sp|P92964|SRS31_ARATH ----> Serine/arginine-rich splicing factor RS31

Intron 1 GTGTGTATAG ... GTTCCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.02	180.2	68	33.8
A2	20.39	143.6	49	24.6
A3	17.35	150	22	41
A4	18.63	122.6	37	19.2
A5	16.66	48	10	9.2
A6	19.67	987.2	204.8	278.8
A7	18.95	882.6	214	198.6
A8	18.1	1201.6	258.4	272.6
A9	18.24	848.6	187.6	191
A10	16.89	599.4	97	146.6

>TRINITY_DN48274_c1_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CAGCACATTATAAGATAGGGTAATCACTGTGGAATATGCTCAACGTGAGGATCGTGATAGAAGAGGTGGATATTCTAGTCCCATTCGAGGTGGTCGGTATGGCAGAGCTGGAGAGGTTCATGACCGTGATCGATCTGCAAGTCCTATATATGGTAGACGTGCAGTGAGGGACAGTCCTGACTATGGCAGGGCTCCAAGTC
CTATCTATGCAAGGCGCCCAGAGAGGCGCAGTCTTGACTATAGTAGGGCCCCAAGTCCTATTTATGCAAGACATCTTGAGAGGCGCAGTCATGATTATGGCAGGGCTGCAAGTCCTGTTTATGCTAGGCGGCCACGAAGACATAGTCCAGATTATGGCCCTGCTCATGAACGGTCCCGCAGTCGATCACCGGTTAGGCAT
TGAAGATTACATGAAGAATTAATCAGATGGAGTTACCAGGATGCTGTGAATATTACATGCAGAATTAATCGGATGGAGTATAGCTGATGCTTAAGCGGTTTTTAGAAATTTACGCCAAATATTTTGGTGGTTAACTGTATAGTGTGATTTGGCTACTAAGGCTGACAAGCCCAGATTATATTTTTGCAGTATCTTGAAAT
TAATAGTGCAAATGTTTGTTGTTTAACTTATAAATCACTATTTTTGCTCCTAAGATTGACCAGACCTTCACTATATCCTGCAGTTTGTTAAGCAATATCTGGTCACTATATTTTTGCAGTATCTTGAAATTAATAGTGCAAATGTTTGTTGTTTAACTTATAAATCACTATTTTTGCTCCTAAGATTGACCAGACCTT

>TRINITY_DN48274_c1_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAGCACATTATAAGATAGGGTAATCACTGTGGAATATGCTCAACGTGAGGATCGTGATAGAAGAGGTGGATATTCTAGTCCCATTCGAGGTGGTCGGTATGGCAGAGCTGGAGAGGTTCATGACCGTGATCGATCTGCAAGTCCTATATATGGTAGACGTGCAGTGAGGGACAGTCCTGACTATGGCAGGGCTCCAAGTC
CTATCTATGCAAGGCGCCCAGAGAGGCGCAGTCTTGACTATAGTAGGGCCCCAAGTCCTATTTATGCAAGACATCTTGAGAGGCGCAGTCATGATTATGGCAGGGCTGCAAGTCCTGTTTATGCTAGGCGGCCACGAAGACATAGTCCAGATTATGGCCCTGCTCATGAACGGTCCCGCAGgtgtgtatagagtacatgt
atatttgtaaggtttactctaatcattcatccaagggtttaacttatttttaaaaatttgttccaacagTCGATCACCGGTTAGGCATTGAAGATTACATGAAGAATTAATCAGATGGAGTTACCAGGATGCTGTGAATATTACATGCAGAATTAATCGGATGGAGTATAGCTGATGCTTAAGCGGTTTTTAGAAATTTA
CGCCAAATATTTTGGTGGTTAACTGTATAGTGTGATTTGGCTACTAAGGCTGACAAGCCCAGATTATATTTTTGCAGTATCTTGAAATTAATAGTGCAAATGTTTGTTGTTTAACTTATAAATCACTATTTTTGCTCCTAAGATTGACCAGACCTTTAGTATATCCTGCAGTTTGTTAAGCAATGGTAAAAGAGCATGCA
TGGTATTAATAGCTAGAAGTTTGATATGTGGACACAGGTCATGCACTGTGGCACCGCTGACTGGCTAAAGTATGATATGGACAGAGATCATGCGCTGTGCCACTGGTTTACAAAACGGGAGTTTGATGAGCAATGCCCATATTTGAATCTATGTCATTTTTGTTCATTGTTGCTAAATATAAATATTTGCATCTACGTCC
TGTATGTTCGATAGGATTTCACATTCATAAAATTATATTGGGCTGGTACTCTATAATTGCTAAAAATAAA

