NA ----> NA


Intron 1 GTATTTATCT ... TTTTTCCCAG

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>TRINITY_DN114401_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
CCTTAACATTAAGGTTTGGTGTGTTGGGGGTAGTGGCCCATGATGAGTCTGGGCAGAAACAGGTAAACATCAAATTTAAAATAGAACACTGACATTGAGATGTTTGTGAATATGCATGGAAGACAGGACAAGGATACAGTAGTTGTCTGATGACCTCACATTACTTTTATATCAGCACAACATTTTTCTTGAATGCCATA
ATTCATGCTGTTATTTTTCTAATCTTAAATCTGACACCAAGCAATGGTGTATGTGGTGGTATTCCTGCCCCCAGGATTTCTTTTGTGAAGGCATAATCCCCTCTGGGGTATTGATTTTGCCTCACGGCTTTCACCTGGGCAGCGTTTGGGTATTGATTTTGCCTCATATTTTCACTTGAGGCAGCACTTAGCGTTGATTT
TGTCTCCGATTATCATCTGGGCAGCACTCAGGCATTGATTTTGATTTTACCCCATGACTTTCAGTTGGGCAGCGCTTGGGTATTGATTTTGCCTCATGATTTGGGCTGTTTCTGGGATGGGAAGCCTATTGGAGATTGATTTTACTTTAAGCTTTTTGCTTTTGTGCCGTGTATTTTCATGGTTTTCCCATTAAAATTTT
CTTTTGGGCAGTGCCTTTTTTCCAAATTTGTCTGACAACTTCCTGTTGAGCAGTGTGTTTGCCCATCAATTTCTTTGTGGGTACTGTCTCTTTCATATAACCTCGTTGTATTTTGTGTTTTTCTGGGATGTGGGCAGTCATTTTTTGGTGAGTTTTAGACAGTCTGCCATATATTTTCCCTTTCTCAGTGTTCGCTCAAG
CGCGAACTAGGTTTTAGGTGTTCGGTATATGCCATCAGGACCATGGTCGAGCAATGTTTTATTCCCGAAGAAAATCGGTCCTCCCGGGCACGCAAATGATAAGGCACTTTGCTGTTTGAGTTAGTCGGGGATTGGAGTATTGGCGAAATCTAAATACCCTTCTTGATATAGACCGCCCTGTTGGAGCAACCATGCCTGAA
GCCCTGGAATTTGTTTCCAGGGATTGGGATTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGATTGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCCAATCAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGA
TGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGAGATTTTTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTTGGGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATTGAGAAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAA
AGGATGACAGTGATGATAAGAGAAGGCAGGAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATCCATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGGAGCGGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGT
GGGGGTGAAATGGAATATGAAGAGCAACAGGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCAATGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCCCCGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACA
GGATGATGGAGATGCGAATTATGGAACTCAAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTGAATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGGGATAATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATA
GAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCATGAGCTTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAATGGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAGTGGGTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACT
GGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAATATTGAAAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGGTAAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCACATATTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCT
GCAAATTCCAGTCACTCTTAGTATGATGTGGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATTTCACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATGGTTCATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATC
AACCAGTAATGCAGCCAGCAAATCCAGCTATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAACAACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAACTTCCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCA
GAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTTCCTGGGTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGTTGAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGGAGCTAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTAC
TAGGAATCATTTTGGTTTGATTGAAAGTTACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTCTAAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTACGCTGACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCT
TGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAATGCCATATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACAACATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACCATTCTATTAATGGTTCGTCATTCAGTTCAAAATGCCGGTTGAGCTG
TATGGTATATGTCAATTCATGTTTTAGTAATTCTATGAGACTGCAGAGGCTGAAATTTGGAGTTGTGTTTCCATTTTTTTTATTTTCT


>TRINITY_DN114401_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCTTAACATTAAGGTTTGGTGTGTTGGGGGTAGTGGCCCATGATGAGTCTGGGCAGAAACAGGTAAACATCAAATTTAAAATAGAACACTGACATTGAGATGTTTGTGAATATGCATGGAAGACAGGACAAGGATACAGTAGTTGTCTGATGACCTCACATTACTTTTATATCAGCACAACATTTTTCTTGAATGCCATA
ATTCATGCTGTTATTTTTCTAATCTTAAATCTGACACCAAGCAATGGTGTATGTGGTGGTATTCCTGCCCCCAGGATTTCTTTTGTGAAGGCATAATCCCCTCTGGGGTATTGATTTTGCCTCACGGCTTTCACCTGGGCAGCGTTTGGGTATTGATTTTGCCTCATATTTTCACTTGAGGCAGCACTTAGCGTTGATTT
TGTCTCCGATTATCATCTGGGCAGCACTCAGGCATTGATTTTGATTTTACCCCATGACTTTCAGTTGGGCAGCGCTTGGGTATTGATTTTGCCTCATGATTTGGGCTGTTTCTGGGATGGGAAGCCTATTGGAGATTGATTTTACTTTAAGCTTTTTGCTTTTGTGCCGTGTATTTTCATGGTTTTCCCATTAAAATTTT
