NA ----> NA

Intron 1 GTTGCTCAAT ... TGAACTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.62	99	238	55
A2	74.29	82	237	49
A3	73.64	116	324	58
A4	73.11	89	242	52
A5	68.78	64	141	34
A6	71.34	661	1645	526
A7	70.73	634	1532	481
A8	69.37	560	1268	533
A9	70.41	661	1573	611
A10	71.46	589	1475	369

>TRINITY_DN44987_c2_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

AGAGAGCGGAAAAGGACAAGCCACAAGTTTGTGTATATATATTAGCGGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGCTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGCTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAG
GCTGGACTGAAGGGGAATTGCATTTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGTAGACTTGCCCTT
AGGGTTGGGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTATGGAGAGCTGGGAAGAAACGAATGAATCAGTCCGAGACGTGCGTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGATTTAAGATTTG

>TRINITY_DN44987_c2_g1_i13 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGAGAGCGGAAAAGGACAAGCCACAAGTTTGTGTATATATATTAGCGGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGCTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGCTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAG
GCTGGACTGAAGGGGAATTGCATTTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGgttgctcaatggttttctttggtcacaaagataaatgctctttatatttactagcttcctttaatttagacatcagatctgctttgccatggcttggtttagctctctctttctcttggtgaattcatttga
ggtttctttatttgatttctatcatttcatctttgcctttgccttgggatttgggcttggatttcctcttttctgatggaaagccaagaagaaaataataattgagtacgaggccgaagtcattgcccagcttgccttttcttggcttctgaaggaagccaagaaaataataattgagtactctgctgaactccagATTA
TAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGTAGACTTGCCCTTAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTATGGAGAGCTGGGAAGAAACGAATGAATCAGTCCGAGACGTGC
GTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGATTTAAGATTTGAGATCTATTTTAGATACACACATTTTGTTGTGATATATGGATTTGACGTCTATTTTATATAAAATGTTTTTTGAGATCTGTTATTAA
TAATTTTTAAACTTTTTTTTGCCTCTTCCTATATTCTGGACAAGAGCCAGCAGAATCCAATCTGTTTGTGTTATAGTCTGTATCTCAAATCCCAGCGCTCTGTTTGTGTAGGTTTACTTCCATATTGTTATTGTGTTAGTCTGCATACATCCACCTCCACCTATTTTAAGATTGTTACATTTCTTTCTTAGTTTGTATAT
TATATATGCTTTAAGAATTTATATGTCGACCTATGTATTTGCTCTCTCTTTATTTTTTATTTGTTATATTCGATTCGGTCTCTTACTTCATATTTTTAAATGTTCATTTATTATTTTATAGAATCTGGAATTACAATGATGAAATATGTGTAGTGTGACCTTATTTTTAGTTATCCC

Intron 2 GTAGCTTCCT ... GTCATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.16	16	30	11
A2	74.19	4	15	8
A3	55.56	10	16	9
A4	82.61	4	21	17
A5	47.37	5	7	2
A6	39.57	71	61	32
A7	53.44	61	90	50
A8	47.1	73	93	37
A9	37.65	101	92	30
A10	58.51	67	130	59

>TRINITY_DN46286_c0_g1_i14 from sample A8 / Example spliced isoform

CGTCTCTGTTGTGTTTTCTTGGAAGTGCTTTCATTGTGTGTATATCTGCTTGGGCGCCTCGGTCTAAGTCCTGAGTTTGTCTGTGTGTGGGTTTTAATGTCTGTCATGTGTCTGTATGCGATAGAAGAGGCTGGACTGAAGGGGAATTGTTTTTGGGAGCAGACAACTTTAAGGGACAGGCGGGCCGCGGAAGGACGCGG
TCAGGTTGCTCGAGAGTGTTTTTTTGCTCTTTATATTTGCTTTGCCTTTGTCTTGGCGGGCTTGGCTTGGGTTGGCTTTCCTCTGTCCCGATGGAAAGCTAAGAAGAAAATAAAAACTGAGCATGAGGCTGGATTCGTTTCCCTTTCCTTTGGAAGGAAGGCATAATCAGATCGGGTAATCCGATTGGTTGTTCAAAACG
CTCGTCTTTCCCTGAACATGCTACTGAAACTCCAGGATTTCGATCTCAAATTCTGGATCTGCATTGTTTGATTAACCTGCTGACTCTGTTTTAGGGTTTGAGATCTGTTTTAGGTAAGTAATAAATTTTATGTTGATCATATATGCCTGAGATCTGTTTTAGGTAAGTAATAAATTTTATGTTGATCATATATGCCTGAG
ATCTGTTATGTTTGAGATCTGTATAGTAGGAGCTAGACTGGAAGGGAATTGATTTTGAGCCGCAAACAACTTCATTAAGGGAAGGCGCAAAAAGACGTGGTCGGGATTTTAGCTTATGGATATTAGTGCCCTCTGTCAAATGGTGTGTATTTATTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGGTATGTATCCATTTAACGCT
CTCTTTTCTTGTGTAAATTTATCAGGAATCTTGATTTAATCTGTGCGATCTCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCATTTCTTTGTTTCTTCATTACACTTTCCTGAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTCACTTCCTATGGAGAGATGGGAAGAAAGTACTGAATCAGTCCAACGCGTGTTTGATTTAAGATTTGAGATCT
ATTTTAGATACACACATTTTGTTGAGATATTGGATTTCGCGTCCATTTTACGTAAAATGTTTTTTTTATATCTGTTATTAATAATTTTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTATATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAATCCTTTATTCTGGACAAGAGTCAAGCAGAATCCAATCTGTCTGTTTAATAGCA
TGTATCTCAAATCCCAACGGTATCTGTGTCTACCTACATGCCTACATTCACCTCCGCCTATATTTAGTTTAACCCACCTGTTTTAAGATTGTTATAACATTTATTTTAAGATTGTTACAACATTTCTTTCTTAGTTTGTACACTATATTTAGTTTAACCCACCTGTTTTAAGATTGTTACAACATTTCTTTCTTTCTTTG
TATATAATATATATGCTTAGAGATATTTTAATCCATCTGAACTTATATGTCGATAAAGCATATTTTAATCCATCTGAACTTATATGTCGATATATGTATTCGATCTATTCGATCTATTCGGTCTCTTACTTCATATTTTTAAATGTTCTCTTACTATTTTATAGCAATGATGAAATGTGTTATCCCTTGCAACAATAAGT
AAATAGTTTAAGTAAAAACGCTGGGGACGTTCCGTTTTCACTTTAGAAATTGTTTTGTTTTTATTTCTTTGGCAGTGCGGTAGATTCAATATAACACACATTGCTGAAGGAATGACATTCAATGACAATGGCCACTTGTGCGTCTCTGTTTACCTAATTTTGTTGCATTGATAAATCGACTCTTACCTGTCTTCCTATTC
GTATTCTCGGCGTCTTCATTTTTATCAATATTTTTATGCCACCTTTTAAAGTCAAACTTCCATCAGAGGATTGATATTTAACATTAATTCAATAGGTTTGGTAGAGATTCCAAAAGCTTTCTTTATGCTTTAAGATAATACAATATTTAGTCTGG

