sp|Q94CD5|ATG7_ARATH ----> Ubiquitin-like modifier-activating enzyme atg7


Intron 1 GTTGGATTTA ... CAATATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A474.44236710
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A661.31538426
A764.157613627
A859.35507330
A963.417513024
A1074.38319010



>TRINITY_DN44298_c0_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoform
CTTAATTTCTATCAAACAATCATTCATTGCAGCAGAGATGTTCCAAGTGGAGTGTTATCAAAAAGTTCAAAACAAGTGAGTGGCTTTAATGCATGGCAGTCCAATGCAGGTGTGTGGCAAAGGATTTAATGCATGGCGGTCCAATGCAGGTGCATGGCAAAGGCTTTAATGCATGGCAGTCCAACCAAGGCAACAACACC
GAGGGCTAAGCGAGGGTTTTGAGAATTCCTTAGGGTTAGAGCAAGAGTTTTGTGGTGGTATCAAATATTCCAGGCTCAGAGACGGATCAGTCCTGGCATCTTACCTTCTTAATTGCTCGGCGTTTGTAACTAGATATGAAGAGGGAAAACGATCCCAGTGGCGTAACCTTTGTTTTGGCTCTCCCCGGTAAGCAAAGCTT
ATTGCTTAGTTTCGGTTCTTCTTTCTGATGGCTAATCTTCGCAACTTTCTTGCATTTGCTATTGTGCGGCGGGGGCTAGAAAGGGCCACAATTCTATGCTATAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTCCTAAGGCAGTTGGATGGG
AACTGAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGCATGGTGTGTTAGACATATCACACTAGTTGACCGTGGTCACATGGCTATGTCAAATTCTCTGCGCCAGTCCTTGTATACTCATGATGACTGCTTGAATGGAGGACAACTAAAAGCCAATGCAGCAACAAAGA
ATTTGAAGTACATTTTTCCTGGTGTGGCTGTCTTGTTGGAGATAGTATAGTCTATCAATGAGCATAAACTTTTATATGCATACATTATGGAGTGAGTATAATAGCCACATGGATACATTATGAAGTTAAGGAAAGAAGCCCCAAAGACGCAAGCTTGAATTGTACATTGTGAAGTGAGTATAATAGCCACATGGATACAT
TATGAAGTTAAGGAAAGAAGCCCCAAAGACGCAAGCTGCTTGAACTGAAATTATAGTAAGATTGTTATAGTGGATCTCGACTAATGGTTGTCTTCAGGAGTAATGGGATTATAATCCAAACTGAATTTTGTATAGGATTCGACACTAATATCTGCCCGTGATAAATATTGCCTTGTAAGTTCTGCACATAAATCAAAAGT
AGCTTATTGGAAGCACGAGGAAGAGTGTATGAGTGTGTCTGCATCTTAGATATTTTATGGGACAAATAATGACACTTCATTTGAGAATCCATAATTTATATCTTGGATTCTTTTGCAAAATCTAAAATCCTTCTTTGACCCTTGGCAAAAACTGTATGCAGAGTGGAGAGGTGTACCTTAGACGTAAAAACATATTTTTA
CAGATGTCTAAGGAAGGCTCCCTTGAAATAGATACTTTGAACTAATATATTTATAATGTGTCCTCTATTTGTAGGCACCTCCTAGTGAACAATACTTGCATGAGTTATCCTTGTTTGCAGTGGGGATCTTGTACATTGTCACCTTGGCACCAAATTCTCGGGGGCTTATAGAGAGTAATGAACAACTGATAACGGAAGTC
ATATTGGATGCAACAGGTGGTGTTTTTTATGGATATCCTGGAACTATAAATGAGATGTTATCTAGAATCTAATAAATAATATATATAAGGTAGGCATTAGAAATATTGAATTTACTCATATCATAGTGGAACGAGTCCTAG


