sp|Q94KK7|SYP52_ARATH ----> Syntaxin-52

Intron 1 GTAAGTTATG ... TCTGGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.99	145	9	34
A2	20.87	91	6	24
A3	22.43	83	2	24
A4	22.88	91	1	27
A5	25	48	4	16
A6	21.38	478	7	130
A7	20.31	616	18	157
A8	21.04	747	11	199
A9	20.77	675	9	177
A10	20.96	460	19	122

>TRINITY_DN42780_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CCTAAAAGTTGTTGAGTGTTGGCTAAATTGTGGGGAGCTGGAGGGAAAAGAGTTGATAAAACGTGCGTGCAAGCAGCAGAAGAGATACAGGGGATCGTGATCCCTGCGACAAATATCACAAGGAGGAGGAAGAGGAAAGAGATTTTGCAGTGAAGAGAAGAGGAGAATTGAAGAATTTCCAATCGCGACAAGGGAATGGC
GTCTTCATCGGACTCATGGGTGAAGGAATTCAACGAGGCGTCGAAACTCGCAGATGACATAAACGCGAGATTAGGGGAGCGCAGTTCATTGCCTCCAACCGGGCCCGAAACGCAGCGTCATCTGTCAGCAATCAGGCGTAAGATCACCATCCTTGGTACCAGGCTTGACACCTTGGAAAATCTTCTTCCCAAGCTTCCTT
CCAGACAACCCATAACTGAAAAGGAATTACATCGACGACAAGACATGCTTGTCAATCTTCGATCAAAATCAAACCAGATGGCTTCTGCTTTGAACATGTCACGTTTTGGTAACAGGAGTGACTTGCTTGGTCAAGATAACAAACCCGTTTCAGAAATAAACAGAACCACTGGATTGGATAACTATGGTCTTGTTGGACTT
CAACGGCAAATTATGAAAGGTTAATTATTAAACAAGATGATGGTCTTGGAAAGCTAGAGGAGACTGTAATAAGCACCAAGCACATTGCATTGGCTGTCAATGAAGAATTGGATTTGCAGACTCGACTTCTTGATAACTTAGACCAAGATGTTGATGGAACAAGCTCACGGCTGCAGCGTGCACAAAGGAGATTGGCTGTG
CTGAGCAAAAAGGCGAAGAGTGGTTGCTCCTGCGTGTGCTTACTGGTGTTGGTTATTGTGCTTGTCATCCTGGCAGTTGTAATTTGGGCACTTATTAAATTCTTGTAACTTGGACATGGCTACAGATGTGCTTATGTTTTGGTGAAGTTGGTAATGTTTTAAATTGCTGCATAGTTTATCGTGTGAGCTTTCTTATGACT
GTGTGTTTATGAATGGTCGGCCTATTGTTCTGACTCCTACTTTATTTATTATATTTATTTGTTTCAGTCAAAGAAGCTTTTGAGTCACAAGTGTTTTCATTTTTTTTAACAATTGACAAAGACTCCTTGAAGTCATTGTTCATGTGCGGATCAGATAATTAAAATGCATCATTCCCATTAAGATACATTTACAATTGCGA
TAATCTCAAGCTTGTAATTGATGTTTTTGAATGCAATCAGATAATCTCTTAGAATACCAACAAGATTGTTTTTGCATAGTAGAAGGTCAATGGAGCTTTATCCAGGTCAGAAGCACATGGACATTGTTTTGGCATTGCAAATCACATTTGCTTCAGATCTTGTAAAGATTAGGAAAGCCAGGTCAATAAATTCTTCTGTT
TGTGTC