>TRINITY_DN46286_c0_g1_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGTCTCTGTTGTGTTTTCTTGGAAGTGCTTTCATTGTGTGTATATCTGCTTGGGCGCCTCGGTCTAAGTCCTGAGTTTGTCTGTGTGTGGGTTTTAATGTCTGTCATGTGTCTGTATGCGATAGAAGAGGCTGGACTGAAGGGGAATTGTTTTTGGGAGCAGACAACTTTAAGGGACAGGCGGGCCGCGGAAGGACGCGG
TCAGGTTGCTCGAGAGTGTTTTTTTGCTCTTTATATTTGgtagcttcctttaactgagatatcagatctgcttttccatgccctggttcagctctctctttctttatttagtttctctgtcatttcagCTTTGCCTTTGTCTTGGGGAATTCATTTGAGGATTCTTGATTTAATTTCTGTGTCATTTCAGCTTTGCCTTT
GT

Intron 3 GTATGTATCG ... TTCTTCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.29	34.3	102.3	77
A2	78.23	16.7	70.7	49
A3	66.52	23	42	48.7
A4	86.95	5.3	42.7	28
A5	68.25	6.3	10.7	16.3
A6	71.75	90.7	209.3	249
A7	78.47	86.7	293.7	331.3
A8	73.77	135	328.7	418
A9	72.25	93.3	226.3	256
A10	71.14	88	210.7	221.7

>TRINITY_DN131384_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

TCATCCTTTATCAAATGTCTCTGTTGTGTTTTTTTGGAAGCGCTTCCATTGTGTGTTGGGCGTCTGGGTCTGAGTTCTGTGTTTGTCTGTGTTTGCGGTTTAATGTTTGTCATCTGTTTGTATGGGATAGAGGAGGCTGGCCTGAAAGAGAATTGTGTCTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCGGAAGGACGCGGT
CAGGTTGCTCAAGGGTTTTTTTGGTCAGAAAGATCTATGATCTTTATATTTGCTAGCTTCCTCTTTAATTTAGACATCAGATCTGCTTTGCCAAGGCCTGGTTTAGTTCTCTCTTTCTCTTGGTGAATTCATTTGAGGATTCTTTATTTAATTTCTTTGTGATTTCATCTTTGCCTTTTCCTTGGGGTTTGGGCTTGGCT
TTCCTCTGTTCTGATGGAAAGCTAAGAAGAAAAGAATAGCTGAGTACGAGGCCGAAGTCGTTGTCCTTGCTTTTGGAATGAAAGCATAATCAGATCGGCTAATCTGGTCCTTGCTGCAACTCCAGAATAGGGAGGATCTAGACTGGAGAGGGATTGATTTTGAGCCGCAAATAACTTCAAAGGAAGGGCAAAAAGACGTG
GTCGGGTTTTTATCTTATGGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGACTTGCCTTAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTATGGAGAGCTCGGAAGAAAGGAATGAATCAGCCTGAGGCGTGCATTTGATTAAGATTTGAGATCTATTTTAGATACACATTTTGTTGAGATA
AGTGGATTTAATGTCTGTTATTATATGGATTTATTATTCATAATTTTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTATATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAAACCTTTATTCTGGACAAGAGTCGAGCATAATCCAATCTGTCTGTTTAATAG

>TRINITY_DN131384_c0_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCATCCTTTATCAAATGTCTCTGTTGTGTTTTTTTGGAAGCGCTTCCATTGTGTGTTGGGCGTCTGGGTCTGAGTTCTGTGTTTGTCTGTGTTTGCGGTTTAATGTTTGTCATCTGTTTGTATGGGATAGAGGAGGCTGGCCTGAAAGAGAATTGTGTCTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCGGAAGGACGCGGT
CAGGTTGCTCAAGGGTTTTTTTGGTCAGAAAGATCTATGATCTTTATATTTGCTAGCTTCCTCTTTAATTTAGACATCAGATCTGCTTTGCCAAGGCCTGGTTTAGTTCTCTCTTTCTCTTGGTGAATTCATTTGAGGATTCTTTATTTAATTTCTTTGTGATTTCATCTTTGCCTTTTCCTTGGGGTTTGGGCTTGGCT
TTCCTCTGTTCTGATGGAAAGCTAAGAAGAAAAGAATAGCTGAGTACGAGGCCGAAGTCGTTGTCCTTGCTTTTGGAATGAAAGCATAATCAGATCGGCTAATCTGGTCCTTGCTGCAACTCCAGAATAGGGAGGATCTAGACTGGAGAGGGATTGATTTTGAGCCGCAAATAACTTCAAAGGAAGGGCAAAAAGACGCG
GTCGGGTTTTTATCTTATCGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGgtatgtatcgaccatttaacgctctctttttctgtgtaaatttattaggaatcttgatttaatgtgtgcgatctctctattttaaatttcattcccaatcaacctttctttgtttcttcatagACTTGCC
TTAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTATGGAGAGCTCGGAAGAAAGGAATGAATCAGCCTGAGGCGTGCATTTGATTAAGATTTGAGATCTATTTTAGATACACATTTTGTTGAGATAAGTGGATTTAATGTCTGTTATTATATGGATTTATTATTCATAATTTTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTAT
ATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAAACCTTTATTCTGGACAAGAGTCGAGCATAATCCAATCTGTCTGTTTAATAG

Intron 4 GTTGCTCAAT ... TGATGGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.28	90.2	230.4	123
A2	64.49	94	230.9	110.4
A3	58.39	144.8	313.3	93.1
A4	67	84.2	236.6	104.7
A5	54.17	73.7	140.3	33.8
A6	60.5	762.6	1626.6	707.8
A7	59.56	736.9	1503.1	666.6
A8	61.52	578	1241.7	605.1
A9	60.76	750.6	1557.8	763.2
A10	59.75	672.7	1459.9	536.3

