sp|Q9FMX0|SODF3_ARATH ----> Superoxide dismutase [Fe] 3, chloroplastic

Intron 1 GTGGGGGAGA ... TGGCTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.94	42	89	117.8
A2	69.28	52	103	128.8
A3	67.92	60.5	121	129.5
A4	72.82	37.5	87	106
A5	67.16	29.5	37	81
A6	71.04	138.5	258.5	411.3
A7	67.9	245	419	597
A8	71.96	136.5	241.5	435
A9	68.01	240.8	390	604.5
A10	68.22	215	367	546.3

>TRINITY_DN109144_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

CCCTACTCTTATCTTCTTCTATCTTTAAGCAAAATTTGTATGAAATTCTAAGATCTGTTCGGCGGCTTCAAATCGCAAATGGCACTATTGCAGCATTCGCTGCTACTGCAACATCGTCCATTGCACACCGACTTTTCTCGGACAAAGACCAAATCTAGAGGGGCAATGCTGAAGTCTCGGACAGCTCCATTAACAGTTGC
ACTATTTGGCTTGAAGGAACCACCATATAAACTTGATGCATTAGAGCCATTTATGACTCGTCGAACTCTGGAATTTCATTGGGGAAAACACCATAGAGGCTATGTTGATAACTTAAACAAGCAAATTGAGGGTAATGAGTTGGAAGGGTTTACACTTGAAGAACTTATCAAAGTAACATATAACAATGGGAATCCTATGC
CAGCTTTTAACAACGCTGCCCAGGTGTGGAATCATGACTTTTTTTGGGAATGCATGGAACCAGAAGTGAAAGACAAAAAACTTGCTGTGGAAAAGAGTACAAATGCTTTGAACCCTCTCATATGGGGCCACATAGTAAGTCACTATTCTGATTTTTATGACTGAATTTGCCAAAATGGGATTCCATAGTTTCATAACTAA
TGTTACACTCGTCCAAA

>TRINITY_DN109144_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CCCTACTCTTATCTTCTTCTATCTTTAAGCAAAATTTGTATGAAATTCTAAGATCTGTTCGGCGGCTTCAAATCGCAAATGGCACTATTGCAGCATTCGCTGCTACTGCAACATCGTCCATTGCACACCGACTTTTCTCGGACAAAGACCAAATCTAGAGGGGCAATGCTGAAGTCTCGGACAGCTCCATTAACAGTTGC
ACTATTTGGCTTGAAGGAACCACCATATAAACTTGATGCATTAGAGCCATTTATGACTCGTCGAACTCTGGAATTTCATTGGGGAAAACACCATAGAGGCTATGTTGATAACTTAAACAAGCAAATTGAGGGTAATGAGTTGGAAGGGTTTACACTTGAAGAACTTATCAAAGTAACATATAACAATGGGAATCCTATGC
CAGCTTTTAACAACGCTGCCCAGGTGTGGAATCATGACTTTTTTTGGGAATGCATGGAACCAGAAGgtgggggagattgcacaggaatgattcaggaatttattgagagagattttggttcatataataattttgtagaggagttcaagcaagctgcaactacacagtttggttctggttgggcttggcttgtagTGAAA
GACAAAAAACTTGCTGTGGAAAAGAGTACAAATGCTTTGAACCCTCTCATATGGGGCCACATACCACTGCTCACCATTGATGTTTGGGAGCATGCCTATTACATTGATTATCAGAATCGGCGGGCAGACTATGTATCAGCATTCATGGATAACCTAGTTTCATGGGATGCAGTGAATGCTCGCTTTGGTCGTGCACAAGC
TTTTGTGAACTTAGGAGAACCAATTATTCCAGAGCTTTGAGCAGCTGCTTTCCAGATACCATTTGCATTGCTTCTTTTTCAGCTTTTTGTATCTCATGGTTTTGAAGATGGGCATGCTTACCTGTTCATATTCAGCAATGTACGTAGGTGCATACAACTTTAAGGAAAATCATGGAGACCTCGTTGGCTAAATCTATATT
GGACGTACAGGTGGACCCTCTACTAAACAAGGCCTAGATAAACTGGAATGAAGATATTAGATAATTTGTTAGTTGAGTATTTTCCAAATGCGGAAAGGGGAATATCATGCAAGCAAACCAACCTTAAGGTTCAAGAAACTTTAGACTCTACAGAATGAGATATGTGGAAATGAAAATGCAATATAAATGTGTAGACAAAG
TGTTTCTCTCTTTCTACCATCAGTCCAACGGGCAAAGAGGAGGCCTTAAGGTCTGAGGTTTATGTGGACAGCTTAAAGGTTCTGTATTAAGCTCATAATTGAGTGGATGGGTTCCTACTATCTGTAAGTTTGCTATTTCTTGATATTGTTTTGTGCCTTCAACAATCCTATAGAATGCTCTTTTCTTCATGTGCAGGGAG
ACAGAAACTGTCTTTAGATATCGTCTATGTGCCATGTTGCTTTACAGGTCTTGATGCCACAGGCCTGTCGCATAATATCATTGAAGCTTCCGTTATGCTATTTATGGATACTTATTATCACACAGGTGGCACTTATATGACAAATATGTATGCTTGCGGTTTTTAATGATTGCCCACATGGTAAAAGTGTTTAGCCTATG
TTATGGGACTCAATTACGACTTTGAAAAATCCTGGAAAGATGATTTTTTTCTTTCTTCAAATGCATTAGTAATTTTATATTTGGAAATCAAAATTCCTTGTATTGTACCAAGTTGGCATTATTGGTTTTAGGTTGATATGAACGAGGTGGAAACACAAGCTCAGACTTCTTAGAGCATGTTCACCCTTAAAGCTTGCTGA
AAGAATGAGCAATTTCAGGAGGAAAGGTCCTTCACTGAAATTCTGAGTGCTTTAACTCAAAATGTTGAGCCTAATTTATTTTCTAG