>TRINITY_DN44298_c0_g2_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CTTAATTTCTATCAAACAATCATTCATTGCAGCAGAGATGTTCCAAGTGGAGTGTTATCAAAAAGTTCAAAACAAGTGAGTGGCTTTAATGCATGGCAGTCCAATGCAGGTGTGTGGCAAAGGATTTAATGCATGGCGGTCCAATGCAGGTGCATGGCAAAGGCTTTAATGCATGGCAGTCCAACCAAGGCAACAACACC
GAGGGCTAAGCGAGGGTTTTGAGAATTCCTTAGGGTTAGAGCAAGAGTTTTGTGGTGGTATCAAATATTCCAGGCTCAGAGACGGATCAGTCCTGGCATCTTACCTTCTTAATTGCTCGGCGTTTGTAACTAGATATGAAGAGGGAAAACGATCCCAGTGGCGTAACCTTTGTTTTGGCTCTCCCCGGTAAGCAAAGCTT
ATTGCTTAGTTTCGGTTCTTCTTTCTGATGGCTAATCTTCGCAACTTTCTTGCATTTGCTATTGTGCGGCGGGGGCTAGAAAGGGCCACAATTCTATGCTATAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTCCTAAGGCAGTTGGATGGG
AACTGAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGgttggatttatcagcaacatatttaaatttgaaacttatgagatggcgtgctttaccatctctagtcttgaaacttttgtcatccacaaaatgccttcttctgggagctggtacacttgggtgtcaggttgct
cgtagtcttatggtagcagccgttagtttacatgggaatccatcttcgggtctctatttactttgaaggtaacgtgtttttaatattttatcaatatgcag
GCATGGTGTGTTAGACATATCACACTAGTTGACCGTGGTCACATGGCTATGTCAAATTCTCTGCGCCAGTCCTTGTATACTCATGATGACTGCTTGAAT
GGAGGACAACTAAAAGCCAATGCAGCAACAAAGAATTTGAAGTACATTTTTCCTGGTGTGGCTGTCTTGTTGGAGATAGTATAGTCTATCAATGAGCATAAACTTTTATATGCATACATTATGGAGTGAGTATAATAGCCACATGGATACATTATGAAGTTAAGGAAAGAAGCCCCAAAGACGCAAGCTTGAATTGTACA
TTGTGAAGTGAGTATAATAGCCACATGGATACATTATGAAGTTAAGGAAAGAAGCCCCAAAGACGCAAGCTGCTTGAACTGAAATTATAGTAAGATTGTTATAGTGGATCTCGACTAATGGTTGTCTTCAGGAGTAATGGGATTATAATCCAAACTGAATTTTGTATAGGATTCGACACTAATATCTGCCCGTGATAAAT
ATTGCCTTGTAAGTTCTGCACATAAATCAAAAGTAGCTTATTGGAAGCACGAGGAAGAGTGTATGAGTGTGTCTGCATCTTAGATATTTTATGGGACAAATAATGACACTTCATTTGAGAATCCATAATTTATATCTTGGATTCTTTTGCAAAATCTAAAATCCTTCTTTGACCCTTGGCAAAAACTGTATGCAGAGTGG
AGAGGTGTACCTTAGACGTAAAAACATATTTTTACAGATGTCTAAGGAAGGCTCCCTTGAAATAGATACTTTGAACTAATATATTTATAATGTGTCCTCTATTTGTAGGCACCTCCTAGTGAACAATACTTGCATGAGTTATCCTTGTTTGCAGTGGGGATCTTGTACATTGTCACCTTGGCACCAAATTCTCGGGGGCT
TATAGAGAGTAATGAACAACTGATAACGGAAGTCATATTGGATGCAACAGGTGGTGTTTTTTATGGATATCCTGGAACTATAAATGAGATGTTATCTAGAATCTAATAAATAATATATATAAGGTAGGCATTAGAAATATTGAATTTACTCATATCATAGTGGAACGAGTCCTAG