>TRINITY_DN42780_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGCAGTTCCTCTGATATATTCTGAGAGCTTGATTTGATCTTTGTGTAGCATTTTAACAATGTATACATGCTACATTTGACAAAAGCCTTGTGATTTATGCAGAACTGAAAAGGAATTACATCGACGACAAGACATGCTTGTCAATCTTCGATCAAAATCAAACCAGATGGCTTCTGCTTTGAACATGTCACGTTTTGGT
AACAGGTGACAATTATATATATGGAAATTATTTGCTAGATAATCTCAGATAATGGCATTTTTCCTTAGGAACCAATTACTATTCACATATGACTAACTTTAGACCATGTCATCAATTAGAAAAAAATGGTTGGTAGGGGTATTTATTTCGGGAGCAGCAAGGCTTGATCTTTGAGGGATAAATCATATATTGCGATATAA
AAAAACATGATTACCAAAATGAAATTTTTTTTTCCTCATAATGTTTAGTATTTTGCAGGAGTGACTTGCTTGGTCAAGATAACAAACCCGTTTCAGAAATAAACAGAACCACTGGATTGGATAACTATGGTCTTGTTGGACTTCAACGGCAAATTATGAAAGGTTAATTATTAgtaagttatgtttatgtttttgccttt
cttgatatctttcctaatattagtgatctacctgacactgatctataaatctggaacagAACAAGATGATGGTCTTGGAAAGCTAGAGGAGACTGTAATAAGCACCAAGCACATTGCATTGGCTGTCAATGAAGAATTGGATTTGCAGACTCGACTTCTTGATAACTTAGACCAAGATGTTGATGGAACAAGCTCACGGC
TGCAGCGTGCACAAAGGAGATTGGCTGTGCTGAGCAAAAAGGCGAAGAGTGGTTGCTCCTGCGTGTGCTTACTGGTGTTGGTTATTGTGCTTGTCATCCTGGCAGTTGTAATTTGGGCACTTATTAAATTCTTGTAACTTGGACATGGCTACAGATGTGCTTATGTTTTGGTGAAGTTGGTAATGTTTTAAATTGCTGCA
TAGTTTATCGTGTGAGCTTTCTTATGACTGTGTGTTTATGAATGGTCGGCCTATTGTTCTGACTCCTACTTTATTTATTATATTTATTTGTTTCAGTCAAAGAAGCTTTTGAGTCACAAGTGTTTTCATTTTTTTTAACAATTGACAAAGACTCCTTGAAGTCATTGTTCATGTGCGGATCAGATAATTAAAATGCATCA
TTCCCATTAAGATACATTTACAATTGCGATAATCTCAAGCTTGTAATTGATGTTTTTGAATGCAATCAGATAATCTCTTAGAATACCAACAAGATTGTTTTTGCATAGTAGAAGGTCAATGGAGCTTTATCCAGGTCAGAAGCACATGGACATTGTTTTGGCATTGCAAATCACATTTGCTTCAGATCTTGTAAAGATTA
GGAAAGCCAGGTCAATAAATTCTTCTGTTTGTGTC

Intron 2 GTTAATTATT ... TCTGGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.38	151	13	34
A2	19.83	97	10	24
A3	21.05	90	2	24
A4	22.13	95	1	27
A5	23.88	51	4	16
A6	20.28	511	11	130
A7	19.29	657	20	157
A8	20.08	792	17	199
A9	19.6	726	15	177
A10	19.65	499	24	122