Intron 2 GTGTTGTATT ... GTTTCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.16	105	23	110
A2	49.44	90	4	88
A3	42.93	117	7	88
A4	51.18	62	5	65
A5	48.57	54	11	51
A6	47.08	362	9	322
A7	48.76	518	21	493
A8	47.52	328	23	297
A9	46.28	469	14	404
A10	47.36	379	18	341

>TRINITY_DN43453_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

ATGTTAACTGTTCAGCCACTCTCAAGCATGTCACGAGATAAAATCCATGACACCTCACTACAGTCAGAATGGAGCATGTTACTTTTCATCCCTCTCATGCTATGTTAACTGTTCAGCCACTCTCAAGCATGTCACGAGATAAAATCCATGACACCTCACTACAGTCAGAATGGAGCATGTTACTTTTCATCCCTCTCATG
CAGTGCTAAGTGTTCAGCGAGGCTCAAGCATGTCAAGAGATTAAATCCATGACACATTACTGAATCAGAATGGAGCATAACTAGTGAAGGCACTTATCCGATTTGATGACCCTTCAGTCACATATGGATTAGACTTACCTGATACCACTTAGTACAACATGCAAGGGTTTTGCCTGATGACCCCTAATGCAGCAAGTCAT
TTACAGCAATGATGAACAGGTTATGCTTTTATATACATGGAAGATGAGCGTGATGCAGAGGATGCAATCCGAGGGCTTGACAATACAGAATTTGGCAGGCAAAGACGCCGGCTTACTGTAGAGTGGACAAAGCATGGCAATCGAGGTTTTCGCCAATCTGAAGATGGCAGGAGGTCTGATACAGGTTTGAAGCCATCAAA
GACTCTATTTGTGATAAACTTCGATCCATACAATACCAGAGTCAGGGATCTTGAAAGGCATTTTGAGCCTTATGGTAAGCTGCTAGATGTAAAGATTAGAAGGAATTTTGCATTTGTCCAGTACGAATCACAAGAAGAAGCAACGAAAGCTCTGGACTCCACCCATATGAGCAAAATGTTCGATAGGGTCATCACAGTGG
AATATGCCCAACGTGAGGATCGTGATAGAAGAGGTGGATATTCTAGTCCCATTCGAGGTGGTCGGTATGGCAGAGCTGGAGAGGTTCATGACCGTGATCGATCTGCAAGTCCTATATATGGTAGACGTGCAGTGAGGGACAGTCCTGACTATGGCAGGGCTCCAAGTCCTATCTATGCAAGGCGCCCAGAGAGGCGCAGT
CTTGACTATAGTAGGGCCCCAAGTCCTATTTATGCAAGACATCTTGAGAGGCGCAGTCATGATTATGGCAGGGCTGCAAGTCCTGTTTATGCTAGGCGGCCACGAAGACATAGTCCAGATTATGGCCCTGCTCATGAACGGTCCCGCAGTCGATCACCGGTTAGGCATTGAAGATTACATGAAGAATTAATCAGATGGAG
TTACCAGGATGCTGTGAATATTACATGCAGAATTAATCGGATGGAGTATAGCTGATGCTTAAGCGGTTTTTAGAAATTTACGCCAAATATTTTGGTGGTTAACTGTATAGTGTGATTTGGCTACTAAGGCTGACAAGCCCAGATTATATTTTTGCAGTATCTTGAAATTAATAGTGCAAATGTTTGTTGTTTAACTTATA
AATCACTATTTTTGCTCCTAAGATTGACCAGACCTTCACTATATCCTGCAGTTTGTTAAGCAATATCTGGTCACTATATTTTTGCAGTATCTTGAAATTAATAGTGCAAATGTTTGTTGTTTAACTTATAAATCACTATTTTTGCTCCTAAGATTGACCAGACCTTCACTATATCCTGCAGTTTGTTAAGCA

