NA ----> NA

Intron 1 GTACGTTTTA ... TTGCGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.26	155	189	281.3
A2	57.72	118	155.7	167
A3	48.65	182	147	199
A4	57.62	157	177	251
A5	57.84	54	52.3	96
A6	29.62	135	63	51
A7	23.35	472	156.3	132
A8	19.38	510	142.3	103
A9	19.88	326	113	50
A10	20.26	476	131.7	111

>TRINITY_DN124391_c2_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform

TTAATCTTGACAATGGAACACCGCGGGTTCGATTCCCATAAAAAACACCTTCAGTGTTGAAATCCCTCGAGCTCAGTTTAAAATGATTTTCCATATAACTGGGAAACTTTTATCCATTAAACGAAGAACTGAGAATTAGATTTTGATAGACAGCATCCACTTAACGAGGGAATTTAGGATGGTTGTTGAGTCATAAAGGA
ACTCACAGGAATCCAGTTTAAAATTATTTTCACGTTTAATTGAATGGCATCAGAACAAAAAGAGCTACCAGAATATTGATTCTTTAGTATCACAAAATATCCATTTGCAAATAAAGATTGCAATGTTGCTTCTAGTAACAAATCTGATTCTATTTAGTTATTCGATTCTCAAAATGATAATAGCACATATGTAATTGCAC
TCCATATCATGTTGTATTTTAGTGATTTGAGAGGCTTAATACTTAAATGTCTTAAACGAATTAAGAGAGAATATGATATATACTTGAGAATATGATATACGCTTTTAGATAAGTTAAAAAACATATATAATGCCATATCTATTGGGTAAAAACGTGAAGGTGGGTAACACTTTCGTGAAAAACTAGTGCAAAATCGTCTT
AGCCGAATAATGTAGAGGTTATTCGGTCGAATAACCACTAACATTTCTCTGTTCCGTTTAACGACTATCCTTGAAATGTGTGCAAATCACTGCCGGACGGAAAAATATTTCGGGTGGTGGTTTATTCGGCCGAATAATTGTTCGGCCGAATAATTGTTCAGCCGAACAATTATTCGGTCGAACAATTATTCGGCTGAACC
ATTATTCGGCCGAATAATTGGTCGGCCGAATACGTTTTCAGCATAAAAGCCCGGCCTCGACTGCCATTTGGCATTCTCCGCTGGAAATACCTGGACCCTGCAAGCGGGTTCGTAGTTGTTTTTCGCCACCCTCCGTCGTCGACGCTTGTGACGATGACGCTATTGCTTCACCCCTATCGCTTCTCGTTCGTCTGTTGTTG
ATGCACTCCTATCGCTTCTCGTTCGTCCGCTGCTTGCTCATCTTTTATTGCTGCCTGATCAGGTGCCTGCTCTGTTGTTGTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGTTTTCGGTGGCGAGGGTGCCTGGTGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGGATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCC
CGGCGTAACGACGTGGAGCCAACGGCTACCAGCGTAAGTAATTGTTTTCTGCTGATTTTGGTTTTCGAATTTGAAGTTTGATGTCTATACAGTCTCTCTGTCTGTAACGATTTGATGAAATGTACTTTGTTGGCAGGATTGTTCGTTTGTTTTTGTGGAGCTGTTAACGGGGTGTCGTTGGTGTTGTGGTTTTCACGCAG
GATTGACAGTTAAAGTGAAGGAAATATTTGTTGTTTGGAGAGTTGGTGGTCTGAACCGCCGAGGCTTCGTGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGTTTGGGTTACAGGTATGTATCGTTTCGCGAAATTAGATTGTTTAGTTTTTTATTTTTAATTTTCTGTTCATCATTTCAGTTTTTATTCTCTTAACATGAACTCTG
TTCATGAACAGTGTTTGTGAACAGTGTTCATGAATACTGTTCATGAACAGTGTTCATGAGCAGTGTTCA