Intron 2 GTAGGCAAAC ... ATGTGTCTAG

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>TRINITY_DN44298_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoform
GTTCTTTCTTAGGACCCCGCCACACGGAATCCATGTAACTCTGTCCGCCATGATTGCAGACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAAAGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACAAAAATGGCGGACGGAGACGAGAG
GGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCAGAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCTCGGTATTTCAGAAAATCCGATCG
AGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCTTGGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACAATTTCAAGACTCTTGACAGGCGT
GCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATTTTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTCCGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTGACTGACCTGCAGCGAGCATCAGA
AGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGGTGTGCCGTTCTTTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGTGCTTCTTGGTTTTTATGATCCATGCCACC
TTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAGTTCTATGCTACAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTCCTAAGGCAGTTGGATGG
GAACTGAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTGGCTATATCAGCAGCAGATCTAAATTTGAAACTTATGAGATGGCGTGCTTTACCATCTCTAGTCTTGAAACTTTTGTCATCCACAAAATGCCTTCTTCTGGGAGCTGGTACACTTGGGTGTCAGGTTGC
TCGCAGTCTTATGGCCTGGGGTGTTAGACATATCACACTAGTTGACCGTGGTCACGTGGCTATGTCAAATCCTCTGCGCCAGTCCTTGTATACTCATGATGACTGCTTGAATGGAGGACAACTAAAAGTCAATGCAGCAGCAAAGAATTTGAAGTGCATTTTTCCTGG


>TRINITY_DN44298_c0_g2_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:
GTTCTTTCTTAGGACCCCGCCACACGGAATCCATGTAACTCTGTCCGCCATGATTGCAGACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAAAGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACAAAAATGGCGGACGGAGACGAGAG
GGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCAGAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCTCGGTATTTCAGAAAATCCGATCG
AGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCTTGGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACAATTTCAAGACTCTTGACAGGCGT
GCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGGTGTCTATTGATAATCTTCTTTGAACTCTTTACTTTCCCAGTTAAAGTTGAAGTATTATGTTTGAATTTGCCAGTTTGGTAGTGGGGATGCTCTTGTTTGTACATAGAAATAAATAAATTAAAGCTAATTTGCCACATCCTACCAGTCATTTATATCACTTGAAGATGTAAAC
ATTTCTCAACTACCAACCCGCAGAAAATATTTAAGAAAACTGTCTAGGATGGTTAATCTTGGTTTATTCTGTTTATAATTAGATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATTTTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTC
CGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTGACTGACCTGCAGCGAGCATCAGAAGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGGTTAGCACAAGCCCCCTTTGATAAAACATAAATAATATGTGCTTGCAGTTGCTATTGAAGGTTAATGGTTC
TTCTTCAAGGTTTTGTTTTCACTTCATGTCTTGTATCCTTGGGCCTTAATGCATATCTAAATAAATACTGATTGATACAGAAACAAGACTTGGCCAAATGCAGGTGTGCCGTTCTTTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGT
GCTTCTTGGTTTTTATGATCCATGCCACCTTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAGTTCTATGCTACAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGgtaggcaaacca
gatggggcatcgacattactcagaaagtaaaaaaagccttatctcgtgtttgattattatcaagtagttctatttctcccattccgcaactgagctgtcaaaattttgtatgtgtctag
GTTGGAGTAATCATGAACTTGTTCCTAAGGCAGTTGGATGGGAACTGAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCA
ATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTAGTTTGAGTAGTTTACTTGTCTCAGCAAGAGCAATGACATGTTAATTACCTTATAGGTGACATTGTTTACAGGTTGGCTATAT




Intron 3 GTTAGCACAA ... CCAAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A128.17512119
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A49.82332
A522.22713
A612.874494
A719.1557198
A822.531810
A917.0573255
A101534102



