sp|Q9C952|CPSF3_ARATH ----> Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-I
Intron 1 GTATGTATTC ... TTTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.58 | 90.3 | 16 | 28 |
| A2 | 13.45 | 74 | 5 | 18 |
| A3 | 7.59 | 73 | 4 | 8 |
| A4 | 15.79 | 80 | 7 | 23 |
| A5 | 20.63 | 50 | 8 | 18 |
| A6 | 7.5 | 37 | 0 | 6 |
| A7 | 1.41 | 70 | 1 | 1 |
| A8 | 10.45 | 30 | 0 | 7 |
| A9 | 4.96 | 67 | 0 | 7 |
| A10 | 7.94 | 58 | 3 | 7 |
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGATATTCCTAACTGTACACCAACGATCACATATTGGGTTGGAGAGCCTTTCATTCTCTCTCCATTTATCAGTGAGAAGGCTTCTCCCATTTGGGATTGAACTTATTCCCGATTTACAGATACATTATCAAACATCTGAACTTTGTTTTTACTGTGGAATTTTCCTCCGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTG
GGCCTTCATTGAAACGGAAGGAGTCGATGGTTACAAGGGAAGGAGACCAGTTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTATATGACATACAAGAACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCA
TCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACAT
TCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGCATGTCTTTTTTGCTTTCATCGATTTTATTAATAATCTAAAGATTCTGTACTGGGTTAATACTTAATTTATATATAAAAATATTAATTTATTTTTAAGATGTTACAGCTAAACGAGATAACAGTTTAGTATATGAGAAACCCTTTGTTTCTGAGATAAATAGAGGTTTCACT
AAACAGGGATGTAACCCCTAAAGTTTACAGAAGAGTACATACTTTACCCATCCGGATTTGAACCTATAAATCTCCTGGTGGATCTAATCATTAGGCCACTCATACCCTGCCCAAGTTGAATGTAGACTCTCTAGCAAAATATGCTTCTGATGACAGGTTACTGTTAAATTGATTTACAATTTTTATATTGTAGTTAGTCA
ATCTATGAACTATTGCAGGTGATTGACTTTCATCAG
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTATGTTAAGTATTCAGCAAGGGTGTCCTAAAGGCTTATATGTTATGTTATGTTCAGTAATAGTGAGGTAAGTTGGATCAATGGACGTATTGATGGGATTTATCTTAACGTAACAGTCTTTGTGAAATGGGCTTAAAAGTTAAATATGATTTAACATAGTTTGTATAATGGGTTTTCAAATGTTGATCAGATTTTACCT
AAAGAGTCTGTGGGGAGCTATGCCTTACAGATGTGCCTGAATTTGTAATTAGACTGCATAAAACTGATGATTTATTCATGTATTTTGTATTTAAAGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCAgtatgt
attcagacccagagttcattggagactgattttgttttctctaatagttggttgaatgtatgtagggtttttggacattgatttctttggggtaacctgcatggtcatgctccatgatgtgggattcttgattgttcaatgatgaattatatgatgcatttttccaaaaaataagaagtaaaaaactaatattatccaat
acattttgtcttcctttccaatgcaacaaataatctttggcgtttcggttttggtctacaagtgaataactttctgagatttaagtgatatttttcatcttatttctcatgaaaatttcaccaatgaagccatgtatgctcaatttccttgagatgacatcgacccctgttctccattctgagcatatgcaccttcttca
tttgacctatggacatcgtgttactgaaattcccacccaaatacttgaactcctaactgctcatttgtagttagttgctgcttaccgtggttgcaggcaaattatcatcgacccaaatgtatttgggatttggtggagataagaacataataccccgtctgctccggaggtcataatggaccacagaattatatacttag
tctgagaaccaatcttagagttcacataccatttattattattaccatatctgattttacaagatctctgtctcctagtcttctccattgaaaatggtgagatactttgtcgttgtgtgaatcaaagttgtcttgcatcagaactgcttatttgttgaatccttctgatgaaccaaatccccttattaggagtttatgcc
ttgaatcaatgccaatagatttaatgaagtagagtcattgttctttagttattcgacagcattaacattcaattttgtgaatctagctacaatgcataaaaacaaaaaccgttggatctcaatccatggagttagatttattgaatattgagagtgttatgctctactattctgtagtttttttttcagatttattaaac
attgacattgttatgctctactattttgtcacagccaagatggacaccaatttggtgtatgagatctatttgtttgtgggacaagggactcctgctcagcaatgtaactgctaaagtttacagaggtgtacatatcctatgccctccggatttgaacctatgacctcctaaaaaaaaaacacaccttcttaactgttagg
tccactcaagttgcatattaatttatgataacatagatccacaagacttcgtaatgctgcatcatattctatcatactcaacaaggacctgcatgtggcctcacttactctcaatttcaagaggacacgcctgctgggaaaagtccagtaataacttattgcttttgcaaactgcctttctgtcactttaaaatttcgtt
ttctcaacagtagagacatgcttctaaaaattgggttccagctacacataaaaggggttgtaatcactaaccactgatggataacaaaacattgttgagagtggatttctattttgggtaaatgggtaagcatggagttaattttgagccctgagcttcaccagctcagaattaaaatataaaatcttgtttaatttgct
tttggagttggctgcaaaatacacaacaatattgccttaatagactacatctgttctcttacatttggaaagtagtgtgaataactgttctatgattttaacttgcaactgtattttaaatctaatattatgttgaactttggcctaacaatatagatcggaagcagaataaatttttgttgtctgtatgggctctttgc
atcacaggaagatcaaaatgatatggcaatctttttgaccgatatgatgatttcttgtgcagttttcaaatctttttgaccgatatgataactttttgtgcagTTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTAC
AAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGC
CGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCACCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTCAGTTCTCCCCTGATGTTTGTATTATTGAGTCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCTAGAGCTATCAGAGAGAGAAGATTTACTGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCC
TTATTCCTGCATTTGCATTGGGCCGTGCCCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCGGAGCTCCATAATATTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAGACATACATCAATGCAATGAATGACAGGATTCGCACACAATTTGAAACTTCAAATCCATTT
GATTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGCTTGCAGAGTGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTATAATTCCTGGGTATTTAGTAGAGGGTACACTGGCAAAAACAATTATGAATGA
ACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATT
Intron 2 GTGCATGTCT ... ACTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.13 | 73 | 33 | 5 |
| A2 | 24.66 | 55 | 18 | 12 |
| A3 | 31.82 | 60 | 28 | 7 |
| A4 | 22.73 | 51 | 15 | 2 |
| A5 | 29 | 71 | 29 | 3 |
| A6 | 27.97 | 85 | 33 | 3 |
| A7 | 31.75 | 86 | 40 | 0 |
| A8 | 34.88 | 28 | 15 | 1 |
| A9 | 25.34 | 109 | 37 | 1 |
| A10 | 29.52 | 117 | 49 | 4 |
>TRINITY_DN111253_c0_g2_i4 from sample A5 / Example spliced isoformCCTAAATGTACACCAACGATCACATATTGGGTTGGAGAGCCTTTCATTCTCTCTCCATTTATCAGTGAGAAGGCTTCTCCCATTTGGGATTGAACTTATTCCCGATTTACAGATACATTATCAAACATCTGAACTTTGTTTTTACTGTGGAATTTTCCTCCGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTT
CATTGAAACGGAAGGAGTCGATGGTTACAAGGGAAGGAGACCAGTTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTATATGACATACAAGAACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACA
ATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCG
ATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCATCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTGAATTCT
CCCCGGATGTTTGTATTATTGAATCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCCAGAGCTATCAGAGAGAAAAGATTTACCGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCCGCATATGCATTGGGCCGTGCTCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCAGAGCTG
CATAATGTTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAAACATACATTAATGCAATGAATGACAGGATTCGCTCTCAATTTGAAGGTTCAAATCCATTTGACTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGG
TGGTTTGCAGAATGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTGTAATTCCTGGGTTTTTAGTTGAGGGCACACCGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATT
CTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTTTGGTGCATGGAGAATCAAATGAAATGGGACGCCTTAAACAAAAGTTACTCACTCAGTTTGCGGACCAAAATATTAGGGTTTTATCACCAAAGAATTGTCAGACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCA
ATAGGTAGGTTGGCGGAAAAGACTCCTGAAGTAGGCAGTAAAGTGAGTGGTTTATTGGTAAGAAAAGGTTTCACTTACCAAATAATGGCTCCCGATGATCTTCATGTATTCACTCAACTCTCAACAGGAACTGTTACACAGCGGTTATCTATTCCATACAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGCCTTCAGCAATT
GTATGAAGGTGTAGAAACTTCAAATGAGGAAGTTCCTACTCTTAAAGTGCATGGCAAAGTCCTGGTGAAACAGGAAGGAATCGATTATGTAGTGCTGCAGTGGGTCTCTGATCCCATTGCTGACATGGTGTCAGACTCCATTATTGCAATG
>TRINITY_DN111253_c0_g2_i29 from sample A5 / Example unspliced isoform:CCTAAATGTACACCAACGATCACATATTGGGTTGGAGAGCCTTTCATTCTCTCTCCATTTATCAGTGAGAAGGCTTCTCCCATTTGGGATTGAACTTATTCCCGATTTACAGATACATTATCAAACATCTGAACTTTGTTTTTACTGTGGAATTTTCCTCCGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTT
CATTGAAACGGAAGGAGTCGATGGTTACAAGGGAAGGAGACCAGTTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTATATGACATACAAGAACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACA
ATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCTTATTTTCTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCG
ATCAATGGATAAGATTGAGgtgcatgtcttttttgctttcatcgatgttattaataatctaaagattctgtactgggttactacttaatttatatataaaaatattaatctatttttaagatgtcacagctaaatgagataccagtttagtatatgagaaaccccttgtttgtgagataaatagaggtttcactaaacag
acatgtaacccttaaagtttacagaagagtacatactttacccatccgtatttgaacctataaatctcctggatctaatcattacgccactcataccctgcccaagttgaatgtagactctctagcaaaatatgcttctgatgacaggttactgttaaattgatttacaatttttatattgtagttagtcaatctatgaa
ctattgcagGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCAGCGATGTTTATG
Intron 3 GTAATTTCTT ... TTTACTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 84.21 | 9 | 57 | 39 |
| A2 | 95.45 | 1 | 19 | 23 |
| A3 | 78.19 | 13 | 49.2 | 44 |
| A4 | 87.88 | 4 | 27 | 31 |
| A5 | 80 | 7 | 28 | 28 |
| A6 | 92.59 | 1 | 8 | 17 |
| A7 | 83.33 | 7 | 42 | 28 |
| A8 | 77.78 | 1 | 4 | 3 |
| A9 | 84.06 | 4 | 24.2 | 18 |
| A10 | 80.77 | 10 | 43 | 41 |
>TRINITY_DN44839_c0_g1_i18 from sample A9 / Example spliced isoformAACCAATACCATATCCTCCAAATTAACAAAAACCTCAGAAGACTGCTGCAAACCCTAACAAGAAATCCATACCACCGACCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTA
ATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATGTAAAAAGCAGTTTTTGTTGTTGCATAGATCTATAGATTTTTAAAATCTATGGTGAATTCTGCTGTACTGTTCTTGATTTGTAAAAAAATTTTGTTTTAGATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACCAAATTCAGAGATCTGCAAAGTG
AGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGGTTTTGCCTCTTCCATGTCATAGAGCAGGTTTATCAGCAGATCTAAGGGTTGATGATC
AATCTCTGTGCACGTTTGCTCTCTGCATCTATCTTCATGCTCTCTGTTCCCAAAACTGACTTTTACAATTAAAGAAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAA
>TRINITY_DN44839_c0_g1_i22 from sample A9 / Example unspliced isoform:AACCAATACCATATCCTCCAAATTAACAAAAACCTCAGAAGACTGCTGCAAACCCTAACAAGAAATCCATACCACCGACCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTA
ATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATGTAAAAAGCAGTTTTTGTTGTTGCATAGATCTATAGATTTTTAAAATCTATGGTGAATTCTGCTGTACTGTTCTTGATTTGTAAAAAAATTTTGTTTTAGATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACCAAATTCAGAGATCTGCAAAGTG
AGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGGTTTTGCCTCTTCCATGTCATAGAGCAGGTTTATCAGCAGATCTAAGGGTTGATGATC
AATCTCTGTGCACGTTTGCTCTCTGCATCTATCTTCATGCTCTCTGTTCCCAAAACTGACTTTTACAATTAAAGAgtaatttctttaataaaactttactattgaatgacaagttgtatatgccactcgatcatagaatgagatagtaccttcttgcctgacccattcagttcaggtcagagccacaaaacgttttgcaa
cactggtgagaaggcctctcccatttggctattgaacttactgcagatttacatatacgatatcaaacctctgagctttgtttttactgtagAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCC
TCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATT
TTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTTTTTATGACACATGCAACCAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATC
CGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCATCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTGAATTCTCCCCGGATGTTTGTATTATTGAATCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCCAGAGC
TATCAGAGAGAAAAGATTTACCGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCCGCATATGCATTGGGCCGTGCTCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCAGAGCTGCATAATGTTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATC
AAACATACATTAATGCAATGAATGACAGGATTCGCTCTCAATTTGAAGGTTCAAATCCATTTGACTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGTTTGCAGAATGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAG
AATGCATGTGTGATTCCTGGGTTTTTAGTTGAGGGCACACCGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTCT
GGTGCATGGAGAAGCCAATGAAATGGGACGCCTTAAACAAAAGTTACTGACTCAGTTTGCGGACCAAAATATTAGTGTCTTATCACCAAAGAATTGTCAGACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCAATAGGTAGGTTGGCGGAAAAGACTCCTGAAGTAGGCAGTAAAGTGAGTGGTTTATTGG
TAAGAAAAGGTTTCACTTACCAAATAATGGCTCCCGATGATCTTCATGTATTCACTCAACTCTCAACAGGAACTGTTACACAGCGGTTATCTATTCCATACAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGCCTTCAGCAATTGTATGAAGGTGTAGAAACTTCAAATGAGGAAGTTCCTACTCTTAAAGTACATGGCAAA
GTCCTGGTGAAACAGGAAGGCATGGATTATGTAGTGCTGCAGTGGGTCTCTGATTCCATAACTGACATGGTGTCAGACTCCATTATTGCAATGATGATGAATTTCAAGCCAGAGTCTTTGAAGACGAAGATATCTGAGGAAGGAAATGCAGTGGATACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGA
TGTGAAGGAATCGGAAGGAAAATTGATTGTATCTGTGGATGGTGTTGTGGCCACTGTGGACCACACAAGCAATACTGTTGATTGCGAAAATGAAAACTTGAGGGAACGCATAAAAGTTGCACTACGCAGAATGGAGACTGCTATAAAGCCTGTCAGAATGTAATTTTCTTTCATTCTGAAGTCCTCAAGAGGAGTAGAAG