>TRINITY_DN124391_c2_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTAATCTTGACAATGGAACACCGCGGGTTCGATTCCCATAAAAAACACCTTCAGTGTTGAAATCCCTCGAGCTCAGTTTAAAATGATTTTCCATATAACTGGGAAACTTTTATCCATTAAACGAAGAACTGAGAATTAGATTTTGATAGACAGCATCCACTTAACGAGGGAATTTAGGATGGTTGTTGAGTCATAAAGGA
ACTCACAGGAATCCAGTTTAAAATTATTTTCACGTTTAATTGAATGGCATCAGAACAAAAAGAGCTACCAGAATATTGATTCTTTAGTATCACAAAATATCCATTTGCAAATAAAGATTGCAATGTTGCTTCTAGTAACAAATCTGATTCTATTTAGTTATTCGATTCTCAAAATGATAATAGCACATATGTAATTGCAC
TCCATATCATGTTGTATTTTAGTGATTTGAGAGGCTTAATACTTAAATGTCTTAAACGAATTAAGAGAGAATATGATATATACTTGAGAATATGATATACGCTTTTAGATAAGTTAAAAAACATATATAATGCCATATCTATTGGGTAAAAACGTGAAGGTGGGTAACACTTTCGTGAAAAACTAGTGCAAAATCGTCTT
AGCGGAGGTTATTCGGCCGAATAATATTTATTATTCAGCCGAATAATAAATATTATTCGGCCGAATAATGTAGAGGTTATTCGGTCGAATAACCACTAACATTTCTCTGTTCCGTTTAACGACTATCCTTGAAATGTGTGCAAATCGCTGCCGGACGGAAAAATATTTCGGGTGGTGGTTTATTCGGCCGAATAATTGTT
CGGCCGAATAATTGTTCAGCCGAACAATTATTCGGTCGAACAATTATTCGGCTGAACCATTATTCGGCCGAATAATTGGTCGGCCGAATACGTTTTCAGCATAAAAGCCCGGCCTCGACTGCCATTTGGCATTCTCCGCTGGAAATACCTGGACCCTGCAAGCGGGTTCGTAGTTGTTTTTCGCCACCCTCCGTCGTCGA
CGCTTGTGACGATGACGCTATTGCTTCACCCCTATCGCTTCTCGTTCGTCTGTTGTTGATGCACTCCTATCGCTTCTCGTTCGTCCGCTGCTTGCTCATCTTTTATTGCTGCCTGATCAGGTGCCTGCTCTGTTGTTGTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGTTTTCGGTGGCGAGGGTGCCTGGTGGATCTGTAAGTG
ACGAGGGTGCTGGGTGGATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCCGGCGTAACGACGTGGAGCCAACGGCTACCAGCGATTGTTCGTTTGTTTTTGCGGTGCTGTTAACGGGGTGTCGTTGGTGTTGTGGTTTTCACGCAGGATTGACAGTTAAAGTGAAGgtacgttttattgttgaggtgtttt
ttttttattttgttatcctattcttatagtctttagttgccaacataatttggtgttgcgtgaagGAAATATTTGTTGTTTGGAGAGTTGGTGGTCTGAACCGCCGAGGCTTCGTGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGTTTGGGTTACAGGTATGTATCGTTTCGCGAAATTAGATTGTTTAGTTTTTTATTTTTAAT
TTTCTGTTCATCATTTCAGTTTTTATTCTCTTAACATGAACTCTGTTCATGAACAGTGTTTGTGAACAGTGTTCATGAATACTGTTCATGAACAGTGTTCATGAGCAGTGTTCA

Intron 2 GTACGTTTTA ... TTGTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.07	93.8	216.3	268
A2	67.74	82	182.3	161.7
A3	63.9	106.2	186	189.7
A4	69.81	98.5	218.3	237.7
A5	67.83	35.3	61	88
A6	28.31	124.8	51	47.7
A7	22.75	416.2	125.7	119.7
A8	20.58	469.5	144.3	99
A9	17	311.8	78.3	49.3
A10	18.67	426.8	91	105

