NA ----> NA

Intron 1 GTTAGGGTTT ... ATGTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	-1	0	0	0
A3	33.33	1	0	1
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	23.53	13	7	1
A7	48	13	12	12
A8	45	11	6	12
A9	41.77	10.5	7	8
A10	30.91	19	12	5

>TRINITY_DN47063_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGAAACTTGGTAATTTTACTGGAAGAACTCAGTGATGGGGTTCGGTAGAGGAGGGAGATGGCCATCAAGAGATAGATCTGGCCACAGACAGAAGAGAGTAATCATATATTCATTGACAGTAGATCGATGAGCAGAGGATACTAGCTCTCAGAGGGACGAGCTGGAGGTTTTGAACCATTGAAGAAACGGCGGTGACTAA
TTAAAAGATTTGCAACGAGGTGCAGAGTGGGAGAAGAGTGTTTGATGGGTTTTGCGCAGAGTTCAGCGAACGGATACACACACAGGCTATCAACGATAGCTGTGCGTTTCATAATCAATCGAACGGTGTGAAATGTTGGAGACTGGTCCAAAATTGGGGCAGAAAGTTCGAATAATTTTTGTTGAATTTATGCATTGTGA
TTGTTTCAATCCAAATCTGAGCGATTGATAAAGATCTATGGATATTTTGCAAGGAATTGCAGACTGAGTTTAATTACATGTGCGCATGGGTGAACAAGGGATTCAGGAACAAAAATACGATGAGTTTTGATAGCTCTCTTATCAAATCAGAATCAACAAGGAGTGTGTTCATGTAATCTTTATCAAAAATTGTTGTCTTA
TCCTGTATTATTACATGAAGAGTTTTAATGTAGTCTATCAACCCAAATCCAATAGTCCTTTTCTCAAAGCGAAATATTATTGTTTCCAGCATTAAGCGGACTCCATTGCTAAATATGTTTGTGTATTAATCCCTTCATAGTTTTAATGTACTACCTTGACAAATCCGAA

>TRINITY_DN47063_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGAAACTTGGTAATTTTACTGGAAGAACTCAGTGATGGGGTTCGGTAGAGGAGGGAGATGGCCATCAAGAGATAGATCTGGCCACAGACAGAAGAGgttagggtttctgtaattgtatgtatagttttttttctctgaatggaaaagcagattcgtcatgttgattgagttattgtcctcttacatcttgtatgtgtaa
tgtgactgaacaatgttgatgaatagtagtagctttgtgtaaggctatgtttgtgcatgtaaaacctgataaaatatgtaactgggtaaaaccaggtgggtccagtcttggtaggaatctataatgacctagataatgctctataaagtgaatagtaacacatttcattactgttgtgtgcatgagtgttaaaagcatga
aagagtgacatggtgtggctatggtgggttcaaagataaccgccatttacaagttgacctgataagatactatgtgaacagAGTAATCATATATTCATTGACAGTAGATCGATGAGCAGAGGATACTAGCTCTCAGAGGGACGAGCTGGAGGTTTTGAACCATTGAAGAAACGGCGGTGACTAATTAAAAGATTTGCAAC
GAGGTGCAGAGTGGGAGAAGAGTGTTTGATGGGTTTTGCGCAGAGTTCAGCGAACGGATACACACACAGGCTATCAACGATAGCTGTGCGTTTCATAATCAATCGAACGGTGTGAAATGTTGGAGACTGGTCCAAAATTGGGGCAGAAAGTTCGAATAATTTTTGTTGAATTTATGCATTGTGATTGTTTCAATCCAAAT
CTGAGCGATTGATAAAGATCTATGGATATTTTGCAAGGAATTGCAGACTGAGTTTAATTACATGTGCGCATGGGTGAACAAGGGATTCAGGAACAAAAATACGATGAGTTTTGATAGCTCTCTTATCAAATCAGAATCAACAAGGAGTGTGTTCATGTAATCTTTATCAAAAATTGTTGTCTTATCCTGTATTATTACAT
GAAGAGTTTTAATGTAGTCTATCAACCCAAATCCAATAGTCCTTTTCTCAAAGCGAAATATTATTGTTTCCAGCATTAAGCGGACTCCATTGCTAAATATGTTTGTGTATTAATCCCTTCATAGTTTTAATGTACTACCTTGACAAATCCGAA

