sp|Q9SHZ8|PP168_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070

Intron 1 GTAAAATCTT ... GGTTGCACAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	4	4	4
A2	0	1	0	0
A3	25	3	0	2
A4	50	2	2	2
A5	50	2	2	2
A6	33.33	2	2	0
A7	50	4	4	4
A8	47.37	5	5	4
A9	53.85	3	4	3
A10	33.33	1	1	0

>TRINITY_DN44217_c0_g2_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

ATCTTCTTGGCCGTGCAGGGCACTTGGATGAGGTGCAAGACTTTATTAACAACATGCCAATAAAACCTGACATTGCTGTGTGGGGATCTTTGCTTGGAGCTTGTAGGATCCATGTCAATATAGAGTTAGGAGAACGTGTTGCTGAACAGCTTTTTGTGTTGGACCCTGAAAATTCTGCACCTTATCTGCAGCTATCAAAT
ATTTATGCCACAGTTGGAAGGTGGGATGACATTGAAAAGGTGCAAAATTTGATGAAAACTAGGAGGGTAAAAAAGCAGGCAGGATGCAGTTGGATTGAAGTCAATAAACAGTTGCATGCTTTCCTAGCAGGAGATAGATCAAACCCCACAAATGTAGAAAATTTGTACTAAGTTTGGGATATTGTCTGGGCAGATAAAGG
ATGCAGGGCAGTACCCAACAGGAACAGATGGAACAATTCTTTGTCACCACCAACAAAAGCTGGTTTATGAATAACCAGATTTCTTCAGGTCAGTCTTGGTGGTGCCTTGGCTGTATTGTTTCTGGCAATATTATTATGTAGTATGTATAAGGAAGAGATATTGAAGAGTTTTTTAGATGCAAACAGCCAAGAGTGGAAGA
TTGAGCATTTGTGATCACAATTCTAAATGGGCCTGTACACTGCCATTTTCAAATCGTATATTGCAATGAGATCATTTCCGGATTATTTGGGTTATGCCTTAATACTACAAATTGGGGTAACCTACTTAAAATGGTGGCTCTACCAAACATCTCGACAATCTGTGAGGCAATGCTTATTTTTAGAATATTTATGTTAGGTT
TCCACCAGAGGAATAATAGCAGCACTATCACACAGCAGTTGTGGAAGCAAGCTAAGATGTCTGAAGGTATATCTGGGAATGGTGCAAACCACTCTTCAGATGAGAACAAATCTCGTCAGAAAGAACTGTCTGCTCCTCAGCCACCTCCAGTCGAAAATTATGTATTTACATTCTCCTTTTCAAAATCCCAGATATCCAGA
ATGCTGCAGAGACTTATAAGGAGCTTCAGAGCACTCTTCCAGCTTTTTCGTTTGCAAGGATGAAGAGACAGCATTTGATTTACTCTATTGTATGGCATTTTAGATGATTGAGCACAATGGCTGGCTATGCATGCTTTAGACATGGAGAATATCGAGGTTCTGAAAGCTGCACGGGCAAAACTAGAATGTGAACTCTCTTT
GGAGTATGTTAATGGAATTGAAGATCTGCCAGCAGACAATCTTTTGTATCAGTTGTTACTTTTTCATCTTCCTCCTTCTCTGGTTGAATGAGGAACAGATCAGAATTTCTTCGTTTAGTATGTGCGGATGTTTGGTTCACTAGTGACTAGCTTGTTCTTTCTTAAATTTAAAATAATAAATTATTGCAAGCTGGCCAGAC
TTTACATCTCATTAGTCCTTGCCGTAGGCAGAGACTATATGTTTCACCTTGCTCTATTATTTTGTATGGTGGTACAAAGAAATCAAAGATGTGTTTAAAGTTTGTGGAAAAAATTATTTATTTGCTTTTATCTATATAATTCATTTTCATACGTGAA