>TRINITY_DN42780_c0_g2_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CCTAAAAGTTGTTGAGTGTTGGCTAAATTGTGGGGAGCTGGAGGGAAAAGAGTTGATAAAACGTGCGTGCAAGCAGCAGAAGAGATACAGGGGATCGTGATCCCTGCGACAAATATCACAAGGAGGAGGAAGAGGAAAGAGATTTTGCAGTGAAGAGAAGAGGAGAATTGAAGAATTTCCAATCGCGACAAGGGAATGGC
GTCTTCATCGGACTCATGGGTGAAGGAATTCAACGAGGCGTCGAAACTCGCAGATGACATAAACGCGAGATTAGGGGAGCGCAGTTCATTGCCTCCAACCGGGCCCGAAACGCAGCGTCATCTGTCAGCAATCAGGCGTAAGATCACCATCCTTGGTACCAGGCTTGACACCTTGGAAAATCTTCTTCCCAAGCTTCCTT
CCAGACAACCCATAACTGAAAAGGAATTACATCGACGACAAGACATGCTTGTCAATCTTCGATCAAAATCAAACCAGATGGCTTCTGCTTTGAACATGTCACGTTTTGGTAACAGGAGTGACTTGCTTGGTCAAGATAACAAACCCGTTTCAGAAATAAACAGAACCACTGGATTGGATAACTATGGTCTTGTTGGACTT
CAACGGCAAATTATGAAAGAACAAGATGATGGTCTTGGAAAGCTAGAGGAGACTGTAATAAGCACCAAGCACATTGCATTGGCTGTCAATGAAGAATTGGATTTGCAGACTCGACTTCTTGATAACTTAGACCAAGATGTTGATGGAACAAGCTCACGGCTGCAGCGTGCACAAAGGAGATTGGCTGTGCTGAGCAAAAA
GGCGAAGAGTGGTTGCTCCTGCGTGTGCTTACTGGTGTTGGTTATTGTGCTTGTCATCCTGGCAGTTGTAATTTGGGCACTTATTAAATTCTTGTAACTTGGACATGGCTACAGATGTGCTTATGTTTTGGTGAAGTTGGTAATGTTTTAAATTGCTGCATAGTTTATCGTGTGAGCTTTCTTATGACTGTGTGTTTATG
AATGGTCGGCCTATTGTTCTGACTCCTACTTTATTTATTATATTTATTTGTTTCAGTCAAAGAAGCTTTTGAGTCACAAGTGTTTTCATTTTTTTTAACAATTGACAAAGACTCCTTGAAGTCATTGTTCATGTGCGGATCAGATAATTAAAATGCATCATTCCCATTAAGATACATTTACAATTGCGATAATCTCAAGC
TTGTAATTGATGTTTTTGAATGCAATCAGATAATCTCTTAGAATACCAACAAGATTGTTTTTGCATAGTAGAAGGTCAATGGAGCTTTATCCAGGTCAGAAGCACATGGACATTGTTTTGGCATTGCAAATCACATTTGCTTCAGATCTTGTAAAGATTAGGAAAGCCAGGTCAATAAATTCTTCTGTTTGTGTC

>TRINITY_DN42780_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGCAGTTCCTCTGATATATTCTGAGAGCTTGATTTGATCTTTGTGTAGCATTTTAACAATGTATACATGCTACATTTGACAAAAGCCTTGTGATTTATGCAGAACTGAAAAGGAATTACATCGACGACAAGACATGCTTGTCAATCTTCGATCAAAATCAAACCAGATGGCTTCTGCTTTGAACATGTCACGTTTTGGT
AACAGGTGACAATTATATATATGGAAATTATTTGCTAGATAATCTCAGATAATGGCATTTTTCCTTAGGAACCAATTACTATTCACATATGACTAACTTTAGACCATGTCATCAATTAGAAAAAAATGGTTGGTAGGGGTATTTATTTCGGGAGCAGCAAGGCTTGATCTTTGAGGGATAAATCATATATTGCGATATAA
AAAAACATGATTACCAAAATGAAATTTTTTTTTCCTCATAATGTTTAGTATTTTGCAGGAGTGACTTGCTTGGTCAAGATAACAAACCCGTTTCAGAAATAAACAGAACCACTGGATTGGATAACTATGGTCTTGTTGGACTTCAACGGCAAATTATGAAAGgttaattattagtaagttatgtttatgtttttgccttt
cttgatatctttcctaatattagtgatctacctgacactgatctataaatctggaacagAACAAGATGATGGTCTTGGAAAGCTAGAGGAGACTGTAATAAGCACCAAGCACATTGCATTGGCTGTCAATGAAGAATTGGATTTGCAGACTCGACTTCTTGATAACTTAGACCAAGATGTTGATGGAACAAGCTCACGGC
TGCAGCGTGCACAAAGGAGATTGGCTGTGCTGAGCAAAAAGGCGAAGAGTGGTTGCTCCTGCGTGTGCTTACTGGTGTTGGTTATTGTGCTTGTCATCCTGGCAGTTGTAATTTGGGCACTTATTAAATTCTTGTAACTTGGACATGGCTACAGATGTGCTTATGTTTTGGTGAAGTTGGTAATGTTTTAAATTGCTGCA
TAGTTTATCGTGTGAGCTTTCTTATGACTGTGTGTTTATGAATGGTCGGCCTATTGTTCTGACTCCTACTTTATTTATTATATTTATTTGTTTCAGTCAAAGAAGCTTTTGAGTCACAAGTGTTTTCATTTTTTTTAACAATTGACAAAGACTCCTTGAAGTCATTGTTCATGTGCGGATCAGATAATTAAAATGCATCA
TTCCCATTAAGATACATTTACAATTGCGATAATCTCAAGCTTGTAATTGATGTTTTTGAATGCAATCAGATAATCTCTTAGAATACCAACAAGATTGTTTTTGCATAGTAGAAGGTCAATGGAGCTTTATCCAGGTCAGAAGCACATGGACATTGTTTTGGCATTGCAAATCACATTTGCTTCAGATCTTGTAAAGATTA
GGAAAGCCAGGTCAATAAATTCTTCTGTTTGTGTC