>TRINITY_DN44298_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoform
GTTCTTTCTTAGGACCCCGCCACACGGAATCCATGTAACTCTGTCCGCCATGATTGCAGACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAAAGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACAAAAATGGCGGACGGAGACGAGAG
GGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCAGAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCTCGGTATTTCAGAAAATCCGATCG
AGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCTTGGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACAATTTCAAGACTCTTGACAGGCGT
GCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATTTTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTCCGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTGACTGACCTGCAGCGAGCATCAGA
AGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGGTGTGCCGTTCTTTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGTGCTTCTTGGTTTTTATGATCCATGCCACC
TTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAGTTCTATGCTACAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTCCTAAGGCAGTTGGATGG
GAACTGAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTGGCTATATCAGCAGCAGATCTAAATTTGAAACTTATGAGATGGCGTGCTTTACCATCTCTAGTCTTGAAACTTTTGTCATCCACAAAATGCCTTCTTCTGGGAGCTGGTACACTTGGGTGTCAGGTTGC
TCGCAGTCTTATGGCCTGGGGTGTTAGACATATCACACTAGTTGACCGTGGTCACGTGGCTATGTCAAATCCTCTGCGCCAGTCCTTGTATACTCATGATGACTGCTTGAATGGAGGACAACTAAAAGTCAATGCAGCAGCAAAGAATTTGAAGTGCATTTTTCCTGG


>TRINITY_DN44298_c0_g2_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:
GTTCTTTCTTAGGACCCCGCCACACGGAATCCATGTAACTCTGTCCGCCATGATTGCAGACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAAAGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACAAAAATGGCGGACGGAGACGAGAG
GGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCAGAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCTCGGTATTTCAGAAAATCCGATCG
AGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCTTGGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACAATTTCAAGACTCTTGACAGGCGT
GCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGGTGTCTATTGATAATCTTCTTTGAACTCTTTACTTTCCCAGTTAAAGTTGAAGTATTATGTTTGAATTTGCCAGTTTGGTAGTGGGGATGCTCTTGTTTGTACATAGAAATAAATAAATTAAAGCTAATTTGCCACATCCTACCAGTCATTTATATCACTTGAAGATGTAAAC
ATTTCTCAACTACCAACCCGCAGAAAATATTTAAGAAAACTGTCTAGGATGGTTAATCTTGGTTTATTCTGTTTATAATTAGATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATTTTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTC
CGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTGACTGACCTGCAGCGAGCATCAGAAGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGgttagcacaagccccctttgataaaacataaataatatgtgcttgcagttgctattgaaggttaatggttc
ttcttcaaggttttgttttcacttcatgtcttgtatccttgggccttaatgcatatctaaataaatactgattgatacagaaacaagacttggccaaatgcag
GTGTGCCGTTCTTTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGT
GCTTCTTGGTTTTTATGATCCATGCCACCTTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAGTTCTATGCTACAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTAGGCAAACCA
GATGGGGCATCGACATTACTCAGAAAGTAAAAAAAGCCTTATCTCGTGTTTGATTATTATCAAGTAGTTCTATTTCTCCCATTCCGCAACTGAGCTGTCAAAATTTTGTATGTGTCTAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTCCTAAGGCAGTTGGATGGGAACTGAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCA
ATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTAGTTTGAGTAGTTTACTTGTCTCAGCAAGAGCAATGACATGTTAATTACCTTATAGGTGACATTGTTTACAGGTTGGCTATAT




Intron 4 GTACGCCATT ... ATGATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A167.2419039
A263.0641170
A366.2527253
A46026039
A564.2915027
A664.4727049
A764.6641175
A875.5611234
A966.1241080
A1067.07550112



>TRINITY_DN43166_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform
TTAATGTGGAAAATGATAAATTTGCGTGTTCGGATGACGTGGACGCAGACACTGCCGGCAATGACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAAAGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACAAAAATGGCGGACGGAGACG
AGAGGGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCAGAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCTCGGTATTTCAGAAAATCCG
ATCGAGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCCTGGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACAATTTCAAGACTCTTGACAG
GCGTGCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATTTTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTCCGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTGACTGACCTGCAGCGAGCAT
CAGAAGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGGTGTGCCGTTCTTTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGTGCTTCTTGGTTTTTATGATCCATGC
CACCTTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAATTCTATGCTATAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTTCTAAGGCAGTTGG
ATGGGAACTAAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTAGTTTGAGTAGTTTACGTGTCTCAGCAAGAGCAATGACATGTTAATTACCTTATAAGTGACATTGTTTACAGGTTGGATTTATCAGCAACATA


