sp|Q9MA15|AB1K3_ARATH ----> Protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 3, chloroplastic

Intron 1 GTATTCTTTT ... GCTTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.89	33	21	11
A2	33.33	14	7	5
A3	20	24	6	6
A4	27.78	26	10	8.8
A5	46.15	7	6	0
A6	37.5	5	3	0.8
A7	16.67	15	3	3.8
A8	33.33	2	1	0
A9	27.27	8	3	1.8
A10	15.38	11	2	3.8

>TRINITY_DN132527_c2_g4_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

GATGGAATAATTATTCTGTATTATGTTTCATTGTTGCAACAGTAAATTTTTTGATCGAGGCATGGTTTTGCCAAATCGTGAAATTGGACATTTAACAATTTCACTTGGTTGGCAGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCA
CATGGTGATTTTGAGACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGC
CACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATACTTTCTCACTTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAA
ATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATCATTATTTTGTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGA
CTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTCCTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCA
GAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTCAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATGCACATCTTATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGT
TAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAATGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAA
TATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGGTACGTGATTAGGAAATGCTATTGTGGGTTGATATCAGGAATATCACAGTATAATACCAGACACAAAGAAAGGTTAAACCT
TTATTTTGGGCATGGTGCTTCAGGTTTTATACCAGA

>TRINITY_DN132527_c2_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATGGAATAATTATTCTGTATTATGTTTCATTGTTGCAACAGTAAATTTTTTGATCGAGGCATGGTTTTGCCAAATCGTGAAATTGGACATTTAACAATTTCACTTGGTTGGCAGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCA
CATGGTGATTTTGAGACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGgtattcttttttccattccaagggcatatataaccaaatacgcttccatgttacattgc
acgagtgttacagttacaaatagcttttccagAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCAT
GTATACTTTCTCACTTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGG
GCTATCATTATTTTGTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAA
AATACCACCATTTCCTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTCAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCC
TTGATGCACATCTTATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCAC
GGTCTTGGACAAAATGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACT
TGTTGATCAGGGGGTTCACTGCTCATTGAGACAATTGCTTGAGGAGGGATTTTTCCATGCTGATCCACACCCTGGAAATCTTGTGGCTATTAGAGAAGGGTCCCTTGCATACCTTGACTTTGGTATGATGGGCAATATTCCACGACATTATCGAGTAGGCCTCATTCAAACGCTTGTACACTTTGTTAATCGTGACTCTT
TGGGTTTGGCAAATGACTTTCTTTCACTTGGTTTTCTTCCTGAGGGAACAGAGATAAAGACTATTGCTGATGCTTTGCAAGTATCTTTTCGTGACGAATCGAAAAAATCAAACTTGGATTTCCAGGTATGGTTGTCATTTCTGACATTCCATAATTAAGGTGTCACAGTCCTTCCAGTGTTCGTTTGACATGCTGTTAGA
ATAGAACATCTTTTAGGTATTTAGATTGAAGAGTTTAGCTTGTTGAATGCCTCATGGAATGTTCTCTAAAATACTCAGTATACAACTTAGAGAATTCAGGTCTGGCCCTATCTTTAGTCAACCC

Intron 2 GTACGTGATT ... TTAATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.23	4	9	2
A2	83.33	1	5	5
A3	57.14	3	4	7
A4	50	7	7	1
A5	50	13	13	0
A6	50	5	5	0
A7	50	2	2	0
A8	50	4	4	0
A9	62.5	3	5	0
A10	50	3	3	0