>TRINITY_DN43453_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATGTTAACTGTTCAGCCACTCTCAAGCATGTCACGAGATAAAATCCATGACACCTCACTACAGTCAGAATGGAGCATGTTACTTTTCATCCCTCTCATGCTATGTTAACTGTTCAGCCACTCTCAAGCATGTCACGAGATAAAATCCATGACACCTCACTACAGTCAGAATGGAGCATGTTACTTTTCATCCCTCTCATG
CAGTGCTAAGTGTTCAGCGAGGCTCAAGCATGTCAAGAGATTAAATCCATGACACATTACTGAATCAGAATGGAGCATAACTAGTGAAGGCACTTATCCGATTTGATGACCCTTCAGTCACATATGGATTAGACTTACCTGATACCACTTAGTACAACATGCAAGGGTTTTGCCTGATGACCCCTAATGCAGCAAGTCAT
TTACAGCAATGATGAACAGgtgttgtattgtttttctttgtcctagcgtgtatataaaatcatgtgtctgagcacactgcaaatgtgactgcaattcaattttttgtttcttcattgaatctttgttgtttctacagGTTATGCTTTTATATACATGGAAGATGAGCGTGATGCAGAGGATGCAATCCGAGGGCTTGACA
ATACAGAATTTGGCAGGCAAAGACGCCGGCTTACTGTAGAGTGGACAAAGCATGGCAATCGAGGTTTTCGCCAATCTGAAGATGGCAGGAGGTCTGATACAGGTTTGAAGCCATCAAAGACTCTATTTGTGATAAACTTCGATCCATACAATACCAGAGTCAGGGATCTTGAAAGGCATTTTGAGCCTTATGGTAAGCTG
CTAGATGTAAAGATTAGAAGGAATTTTGCATTTGTCCAGTACGAATCACAAGAAGAAGCAACGAAAGCTCTGGACTCCACCCATATGAGCAAAATGTTCGATAGGGTCATCACAGTGGAATATGCCCAACGTGAGGATCGTGATAGAAGAGGTGGATATTCTAGTCCCATTCGAGGTGGTCGGTATGGCAGAGCTGGAGA
GGTTCATGACCGTGATCGATCTGCAAGTCCTATATATGGTAGACGTGCAGTGAGGGACAGTCCTGACTATGGCAGGGCTCCAAGTCCTATCTATGCAAGGCGCCCAGAGAGGCGCAGTCTTGACTATAGTAGGGCCCCAAGTCCTATTTATGCAAGACATCTTGAGAGGCGCAGTCATGATTATGGCAGGGCTGCAAGTC
CTGTTTATGCTAGGCGGCCACGAAGACATAGTCCAGATTATGGCCCTGCTCATGAACGGTCCCGCAGTCGATCACCGGTTAGGCATTGAAGATTACATGAAGAATTAATCAGATGGAGTTACCAGGATGCTGTGAATATTACATGCAGAATTAATCGGATGGAGTATAGCTGATGCTTAAGCGGTTTTTAGAAATTTACG
CCAAATATTTTGGTGGTTAACTGTATAGTGTGATTTGGCTACTAAGGCTGACAAGCCCAGATTATATTTTTGCAGTATCTTGAAATTAATAGTGCAAATGTTTGTTGTTTAACTTATAAATCACTATTTTTGCTCCTAAGATTGACCAGACCTTTAGTATATCCTGCAGTTTGTTAAGCAATGGTAAAAGAGCATGCATG
GTATTAATAGCTAGAAGTTTGATATGTGGACACAGGTCATGCACTGTGGCACCGCTGACTGGCTAAAGTATGATATGGACAGAGATCATGCGCTGTGCCACTGGTTTACAAAACGGGAGTTTGATGAGCAATGCCCATATTTGAATCTATGTCATTTTTGTTCATTGTTGCTAAATATAAATATTTGCATCTAAA

Intron 3 GTTAGTTAAA ... GCATATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.93	238	1	63
A2	17.18	188	1	39
A3	16.18	171	2	33
A4	13.4	181	4	28
A5	15.6	92	2	17
A6	13.36	920.7	1	142
A7	14.73	932	1	161
A8	14.53	853	1	145
A9	15.81	921.3	2	173
A10	12.96	638	0	95