CTTTTGGGCAGTGCCTTTTTTCCAAATTTGTCTGACAACTTCCTGTTGAGCAGTGTGTTTGCCCATCAATTTCTTTGTGGGTACTGTCTCTTTCATATAACCTCGTTGTATTTTGTGTTTTTCTGGGATGTGGGCAGTCATTTTTTGGTGAGTTTTAGACAGTCTGCCATATATTTTCCCTTTCTCAGTGTTCGCTCAAG
CGCGAACTAGGTTTTAGGTGTTCGGTATATGCCATCAGGACCATGGTCGAGCAATGTTTTATTCCCGAAGAAAATCGGTCCTCCCGGGCACGCAAATGATAAGgtatttatcttatggttcaattttaaatctggtagttgtagtattttaaagcacaatttttcttcctttaaagaagcaacccaaaaactattcttgt
cctctggattcactggatagtttttcccag
GCACTTTGCTGTTTGAGTTAGTCGGGGATTGGAGTATTGGCGAAATCTAAATACCCTTCTTGATATAGACCGCCCTGTTGGAGCAACCATGCCTGAAGCCCTGGAATTTGTTTCCAGGGATTGGGATTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGA
TTGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCCAATCAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGATGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGAGATTTTTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTT
GGGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATTGAGAAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAAAGGATGACAGTGATGATAAGAGAAGGCAGGAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATC
CATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGGAGCGGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGTGGGGGTGAAATGGAATATGAAGAGCAACAGGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCA
ATGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCCCCGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACAGGATGATGGAGATGCGAATTATGGAACTCAAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTG
AATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGGGATAATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATAGAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCATGAGCTTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAA
TGGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAGTGGGTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACTGGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAATATTGAAAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGG
TAAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCACATATTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCTGCAAATTCCAGTCACTCTTAGTATGATGTGGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATT
TCACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATGGTTCATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATCAACCAGTAATGCAGCCAGCAAATCCAGCTATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAA
CAACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAACTTCCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCAGAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTTCCTGGGTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGT
TGAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGGAGCTAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTACTAGGAATCATTTTGGTTTGATTGAAAGTTACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTC
TAAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTACGCTGACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCTTGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAATGCCATATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACA
ACATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACCATTCTATTAATGGTTCGTCATTCAGTTCAAAATGCCGGTTGAGCTGTATGGTATATGTCAATTCATGTTTTAGTAATTCTATGAGACTGCAGAGGCTGAAATTTGGAGTTGTGTTTCCA
TTTTTTTTATTTTCT




Intron 2 GTATTTATCT ... CTTGATATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A155.0959.55393
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>TRINITY_DN109351_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
CAAAGTACTGGGGTGCCCTATAAACACTTTAAGAGCAAACCGTACCTTAACATTAAGGTTTGGTGTGTTGGGGGTAGTGGCCCATGATGAGTCTGGGCAGAAACAGGTAAACATCAAATTTAAAATAGAACACTGACATTGAGATGTTTGTGAATATGCATGGAAGACAGGACAAGGATACAGTAGTTGTCTGATGACCT
CACATTACTTTTATATCAGCACAACATATTTCTTGAATGCCATAATTCATGCTGTTATTTTTCTAATCTTAAATCTGACACCAAGCAATGGTGTATGTGGTGGTATTCCTGCCCCCAGGATTTCTTTTGTGAAGGCATAATCCCCTCTGGGGTATTGATTTTGCCTCACGGCTTTCACCTGGGCAGCGTTTGGGTATTGA
TTTTGCCTCATATTTTCACTTGAGGCAGCACTTAGCGTTGATTTTGTCTCCGATTATCATCTGGGCAGCACTCAGGCATTGATTTTGATTTTACCCCATGACTTTCAGTTGGGCAGCGCTTGGGTATTGATTTTGCCTCATGATTTGGGCTGTTTCTGGGATGGGAAGCCTATTGGAGATTGATTTTACTTTAAGCTTTT
TGCTTTTGTGCCGTGTATTTTCATGGTTTTCCCATTAAAATTTTCTTTTGGGCAGTGCCTTTTTTCCAAATTTGTCTGACAACTTCCTGTTGAGCAGTGTGTTTGCTCATCAATTTCCTTGTGGGTACTGTCTCGTTCATATAACCTCGTTGTATTTTGTGTTTTTCTGGGATGTGGGCAGTCATTTTTTGGTGAGTTTT
AGACAGTCTGCCATATATCTGCCCTTTCTCAGTGTTCGCTCAAGCGCGAACTAGGTTTTAGGTGTTCGGTATATGCCATCAGGACCATGGTCGAGCAATGTTTTATTCCCGAAGAAAATCAGTCCTCCCGGGCACGCAAATGATAAGACCGCCCTGTTGGAGCAACCATGCCTGAAGCCCTGGAATTTGTTTCCAGGGAT
TGGGATTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGATTGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCCAATCAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGATGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGA
GATTTTTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTTGGGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATTGAGAAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAAAGGATGACAGTGATGATAAGAGAA
GGCAGGAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATCCATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGGAGCGGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGTGGGGGTGAAATGGAATATGAAGAG
CAACAGGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCAATGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCCCCGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACAGGATGATGGAGATGCGAATTATGG
AACTCAAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTGAATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGGGATAATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATAGAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCA
TGAGCTTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAATGGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAGTGGGTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACTGGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAAT
ATTGAAAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGGTAAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCACATATTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCTGCAAATTCCAGTCACTCTTAGTAT
GATGTGGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATTTCACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATGGTTCATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATCAACCAGTAATGCAGCCAGCAAATC
CAGCTATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAACAACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAACTTCCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCAGAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTT
CCTGGGTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGTTGAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGGAGCTAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTACTAGGAATCATTTTGGTTTGATTGA
AATTTACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTCTAAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTACGCTGACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCTTGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAA
TGCCATATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACAACATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACCATTCTATTAATGGTTCGTCATTCAGTTCAAAATGCCGGTTGAGCTGTATGGTATATGTCA


>TRINITY_DN109351_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:
CAAAGTACTGGGGTGCCCTATAAACACTTTAAGAGCAAACCGTACCTTAACATTAAGGTTTGGTGTGTTGGGGGTAGTGGCCCATGATGAGTCTGGGCAGAAACAGGTAAACATCAAATTTAAAATAGAACACTGACATTGAGATGTTTGTGAATATGCATGGAAGACAGGACAAGGATACAGTAGTTGTCTGATGACCT
CACATTACTTTTATATCAGCACAACATATTTCTTGAATGCCATAATTCATGCTGTTATTTTTCTAATCTTAAATCTGACACCAAGCAATGGTGTATGTGGTGGTATTCCTGCCCCCAGGATTTCTTTTGTGAAGGCATAATCCCCTCTGGGGTATTGATTTTGCCTCACGGCTTTCACCTGGGCAGCGTTTGGGTATTGA
TTTTGCCTCATATTTTCACTTGAGGCAGCACTTAGCGTTGATTTTGTCTCCGATTATCATCTGGGCAGCACTCAGGCATTGATTTTGATTTTACCCCATGACTTTCAGTTGGGCAGCGCTTGGGTATTGATTTTGCCTCATGATTTGGGCTGTTTCTGGGATGGGAAGCCTATTGGAGATTGATTTTACTTTAAGCTTTT
TGCTTTTGTGCCGTGTATTTTCATGGTTTTCCCATTAAAATTTTCTTTTGGGCAGTGCCTTTTTTCCAAATTTGTCTGACAACTTCCTGTTGAGCAGTGTGTTTGCCCATCAATTTCTTTGTGGGTACTGTCTCTTTCATATAACCTCGTTGTATTTTGTGTTTTTCTGGGATGTGGGCAGTCATTTTTTGGTGAGTTTT
AGACAGTCTGCCATATATTTTCCCTTTCTCAGTGTTCGCTCAAGCGCGAACTAGGTTTTAGGTGTTCGGTATATGCCATCAGGACCATGGTCGAGCAATGTTTTATTCCCGAAGAAAATCAGTCCTCCCGGGCACGCAAATGATAAGgtatttatcttatggttcaattttaaatctggtagttgtagtattttaaagca
caatttttcttcctttaaagaagcaacccaaaaactattcttgtcctctggattcactggatagtttttcccaggcactttgctgtttgagttagtcggggattggagtattggcgaaatctaaatacccttcttgatatag
ACCGCCCTGTTGGAGCAACCATGCCTGAAGCCCTGGAATTTGTTTCCAGGGATTGGGA
TTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGATTGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCCAATCAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGATGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGAGATTT
TTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTTGGGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATTGAGAAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAAAGGATGACAGTGATGATAAGAGAAGGCAG
GAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATCCATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGGAGCGGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGTGGGGGTGAAATGGAATATGAAGAGCAACA
GGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCAATGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCCCCGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACAGGATGATGGAGATGCGAATTATGGAACTC
AAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTGAATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGGGATAATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATAGAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCATGAGC
TTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAATGGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAGTGGGTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACTGGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAATATTGA
AAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGGTAAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCACATATTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCTGCAAATTCCAGTCACTCTTAGTATGATGT
GGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATTTCACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATGGTTCATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATCAACCAGTAATGCAGCCAGCAAATCCAGCT
ATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAACAACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAACTTCCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCAGAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTTCCTGG
GTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGTTGAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGGAGCTAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTACTAGGAATCATTTTGGTTTGATTGAAATTT
ACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTCTAAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTACGCTGACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCTTGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAATGCCA
TATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACAACATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACCATTCTATTAATGGTTCGTCATTCAGTTCAAAATGCCGGTTGAGCTGTATGGTATATGTCA




Intron 3 GCACTTTGCT ... CTTGATATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A166.8559.3114.3125
A267.5333.76575
A376.273694137.3
A475.9226.36898
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>TRINITY_DN109351_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
CAAAGTACTGGGGTGCCCTATAAACACTTTAAGAGCAAACCGTACCTTAACATTAAGGTTTGGTGTGTTGGGGGTAGTGGCCCATGATGAGTCTGGGCAGAAACAGGTAAACATCAAATTTAAAATAGAACACTGACATTGAGATGTTTGTGAATATGCATGGAAGACAGGACAAGGATACAGTAGTTGTCTGATGACCT
CACATTACTTTTATATCAGCACAACATATTTCTTGAATGCCATAATTCATGCTGTTATTTTTCTAATCTTAAATCTGACACCAAGCAATGGTGTATGTGGTGGTATTCCTGCCCCCAGGATTTCTTTTGTGAAGGCATAATCCCCTCTGGGGTATTGATTTTGCCTCACGGCTTTCACCTGGGCAGCGTTTGGGTATTGA
TTTTGCCTCATATTTTCACTTGAGGCAGCACTTAGCGTTGATTTTGTCTCCGATTATCATCTGGGCAGCACTCAGGCATTGATTTTGATTTTACCCCATGACTTTCAGTTGGGCAGCGCTTGGGTATTGATTTTGCCTCATGATTTGGGCTGTTTCTGGGATGGGAAGCCTATTGGAGATTGATTTTACTTTAAGCTTTT
TGCTTTTGTGCCGTGTATTTTCATGGTTTTCCCATTAAAATTTTCTTTTGGGCAGTGCCTTTTTTCCAAATTTGTCTGACAACTTCCTGTTGAGCAGTGTGTTTGCTCATCAATTTCCTTGTGGGTACTGTCTCGTTCATATAACCTCGTTGTATTTTGTGTTTTTCTGGGATGTGGGCAGTCATTTTTTGGTGAGTTTT
AGACAGTCTGCCATATATCTGCCCTTTCTCAGTGTTCGCTCAAGCGCGAACTAGGTTTTAGGTGTTCGGTATATGCCATCAGGACCATGGTCGAGCAATGTTTTATTCCCGAAGAAAATCAGTCCTCCCGGGCACGCAAATGATAAGACCGCCCTGTTGGAGCAACCATGCCTGAAGCCCTGGAATTTGTTTCCAGGGAT
TGGGATTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGATTGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCCAATCAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGATGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGA
GATTTTTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTTGGGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATTGAGAAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAAAGGATGACAGTGATGATAAGAGAA
GGCAGGAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATCCATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGGAGCGGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGTGGGGGTGAAATGGAATATGAAGAG
CAACAGGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCAATGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCCCCGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACAGGATGATGGAGATGCGAATTATGG
AACTCAAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTGAATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGGGATAATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATAGAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCA
TGAGCTTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAATGGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAGTGGGTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACTGGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAAT
ATTGAAAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGGTAAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCACATATTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCTGCAAATTCCAGTCACTCTTAGTAT
GATGTGGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATTTCACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATGGTTCATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATCAACCAGTAATGCAGCCAGCAAATC
CAGCTATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAACAACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAACTTCCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCAGAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTT
CCTGGGTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGTTGAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGGAGCTAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTACTAGGAATCATTTTGGTTTGATTGA
AATTTACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTCTAAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTACGCTGACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCTTGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAA
TGCCATATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACAACATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACCATTCTATTAATGGTTCGTCATTCAGTTCAAAATGCCGGTTGAGCTGTATGGTATATGTCA


>TRINITY_DN109351_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:
CAAAGTACTGGGGTGCCCTATAAACACTTTAAGAGCAAACCGTACCTTAACATTAAGGTTTGGTGTGTTGGGGGTAGTGGCCCATGATGAGTCTGGGCAGAAACAGGTAAACATCAAATTTAAAATAGAACACTGACATTGAGATGTTTGTGAATATGCATGGAAGACAGGACAAGGATACAGTAGTTGTCTGATGACCT
CACATTACTTTTATATCAGCACAACATATTTCTTGAATGCCATAATTCATGCTGTTATTTTTCTAATCTTAAATCTGACACCAAGCAATGGTGTATGTGGTGGTATTCCTGCCCCCAGGATTTCTTTTGTGAAGGCATAATCCCCTCTGGGGTATTGATTTTGCCTCACGGCTTTCACCTGGGCAGCGTTTGGGTATTGA
TTTTGCCTCATATTTTCACTTGAGGCAGCACTTAGCGTTGATTTTGTCTCCGATTATCATCTGGGCAGCACTCAGGCATTGATTTTGATTTTACCCCATGACTTTCAGTTGGGCAGCGCTTGGGTATTGATTTTGCCTCATGATTTGGGCTGTTTCTGGGATGGGAAGCCTATTGGAGATTGATTTTACTTTAAGCTTTT
TGCTTTTGTGCCGTGTATTTTCATGGTTTTCCCATTAAAATTTTCTTTTGGGCAGTGCCTTTTTTCCAAATTTGTCTGACAACTTCCTGTTGAGCAGTGTGTTTGCTCATCAATTTCCTTGTGGGTACTGTCTCGTTCATATAACCTCGTTGTATTTTGTGTTTTTCTGGGATGTGGGCAGTCATTTTTTGGTGAGTTTT
AGACAGTCTGCCATATATCTGCCCTTTCTCAGTGTTCGCTCAAGCGCGAACTAGGTTTTAGGTGTTCGGTATATGCCATCAGGACCATGGTCGAGCAATGTTTTATTCCCGAAGAAAATCAGTCCTCCCGGGCACGCAAATGATAAGgcactttgctgtttgagttagtcggggattggagtattggcgaaatctaaata
cccttcttgatatag
ACCGCCCTGTTGGAGCAACCATGCCTGAAGCCCTGGAATTTGTTTCCAGGGATTGGGATTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGATTGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCCAA
TCAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGATGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGAGATTTTTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTTGGGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATTGA
GAAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAAAGGATGACAGTGATGATAAGAGAAGGCAGGAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATCCATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGGAG
CGGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGTGGGGGTGAAATGGAATATGAAGAGCAACAGGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCAATGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCCCC
GGTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACAGGATGATGGAGATGCGAATTATGGAACTCAAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTGAATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGGGA
TAATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATAGAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCATGAGCTTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAATGGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAGTG
GGTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACTGGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAATATTGAAAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGGTAAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCACAT
ATTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCTGCAAATTCCAGTCACTCTTAGTATGATGTGGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATTTCACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATGGT
TCATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATCAACCAGTAATGCAGCCAGCAAATCCAGCTATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAACAACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAACT
TCCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCAGAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTTCCTGGGTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGTTGAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGGAG
CTAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTACTAGGAATCATTTTGGTTTGATTGAAATTTACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTCTAAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTACGC
TGACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCTTGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAATGCCATATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACAACATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACCAT
TCTATTAATGGTTCGTCATTCAGTTCAAAATGCCGGTTGAGCTGTATGGTATATGTCA