Intron 2 GTAATTGGAT ... GGATATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.4	101	10	1
A2	12.62	83	14	2
A3	6.9	102	8	2
A4	9.76	78	9	0
A5	6.73	45	3.5	0
A6	7.74	308	28	0
A7	7.15	479	39.5	1
A8	6.38	435	31.5	1
A9	7.47	472	41.5	0
A10	5.42	362	22	0

>TRINITY_DN46419_c2_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

AAAACCCCTACTCTTATCTTCTTCTATCTTTAAGCAAAATTTGTATGAAATTCTAAGATCTGTTCGGCGGCTTCAAATCGCAAATGGCACTATTGCAGCATTCGCTGCTACTGCAACATCGTCCATTGCACACCGACTTTTCTCGGACAAAGACCAAATCTAGAGGGGCAATGCTGAAGTCTCGGACAGCTCCATTAACA
GTTGCACTATTTGGCTTGAAGGAACCACCATATAAACTTGATGCATTAGAGCCATTTATGACTCGTCGAACTCTGGAATTTCATTGGGGAAAACACCATAGAGGCTATGTTGATAACTTAAACAAGCAAATTGAGGGTAATGAGTTGGAAGGGTTTACACTTGAAGAACTTATCAAAGTAACATATAACAATGGGAATCC
TATGCCAGCTTTTAACAACGCTGCCCAGGTGTGGAATCATGACTTTTTTTGGGAATGCATGGAACCAGAAGGTGGGGGAGATTGCACAGGAATGATTCAGGAATTTATTGAGAGAGATTTTGGTTCATATAATAATTTTGTAGAGGAGTTTAAGCAAGCTGCAACTACACAGTTTGGTTCTGGTTGGGCTTGGCTTGTAG
TGAAAGACAAAAAACTTGCTGTGGAAAAGAGTACAAATGCTGTGAACCCTCTCATATGGGGCCACATACCACTGCTCACCATTGATGTTTGGGAGCATGCCTATTACATTGATTATCAGAATCGGCGGGCCGACTATGTATCAGCATTCATGGATAACCTAGTTTCATGGGATGCAGTGAATGCTCGCTTTGGTCGTGCA
CAAGCTTTTGTGAACTTAGGAGAACCAATTATTCCAGAGCTTTGAGCAGCTGCTTTCCAGATACCATTTGCATTGCTTCTTTTTCAGCTTTTTGTATCTCATGGTTTTGAAGATGGGCATGCTTACCTGTTCATATTCAGCAATGTACGTAGGTGCATACAACTTTAAGGAAAATCATGGAGACCTCGTTGGCTAAATCT
ATATTGGACGTACAGGTGGACCCTCTACTAAACAAGGCCTAGATAAACTGGAATGAAGATATTAGATAATTTGTTAGTTGAGTATTTTCCAAATGCGGAAAGGGGAATATCAGCAAGCAAACCAACCTCAATGTTCAAGAAACTTTAGACTCTACAGAATGAGATATGTGGAAATGAAAATGCAATATAAATGTGTAGAC
AAAGTGTTTCTCTCTTTCTACCATCAGTCCAACGGGCAAAGAGGAGGCCTTAAGGTCTGAGGTTTATGTGGACAGCTTAAAGGTTTTGTATTAAGCTCATAATTGAGTGGATGGGTTCCTACTATCTGTAAGTTTGCTATTTCTTGATATTGTTTTGTGCCTTCAACAATCCTATAGAATGCTCTTTTCTTCATGTGCAG