>TRINITY_DN44217_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATCTTCTTGGCCGTGCAGGGCACTTGGATGAGGTGCAAGACTTTATTAACAACATGCCAATAAAACCTGACATTGCTGTGTGGGGATCTTTGCTTGGAGCTTGTAGGATCCATGTCAATATAGAGTTAGGAGAACGTGTTGCTGAACAGCTTTTTGTGTTGGACCCTGAAAATTCTGCACCTTATCTGCAGCTATCAAAT
ATTTATGCCACAGTTGGAAGGTGGGATGACATTGAAAAGGTGCAAAATTTGATGAAAACTAGGAGGGTAAAAAAGCAGGCAGGATGCAGTTGGATTGAAGTCAATAAACAGTTGCATGCTTTCCTAGCAGGAGATAGATCAAACCCCACAAATGTAGAAAATTTGTACTAAGTTTGGGATATTGTCTGGGCAGATAAAGG
ATGCAGGGCAGTACCCAACAGGAACAGATGGAACAATTCTTTGTCACCACCAACAAAAGCTGGTTTATGAATAACCAGATTTCTTCAGgtaaaatcttgggcaggttgcacagGTCAGTCTTGGTGGTGCCTTGGCTGTATTGTTTCTGGCAATATTATTATGTAGTATGTATAAGGAAGAGATATTGAAGAGTTTTTTA
GATGCAAACAGCCAAGAGTGGAAGATTGAGCATTTGTGATCACAATTCTAAATGGGCCTGTACACTGCCATTTTCAAATCGTATATTGCAATGAGATCATTTCCGGATTATTTGGGTTATGCCTTAATACTACAAATTGGGGTAACCTACTTAAAATGGTGGCTCTACCAAACATCTCGACAATCTGTGAGGCAATGCTT
ATTTTTAGAATATTTATGTTAGGTTTCCACCAGAGGAATAATAGCAGCACTATCACACAGCAGTTGTGGAAGCAAGCTAAGATGTCTGAAGGTATATCTGGGAATGGTGCAAACCACTCTTCAGATGAGAACAAATCTCGTCAGAAAGAACTGTCTGCTCCTCAGCCACCTCCAGTCGAAAATTATGTATTTACATTCTC
CTTTTCAAAATCCCAGATATCCAGAATGCTGCAGAGACTTATAAGGAGCTTCAGAGCACTCTTCCAGCTTTTTCGTTTGCAAGGATGAAGAGACAGCATTTGATTTACTCTATTGTATGGCATTTTAGATGATTGAGCACAATGGCTGGCTATGCATGCTTTAGACATGGAGAATATCGAGGTTCTGAAAGCTGCACGGG
CAAAACTAGAATGTGAACTCTCTTTGGAGTATGTTAATGGAATTGAAGATCTGCCAGCAGACAATCTTTTGTATCAGTTGTTACTTTTTCATCTTCCTCCTTCTCTGGTTGAATGAGGAACAGATCAGAATTTCTTCGTTTAGTATGTGCGGATGTTTGGTTCACTAGTGACTAGCTTGTTCTTTCTTAAATTTAAAATA
ATAAATTATTGCAAGCTGGCCAGACTTTACATCTCATTAGTCCTTGCCGTAGGCAGAGACTATATGTTTCACCTTGCTCTATTATTTTGTATGGTGGTACAAAGAAATCAAAGATGTGTTTAAAGTTTGTGGAAAAAATTATTTATTTGCTTTTATCTATATAATTCATTTTCATACGTGAA

Intron 2 GTCAGACAGT ... CTGATTACAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.37	2.7	6	4
A2	100	0	5	4
A3	71.43	2	5	5
A4	60.85	1.7	1	4
A5	60.85	1.7	3	2
A6	-1	0	0	0
A7	46.67	2.7	2	0
A8	51.11	3.3	2	4.7
A9	43.33	2.7	2	2
A10	100	0	1	1