Intron 3 GTTTGTTTCA ... TAATGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.99	123	0	20
A2	15.63	81	2	15
A3	15.83	101	2	19
A4	11.69	68	0	9
A5	11.63	38	0	5
A6	18.43	699	1	158
A7	18.62	738.3	0	169
A8	22.38	1071.7	2	309
A9	20.33	893.7	1	228
A10	18.65	519	3	119

>TRINITY_DN107171_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTATGTTTATGTTTTTGCCTTTCTTGATATCTTTCCTAATATTAGTGATCTACCTGACACTGATCTATAAATCTGGAACAGAACAAGATGATGGTCTTGGAAAGCTAGAGGAGACTGTAATAAGCACCAAGCACATTGCATTGGCTGTCAATGAAGAATTGGATTTGCAGACTCGACTTCTTGATAACTTAGACCAAGA
TGTTGATGGAACAAGCTCACGGCTGCAGCGTGCACAAAGGAGATTGGCTGTGCTGAGCAAAAAGGCGAAGAGTGGTTGCTCCTGCGTGTGCTTACTGGTGTTGGTTATTGTGCTTGTCATCCTGGCAGTTGTAATTTGGGCACTTATTAAATTCTTGTAACTTGGACATGGCTACAGATGTGCTTATGTTTTGGTGAAGT
TGGTAATGTTTTAAATTGCTGCATAGTTTATCGTGTGAGCTTTCTTATGACTGTGTGTTTATGAATGGTCGGCCTATTGTTCTGACTCCTACTTTATTTATTATATTTATTTGTTTCAGTCAAAGAAGCTTTTGAGTCACAAGTGTTTTCATTTTTTTTAACAATTGACAAAGACTCCTTGAAGTCATTGTTCATGTGCG
GATCAGATAATTAAAATGCATCATTCTCATTAAGATACATTTACAATTGCGATAATCTCAAGCTTGTAATTGATGTTTTTGAATGCAATCAGATAATCTCTTAGAATACCAACAAGATTGTTTTTGCATAGTAGAAGGTCAATGGAGCTTTATCCAGGTCAGAAGCACATGGACATTGTTTTGGCATTGCAAATCACATT
TGCTTCAGATCTTGTAAAGATTAGGAAAGCCAGGCCA