>TRINITY_DN98890_c1_g1_i14 from sample A4 / Example spliced isoform

GGGGGCGGGAAGTTGCAGACTAACGGATATATGTATAGTCGATTATTTCAACATTTGCTGCCTTGGACTGAGGCATGGAGCTCAATTTCAAATTTAATTACGAGACGTGCCGCATTAGGGAATTATTTTGATGGAGGTAGGGCGTTAAGCCATTATTCCTCCATTACTGAAAGCTGAAGAGGATTATTTATTTCAAATAC
AAGTAAATATCACATACATTAAGCATAAAGAACGGGATTATCATTAAATTGATCTTTAATTATTCAAGGCTTTGTTTTCCCTTCTGATATTTTGATATGCTGTCGAGTAGAGATTGGGGCATATTTTGCACGGATCAGACCTTTAAAGTTTGCGTTCTCAATACATTGCCTTGACGGGGTAAAGATGATGGAATAATTAT
TCTGTATTATGTTTCATTGTTGCAACAGTAAATTTTTTGATCGAGGCATGGTTTTGCCAAATCGTGAAATTGGACATTTAACAATTTCACTTGGTTGGCAGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGA
GACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGGTATTCTTTTTTCCATTCCAAGGGCATATATAACCAAATACGCTTCCATGTTACATTGCACGAGTGTTACAGT
TACAAATAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATACTTTCTCAC
TTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATCATTATTTT
GTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTC
CTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTCAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATGCACATCTT
ATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAA
TGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGGGAA
AGAAATATGGGTATGGCATTCAAATATTAACTAGAAATTGATGCTTGATCAATAATTTTTGATATGTGCATACTTGAGGGGGTTCACTGCTCATTGAGACAATTGCTTGAGGAGGGATTTTTCCATGCTGATCCACACCCTGGAAATCTTGTGGCTATTAGAGAAGGGTCCCTTGCATACCTTGACTTTGGTATGATGGG
CAATATTCCACGACATTATCGAGTAGGCCTCATTCAAACGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTCCT

>TRINITY_DN98890_c1_g1_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGGGGCGGGAAGTTGCAGACTAACGGATATATGTATAGTCGATTATTTCAACATTTGCTGCCTTGGACTGAGGCATGGAGCTCAATTTCAAATTTAATTACGAGACGTGCCGCATTAGGGAATTATTTTGATGGAGGTAGGGCGTTAAGCCATTATTCCTCCATTACTGAAAGCTGAAGAGGATTATTTATTTCAAATAC
AAGTAAATATCACATACATTAAGCATAAAGAACGGGATTATCATTAAATTGATCTTTAATTATTCAAGGCTTTGTTTTCCCTTCTGATATTTTGATATGCTGTCGAGTAGAGATTGGGGCATATTTTGCACGGATCAGACCTTTAAAGTTTGCGTTCTCAATACATTGCCTTGACGGGGTAAAGATGATGGAATAATTAT
TCTGTATTATGTTTCATTGTTGCAACAGTAAATTTTTTGATCGAGGCATGGTTTTGCCAAATCGTGAAATTGGACATTTAACAATTTCACTTGGTTGGCAGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGA
GACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGGTATTCTTTTTTCCATTCCAAGGGCATATATAACCAAATACGCTTCCATGTTACATTGCACGAGTGTTACAGT
TACAAATAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATACTTTCTCAC
TTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATCATTATTTT
GTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTC
CTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTCAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATGCACATCTT
ATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAA
TGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGgtac
gtgattaggaaatgctattgtgggttgatatcaggaatatcacagtataataccagacacaaagaaaggttaaacctttattttgggcatggtgcttcaggttttataccagagatgggatatttatgtatcttttgattgcttattttatttggattcttaattgtagGGAAAGAAATATGGGTATGGCATTCAAATAT
TAACTAGAAATTGATGCTTGATCAATAATTTTTGATATGTGCATACTTGAGGTTTGTATTAGTTGTAAATAATTAAATTTGATTGCAGCAATAATTTTGCACCTGTTTTTTCTGTAAAAGGACTGCTAGTTCTGTAACTGTCATTGAAATTTGGTCCTCTTGTCATCGCAAGAAATTCATTTTTGGATGATTGTAACTAT
GGTCATTTTTTTTCTTTCAAAAATTGAGTTTAACAATACTGACTAATTTTATTTGCTTTGCTAGGGGGTTCACTGCTCATTGAGACAATTGCTTGAGGAGGGATTTTTCCATGCTGATCCACACCCTGGAAATCTTGTGGCTATTAGAGAAGGGTCCCTTGCATACCTTGACTTTGGTATGATGGGCAATATTCCACGAC
ATTATCGAGTAGGCCTCATTCAAACGGTATGCAGTTCTTCAATATACTGTATAGAATCTAACACGAAACATCATATCTTGCATTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACA
AAATACCACCATTTCCT

Intron 3 GTAAAGATGA ... TGGTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	7	0.1	7
A2	68.42	12	2.6	26
A3	80	6	1.1	24
A4	80	5	1.2	20
A5	56.27	10	2.2	12.9
A6	80	1	0	4
A7	60	4	0	6
A8	-1	0	0	0
A9	57.14	3	0.1	4
A10	80	2	0.2	8