CGGAAGGTGTCTAGGTGTGATTGCATTGCCTGCCACCTACATCTCCAGGTTGTGTAACACTTAGCATTTCTGTAATGAGGAAGGTACTAAATGTTAACAATTGCTTGATTTCATGCAAGCTAATTGCATGGAACTAGCCAAATGCAATTTTATGGATTGTTAATCAGAGATATTTAAGGAGAGAAAAGGCAATTTATCCT
TTCAGTCTATGTTGTTTTTTGCTTCTTTCTTGTATGTGTGTGTTTTATAGGATGCTGTTTGCATGAAAAGTGGGGAAGTCTAACAACTTGTCCCCAGAACTTGCTCCCTATCCTGAAACTCGGGCAGAACATTTATTTTCTCTTCCACAGATCAAGTGCTATGTGCTTATGGTTTGATGAACTTTATTTATTTTTGGCTA
TGG
Intron 4 GTTTTGCCTC ... TTTACTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.18 | 33 | 65 | 39 |
| A2 | 55.31 | 33 | 58.7 | 23 |
| A3 | 54.57 | 50 | 76 | 44.1 |
| A4 | 57.31 | 31 | 52 | 31.3 |
| A5 | 51.67 | 29 | 34 | 28 |
| A6 | 60.53 | 12 | 19.7 | 17.1 |
| A7 | 57.37 | 32 | 58 | 28.1 |
| A8 | 57.14 | 6 | 13 | 3 |
| A9 | 49.61 | 28 | 37 | 18.1 |
| A10 | 49.41 | 47 | 50.7 | 41.1 |
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i18 from sample A1 / Example spliced isoformCCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACC
AAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGC
AGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGA
TCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAA
CAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGCATGTCTTTTTTGCTTTCATCGATTTTATTAATAATCTAAAGATTCTGTACTGGGTTAATACTTAATTTATATATAAAAATATTAATTTATTTTTAAGATGTTACAGCTAAACGAGATAACAGTTTAGTATATGAGAAACCCTTTGTTTCTGAGATAAATAGAG
GTTTCACTAAACAGGGATGTAACCCCTAAAGTTTACAGAAGAGTACATACTTTACCCATCCGGATTTGAACCTATAAATCTCCTGGTGGATCTAATCATTAGGCCACTCATACCCTGCCCAAGTTGAATGTAGACTCTCTAGCAAAATATGCTTCTGATGACAGGTTACTGTTAAATTGATTTACAATTTTTATATTGTA
GTTAGTCAATCTATCTATGAACTATTGCAGGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCACCTTCGTGCTGCTGAAAC
TCCTCAGTTCTCCCCTGATGTTTGTATTATTGAGTCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCTAGAGCTATCAGAGAGAGAAGATTTACTGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCTGCATTTGCATTGGGCCGTGCCCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCAC
ATCCGGAGCTCCATAATATTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAGACATACATCAATGCAATGAATGACAGGATTCGCACACAATTTGAAACTTCAAATCCATTTGATTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATG
GCTAGTCCAGGTGGCTTGCAGAGTGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTATAATTCCTGGGTATTTAGTAGAGGGTACACTGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATT
CTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATT
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACC
AAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGgttttgcctcttccatgtcatagagcaggtttatca
gcagatctaagggttgatgatcaatctctgtgcacgtttgctctctgcatctatcttcatgctctctgttcccaaaactgacttttacaattaaagagtaatttctttaataaaactttactattgaatgacaagttgtatatgccactcgatcatagaatgagatagtaccttcttgcctgacccattcagttcaggtc
agagccacaaaacgttttgcaacactggtgagaaggcctctcccatttggctattgaacttactgcagatttacatatacgatatcaaacctctgagctttgtttttactgtagAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGG
GAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGGTAACCCCATTTCACTTGTTTTAATTTTTGCTGTTTTTTTTCATATTTCAACTGGGTATCACTCAGTGTGTGGATACAAAGTCCAGAG
Intron 5 GTGCATGTCT ... ACTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.51 | 73 | 33 | 17 |
| A2 | 27.63 | 55 | 18 | 24 |
| A3 | 27.27 | 60 | 27 | 18 |
| A4 | 25 | 51 | 15 | 19 |
| A5 | 25.65 | 71 | 29 | 20 |
| A6 | 24.44 | 85 | 33 | 22 |
| A7 | 25.86 | 86 | 40 | 20 |
| A8 | 30.86 | 28 | 15 | 10 |
| A9 | 23.51 | 109 | 37 | 30 |
| A10 | 24.52 | 117 | 49 | 27 |
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformGTTATGTTAAGTATTCAGCAAGGGTGTCCTAAAGGCTTATATGTTATGTTATGTTCAGTAATAGTGAGGTAAGTTGGATCAATGGACGTATTGATGGGATTTATCTTAACGTAACAGTCTTTGTGAAATGGGCTTAAAAGTTAAATATGATTTAACATAGTTTGTATAATGGGTTTTCAAATGTTGATCAGATTTTACCT
AAAGAGTCTGTGGGGAGCTATGCCTTACAGATGTGCCTGAATTTGTAATTAGACTGCATAAAACTGATGATTTATTCATGTATTTTGTATTTAAAGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCAGTATGT
ATTCAGACCCAGAGTTCATTGGAGACTGATTTTGTTTTCTCTAATAGTTGGTTGAATGTATGTAGGGTTTTTGGACATTGATTTCTTTGGGGTAACCTGCATGGTCATGCTCCATGATGTGGGATTCTTGATTGTTCAATGATGAATTATATGATGCATTTTTCCAAAAAATAAGAAGTAAAAAACTAATATTATCCAAT
ACATTTTGTCTTCCTTTCCAATGCAACAAATAATCTTTGGCGTTTCGGTTTTGGTCTACAAGTGAATAACTTTCTGAGATTTAAGTGATATTTTTCATCTTATTTCTCATGAAAATTTCACCAATGAAGCCATGTATGCTCAATTTCCTTGAGATGACATCGACCCCTGTTCTCCATTCTGAGCATATGCACCTTCTTCA
TTTGACCTATGGACATCGTGTTACTGAAATTCCCACCCAAATACTTGAACTCCTAACTGCTCATTTGTAGTTAGTTGCTGCTTACCGTGGTTGCAGGCAAATTATCATCGACCCAAATGTATTTGGGATTTGGTGGAGATAAGAACATAATACCCCGTCTGCTCCGGAGGTCATAATGGACCACAGAATTATATACTTAG
TCTGAGAACCAATCTTAGAGTTCACATACCATTTATTATTATTACCATATCTGATTTTACAAGATCTCTGTCTCCTAGTCTTCTCCATTGAAAATGGTGAGATACTTTGTCGTTGTGTGAATCAAAGTTGTCTTGCATCAGAACTGCTTATTTGTTGAATCCTTCTGATGAACCAAATCCCCTTATTAGGAGTTTATGCC
TTGAATCAATGCCAATAGATTTAATGAAGTAGAGTCATTGTTCTTTAGTTATTCGACAGCATTAACATTCAATTTTGTGAATCTAGCTACAATGCATAAAAACAAAAACCGTTGGATCTCAATCCATGGAGTTAGATTTATTGAATATTGAGAGTGTTATGCTCTACTATTCTGTAGTTTTTTTTTCAGATTTATTAAAC
ATTGACATTGTTATGCTCTACTATTTTGTCACAGCCAAGATGGACACCAATTTGGTGTATGAGATCTATTTGTTTGTGGGACAAGGGACTCCTGCTCAGCAATGTAACTGCTAAAGTTTACAGAGGTGTACATATCCTATGCCCTCCGGATTTGAACCTATGACCTCCTAAAAAAAAAACACACCTTCTTAACTGTTAGG
TCCACTCAAGTTGCATATTAATTTATGATAACATAGATCCACAAGACTTCGTAATGCTGCATCATATTCTATCATACTCAACAAGGACCTGCATGTGGCCTCACTTACTCTCAATTTCAAGAGGACACGCCTGCTGGGAAAAGTCCAGTAATAACTTATTGCTTTTGCAAACTGCCTTTCTGTCACTTTAAAATTTCGTT
TTCTCAACAGTAGAGACATGCTTCTAAAAATTGGGTTCCAGCTACACATAAAAGGGGTTGTAATCACTAACCACTGATGGATAACAAAACATTGTTGAGAGTGGATTTCTATTTTGGGTAAATGGGTAAGCATGGAGTTAATTTTGAGCCCTGAGCTTCACCAGCTCAGAATTAAAATATAAAATCTTGTTTAATTTGCT
TTTGGAGTTGGCTGCAAAATACACAACAATATTGCCTTAATAGACTACATCTGTTCTCTTACATTTGGAAAGTAGTGTGAATAACTGTTCTATGATTTTAACTTGCAACTGTATTTTAAATCTAATATTATGTTGAACTTTGGCCTAACAATATAGATCGGAAGCAGAATAAATTTTTGTTGTCTGTATGGGCTCTTTGC
ATCACAGGAAGATCAAAATGATATGGCAATCTTTTTGACCGATATGATGATTTCTTGTGCAGTTTTCAAATCTTTTTGACCGATATGATAACTTTTTGTGCAGTTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTAC
AAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGC
CGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCACCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTCAGTTCTCCCCTGATGTTTGTATTATTGAGTCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCTAGAGCTATCAGAGAGAGAAGATTTACTGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCC
TTATTCCTGCATTTGCATTGGGCCGTGCCCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCGGAGCTCCATAATATTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAGACATACATCAATGCAATGAATGACAGGATTCGCACACAATTTGAAACTTCAAATCCATTT
GATTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGCTTGCAGAGTGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTATAATTCCTGGGTATTTAGTAGAGGGTACACTGGCAAAAACAATTATGAATGA
ACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATT
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACC
AAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGC
AGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGA
TCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAA
CAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGgtgcatgtcttttttgctttcatcgattttattaataatctaaagattctgtactgggttaatacttaatttatatataaaaatattaatttatttttaagatgttacagctaaacgagataacagtttagtatatgagaaaccctttgtttctgagataaatagag
gtttcactaaacagggatgtaacccctaaagtttacagaagagtacatactttacccatccggatttgaacctataaatctcctggtggatctaatcattaggccactcataccctgcccaagttgaatgtagactctctagcaaaatatgcttctgatgacaggttactgttaaattgatttacaatttttatattgta
gttagtcaatctatctatgaactattgcagGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCACCTTCGTGCTGCTGAAAC
TCCTCAGTTCTCCCCTGATGTTTGTATTATTGAGTCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCTAGAGCTATCAGAGAGAGAAGATTTACTGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCTGCATTTGCATTGGGCCGTGCCCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCAC
ATCCGGAGCTCCATAATATTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAGACATACATCAATGCAATGAATGACAGGATTCGCACACAATTTGAAACTTCAAATCCATTTGATTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATG
GCTAGTCCAGGTGGCTTGCAGAGTGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTATAATTCCTGGGTATTTAGTAGAGGGTACACTGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATT
CTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATT
Intron 6 GTGTGGGCTA ... TGCTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.53 | 77.3 | 2.1 | 18 |
| A2 | 19 | 63.3 | 2.3 | 13.4 |
| A3 | 22.19 | 56.6 | 1.1 | 15 |
| A4 | 19.5 | 75.7 | 3.1 | 17.9 |
| A5 | 21.57 | 29.5 | 2.1 | 8 |
| A6 | 9.55 | 28.2 | 0 | 2.7 |
| A7 | 20.76 | 43.9 | 1 | 10 |
| A8 | 25.03 | 18.6 | 2.3 | 6 |
| A9 | 21.81 | 57.1 | 0 | 14.6 |
| A10 | 14.08 | 44.5 | 0 | 6.6 |
>TRINITY_DN119176_c0_g2_i16 from sample A3 / Example spliced isoformCGTGCATCCAGTGCCTCCAGCTGGGCTCCAGAGCAGCCAACCAATACCATATCCTCCAAATTAACAAAAACCTCAGAAGACTGCTGCAAACCCTAACAAGAAATCCATACCACCGACCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGC
CCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATGTAAAAAGCAGTTTTTGTTGTTGCATAGATCTATAGATTTTTAAAATCTATGGTGAATTCTGCTGTACTGTTCTTGATTTGTAAAAAAATTTTGTTTTAGATCTATGAATGTCA
ATGGTTGCGATCTACCAAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGGTTTTGCCTCTTCCATGTCA
TAGAGCAGGTTTATCAGCAGATCTAAGGGTTGATGATCAATCTCTGTGCACGTTTGCTCTCTGCATCTATCTTCATGCTCTCTGTTCCCAAAACTGACTTTTACAATTAAAGAGTAATTTCTTTAATAAAACTTTACTATTGAATGACAAGTTGTATATGCCACTCGATCATAGAATGAGATAGTACCTTCTTGCCTGAC
CCATTCAGTTCAGGTCAGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGGTGAGAAGGCCTCTCCCATTTGGCTATTGAACTTACTGCAGATTTACATATACGATATCAAACCTCTGAGCTTTGTTTTTACTGTAGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCG
ATGGTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCAC
TCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGG
TGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCATCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTGAATTCTCCCCGGATGTTTGTATTATT
GAATCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCCAGAGCTATCAGAGAGAAAAGATTTACCGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCCGCATATGCATTGGGCCGTGCTCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCAGAGCTGCATAATGTTCCAATCTACTA
TGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAAACATACATTAATGCAATGAATGACAGGATTCGCTCTCAATTTGAAGGTTCAAATCCATTTGACTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGTTTGCAGAATGGTTTGT
CAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTGTAATTCCTGGGTTTTTAGTTGAGGGCACACCGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGT
GCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTTTGGTGCATGGAGAATCAAATGAAATGGGACGCCTTAAACAAAAGTTACTCACTCAGTTTGCGGACCAAAATATTAGGGTTTTATCACCAAAGAATTGTCAGACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCAATAGGTAAGTTGGCGGAAAA
GACTCCCGAAGTTGGCAGTCAAGTGAGTGGTTTATTGGTAAGGAAAGGTTTCAGTTACCAAATAATGGCTCCTGATGATCTTCATGTATTCACTCAACTCTCAACAGGAACAATTACACAGAGGTTATCTAGTCCATACAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGCCTTCAGCAATTGTATGAAAGTGTAGAAACTT
TAAATGAGGAAGTTCCTACTCTTAAAGTGCATGGCAAAGTCCTGGTGAAACAGGAAGGAATCGATTATGTAGTGCTGCAGTGGGTCTCTGATCCCATTGCTGACATGGTGTCAGACTCCATTATTGCAATGGTGATGAATTTCAGTCCAGAGTCTTCGAAGACGAAGACATCTGATTTGAAATCCATGGAAGGCAAGGCA
GTGGATACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATTAAAAGGAAAACTGATTGTGTCTGTGGATGGTGTTGTGGCCACTGTGGACTACACAAGCAATACTGTTGATTGTGAAAGTGAAAACTTGAGGGAACGCATAAAAGTTGCACTAAGCAGAATGGAAACTGCTATAAAGCC
TGTCAGAATGTAATTTTGTTTCATTCCTAAGTCCTCAAAAGGAATTGAGGAGGCTTCTATATCTAAGGTGTCTAGGTGTGATTGCATTGTCTTCCACCTAGATATCCAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGTGATGAGGAATGTGCTAAATGTTAACAATTTGCTTGATTTC
ACGCCAGCTAATTGCATGAAACTAGCCAAATGCAATTTTATGGATTGATAATCACAGATATTTAAAGAGAGCAAAGGCAATTTAACCTTGTAGTCTATGTTGCTTTGTGCTTTTTTGTATGTGTGTGTTGCTGGTGGAGAATTTGTTTTCTTC
>TRINITY_DN119176_c0_g2_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGTAAGCATGGAGTTAATTTTGAGCCCTGAGCTTCACCAGCTCAGAATTAAAATATAAAATCTTGTTTAATTTGCTTTTGGAGTTGGCTGCAAAATACACAACAATATTGCCTTAATAGACTACATCTGTTCTCTTACATTTGGAAAGTAGTGTGAATAACTGTTCTATGATTTTAACTTGCAACTGTATTTTAAATCT