>TRINITY_DN116136_c4_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ATGAAGCCATAATTAGAAGTGGATACCACTCTGATGTTTTTGTTGGAAGTGCCCTCATAGACATGTATGCAAAATGTGGGACCATAGATGATGCACACAAAGTGTTTGACAAAATGACGAATCGAGATGTTGTCTTATGGACTTCGATGATTGTAGGATATGCAATGCATGGGTTTGGTAACCAAGCCATTCAACTATTT
GAACAGATGAAAAATTCTGGGACAAAACCAGATTATGTCACCTTTGTTGGTGTTTTATCTGCATGCTGCCATGCAGGCTTAGTGAATGAAGGTCGACGATACTTTGATTGCATGATTGAATATCATCACATCACTCCTAGGATGGAGCACTATTGCTGCATGGTTGATCTTCTTGGCCGTGCAGGGCACTTGGATGAGGT
GCAAGACTTTATTAACAACATGCCAATAAAACCTGACATTGCTGTGTGGGGATCTTTGCTTGGAGCTTGTAGGATCCATGTCAATATAGAGTTAGGAGAACGTGTTGCTGAACAGCTTTTTGTGTTGGACCCTGAAAATTCTGCACCTTATCTGCAGCTATCAAATATTTATGCCACAGTTGGAAGGTGGGATGACATTG
AAAAGGTGCAAAATTTGATGAAAACTAGGAGGGTAAAAAAGCAGGCAGGATGCAGTTGGATTGAAGTCAATAAACAGTTGCATGCTTTCCTAGCAGGAGATAGATCAAACCCCACAAATGTAGAAAATTTGTACTAAGTTTGGGATATTGTCTGGGCAGATAAAGGATGCAGGGCAGTACCCAACAGGAACAGATGGAAC
AATTCTTTGTCACCACCAACAAAAGCTGGTTTATGAATAACCAGATTTCTTCAGGTAAAATCTTGGGCAGGTTGCACAGGTCAGTCTTGGTGGTGCCTTGGCTGTATTGTTTCTGGCAATATTATTATGTAGTATGTATAAGGAAGAGATATTGAAGAGTTTTTTAGATGCAAACAGCCAAGAGTGGAAGATTGAGCATT
TGTGATCACAATTCTAAATGGGCCTGTACACTGCCATTTTCAAATCGTATATTGCAATGAGATCATTTCCGGATTATTTGGGTTATGCCTTAATACTACAAATTGGGGTAACCTACTTAAAATGGTGGCTCTACCAAACATCTCGACAATCTGTGAGGCAATGCTTATTTTTAGAATATTTATGTTAGGTTTCCACCAGA
GGAATAATAGCAGCACTATCACACAGCAGTTGTGGAAGCAAGCTAAGATGTCTGAAGGTATATCTGGGAATGGTGCAAACCACTCTTCAGATGAGAACAAATCTCGTCAGAAAGAACTGTCTGCTCCTCAGCCACCTCCAGTCGAAAATTATGTATTTACATTCTCCTTTTCAAAATCCCAGATATCCAGAATGCTGCAG
AGACTTATAAGGAGCTTCAGAGCACTCTTCCAGCTTTTTCGTTTGCAAGGATGAAGAGACAGCATTTGATTTACTCTATTGTATGGCATTTTAGATGATTGAGCACAATGGCTGGCTATGCATGCTTTAGACATGGAGAATATCGAGGTTCTGAAAGCTGCACGGGCAAAACTAGAATGTGAACTCTCTTTGGAGTATGT
TAATGGAATTGAAGATCTGCCAGCAGACAATCTTTTGTATCAGTTGTTACTTTTTCATCTTCCT

>TRINITY_DN116136_c4_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAGGCTGGGACTGTCTTCACCATAATCAACCTTTGTTTGATTTGCAGGTTTATGAATAACCAGATTTCTTCAGGTAAAATCTTGGGCAGGTTGCACAGgtcagacagttgaaggtttatgtttattatttttttgctttaattcccttttacctttctaaacaatttaatactgattacagGTCAGTCTTGGTGGTGCCT
TGGCTGTATTGTTTCTGGCAATATTATTATGTAGTATGTATAAGGAAGAGATATTGAAGAGTTTTTTAGATGCAAACAGCCAAGAGTGGAAGATTGAGCATTTGTGATCACAATTCTAAATGGGCCTGTACACTGCCATTTTCAAATCGTATATTGCAATGAGATCATTTCCGGATTATTTGGGTTATGCCTTAATACTA
CAAATTGGGGTAACCTACTTAAAATGGTGGCTCTACCAAACATCTCGACAATCTGTGAGGCAATGCTTATTTTTAGAATATTTATGTTAGGTTTCCACCAGAGGAATAATAGCAGCACTATCACACAGCAGTTGTGGAAGCAAGCTAAGATGTCTGAAGGTATATCTGGGAATGGTGCAAACCACTCTTCAGATGAGAAC
AAATCTCGTCAGAAAGAACTGTCTGCTCCTCAGCCACCTCCAGTCGAAAATTATGTATTTACATTCTCCTTTTCAAAATCCCAGATATCCAGAATGCTGCAGAGACTTATAAGGAGCTTCAGAGCACTCTTCCAGCTTTTTCGTTTGCAAGGATGAAGAGACAGCATTTGATTTACTCTATTGTATGGCATTTTAGATGA
TTGAGCACAATGGCTGGCTATGCATGCTTTAGACATGGAGAATATCGAGGTTCTGAAAGCTGCACGGGCAAAACTAGAATGTGAACTCTCTTTGGAGTATGTTAATGGAATTGAAGATCTGCCAGCAGACAATCTTTTGTATCAGTTGTTACTTTTTCATCTTCCT