>TRINITY_DN116001_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CAAAGGGAAAACACGAGATTTCGTCACTACCATGCCTTAGTTTTCACTAATTTCGGCTTCTCCAGTTTCAATTCACATATATATTATCGGGGGTTGGGGGGCGGGAAGTTGCAGACTAACGGATATATGTATAGTCGATTATTTCAACATTTGCTGCCTTGGACTGAGGCATGGAGCTCAATTTCAAATTTAATTACGAG
ACGTGCCGCATTAGGGAATTATTTTGATGGAGAGATTGGGGCATATTTTGCACGGATCAGACCTTTAAAGTTTGCGTTCTCAATACATTGCCTTGACGGGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGAG
ACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGGTATTCTTTTTTCCATTCCAAGGGCATATATAACCAAATACGCTTCCATGTTACATTGCACGAGTGTTACAGTT
ACAAATAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATACTTTCTCACT
TCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATCATTATTTTG
TCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTCC
TAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATGCACATCTTATCCAC
ATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAATGATGA
TAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGGTACGTGATT
AGGAAATGCTATTGTGGGTTGATATCAGGAATATCACAGTATAATACCAGACACAAAGAAAGGTTAAACCTTTATTTTGGGCATGGTGCTTCAGGTTTTATACCAGAGATGGGATATTTATGTATCTTTTGATTGCTTATTTTATTTGGATTCTTAATTGTAGGGAAAGAAATATGGGTATGGCATTCAAATATTAACTA
GAAATTGATGCTTGATCAATAATTTTTGATATGTGCA

>TRINITY_DN116001_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAAAGGGAAAACACGAGATTTCGTCACTACCATGCCTTAGTTTTCACTAATTTCGGCTTCTCCAGTTTCAATTCACATATATATTATCGGGGGTTGGGGGGCGGGAAGTTGCAGACTAACGGATATATGTATAGTCGATTATTTCAACATTTGCTGCCTTGGACTGAGGCATGGAGCTCAATTTCAAATTTAATTACGAG
ACGTGCCGCATTAGGGAATTATTTTGATGGAGAGATTGGGGCATATTTTGCACGGATCAGACCTTTAAAGTTTGCGTTCTCAATACATTGCCTTGACGGGgtaaagatgatggaataattattctgtattatgtttcattgttgcaacagtaaattttttgatcgaggcatggttttgccaaatcgtgaaattggacatt
taacaatttcacttggttggcagTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGAGACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATA
GGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGGTATTCTTTTTTCCATTCCAAGGGCATATATAACCAAATACGCTTCCATGTTACATTGCACGAGTGTTACAGTTACAAATAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCC
ACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATACTTTCTCACTTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAA
TCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATCATTATTTTGTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGAC
TTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTCCTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAG
AACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATGCACATCTTATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCA
TATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAATGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACT
GGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGGTACGTGATTAGGAAATGCTATTGTGGGTTGATATCAGGAATATCACAGTATAATACCAGACACAAAGAAAGGTTAAACCTTTATTT
TGGGCATGGTGCTTCAGGTTTTATACCAGAGATGGGATATTTATGTATCTTTTGATTGCTTATTTTATTTGGATTCTTAATTGTAGGGAAAGAAATATGGGTATGGCATTCAAATATTAACTAGAAATTGATGCTTGATCAATAATTTTTGATATGTGCA

Intron 4 GTATTCTTTT ... TTACAAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.68	30	21	9.5
A2	39.73	9	7	5
A3	21.53	16	6	3
A4	31.63	16	10	5
A5	36.36	7	6	2
A6	33.33	3	3	0
A7	19.34	11	3	2.5
A8	20	2	1	0
A9	22.22	7	3	1
A10	23.37	9	2	3.5

>TRINITY_DN132527_c2_g4_i15 from sample A1 / Example spliced isoform

GATGGAATAATTATTCTGTATTATGTTTCATTGTTGCAACAGTAAATTTTTTGATCGAGGCATGGTTTTGCCAAATCGTGAAATTGGACATTTAACAATTTCACTTGGTTGGCAGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCA
CATGGTGATTTTGAGACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCG
ATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGGTTTGTATAAACTATTCTCTCCGTGTGCTGGTGC