>TRINITY_DN107171_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATGGAACAAGCTCACGGCTGCAGgtttgtttcatttgtttcaatttttggacctatatcatatattttatcttttttctttcaggtggtcttcaaacattgtgttgatattacattgtattttttggtccaaatgtaccctttatttaatgagcagCGTGCACAAAGGAGATTGGCTGTGCTGAGCAAAAAGGCGAAGAG
TGGTTGCTCCTGCGTGTGCTTACTGGTGTTGGTTATTGTGCTTGTCATCCTGGCAGTTGTAATTTGGGCACTTATTAAATTCTTGTAACTTGGACATGGCTACAGATGTGCTTATGTTTTGGTGAAGTTGGTAATGTTTTAAATTGCTGCATAGTTTATCGTGTGAGCTTTCTTATGACTGTGTGTTTATGAATGGTCGG
CCTATTGTTCTGACTCCTACTTTATTTATTATATTTATTTGTTTCAGTCAAAGAAGCTTTTGAGTCACAAGTGTTTTCATTTTTTTTAACAATTGACAAAGACTCCTTGAAGTCATTGTTCATGTGCGGATCAGATAATTAAAATGCATCATTCTCATTAAGATACATTTACAATTGCGATAATCTCAAGCTTGTAATTG
ATGTTTTTGAATGCAATCAGATAATCTCTTAGAATACCAACAAGATTGTTTTTGCATAGTAGAAGGTCAATGGAGCTTTATCCAGGTCAGAAGCACATGGACATTGTTTTGGCATTGCAAATCACATTTGCTTCAGATCTTGTAAAGATTAGGAAAGCCAGGCCA

Intron 4 GTGACAATTA ... TATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.79	142	3	12
A2	5.48	138	0	8
A3	5.1	149	0	8
A4	5.56	85	0.5	5
A5	4	48	0	2
A6	1.99	542.5	1.5	11
A7	2.35	789	7	19
A8	2.29	768	4	18
A9	1.73	852	4	15
A10	2.16	678	3.5	15

>TRINITY_DN42780_c0_g2_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CCTAAAAGTTGTTGAGTGTTGGCTAAATTGTGGGGAGCTGGAGGGAAAAGAGTTGATAAAACGTGCGTGCAAGCAGCAGAAGAGATACAGGGGATCGTGATCCCTGCGACAAATATCACAAGGAGGAGGAAGAGGAAAGAGATTTTGCAGTGAAGAGAAGAGGAGAATTGAAGAATTTCCAATCGCGACAAGGGAATGGC
GTCTTCATCGGACTCATGGGTGAAGGAATTCAACGAGGCGTCGAAACTCGCAGATGACATAAACGCGAGATTAGGGGAGCGCAGTTCATTGCCTCCAACCGGGCCCGAAACGCAGCGTCATCTGTCAGCAATCAGGCGTAAGATCACCATCCTTGGTACCAGGCTTGACACCTTGGAAAATCTTCTTCCCAAGCTTCCTT
CCAGACAACCCATAACTGAAAAGGAATTACATCGACGACAAGACATGCTTGTCAATCTTCGATCAAAATCAAACCAGATGGCTTCTGCTTTGAACATGTCACGTTTTGGTAACAGGAGTGACTTGCTTGGTCAAGATAACAAACCCGTTTCAGAAATAAACAGAACCACTGGATTGGATAACTATGGTCTTGTTGGACTT
CAACGGCAAATTATGAAAGAACAAGATGATGGTCTTGGAAAGCTAGAGGAGACTGTAATAAGCACCAAGCACATTGCATTGGCTGTCAATGAAGAATTGGATTTGCAGACTCGACTTCTTGATAACTTAGACCAAGATGTTGATGGAACAAGCTCACGGCTGCAGCGTGCACAAAGGAGATTGGCTGTGCTGAGCAAAAA
GGCGAAGAGTGGTTGCTCCTGCGTGTGCTTACTGGTGTTGGTTATTGTGCTTGTCATCCTGGCAGTTGTAATTTGGGCACTTATTAAATTCTTGTAACTTGGACATGGCTACAGATGTGCTTATGTTTTGGTGAAGTTGGTAATGTTTTAAATTGCTGCATAGTTTATCGTGTGAGCTTTCTTATGACTGTGTGTTTATG
AATGGTCGGCCTATTGTTCTGACTCCTACTTTATTTATTATATTTATTTGTTTCAGTCAAAGAAGCTTTTGAGTCACAAGTGTTTTCATTTTTTTTAACAATTGACAAAGACTCCTTGAAGTCATTGTTCATGTGCGGATCAGATAATTAAAATGCATCATTCCCATTAAGATACATTTACAATTGCGATAATCTCAAGC
TTGTAATTGATGTTTTTGAATGCAATCAGATAATCTCTTAGAATACCAACAAGATTGTTTTTGCATAGTAGAAGGTCAATGGAGCTTTATCCAGGTCAGAAGCACATGGACATTGTTTTGGCATTGCAAATCACATTTGCTTCAGATCTTGTAAAGATTAGGAAAGCCAGGTCAATAAATTCTTCTGTTTGTGTC