GGAGACAGAAACTGTCTTTAGATATCGTCTATGTGCCATGTTGCTTTACAGGTCTTGATGCCACAGGCCTGTCGCATAATATCATTGAAGCTTCCGTTATGCTATTTATGGATACTTATTATCACACAGGTGGCACTTATATGACAAATATGTATGCTTGCGGTTTTTAATGATTGCCCACATGGTAAAAGTGTTTAGCC
TATGTTATGGGACTCAATTACGACTTTGAAAAATCCTGGAAAGATGATTTTTTTCTTTCTTCAAATGCATTAGTAATTTTATATTTGGAAATCAAAATTCCTTGTATTGTACCAAGTTGGCATTATTGGTTTTAGGTTGATATGAACGAGGTGGAAACACAAGCTCAGACTTCTTAGAGCATGTTCACCCTTAAAGCTTG
CTGAAAGAATGAGCAATTTCAGGAGGAAAGGTCCTTCACTGAAATTCTGAGTGCTTTAACTCAAAATGTTGAGCCTGATTTATTTTCTAGCCTCTTATGTTACTATAAAACCAGTTGCTAGTGGAAGGTTTTGACACTAACA

>TRINITY_DN46419_c2_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAAACCCCTACTCTTATCTTCTTCTATCTTTAAGCAAAATTTGTATGAAATTCTAAGATCTGTTCGGCGGCTTCAAATCGCAAATGGCACTATTGCAGCATTCGCTGCTACTGCAACATCGTCCATTGCACACCGACTTTTCTCGGACAAAGACCAAATCTAGAGGGGCAATGCTGAAGTCTCGGACAGCTCCATTAACA
GTTGCACTATTTGGCTTGAAGGAACCACCATATAAACTTGATGCATTAGAGCCATTTATGACTCGTCGAACTCTGGAATTTCATTGGGGAAAACACCATAGAGGCTATGTTGATAACTTAAACAAGCAAATTGAGGGTAATGAGTTGGAAGGGTTTACACTTGAAGAACTTATCAAAGTAACATATAACAATGGGAATCC
TATGCCAGCTTTTAACAACGCTGCCCAGGTGTGGAATCATGACTTTTTTTGGGAATGCATGGAACCAGAAGGTGGGGGAGATTGCACAGGAATGATTCAGGAATTTATTGAGAGAGATTTTGGTTCATATAATAATTTTGTAGAGGAGTTTAAGCAAGCTGCAACTACACAGTTTGGTTCTGGTTGGGCTTGGCTTGTAG
TGAAAGACAAAAAACTTGCTGTGGAAAAGAGTACAAATGCTGTGAACCCTCTCATATGGGGCCACATACCACTGCTCACCATTGATGTTTGGGAGgtaattggatttctgaagcaatttaaaatatggaaatttaatatttattttaggatgcagaaattcatgaagtgctctagattcttgcattagcaatgcttgtga
ggtaagtatactatctgagagccttaagtagaaagaattctgtgtcagcttcacttacagacatctaggaattcattcatgatattgcagtagcagctttgttctggatacttactttttgtttttactttctacattctctttggatatgcagCATGCCTATTACATTGATTAT