>TRINITY_DN132527_c2_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATGGAATAATTATTCTGTATTATGTTTCATTGTTGCAACAGTAAATTTTTTGATCGAGGCATGGTTTTGCCAAATCGTGAAATTGGACATTTAACAATTTCACTTGGTTGGCAGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCA
CATGGTGATTTTGAGACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGgtattcttttttccattccaagggcatatataaccaaatacgcttccatgttacattgc
acgagtgttacagttacaaatagCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCAT
GTATACTTTCTCACTTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGG
GCTATCATTATTTTGTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAA
AATACCACCATTTCCTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTCAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCC
TTGATGCACATCTTATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCAC
GGTCTTGGACAAAATGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACT
TGTTGATCAGGGGGTTCACTGCTCATTGAGACAATTGCTTGAGGAGGGATTTTTCCATGCTGATCCACACCCTGGAAATCTTGTGGCTATTAGAGAAGGGTCCCTTGCATACCTTGACTTTGGTATGATGGGCAATATTCCACGACATTATCGAGTAGGCCTCATTCAAACGCTTGTACACTTTGTTAATCGTGACTCTT
TGGGTTTGGCAAATGACTTTCTTTCACTTGGTTTTCTTCCTGAGGGAACAGAGATAAAGACTATTGCTGATGCTTTGCAAGTATCTTTTCGTGACGAATCGAAAAAATCAAACTTGGATTTCCAGGTATGGTTGTCATTTCTGACATTCCATAATTAAGGTGTCACAGTCCTTCCAGTGTTCGTTTGACATGCTGTTAGA
ATAGAACATCTTTTAGGTATTTAGATTGAAGAGTTTAGCTTGTTGAATGCCTCATGGAATGTTCTCTAAAATACTCAGTATACAACTTAGAGAATTCAGGTCTGGCCCTATCTTTAGTCAACCC

Intron 5 GTAGGGCGTT ... TGTCGAGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.46	11.6	9	2
A2	31.82	15	10	4
A3	21.48	3.8	2	0
A4	50.79	7.8	8	8
A5	27.27	4	1	2
A6	100	0	1	1
A7	10.48	8.7	2	0
A8	-1	0	0	0
A9	13.18	9.9	3	0
A10	0	3	0	0

>TRINITY_DN116001_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CAAAGGGAAAACACGAGATTTCGTCACTACCATGCCTTAGTTTTCACTAATTTCGGCTTCTCCAGTTTCAATTCACATATATATTATCGGGGGTTGGGGGGCGGGAAGTTGCAGACTAACGGATATATGTATAGTCGATTATTTCAACATTTGCTGCCTTGGACTGAGGCATGGAGCTCAATTTCAAATTTAATTACGAG
ACGTGCCGCATTAGGGAATTATTTTGATGGAGAGATTGGGGCATATTTTGCACGGATCAGACCTTTAAAGTTTGCGTTCTCAATACATTGCCTTGACGGGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGAG
ACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGGTATTCTTTTTTCCATTCCAAGGGCATATATAACCAAATACGCTTCCATGTTACATTGCACGAGTGTTACAGTT
ACAAATAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATACTTTCTCACT
TCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATCATTATTTTG
TCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTCC
TAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATGCACATCTTATCCAC
ATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAATGATGA
TAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGGTACGTGATT
AGGAAATGCTATTGTGGGTTGATATCAGGAATATCACAGTATAATACCAGACACAAAGAAAGGTTAAACCTTTATTTTGGGCATGGTGCTTCAGGTTTTATACCAGAGATGGGATATTTATGTATCTTTTGATTGCTTATTTTATTTGGATTCTTAATTGTAGGGAAAGAAATATGGGTATGGCATTCAAATATTAACTA
GAAATTGATGCTTGATCAATAATTTTTGATATGTGCA