>TRINITY_DN131384_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

CAAGTCACAAGTTTGTGTATATATATTAGCCGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGGTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGGTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAGGCTGGACTGAAGGGGA
ATTGCATTTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGCCGAGAAGAAAATAATAATTGAGTACGAGGCCGAAGTCATTGCCCAGCTTGCCTTTTCTTGGCTTCTGAAGGAAGCCAAGAAAATAATAATTGAGTACTCTGCTGAACTCCAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATT
TTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGCAAATCAATGCACTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGGTATGTATC

>TRINITY_DN131384_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAAGTCACAAGTTTGTGTATATATATTAGCCGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGGTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGGTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAGGCTGGACTGAAGGGGA
ATTGCATTTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGgttgctcaatggttttctttggtcacaaagataaatgctctttatatttgctaccttcctttaatttagacatcggatctgctttgccatatctaggtttagctttctctttctcttggtgaattcatttgaggattctttatttaat
ttctgtcatttcatctttgcctttgccttgggatttgggcttggatttcctcttttctgatggaaagCCGAGAAGAAAATAATAATTGAGTACGAGGCGGAAGTCATTGCCCTTGCCTTTTCTTGGCTTCTGAAGGAAGCCAAGAAAATAATAATTGAGTACTCTGGTTGGTTGTTGTTCAAAACGCTCGTCCTTCCCTG
AACATGCTGCTGAACTCCAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGCAAATCAATGCACTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGGTATGTATCATTTAACGCTCTATTTTTCTGTATAAATTTATCAGGAATCTTGATTTAATCT
GTGAGATCCCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCAACCTTTATTTGTTTCTTCAGTAGACTTGCCTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGAGATCTATTTTAGATACACACATTTTGTTGTGAT
ATATGGATTTGACGTCTATTTTATATAAAATGTTTTTTGAGATCTGTTATTAATAATTTTTAAACTTTTTTTTGCCTCTTCCTATATTCTGGACAAGTGCCCAGCAGAATCCAATCTGTTTGTGTTATAGTCTGTATCTCAAATCCCAGCGCTCTGTTTGTGTAGGTTTACTTCCATATTGTTATTGTGTTAGTCTGCAT
ACATCCACCTCCACCTATTTTAAGATTGTTACAACATTTCTTTCTTAGTTTGTATATTATATATGCTTTAAGAATTTATATGTCGACCTATGTATTTGCTCTCTGTTTATTTTTTATTTGTTATATTCG

Intron 5 GTGTGTATTT ... AATTTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.11	3	19	51
A2	72.22	15	21	57
A3	100	0	11	17
A4	92	1	8	15
A5	100	0	4	7
A6	84.4	22	67	171
A7	81.58	42	113	259
A8	78.32	58	141	278
A9	80.1	39	108	206
A10	85.08	22	87	164

>TRINITY_DN44987_c2_g1_i21 from sample A6 / Example spliced isoform

CGTCTCTGTTGTGTTTTCTTGGAAGTGCTTTCATTGTGTGTATATCTGCTTGGGCGCCTCGGTCTAAGTCCTGAGTTTGTCTGTGTGTGGGTTTTAATGTCTGTCATGTGTCTGTATGCGATAGAAGAGGCTGGACTGAAGGGGAATTGTTTTTGGGAGCAGACAACTTTAAGGGACAGGCGGGCCGCGGAAGGACGCGG
TCAGGTTGCTCGAGAGTGTTTTTTTGCTCTTTATATTTGGTAGCTTCCTTTAACTGAGATATCAGATCTGCTTTTCCATGCCCTGTTTCAGCTCTCTCTTTCTTTAATTAATTTCTCTGTCATTTCAGCTTTGCCTTTGTCTTGGGGAATTCATTTGAGGATTCTTGATTTAATTTCTGTGTCATTTCAGCTTTGCCTTT
GTCTTGGCGGGCTTGGCTTGGGTTGGCTTTCCTCTGTCCCGATGGAAAGCTAAGAAGAAAATAAAAACTGAGCATGAGGCTGGATTCGTTTCCCTTTCCTTTGGAAGGAAGGCATAATCAGATCGGGTAATCCGATTGGTTGTTCAAAACGCTCGTCTTTCCCTGAACATGCTACTGAAACTCCAGGATTTCGATCTCAA
ATTCTGGATCTGCATTGTTTGATTAACCTGCTGACTCTGTTTTAGGGTTTGAGATCTGTTTTAGTAGGAGCTAGACTGGAAGGGAATTGATTTTGAGCCGCAAACAACTTCATTAAGGGAAGGCGCAAAAAGACGTGGTCGGGATTTTAGCTTATGGATATTAGTGCCCTCTGTCAAATGGAATCTTGATTTAATCTGTG
CGATCTCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCATTTCTTTGTTTCTTCATTACACTTTCCTGAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTCACTTCCTATGGAGAGATGGGAAGAAAGTACTGAATCAGTCCAACGCGTGTTTGATTTAAGATTTGAGATGTATTTTAGATACACACATTTTGTTGAGATATATGGATTTATTATTC
ATAATTTTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTATATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAA

>TRINITY_DN44987_c2_g1_i14 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATCCTCTATCAAATGTCTCTGTTGTGTTTTTTTGGAAGCGCTTCCATTGTGTGTTGGGCGTCTGGGTCTGAGTTCTGTGTTTGTCTGTGTTTGCGGTTTAATGTTTGTCATCTGTTTGTATGGGATAGAGGAAGCTGGCCTGAAAGAGAATTGTGTCTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCGGAAGGACGCGGTC
AGGTTGCTCGAGAGTGTTTTTTTGCTCTTTATATTTGGTAGCTTCCTTTAACTGAGATATCAGATCTGCTTTTCCATGCCCTGTTTCAGCTCTCTCTTTCTTTAATTAATTTCTCTGTCATTTCAGCTTTGCCTTTGTCTTGGGGAATTCATTTGAGGATTCTTGATTTAATTTCTGTGTCATTTCAGCTTTGCCTTTGT
CTTGGCGGGCTTGGCTTGGGTTGGCTTTCCTCTGTCCCGATGGAAAGCTAAGAAGAAAATAAAAACTGAGCATGAGGCTGGATTCGTTTCCCTTTCCTTTGGAAGGAAGGCATAATCAGATCGGGTAATCCGATTGGTTGTTCAAAACGCTCGTCTTTCCCTGAACATGCTACTGAAACTCCAGGATTTCGATCTCAAAT
TCTGGATCTGCATTGTTTGATTAACCTGCTGACTCTGTTTTAGGGTTTGAGATCTGTTTTAGTAGGAGCTAGACTGGAAGGGAATTGATTTTGAGCCGCAAACAACTTCATTAAGGGAAGGCGCAAAAAGACGTGGTCGGGATTTTAGCTTATGGATATTAGTGCCCTCTGTCAAATGgtgtgtatttatttaaagatct
gctctgctttgctctggtatgtatccatttaacgctctcttttcttgtgtaaatttatcagGAATCTTGATTTAATCTGTGCGATCTCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCATTTCTTTGTTTCTTCATTACACTTTCCTGAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTCACTTCCTATGGAGAGATGGGAAGAAAGTACTGAAT
CAGTCCAACGCGTGTTTGATTTAAGATTTGAGATGTATTTTAGATACACACATTTTGTTGAGATATATGGATTTATTATTCATAATTTTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTATATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAATCCTTTATTCTGGACAAGAGTCAAGCAGAATCCAATCTGTCTGTTTAATAGT
ATGTATCTCAAATCCCAACGGTATCTGTGTCTACCTACATGCCTACATTCACCTCCGCCTATATTTAGTTTAACC

Intron 6 GTATATATGT ... GTCTGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.45	59.5	18	20.8
A2	21.8	46	14	13.3
A3	17.17	54.8	9	11.8
A4	28.88	46.5	15	20
A5	22.54	30.3	6.3	9.5
A6	19.98	419.8	112.5	105.5
A7	20.87	401.3	111.5	111.5
A8	25	446	106.5	158.5
A9	18.93	486	113.5	118.3
A10	16.35	308	77.5	66.8

>TRINITY_DN131384_c0_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoform

TCATCCTTTATCAAATGTCTCTGTTGTGTTTTTTTGGAAGCGCTTCCATTGTGTGTTGGGCGTCTGGGTCTGAGTTCTGTGTTTGTCTGTGTTTGCGGTTTAATGTTTGTCATCTGTTTGTATGGGATAGAGGAGGCTGGCCTGAAAGAGAATTGTGTCTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCGGAAGGACGCGGT
CAGGTTGCTCAAGGGTTTTTTTGGTCAGAAAGATCTATGATCTTTATATTTGCTAGCTTCCTCTTTAATTTAGACATCAGATCTGCTTTGCCAAGGCCTGGTTTAGTTCTCTCTTTCTCTTGGTGAATTCATTTGAGGATTCTTTATTTAATTTCTTTGTGATTTCATCTTTGCCTTTTCCTTGGGGTTTGGGCTTGGCT
TTCCTCTGTTCTGATGGAAAGCTAAGAAGAAAAGAATAGCTGAGTACGAGGCCGAAGTCGTTGTCCTTGCTTTTGGAATGAAAGCATAATCAGATCGGCTAATCTGGTCCTTGCTGCAACTCCAGAATAGGGAGGATCTAGACTGGAGAGGGATTGATTTTGAGCCGCAAATAACTTCAAAGGAAGGGCAAAAAGACGCG
GTCGGGTTTTTATCTTATCGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGGTATGTATCGACCATTTAACGCTCTCTTTTTCTGTGTAAATTTATTAGGAATCTTGATTTAATGTGTGCGATCTCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCAACCTTTCTTTGTTTCTTCATAGACTTGCC
TTAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTATGGAGAGCTCGGAAGAAAGGAATGAATCAGCCTGAGGCGTGCATTTGATTAAGATTTGAGATCTATTTTAGATACACATTTTGTTGAGATAAGTGGATTTAATGTCTGTTATTATATGGATTTATTATTCATAATTTTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTAT
ATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAAACCTTTATTCTGGACAAGAGTCGAGCATAATCCAATCTGTCTGTTTAATAG

>TRINITY_DN131384_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGAGTACTCTGCTGAACTCCAGGTATATATGTATTTCAATCTCAAATTATGGATCTGCATTGTTTGATTAACCTGCTGACTCTGTTTTAGGGTTTGAGATCTGTTTTAGGTACGTAATAAATTTAATGTTTGCCATATGTCTGTATAGAATAGGGAGGATCTAGACTGGAGAGGGATTGATTTTGAGCCGCAAATAACT
TCAAAGGAAGGGCAAAAAGACGgtatatatgtatttcaatctcaaattctgcatctgcattgtttgattaacctgctgactgtattttagggtttgagatctgttctatgtacgtaataaattttgtgttggtcatatatgtctgtatagCGGTCGGGTTTTTATCTTATCATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGAT
TTAATTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGGTATGTATCGACCATTTAACGCTCTCTTTTTCTGTGTAAATTTATTAGGAATCTTGATTTAATGTGTGCGATCTCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCAACCTTTCTT
TGTTTCTTCATAGACTTGCCTTAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTATGGAGAGCTCGGAAGAAAGGAATGAATCAGCCTGAGGCGTGCATTTGATTAAGATTTGAGATCTATTTTAGATACACATTTTGTTGAGATAAGTGGATTTAATGTCTGTTATTATATGGATTTATTATTCATAATTTTTTGAAATTTG
ACTTTGTTGCCTCATCCTATATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAAACCTTTATTCTGGACAAGAGTCGAGCATAATCCAATCTGTCTGTTTAATAG

Intron 7 GTAAGTAATA ... ATCTGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	3	0	3
A2	54.55	5	2	10
A3	23.08	5	0	3
A4	33.33	4	3	1
A5	33.33	1	1	0
A6	32.56	29	16	12
A7	30.91	38	13	21
A8	30.65	69	26	35
A9	25.28	55.7	17.7	20
A10	25.81	46	14	18