Intron 3 GTACGTTCTC ... TTTTGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	1	1	3
A2	36.84	6	1	6
A3	42.86	2	0	3
A4	33.33	1	0	1
A5	0	1	0	0
A6	42.86	4	4	2
A7	62.5	9	15	15
A8	50	9	6	12
A9	46.67	8	9	5
A10	76.47	2	4	9

>TRINITY_DN44759_c1_g2_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGCACAACTAGAATGTGAACTCTCTTTGGAGTCTGGGAGAATTGGGAAGAGCTCTTGTTTTAGGCTTTCTAGAGTTTTCTGGGCAAGTCTGCTTGGCGACCCTGCTTGTTGTCGATAGTGTGTTTTTGACAACTCTGTTCCAAGGCGAATGGCTTTCTGTTTGGCAGTGACTATGCTTAGCATTTCATGGGTTCTGTTC
AGCATTCTTTGTTCAGACGTTCTTTATTCAGACTACTCTATTCCCTATTGGTGGGTTCTGCTCAGCGTTCTTCATTCAGACTACTCTATTATCTGTTTGTGGGGTTCTGTTCAGTGGCGACTTGCCATGGAGAGGATGATAAGAAGGATGGCATCTGCGGTTTGAGCAGCATCTGCCACAAACCCCAGCAGTAAGTGATC
CCGTGGCTTTGACCTACTAGTTTCACAGAATTCCATGTGTCTGAGGGGATGTCTTTCACAGAGGCATTCTTGAAATCAAAAGGGCAGGCGTACATTTCACTTGAATTCTTAGAAGTTGGAATCCAAAGAAGGAGAAGAACATGAGAAGGTGCAGGTGAATGGAATCTAAGGAAGGATAAGTCCAAGAGCATGTGCGGCTT
AATCAAGTACTTTGCTCTGACTAAAACTTGCACTTGGGTATGAGATATACTATAGAAGATGGGCAGGGTTCGTTTCCTCTGTTATCACTTCTCTCCCAAGAATTACAATTGATTGAAGATAGCTAACACAAATGTTTTGGGTATATAATCACACTTTCTTAAGAAGGATCTTTCTATATCTCAGATTGCTGGGTGATGCC
CAACATTGCAAAGGTCATTCTATGCTACTTTTCAATAAGCTGTCTAGGTGACACTGACTTATGTATGAACACTGAGAGGATATGCTCACTTAGCTCAGCATATCAGATCCACATATTTAACATACAGACTGCTCTCATAAATTGTCAACACTTGACTACTCAAGTCTTGAGATAAATGGCCATAAATGATAACACATGCA
ATGCTTCATTCGTTGTTGTGTGCAAAACCGGCAGTATTATCTTAATTCTAGTCACCGCAAGGCAGCTTCTTGCTACAAGATAAACAATTTGGGGTGGGGCTGGAATTGAGGTTTGACTCTTGAGTTGTACCCTATGAAGAAACACCAGACAAGTTACCTAGAAAATTCACTCAAAACCTAATCACATTTTTGCCTACTTC
ACACCCAGCCTTACTCCCAAGCCACCGGTGCCTAATAAACATGGAGTTATGTTTCAGCTCTTCATCTTGTGGGTGCTATTTTTTTGAAGATGGATTTACTTTTATCTTACCGTTTGAATTGTAAGCTCCTGTGTTGAATTGACAGACTTTGTATGTTTTGTTGGGCAGTATCAAGCAAATGACACTGTTATCCTATGGGT
GAACAAAGTTGGTCCTTACAATAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTATAGTCTTCTGTTCTGGCATCCAGGTAAAAGCCCTACACATAAGTGGGGTGGGATTGGTGAAGTTCTGGGTGGAAATGAGCCCATAGATAGCCAAATTGACATCAAATTTGGAAGTCTATTTTATTCCCGAGCTTTTTTCTCAATGTTAAATC
TCTTTATGTTAAATTCATTTTTACTCTAATTGAAGTTTTCTGTAAATCCTGCC