Intron 3 GTAAGTTTGC ... TGCTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.69	9	43	18
A2	73.33	12	33	11
A3	75.68	9	28	10
A4	66.67	13	26	5
A5	66.67	4	8	7
A6	76.38	103	333	95
A7	73.63	96	268	79
A8	71.08	203	499	140
A9	75.05	124	373	70
A10	75.42	59	181	45

>TRINITY_DN112029_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCGTGGCCTTTTACTCTTAAACCCAAAACCCCTACTCTTATCTTCTTCTATCTTTAAGCAAAATTTGTATGAAATTCTAAGATCTGTTCGGCGGCTTCAAATCGCAAATGGCACTATTGCAGCATTCGCTGCTACTGCAACATCGTCCATTGCACACCGACTTTTCTCGGACAAAGACCAAATCTAGAGGGGCAATGCT
GAAGTCTCGGACAGCTCCATTAACAGTTGCACTATTTGGCTTGAAGGAACCACCATATAAACTTGATGCATTAGAGCCATTTATGACTCGTCGAACTCTGGAATTTCATTGGGGAAAACACCATAGAGGCTATGTTGATAACTTAAACAAGCAAATTGAGGGTAATGAGTTGGAAGGGTTTACACTTGAAGAACTTATCA
AAGTAACATATAACAATGGGAATCCTATGCCAGCTTTTAACAACGCTGCCCAGGTGTGGAATCATGACTTTTTTTGGGAATGCATGGAACCAGAAGGTGGGGGAGATTGCACAGGAATGATTCAGGAATTTATTGAGAGAGATTTTGGTTCATATAATAATTTTGTAGAGGAGTTTAAGCAAGCTGCAACTACACAGTTT
GGTTCTGGTTGGGCTTGGCTTGTAGTGAAAGACAAAAAACTTGCTGTGGAAAAGAGTACAAATGCTGTGAACCCTCTCATATGGGGCCACATACCACTGCTCACCATTGATGTTTGGGAGCATGCCTATTACATTGATTATCAGAATCGGCGGGCCGACTATGTATCAGCATTCATGGATAACCTAGTTTCATGGGATGC
AGTGAATGCTCGCTTTGGTCGTGCACAAGCTTTTGTGAACTTAGGAGAACCAATTATTCCAGAGCTTTGAGCAGCTGCTTTCCAGATACCATTTGCATTGCTTCTTTTTCAGCTTTTTGTATCTCATGGTTTTGAAGATGGGCATGCTTACCTGTTCATATTCAGCAATTTACGTAGGTGCATACAACTTTAAGGAAAAT
CATGGAGACCTCGTTGGCTAAATCTATATTGGACGTACAGGTGGACCCTCTACTAAACAAGGCCTAGATAAACTGGAATGAAGATATTAGATAATTTGTTAGTTGAGTATTTTCCAAATGCGGAAAGGGGAATATCAGCAAGCAAACCAACCTCAATGTTCAAGAAACTTTAGACTCTACAGAATGAGATATGTGGAAAT
GAAAATGCAATATAAATGTGTAGACAAAGTGTTTCTCTCTTTCTACCATCAGTCCAACGGGCAAAGAGGAGGCCTTAAGGTCTGAGGTTTATGTGGACAGCTTAAAGGTTTTGTATTAAGCTCATAATTGAGTGGATGGGTTCCTACTATCTGTCTTGATGCCACAGGCCTGTCGCATAATATCATTGAAGCTTCCGTTA
TGCTATTTATGGATACTTATTATCACACAGGTGGCACTTATATGACAAATATGTATGCTTGCGGTTTTTAATGATTGCCCACATGGTAAAAGTGTTTAGCCTATGTTATGGGACTCAATTACGACA