>TRINITY_DN44987_c2_g1_i21 from sample A6 / Example spliced isoform

CGTCTCTGTTGTGTTTTCTTGGAAGTGCTTTCATTGTGTGTATATCTGCTTGGGCGCCTCGGTCTAAGTCCTGAGTTTGTCTGTGTGTGGGTTTTAATGTCTGTCATGTGTCTGTATGCGATAGAAGAGGCTGGACTGAAGGGGAATTGTTTTTGGGAGCAGACAACTTTAAGGGACAGGCGGGCCGCGGAAGGACGCGG
TCAGGTTGCTCGAGAGTGTTTTTTTGCTCTTTATATTTGGTAGCTTCCTTTAACTGAGATATCAGATCTGCTTTTCCATGCCCTGTTTCAGCTCTCTCTTTCTTTAATTAATTTCTCTGTCATTTCAGCTTTGCCTTTGTCTTGGGGAATTCATTTGAGGATTCTTGATTTAATTTCTGTGTCATTTCAGCTTTGCCTTT
GTCTTGGCGGGCTTGGCTTGGGTTGGCTTTCCTCTGTCCCGATGGAAAGCTAAGAAGAAAATAAAAACTGAGCATGAGGCTGGATTCGTTTCCCTTTCCTTTGGAAGGAAGGCATAATCAGATCGGGTAATCCGATTGGTTGTTCAAAACGCTCGTCTTTCCCTGAACATGCTACTGAAACTCCAGGATTTCGATCTCAA
ATTCTGGATCTGCATTGTTTGATTAACCTGCTGACTCTGTTTTAGGGTTTGAGATCTGTTTTAGTAGGAGCTAGACTGGAAGGGAATTGATTTTGAGCCGCAAACAACTTCATTAAGGGAAGGCGCAAAAAGACGTGGTCGGGATTTTAGCTTATGGATATTAGTGCCCTCTGTCAAATGGAATCTTGATTTAATCTGTG
CGATCTCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCATTTCTTTGTTTCTTCATTACACTTTCCTGAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTCACTTCCTATGGAGAGATGGGAAGAAAGTACTGAATCAGTCCAACGCGTGTTTGATTTAAGATTTGAGATGTATTTTAGATACACACATTTTGTTGAGATATATGGATTTATTATTC
ATAATTTTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTATATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAA

>TRINITY_DN44987_c2_g1_i22 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATCCTCTATCAAATGTCTCTGTTGTGTTTTTTTGGAAGCGCTTCCATTGTGTGTTGGGCGTCTGGGTCTGAGTTCTGTGTTTGTCTGTGTTTGCGGTTTAATGTTTGTCATCTGTTTGTATGGGATAGAGGAAGCTGGCCTGAAAGAGAATTGTGTCTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCGGAAGGACGCGGTC
AGGTTGCTCGAGAGTGTTTTTTTGCTCTTTATATTTGGTAGCTTCCTTTAACTGAGATATCAGATCTGCTTTTCCATGCCCTGTTTCAGCTCTCTCTTTCTTTAATTAATTTCTCTGTCATTTCAGCTTTGCCTTTGTCTTGGGGAATTCATTTGAGGATTCTTGATTTAATTTCTGTGTCATTTCAGCTTTGCCTTTGT
CTTGGCGGGCTTGGCTTGGGTTGGCTTTCCTCTGTCCCGATGGAAAGCTAAGAAGAAAATAAAAACTGAGCATGAGGCTGGATTCGTTTCCCTTTCCTTTGGAAGGAAGGCATAATCAGATCGGGTAATCCGATTGGTTGTTCAAAACGCTCGTCTTTCCCTGAACATGCTACTGAAACTCCAGGATTTCGATCTCAAAT
TCTGGATCTGCATTGTTTGATTAACCTGCTGACTCTGTTTTAGGGTTTGAGATCTGTTTTAGgtaagtaataaattttatgttgatcatatatgcctgagatctgttttaggtaagtaataaattttatgttgatcatatatgcctgagatctgttatgtttgagatctgtatagTAGGAGCTAGACTGGAAGGGAATTG
ATTTTGAGCCGCAAACAACTTCATTAAGGGAAGGCGCAAAAAGACGTGGTCGGGATTTTAGCTTATGGATATTAGTGCCCTCTGTCAAATGGTGTGTATTTATTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGGTATGTATCCATTTAACGCTCTCTTTTCTTGTGTAAATTTATCAGGAATCTTGATTTAATCTGTGCGATCT
CTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCATTTCTTTGTTTCTTCATTACACTTTCCTGAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTCACTTCCTATGGAGAGATGGGAAGAAAGTACTGAATCAGTCCAACGCGTGTTTGATTTAAGATTTGAGATGTATTTTAGATACACACATTTTGTTGAGATATATGGATTTATTATTCATAATT
TTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTATATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAATCCTTTATTCTGGACAAGAGTCAAGCAGAATCCAATCTGTCTGTTTAATAGTATGTATCTCAAATCCCAACGGTATCTGTGTCTACCTACATGCCTACATTCACCTCCGCCTATATTTAGTTTAACC

Intron 8 GTATGTATCC ... GTTTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.4	31.3	110.1	81.6
A2	70.74	27.3	72.7	55.1
A3	55.72	39.3	45.9	47.7
A4	71.87	16.6	42.7	26.4
A5	61.42	10.6	12	18.4
A6	60.61	262.6	238.3	285.1
A7	67.35	208.9	335	352
A8	64.03	311.9	392.1	457.9
A9	60.94	284.3	275	319.6
A10	63.38	172.4	233	234.4

>TRINITY_DN108916_c0_g1_i8 from sample A5 / Example spliced isoform

TATATATATTAGCGGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGCTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGCTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAGGCTGGACTGAAGGGGAATTGCATTTGGGAGCAA
ACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGGTTGCTCAATGGTTTTCTTTGGTCACAAAGATAAATGCTCTTTATATTTACTAGCTTCCTTTAATTTAGACATCAGATCTGCTTTGCCATGGCTTGGTTTAGCTCTCTCTTTCTCTTGGTGAATTCATTTGAGGTTTCTTTATTTGATTTCTATCATTTCATCTT
TGCCTTTGCCTTGGGATTTGGGCTTGGATTTCCTCTTTTCTGATGGAAAGCCAAGAAGAAAATAATAATTGAGTACGAGGCCGAAGTCATTGCCCAGCTTGCCTTTTCTTGGCTTCTGAAGGAAGCCAAGAAAATAATAATTGAGTACTCTGCTGAACTCCAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATTTT
GAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGTAGACTTGCCTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGAGATCTAT
TTTAGATACACACATTTTGTTGTGATATATGGATTTGACGTCTATTTTATATAAAATGTTTTTTGAGATCTGTTATTAATAATTTTTAAACTTTTTTTTGCCTCTTCCTATATTCTGGACAAGTGCCCAG

