724 | 4555.6 | 2082 |
>TRINITY_DN117718_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTTGCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGGG
GAGGAAGTTCCCGAGGCTCATTCAAGGAATTTGCGCTGCGCTTGTCAAATTTCTTCCCAGCAATCTCAGCCGGCCTCTGGCTGTATAAATCGCTCTTTGCAGGTTTAATTGTGAAAGAGAAGAATCTTGCTTTGGCCTGTATTTCTTCCTGAAGTTGTTGGAGATTTCAAGAATTTGTAGCTGAAGGGTTTCACCGTATT
ATTTTTCGTAAGTGAAAATGTTTGGAGCTCGCGCCCCTAAGAAGAGTGACAGCACTAGGTATTATGAAATCCTGGGAGTGCCAAAGAATGCTTCACAGGATGATATGAAGAAAGCTTACAGAAAGGCCGCTATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGTTTAAGGAACTTGCTCAGGCGTATGAGGTA
CTTAGTGATCCTGAGAAAAGAGAGATTTATGACCAGTATGGAGAGGATGCCCTTAAAGAAGGGATGGGTGGCGGTGGCGGTCACGATCCATTTGACATTTTTCAATCATTCTTTGGTGGAAATCCTTTTGGAGGTGGAAGCAGCAGGGGGGGAAGCCGCAGACAAAGGAGAGGTGAGGATGTTGTTCACCCCTTGAAGGT
ATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGAAATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGGACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGATT
GTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCACAATGCAAGGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTCCCGACACGGTTACCGGTGACATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAG
GAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACGATCTTTTCGTTGAGCATACTTTATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCG
GCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCTGTAGATTTCCCAGATACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTC
AACAGGAAGCTTATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGGTGGGCCAAGAGTACAATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATA
GTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGCAAATATGATTTTATTTTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATT
CGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTATCATTGTTAATTGGTTTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTT
ATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCACCTTATACACTGTTTATTTATTAATCCTCTTTATGGAAACTCTCTCTTACAGGAGATTTGTTTCGGAAGTAGTGTTTCGTATTTAATTACCTTGGTTAGCCTCCAGAAAGAGTTTCGTATTTAATTACCATCGTTGGCCTCGGGTTTTGTTTGTCGA
TTGCGATCTCC
>TRINITY_DN117718_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTTTTGGAGGTAAGCTGTATTTTTCTTGTTTATAATGTGCAAACTTCGGATATATACTGCCAAGCAACTGGTTAGTAGGGTCTCTCTTGACCTATGCAAATTATTTTTGTTTTGGGTTACATGACACGATTTTCTATCTTTTGCTTTGTTGTTAAGGTGGAAGCAGCAGGGGGGGAAGCCGCAGACAAAGGAGAGGTGAG
GATGTTGTTCACCCCTTGAAGGTATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGAAATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGTAAGTTACCATGGTCTATATGTGCTGCGTTTTCTAGCTGGTCTAAAAAGGTGCATTAATTTGATGCAAGGCAGCTTTTCTTTGGGGATAGGAATTTAG
ATTGATGGTGTGTTTGAAATTATGACCATGTAATCCTGGACATTAAAACGTTTCCCAGACATTAAAACGTTCACCATTTTACCTCTTCACAACGTTTCTGAACGTGCGTTTGTGAACTATGTTCAGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGAC
ATCTAGGACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGATTGTAGGGGAACCGgtaatttgagataatgccttacttcttttggtcttttggtcttttggttgagataatgccttacttcttttgcagacgtgtctatatgttaatgttcgaaatcctccctctggagtgttctatatttcaaaaaattacac
gcaataaacagaatataatttatggagctaggtcattcatttcattactgaaatgatcagtagggacattattgcatcaatggtatccatgtgaaggttttgccatttcttgtagctatcacatgagtgttccgtttttagtttccgtactaatttttttttctgcagGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCA
CAATGCAAGGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCT
Intron 4 GTAAGCTGTA ... TGTTGTTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.68 | 3197.4 | 195.8 | 938 |
| A2 | 23.19 | 2723.2 | 186.6 | 822 |
| A3 | 23.86 | 2826.8 | 196.4 | 886 |
| A4 | 22.47 | 2722.4 | 224.3 | 789 |
| A5 | 23.68 | 1299 | 123.6 | 403 |
| A6 | 23.34 | 3448.2 | 243.1 | 1050 |
| A7 | 24.23 | 7815.3 | 513.9 | 2499.4 |
| A8 | 23.77 | 5283.8 | 321.6 | 1647 |
| A9 | 23.86 | 7240.4 | 503.3 | 2269 |
| A10 | 23.37 | 7270.9 | 570.6 | 2217 |
>TRINITY_DN129405_c3_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTTGCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGG
GGAGGAAGTTCCCGAGGCTCATTCAAGGAATTTGCGCTGCGCTTGTCAAATTTCTTCCCAGCAATCTCAGCCGGCCTCTGGCTGTATAAATCGCTCTTTGCAGGTTTAATTGTGAAAGAGAAGAATCTTGCTTTGGCCTGTATTTCTTCCTGAAGTTGTTGGAGATTTCAAGAATTTGTAGCTGAAGGGTTTCACCGTAT
TATTTTTCGTAAGTGAAAATGTTTGGAGCTCGCGCCCCTAAGAAGAGTGACAGCACTAGGTATTATGAAATCCTGGGAGTGCCAAAGAATGCTTCACAGGATGATATGAAGAAAGCTTACAGAAAGGCCGCTATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGTTTAAGGAACTTGCTCAGGCGTATGAGGT
ACTTAGTGATCCTGAGAAAAGAGAGATTTATGACCAGTATGGAGAGGATGCCCTTAAAGAAGGGATGGGTGGCGGTGGCGGTCACGATCCATTTGACATTTTTCAATCATTCTTTGGTGGAAATCCTTTTGGAGGTGGAAGCAGCAGGGGGGGAAGCCGCAGACAAAGGAGAGGTGAGGATGTTGTTCACCCCTTGAAGG
TATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGAAATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGGACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGAT
TGTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCACAATGCAAGGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTGTAAATAATTTTCTTTAATAGTTCTGTTAGCTGTAGTGTTTGGG
CTTTTATTCATTTCTATTTCGTTCAGCAGTTGGCTTTTATTCTTTTGCTGTCCTTCAGCAATTGGCTTGATTTTGTTCTGTTTATGACGTGTGTCATTTGTAACTTTTGATGATGCAGCCCGACACGGTTACCGGTGACATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAGGAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACGATCTTT
TCGTTGAGCATACTTTATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCGGCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCT
GTAGATTTCCCAGATACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGG
TGGGCCAAGAGTACAATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATAGTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGC
AAATATGATTTTATTTTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATTCGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTA
TCATTGTTAATTGGTTTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTTATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCACCTTATACACTGTTTATTTATTAATCCTCTTTATGGAAACTCTCTCTT
ACAGGAGATTTGTTTCGGAAGTAGTGTTTCGTATTTAATTACCTTGGTTAGCCTCCAGAAAGAGTTTCGTATTTAATTACCATCGTTGGCCTCGGGTTTTGTTTGTCGATTGCGATCTCGTTTATGAATTGGATGTCTGAAATCTTTGTTTTAACATTTTCCTCTCTTAAAGAGATGACATAGATCTGTCTTATATCAGT
TTATCGTTGATATCTTGCGGTTATGGCAAGGATGTTTTTTTAATAATTTAGACGAATTCATATACGATTTGGATCCGTATATGGTTAGGATTTTTTTTCATAATTTGGATCCATATAAGATCAAATGGTGTTCCAAAAGCCAAAGGCCAATGAGTCCAATTTTCCTTGGTTAGACATAGGCAATTCCCGATGCCGATGAT
TCTAATTCGTCGGTCAAGACTGGCAATTCCAATTGAAGTTCATACTTTGTAATATTGTTCCGTCTGGACAAACAGTCTATGTTGAAAGGGTATACCACGGTTATCATATATGTTTATGGGTATACCATATGTTGGTGGTGTTATTTGTTCAATTTCCCAAATGATCGATGGACCTGTTTTGACCGCTACTATCTTCCTAG
AAAAATAGCTTATCTAGGTGTATAATGTGAACTTTGTGTAGAACATAATTAGTTTTGGAAACCTGAGTGAAGTAAGTTGTTATCGTTAAACTGTGAATTTAGG
>TRINITY_DN129405_c3_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTTGCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGG
GGAGGAAGTTCCCGAGGCTCATTCAAGGAATTTGCGCTGCGCTTGTCAAATTTCTTCCCAGCAATCTCAGCCGGCCTCTGGCTGTATAAATCGCTCTTTGCAGGTTTAATTGTGAAAGAGAAGAATCTTGCTTTGGCCTGTATTTCTTCCTGAAGTTGTTGGAGATTTCAAGAATTTGTAGCTGAAGGGTTTCACCGTAT
TATTTTTCGTAAGTGAAAATGTTTGGAGCTCGCGCCCCTAAGAAGAGTGACAGCACTAGGTATTATGAAATCCTGGGAGTGCCAAAGAATGCTTCACAGGATGATATGAAGAAAGCTTACAGAAAGGCCGCTATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGTTTAAGGAACTTGCTCAGGCGTATGAGGT
ACTTAGTGATCCTGAGAAAAGAGAGATTTATGACCAGTATGGAGAGGATGCCCTTAAAGAAGGGATGGGTGGCGGTGGCGGTCACGATCCATTTGACATTTTTCAATCATTCTTTGGTGGAAATCCTTTTGGAGgtaagctgtatttttcttgtttataatgtgcaaacttcggatatatactgccaagcaactggttag
tagggtctctcttgacctatgcaaattatttttgttttgggttacatgacacgattttctatcttttgctttgttgttaagGTGGAAGCAGCAGGGGGGGAAGCCGCAGACAAAGGAGAGGTGAGGATGTTGTTCACCCCTTGAAGGTATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGA
AATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGGACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGATTGTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCACAATGCAA
GGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTCCCGACACGGTTACCGGTGACATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAGGAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACGATCTTTTCGTTGAGCATACTT
TATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCGGCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCTGTAGATTTCCCAGAT
ACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGGTGGGCCAAGAGTACA
ATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATAGTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGCAAATATGATTTTATT
TTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATTCGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTATCATTGTTAATTGGT
TTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTTATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCACCTTATACACTGTTTATTTATTAATCCTCTTTATGGAAACTCTCTCTTACAGGAGATTTGTTT
CGGAAGTAGTGTTTCGTATTTAATTACCTTGGTTAGCCTCCAGAAAGAGTTTCGTATTTAATTACCATCGTTGGCCTCGGGTTTTGTTTGTCGATTGCGATCTCGTTTATGAATTGGATGTCTGAAATCTTTGTTTTAACATTTTCCTCTCTTAAAGAGATGACATAGATCTGTCTTATATCAGTTTATCGTTGATATCT
TGCGGTTATGGCAAGGATGTTTTTTTAATAATTTAGACGAATTCATATACGATTTGGATCCGTATATGGTTAGGATTTTTTTTCATAATTTGGATCCATATAAGATCAAATGGTGTTCCAAAAGCCAAAGGCCAATGAGTCCAATTTTCCTTGGTTAGACATAGGCAATTCCCGATGCCGATGATTCTAATTCGTCGGTC
AAGACTGGCAATTCCAATTGAAGTTCATACTTTGTAATATTGTTCCGTCTGGACAAACAGTCTATGTTGAAAGGGTATACCACGGTTATCATATATGTTTATGGGTATACCATATGTTGGTGGTGTTATTTGTTCAATTTCCCAAATGATCGATGGACCTGTTTTGACCGCTACTATCTTCCTAGAAAAATAGCTTATCT
AGGTGTATAATGTGAACTTTGTGTAGAACATAATTAGTTTTGGAAACCTGAGTGAAGTAAGTTGTTATCGTTAAACTGTGAATTTAGG
Intron 5 GTAAATAATT ... GATGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.88 | 3549 | 1047.1 | 826 |
| A2 | 20.38 | 3280.2 | 927.7 | 752 |
| A3 | 20.74 | 3611.2 | 1025.4 | 865 |
| A4 | 21.3 | 2535.4 | 796.1 | 576 |
| A5 | 21.25 | 1421.4 | 382.4 | 385 |
| A6 | 19.66 | 7749.3 | 1698.9 | 2093 |
| A7 | 19.39 | 16125.3 | 3572.9 | 4187 |
| A8 | 20.32 | 13450.6 | 3333.9 | 3526 |
| A9 | 19.96 | 13721.7 | 3229.3 | 3614.6 |
| A10 | 20 | 13379.9 | 3213.9 | 3478 |
>TRINITY_DN129405_c3_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTTGCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGG
GGAGGAAGTTCCCGAGGCTCATTCAAGGAATTTGCGCTGCGCTTGTCAAATTTCTTCCCAGCAATCTCAGCCGGCCTCTGGCTGTATAAATCGCTCTTTGCAGGTTTAATTGTGAAAGAGAAGAATCTTGCTTTGGCCTGTATTTCTTCCTGAAGTTGTTGGAGATTTCAAGAATTTGTAGCTGAAGGGTTTCACCGTAT
TATTTTTCGTAAGTGAAAATGTTTGGAGCTCGCGCCCCTAAGAAGAGTGACAGCACTAGGTATTATGAAATCCTGGGAGTGCCAAAGAATGCTTCACAGGATGATATGAAGAAAGCTTACAGAAAGGCCGCTATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGTTTAAGGAACTTGCTCAGGCGTATGAGGT
ACTTAGTGATCCTGAGAAAAGAGAGATTTATGACCAGTATGGAGAGGATGCCCTTAAAGAAGGGATGGGTGGCGGTGGCGGTCACGATCCATTTGACATTTTTCAATCATTCTTTGGTGGAAATCCTTTTGGAGGTAAGCTGTATTTTTCTTGTTTATAATGTGCAAACTTCGGATATATACTGCCAAGCAACTGGTTAG
TAGGGTCTCTCTTGACCTATGCAAATTATTTTTGTTTTGGGTTACATGACACGATTTTCTATCTTTTGCTTTGTTGTTAAGGTGGAAGCAGCAGGGGGGGAAGCCGCAGACAAAGGAGAGGTGAGGATGTTGTTCACCCCTTGAAGGTATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGA
AATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGGACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGATTGTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCACAATGCAA
GGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTCCCGACACGGTTACCGGTGACATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAGGAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACGATCTTTTCGTTGAGCATACTT
TATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCGGCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCTGTAGATTTCCCAGAT
ACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGGTGGGCCAAGAGTACA
ATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATAGTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGCAAATATGATTTTATT
TTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATTCGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTATCATTGTTAATTGGT
TTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTTATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCACCTTATACACTGTTTATTTATTAATCCTCTTTATGGAAACTCTCTCTTACAGGAGATTTGTTT
CGGAAGTAGTGTTTCGTATTTAATTACCTTGGTTAGCCTCCAGAAAGAGTTTCGTATTTAATTACCATCGTTGGCCTCGGGTTTTGTTTGTCGATTGCGATCTCGTTTATGAATTGGATGTCTGAAATCTTTGTTTTAACATTTTCCTCTCTTAAAGAGATGACATAGATCTGTCTTATATCAGTTTATCGTTGATATCT
TGCGGTTATGGCAAGGATGTTTTTTTAATAATTTAGACGAATTCATATACGATTTGGATCCGTATATGGTTAGGATTTTTTTTCATAATTTGGATCCATATAAGATCAAATGGTGTTCCAAAAGCCAAAGGCCAATGAGTCCAATTTTCCTTGGTTAGACATAGGCAATTCCCGATGCCGATGATTCTAATTCGTCGGTC
AAGACTGGCAATTCCAATTGAAGTTCATACTTTGTAATATTGTTCCGTCTGGACAAACAGTCTATGTTGAAAGGGTATACCACGGTTATCATATATGTTTATGGGTATACCATATGTTGGTGGTGTTATTTGTTCAATTTCCCAAATGATCGATGGACCTGTTTTGACCGCTACTATCTTCCTAGAAAAATAGCTTATCT
AGGTGTATAATGTGAACTTTGTGTAGAACATAATTAGTTTTGGAAACCTGAGTGAAGTAAGTTGTTATCGTTAAACTGTGAATTTAGG
>TRINITY_DN129405_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTTGCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGG
GGAGGAAGTTCCCGAGGCTCATTCAAGGAATTTGCGCTGCGCTTGTCAAATTTCTTCCCAGCAATCTCAGCCGGCCTCTGGCTGTATAAATCGCTCTTTGCAGGTTTAATTGTGAAAGAGAAGAATCTTGCTTTGGCCTGTATTTCTTCCTGAAGTTGTTGGAGATTTCAAGAATTTGTAGCTGAAGGGTTTCACCGTAT
TATTTTTCGTAAGTGAAAATGTTTGGAGCTCGCGCCCCTAAGAAGAGTGACAGCACTAGGTATTATGAAATCCTGGGAGTGCCAAAGAATGCTTCACAGGATGATATGAAGAAAGCTTACAGAAAGGCCGCTATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGTTTAAGGAACTTGCTCAGGCGTATGAGGT
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TATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGAAATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGGACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGAT
TGTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCACAATGCAAGGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTgtaaataattttctttaatagttctgttagctgtagtgtttggg
cttttattcatttctatttcgttcagcagttggcttttattcttttgctgtccttcagcaattggcttgattttgttctgtttatgacgtgtgtcatttgtaacttttgatgatgcagCCCGACACGGTTACCGGTGACATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAGGAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACGATCTTT
TCGTTGAGCATACTTTATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCGGCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCT
GTAGATTTCCCAGATACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGG
TGGGCCAAGAGTACAATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATAGTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGC
AAATATGATTTTATTTTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATTCGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTA
TCATTGTTAATTGGTTTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTTATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCACCTTATACACTGTTTATTTATTAATCCTCTTTATGGAAACTCTCTCTT
ACAGGAGATTTGTTTCGGAAGTAGTGTTTCGTATTTAATTACCTTGGTTAGCCTCCAGAAAGAGTTTCGTATTTAATTACCATCGTTGGCCTCGGGTTTTGTTTGTCGATTGCGATCTCGTTTATGAATTGGATGTCTGAAATCTTTGTTTTAACATTTTCCTCTCTTAAAGAGATGACATAGATCTGTCTTATATCAGT
TTATCGTTGATATCTTGCGGTTATGGCAAGGATGTTTTTTTAATAATTTAGACGAATTCATATACGATTTGGATCCGTATATGGTTAGGATTTTTTTTCATAATTTGGATCCATATAAGATCAAATGGTGTTCCAAAAGCCAAAGGCCAATGAGTCCAATTTTCCTTGGTTAGACATAGGCAATTCCCGATGCCGATGAT
TCTAATTCGTCGGTCAAGACTGGCAATTCCAATTGAAGTTCATACTTTGTAATATTGTTCCGTCTGGACAAACAGTCTATGTTGAAAGGGTATACCACGGTTATCATATATGTTTATGGGTATACCATATGTTGGTGGTGTTATTTGTTCAATTTCCCAAATGATCGATGGACCTGTTTTGACCGCTACTATCTTCCTAG
AAAAATAGCTTATCTAGGTGTATAATGTGAACTTTGTGTAGAACATAATTAGTTTTGGAAACCTGAGTGAAGTAAGTTGTTATCGTTAAACTGTGAATTTAGG
Intron 6 GTAAGTTACC ... CTATGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.78 | 3080 | 1169 | 534 |
| A2 | 16.13 | 2745.3 | 1109.5 | 528 |
| A3 | 17.44 | 3238.1 | 1326.8 | 684 |
| A4 | 16.41 | 2522.7 | 935.1 | 495 |
| A5 | 18.79 | 1451.7 | 589.2 | 336 |
| A6 | 17.57 | 4584.8 | 1777.7 | 977 |
| A7 | 18.44 | 10814.1 | 4246.8 | 2444.1 |
| A8 | 19.69 | 7270.4 | 2681 | 1782 |
| A9 | 18.54 | 9536.8 | 3581.6 | 2171 |
| A10 | 19.33 | 10872 | 4320.2 | 2605 |
>TRINITY_DN129405_c3_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTTGCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGG
GGAGGAAGTTCCCGAGGCTCATTCAAGGAATTTGCGCTGCGCTTGTCAAATTTCTTCCCAGCAATCTCAGCCGGCCTCTGGCTGTATAAATCGCTCTTTGCAGGTTTAATTGTGAAAGAGAAGAATCTTGCTTTGGCCTGTATTTCTTCCTGAAGTTGTTGGAGATTTCAAGAATTTGTAGCTGAAGGGTTTCACCGTAT
TATTTTTCGTAAGTGAAAATGTTTGGAGCTCGCGCCCCTAAGAAGAGTGACAGCACTAGGTATTATGAAATCCTGGGAGTGCCAAAGAATGCTTCACAGGATGATATGAAGAAAGCTTACAGAAAGGCCGCTATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGTTTAAGGAACTTGCTCAGGCGTATGAGGT
ACTTAGTGATCCTGAGAAAAGAGAGATTTATGACCAGTATGGAGAGGATGCCCTTAAAGAAGGGATGGGTGGCGGTGGCGGTCACGATCCATTTGACATTTTTCAATCATTCTTTGGTGGAAATCCTTTTGGAGGTGGAAGCAGCAGGGGGGGAAGCCGCAGACAAAGGAGAGGTGAGGATGTTGTTCACCCCTTGAAGG
TATCATTGGAAGACCTTTACAATGGAACATCAAAGAAGTTGTCACTATCTCGAAATGTATTGTGCTCTAAATGCAAAGGGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGGACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGAT
TGTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAAAGACAGATGCCCACAATGCAAGGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTGTAAATAATTTTCTTTAATAGTTCTGTTAGCTGTAGTGTTTGGG
CTTTTATTCATTTCTATTTCGTTCAGCAGTTGGCTTTTATTCTTTTGCTGTCCTTCAGCAATTGGCTTGATTTTGTTCTGTTTATGACGTGTGTCATTTGTAACTTTTGATGATGCAGCCCGACACGGTTACCGGTGACATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAGGAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACGATCTTT
TCGTTGAGCATACTTTATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCGGCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCATTTCTCT
GTAGATTTCCCAGATACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGGCTCTGG
TGGGCCAAGAGTACAATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATAGTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTTTTGTGC
AAATATGATTTTATTTTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATTCGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTTCCATTA
TCATTGTTAATTGGTTTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTTATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCACCTTATACACTGTTTATTTATTAATCCTCTTTATGGAAACTCTCTCTT
ACAGGAGATTTGTTTCGGAAGTAGTGTTTCGTATTTAATTACCTTGGTTAGCCTCCAGAAAGAGTTTCGTATTTAATTACCATCGTTGGCCTCGGGTTTTGTTTGTCGATTGCGATCTCGTTTATGAATTGGATGTCTGAAATCTTTGTTTTAACATTTTCCTCTCTTAAAGAGATGACATAGATCTGTCTTATATCAGT
TTATCGTTGATATCTTGCGGTTATGGCAAGGATGTTTTTTTAATAATTTAGACGAATTCATATACGATTTGGATCCGTATATGGTTAGGATTTTTTTTCATAATTTGGATCCATATAAGATCAAATGGTGTTCCAAAAGCCAAAGGCCAATGAGTCCAATTTTCCTTGGTTAGACATAGGCAATTCCCGATGCCGATGAT
TCTAATTCGTCGGTCAAGACTGGCAATTCCAATTGAAGTTCATACTTTGTAATATTGTTCCGTCTGGACAAACAGTCTATGTTGAAAGGGTATACCACGGTTATCATATATGTTTATGGGTATACCATATGTTGGTGGTGTTATTTGTTCAATTTCCCAAATGATCGATGGACCTGTTTTGACCGCTACTATCTTCCTAG
AAAAATAGCTTATCTAGGTGTATAATGTGAACTTTGTGTAGAACATAATTAGTTTTGGAAACCTGAGTGAAGTAAGTTGTTATCGTTAAACTGTGAATTTAGG
>TRINITY_DN129405_c3_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATTGTGCTCTAAATGCAAAGGgtaagttaccatggtctatatgtgctgcgttttctagctggtctaaaaaggtgcattaatttgatgcaaggcagcttttctttggggataggaatttagattgatggtgtgtttgaaattatgaccatgtaatcctggacattaaaacgtttcccagacattaaaacgttcaccattt
tacctcttcacaacgtttctgaacgtgcgtttgtgaactatgttcagGAAAGGATCAAAATCTGGTGCATCAATGAAATGCAGTGGGTGTCAAGGGTCTGGCATGAAAGTCTCTATTAGACATCTAGGACCTTCAATGATCCAGCAAATGCAACATGTCTGCAGTGATTGTAGGGGAACCGGAGAGACTATAAATGAAAA
AGACAGATGCCCACAATGCAAGGGTGAAAAGGTCTTACCGGAGAAGAAAATGCTTGAGGTTACAGTTGAGAAGGGAATGCAAAATGGTCAAAGGATCACTTTTCAAGGGGAAGCAGATGAAGCTCCCGACACGGTTACCGGTGACATTGTTTTTGTGGTTCAACAAAAGGAGCATCCCAAATTCAAGCGAAAGGGAGACG
ATCTTTTCGTTGAGCATACTTTATCATTGACGGAAGCACTATGCGGGTTCCAGTTTATATTGACCCATCTGGATGGTCGGCAACTGCTTATTAAATCTAGTCCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAACGATGAAGGAATGCCTGCTTATCAGCGGCCATTCATGAAGGGTAACCTGTACATTCAT