Intron 2 GTTAGGGTTT ... TTGACAGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	-1	0	0	0
A3	33.33	1	0	1
A4	-1	0	0	0
A5	33.33	1	0	1
A6	33.33	8	7	1
A7	75.76	4	12	13
A8	50	9	6	12
A9	44.44	10	7	9
A10	51.52	8	12	5

>TRINITY_DN47063_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGAAACTTGGTAATTTTACTGGAAGAACTCAGTGATGGGGTTCGGTAGAGGAGGGAGATGGCCATCAAGAGATAGATCTGGCCACAGACAGAAGAGATCGATGAGCAGAGGATACTAGCTCTCAGAGGGACGAGCTGGAGGTTTTGAACCATTGAAGAAACGGCGGTGACTAATTAAAAGATTTGCAACGAGGTGCAGA
GTGGGAGAAGAGTGTTTGATGGGTTTTGCGCAGAGTTCAGCGAACGGATACACACACAGGCTATCAACGATAGCTGTGCGTTTCATAATCAATCGAACGGTGTGAAATGTTGGAGACTGGTCCAAAATTGGGGCAGAAAGTTCGAATAATTTTTGTTGAATTTATGCATTGTGATTGTTTCAATCCAAATCTGAGCGATT
GATAAAGATCTATGGATATTTTGCAAGGAATTGCAGACTGAGTTTAATTACATGTGCGCATGGGTGAACAAGGGATTCAGGAACAAAAATACGATGAGTTTTGATAGCTCTCTTATCAAATCAGAATCAACAAGGAGTGTGTTCATGTAATCTTTATCAAAAATTGTTGTCTTATCCTGTATTATTACATGAAGAGTTTT
AATGTAGTCTATCAACCCAAATCCAATAGTCCTTTTCTCAAAGCGAAATATTATTGTTTCCAGCATTAAGCGGACTCCATTGCTAAATATGTTTGTGTATTAATCCCTTCATAGTTTTAATGTACTACCTTGACAAATCCGAA

>TRINITY_DN47063_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGAAACTTGGTAATTTTACTGGAAGAACTCAGTGATGGGGTTCGGTAGAGGAGGGAGATGGCCATCAAGAGATAGATCTGGCCACAGACAGAAGAGgttagggtttctgtaattgtatgtatagttttttttctctgaatggaaaagcagattcgtcatgttgattgagttattgtcctcttacatcttgtatgtgtaa
tgtgactgaacaatgttgatgaatagtagtagctttgtgtaaggctatgtttgtgcatgtaaaacctgataaaatatgtaactgggtaaaaccaggtgggtccagtcttggtaggaatctataatgacctagataatgctctataaagtgaatagtaacacatttcattactgttgtgtgcatgagtgttaaaagcatga
aagagtgacatggtgtggctatggtgggttcaaagataaccgccatttacaagttgacctgataagatactatgtgaacagagtaatcatatattcattgacagtagATCGATGAGCAGAGGATACTAGCTCTCAGAGGGACGAGCTGGAGGTTTTGAACCATTGAAGAAACGGCGGTGACTAATTAAAAGATTTGCAAC
GAGGTGCAGAGTGGGAGAAGAGTGTTTGATGGGTTTTGCGCAGAGTTCAGCGAACGGATACACACACAGGCTATCAACGATAGCTGTGCGTTTCATAATCAATCGAACGGTGTGAAATGTTGGAGACTGGTCCAAAATTGGGGCAGAAAGTTCGAATAATTTTTGTTGAATTTATGCATTGTGATTGTTTCAATCCAAAT
CTGAGCGATTGATAAAGATCTATGGATATTTTGCAAGGAATTGCAGACTGAGTTTAATTACATGTGCGCATGGGTGAACAAGGGATTCAGGAACAAAAATACGATGAGTTTTGATAGCTCTCTTATCAAATCAGAATCAACAAGGAGTGTGTTCATGTAATCTTTATCAAAAATTGTTGTCTTATCCTGTATTATTACAT
GAAGAGTTTTAATGTAGTCTATCAACCCAAATCCAATAGTCCTTTTCTCAAAGCGAAATATTATTGTTTCCAGCATTAAGCGGACTCCATTGCTAAATATGTTTGTGTATTAATCCCTTCATAGTTTTAATGTACTACCTTGACAAATCCGAA

Intron 3 GTTAGGGTTT ... GTGTTAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	63.64	4	7	0
A7	48	13	12	3
A8	54.55	5	6	3
A9	50	7	7	5
A10	75	4	12	3

