sp|Q8LF80|CKB21_ARATH ----> Cyclin-dependent kinase B2-1

Intron 1 GTATTTGAAT ... GTTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.91	10.3	14.8	16.5
A2	49.29	12	17	6.5
A3	69.43	3	6.2	7
A4	54.11	11.3	16.7	9.5
A5	79.27	1.3	4.7	5.5
A6	50.39	5	4	6.5
A7	53.86	5	9.8	2
A8	61.03	3.3	4.8	6
A9	58.69	3.7	7.3	2
A10	52.45	8	11.7	6.5

>TRINITY_DN42090_c2_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGA
GCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCT
CGGATTATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGGTAATA
GGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTCCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAA
TTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTGACGTCGATGCGTGCCTTGACATCTCATTTTCTAATTTATATTAAATCTGTGTCTTAC

>TRINITY_DN42090_c2_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TATAATGTAGCGATTGATTAATATTTGCCTTAATCAATTTATAATGTATCAATCAAGGATTGTGCTTTACAACAACGAGGGAGTCATAAACTCAACAACATCTACGAAATCTGAAGAATAGTCGTGTCTTTTCGTTTCGAGGATTTTGAGTTCAATAAATCTATGGATCATATTTTTTACAGGCAAATCATATCCACATT
GTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTC
AAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGgtatttgaatttatggactgtgaccttcgagatttctatcacag
atatttaaccaactatgaatcactaccgcccatgatcgtcaaggtccacttaatatatatattttcaatgcattgcattgtgcatagtataacgctgtattgtttatatcgtacacgaattataatttttattttgttgttgagaatatcgctgttgttgcagAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATT
GTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCA
ATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATAT
TCCAGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTCCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAA
GACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTGACGTCGATGCGTGCCTTGACATCTCATTTTCTAATTTATATTAAATCTG
TGTCTTAC

Intron 2 GTACATAAAA ... ACCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.07	19	37	20
A2	66.15	22	43	6
A3	66.18	23	45	11
A4	70	15	35	17
A5	76.12	16	51	9
A6	85.71	2	12	1
A7	60	4	6	6
A8	33.33	2	1	0
A9	50	8	8	0
A10	52.94	8	9	1

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCATCTTCTAACGGTTGCATCTGCTGACGCATGTGCTTTTTGCATTTATTCATTGAGAGAGAGAACAACTTTTTTTTCATATGCAACGGCTTCATTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTG
TGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAG
GAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTCTCTCTTCGCAGGTGATTATTTAACCACATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTTCGTTTCTCCCG
CCTCTGACCCATTTGCGTTCTCCCTTCTGCCTGAATATTAATTTTAATTTACTTTCTCCGTTGGTGTAGCTTGGTTTATTTTAACCCGCCTATCTGCTTATAATATTTAGTTTAAGCGGCCTGCGTTATCTCTAGATTTAGGGTTTCTCGGTTTATTCGTTGTGATCAAATTTGGTTCGTTCATATTATACATCATGATA
TAATTATTTCGTATTGATTAATTAATTTATTTTATTTTGAAAAGATACCAGAGATTTCTATGAAATCTAGCCTGTTCATTTTTTTAGATTTGTAGCTTTCGGTTGGTTCAGTGTCTCCAGGAACATCTCTATGAACATGGTTTTAGGATTATTTCACACGTCTTATGAATATATTTATAAGGATATGGTTTAGATTTTAA
GTTTTCCGTTGGTGCTTTGGAATTAGCTTCTCCAAAATACATTTATATGAACATGGTTTTAGATTTAAGTTTTAGGTTTTTTCTAACTTTTCTTAAGAGTAT

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i20 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCATCTTCTAACGGTTGCATCTGCTGACGCATGTGCTTTTTGCATTTATTCATTGAGAGAGAGAACAACTTTTTTTTCATATGCAACGGCTTCATTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTG
TGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAG
GAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGgtacataaaattattattccctctcagcacgtatcttagaagcaatctcattgaattctgtcaatttc
ttgggcgttgcaatgagggttgggttctgttcttcagcgttgcgactagggttgggttttgttctaagcagaatggttttttattatttcctctgagttcttctaatttgctctcagaagcagttattatttcctctcagttctgcttttttggccttgaaataaatattgagttctttttttctctcaaaatcccattt
caggcgtcaatggtttaaattttttgtactttgtataagatttgacgcacaaacgttgttgtgatttatatttttttgggatataaatgattttaaagtagcttcacccataagcatattgggttgggttttcttagttgcgcccaaaccaaatcagatcacatcgctctaccactgcagGTCTCTCTTCGCAGGTGATT
ATTTAACCACATCACATCGCACTCCCATTCCAGGTTTCGTTTCTCCCGCCTCTGACCCATTTGCGTTCTCCCTTCTGCCTGAATATTAATTTTAATTTACTTTCTCCGTTGGTGTAGCTTGGTTTATTTTAACCCGCCTATCTGCTTATAATATTTAGTTTAAGCGGCCTGCGTTATCTCTAGATTTAGGGTTTCTCGGT
TTATTCGTTGTGATCAAATTTGGTTCGTTCATATTATACATCATGATATAATTATTTCGTATTGATTAATTAATTTATTTTATTTTGAAAAGATACCAGAGATTTCTATGAAATCTAGCCTGTTCATTTTTTTAGATTTGTAGCTTTCGGTTGGTTCAGTGTCTCCAGGAACATCTCTATGAACATGGTTTTAGGATTAT
TTCACACGTCTTATGAATATATTTATAAGGATATGGTTTAGATTTTAAGTTTTCCGTTGGTGCTTTGGAATTAGCTTCTCCAAAATACATTTATATGAACATGGTTTTAGATTTAAGTTTTAGGTTTTTTCTAACTTTTCTTAAGAGTAT