>TRINITY_DN108916_c0_g1_i7 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TATATATATTAGCGGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGCTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGCTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAGGCTGGACTGAAGGGGAATTGCATTTGGGAGCAA
ACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGGTTGCTCAATGGTTTTCTTTGGTCACAAAGATAAATGCTCTTTATATTTACTAGCTTCCTTTAATTTAGACATCAGATCTGCTTTGCCATGGCTTGGTTTAGCTCTCTCTTTCTCTTGGTGAATTCATTTGAGGTTTCTTTATTTGATTTCTATCATTTCATCTT
TGCCTTTGCCTTGGGATTTGGGCTTGGATTTCCTCTTTTCTGATGGAAAGCCAAGAAGAAAATAATAATTGAGTACGAGGCGGAAGTCATTGCCCTTGCCTTTTCTTGGCTTCTGAAGGAAGCCAAGAAAATAATAATTGAGTACTCTGGTTGGTTGTTGTTCAAAACGCTCGTCCTTCCCTGAACATGCTGCTGAACTC
CAGGTATATATGTATTTCAATCTCAAATTCTGCATCTGCATTGTTTGATTACCCTGCTGACTGTATTTTAGGGTTTGAGATCTGTTCTATGTACGTAATAAATTTTGTGTTGGTCATATATGTCTGTATAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGG
AAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGgtatgtatccatttaacgctctctttttctgtataaatttatcaggaatcttgatttaatctgtgagatccctctattttaaatttcattcccaatcaacctttctttgtttcttcagTAGACTTGCCTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGT
TCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGAGATCTATTTTAGATACACACATTTTGTTGTGATATATGGATTTGACGTCTATTTTATATAAAATGTTTTTTGAGATCTGTTATTAATAATTTTTAAACTTTTTTTTGCCTCTTCCTATATT
CTGGACAAGTGCCCAG

Intron 9 GTATATATGT ... GTCTGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.61	59	29	16
A2	40.21	29	25	14
A3	31.58	26	15	9
A4	40.19	32	24	19
A5	21.13	28	8	7
A6	26.54	155	80	32
A7	26.64	212	100	54
A8	26.83	195	100	43
A9	24.87	142	67	27
A10	24.21	180	89	26

>TRINITY_DN107842_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

ATTTGCTTCATCCTTTATCAAATGTCTCTGTTGTGTTTTTTTGGAAGCGCTTCCATTGTGTGTTGGGCGTCTGGGTCTGAGTTCTGTGTTTGTCTGTGTTTGCGGTTTAATGTTTGTCATCTGTTTGTATGGGATAGAGGAGGCTGGCCTGAAAGAGAATTGTGTCTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCGGAAGG
ACGCGGTCAGGTTGCTCAAGGGTTTTTTTGGTCAGAAAGATCTATGATCTTTATATTTGCTAGCTTCCTCTTTAATTTAGACATCAGATCTGCTTTGCCAAGGCCTGGTTTAGTTCTCTCTTTCTCTTGGTGAATTCATTTGAGGATTCTTTATTTAATTTCTTTGTGATTTCATCTTTGCCTTTTCCTTGGGGTTTGGG
CTTGGCTTTCCTCTGTTCTGATGGAAAGCTAAGAAGAAAAGAATAGCTGAGTACGAGGCCGAAGTCGTTGTCCTTGCTTTTGGAATGAAAGCATAATCAGATCGGCTAATCTGGTCCTTGCTGCAACTCCAGAATAGGGAGGATCTAGACTGGAGAGGGATTGATTTTGAGCCGCAAATAACTTCAAAGGAAGGGCAAAA
AGACGCGGTCGGGTTTTTATCTTATCGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGGTATGTATCGACCATTTAACGCTCTCTTTTTCTGTGTAAATTTATTAGGAATCTTGATTTAATGTGTGAGATCTCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCAACCTTTCTTTGTTTCTTCATAG
ACTTGCCTTAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTATGGAGAGCTCGGAAGAAAGGAATGAATCAGCCTGAGGCGTGCATTTGATTAAGATTTGAGATCTATTTTAGATACACATTTTGTTGAGATATGTGGATTTATTATTCATAATTTTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTATATTCTGGATGAGAGCC
AAGCAGAATCCAAACCTTTATTCTGGACAAGAGTCGAGCATAATCCAATCTGTCTGTTTAATAGTATGTATCTCAAATCCCAACGGTATCTGTGTCTACCTACATGCCTACATTCACCTCCGCCTATATTTAGTTTAACCCACCTGTTTTAAGATTGTTATAACATTTATTTTAAGATTGTTACAACATT

>TRINITY_DN107842_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ATTTGCTTCATCCTTTATCAAATGTCTCTGTTGTGTTTTTTTGGAAGCGCTTCCATTGTGTGTTGGGCGTCTGGGTCTGAGTTCTGTGTTTGTCTGTGTTTGCGGTTTAATGTTTGTCATCTGTTTGTATGGGATAGAGGAGGCTGGCCTGAAAGAGAATTGTGTCTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCGGAAGG
ACGCGGTCAGGTTGCTCAAGGGTTTTTTTGGTCAGAAAGATCTATGATCTTTATATTTGCTAGCTTCCTCTTTAATTTAGACATCAGATCTGCTTTGCCAAGGCCTGGTTTAGTTCTCTCTTTCTCTTGGTGAATTCATTTGAGGATTCTTTATTTAATTTCTTTGTGATTTCATCTTTGCCTTTTCCTTGGGGTTTGGG
CTTGGCTTTCCTCTGTTCTGATGGAAAGCTAAGAAGAAAAGAATAGCTGAGTACGAGGCCGAAGTCGTTGTCCTTGCTTTTGGAATGAAAGCATAATCAGATCGGCTAATCTGGTCCTTGCTGCAACTCCAGgtatatatgtatttcaatctcaaattatggatctgcattgtttgattaacctgctgactctgttttag
ggtttgagatctgttttaggtacgtaataaatttaatgtttgccatatgtctgtatagAATAGGGAGGATCTAGACTGGAGAGGGATTGATTTTGAGCCGCAAATAACTTCAAAGGAAGGGCAAAAAGACGCGGTCGGGTTTTTATCTTATCGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCT
CTGGTATGTATCGACCATTTAACGCTCTCTTTTTCTGTGTAAATTTATTAGGAATCTTGATTTAATGTGTGAGATCTCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCAACCTTTCTTTGTTTCTTCATAGACTTGCCTTAGGGTTGGGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTATGGAGAGCTCGGAAGAAAGGAATGAATCAGCCTGA
GGCGTGCATTTGATTAAGATTTGAGATCTATTTTAGATACACATTTTGTTGAGATATGTGGATTTATTATTCATAATTTTTTGAAATTTGACTTTGTTGCCTCATCCTATATTCTGGATGAGAGCCAAGCAGAATCCAAACCTTTATTCTGGACAAGAGTCGAGCATAATCCAATCTGTCTGTTTAATAGTATGTATCTC
AAATCCCAACGGTATCTGTGTCTACCTACATGCCTACATTCACCTCCGCCTATATTTAGTTTAACCCACCTGTTTTAAGATTGTTATAACATTTATTTTAAGATTGTTACAACATT