>TRINITY_DN118514_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

GTACGCTGTTCGGCAGATAGAGATCGAACGATTGTTTGGCAGATACGGAAGAGTCGACAGGGTTGATATGAAATCAGGTTATGCTTTTATATACATGGAAGATGAGCGTGATGCAGAGGATGCAATCCGAGGGCTTGACAATACGGAATTTGGCAGGCAAAGACGCCGGCTTACTGTAGAGTGGACAAAGCATGGCAATC
GAGGTTTTCGCCAATCTGAAGATGGCAGGAGGTCTGATACAGGTTTGAAGCCATCAAAGACTCTATTTGTGATAAACTTCGATCCATACAATACCAGAGTCAGGGATCTTGAAAGGCATTTTGAGCCTTATGGTAAGCTGCTAGATGTAAAGATTAGAAGGAATTTTGCATTTGTCCAGTACGAATCACAAGAAGAAGCA
ACGAAAGCTCTGGACTCCACCCATATGAGCAAAATGTTCGATAGGGTTATCACAGTGGAATATGCTCAACGTGAGGATCGTGATAGAAGAGGTGGATATTCTAGTCCCATTCGAGGTGGTCGGTATGGCAGAGCTGGAGAGGTTCATGACCGTGATCGATCTGCAAGTCCTATATATGGTAGACGTGCAGTGAGGGACAG
TCCTGACTATGGCAGGGCTCCAAGTCCTATCTATGCAAGGCGCCCAGAGAGGCGCAGTCTTGACTATAGTAGGGCCCCAAGTCCTATTTATGCAAGACATCTTGAGAGGCGCAGTCATGATTATGGCAGGGCTGCAAGTCCTGTTTATGCTAGGCGGCCACGAAGACATAGTCCAGATTATGGCCCTGCTCATGAACGGT
CCCGCAGTCGATCACCGGTTAGGCATTGAAGATTACATGAAGAATTAATCAGATGGAGTTACCAGGATGCTGTGAATATTACATGCAGAATTAATCGGATGGAGTATAGCTGATGCTTAAGCGGTTTTTAGAAATTTACGCCAAATATTTTGGTGGTTAACTGTATAGTGTGATTTGGCTACTAAGGCTGACAAGCCCAG
ATTATATTTTTGCAGTATCTTGAAATTAATAGTGCAAATGTTTGTTGTTTAACTTATAAATCACTATTTTTGCTCCTAAGATTGACCAGACCTTCACTATATCCTGCAGTTTGTTAAGCAATGGTAAAAGAGCATGCATGGTATTAATAGCTAGAAGTTTGATATGTGGACACAGGTCATGCACTGTGGCACCGCTGACT
GGCTAAAGTATGATATGGACAGAGATCATGCGCTGTGCCACTGGTTTACAAAACGGGAGTTTGATGAGCAATGCCCATATTTGAATCTATGTCATTTTTGTTCATTGTTGCTAAATATAAATATTTGCAC

>TRINITY_DN118514_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCTCTGGACTCCACCCATATGAGgttagttaaaattgtctcatcttaaaaatgcttgtgtaattttttttttcaaatgcaattgcagaagctgtttgcctagtatctttgatttacattttactatttagaagtgcttatgtggggtgggttagtaacttagtggattgcattttaacctactgtatgaaaaattattct
tgaatcttaacttgtcatttgtattttccggttatttaggtaaacattaaagagacgaagttttgttttgaatgttgctaatcttttgttcattttttgatttggcatattcagCAAAATGTTCGATAGGGTTATCACAGTGGAATATGCTCAACGTGAGGATCGTGATAGAAGAGGTGGATATTCTAGTCCCATTCGAG
GTGGTCGGTATGGCAGAGCTGGAGAGGTTCATGACCGTGATCGATCTGCAAGTCCTATATATGGTAGACGTGCAGTGAGGGACAGTCCTGACTATGGCAGGGCTCCAAGTCCTATCTATGCAAGGCGCCCAGAGAGGCGCAGTCTTGACTATAGTAGGGCCCCAAGTCCTATTTATGCAAGACATCTTGAGAGGCGCAGT
CATGATTATGGCAGGGCTGCAAGTCCTGTTTATGCTAGGCGGCCACGAAGACATAGTCCAGATTATGGCCCTGCTCATGAACGGTCCCGCAGTCGATCACCGGTTAGGCATTGAAGATTACATGAAGAATTAATCAGATGGAGTTACCAGGATGCTGTGAATATTACATGCAGAATTAATCGGATGGAGTATAGCTGATG
CTTAAGCGGTTTTTAGAAATTTACGCCAAATATTTTGGTGGTTAACTGTATAGTGTGATTTGGCTACTAAGGCTGACAAGCCCAGATTATATTTTTGCAGTATCTTGAAATTAATAGTGCAAATGTTTGTTGTTTAACTTATAAATCACTATTTTTGCTCCTAAGATTGACCAGACCTTCACTATATCCTGCAGTTTGTT
AAGCAATGGTAAAAGAGCATGCATGGTATTAATAGCTAGAAGTTTGATATGTGGACACAGGTCATGCACTGTGGCACCGCTGACTGGCTAAAGTATGATATGGACAGAGATCATGCGCTGTGCCACTGGTTTACAAAACGGGAGTTTGATGAGCAATGCCCATATTTGAATCTATGTCATTTTTGTTCATTGTTGCTAAA
TATAAATATTTGCAC