>TRINITY_DN116001_c0_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAAAGGGAAAACACGAGATTTCGTCACTACCATGCCTTAGTTTTCACTAATTTCGGCTTCTCCAGTTTCAATTCACATATATATTATCGGGGGTTGGGGGGCGGGAAGTTGCAGACTAACGGATATATGTATAGTCGATTATTTCAACATTTGCTGCCTTGGACTGAGGCATGGAGCTCAATTTCAAATTTAATTACGAG
ACGTGCCGCATTAGGGAATTATTTTGATGGAGgtagggcgttaagccattattcctccattactgaaagctgaagaggattatttatttcaaatacaagtaaatatcacatacattaagcataaagaacgggattatcattaaattgatctttaattattcaaggctttgttttcccttctgatattttgatatgctgtc
gagtagAGATTGGGGCATATTTTGCACGGATCAGACCTTTAAAGTTTGCGTTCTCAATACATTGCCTTGACGGGGTAAAGATGATGGAATAATTATTCTGTATTATGTTTCATTGTTGCAACAGTAAATTTTTTGATCGAGGCATGGTTTTGCCAAATCGTGAAATTGGACATTTAACAATTTCACTTGGTTGGCAGTGC
CAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGAGACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGA
TTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGGTATTCTTTTTTCCATTCCAAGGGCATATATAACCAAATACGCTTCCATGTTACATTGCACGAGTGTTACAGTTACAAATAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCA
ATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATACTTTCTCACTTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGA
GTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATCATTATTTTGTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATA
TTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTCCTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGA
CAGGTTTATAAAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATGCACATCTTATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTT
TAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAATGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTC
ACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGGTACGTGATTAGGAAATGCTATTGTGGGTTGATATCAGGAATATCACAGTATAATACCAGACACAAAGAAAGGTTAAACCTTTATTTTGGGCATGGTGCTTCAGGTTTTATAC
CAGAGATGGGATATTTATGTATCTTTTGATTGCTTATTTTATTTGGATTCTTAATTGTAGGGAAAGAAATATGGGTATGGCATTCAAATATTAACTAGAAATTGATGCTTGATCAATAATTTTTGATATGTGCA

Intron 6 GTTAGGCATA ... TTTGACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.1	22	29	25
A2	76	6	19	19
A3	73.08	7	13	25
A4	78.26	5	23	13
A5	85.37	3	12	23
A6	80.65	3	5	20
A7	69.23	4	11	7
A8	91.3	1	9	12
A9	77.78	6	22	20
A10	61.54	5	7	9

>TRINITY_DN45840_c1_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

TGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGAGACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAA
ATACTTGCCCCCTTGAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCATGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATAC
TTTCTCACTTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATC
ATTATTTTGTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACC
ACCATTTCCTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTCAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATG
CACATCTTATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAATGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAA
TATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGGGGGTTCACTGCTCATTGAGACAATTGCTTGAGGAGGGATTTTTCCATGCTGATCCACACCCTGGAAATCTTGTGGCTATT
AGAGAAGGGTCCCTTGCATACCTTGACTTTGGTATGATGGGCAATATTCCACGACATTATCGAGTAGGCCTCATTCAAACGCTTGTACACTTTGTTAATCGTGACTCTTTGGGTTTGGCAAATGACTTTCTTTCACTTGGTTTTCTTCCCGAGGGAACAGAGATAAAGACTATTGCTGATGCTTTGCAAGTATCTTTTCG
TGACGAATCGAAAAAATCAAACTTGGATTTCCAGGGTATTATGAGCCAGTTATCTTATGTCATGTATGAGTACAACTTTTCTTTGCCTCCTGACTATGCATTAGTGATAAGAGCTCTGGGATCTCTAGAAGGAACGGCAAAGACATTGGATCCAGAATTTAAAGTGGTTGCAAGCGCATATCCTTTTATTATAGGCAGAT
TACTTGCTGATCCAGATCCCGATATGAGAAAAATATTGAGGGAGCTTCTTATCCGCAACAATGGATCAATTCGGTGGCATCGTCTTGAACGCCTTGTAATGGCAATTGCTGAGCAGACCTCGGTCACAGATAAAAATGCTCAAGGGAACAGGTCAGAAAATGATGTGGACTCTACTGCAGTAAAAGGATGGACTTTATCT
TTTGATATGCGGGCTGTTGCTGCAGCAACAGTAGATCTGTTTGATTTTATTTTCTCGGGGAGAGGTGAAAGGGTTCAAATTCGACTAGTTCAAGATATTGTTAAAGCACTAGATGTTTTTCTGCAGCAAGAGCTTCTTGGTTATCTTTATCCGGAGAGTGGTGAAGCCAACAAAAGTAGAGGCTTCTCTAAAGAGAGACA
AAATTTTAACAATGAAAATGGACCACAAGAGCAATTGGTTCATGATGATTGGGATGAGACGAGACATGCATCCCAGAACCAATCCGCTATGATTGAGGGACAGCCAAAGTCTAAATTTTCATCAAGAAGGGGAAACCATGATTCTCATTTTAAAGCTCATCATTATAGGGAAAATACAGGTTCAGAAAGCTCCAGGGGAG
CATCTGCAACAAAAGATGGTGAGATGGAAAATGAACAGAATCACATTTTTCTCATTAGGGTTATTTCTGGCCTGCGTGCTTTTGTCAGAGCTGTGAATGCTGCACCTGAAGTATGGATACCTTTGCTAGTTAGTATTGCAGCTAGGCACGAGGTACAAAAGTTTTTTATTGATGTTCTAAATGCCTTGGTTAAGACTTCC
TGTCACAAGATACCCGAAGTTGTCTGGCTAAATATTTCAAAAGCTATTCACAAGTCTGCTGAATGGAATAGGTGATATTGATTGTACATTTTTCCATTGAGATGTAGAATTTCTTCAAATTTATGAGGATATCTGGAGCCTAGCATTGCCAAAAATGTAAATTTCCTGAGAATTTGTTTCAAGAGAGGGTAGGGAAGGAT
GATTTGTTCCTTTATTTTGTACTGTTCACAGTTTGCTTTCATTTGGCATTGTTCAAATTCTTTTGGCAAATTTTCTGGCATTTTCTCTCTTTATTGCTAGATGTGTATTTATTTGAGAGGGATGGTTATTGATAGAATCTCTACATCCAGTTGTCAAGGGGACTTGTCTGCAAGTATTGACGAGAATCTGTTGTAATTGT
GAATATTTTCAACATTGAAAATGTATTAGTCACATCAGGACTTCTCATAATTGCCAAATTAAGAATAACGTTACTTTGAGATCTTTGATTACATTTTTCATTAAGAC