>TRINITY_DN42780_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGCAGTTCCTCTGATATATTCTGAGAGCTTGATTTGATCTTTGTGTAGCATTTTAACAATGTATACATGCTACATTTGACAAAAGCCTTGTGATTTATGCAGAACTGAAAAGGAATTACATCGACGACAAGACATGCTTGTCAATCTTCGATCAAAATCAAACCAGATGGCTTCTGCTTTGAACATGTCACGTTTTGGT
AACAGgtgacaattatatatatggaaattatttgctagataatctcagataatggcatttttccttaggaaccaattactattcacatatgactaactttagaccatgtcatcaattagaaaaaaatggttggtaggggtatttatttcgggagcagcaaggcttgatctttgagggataaatcatatattgcgatataa
aaaaacatgattaccaaaatgaaatttttttttcctcataatgtttagtattttgcagGAGTGACTTGCTTGGTCAAGATAACAAACCCGTTTCAGAAATAAACAGAACCACTGGATTGGATAACTATGGTCTTGTTGGACTTCAACGGCAAATTATGAAAGGTTAATTATTAGTAAGTTATGTTTATGTTTTTGCCTTT
CTTGATATCTTTCCTAATATTAGTGATCTACCTGACACTGATCTATAAATCTGGAACAGAACAAGATGATGGTCTTGGAAAGCTAGAGGAGACTGTAATAAGCACCAAGCACATTGCATTGGCTGTCAATGAAGAATTGGATTTGCAGACTCGACTTCTTGATAACTTAGACCAAGATGTTGATGGAACAAGCTCACGGC
TGCAGCGTGCACAAAGGAGATTGGCTGTGCTGAGCAAAAAGGCGAAGAGTGGTTGCTCCTGCGTGTGCTTACTGGTGTTGGTTATTGTGCTTGTCATCCTGGCAGTTGTAATTTGGGCACTTATTAAATTCTTGTAACTTGGACATGGCTACAGATGTGCTTATGTTTTGGTGAAGTTGGTAATGTTTTAAATTGCTGCA
TAGTTTATCGTGTGAGCTTTCTTATGACTGTGTGTTTATGAATGGTCGGCCTATTGTTCTGACTCCTACTTTATTTATTATATTTATTTGTTTCAGTCAAAGAAGCTTTTGAGTCACAAGTGTTTTCATTTTTTTTAACAATTGACAAAGACTCCTTGAAGTCATTGTTCATGTGCGGATCAGATAATTAAAATGCATCA
TTCCCATTAAGATACATTTACAATTGCGATAATCTCAAGCTTGTAATTGATGTTTTTGAATGCAATCAGATAATCTCTTAGAATACCAACAAGATTGTTTTTGCATAGTAGAAGGTCAATGGAGCTTTATCCAGGTCAGAAGCACATGGACATTGTTTTGGCATTGCAAATCACATTTGCTTCAGATCTTGTAAAGATTA
GGAAAGCCAGGTCAATAAATTCTTCTGTTTGTGTC