>TRINITY_DN43166_c0_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:
TTAATGTGGAAAATGATAAATTTGCGTGTTCGGATGACGTGGACGCAGACACTGCCGGCAATGgtacgccattgaaatttaggtagctcgaggacactgattttatggttgcttgatctttcttaggaccccgccacacggaatccatgtaactctgtccgccatgattgcagACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAA
AGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACAAAAATGGCGGACGGAGACGAGAGGGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCA
GAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCTCGGTATTTCAGAAAATCCGATCGAGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCCT
GGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACAATTTCAAGACTCTTGACAGGCGTGCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATT
TTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTCCGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTGACTGACCTGCAGCGAGCATCAGAAGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGGTGTGCCGTTCT
TTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGTGCTTCTTGGTTTTTATGATCCATGCCACCTTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAATTCTATGC
TATAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTTCTAAGGCAGTTGGATGGGAACTAAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTAGTTTGAGTAGTTTA
CGTGTCTCAGCAAGAGCAATGACATGTTAATTACCTTATAAGTGACATTGTTTACAGGTTGGATTTATCAGCAACATA




Intron 5 GTTAGTTTGA ... TTGTTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A117.5494206
A213.855693
A31486140
A412.9967103
A54.554220
A63.458431
A712.99134200
A810.847493
A910.88131162
A103.239031



>TRINITY_DN43166_c0_g1_i14 from sample A9 / Example spliced isoform
AAAAAGTTCAAAACAAGTGCATGGCAAAGGCTTTAATGCATGGCAGTCCAACCAAGGCAACAACACCGAGGGCTAAGCGAGGGTTTTGAGAATTCCTTAGGGTTAGAGCAAGAGTTTTGTGGTGGTATCAAATATTCCAGGTTCAGAGACGAATCCGTCCTGGCATCTTACCTTCTTAATTGCTCGGCGTTTGTAACTAG
ATATGAAGAGGGAAAACGATCCCAGTGGCGTAACCTTTGTTTTGGCTCTCCCCGGTAAGCAAAGCTTATTGCTTAGTTTCGGTTCTTCTTTCTGATGGCTAATCTTCGCAACTTTCTTGCATTTGCTATTGTGCGGCGGGGGCTAGAAAGGGCCACAATTCTATGCTATAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGC
AATGTCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTTCTAAGGCAGTTGGATGGGAACTAAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTGGATTTATCAGCAACATATTTAAATTTGAAACTTATGAGATGGCGTGCTTTACCATCTCTAGA
CTTGAAACTTTTGTCATCCACAAAATGCCTTCTTCTGGGAGCTGGTACACTTGGGTGTCAGGTTGCTCGCAGTCTTATGGCCTGGGGTGTTAGACATATCACACTAGTT


>TRINITY_DN43166_c0_g1_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:
TCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTAGGCAAACCAGATGGGGCATCGACATTACTCAGAAAGTAAAAAAAGCCTTATCTCGTGTTTGATTATTATCAAGTAGTTCTATTTCTCCCATTCTGCAACTGAGCTGTCAAAATTTTGTATGTGTCTAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTTCTAAGGCAGTTGGATGGGAACTAA
ATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGgttagtttgagtagtttacgtgtctcagcaagagcaatgacatgttaattaccttataagtgacattgtttacagGTTGGATTTATCAGCAACATA




Intron 6 GTGTCTATTG ... TTATAATTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A129.63381715
A226.8834232
A32539197
A424.1444199
A530.323128
A62040155
A726.7652299
A822.2235128
A924.44683014
A1023.18581520