>TRINITY_DN45840_c1_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGAGACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAA
ATACTTGCCCCCTTGAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCATGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATAC
TTTCTCACTTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATC
ATTATTTTGTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACC
ACCATTTCCTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTCAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATG
CACATCTTATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGgttaggcatatgtttgaggagattgattatattttagaggcacagaatgctgagcgtttttctgccctgtatggttttgacgcagGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTT
GGACAAAATGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGA
TCAGGGGGTTCACTGCTCATTGAGACAATTGCTTGAGGAGGGATTTTTCCATGCTGATCCACACCCTGGAAATCTTGTGGCTATTAGAGAAGGGTCCCTTGCATACCTTGACTTTGGTATGATGGGCAATATTCCACGACATTATCGAGTAGGCCTCATTCAAACGCTTGTACACTTTGTTAATCGTGACTCTTTGGGTT
TGGCAAATGACTTTCTTTCACTTGGTTTTCTTCCCGAGGGAACAGAGATAAAGACTATTGCTGATGCTTTGCAAGTATCTTTTCGTGACGAATCGAAAAAATCAAACTTGGATTTCCAGGGTATTATGAGCCAGTTATCTTATGTCATGTATGAGTACAACTTTTCTTTGCCTCCTGACTATGCATTAGTGATAAGAGCT
CTGGGATCTCTAGAAGGAACGGCAAAGACATTGGATCCAGAATTTAAAGTGGTTGCAAGCGCATATCCTTTTATTATAGGCAGATTACTTGCTGATCCAGATCCCGATATGAGAAAAATATTGAGGGAGCTTCTTATCCGCAACAATGGATCAATTCGGTGGCATCGTCTTGAACGCCTTGTAATGGCAATTGCTGAGCA
GACCTCGGTCACAGATAAAAATGCTCAAGGGAACAGGTCAGAAAATGATGTGGACTCTACTGCAGTAAAAGGATGGACTTTATCTTTTGATATGCGGGCTGTTGCTGCAGCAACAGTAGATCTGTTTGATTTTATTTTCTCGGGGAGAGGTGAAAGGGTTCAAATTCGACTAGTTCAAGATATTGTTAAAGCACTAGATG
TTTTTCTGCAGCAAGAGCTTCTTGGTTATCTTTATCCGGAGAGTGGTGAAGCCAACAAAAGTAGAGGCTTCTCTAAAGAGAGACAAAATTTTAACAATGAAAATGGACCACAAGAGCAATTGGTTCATGATGATTGGGATGAGACGAGACATGCATCCCAGAACCAATCCGCTATGATTGAGGGACAGCCAAAGTCTAAA
TTTTCATCAAGAAGGGGAAACCATGATTCTCATTTTAAAGCTCATCATTATAGGGAAAATACAGGTTCAGAAAGCTCCAGGGGAGCATCTGCAACAAAAGATGGTGAGATGGAAAATGAACAGGTACATATCCATGCCAATTCAGACTCAGAAGGAAGTTACTGTGAGAATTCTCCTTATGTATTTTAGGCTTCTTGAAT
TGAATTTTTTTGTTTCAAGATCAAATGCACATAGGGGTTTGCTAGATTCTTGGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTTCACAATTCATATGCACTGGAAAAAATAAAGTCTTTGTTAGTTCTGATGTCACAGCCAGCCCTTCCAAATACAAATGTTCTCATATTTGTCTTTTCTTCTGAGGAGTAGGATAGGTATGACAGTAATA
CATAAATATCGATGCAAACATGGATATATATATATATGAAACTGCATCTGAGTTGGGGGACATGATTTACGTGCTCTTCATTTCCCTTCTAGATGAACACTTACCG