Intron 3 GTAGGTGTTT ... TCGAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.5	14	1.7	2
A2	28.13	23	12.1	9
A3	42.58	8.3	8.9	6.1
A4	41.19	24.3	3.4	17
A5	0	26.4	2.4	0
A6	16.66	36.4	6.3	7.3
A7	0	29	1.7	0
A8	5.31	36.6	2.3	2.1
A9	3.38	36.7	5.1	1.3
A10	21.32	11.1	0.9	3

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTGTATTATATAATATATTGTTTATTAAATATTTCCACATATAATGTATTGTTTGTTAAGTATTTCTATGTTGTATGTTTATTTTCATTTGGTTTATTCACTTGTAGTATTATATATATTTTATTTAAATTATATATTTTTATGTTTCTCCTATTAAGTTTGTAGTTCAATGTTTCTCTTATTAAGTTTGTATTTCAAT
GACATAATGAACCAAGAGGGTGCACGAAGTATTGAAACTTATGAAAGTGTTAATTTATAAATTTATAAAAGTAGAAGGTATTTTAACAAACTAAATTAAGCTGTGACAGCAATTTATTTTTGAAATTCTATTTATGATAATCCATAAAATAACTTTTCAAACACATAAATTAATATTATACTAGTAACGGATAGGATCAC
TTTATAAAGGCATGGTAAGAGTTGATACAAGTGGCAAAATGGCTTAGTGGTGGATTTGATAGAGAGAATATGTTAGGATAGAGCTCAATGATTACAGAAATTGAAATTAAGTGTAAACTGCCATCTCATTAATTAGTTAATGATATGATTATTTAATTAGTAAAGTCTATTTGTTTCTTAATACTTGCAAACAAGTTAAC
AGATTTATTTGCCGCCCTCCCATCACTAACTAAGAAGATCCGTCAAATCTTATCCATAGAATACATAATCTTAATTAAAAGCATGCAATGCAGTACGTTGTATCAAAATTACACCTAATATGGTATGGTATGGGTTATGGGCTTAATAAGAGAAAATATTTTGAGAGACAGTGTCCGAGGATATTATGGAGTCATGAGTC
ACAATCATTATCATAATTACAGTTTGAAAACAAAATTCTAAGTTAGATATATATGAGGATCGTGGATTGTGCTTTATAATGTAGCGATTGATTAATATTTGCCTTAATCAATTTATAATGTATCAATCAAGGATTGTGCTTTACAACAACGAGGGAGTCATAAACTCAACAACATCTACGAAATCTGAAGAATAGTCGTG
TCTTTTCGTTTCGAGGATTTTGAGTTCAATAAATCTATGGATCATATTTTTTACAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGACCTACTAG
ACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTATGTATGTTTTTATTTTTATTTT
CACGTTTTTATTGCATATAAAGCAAAATTCGGTGGATTCTGATACCTGGCCCAAGTTTGTTTAATGTAATATTTAAAAAATTAAAATTAAAAATACAATGAAATGTGTAATATCCTTGGAATCAAGAATAGTAGGATAATCATGTAACCATCTTATCTTCCCTTATTTTAAATGGATTTCTTAGAAATCAAAGTTCAAAT
AAATTTGGAGTATTGATCCATTTTGCCAGCATTTGAGTTAGATTAGAAGACACTAAAACCTTTAGAACTGGTAACATTTAAAGCTAAACTGATAAGATTTTTAGTTTAATTTTTTAAATAAAATAGATTCATTTTCTTATAAGATTATCCTATTCTTAAATCAAAATATATATAAATAATACATTTAAGAGTATAAACAC
TGGTTTATTCTCACGTTCAATGACCGGCTAAATTATTCCAGAGTTAATTGCTTTGCGAATTCGCTTATACTCTGCAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACT
ACCGCCCATGATCGTCAAGGTCCACTTAATATATATATTTTCAATGCATTGCATTGTGCATAGTATAACGCTGTATTGTTTATATCGTACACGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACA
GAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGC
ATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAA
TCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAA
TGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAA
CGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTCAATTTCTTTTGTTTTTTACAAATATATTTTTAT
TATAGGTTTTTAATAGTTATAAAAATATTAATATTAAATTAAATACTTAAAAATT