TTCTCTGTAGATTTCCCAGATACTTTTACTCCTGAACAAGGCAAAGCGCTGGAAGCAGTCTTGCCTCCTCGAACTGCAAGTCAACTAACAGACATGGAGCTAGATGAGTGTGAGGAAACTACCCTTCATGATGTAAACTTTGAGGAAGAAATGAGGAAAAAACAAAGTCAACAGGAAGCTTATGAAGAAGATGAGGAAGG
CTCTGGTGGGCCAAGAGTACAATGTGCACAGCAATGAGAGTAGCTACTTAAAGAGTAGATTTGTTTCTAGTATTTGAACTAAGAGGAATTTTCACTTTACTGTTTGAATGTTATAGTTATAGATTGGATTTCATTCTGTAACTTCCTTAGTTTAAGGTAAACAAATACAGAATGCATATATAACCGATGAAATCAATTTT
TTGTGCAAATATGATTTTATTTTGTGTACCTTGTTACTTTGTTAAAGGACATGGTGTGTGCTGAATGTATAGTCTGGATGGATCAAGGATATGAGTGATGATGTTTTCAGTTATTCGTTGGAAAGATATTTTGATGTTGTTTTCAGTGTTTCATTTTAGATAAGCTTATGAAGTCAACAGCGGGTAGGTTGGATTAGTTT
CCATTATCATTGTTAATTGGTTTATTTCAATGCCATTTTTAAAAGAAAATTAAGGATGGGTGTAAGTATGAAGAATAGTTGCCTTAAAGTCACAAGCTAAAAGGAGTTTTATGTTATGCGGTGCATCCTAATAAAGCTTACGACACATGTTTGAGGCACCTTATACACTGTTTATTTATTAATCCTCTTTATGGAAACTC
TCTCTTACAGGAGATTTGTTTCGGAAGTAGTGTTTCGTATTTAATTACCTTGGTTAGCCTCCAGAAAGAGTTTCGTATTTAATTACCATCGTTGGCCTCGGGTTTTGTTTGTCGATTGCGATCTCGTTTATGAATTGGATGTCTGAAATCTTTGTTTTAACATTTTCCTCTCTTAAAGAGATGACATAGATCTGTCTTAT
ATCAGTTTATCGTTGATATCTTGCGGTTATGGCAAGGATGTTTTTTTAATAATTTAGACGAATTCATATACGATTTGGATCCGTATATGGTTAGGATTTTTTTTCATAATTTGGATCCATATAAGATCAAATGGTGTTCCAAAAGCCAAAGGCCAATGAGTCCAATTTTCCTTGGTTAGACATAGGCAATTCCCGATGCC
GATGATTCTAATTCGTCGGTCAAGACTGGCAATTCCAATTGAAGTTCATACTTTGTAATATTGTTCCGTCTGGACAAACAGTCTATGTTGAAAGGGTATACCACGGTTATCATATATGTTTATGGGTATACCATATGTTGGTGGTGTTATTTGTTCAATTTCCCAAATGATCGATGGACCTGTTTTGACCGCTACTATCT
TCCTAGAAAAATAGCTTATCTAGGTGTATAATGTGAACTTTGTGTAGAACATAATTAGTTTTGGAAACCTGAGTGAAGTAAGTTGTTATCGTTAAACTGTGAATTTAGG
Intron 7 GTATGCAATG ... ATGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.65 | 2100 | 7 | 304 |
| A2 | 15.14 | 1642 | 4 | 293 |
| A3 | 16.31 | 2022 | 0 | 394 |
| A4 | 15.74 | 1847 | 10 | 345 |
| A5 | 17.54 | 1105 | 0 | 235 |
| A6 | 16.52 | 2117 | 1 | 419 |
| A7 | 18.48 | 4760 | 3 | 1079 |
| A8 | 17.44 | 2737 | 1 | 578 |
| A9 | 18.22 | 4538 | 5 | 1011 |
| A10 | 19.29 | 4679 | 0 | 1118 |
>TRINITY_DN40948_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoformTGGGGATCGGACGGTCAAGCTTCCTCGAAGTCTCCTAGATACTTTCGAGAGGCTTCTAGCAAGTGCGTTTCTCACAAGGCTACTCTTTAATTTAATTTGAATCCAAGGGCCATCGCACATCTGATCGAAGAAGAGGTGAAATCGTGAACGTTGATTGAAAGAACCGGAATTCCGTTGCGAGGGGAGGAAAGCACAAAAGG
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>TRINITY_DN40948_c0_g2_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:ACAAGGGTGGAGATCCAGAAAAGgtatgcaatgcaaaccctattcagagtctgttattggtaaacagaggagtctttacagattgttaccttctttaaagggtcacggtgtcccctaaaaggaagttaaattctctagggttatttgggtaatgtttccttaagcacagggttcggaaggttaaatttaggaagctattt
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CCTGGTGAAGTTGTTAAGCCAGGTAAAAACATTGTGATTTGTAACCTTATGCAGATTAAAACGAGTTTTTACTTTGAAAAATCTGATGATTATATATTATTGATTTTTTCAGGTCAGTTCAAGGCTATTAAC