Intron 7 GTTTGTATTA ... GCTTTGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	12	2	12
A2	61.54	5	0	8
A3	62.5	6	5	10
A4	53.33	7	4	8
A5	64.29	5	0	9
A6	50	3	0	3
A7	50	12	0	12
A8	50	5	0	5
A9	47.06	9	0	8
A10	50	6	0	6

>TRINITY_DN98890_c1_g1_i14 from sample A4 / Example spliced isoform

GGGGGCGGGAAGTTGCAGACTAACGGATATATGTATAGTCGATTATTTCAACATTTGCTGCCTTGGACTGAGGCATGGAGCTCAATTTCAAATTTAATTACGAGACGTGCCGCATTAGGGAATTATTTTGATGGAGGTAGGGCGTTAAGCCATTATTCCTCCATTACTGAAAGCTGAAGAGGATTATTTATTTCAAATAC
AAGTAAATATCACATACATTAAGCATAAAGAACGGGATTATCATTAAATTGATCTTTAATTATTCAAGGCTTTGTTTTCCCTTCTGATATTTTGATATGCTGTCGAGTAGAGATTGGGGCATATTTTGCACGGATCAGACCTTTAAAGTTTGCGTTCTCAATACATTGCCTTGACGGGGTAAAGATGATGGAATAATTAT
TCTGTATTATGTTTCATTGTTGCAACAGTAAATTTTTTGATCGAGGCATGGTTTTGCCAAATCGTGAAATTGGACATTTAACAATTTCACTTGGTTGGCAGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGA
GACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGGTATTCTTTTTTCCATTCCAAGGGCATATATAACCAAATACGCTTCCATGTTACATTGCACGAGTGTTACAGT
TACAAATAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATACTTTCTCAC
TTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATCATTATTTT
GTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTC
CTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTCAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATGCACATCTT
ATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAA
TGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGGGAA
AGAAATATGGGTATGGCATTCAAATATTAACTAGAAATTGATGCTTGATCAATAATTTTTGATATGTGCATACTTGAGGGGGTTCACTGCTCATTGAGACAATTGCTTGAGGAGGGATTTTTCCATGCTGATCCACACCCTGGAAATCTTGTGGCTATTAGAGAAGGGTCCCTTGCATACCTTGACTTTGGTATGATGGG
CAATATTCCACGACATTATCGAGTAGGCCTCATTCAAACGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTCCT

>TRINITY_DN98890_c1_g1_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGGGGCGGGAAGTTGCAGACTAACGGATATATGTATAGTCGATTATTTCAACATTTGCTGCCTTGGACTGAGGCATGGAGCTCAATTTCAAATTTAATTACGAGACGTGCCGCATTAGGGAATTATTTTGATGGAGGTAGGGCGTTAAGCCATTATTCCTCCATTACTGAAAGCTGAAGAGGATTATTTATTTCAAATAC
AAGTAAATATCACATACATTAAGCATAAAGAACGGGATTATCATTAAATTGATCTTTAATTATTCAAGGCTTTGTTTTCCCTTCTGATATTTTGATATGCTGTCGAGTAGAGATTGGGGCATATTTTGCACGGATCAGACCTTTAAAGTTTGCGTTCTCAATACATTGCCTTGACGGGGTAAAGATGATGGAATAATTAT
TCTGTATTATGTTTCATTGTTGCAACAGTAAATTTTTTGATCGAGGCATGGTTTTGCCAAATCGTGAAATTGGACATTTAACAATTTCACTTGGTTGGCAGTGCCAGGGTTGAGTTTTGAAGAATTCCCTATTTCAATGTTAAACAAGGGTTTTGGGCTTTGGCGAATGAGCTGAGTTTAGTGTCACATGGTGATTTTGA
GACTGAGCTGAGTGAAACAAACTTCTTTGGTTGAGAATAAGTATTTGCCCGGCTATTGGGCGAGCAACGAGCTTTATAGGATGTTGATTCACTAGCAGACGAGATTTTAAATACTTGCCCCCTTGAGGTATTCTTTTTTCCATTCCAAGGGCATATATAACCAAATACGCTTCCATGTTACATTGCACGAGTGTTACAGT
TACAAATAGCTTTTCCAGAAACGCAGGTCATGAGGATTGCAGCTGTACGTCTTCGGAGGCATCTGGCGATCTGTGGCCACCATGCTCTTCTGCAGTCTACAGCAATACATGCCAAGTATATCCCAGAAGCTTATGCATGTTACCACATGCTCATGAAAAACCAAGGATCTGATGGAACTGGAGCATGTATACTTTCTCAC
TTCTTCAAGGGCTTTACAAACCAACAGAGCTTCTCGACAAGTGTTCATGCTGAAAAGCCGTCAGCTGAGTATGCAAAATCTAGAAGAGAATCACTTGAGAATGAGTTTGGACATGCAATTGGCAGTCATGGTTCAAAAACACTCTCAGTCTATTACCGATTTGGTCCTTTCTTGGCATTGTACAGGGCTATCATTATTTT
GTCTCATGTAGCTGTGCTGAGTGTATGGCATTATTTTGCAAAGGATATCCACAAGCGTGCAGTTAAGTTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACAAAATACCACCATTTC
CTAGTAAAGTGGCAATTCAGTCTATTGAGTCCCAGCTTGGTGCACCAATCTCAAAGCTTTTTGCCAATATCAGTTCAGAACCTATTGCTGCAGCATCGTTGGGACAGGTTTATAAAGCTCAGCTTCATTCTGGAGAGCTTGTCGCTGTTAAAGTACAGAGGCCTGGCATGCCATTGGCGTTGGCCCTTGATGCACATCTT
ATCCACATCATTGGTGGTCAACTGAAGCACTTTGCAAAGGCTCGTGGTGATTTGTTGTCTGCAGTAAATGAAATGGTTAGGCATATGTTTGAGGAGATTGATTATATTTTAGAGGCACAGAATGCTGAGCGTTTTTCTGCCCTGTATGGTTTTGACGCAGGTTATGAGAGTTACTTAAAATATCACGGTCTTGGACAAAA
TGATGATAGAAGGAGAAATGATACTTCAAGTTACAGTCATTACAGTAAGAGAAAAAGTTGGGTGAAGGTGCCAAAAATATACTGGGATTTTACCCGCAAGTCTGTACTCACGATGGAGTGGATAGATGGTATTAAACTGACAGATAATGGAGGAATGAAGGAAGCCAGTTTGAATATTCAACAACTTGTTGATCAGGTAC
GTGATTAGGAAATGCTATTGTGGGTTGATATCAGGAATATCACAGTATAATACCAGACACAAAGAAAGGTTAAACCTTTATTTTGGGCATGGTGCTTCAGGTTTTATACCAGAGATGGGATATTTATGTATCTTTTGATTGCTTATTTTATTTGGATTCTTAATTGTAGGGAAAGAAATATGGGTATGGCATTCAAATAT
TAACTAGAAATTGATGCTTGATCAATAATTTTTGATATGTGCATACTTGAGgtttgtattagttgtaaataattaaatttgattgcagcaataattttgcacctgttttttctgtaaaaggactgctagttctgtaactgtcattgaaatttggtcctcttgtcatcgcaagaaattcatttttggatgattgtaactat
ggtcattttttttctttcaaaaattgagtttaacaatactgactaattttatttgctttgctagGGGGTTCACTGCTCATTGAGACAATTGCTTGAGGAGGGATTTTTCCATGCTGATCCACACCCTGGAAATCTTGTGGCTATTAGAGAAGGGTCCCTTGCATACCTTGACTTTGGTATGATGGGCAATATTCCACGAC
ATTATCGAGTAGGCCTCATTCAAACGGTATGCAGTTCTTCAATATACTGTATAGAATCTAACACGAAACATCATATCTTGCATTTCGGAGGACTTTGATTCGACTAGGGCCATTCTATATTAAGCTTGGTCAGGCTCTTAGCACTCGGCCAGATATATTGCCCAATGCTTATTGTCAGGAGCTTGCAAAATTACAGGACA
AAATACCACCATTTCCT