Intron 10 GTTGCTCAAT ... TGATGGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.42	90	239	117
A2	64.66	94	238	106
A3	58.32	149	324	93
A4	66.09	88	241	102
A5	54.94	73	142	36
A6	59.77	802	1646	737
A7	58.73	780	1533	687
A8	60.83	606	1272	610
A9	59.27	812	1574	789
A10	59	703	1473	550

>TRINITY_DN107842_c0_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoform

GCGGAAAAGGACAAGCCACAAGTTTGTGTATATATATTAGCGGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGCTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGCTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAGGCTGG
ACTGAAGGGGAATTGCATTTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGCCAAGAAGAAAATAATAATTGAGTACGAGGCCGAAGTCATTGCCCAGCTTGCCTTTTCTTGGCTTCTGAAGGAAGCCAAGAAAATAATAATTGAGTACTCTGCTGAACTCCAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAA
GGGATTTAATTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGTAGACTTGCCTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAA
GTTTGAGATCTATTTTAGATACACACATTTTGTTGTGATATATGGATTTGACGTCTATTTTATATAAAATGTTTTTTGAGATCTGTTATTAATAATTTTTAAACTTTTTTTTTGCCTCTTCCTATATTCTGGACAAGAGCCAGCAGAATCCAATCTGTTTGTGTTATAGTCTGTATCTCAAATCCCAGCGCTCTGTTTGT
GTAGGTTTACTTCCATATTGTTATTGTGTTAGTCTGCATACATCCACCTCCACCTATTTTAAGATTGTTACAACATTTCTTTCTTAGTTTGTATATTATATATGCTTTAAGAATTTATATGTCGACCTATGTATTTGCTCTCTCTTTATTTTTTATTTGTTATATTCGATTCGGTCTCTTACTTCATATTTTTAAATGTT
C

>TRINITY_DN107842_c0_g1_i14 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GCGGAAAAGGACAAGCCACAAGTTTGTGTATATATATTAGCGGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGCTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGCTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAGGCTGG
ACTGAAGGGGAATTGCATTTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGgttgctcaatggttttctttggtcacaaagataaatgctctttatatttactagcttcctttaatttagacatcagatctgctttgccatggcttggtttagctctctctttctcttggtgaattcatttgaggttt
ctttatttgatttctatcatttctgttgctcaatggttttctttggtcacaaagataaatgctctttatatttactagcttcctttaatttagacatcagatctgctttgccatggcttggtttagctctctctttctcttggtgaattcatttgaggtttctttatttgatttctgtcatttcatctttgcctttgcct
tgggatttgggcttggatttcctcttttctgatggaaagCCAAGAAGAAAATAATAATTGAGTACGAGGCCGAAGTCATTGCCCAGCTTGCCTTTTCTTGGCTTCTGAAGGAAGCCAAGAAAATAATAATTGAGTACTCTGCTGAACTCCAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATTTTGAGCCGCAAAC
AACTTCAAGGTTTGCTTATGGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGTAGACTTGCCTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGAGATCTATTTTAGATACAC
ACATTTTGTTGTGATATATGGATTTGACGTCTATTTTATATAAAATGTTTTTTGAGATCTGTTATTAATAATTTTTAAACTTTTTTTTTGCCTCTTCCTATATTCTGGACAAGAGCCAGCAGAATCCAATCTGTTTGTGTTATAGTCTGTATCTCAAATCCCAGCGCTCTGTTTGTGTAGGTTTACTTCCATATTGTTAT
TGTGTTAGTCTGCATACATCCACCTCCACCTATTTTAAGATTGTTACAACATTTCTTTCTTAGTTTGTATATTATATATGCTTTAAGAATTTATATGTCGACCTATGTATTTGCTCTCTCTTTATTTTTTATTTGTTATATTCGATTCGGTCTCTTACTTCATATTTTTAAATGTTCTCTTACTATTTTATAGCAATGAT
GAAATGTGTTATCCCTTGCAACAATAAGTAAATAGTTTAAGTAAAGAGTTGTATGGGTTTTGTAAAACTCTGGTGACGTTCCATTTCCACTTTAGAATTTCTTTTGTTTCATTTCTTTGGCAGTGC

Intron 11 GTTGCTCAAT ... GTCTGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.62	99	238	22
A2	74.29	82	237	13
A3	73.64	116	324	11
A4	73.11	89	242	23
A5	68.78	64	141	10
A6	71.34	661	1645	87
A7	70.73	634	1532	115
A8	69.37	560	1268	128
A9	70.41	661	1573	105
A10	71.46	589	1475	65

>TRINITY_DN44987_c2_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

AGAGAGCGGAAAAGGACAAGCCACAAGTTTGTGTATATATATTAGCGGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGCTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGCTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAG
GCTGGACTGAAGGGGAATTGCATTTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGTAGACTTGCCCTT
AGGGTTGGGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTATGGAGAGCTGGGAAGAAACGAATGAATCAGTCCGAGACGTGCGTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGATTTAAGATTTG