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCATCTTCTAACGGTTGCATCTGCTGACGCATGTGCTTTTTGCATTTATTCATTGAGAGAGAGAACAACTTTTTTTTCATATGCAACGGCTTCATTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTG
TGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAG
GAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTA
TGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATG
GGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGgtaggtgtttgaattagtcgaacattaatttttttgcgtggaaatacctgaaacttgggatagtgattattctaattaaattagggtttctaaattctaattcactatcgaatgcagGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCT
GCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTG

Intron 4 GTATTTGAAT ... GATCGTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.63	10	25	28
A2	65.72	12.5	17.7	30
A3	82.98	2.5	11.7	11
A4	64.88	10.5	20	18
A5	74.53	1.5	5.3	4
A6	70.87	5	9.3	15
A7	76.19	5	14	18
A8	72.85	3.5	7.7	11
A9	81.45	3	12.3	11
A10	68.41	8	11.7	23

>TRINITY_DN42090_c2_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGA
GCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCT
CGGATTATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGGTAATA
GGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTCCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAA
TTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTGACGTCGATGCGTGCCTTGACATCTCATTTTCTAATTTATATTAAATCTGTGTCTTAC

>TRINITY_DN42090_c2_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGA
GCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGgtatttgaatttatggactgtgaccttcgagatttctatcacagatatttaaccaactatgaatcactaccgccc
atgatcgtcaagAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGATTATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATG
GTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTC
AGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTCCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCT
TATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTGACGTCGATGCGTGCCTTGACATCTCATTTTCTAATTTATATTAAATCTGTGTCTTAC

Intron 5 GTACAGTACA ... AATTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.07	7.7	8.6	7.6
A2	82.81	2.3	9.9	11.5
A3	85.83	1.8	10	11.7
A4	55.75	7.4	12.7	5.8
A5	72.82	5	13.8	13
A6	63.98	8.9	17.8	13.9
A7	74.72	3.1	9.8	8.6
A8	61.27	16.3	33.5	18
A9	32.21	15.1	5	9.4
A10	68.94	8.2	8.9	26.6

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCATCTTCTAACGGTTGCATCTGCTGACGCATGTGCTTTTTGCATTTATTCATTGAGAGAGAGAACAACTTTTTTTTCATATGCAACGGCTTCATTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTG
TGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAG
GAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTA
TGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATG
GGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCA
AATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGC
CTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATG
TTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGA
CTTTCAATTTCTTTTGTTTTTTACAAATATATTTTTATTATAGGTTTTTAATAGTTATAAAAATATTAATATTAAATTAAATACTTAAAAATT

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCATCTTCTAACGGTTGCATCTGCTGACGCATGTGCTTTTTGCATTTATTCATTGAGAGAGAGAACAACTTTTTTTTCATATGCAACGGCTTCATTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTG
TGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAG
GAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTA
TGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATG
GGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGgtacagtacattccatttcgtataaagttttctggtttgtatggtttattcagtttaa
aaaaagagttaatggtaattgttgtaactaattatgcagCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTG
CTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTT
ACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGG
TGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTCAATTTCTTTTGTTTTTTACAAATATATTTTTATTATAGGTTTTTAATAGTTATAAAAATATTAATATTAAATTAAATACTTAAAAATT

Intron 6 GTATGTATGT ... TACTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.59	17	14	13
A2	36.9	28.5	19	14
A3	55.48	5.7	9	5
A4	38.09	8.3	4	6
A5	40	9	8	4
A6	19.45	4.5	2	0
A7	36.16	17	14	5
A8	32.38	9.5	6	3
A9	44.92	4.5	2	5
A10	37.77	8	2	7

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTGTATTATATAATATATTGTTTATTAAATATTTCCACATATAATGTATTGTTTGTTAAGTATTTCTATGTTGTATGTTTATTTTCATTTGGTTTATTCACTTGTAGTATTATATATATTTTATTTAAATTATATATTTTTATGTTTCTCCTATTAAGTTTGTAGTTCAATGTTTCTCTTATTAAGTTTGTATTTCAAT
GACATAATGAACCAAGAGGGTGCACGAAGTATTGAAACTTATGAAAGTGTTAATTTATAAATTTATAAAAGTAGAAGGTATTTTAACAAACTAAATTAAGCTGTGACAGCAATTTATTTTTGAAATTCTATTTATGATAATCCATAAAATAACTTTTCAAACACATAAATTAATATTATACTAGTAACGGATAGGATCAC
TTTATAAAGGCATGGTAAGAGTTGATACAAGTGGCAAAATGGCTTAGTGGTGGATTTGATAGAGAGAATATGTTAGGATAGAGCTCAATGATTACAGAAATTGAAATTAAGTGTAAACTGCCATCTCATTAATTAGTTAATGATATGATTATTTAATTAGTAAAGTCTATTTGTTTCTTAATACTTGCAAACAAGTTAAC
AGATTTATTTGCCGCCCTCCCATCACTAACTAAGAAGATCCGTCAAATCTTATCCATAGAATACATAATCTTAATTAAAAGCATGCAATGCAGTACGTTGTATCAAAATTACACCTAATATGGTATGGTATGGGTTATGGGCTTAATAAGAGAAATATTTTGAGAGACAGTGTCCGAGGATATTATGGAGTCATGAGTCA
CAATCATTATCATAATTACAGTTTGAAAACAAAATTCTAAGTTAGATATATATGAGGATCGTGGATTGTGCTTTATAATGTAGCGATTGATTAATATTTGCCTTAATCAATTTATAATGTATCAATCAAGGATTGTGCTTTACAACAACGAGGGAGTCATAAACTCAACAACATCTACGAAATCTGAAGAATAGTCGTGT
CTTTTCGTTTCGAGGATTTTGAGTTCAATAAATCTATGGATCATATTTTTTACAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGACCTACTAGA
CAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACA
GTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATA
TTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGCTGAATTGTGTATTAT
GGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAA
GTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAAT
GCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCG
GGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTCAATTTCTTTTGTTTTTTACAAATATATTTTTATTATAGGTTTTTAATAGTTATAAAAATATTAATATTAAATTAAATACTTAAAAATT