Intron 4 GTATTTATCT ... TTGGTTCCAG

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>TRINITY_DN102257_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
AAAGTACTGGGGTGCCCTATAAACACTTTAAGAGCAAACCGTACCTTAACATTAAGGTTTGGTGTGTTGGGGGTAGTGGCCCATGATGAGTCTGGGCAGAAACAGGTAAACATCAAATTTAAAATAGAACACTGACATTGAGATGTTTGTGAATATGCATGGAAGACAGGACAAGGATACAGTAGTTGTCTGATGACCTC
ACATTACTTTTATATCAGCACAACATATTTCTTGAATGCCATAATTCATGCTGTTATTTTTCTAATCTTAAATCTGACACCAAGCAATGGTGTATGTGGTGGTATTCCTGCCCCCAGGATTTCTTTTGTGAAGGCATAATCCCCTCTGGGGTATTGATTTTGCCTTACGGCTTTCACCTGGGCAGCGTTTGGGTATTGAT
TTTGCCTCATATTTTCACTTGAGGCAGCACTTAGCGTTGATTTTGTCTCCGATTATCATCTGGGCAGCACTCAGGCATTGATTTTGATTTTACCCCATGACTTTCAGTTGGGCAGCGCTTGGGTATTGATTTTGCCTCATGATTTGGGCTGTTTCTGGGATGGGAAGCCTATTGGAGATTGATTTTACTTTAAGCTTTTT
GCTTTTGTGCCGTGTATTTTCATGGTTTTCCCATTAAAATTTTCTTTTGGGCAGTGCCTTTTTTCCAAATTTGTCTGACAACTTCCTGTTGAGCAGTGTGTTTGCTCATCAATTTCCTTGTGGGTACTGTCTCGTTCATATAACCTCGTTGTATTTTGTGTTTTTCTGGGATGTGGGCAGTCATTTTTTGGTGAGTTTTA
GACAGTCTGCCATATATCTGCCCTTTCTCAGTGTTCGCTCAAGCGCGAACTAGGTTTTAGGTGTTCGGTATATGCCATCAGGACCATGGTCGAGCAATGTTTTATTCCCGAAGAAAATCAGTCCTCCCGGGCACGCAAATGATAAGGGATTGGGATTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGAT
TGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCCAATCAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGATGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGAGATTTTTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTTG
GGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATTGAGAAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAAAGGATGACAGTGATGATAAGAGAAGGCAGGAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATCC
ATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGGAGCGGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGTGGGGGTGAAATGGAATATGAAGAGCAACAGGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCAA
TGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCCCCGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACAGGATGATGGAGATGCGAATTATGGAACTCAAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTGA
ATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGGGATAATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATAGAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCATGAGCTTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAAT
GGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAGTGGGTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACTGGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAATATTGAAAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGGT
AAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCACATATTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCTGCAAATTCCAGTCACTCTTAGTATGATGTGGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATTT
CACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATGGTTCATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATCAACCAGTAATGCAGCCAGCAAATCCAGCTATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAAC
AACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAACTTCCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCAGAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTTCCTGGGTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGTT
GAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGGAGCTAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTACTAGGAATCATTTTGGTTTGATTGAAAGTTACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTCT
AAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTACGCTGACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCTTGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAATGCCATATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACAA
CATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACCATTCTATTAATGGTTCGTCATTCACTTCAAAATGCC


>TRINITY_DN102257_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TCCCGGGCACGCAAATGATAAGgtatttatcttatggttcaattttaaatctggtagttgtagtattttaaagcacaatttttcttcctttaaagaagcaatccaaaaactattcttgtcctctggattcactggatagtttttcccaggcactttgctgtttgagttagtcggggattggagtattggcgaaatctaaa
tacccttcttgatatagaccgccctgttggagcaaccatgcctgaagccctggaatttggttccag
GGATTGGGATTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGATTGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCC
AATCAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGATGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGAGATTTTTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTTGGGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATT
GAGAAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAAAGGATGACAGTGATGATAAGAGAAGGCAGGAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATCCATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGG
AGCGGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGTGGGGGTGAAATGGAATATGAAGAGCAACAGGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCAATGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCC
CCGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACAGGATGATGGAGATGCGAATTATGGAACTCAAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTGAATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGG
GATAATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATAGAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCATGAGCTTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAATGGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAG
TGGGTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACTGGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAATATTGAAAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGGTAAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCAC
ATATTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCTGCAAATTCCAGTCACTCTTAGTATGATGTGGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATTTCACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATG
GTTCATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATCAACCAGTAATGCAGCCAGCAAATCCAGCTATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAACAACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAA
CTTCCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCAGAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTTCCTGGGTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGTTGAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGG
AGCTAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTACTAGGAATCATTTTGGTTTGATTGAAAGTTACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTCTAAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTAC
GCTGACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCTTGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAATGCCATATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACAACATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACC
ATTCTATTAATGGTTCGTCATTCACTTCAAAATGCC




Intron 5 GCACTTTGCT ... TTGTTTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A872.82142748
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>TRINITY_DN102257_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
AAAGTACTGGGGTGCCCTATAAACACTTTAAGAGCAAACCGTACCTTAACATTAAGGTTTGGTGTGTTGGGGGTAGTGGCCCATGATGAGTCTGGGCAGAAACAGGTAAACATCAAATTTAAAATAGAACACTGACATTGAGATGTTTGTGAATATGCATGGAAGACAGGACAAGGATACAGTAGTTGTCTGATGACCTC
ACATTACTTTTATATCAGCACAACATATTTCTTGAATGCCATAATTCATGCTGTTATTTTTCTAATCTTAAATCTGACACCAAGCAATGGTGTATGTGGTGGTATTCCTGCCCCCAGGATTTCTTTTGTGAAGGCATAATCCCCTCTGGGGTATTGATTTTGCCTTACGGCTTTCACCTGGGCAGCGTTTGGGTATTGAT
TTTGCCTCATATTTTCACTTGAGGCAGCACTTAGCGTTGATTTTGTCTCCGATTATCATCTGGGCAGCACTCAGGCATTGATTTTGATTTTACCCCATGACTTTCAGTTGGGCAGCGCTTGGGTATTGATTTTGCCTCATGATTTGGGCTGTTTCTGGGATGGGAAGCCTATTGGAGATTGATTTTACTTTAAGCTTTTT
GCTTTTGTGCCGTGTATTTTCATGGTTTTCCCATTAAAATTTTCTTTTGGGCAGTGCCTTTTTTCCAAATTTGTCTGACAACTTCCTGTTGAGCAGTGTGTTTGCTCATCAATTTCCTTGTGGGTACTGTCTCGTTCATATAACCTCGTTGTATTTTGTGTTTTTCTGGGATGTGGGCAGTCATTTTTTGGTGAGTTTTA
GACAGTCTGCCATATATCTGCCCTTTCTCAGTGTTCGCTCAAGCGCGAACTAGGTTTTAGGTGTTCGGTATATGCCATCAGGACCATGGTCGAGCAATGTTTTATTCCCGAAGAAAATCAGTCCTCCCGGGCACGCAAATGATAAGGGATTGGGATTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGAT
TGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCCAATCAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGATGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGAGATTTTTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTTG
GGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATTGAGAAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAAAGGATGACAGTGATGATAAGAGAAGGCAGGAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATCC
ATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGGAGCGGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGTGGGGGTGAAATGGAATATGAAGAGCAACAGGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCAA
TGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCCCCGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACAGGATGATGGAGATGCGAATTATGGAACTCAAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTGA
ATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGGGATAATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATAGAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCATGAGCTTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAAT
GGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAGTGGGTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACTGGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAATATTGAAAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGGT
AAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCACATATTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCTGCAAATTCCAGTCACTCTTAGTATGATGTGGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATTT
CACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATGGTTCATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATCAACCAGTAATGCAGCCAGCAAATCCAGCTATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAAC
AACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAACTTCCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCAGAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTTCCTGGGTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGTT
GAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGGAGCTAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTACTAGGAATCATTTTGGTTTGATTGAAAGTTACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTCT
AAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTACGCTGACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCTTGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAATGCCATATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACAA
CATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACCATTCTATTAATGGTTCGTCATTCACTTCAAAATGCC


>TRINITY_DN102257_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:
AAAGTACTGGGGTGCCCTATAAACACTTTAAGAGCAAACCGTACCTTAACATTAAGGTTTGGTGTGTTGGGGGTAGTGGCCCATGATGAGTCTGGGCAGAAACAGGTAAACATCAAATTTAAAATAGAACACTGACATTGAGATGTTTGTGAATATGCATGGAAGACAGGACAAGGATACAGTAGTTGTCTGATGACCTC
ACATTACTTTTATATCAGCACAACATATTTCTTGAATGCCATAATTCATGCTGTTATTTTTCTAATCTTAAATCTGACACCAAGCAATGGTGTATGTGGTGGTATTCCTGCCCCCAGGATTTCTTTTGTGAAGGCATAATCCCCTCTGGGGTATTGATTTTGCCTTACGGCTTTCACCTGGGCAGCGTTTGGGTATTGAT
TTTGCCTCATATTTTCACTTGAGGCAGCACTTAGCGTTGATTTTGTCTCCGATTATCATCTGGGCAGCACTCAGGCATTGATTTTGATTTTACCCCATGACTTTCAGTTGGGCAGCGCTTGGGTATTGATTTTGCCTCATGATTTGGGCTGTTTCTGGGATGGGAAGCCTATTGGAGATTGATTTTACTTTAAGCTTTTT
GCTTTTGTGCCGTGTATTTTCATGGTTTTCCCATTAAAATTTTCTTTTGGGCAGTGCCTTTTTTCCAAATTTGTCTGACAACTTCCTGTTGAGCAGTGTGTTTGCCCATCAATTTCTTTGTGGGTACTGTCTCTTTCATATAACCTCGTTGTATTTTGTGTTTTTCTGGGATGTGGGCAGTCATTTTTTGGTGAGTTTTA
GACAGTCTGCCATATATTTTCCCTTTCTCAGTGTTCGCTCAAGCGCGAACTAGGTTTTAGGTGTTCGGTATATGCCATCAGGACCATGGTCGAGCAATGTTTTATTCCCGAAGAAAATCAGTCCTCCCGGGCACGCAAATGATAAGgcactttgctgtttgagttagtcggggattggagtattggcgaaatctaaatac
ccttcttgatatagaccgccctgttggagcaaccatgcctgaagccctggaatttggttccag
GGATTGGGATTTGAAGAAGAGAAAGAAGCATGACCTAATAAGCCCGGACCTGATTGCAAACAGCAATAATATGTCCACTGATGAATGGGAGTCAAGCTCTACAACAGCACCTAAGCTTAAGAGGGCTAAATCCCAAT
CAGATTGGAGATCTGGTGGAAGTGAAGAAGTTGGGGATAGTGATGATCTTGAGCTTGTGGGCAGGGAGATTTTTGATCCTACAGGTATTGGACTGGACAATGGAATCATGGGCGTTGGGCTTGATGGGCACAGGGAAGGAGCCATTGAAATCCATGGGAATAAGCCAAAGAAGCCTCCTGAAGTGTTAAAAGACATTGAG
AAGGATAAAAACAATGTCAGAGAAGTGGTGGCAGAGGGAATAAAGGATGACAGTGATGATAAGAGAAGGCAGGAAGAGCCTCTGACCATGAATGGAAATAGGCTCTGTATGCAATCCATAATGATGGAATTGAAAAAGGCAAGAGAGGATATGCTTCTCTGGTTGAGGCAGGAAATGCACAATATCATCTTTGAGGGAGC
GGGTCCTGGCGTGAGGACGAGCCTTGCAGGAGGGGGTCAAGGTGGGGGTGAAATGGAATATGAAGAGCAACAGGCTTCTGGGCAGAATGGAATTGGTGGCGGTGTGGACTTGGGCAATGGAAGTGCTGGGATAGATTTTGGGGCTCAGGACAGTGGAAGTGGTGAGGCGGAGTTCTTTGCAGGACAGAACAATAGCCCCG
GTGGTGGTGGAGGAGGTGGAGGTGGAATTGAGTATAATGGACAGGATGATGGAGATGCGAATTATGGAACTCAAAATGGCGTAAATGTGAAAGAAGACATGAGCTTGGGAAAGCTGAATAAGTGTTCTGATGGAGCAAATATGAGATTTGCAGGTGAAAAGAGTGGTGGGCAGGCAGACGTGGGATTTGAAGTGAGGGAT
AATAGTAATGACAATGGAGGAATAAGTTTTGGGGTGCAAAATAGAGTTCATGGAGGAGGAGTTGCCATGAGCTTGCACAATGGGTCTGTGCAGGTAATGGGTTTTGAAAGGCAAAATGGTGCCGGAGATGGCATTATGAGCTTTAGGAATCAGAATGAGGTCCCAAGTGAGATGACGTTTGGTGCTGCACAGCAAAGTGG
GTCAGGAGGAATGAATTGTGCAAGCCAGACTGGTAGAGAAACTGGAATAGTCTTTGGTGGCCAAAATATTGAAAATGGCACCAGGATTCAGGACGGAGGACGAAGTGGGGGGATGGTAAATAATAGGAATTCGACAGGTATAGGGAGGTTGAATGCTTCCACAAACTCAGCAGGAAATCGCAAGGTTAATTCTGCACATA
TTCCAGATGAAGAAAGGACTGTTGATTTAATTGGCCAGGGTCTGCAAATTCCAGTCACTCTTAGTATGATGTGGAACAATGTTACACAGAGCCCAAGAGGCCTCAACCAAAACATTTCACATTCAGCACTTCATGGCTTTAACTATGACATCCACACTAAGCTTGGAAGTGGAACAACAGGCACATACCGAGGCATGGTT
CATAGCAGCGCAGCTTATGAAAATAACTTAGGAATGATGAATCAACCAGTAATGCAGCCAGCAAATCCAGCTATGACTATGCAGCTTCCAATGGGCATGCAAAATGCTACTAGCAACAACTTGAATACTTCTGGCATGTCATCCTTGATGGGCATACAAAATCCAGTGCCAATGCAAAATTTCTCTGGAATACAGAACTT
CCTAGAATTGAGCACAAATGGGAACATGGGTCCAAAGCCTGCAGAAGGAATCAGCCGACAAGTTTTTCCTGGGTTGTACTTAAATGAACGGCCACAACATGCAGCCAATGCAAAGTTGAATCCATTATCTACAACAGCTGGGATTCAGTCAAGATCACACAGAAGAGGCAGTACCCTCCTTGGAGTAGACATGTTGGAGC
TAAACTCATAGCAGCTTGTTGGCTTTATGGGACTTAATGTTACTAGGAATCATTTTGGTTTGATTGAAAGTTACAAAGCAGCACAAGCTTTGTTGGTTGTCTGCATGAATAAATTCTAAGTTCGATTTTGACTGCATATATTGGTTATATTTCTGTGTTCATTGCTGCATGTGTTTTTGCTGGAATTGAAATTGTACGCT
GACAATATTTTATAGAGGAATATCCCTCATTAATTAGGCATCTTGGTCACACCTTGCAGCCTAAAAATGCCATATTCTATGCAACTCCACATCTAAATTGAGATGGCTACCACACAACATTTTTTTGGATGACCATGATGATAGTAGAAATGACATGCTCTTCAGGTGGTGATTCCTTTTTACTAAGTGCATTAACCATT
CTATTAATGGTTCGTCATTCACTTCAAAATGCC