>TRINITY_DN47063_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGAAACTTGGTAATTTTACTGGAAGAACTCAGTGATGGGGTTCGGTAGAGGAGGGAGATGGCCATCAAGAGATAGATCTGGCCACAGACAGAAGAGCATGAAAGAGTGACATGGTGTGGCTATGGTGGGTTCAAAGATAACCGCCATTTACAAGTTGACCTGATAAGATACTATGTGAACAGAGTAATCATATATTCAT
TGACAGTAGATCGATGAGCAGAGGATACTAGCTCTCAGAGGGACGAGCTGGAGGTTTTGAACCATTGAAGAAACGGCGGTGACTAATTAAAAGATTTGCAACGAGGTGCAGAGTGGGAGAAGAGTGTTTGATGGGTTTTGCGCAGAGTTCAGCGAACGGATACACACACAGGCTATCAACGATAGCTGTGCGTTTCATAA
TCAATCGAACGGTGTGAAATGTTGGAGACTGGTCCAAAATTGGGGCAGAAAGTTCGAATAATTTTTGTTGAATTTATGCATTGTGATTGTTTCAATCCAAATCTGAGCGATTGATAAAGATCTATGGATATTTTGCAAGGAATTGCAGACTGAGTTTAATTACATGTGCGCATGGGTGAACAAGGGATTCAGGAACAAAA
ATACGATGAGTTTTGATAGCTCTCTTATCAAATCAGAATCAACAAGGAGTGTGTTCATGTAATCTTTATCAAAAATTGTTGTCTTATCCTGTATTATTACATGAAGAGTTTTAATGTAGTCTATCAACCCAAATCCAATAGTCCTTTTCTCAAAGCGAAATATTATTGTTTCCAGCATTAAGCGGACTCCATTGCTAAAT
ATGTTTGTGTATTAATCCCTTCATAGTTTTAATGTACTACCTTGACAAATCCGAA

>TRINITY_DN47063_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGAAACTTGGTAATTTTACTGGAAGAACTCAGTGATGGGGTTCGGTAGAGGAGGGAGATGGCCATCAAGAGATAGATCTGGCCACAGACAGAAGAGgttagggtttctgtaattgtatgtatagttttttttctctgaatggaaaagcagattcgtcatgttgattgagttattgtcctcttacatcttgtatgtgtaa
tgtgactgaacaatgttgatgaatagtagtagctttgtgtaaggctatgtttgtgcatgtaaaacctgataaaatatgtaactgggtaaaaccaggtgggtccagtcttggtaggaatctataatgacctagataatgctctataaagtgaatagtaacacatttcattactgttgtgtgcatgagtgttaaaagCATGA
AAGAGTGACATGGTGTGGCTATGGTGGGTTCAAAGATAACCGCCATTTACAAGTTGACCTGATAAGATACTATGTGAACAGAGTAATCATATATTCATTGACAGTAGATCGATGAGCAGAGGATACTAGCTCTCAGAGGGACGAGCTGGAGGTTTTGAACCATTGAAGAAACGGCGGTGACTAATTAAAAGATTTGCAAC
GAGGTGCAGAGTGGGAGAAGAGTGTTTGATGGGTTTTGCGCAGAGTTCAGCGAACGGATACACACACAGGCTATCAACGATAGCTGTGCGTTTCATAATCAATCGAACGGTGTGAAATGTTGGAGACTGGTCCAAAATTGGGGCAGAAAGTTCGAATAATTTTTGTTGAATTTATGCATTGTGATTGTTTCAATCCAAAT
CTGAGCGATTGATAAAGATCTATGGATATTTTGCAAGGAATTGCAGACTGAGTTTAATTACATGTGCGCATGGGTGAACAAGGGATTCAGGAACAAAAATACGATGAGTTTTGATAGCTCTCTTATCAAATCAGAATCAACAAGGAGTGTGTTCATGTAATCTTTATCAAAAATTGTTGTCTTATCCTGTATTATTACAT
GAAGAGTTTTAATGTAGTCTATCAACCCAAATCCAATAGTCCTTTTCTCAAAGCGAAATATTATTGTTTCCAGCATTAAGCGGACTCCATTGCTAAATATGTTTGTGTATTAATCCCTTCATAGTTTTAATGTACTACCTTGACAAATCCGAA