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTGTATTATATAATATATTGTTTATTAAATATTTCCACATATAATGTATTGTTTGTTAAGTATTTCTATGTTGTATGTTTATTTTCATTTGGTTTATTCACTTGTAGTATTATATATATTTTATTTAAATTATATATTTTTATGTTTCTCCTATTAAGTTTGTAGTTCAATGTTTCTCTTATTAAGTTTGTATTTCAAT
GACATAATGAACCAAGAGGGTGCACGAAGTATTGAAACTTATGAAAGTGTTAATTTATAAATTTATAAAAGTAGAAGGTATTTTAACAAACTAAATTAAGCTGTGACAGCAATTTATTTTTGAAATTCTATTTATGATAATCCATAAAATAACTTTTCAAACACATAAATTAATATTATACTAGTAACGGATAGGATCAC
TTTATAAAGGCATGGTAAGAGTTGATACAAGTGGCAAAATGGCTTAGTGGTGGATTTGATAGAGAGAATATGTTAGGATAGAGCTCAATGATTACAGAAATTGAAATTAAGTGTAAACTGCCATCTCATTAATTAGTTAATGATATGATTATTTAATTAGTAAAGTCTATTTGTTTCTTAATACTTGCAAACAAGTTAAC
AGATTTATTTGCCGCCCTCCCATCACTAACTAAGAAGATCCGTCAAATCTTATCCATAGAATACATAATCTTAATTAAAAGCATGCAATGCAGTACGTTGTATCAAAATTACACCTAATATGGTATGGTATGGGTTATGGGCTTAATAAGAGAAAATATTTTGAGAGACAGTGTCCGAGGATATTATGGAGTCATGAGTC
ACAATCATTATCATAATTACAGTTTGAAAACAAAATTCTAAGTTAGATATATATGAGGATCGTGGATTGTGCTTTATAATGTAGCGATTGATTAATATTTGCCTTAATCAATTTATAATGTATCAATCAAGGATTGTGCTTTACAACAACGAGGGAGTCATAAACTCAACAACATCTACGAAATCTGAAGAATAGTCGTG
TCTTTTCGTTTCGAGGATTTTGAGTTCAATAAATCTATGGATCATATTTTTTACAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGACCTACTAG
ACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAgtatgtatgtttttatttttatttt
cacgtttttattgcatataaagcaaaattcggtggattctgatacctggcccaagtttgtttaatgtaatatttaaaaaattaaaattaaaaatacaatgaaatgtgtaatatccttggaatcaagaatagtaggataatcatgtaaccatcttatcttcccttattttaaatggatttcttagaaatcaaagttcaaat
aaatttggagtattgatccattttgccagcatttgagttagattagaagacactaaaacctttagaactggtaacatttaaagctaaactgataagatttttagtttaattttttaaataaaatagattcattttcttataagattatcctattcttaaatcaaaatatatataaataatacatttaagagtataaacac
tggtttattctcacgttcaatgaccggctaaattattccagagttaattgctttgcgaattcgcttatactctgcagGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACT
ACCGCCCATGATCGTCAAGGTCCACTTAATATATATATTTTCAATGCATTGCATTGTGCATAGTATAACGCTGTATTGTTTATATCGTACACGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACA
GAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGC
ATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAA
TCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAA
TGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAA
CGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTCAATTTCTTTTGTTTTTTACAAATATATTTTTAT
TATAGGTTTTTAATAGTTATAAAAATATTAATATTAAATTAAATACTTAAAAATT

Intron 7 GTACAGTACA ... CGTCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.98	7	9	8
A2	65.83	5	10	9
A3	86.21	2	10	15
A4	72.91	4	13	7
A5	61.92	4.5	14	0
A6	76.17	4.5	18	10
A7	68.06	3.5	10	4
A8	75.04	8	34	9
A9	47.22	4.5	5	3
A10	71.25	2.5	9	2

>TRINITY_DN118499_c5_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTTTTTTTCATATGCAACGGCTTCATTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTG
TGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAG
GGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCG
TCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGATTATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGG
CCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGT
TTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACT
ATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTC

>TRINITY_DN118499_c5_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGGTCACTCTTATATTTTCTTCTGTTGTGAGCTCAGCTGATATTTTAAAATATATATTTGTATTAACGTATCCGATGTTATGCATACGATTT
TGGGATTGCAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGC
TATTGGGTGCATTTTTGgtacagtacattccatttcgtataaagttttctggtttgtatggtttattcagtttaaaaaaagagttaatggtaattgttgtaactaattatgcagctgaattgtgtattatggagcctttctttcaaggagatacccatactaaatatcatcaaataattaagatattccagtgagtttaa
gtatttttaatctcaaaaaagtgtttactgtaattgtattgtctttttggtcgaaataaaattaccatagttttgctttcgtctttcagGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAA
TTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTT
CAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTC

Intron 8 GTTGAGTATT ... GGGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.9	13	12.5	3
A2	45.14	8	6.5	7.5
A3	49.04	9	12	5.5
A4	47.37	5	5	4
A5	86.6	1	3.5	9.5
A6	45.6	7	6.5	6
A7	20.84	7	5	0
A8	52.48	6	4.5	9
A9	67.61	4	3.5	14
A10	34.5	4	5	1

>TRINITY_DN118225_c9_g2_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTTATTTAAATTATATATTTTTATGTTTCTCCTATTAAGTTTGTAGTTCAATGTTTCTCTTATTAAGTTTGTATTTCAATGACATAATGAACCAAGAGGGTGCACGAAGTATTGAAACTTATGAAAGTGTTAATTTATAAATTTATAAAAGTAGAAGGTATTTTAACAAACTAAATTAAGCTGTGACAGCAATTTATT
TTTGAAATTCTATTTATGATAATCCATAAAATAACTTTTCAAACACATAAATTAATATTATACTAGTAACGGATAGGATCACTTTATAAAGGCATGGTAAGAGTTGATACAAGTGGCAAAATGGCTTAGTGGTGGATTTGATAGAGAGAATATGTTAGGATAGAGCTCAATGATTACAGAAATTGAAATTAAGTGTAAAC
TGCCATCTCATTAATTAGTTAATGATATGATTATTTAATTAGTAAAGTCTATTTGTTTCTTAATACTTGCAAACAAGTTAACAGATTTATTTGCCGCCCTCCCATCACTAACTAAGAAGATCCGTCAAATCTTATCCATAGAATACATAATCTTAATTAAAAGCATGCAATGCAGTACGTTGTATCAAAATTACACCTAA
TATGGTATGGTATGGGTTATGGGCTTAATAAGAGAAAATATTTTGAGAGACAGTGTCCGAGGATATTATGGAGTCATGAGTCACAATCATTATCATAATTACAGTTTGAAAACAAAATTCTAAGTTAGATATATATGAGGATCGTGGATTGTGCTTTATAATGTAGCGATTGATTAATATTTGCCTTAATCAATTTATAA
TGTATCAATCAAGGATTGTGCTTTACAACAACGAGGGAGTCATAAACTCAACAACATCTACGAAATCTGAAGAATAGTCGTGTCTTTTCGTTTCGAGGATTTTGAGTTCAATAAATCTATGGATCATATTTTTTACAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTG
TGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAG
TTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTATGTATGTTTTTATTTTTATTTTCACGTTTTTATTGCATATAAAGCAAAATTCGGTGGATTCTGATACCTGGCCCAAGTTTGTTTAATGTAATATTTAAAAAATTAAAATTAAAAATACAATGAAATGTGTAATATCCTTG
GAATCAAGAATAGTAGGATAATCATGTAACCATCTTATCTTCCCTTATTTTAAATGGATTTCTTAGAAATCAAAGTTCAAATAAATTTGGAGTATTGATCCATTTTGCCAGCATTTGAGTTAGATTAGAAGACACTAAAACCTTTAGAACTGGTAACATTTAAAGCTAAACTGATAAGATTTTTAGTTTAATTTTTTAAA
TAAAATAGATTCATTTTCTTATAAGATTATCCTATTCTTAAATCAAAATATATATAAATAATACATTTAAGAGTATAAACACTGGTTTATTCTCACGTTCAATGACCGGCTAAATTATTCCAGAGTTAATTGCTTTGCGAATTCGCTTATACTCTGCAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATG
TGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAAGACTTGAAACCTCGGATTATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGG
TAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGT

>TRINITY_DN118225_c9_g2_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTTTATTTAAATTATATATTTTTATGTTTCTCCTATTAAGTTTGTAGTTCAATGTTTCTCTTATTAAGTTTGTATTTCAATGACATAATGAACCAAGAGGGTGCACGAAGTATTGAAACTTATGAAAGTGTTAATTTATAAATTTATAAAAGTAGAAGGTATTTTAACAAACTAAATTAAGCTGTGACAGCAATTTATT
TTTGAAATTCTATTTATGATAATCCATAAAATAACTTTTCAAACACATAAATTAATATTATACTAGTAACGGATAGGATCACTTTATAAAGGCATGGTAAGAGTTGATACAAGTGGCAAAATGGCTTAGTGGTGGATTTGATAGAGAGAATATGTTAGGATAGAGCTCAATGATTACAGAAATTGAAATTAAGTGTAAAC
TGCCATCTCATTAATTAGTTAATGATATGATTATTTAATTAGTAAAGTCTATTTGTTTCTTAATACTTGCAAACAAGTTAACAGATTTATTTGCCGCCCTCCCATCACTAACTAAGAAGATCCGTCAAATCTTATCCATAGAATACATAATCTTAATTAAAAGCATGCAATGCAGTACGTTGTATCAAAATTACACCTAA
TATGGTATGGTATGGGTTATGGGCTTAATAAGAGAAAATATTTTGAGAGACAGTGTCCGAGGATATTATGGAGTCATGAGTCACAATCATTATCATAATTACAGTTTGAAAACAAAATTCTAAGTTAGATATATATGAGGATCGTGGATTGTGCTTTATAATGTAGCGATTGATTAATATTTGCCTTAATCAATTTATAA
TGTATCAATCAAGGATTGTGCTTTACAACAACGAGGGAGTCATAAACTCAACAACATCTACGAAATCTGAAGAATAGTCGTGTCTTTTCGTTTCGAGGATTTTGAGTTCAATAAATCTATGGATCATATTTTTTACAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTG
TGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGACCTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAG
TTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTATGTATGTTTTTATTTTTATTTTCACGTTTTTATTGCATATAAAGCAAAATTCGGTGGATTCTGATACCTGGCCCAAGTTTGTTTAATGTAATATTTAAAAAATTAAAATTAAAAATACAATGAAATGTGTAATATCCTTG
GAATCAAGAATAGTAGGATAATCATGTAACCATCTTATCTTCCCTTATTTTAAATGGATTTCTTAGAAATCAAAGTTCAAATAAATTTGGAGTATTGATCCATTTTGCCAGCATTTGAGTTAGATTAGAAGACACTAAAACCTTTAGAACTGGTAACATTTAAAGCTAAACTGATAAGATTTTTAGTTTAATTTTTTAAA
TAAAATAGATTCATTTTCTTATAAGATTATCCTATTCTTAAATCAAAATATATATAAATAATACATTTAAGAGTATAAACACTGGTTTATTCTCACGTTCAATGACCGGCTAAATTATTCCAGAGTTAATTGCTTTGCGAATTCGCTTATACTCTGCAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATG
TGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGGTCCACTTAATATATATATTTTCAATGCATTGCATTGTGCATAGTATAACGCTGTATTGTTTATATCGTACACGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTG
AGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAgttgagtattgtcacaggcacggagttatacacaggtcactcttatattttcttctgttgtgagctcagctgatattttaaaatatatatttgtattaacgtatccgatgttatgcatacgattttgggattgcagAGACTTGAAACCTCGG
ATTATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTAGGTGTTTGAATTAGTCGAACATTAATTTTTTTGCGTGGAAATACCTGAAACTTGGGATAGTGATTATTCTAATTAAATTAGGGTTTCTAAATTCTAATTCA
CTATCGAATGCAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTAT
GCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGA
AGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTCCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAA
ATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCG
TCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTCAATTTCTTTTGTTTTTTACAAATATATTTTTATTATAGGTTTTTAATAGTTATAAAAATATTAATATTAAATTAAATACTTAAAAATTTAAAAATATTTTTCATAATTTTAAAATATATTAAAATTTTAA

Intron 9 GTCACTCTTA ... GGGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.28	13.9	6.3	3
A2	29.1	20.6	6	10
A3	71.09	2.8	8	5.3
A4	34.62	10.8	5.6	5.7
A5	42.91	10.2	5.3	10
A6	30.49	13.8	4	8
A7	0	8.4	0	0
A8	43.66	11.5	7.6	10
A9	49	11.1	4	17
A10	7.49	13.8	1	1

>TRINITY_DN118499_c5_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

CGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAA
GTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTA
ACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAAC
TCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGA
TTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAA
ATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTC

>TRINITY_DN118499_c5_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGgtcactcttatattttcttctgttgtgagctcagctgatattttaaaatatatatttgtattaacgtatccgatgttatgcatacgattt
tgggattgcagAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGC
TATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAA
GTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAA
TTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTT
CAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTC

Intron 10 GCACGGAGTT ... GGGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.63	19	2	3
A2	22.39	26	5	10
A3	42.86	8	7	5
A4	25	12	2	6
A5	35.48	10	1	10
A6	27.27	16	4	8
A7	0	15	0	0
A8	35	13	4	10
A9	40.91	13	1	17
A10	2.7	18	0	1

>TRINITY_DN118499_c5_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTTTTTTTCATATGCAACGGCTTCATTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTG
TGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAG
GGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGAC
CTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTTGATGGCGGTTGAAAC
CGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGAGACTTGAAACCTCGGATTATATTAGTGAATT
TAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAA
GTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGT
ATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAAT
TTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTA
ATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTC

>TRINITY_DN118499_c5_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGgcacggagttatacacaggtcactcttatattttcttctgttgtgagctcagctgatattttaaaatatatatttgtattaacgtatccgatgttatgcatacgattt
tgggattgcagAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGC
TATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAA
GTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAA
TTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTT
CAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTC

Intron 11 GTCCACTTAA ... GTTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.65	27.1	8	18.2
A2	27.53	29	14	7.8
A3	36.26	11.1	7	5.9
A4	41.27	17.5	14	10.4
A5	60.8	3.8	6	5.7
A6	33.29	14.5	7	7.4
A7	11.73	17.5	2	2.8
A8	30.91	10.8	3	6.8
A9	21.75	10.8	4	2
A10	30.18	22.1	11	7.8

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCATCTTCTAACGGTTGCATCTGCTGACGCATGTGCTTTTTGCATTTATTCATTGAGAGAGAGAACAACTTTTTTTTCATATGCAACGGCTTCATTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTG
TGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTGTGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAG
GAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAGGGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTA
TGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATG
GGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCA
AATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAATCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGC
CTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATG
TTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGA
CTTTCAATTTCTTTTGTTTTTTACAAATATATTTTTATTATAGGTTTTTAATAGTTATAAAAATATTAATATTAAATTAAATACTTAAAAATT

>TRINITY_DN117249_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTGTATTATATAATATATTGTTTATTAAATATTTCCACATATAATGTATTGTTTGTTAAGTATTTCTATGTTGTATGTTTATTTTCATTTGGTTTATTCACTTGTAGTATTATATATATTTTATTTAAATTATATATTTTTATGTTTCTCCTATTAAGTTTGTAGTTCAATGTTTCTCTTATTAAGTTTGTATTTCAAT
GACATAATGAACCAAGAGGGTGCACGAAGTATTGAAACTTATGAAAGTGTTAATTTATAAATTTATAAAAGTAGAAGGTATTTTAACAAACTAAATTAAGCTGTGACAGCAATTTATTTTTGAAATTCTATTTATGATAATCCATAAAATAACTTTTCAAACACATAAATTAATATTATACTAGTAACGGATAGGATCAC
TTTATAAAGGCATGGTAAGAGTTGATACAAGTGGCAAAATGGCTTAGTGGTGGATTTGATAGAGAGAATATGTTAGGATAGAGCTCAATGATTACAGAAATTGAAATTAAGTGTAAACTGCCATCTCATTAATTAGTTAATGATATGATTATTTAATTAGTAAAGTCTATTTGTTTCTTAATACTTGCAAACAAGTTAAC
AGATTTATTTGCCGCCCTCCCATCACTAACTAAGAAGATCCGTCAAATCTTATCCATAGAATACATAATCTTAATTAAAAGCATGCAATGCAGTACGTTGTATCAAAATTACACCTAATATGGTATGGTATGGGTTATGGGCTTAATAAGAGAAAATATTTTGAGAGACAGTGTCCGAGGATATTATGGAGTCATGAGTC
ACAATCATTATCATAATTACAGTTTGAAAACAAAATTCTAAGTTAGATATATATGAGGATCGTGGATTGTGCTTTATAATGTAGCGATTGATTAATATTTGCCTTAATCAATTTATAATGTATCAATCAAGGATTGTGCTTTACAACAACGAGGGAGTCATAAACTCAACAACATCTACGAAATCTGAAGAATAGTCGTG
TCTTTTCGTTTCGAGGATTTTGAGTTCAATAAATCTATGGATCATATTTTTTACAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGACCTACTAG
ACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTATGTATGTTTTTATTTTTATTTT
CACGTTTTTATTGCATATAAAGCAAAATTCGGTGGATTCTGATACCTGGCCCAAGTTTGTTTAATGTAATATTTAAAAAATTAAAATTAAAAATACAATGAAATGTGTAATATCCTTGGAATCAAGAATAGTAGGATAATCATGTAACCATCTTATCTTCCCTTATTTTAAATGGATTTCTTAGAAATCAAAGTTCAAAT
AAATTTGGAGTATTGATCCATTTTGCCAGCATTTGAGTTAGATTAGAAGACACTAAAACCTTTAGAACTGGTAACATTTAAAGCTAAACTGATAAGATTTTTAGTTTAATTTTTTAAATAAAATAGATTCATTTTCTTATAAGATTATCCTATTCTTAAATCAAAATATATATAAATAATACATTTAAGAGTATAAACAC
TGGTTTATTCTCACGTTCAATGACCGGCTAAATTATTCCAGAGTTAATTGCTTTGCGAATTCGCTTATACTCTGCAGGTTGATGGCGGTTGAAACCGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACT
ACCGCCCATGATCGTCAAGgtccacttaatatatatattttcaatgcattgcattgtgcatagtataacgctgtattgtttatatcgtacacgaattataatttttattttgttgttgagaatatcgctgttgttgcagAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACA
GAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGC
ATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGTGAGTTTAAGTATTTTTAA
TCTCAAAAAAGTGTTTACTGTAATTGTATTGTCTTTTTGGTCGAAATAAAATTACCATAGTTTTGCTTTCGTCTTTCAGGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAA
TGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAA
CGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTCAATTTCTTTTGTTTTTTACAAATATATTTTTAT
TATAGGTTTTTAATAGTTATAAAAATATTAATATTAAATTAAATACTTAAAAATT