>TRINITY_DN136346_c5_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GTGCCTGCTCTGTTGTTGTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGTTTTCGGTGGCGAGGGTGCCTGGTGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGGATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCCGGCGTAACGACGTGGAGCCAACGGCTACCAGCGTAAGTAATTGTTTTCTGCTGATTTTGGT
TTTCGAATTTGAAGTTTGATGTCTATACAGTCTCTCTGTCTGTAACGATTTGATGAAATGTACTTTGTTGGCAGATTTTCTGCTGAATTTGGTTTTCGAATTTGAAGTTTGATGTCTATACAGTCTCTCTGTCTGTAACGATTTAATGAAATGTGCTTTGTTGGTAGGATTGTTCATTTTTTTTTGCGGTGCTGTTAATG
GTGTGTCGTTGGTGTTGCGGTTTTCACGCAGGATTGACAGTTAAAGTGAAGGAAATATTTGCTGTTTGGAGAGTTGGTGGTCTGAACCGCCGAGGCTTCATGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGTTTGGGTTACAGGTGCCTGCTCTGTTGTTGTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGTTTTCGGTGGCGAGGGTGC
CTGGTGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGGATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCC

>TRINITY_DN136346_c5_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTATTGGGTAAAAACGTGAAGGTGGGTAACACTTTCGTGAAAAACTAGTGCAAAATCGTCTTAGCGGAGGTTATTCGGCCGAATAATATTTATTATTCAGCCGAATAATAAATATTATTCGGCCGAATAATGTAGAGGTTATTCGGTCGAATAACCACTAACATTTCTCTGTTCCGTTTAACGACTATCCTTGAAATGT
GTGCAAATCGCTGCCGGACGGAAAAATATTTCGGGTGGTGGTTTATTCGGCCGAATAATTATTCGGCCGAAGAATTGTTCAGCCGAACAATTATTCAGCCGAACAATTATTCGGCCGAACCATTATTCGGCCGAATAATTGGTCGGCCGAATACGTTTTCTGCATAAAAGCCCGGCCTCGATTGCCATTTGGCATTCTCC
GCTGGAAATACCTGGACCCCGCAAGCAGGCCCGTAGTTTTTTTTCGCCACCCTCCGTCGTCGACGCTTGTGACGACGACGCTGTTGCTTCACCCCTATCGCTTCTCGTTCGTCTGTTGTTGATGCACTCCTATCGCTTCTCGTTCGTCCGCTGCTTGCTCGTCTTTTGTTGCTGCCTGATCATGTGCCTGCTCTGTTGTT
GTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGTTTTCGGTGGCGAGGGTGCCTGGTGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGGATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCCGGCGTAACGACGTGGAGCCAACGGCTACCAGCGTAAGTAATTGTTTTCTGCTGATTTTGGTTTTCGAATTTGAAGTTT
GATGTCTATACAGTCTCTCTGTCTGTAACGATTTGATGAAATGTACTTTGTTGGCAGATTTTCTGCTGAATTTGGTTTTCGAATTTGAAGTTTGATGTCTATACAGTCTCTCTGTCTGTAACGATTTAATGAAATGTGCTTTGTTGGTAGGATTGTTCGTTTGTTTTTGCGGTGCTGTTAATGGTGTGTCGTTGGTGTTG
CGGTTTTCACGCAGGATTGACAGTTAAAGTGAAGgtacgttttattgttgagttgtgttgttttgattttgttatcctatttttatagtctttagttgccaacataatttggtgttgtgtgaagGAAATATTTGCTGTTTGGAGAGTTGGTGGTCTGAACCGCCGAGGCTTCATGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGT
TTGGGTTACAGGTATGTATCGTTTGCCTGCTCTGTTGTTGTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGTTTTCGGTGGCGAGGGTGCCTGGTGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGGATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCCTGCGAAATTAGATTGTTTAGTTTTTCTATTTTTAATTTT
CTGTTCATCATTTCAGTTTTTATTCTCTTAACATGAACTCTGTTCATGAACA