>TRINITY_DN44759_c1_g2_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGCACAACTAGAATGTGAACTCTCTTTGGAGTCTGGGAGAATTGGGAAGAGCTCTTGTTTTAGGCTTTCTAGAGTTTTCTGGGCAAGTCTGCTTGGCGACCCTGCTTGTTGTCGATAGTGTGTTTTTGACAACTCTGTTCCAAGGCGAATGGCTTTCTGTTTGGCAGTGACTATGCTTAGCATTTCATGGGTTCTGTTC
AGCATTCTTTGTTCAGAgtacgttctctgttggtgggttttgttcaacattcttcactcatagtaatctgctctgtgttggtgggttttgttcaacgttcctcattcagactactctgttccctgttggtgggttttgttcagCGTTCTTTATTCAGACTACTCTATTCCCTATTGGTGGGTTCTGCTCAGCGTTCTTCA
TTCAGACTACTCTATTATCTGTTTGTGGGGTTCTGTTCAGTGGCGACTTGCCATGGAGAGGATGATAAGAAGGATGGCATCTGCGGTTTGAGCAGCATCTGCCACAAACCCCAGCAGTAAGTGATCCCGTGGCTTTGACCTACTAGTTTCACAGAATTCCATGTGTCTGAGGGGATGTCTTTCACAGAGGCATTCTTGAA
ATCAAAAGGGCAGGCGTACATTTCACTTGAATTCTTAGAAGTTGGAATCCAAAGAAGGAGAAGAACATGAGAAGGTGCAGGTGAATGGAATCTAAGGAAGGATAAGTCCAAGAGCATGTGCGGCTTAATCAAGTACTTTGCTCTGACTAAAACTTGCACTTGGGTATGAGATATACTATAGAAGATGGGCAGGGTTCGTT
TCCTCTGTTATCACTTCTCTCCCAAGAATTACAATTGATTGAAGATAGCTAACACAAATGTTTTGGGTATATAATCACACTTTCTTAAGAAGGATCTTTCTATATCTCAGATTGCTGGGTGATGCCCAACATTGCAAAGGTCATTCTATGCTACTTTTCAATAAGCTGTCTAGGTGACACTGACTTATGTATGAACACTG
AGAGGATATGCTCACTTAGCTCAGCATATCAGATCCACATATTTAACATACAGACTGCTCTCATAAATTGTCAACACTTGACTACTCAAGTCTTGAGATAAATGGCCATAAATGATAACACATGCAATGCTTCATTCGTTGTTGTGTGCAAAACCGGCAGTATTATCTTAATTCTAGTCACCGCAAGGCAGCTTCTTGCT
ACAAGATAAACAATTTGGGGTGGGGCTGGAATTGAGGTTTGACTCTTGAGTTGTACCCTATGAAGAAACACCAGACAAGTTACCTAGAAAATTCACTCAAAACCTAATCACATTTTTGCCTACTTCACACCCAGCCTTACTCCCAAGCCACCGGTGCCTAATAAACATGGAGTTATGTTTCAGCTCTTCATCTTGTGGGT
GCTATTTTTTTGAAGATGGATTTACTTTTATCTTACCGTTTGAATTGTAAGCTCCTGTGTTGAATTGACAGACTTTGTATGTTTTGTTGGGCAGTATCAAGCAAATGACACTGTTATCCTATGGGTGAACAAAGTTGGTCCTTACAATAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTATAGTCTTCTGTTCTGGCATCCAGGTA
AAAGCCCTACACATAAGTGGGGTGGGATTGGTGAAGTTCTGGGTGGAAATGAGCCCATAGATAGCCAAATTGACATCAAATTTGGAAGTCTATTTTATTCCCGAGCTTTTTTCTCAATGTTAAATCTCTTTATGTTAAATTCATTTTTACTCTAATTGAAGTTTTCTGTAAATCCTGCC