>TRINITY_DN44298_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoform
GTTCTTTCTTAGGACCCCGCCACACGGAATCCATGTAACTCTGTCCGCCATGATTGCAGACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAAAGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACAAAAATGGCGGACGGAGACGAGAG
GGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCAGAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCTCGGTATTTCAGAAAATCCGATCG
AGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCTTGGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACAATTTCAAGACTCTTGACAGGCGT
GCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATTTTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTCCGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTGACTGACCTGCAGCGAGCATCAGA
AGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGGTGTGCCGTTCTTTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGTGCTTCTTGGTTTTTATGATCCATGCCACC
TTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAGTTCTATGCTACAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTCCTAAGGCAGTTGGATGG
GAACTGAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTGGCTATATCAGCAGCAGATCTAAATTTGAAACTTATGAGATGGCGTGCTTTACCATCTCTAGTCTTGAAACTTTTGTCATCCACAAAATGCCTTCTTCTGGGAGCTGGTACACTTGGGTGTCAGGTTGC
TCGCAGTCTTATGGCCTGGGGTGTTAGACATATCACACTAGTTGACCGTGGTCACGTGGCTATGTCAAATCCTCTGCGCCAGTCCTTGTATACTCATGATGACTGCTTGAATGGAGGACAACTAAAAGTCAATGCAGCAGCAAAGAATTTGAAGTGCATTTTTCCTGG


>TRINITY_DN44298_c0_g2_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:
GTTCTTTCTTAGGACCCCGCCACACGGAATCCATGTAACTCTGTCCGCCATGATTGCAGACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAAAGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACAAAAATGGCGGACGGAGACGAGAG
GGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCAGAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCTCGGTATTTCAGAAAATCCGATCG
AGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCTTGGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACAATTTCAAGACTCTTGACAGGCGT
GCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGgtgtctattgataatcttctttgaactctttactttcccagttaaagttgaagtattatgtttgaatttgccagtttggtagtggggatgctcttgtttgtacatagaaataaataaattaaagctaatttgccacatcctaccagtcatttatatcacttgaagatgtaaac
atttctcaactaccaacccgcagaaaatatttaagaaaactgtctaggatggttaatcttggtttattctgtttataattag
ATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATTTTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTC
CGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTGACTGACCTGCAGCGAGCATCAGAAGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGGTTAGCACAAGCCCCCTTTGATAAAACATAAATAATATGTGCTTGCAGTTGCTATTGAAGGTTAATGGTTC
TTCTTCAAGGTTTTGTTTTCACTTCATGTCTTGTATCCTTGGGCCTTAATGCATATCTAAATAAATACTGATTGATACAGAAACAAGACTTGGCCAAATGCAGGTGTGCCGTTCTTTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGT
GCTTCTTGGTTTTTATGATCCATGCCACCTTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAGTTCTATGCTACAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTAGGCAAACCA
GATGGGGCATCGACATTACTCAGAAAGTAAAAAAAGCCTTATCTCGTGTTTGATTATTATCAAGTAGTTCTATTTCTCCCATTCCGCAACTGAGCTGTCAAAATTTTGTATGTGTCTAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTCCTAAGGCAGTTGGATGGGAACTGAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCA
ATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTAGTTTGAGTAGTTTACTTGTCTCAGCAAGAGCAATGACATGTTAATTACCTTATAGGTGACATTGTTTACAGGTTGGCTATAT




Intron 7 GTAGCTCGAG ... ATGATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1068.71510112