Intron 3 GTAAGTAATT ... TTGTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.7	102.3	254.4	193.9
A2	76.15	86.7	319	233
A3	75	87	301	220.3
A4	77.36	79.3	296.7	240.9
A5	80.98	20.4	94	79.4
A6	47.88	134.9	148	99.7
A7	41	406	345	219
A8	48.14	390.4	413	310.9
A9	31.01	320	144	143.9
A10	35.93	399.9	246	202.6

>TRINITY_DN124391_c2_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

TTAATCTTGACAATGGAACACCGCGGGTTCGATTCCCATAAAAAACACCTTCAGTGTTGAAATCCCTCGAGCTCAGTTTAAAATGATTTTCCATATAACTGGGAAACTTTTATCCATTAAACGAAGAACTGAGAATTAGATTTTGATAGACAGCATCCACTTAACGAGGGAATTTAGGATGGTTGTTGAGTCATAAAGGA
ACTCACAGGAATCCAGTTTAAAATTATTTTCACGTTTAATTGAATGGCATCAGAACAAAAAGAGCTACCAGAATATTGATTCTTTAGTATCACAAAATATCCATTTGCAAATAAAGATTGCAATGTTGCTTCTAGTAACAAATCTGATTCTATTTAGTTATTCGATTCTCAAAATGATAATAGCACATATGTAATTGCAC
TCCATATCATGTTGTATTTTAGTGATTTGAGAGGCTTAATACTTAAATGTCTTAAACGAATTAAGAGAGAATATGATATATACTTGAGAATATGATATACGCTTTTAGATAAGTTAAAAAACATATATAATGCCATATCTATTGGGTAAAAACGTGAAGGTGGGTAACACTTTCGTGAAAAACTAGTGCAAAATCGTCTT
AGCGGAGGTTATTCGGCCGAATAATATTTATTATTCAGCCGAATAATAAATATTATTCGGCCGAATAATGTAGAGGTTATTCGGTCGAATAACCACTAACATTTCTCTGTTCCGTTTAACGACTATCCTTGAAATGTGTGCAAATCGCTGCCGGACGGAAAAATATTTCGGGTGGTGGTTTATTCGGCCGAATAATTGGT
CGGCCGAATACGTTTTCAGCATAAAAGCCCGGCCTCGACTGCCATTTGGCATTCTCCGCTGGAAATACCTGGACCCTGCAAGCGGGTTCGTAGTTGTTTTTCGCCACCCTCCGTCGTCGACGCTTGTGACGATGACGCTATTGCTTCACCCCTATCGCTTCTCGTTCGTCTGTTGTTGATGCACTCCTATCGCTTCTCGT
TCGTCCGCTGCTTGCTCATCTTTTATTGCTGCCTGATCAGGTGCCTGCTCTGTTGTTGTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGTTTTCGGTGGCGAGGGTGCCTGGTGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGGATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCCGGCGTAACGACGTGGAGCCAA
CGGCTACCAGCGATTGTTCGTTTGTTTTTGCGGTGCTGTTAACGGGGTGTCGTTGGTGTTGTGGTTTTCACGCAGGATTGACAGTTAAAGTGAAGGTACGTTTTATTGTTGAGGTGTTTTTTTTTTATTTTGTTATCCTATTCTTATAGTCTTTAGTTGCCAACATAATTTGGTGTTGCGTGAAGGAAATATTTGTTGTT
TGGAGAGTTGGTGGTCTGAACCGCCGAGGCTTCGTGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGTTTGGGTTACAGGTATGTATCGTTTCGCGAAATTAGATTGTTTAGTTTTTTATTTTTAATTTTCTGTTCATCATTTCAGTTTTTATTCTCTTAACATGAACTCTGTTCATGAACAGTGTTTGTGAACAGTGTTCATGAAT
ACTGTTCATGAACAGTGTTCATGAGCAGTGTTCA