>TRINITY_DN44987_c2_g1_i11 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGAGAGCGGAAAAGGACAAGCCACAAGTTTGTGTATATATATTAGCGGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGCTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGCTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAG
GCTGGACTGAAGGGGAATTGCATTTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGgttgctcaatggttttctttggtcacaaagataaatgctctttatatttactagcttcctttaatttagacatcagatctgctttgccatggcttggtttagctctctctttctcttggtgaattcatttga
ggtttctttatttgatttctatcatttcatctttgcctttgccttgggatttgggcttggatttcctcttttctgatggaaagccaagaagaaaataataattgagtacgaggccgaagtcattgcccagcttgccttttcttggcttctgaaggaagccaagaaaataataattgagtactctgctgaactccaggtat
atatgtatttcaatctcaaattctgcatctgcattgtttgattaacctgctgactgtattttagggtttgagatctgttctatgtacgtaataaattttgtgttggtcatatatgtctgtatagATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGCAAATCAA
TGCACTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGGTATGTATCATTTAACGCTCTATTTTTCTGTGTAAATTTATCAGGAATCTTGATTTAATCTGTGAGATCCCTCTATTTTAAATTTCATTCCCAATCAACCTTTATTTGTTTCTTCAGTAGACTTGCCTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCC
TATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGGGATCTATTTTAGATACACACATTTTGTTGTGATATATGGATTTGACGTCTATTTTATATAAAATGTTTTTTGAGATCTGTTATTAATAATTTTTAAACTTTTTTTTGCCTCTTCCTATATTCTGGACAA
GAGCCAGCAGAATCCAATCTGTTTGTGTTATAGTCTGTATCTCAAATCCCAGCGCTCTGTTTGTGTAGGTTTACTTCCATATTGTTATTGTGTTAGTCTGCATACATCCACCTCCACCTATTTTAAGATTGTTACATTTCTTTCTTAGTTTGTATATTATATATGCTTTAAGAATTTATATGTCGACCTATGTATTTGCT
CTCTCTTTATTTTTTATTTGTTATATTCGATTCGGTCTCTTACTTCATATTTTTAAATGTTCATTTATTATTTTATAGAATCTGGAATTACAATGATGAAATATGTGTAGTGTGACCTTATTTTTAGTTATCCC

Intron 12 GTATGTATCA ... GTTTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.2	43.6	85.6	70.5
A2	53.45	46	57.1	48.4
A3	33.94	67.9	35.1	34.6
A4	43.66	38.6	39.3	20
A5	41.19	20.5	11.5	17
A6	29.94	716.5	248.1	364.4
A7	40.52	492.1	320.6	349.3
A8	35.19	750.1	340.5	473.9
A9	29.87	759.9	266.3	381.4
A10	34.95	407	217.3	219.9

>TRINITY_DN121608_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoform

CCTTTATCAAATGTCTCTGTTGTGTTTTTTTGGAAGCGCTTCCATTGTGTGTTGGGCGTCTGGGTCTGAGTTCTGTGTTTGTCTGTGTTTGCGGTTTAATGTTTGTCATCTGTTTGTATGGGATAGAGGAAGCTGGCCTGAAAGAGAATTGTGTCTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGG
TTGCTCAATGGTTTTCTTTGGTCACAAAGATAAATGCTCTTTATATTTGCTACCTTCCTTTAATTTAGACATCGGATCTGCTTTGCCATATCTAGGTTTAGCTTTCTCTTTCTCTTGGTGAATTCATTTGAGGATTCTTTATTTAATTTCTGTCATTTCATCTTTGCCTTTGCCTTGGGATTTGGGCTTGGATTTCCTCT
TTTCTGATGGAAAGCCAAGAAGAAAATAATAATTGAGTACGAGGCGGAAGTCATTGCCCTTGCCTTTTCTTGGCTTCTGAAGGAAGCCAAGAAAATAATAATTGAGTACTCTGGTTGGTTGTTGTTCAAAACGCTCGTCCTTCCCTGAACATGCTGCTGAACTCCAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAA
TTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGCAAATCAATGCACTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGTAGACTTGCCTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGGGAT
CTATTTTAGATACACACATTTTGTTGTGATATATGGATTTGACGTCTATTTTATATAAAATGTTTTTTGAGATCTGTTATTAATAATTTTTAAACTTTTTTTTGCCTCTTCCTATATTCTGGACAAG

>TRINITY_DN121608_c0_g1_i15 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCGGAAAAGGACAAGCCACAAGTTTGTGTATATATATTAGCGGTTAACCCAATTTCAAATCATTTTCCTCATCTTCCTCAAGCGCTTCCATTATGTGTATATGTCTGCTTGGGCGTCTGGGTATAAGTCCTGAGTTTGTCTGTTTGTGGGCTTTAATGCCTGTCATGTCTCTGCAGTATGTGATAGATAGATGAGGCTGG
ACTGAAGGGGAATTGCATTTGGGAGCAAACAACTTCAAGGGACGGGCTGAAGGACGCAGTCAGGTTGCTCAATGGTTTTCTTTGGTCACAAAGATAAATGCTCTTTATATTTGCTACCTTCCTTTAATTTAGACATCGGATCTGCTTTGCCATATCTAGGTTTAGCTTTCTCTTTCTCTTGGTGAATTCATTTGAGGATT
CTTTATTTAATTTCTGTCATTTCATCTTTGCCTTTGCCTTGGGATTTGGGCTTGGATTTCCTCTTTTCTGATGGAAAGCCAAGAAGAAAATAATAATTGAGTACGAGGCGGAAGTCATTGCCCTTGCCTTTTCTTGGCTTCTGAAGGAAGCCAAGAAAATAATAATTGAGTACTCTGGTTGGTTGTTGTTCAAAACGCTC
GTCCTTCCCTGAACATGCTGCTGAACTCCAGATTATAGCAGGAGCTAGAATGGAAGGGATTTAATTTTGAGCCGCAAACAACTTCAAGGTTTGCTTATGGAAATCAATGCTCTCTGTCAAATGGTTAAAGATCTGCTCTGCTTTGCTCTGgtatgtatcatttaacgctctatttttctgtataaatttatcaggaatct
tgatttaatctgtgagatccctctattttaaatttcattcccaatcaacctttatttgtttcttcagTAGACTTGCCTGAGGGTTGGGTTCGACTTTGTTCTGTTCCTATGGAGGACTGGGAAGAAAGTTCAAAGGACTGAATCAGATTTCGGAGGCTTGGGTTTGATTTAAGTTTGGGATCTATTTTAGATACACACAT
TTTGTTGTGATATATGGATTTGACGTCTATTTTATATAAAATGTTTTTTGAGATCTGTTATTAATAATTTTTAAACTTTTTTTTGCCTCTTCCTATATTCTGGACAAGTGCCCAGCAGAATCCAATCTGTTTGTGTTATAGTCTGTATCTCAAATCCCAGCGCTCTGTTTGTGTAGGTTTACTTCCATATTGTTATTGTG
TTAGTCTGCATACATCCACCTCCACCTATTTTAAGATTGTTACAACATTTCTTTCTTAGTTTGTA