>TRINITY_DN112029_c0_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCGTGGCCTTTTACTCTTAAACCCAAAACCCCTACTCTTATCTTCTTCTATCTTTAAGCAAAATTTGTATGAAATTCTAAGATCTGTTCGGCGGCTTCAAATCGCAAATGGCACTATTGCAGCATTCGCTGCTACTGCAACATCGTCCATTGCACACCGACTTTTCTCGGACAAAGACCAAATCTAGAGGGGCAATGCT
GAAGTCTCGGACAGCTCCATTAACAGTTGCACTATTTGGCTTGAAGGAACCACCATATAAACTTGATGCATTAGAGCCATTTATGACTCGTCGAACTCTGGAATTTCATTGGGGAAAACACCATAGAGGCTATGTTGATAACTTAAACAAGCAAATTGAGGGTAATGAGTTGGAAGGGTTTACACTTGAAGAACTTATCA
AAGTAACATATAACAATGGGAATCCTATGCCAGCTTTTAACAACGCTGCCCAGGTGTGGAATCATGACTTTTTTTGGGAATGCATGGAACCAGAAGGTGGGGGAGATTGCACAGGAATGATTCAGGAATTTATTGAGAGAGATTTTGGTTCATATAATAATTTTGTAGAGGAGTTTAAGCAAGCTGCAACTACACAGTTT
GGTTCTGGTTGGGCTTGGCTTGTAGTGAAAGACAAAAAACTTGCTGTGGAAAAGAGTACAAATGCTGTGAACCCTCTCATATGGGGCCACATACCACTGCTCACCATTGATGTTTGGGAGCATGCCTATTACATTGATTATCAGAATCGGCGGGCCGACTATGTATCAGCATTCATGGATAACCTAGTTTCATGGGATGC
AGTGAATGCTCGCTTTGGTCGTGCACAAGCTTTTGTGAACTTAGGAGAACCAATTATTCCAGAGCTTTGAGCAGCTGCTTTCCAGATACCATTTGCATTGCTTCTTTTTCAGCTTTTTGTATCTCATGGTTTTGAAGATGGGCATGCTTACCTGTTCATATTCAGCAATTTACGTAGGTGCATACAACTTTAAGGAAAAT
CATGGAGACCTCGTTGGCTAAATCTATATTGGACGTACAGGTGGACCCTCTACTAAACAAGGCCTAGATAAACTGGAATGAAGATATTAGATAATTTGTTAGTTGAGTATTTTCCAAATGCGGAAAGGGGAATATCAGCAAGCAAACCAACCTCAATGTTCAAGAAACTTTAGACTCTACAGAATGAGATATGTGGAAAT
GAAAATGCAATATAAATGTGTAGACAAAGTGTTTCTCTCTTTCTACCATCAGTCCAACGGGCAAAGAGGAGGCCTTAAGGTCTGAGGTTTATGTGGACAGCTTAAAGGTTTTGTATTAAGCTCATAATTGAGTGGATGGGTTCCTACTATCTgtaagtttgctatttcttgatattgttttgtgccttcaacaatcctat
agaatgctcttttcttcatgtgcagggagacagaaactgtctttagatatcgtctatgtgccatgttgctttacagGTCTTGATGCCACAGGCCTGTCGCATAATATCATTGAAGCTTCCGTTATGCTATTTATGGATACTTATTATCACACAGGTGGCACTTATATGACAAATATGTATGCTTGCGGTTTTTAATGATT
GCCCACATGGTAAAAGTGTTTAGCCTATGTTATGGGACTCAATTACGACA