>TRINITY_DN124391_c2_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTAATCTTGACAATGGAACACCGCGGGTTCGATTCCCATAAAAAACACCTTCAGTGTTGAAATCCCTCGAGCTCAGTTTAAAATGATTTTCCATATAACTGGGAAACTTTTATCCATTAAACGAAGAACTGAGAATTAGATTTTGATAGACAGCATCCACTTAACGAGGGAATTTAGGATGGTTGTTGAGTCATAAAGGA
ACTCACAGGAATCCAGTTTAAAATTATTTTCACGTTTAATTGAATGGCATCAGAACAAAAAGAGCTACCAGAATATTGATTCTTTAGTATCACAAAATATCCATTTGCAAATAAAGATTGCAATGTTGCTTCTAGTAACAAATCTGATTCTATTTAGTTATTCGATTCTCAAAATGATAATAGCACATATGTAATTGCAC
TCCATATCATGTTGTATTTTAGTGATTTGAGAGGCTTAATACTTAAATGTCTTAAACGAATTAAGAGAGAATATGATATATACTTGAGAATATGATATACGCTTTTAGATAAGTTAAAAAACATATATAATGCCATATCTATTGGGTAAAAACGTGAAGGTGGGTAACACTTTCGTGAAAAACTAGTGCAAAATCGTCTT
AGCGGAGGTTATTCGGCCGAATAATATTTATTATTCAGCCGAATAATAAATATTATTCGGCCGAATAATGTAGAGGTTATTCGGTCGAATAACCACTAACATTTCTCTGTTCCGTTTAACGACTATCCTTGAAATGTGTGCAAATCGCTGCCGGACGGAAAAATATTTCGGGTGGTGGTTTATTCGGCCGAATAATTGGT
CGGCCGAATACGTTTTCAGCATAAAAGCCCGGCCTCGACTGCCATTTGGCATTCTCCGCTGGAAATACCTGGACCCTGCAAGCGGGTTCGTAGTTGTTTTTCGCCACCCTCCGTCGTCGACGCTTGTGACGATGACGCTATTGCTTCACCCCTATCGCTTCTCGTTCGTCTGTTGTTGATGCACTCCTATCGCTTCTCGT
TCGTCCGCTGCTTGCTCATCTTTTATTGCTGCCTGATCAGGTGCCTGCTCTGTTGTTGTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGTTTTCGGTGGCGAGGGTGCCTGGTGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGGATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCCGGCGTAACGACGTGGAGCCAA
CGGCTACCAGCgtaagtaattgttttctgctgattttggttttcgaatttgaagtttgatgtctatacagtctctctgtctgtaacgatttgatgaaatgtactttgttggcagGATTGTTCGTTTGTTTTTGTGGAGCTGTTAACGGGGTGTCGTTGGTGTTGTGGTTTTCACGCAGGATTGACAGTTAAAGTGAAGGT
ACGTTTTATTGTTGAGGTGTTTTTTTTTTATTTTGTTATCCTATTCTTATAGTCTTTAGTTGCCAACATAATTTGGTGTTGCGTGAAGGAAATATTTGTTGTTTGGAGAGTTGGTGGTCTGAACCGCCGAGGCTTCGTGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGTTTGGGTTACAGGTATGTATCGTTTCGCGAAATTAGA
TTGTTTAGTTTTTTATTTTTAATTTTCTGTTCATCATTTCAGTTTTTATTCTCTTAACATGAACTCTGTTCATGAACAGTGTTTGTGAACAGTGTTCATGAATACTGTTCATGAACAGTGTTCATGAGCAGTGTTCA