AATATTATGTTGAACTTTGGCCTAACAATATAGATTGGAAGCAGAATAAATTTTTGTTGTCTGTATGGGCTCTTTGCATCACAGGAAGATCAAAATGATATGGCAATCTTTTTGACCGATATGATGATTTCTTGTGCAGTTTTCAAATCTTTTTGACCGATATGATAACCTTTTGTGCAGTTTCCATTTGGACCATGCAG
CATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGgtgtgggctatatactctatgtcttgaatgaattgcatatttggctggatttattctgtctacattttaagattttatacgttttaaatactaatcaatcagtgctatgcagACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTACAAACTTTTACT
TTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTG
TATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCATCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTGAATTCTCCCCGGATGTTTGTATTATTGAATCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCCAGAGCTATCAGAGAGAAAAGATTTACCGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCCGCA
TATGCATTGGGCCGTGCTCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCAGAGCTGCATAATGTTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAAACATACATTAATGCAATGAATGACAGGATTCGCTCTCAATTTGAAGGTTCAAATCCATTTGACTTTAAGCA
CATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGTTTGCAGAATGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTGTAATTCCTGGGTTTTTAGTTGAGGGCACACCGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGG
TGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTTTGGTGCATGGAGAATCAAATGAAATGGGACGCCTTAAACAAAAGTTACTCACTCAGTTTGCGGACCAAAATATT
AGGGTTTTATCACCAAAGAATTGTCAGACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCAATAGGTAAGTTGGCGGAAAAGACTCCCGAAGTTGGCAGTCAAGTGAGTGGTTTATTGGTAAGGAAAGGTTTCAGTTACCAAATAATGGCTCCTGATGATCTTCATGTATTCACTCAACTCTCAACAGGAAC
AATTACACAGAGGTTATCTAGTCCATACAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGCCTTCAGCAATTGTATGAAAGTGTAGAAACTTTAAATGAGGAAGTTCCTACTCTTAAAGTGCATGGCAAAGTCCTGGTGAAACAGGAAGGAATCGATTATGTAGTGCTGCAGTGGGTCTCTGATCCCATTGCTGACATGGTGT
CAGACTCCATTATTGCAATGGTGATGAATTTCAGTCCAGAGTCTTCGAAGACGAAGACATCTGATTTGAAATCCATGGAAGGCAAGGCAGTGGATACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATTAAAAGGAAAACTGATTGTGTCTGTGGATGGTGTTGTGGCCACTGTGGAC
Intron 7 GTTTTGCCTC ... GAATGACAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 96.72 | 2 | 65 | 53 |
| A2 | 88.37 | 5 | 59 | 17 |
| A3 | 89.47 | 7 | 76 | 43 |
| A4 | 90.48 | 4 | 52 | 24 |
| A5 | 88.57 | 4 | 34 | 28 |
| A6 | 87.5 | 2 | 20 | 8 |
| A7 | 86.92 | 7 | 58 | 35 |
| A8 | 80 | 2 | 13 | 3 |
| A9 | 100 | 0 | 37 | 21 |
| A10 | 86.67 | 7 | 51 | 40 |
>TRINITY_DN44839_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoformTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGTTGTATATGCCACTCGATCATAGAATGAGATAGTACCTTCTTGCCTGACCCATTCAGTTCAGGTCAGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAG
GGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGA
CCATGCAGCATCCCTTCCTTATTTTCTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTTTTTATGACACATGCAACCAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTGATTTTCATC
AGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACAGCAGGACATGTGCTGGGTGCAGCAATGTTTATGGTTGACATTGCGGGGGTGCGTGTATTATATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCACCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTCAGTTCTCCCCTGATGTTTGTATTATTGAGTCAACATATGGT
GTACAACTTCATCAGCCTAGAGCTATCAGAGAGAGAAGATTTACTGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCTGCATTTGCATTGGGCCGTGCCCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCGGAGCTCCATAATATTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGC
GAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAGACATACATCAATGCAATGAATGACAGGATTCGCACACAATTTGAAACTTCAAATCCATTTGATTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGCTTGCAGAGTGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTG
ATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTATAATTCCTGGGTATTTAGTAGAGGGTACACTGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAA
CTGCGGCCGCCAAATATTATT
>TRINITY_DN44839_c0_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:AACCAATACCATATCCTCCAAATTAACAAAAACCTCAGAAGACTGCTGCAAACCCTAACAAGAAATCCATACCACCGACCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTA
ATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACCAAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATT
CAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGgttttgcctcttccatgtcatagagcaggtttatcagcagatctaagggttgatgatcaatctctgtgcacgtttgctctctgcatctatcttcatgctctctgttcccaaaactgacttttacaattaaagagtaatttctttaataaaactttact
attgaatgacaagTTGTATATGCCACTCGATCATAGAATGAGATAGTACCTTCTTGCCTGACCCATTCAGTTCAGGTCAGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGGTGAGAAGGCCTCTCCCATTTGGCTATTGAACTTACTGCAGATTTACATATACGATATCAAACCTCTGAGCTTTGTTTTTACTGTAGAACCCTCC
TCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGC
ATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCTTATTTTCTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTTTTTATGACACATGCAACCAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGT
CTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTGATTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACAGCAGGACATGTGCTGGGTGCAGCAATGTTTATGGTTGACATTGCGGGGGTGCGTGTATTATATACTGGTGATTATTCCCGGG
AAGAAGATCGCCACCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTCAGTTCTCCCCTGATGTTTGTATTATTGAGTCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCTAGAGCTATCAGAGAGAGAAGATTTACTGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCTGCATTTGCATTGGGCCGTGCCCAGGAACTT
CTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCGGAGCTCCATAATATTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAGACATACATCAATGCAATGAATGACAGGATTCGCACACAATTTGAAACTTCAAATCCATTTGATTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAA
CTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGCTTGCAGAGTGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTATAATTCCTGGGTATTTAGTAGAGGGTACACTGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTC
CTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTCTGGTGCATGGAGAAGCCAATGAAATGGGACGCCTTAAACAAAAGTTACTGACTCAGTTTGCGGACCAAAATATTAGTGTCTTATCACCAAAGAATTGTCAG
ACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCAATAGGTAGGTTGGCGGAAAAGACTCCTGAAGTAGGCAGTAAAGTGAGTGGTTTATTGGTAAGAAAAGGTTTCACATACCAGATAATGGCTCCTGAAGATATCCATGTATTCACTCAACTCTCAGCAGGAATTGTTACACAGCGGTTATCTATTCCATA
CAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGTCTTCAACAATTGTACGAAAGTGTGGAAGTTTCAAATGAGGAAGTTCCTACTCATAATGTCCATGGCAAAGTCACA
Intron 8 GTGAGAAGGC ... TTTACTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.79 | 29.8 | 20 | 39 |
| A2 | 28.96 | 35.6 | 6 | 23 |
| A3 | 36.1 | 48.8 | 11 | 44.1 |
| A4 | 37.46 | 34.5 | 10.2 | 31.2 |
| A5 | 41.02 | 35.4 | 21 | 28 |
| A6 | 40.26 | 14.9 | 3 | 17.1 |
| A7 | 39.8 | 29.7 | 11 | 28.1 |
| A8 | 45.96 | 3 | 2 | 3 |
| A9 | 35.77 | 19.8 | 4 | 18.1 |
| A10 | 39.24 | 47.4 | 20 | 41.1 |
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformCCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATGTAAAAAGCAGTTTTTGTTGTTGCATAGAT
CTATAGATTTTTAAAATCTATGGTGAATTCTGCTGTACTGTTCTTGATTTGTAAAAAAATTTTGTTTTAGATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACCAAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACC
TGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGGTTTTGCCTCTTCCATGTCATAGAGCAGGTTTATCAGCAGATCTAAGGGTTGATGATCAATCTCTGTGCACGTTTGCTCTCTGCATCTATCTTCATGCTCTCTGTTCCCAAAACTGACTTTTACAATTAAAGAGTA
ATTTCTTTAATAAAACTTTACTATTGAATGACAAGTTGTATATGCCACTCGATCATAGAATGAGATAGTACCTTCTTGCCTGACCCATTCAGTTCAGGTCAGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATG
GTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCA
TTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGA
TTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCATCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTGAATTCTCCCCGGATGTTTGTATTATTGAA
TCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCCAGAGCTATCAGAGAGAAAAGATTTACCGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCCGCATATGCATTGGGCCGTGCTCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCAGAGCTGCATAATGTTCCAATCTACTATGC
TTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAAACATACATTAATGCAATGAATGACAGGATTCGCTCTCAATTTGAAGGTTCAAATCCATTTGACTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGTTTGCAGAATGGTTTGTCAA
GGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTGTAATTCCTGGGTTTTTAGTTGAGGGCACACCGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCA
TTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTTTGGTGCATGGAGAATCAAATGAAATGGGACGCCTTAAACAAAAGTTACTCACTCAGTTTGCGGACCAAAATATTAGGGTTTTATCACCAAAGAATTGTCAGACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCAATAGGTAAGTTGGCGGAAAAGAC
TCCCGAAGTTGGCAGTCAAGTGAGTGGTTTATTGGTAAGGAAAGGTTTCAGTTACCAAATAATGGCTCCTGATGATCTTCATGTATTCACTCAACTCTCAACAGGAACAATTACACAGAGGTTATCTAGTCCATACAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGCCTTCAGCAATTGTATGAAAGTGTAGAAACTTTAA
ATGAGGAAGTTCCTACTCTTAAAGTGCATGGCAAAGTCCTGGTGAAACAGGAAGGAATCGATTATGTAGTGCTGCAGTGGGTCTCTGATCCCATTGCTGACATGGTGTCAGACTCCATTATTGCAATGGTGATGAATTTCAGTCCAGAGTCTTCGAAGACGAAGACATCTGATTTGAAATCCATGGAAGGCAAGGCAGTG
GATACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATTAAAAGGAAAACTGATTGTGTCTGTGGATGGTGTTGTGGCCACTGTGGACTACACAAGCAATACTGTTGATTGTGAAAGTGAAAACTTGAGGGAACGCATAAAAGTTGCACTAAGCAGAATGGAAACTGCTATAAAGCCTGT
CAGAATGTAATTTTGTTTCATTCCTAAGTCCTCAAAAGGAATTGAGGAGGCTTCTATATCTAAGGTGTCTAGGTGTGATTGCATTGTCTTCCACCTAGATATCCAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGTGATGAGGAATGTGCTAAATGTTAACAATTTGCTTGATTTCACG
CCAGCTAATTGCATGAAACTAGCCAAATGCAATTTTATGGATTGATAATCACAGATATTTAAAGAGAGCAAAGGCAATTTAACCTTGTA
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACC
AAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGGTTTTGCCTCTTCCATGTCATAGAGCAGGTTTATCA
GCAGATCTAAGGGTTGATGATCAATCTCTGTGCACGTTTGCTCTCTGCATCTATCTTCATGCTCTCTGTTCCCAAAACTGACTTTTACAATTAAAGAGTAATTTCTTTAATAAAACTTTACTATTGAATGACAAGTTGTATATGCCACTCGATCATAGAATGAGATAGTACCTTCTTGCCTGACCCATTCAGTTCAGGTC
AGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGgtgagaaggcctctcccatttggctattgaacttactgcagatttacatatacgatatcaaacctctgagctttgtttttactgtagAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGG
GAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGGTAACCCCATTTCACTTGTTTTAATTTTTGCTGTTTTTTTTCATATTTCAACTGGGTATCACTCAGTGTGTGGATACAAAGTCCAGAG
Intron 9 GTTTTGCCTC ... ACCCATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80.78 | 16 | 65 | 25.9 |
| A2 | 71.95 | 23.3 | 58.6 | 25.3 |
| A3 | 72.6 | 29.7 | 76 | 36 |
| A4 | 75.64 | 17.3 | 52 | 18.3 |
| A5 | 84.8 | 6.3 | 34 | 21.1 |
| A6 | 73.46 | 7.1 | 19.6 | 9.3 |
| A7 | 74.82 | 20.6 | 58 | 28.4 |
| A8 | 86.61 | 2.1 | 13 | 3.9 |
| A9 | 72.64 | 14.6 | 37 | 12.9 |
| A10 | 79.16 | 14 | 50.6 | 29.4 |
>TRINITY_DN122243_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACCAAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGTTCAGG
TCAGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGT
TCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTTTTTATGACACATGCAACCAAAGCTATTTACA
AACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGCC
GGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCATCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTGAATTCTCCCCGGATGTTTGTATTATTGAATCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCCAGAGCTATCAGAGAGAAAAGATTTACCGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCT
TATTCCCGCATATGCATTGGGCCGTGCTCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCAGAGCTGCATAATGTTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAAACATACATTAATGCAATGAATGACAGGATTCGCTCTCAATTTGAAGGTTCAAATCCATTTG
ACTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGTTTGCAGAATGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTGTAATTCCTGGGTTTTTAGTTGAGGGCACACCGGCAAAAACAATTATGAATGAA
CCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTTTGGTGCATGGAGAATCAAATGAAATGGGACGCCTTAAACAAAAGTTACTCACTCAGTTTGCGGA