Intron 12 GTGAGTTTAA ... CGTCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.21	4.5	5	8
A2	77.78	2	5	9
A3	66.49	7	12	15
A4	68.33	3.5	8	7
A5	46.66	2	3	0
A6	60.21	4.5	3	10
A7	46.56	6.5	7	4
A8	81.85	2.5	12	9
A9	33.2	9.5	6	3
A10	34.28	8	6	2

>TRINITY_DN118499_c5_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTTTTTTTCATATGCAACGGCTTCATTGTAGAAAGAGGAGCAAGGGCAGAAAATCATCTATCCGTTGGAAGGAAGGATATTTATATCAAACAATTTAACATTTACCTTCTCCTTTATCCATGCTCTTCTGTGTTTGTGTGATTGGGTTTCTGGGTTTGAGTGGAATATGAATCTGTGATAACGTGTCTTAGTCTGTGTG
TGGTTTAATGTCTGAGTGACTTTGTATGATTGGGTTTCCGTGATTGAATGGAATATGAGTCTGTGTGTGGCCGGGTGTCTGAATATGATTGTGATTTAATGTCTGAATCTGGCGGCCAATATGTGATAGAGGAGGATATTCTGAAATAGGGTCAATGAATTTCGGCTGGCTGGATTGGAATGGAGGAAAACGAGCTTCAG
GGGAATCGAGGACGCAGTTGACAAGAATGATTTGTCTCGATATTTTTGGGGCTTCACTTCTAGGCAAATCATATCCACATTGTGCAGTAGATTGCATCTGTAAATATTTCTCGTATCTTCGCCTGTGAAGCCATTTTGATTTCTCAACGATTCTGCCGATCTCCTATCTTTTGTCTAAAGTAAACATGGAGAAGTATGAC
CTACTAGACAAAATCGGAGAGGGATCATATGGGAAGGTTTTCAAGGGTAGAGTCAGAGCAACAGGTCAGATGGTGGCTCTCAAGAGAACATGTTCCCAGTTCAATGGCGAAGGGGTTCCTTCCAGTTCTCTCAGAGAAATCGCAAATCTCAAGTTGCTCTCCCGTGGTGAAAACATTGTCAAGTTGATGGCGGTTGAAAC
CGACGACAGTGAAGGTGGAAATGTGGCGCTATATATGGTATTTGAATTTATGGACTGTGACCTTCGAGATTTCTATCACAGATATTTAACCAACTATGAATCACTACCGCCCATGATCGTCAAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGAGACTTGAAACCTCGGATTATATTAGTGAATT
TAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAAGTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAA
GTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTAACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAGGTAATAGGAACTCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGT
ATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGATTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAAT
TTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAAATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTA
ATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTC

>TRINITY_DN118499_c5_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGAATTATAATTTTTATTTTGTTGTTGAGAATATCGCTGTTGTTGCAGAACATTATGCATCAGCTGCTTAAGGGAGTTGAGTATTGTCACAGGCACGGAGTTATACACAGAGACTTGAAACCTCGGAATATATTAGTGAATTTAGAGGCGGGACTGGTAAAGGTTGCAGATATGGGGCTTGGTAGAGTTCTACATAAGAA
GTTCGGGTCTTATACCGAAGAGGTTGCAACTCTATGGTATAGGCCTCCTGAATTGCTGCTCGGAGAAACGGACTATAACTTTGCAATTGACATTTGGGCTATTGGGTGCATTTTTGGTACAGTACATTCCATTTCGTATAAAGTTTTCTGGTTTGTATGGTTTATTCAGTTTAAAAAAAGAGTTAATGGTAATTGTTGTA
ACTAATTATGCAGCTGAATTGTGTATTATGGAGCCTTTCTTTCAAGGAGATACCCATACTAAATATCATCAAATAATTAAGATATTCCAgtgagtttaagtatttttaatctcaaaaaagtgtttactgtaattgtattgtctttttggtcgaaataaaattaccatagttttgctttcgtctttcagGGTAATAGGAAC
TCCCAATGAAGAATTATGGCCCGGAGTAAGTCAGCTTAAGTATTGGAGTGCTGAATTTCCTAAGTTTAGGCCTCGGGATTTGGGACATCTCATTCCAAATTTAGATGAATGTGGTTTGGACTTGTTATCAGTAAGATACTCTGCTTTAAGATTCGCGAAGTCATTATTATTTTTACTTATTTAAGACTAAATAAATTTGA
TTGCCATAAATATATCTTCTTTTAGAAATGCTTATGTAAATTTTAATAAAAAAAAAATTATGCAGAAAATGTTTCAACATGAACCTTCCAGAAGAATTTCAGCCAGGAACGCACTATCCCATCCCTACTTTTTTTACGTCGATACTTGCCTAAACATCTCATATTAACTATGGGTGTAAATAATTTATTTTTAATTTTAA
ATCTCTCCGTCTTACACCTGCGGAAGGCGGGATCTATAGTAATCCCTGAGCGGTCAAAGTTCTGTTACTGACTTTC