>TRINITY_DN43166_c0_g1_i12 from sample A9 / Example spliced isoform
TTAATGTGGAAAATGATAAATTTGCGTGTTCGGATGACGTGGACGCAGACACTGCCGGCAATGGTACGCCATTGAAATTTAGACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAAAGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACA
AAAATGGCGGACGGAGACGAGAGGGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCAGAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCT
CGGTATTTCAGAAAATCCGATCGAGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCCTGGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACA
ATTTCAAGACTCTTGACAGGCGTGCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATTTTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTCCGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTG
ACTGACCTGCAGCGAGCATCAGAAGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGGTGTGCCGTTCTTTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGTGCTTCT
TGGTTTTTATGATCCATGCCACCTTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAATTCTATGCTATAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAAC
TTGTTTCTAAGGCAGTTGGATGGGAACTAAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTAGTTTGAGTAGTTTACGTGTCTCAGCAAGAGCAATGACATGTTAATTACCTTATAAGTGACATTGTTTACAGGTTGGATTTATCAGCAACATA


>TRINITY_DN43166_c0_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:
TTAATGTGGAAAATGATAAATTTGCGTGTTCGGATGACGTGGACGCAGACACTGCCGGCAATGGTACGCCATTGAAATTTAGgtagctcgaggacactgattttatggttgcttgatctttcttaggaccccgccacacggaatccatgtaactctgtccgccatgattgcagACGGTCAACTGATTCCTTATACACAAA
AGCATACGAAGCGACGCAAACTGCACCAAATCCTTGCCTATAAATCAATCTGTCTCCCAGCCTGAAGGCAAAAGAAAAAGAAAACCTCACAAAAATGGCGGACGGAGACGAGAGGGAAGATATGGAGACTGGACCAGGGTTCGAATTAGCAGCCGGAGTATCATCAGTTAATGTGTCAGCAGAGGGAGGATCCTCTTCCA
GAGGCCATTCCATCTTGCAGTTTTCGCCGCTGCAGAGCACCGTGGACGAGGGTTTCTGGAGAAAATTAGCCGACCTTAAGCTCGAGGTCCTCGGTATTTCAGAAAATCCGATCGAGATCACAGGCTTCTATGCTCCAATGTTTCATGAGCAGGTGTCAAATCATCTGAAGTTGCTTTCTGAATCTCTACAACCTGATCCT
GGTAGGGAAACATCAGTTTCATTCAAATTTTCAGGGAACAGAAACCTTTGTCCTGTTCCAGGAATGCTATACAATATGAATACACTGGACAATTTCAAGACTCTTGACAGGCGTGCTCTGTTTAACTTGGAAGTACAGAAGATATGGGAGGATATTCATTCTGGAAAAGTGGAGGAGGACAGCAGCTTGCTTTGTAGATT
TTTCCTAATTTCATTTGCGGATTTAAAGAAATGGAACTTCTATTATTGGTTTGCATTTCCGGCATTGGTTCTTGAACCTCCTGCAATGTTGACTGACCTGCAGCGAGCATCAGAAGTTTTCAGCATAGAAGAGGGTACAGCCTTCTTAGCAGCTTGTAATGAATGGCGCCAGTCGACATCAACCGCAGGTGTGCCGTTCT
TTTTGGTTCACATTATCTCTAATGTTGTTATTAGACTAAGGCCTTTAAGAGAATGGGAAGCATGCCAACGAGAAGGTGGGAAGGTGCTTCTTGGTTTTTATGATCCATGCCACCTTCCAACCAATCCTGGTTGGCCACTCCGCAACTTTCTTGCATTTGCTGTTGTGCGGTGGGGCCTAGAAAGGGCCACAATTCTATGC
TATAGGGAAAAAGGAGGGTTTGGAGATTTGCAGCAATGTCTTGTTGCTGATATCTTGTTGTCTATTCGACCAGGTTGGAGTAATCATGAACTTGTTTCTAAGGCAGTTGGATGGGAACTAAATAGCCATGCCAAGATGGGACCTAGATTGATCAATCTTGCAACTGAGATGGATCCCAAGAGGTTAGTTTGAGTAGTTTA
CGTGTCTCAGCAAGAGCAATGACATGTTAATTACCTTATAAGTGACATTGTTTACAGGTTGGATTTATCAGCAACATA