CCAAAATATTAGGGTTTTATCACCAAAGAATTGTCAGACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCAATAGGTAAGTTGGCGGAAAAGACTCCCGAAGTTGGCAGTCAAGTGAGTGGTTTATTGGTAAGGAAAGGTTTCAGTTACCAAATAATGGCTCCTGATGATCTTCATGTATTCACTCAACTCT
CAACAGGAACAATTACACAGAGGTTATCTAGTCCATACAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGCCTTCAGCAATTGTATGAAAGTGTAGAAACTTTAAATGAGGAAGTTCCTACTCTTAAAGTGCATGGCAAAGTCCTGGTGAAACAGGAAGGAATCGATTATGTAGTGCTGCAGTGGGTCTCTGATCCCATTGCT
GACATGGTGTCAGACTCCATTATTGCAATGGTGATGAATTTCAGTCCAGAGTCTTCGAAGACGAAGACATCTGATTTGAAATCCATGGAAGGCAAGGCAGTGGATACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATTAAAAGGAAAACTGATTGTGTCAGTGGATACTTTGAAAAT
AGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATTAAAAGGAAAACTGATTGTGTCTGTGGATGGTGTTGTGGCCACTGTGGACTACACAAGCAATACTGTTGATTGTGAAAGTGAAAACTTGAGGGAACGCATAAAAGTTGCACTAAGCAGAATGGAAACTGCTATAAAGCCTGTCAGAATGTAATTTT
GTTTCATTCCTAAGTCCTCAAAAGGAATTGAGGAGGCTTCTATATCTAAGGTGTCTAGGTGTGATTGCATTGTCTTCCACCTAGATATCCAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGTGATGAGGAATGTGCTAAATGTTAACAATTTGCTTGATTTCACGCCAGCTAATTGCAT
GAAACTAGCCAAATGCAATTTTATGGATTGATAATCACAGATATTTAAAGAGAGCAAAGGCAATTTAACCTTGTAGTCTATGTTGCTTTGTGCTTTTTTGTATGTGTGTGTTGCTGGTGGAGAATTTGTTTTCTTCTCCACAGATCAAGTGCTACGTTTATTTATTTTTGGCTATGGTTTTGTCAATTACTTGTCACTAC
TCAAATATATAG
>TRINITY_DN122243_c0_g1_i20 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCCTAACAAGAAATCCATACCACCGACCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATATCT
ATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACCAAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGgttttgcctc
ttccatgtcatagagcaggtttatcagcagatctaagggttgatgatcaatctctgtgcacgtttgctctctgcatctatcttcatgctctctgttcccaaaactgacttttacaattaaagagtaatttctttaataaaactttactattgaatgacaagttgtatatgccactcgatcatagaatgagatagtacctt
cttgcctgacccattcagTTCAGGTCAGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTA
CATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTTTTTATGA
CACATGCAACCAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCG
GCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCATCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTGAATTCTCCCCGGATGTTTGTATTATTGAATCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCCAGAGCTATCAGAGAGAAAAGATTTACCGATGTTATACACAATGT
TGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCCGCATATGCATTGGGCCGTGCTCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCAGAGCTGCATAATGTTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAAACATACATTAATGCAATGAATGACAGGATTCGCTCTC
AATTTGAAGGTTCAAATCCATTTGACTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGTTTGCAGAATGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTGTAATTCCTGGGTTTTTAGTTGAGGGCACA
CCGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTTTGGTGCATGGAGAATCAAATGAAATGGGACGCCTTAAACA
AAAGTTACTCACTCAGTTTGCGGACCAAAATATTAGGGTTTTATCACCAAAGAATTGTCAGACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCAATAGGTAAGTTGGCGGAAAAGACTCCCGAAGTTGGCAGTCAAGTGAGTGGTTTATTGGTAAGGAAAGGTTTCAGTTACCAAATAATGGCTCCTGATG
ATCTTCATGTATTCACTCAACTCTCAACAGGAACAATTACACAGAGGTTATCTAGTCCATACAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGCCTTCAGCAATTGTATGAAAGTGTAGAAACTTTAAATGAGGAAGTTCCTACTCTTAAAGTGCATGGCAAAGTCCTGGTGAAACAGGAAGGAATCGATTATGTAGTGCTG
CAGTGGGTCTCTGATCCCATTGCTGACATGGTGTCAGACTCCATTATTGCAATGGTGATGAATTTCAGTCCAGAGTCTTCGAAGACGAAGACATCTGATTTGAAATCCATGGAAGGCAAGGCAGTGGATACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATTAAAAGGAAAACTGAT
TGTGTCAGTGGATACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATTAAAAGGAAAACTGATTGTGTCTGTGGATGGTGTTGTGGCCACTGTGGACTACACAAGCAATACTGTTGATTGTGAAAGTGAAAACTTGAGGGAACGCATAAAAGTTGCACTAAGCAGAATGGAAACTGCTA
TAAAGCCTGTCAGAATGTAATTTTGTTTCATTCCTAAGTCCTCAAAAGGAATTGAGGAGGCTTCTATATCTAAGGTGTCTAGGTGTGATTGCATTGTCTTCCACCTAGATATCCAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGTGATGAGGAATGTGCTAAATGTTAACAATTTGCT
TGATTTCACGCCAGCTAATTGCATGAAACTAGCCAAATGCAATTTTATGGATTGATAATCACAGATATTTAAAGAGAGCAAAGGCAATTTAACCTTGTAGTCTATGTTGCTTTGTGCTTTTTTGTATGTGTGTGTTGCTGGTGGAGAATTTGTTTTCTTCTCCACAGATCAAGTGCTACGTTTATTTATTTTTGGCTATG
GTTTTGTCAATTACTTGTCACTACTCAAATATATAG
Intron 10 GTAAAAAGCA ... TTTGTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.76 | 58.1 | 40 | 75 |
| A2 | 45.7 | 60 | 40 | 61 |
| A3 | 37.63 | 58 | 27 | 43 |
| A4 | 52.21 | 54 | 46 | 72 |
| A5 | 54.88 | 37 | 37 | 53 |
| A6 | 47.37 | 20 | 14 | 22 |
| A7 | 40.4 | 45 | 24 | 37 |
| A8 | 52.94 | 8 | 5 | 13 |
| A9 | 55.56 | 34 | 33 | 52 |
| A10 | 33.33 | 46 | 16 | 30 |
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformCCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACC
AAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGGTTTTGCCTCTTCCATGTCATAGAGCAGGTTTATCA
GCAGATCTAAGGGTTGATGATCAATCTCTGTGCACGTTTGCTCTCTGCATCTATCTTCATGCTCTCTGTTCCCAAAACTGACTTTTACAATTAAAGAGTAATTTCTTTAATAAAACTTTACTATTGAATGACAAGTTGTATATGCCACTCGATCATAGAATGAGATAGTACCTTCTTGCCTGACCCATTCAGTTCAGGTC
AGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGGTGAGAAGGCCTCTCCCATTTGGCTATTGAACTTACTGCAGATTTACATATACGATATCAAACCTCTGAGCTTTGTTTTTACTGTAGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGG
GAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGGTAACCCCATTTCACTTGTTTTAATTTTTGCTGTTTTTTTTCATATTTCAACTGGGTATCACTCAGTGTGTGGATACAAAGTCCAGAG
>TRINITY_DN130227_c7_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATgtaaaaagcagtttttgttgttgcatagat
ctatagatttttaaaatctatggtgaattctgctgtactgttcttgatttgtaaaaaaattttgttttagATCTATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACCAAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACC
TGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGGTTTTGCCTCTTCCATGTCATAGAGCAGGTTTATCAGCAGATCTAAGGGTTGATGATCAATCTCTGTGCACGTTTGCTCTCTGCATCTATCTTCATGCTCTCTGTTCCCAAAACTGACTTTTACAATTAAAGAGTA
ATTTCTTTAATAAAACTTTACTATTGAATGACAAGTTGTATATGCCACTCGATCATAGAATGAGATAGTACCTTCTTGCCTGACCCATTCAGTTCAGGTCAGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATG
GTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTACATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCA
TTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTGTTTATGACACATGCAACGAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGA
TTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCGGCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCATCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTGAATTCTCCCCGGATGTTTGTATTATTGAA
TCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCCAGAGCTATCAGAGAGAAAAGATTTACCGATGTTATACACAATGTTGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCCGCATATGCATTGGGCCGTGCTCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCAGAGCTGCATAATGTTCCAATCTACTATGC
TTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAAACATACATTAATGCAATGAATGACAGGATTCGCTCTCAATTTGAAGGTTCAAATCCATTTGACTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGTTTGCAGAATGGTTTGTCAA
GGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTGTAATTCCTGGGTTTTTAGTTGAGGGCACACCGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCA
TTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTTTGGTGCATGGAGAATCAAATGAAATGGGACGCCTTAAACAAAAGTTACTCACTCAGTTTGCGGACCAAAATATTAGGGTTTTATCACCAAAGAATTGTCAGACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCAATAGGTAAGTTGGCGGAAAAGAC
TCCCGAAGTTGGCAGTCAAGTGAGTGGTTTATTGGTAAGGAAAGGTTTCAGTTACCAAATAATGGCTCCTGATGATCTTCATGTATTCACTCAACTCTCAACAGGAACAATTACACAGAGGTTATCTAGTCCATACAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGCCTTCAGCAATTGTATGAAAGTGTAGAAACTTTAA
ATGAGGAAGTTCCTACTCTTAAAGTGCATGGCAAAGTCCTGGTGAAACAGGAAGGAATCGATTATGTAGTGCTGCAGTGGGTCTCTGATCCCATTGCTGACATGGTGTCAGACTCCATTATTGCAATGGTGATGAATTTCAGTCCAGAGTCTTCGAAGACGAAGACATCTGATTTGAAATCCATGGAAGGCAAGGCAGTG
GATACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATTAAAAGGAAAACTGATTGTGTCTGTGGATGGTGTTGTGGCCACTGTGGACTACACAAGCAATACTGTTGATTGTGAAAGTGAAAACTTGAGGGAACGCATAAAAGTTGCACTAAGCAGAATGGAAACTGCTATAAAGCCTGT
CAGAATGTAATTTTGTTTCATTCCTAAGTCCTCAAAAGGAATTGAGGAGGCTTCTATATCTAAGGTGTCTAGGTGTGATTGCATTGTCTTCCACCTAGATATCCAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGAGGTTGTGTAACGCTTGGCATTTTTGTGATGAGGAATGTGCTAAATGTTAACAATTTGCTTGATTTCACG
CCAGCTAATTGCATGAAACTAGCCAAATGCAATTTTATGGATTGATAATCACAGATATTTAAAGAGAGCAAAGGCAATTTAACCTTGTA
Intron 11 GTAACCCCAT ... GTATTTAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.33 | 95.8 | 29 | 14 |
| A2 | 23.08 | 45 | 18 | 9 |
| A3 | 15.56 | 76 | 21 | 7 |
| A4 | 11.94 | 59 | 7 | 9 |
| A5 | 18.37 | 40 | 10 | 8 |
| A6 | 5.41 | 35 | 4 | 0 |
| A7 | 8.19 | 84.1 | 13 | 2 |
| A8 | 1.83 | 26.8 | 1 | 0 |
| A9 | 12.5 | 63 | 16 | 2 |
| A10 | 8.82 | 93 | 15 | 3 |
>TRINITY_DN122243_c0_g1_i17 from sample A2 / Example spliced isoformCCCTAACAAGAAATCCATACCACCGACCCAAAACAGCACCATAGCGCCAGCCAATCAGATTCTAAAGAGCCTGGAGACTATAGTTAACATGAAACCCCGGTAGCTTCCGCCCTCCATCAATTACCAACTTCTCAGAGATTGTATGCTAATCTCGATTCATAGAGGGCACATGATAAACATCGATCAGCAGACAAATATCT
ATGAATGTCAATGGTTGCGATCTACCAAATTCAGAGATCTGCAAAGTGAGCCATCAGCATAAGCCTGCTATTAACGTGAACCAGCTATCTCCAGCGTGATTTCTCCAAATCTGCGATTTCTCCACCTGATCAGAGAATCGATGGTATTCAACGGGTGCAGAGGAAGCTTGGATTATGTGCCCCGATGCAGGTTTTGCCTC
TTCCATGTCATAGAGCAGGTTTATCAGCAGATCTAAGGGTTGATGATCAATCTCTGTGCACGTTTGCTCTCTGCATCTATCTTCATGCTCTCTGTTCCCAAAACTGACTTTTACAATTAAAGAGTAATTTCTTTAATAAAACTTTACTATTGAATGACAAGTTGTATATGCCACTCGATCATAGAATGAGATAGTACCTT
CTTGCCTGACCCATTCAGTTCAGGTCAGAGCCACAAAACGTTTTGCAACACTGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCCTCTTGGTGCGGGAAATGAAGTGGGTCGCTCCTGCGTTTA
CATGACATACAAGGACAAGACTGTTCTGTTCGACTGTGGTATCCACCCTGCTTACTCTGGCATGGCTGCTTTGCCGTATTTCGACGAGATCGATCCATCGACAATTGATGTCCTCCTTGTCACTCATTTCCATTTGGACCATGCAGCATCCCTTCCATATTTTTTGGAGAAGACAACTTTCAAAGGCCGGGTTTTTATGA
CACATGCAACCAAAGCTATTTACAAACTTTTACTTTCTGATTATGTGAAAGTAAGCAAGGTCTCTGTTGAAGATATGTTATTTGATGAACAAGACATTCTTCGATCAATGGATAAGATTGAGGTGATTAACTTTCATCAGACCTTGGAGGTGAATGGCATCCGATTCTGGTGTTACACGGCAGGACATGTGCTGGGTGCG
GCGATGTTTATGGTTGACATTGCCGGAGTGCGTGTATTGTATACTGGTGATTATTCCCGGGAAGAAGATCGCCATCTTCGTGCTGCTGAAACTCCTGAATTCTCCCCGGATGTTTGTATTATTGAATCAACATATGGTGTACAACTTCATCAGCCCAGAGCTATCAGAGAGAAAAGATTTACCGATGTTATACACAATGT
TGTCTCTCAGGGTGGAAGGGTCCTTATTCCCGCATATGCATTGGGCCGTGCTCAGGAACTTCTGTTGATTCTTGATGAATATTGGGCAGCACATCCAGAGCTGCATAATGTTCCAATCTACTATGCTTCGCCTTTGGCGAAGAGATGCATGGCTGTCTATCAAACATACATTAATGCAATGAATGACAGGATTCGCTCTC
AATTTGAAGGTTCAAATCCATTTGACTTTAAGCACATAATGCCTCTCAAAAGCATAGAGAACTTTGAGGATGACGGGCCTTCAGTAGTAATGGCTAGTCCAGGTGGTTTGCAGAATGGTTTGTCAAGGCAGCTCTTTGATATTTGGTGTCAGGATAAGAAGAATGCATGTGTAATTCCTGGGTTTTTAGTTGAGGGCACA
CCGGCAAAAACAATTATGAATGAACCAAAGGAGGTGACCTTGATGAATGGGTTGCAGGCTCCTCTGAATATGCAGGTTCACTATATTTCATTCTCAGCTCATTCTGATTTCAGCCAGACAAGTGCATTTTTAAACGAACTGCGGCCGCCAAATATTATTTTGGTGCATGGAGAATCAAATGAAATGGGACGCCTTAAACA
AAAGTTACTCACTCAGTTTGCGGACCAAAATATTAGGGTTTTATCACCAAAGAATTGTCAGACAGTAGAGATGCATTTCAATGCTGAGAAGACAGCAAAGGCAATAGGTAAGTTGGCGGAAAAGACTCCCGAAGTTGGCAGTCAAGTGAGTGGTTTATTGGTAAGGAAAGGTTTCAGTTACCAAATAATGGCTCCTGATG
ATCTTCATGTATTCACTCAACTCTCAACAGGAACTGTTACACAGCGGTTATCTATTCCATACAAGGGAGCATTCACTGTACTTAGGCACCGCCTTCAGCAATTGTATGAAGGTGTAGAAACTTCAAATGAGGAAGTTCCTACTCTTAAAGTGCATGGCAAAGTCCTGGTGAAACAGGAAGGAATCGATTATGTAGTGCTG
CAGTGGGTCTCTGATCCCATTGCTGACATGGTGTCAGACTCCATTATTGCAATGATGATGAATTTCAAGCCAGAGTCTTTGAAGACGAAGATATCTGAGGAAGGAAATGCAGTGGATACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATTAAAAGGAAAACTGATTGTGTCAGTGGA
TACTTTGAAAATAGTGCAATCATTGTTAGTTTCATTGTTTGGAGATGTGAAGGAATCGGAAGGAAAATTGATTGTATCTGTGGATGGTGTTGTGGCCACTGTGGACCACACAAGCAATACTGTTGATTGCGAAAATGAAAACTTGAGGGAACGCATAAAAGTTGCACTACGCAGAATGGAGACTGCTATAAAGCCTGTCA
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CAAAAA
>TRINITY_DN122243_c0_g1_i21 from sample A2 / Example unspliced isoform:CACTGGTGAGAAGGCCTCTCCCATTTGGCTATTGAACTTACTGCAGATTTACATATACGATATCAAACCTCTGAGCTTTGTTTTTACTGTAGAACCCTCCTCTGAAAGGAAGCCATGACTTCAACAGCAGCTTCTGGGCCTTCATTGAAAAGGAAGGAGTCGATGGTTATCAGGGAGGGAGATAAATTGATCATCACCCC
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