sp|Q9FWT2|UBC16_ARATH ----> Probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 16

Intron 1 GTATGTATCC ... GTCTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.4	83	38	9
A2	23.17	63	19	8
A3	24.8	94	31	7
A4	31.53	76	35	12
A5	22.22	35	10	6
A6	21.72	454	126	3
A7	24.15	471	150	15
A8	21.33	402	109	17
A9	24.09	457	145	12
A10	26.3	325	116	11

>TRINITY_DN39345_c0_g4_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

AGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTCGTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTTCTTCGTAGGCGG
GGTATTCTTCTTAGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGTTCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTGTATTCGCTATCA
AGTCGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGGGCCCCTGGCACA
ATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAGCATTCTTTCAAT
GTTATCTAGCTCTACTGTGAAGCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGA
GATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGA
ATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGCAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACA
TCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGTATAGATTTGAA

>TRINITY_DN39345_c0_g4_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTCGTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTTCTTCGTAGGCGG
GGTATTCTTCTTAGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGTTCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTGTATTCGCTATCA
AGTCGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGGGCCCCTGGCACA
ATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGgtatgtatcccgttgccgtagagttaaatcattggtattctatcaggtctgttatgatttgtattta
tgtttttttctggaattagatttgaaatttgaatgcatactgttttcttgtactgattttggcatgaaattgctattctttttgtttatgttttttctttaatgtatcttgagatctatctagtctattctagctctttttaaaaatcaaaatcgcaaatgattatgtaattcttacattcttcttattcaagatgcata
ttgcaatccaatatttcagcaacaagcataaagtgtcagcaatgcacaatgaaaactactgatatattgatgtcatgtaatgaaaatgatcttcataaaaaatgctgattgtagaatttatggtcttattgttttagtatttagaaggcaatttcaaactttctaccattctctatcccaggcttttgttttggtatacg
ccatattaattgttcctttccaattaattgatggaagtcatgccatggaagaatgagcactttattctcagctatttgaaactagttgaatatttccataacttgcattttgtgatcagcatgcagtcagactccctgtaagggcttgattttctattctggcaatgcgtaaccttattctccttttgttttttcaattt
taggtcacgggtttagtgttttttcctgtaaatatatctagattaaatttgctgttgctgccaattaacaaggtagcaattctggttctccttttcactagttttaagctttaaccttttactggtattgttgagcatatttatagctttaaaactggttatgggcatgactctattttgatgatgtgctaagtttgaaa
taaaaaacgctttttaagatgggccttatatggttggcttagtcagttaagcctaggttggctggctttgcatccaatatagaatatgcttaaacaggactactggtaaataaacagtatgcttaagaatattaaaattatatacttgtcaggctgttacctggttttgcctcccgtgatataccattaaatttctcctt
ctgaaaaagagacgattgtctacaagttgattcatggcctgctagtaagatgtgctttcttattccatgaacactattgtagatttctcagattgttgataggccttgtagaaaacatttaatgaggtggaagtaggaatgactgctatgccttgtagaaaacatttaatgaggtggaagtaggaatgactgctaaaaga
cagtgactggctggcgataatgttatccaatgggcaatgtatgattctgagttttctcatttattgcttgtattgcatgtctgaacagATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAGCATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGGTTTTATTCTGGTCCATATTTCT
TTTCTTTGGAGGTGTTAGGTGATTTTTAGTTTTACAAGCTACTTTAAAGTTTTAAACCTATATATAGAAGCACTTGATTATCAGATTGTAATGCTTCACTGTCTGTAAAATGCAGCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATG
ACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCC
AACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGCAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCA
AAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAA
TAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGTATAGATTTGAA

Intron 2 GTATGTATCT ... TTCTGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.4	93.3	0	12
A2	29.78	70.8	1	30
A3	19.33	83.5	0.5	20
A4	22.04	70.8	1	20
A5	31.28	41.8	0	19
A6	17.61	505.5	0	108
A7	17.12	489	0	101
A8	19.04	361.5	0	85
A9	16.66	495.5	0.5	99
A10	19.93	394	0	98

>TRINITY_DN106996_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGTGGGTGAAGTTATATTTTATGTTATAACTTAATATAAGTTTACTGCATCATTTTTCTGTTCTTTTTAACTGAAACAGCATGGATGCAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAA
ACCCACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGGGCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGATATTCTGTATG
ATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAGCATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTA
GAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCA
CAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGCAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATG
CTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATT
TCCAGATCCAGCAAAGTATAGATTTGAAGACCTTCATTTTTAGATCTTCGAAGGTCTAGATTGCACTAAACATGAAATTTAGTACTTGGTCTTTTCTGAGATTGGATTTTAAAAATGGTTTTGAAGCAGATAGAAACAGAGATTATGGCTAATAATGCCATTGAGTCACTGACATTTATGCTATGCTAGTATGTACATTG
TAATGACGTCAGAGATTGATTTC

>TRINITY_DN106996_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AATTTGCAGAGgtatgtatctacatgtacccttaaatgcagaatcatttatattgctttctgtattttgaagcgattgggtagcaaatgtatttaagggcagagtcaataattctgacagggatttcttctgtttagGTGGATAATTGAGCTCACAGGGGCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCA
AGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAGCATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGCAAAGGC
CGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCG
TGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAA
GTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGCAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACT
TTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGTATAGATTTGAAGACCTTCATTTTTAGATCTTCGAAGGTCTAGATTGCACTAAACATGAAATTTAGTA
CTTGGTCTTTTCTGAGATTGGATTTTAAAAATGGTTTTGAAGCAGATAGAAACAGAGATTATGGCTAATAATGCCATTGAGTCACTGACATTTATGCTATGCTAGTATGTACATTGTAATGACGTCAGAGATTGATTTC

Intron 3 GTGGGTGAAG ... ATGGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.05	105	2	28
A2	15.29	72	1	13
A3	22.41	90	0	26
A4	19.09	89	0	21
A5	17.78	37	0	8
A6	18.85	551	0	128
A7	20	520	0	130
A8	19.54	383	0	93
A9	19.84	489	1	121
A10	13.96	456	0	74

>TRINITY_DN106996_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTCGTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTTCTTCGTAGGCGGGGT
ATTCTTCTTAGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGTTCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTGTATTCGCTATCAAGT
CGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGGGCCCCTGGCACAATG
TATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAGCATTCTTTCAATGTT
ATCTAGCTCTACTGTGAAGCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGAGAT
TTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGAATG
ATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGCAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACATCA
ATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGTATAGATTTGAAGACCTTCATTTTTAGATCTTCGAAGGTCTA
GATTGCACTAAACATGAAATTTAGTACTTGGTCTTTTCTGAGATTGGATTTTAAAAATGGTTTTGAAGCAGATAGAAACAGAGATTATGGCTAATAATGCCATTGAGTCACTGACATTTATGCTATGCTAGTATGTACATTGTAATGACGTCAGAGATTGATTTC

>TRINITY_DN106996_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAGCTCGTCCACCGCTCACAAGgtgggtgaagttatattttatgttataacttaatataagtttactgcatcatttttctgttctttttaactgaaacagcatggatgcagGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAA
ACCCACTGACAATTTGCAGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGGGCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGATATTCTGTATG
ATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAGCATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTA
GAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCA
CAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGCAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATG
CTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATT
TCCAGATCCAGCAAAGTATAGATTTGAAGACCTTCATTTTTAGATCTTCGAAGGTCTAGATTGCACTAAACATGAAATTTAGTACTTGGTCTTTTCTGAGATTGGATTTTAAAAATGGTTTTGAAGCAGATAGAAACAGAGATTATGGCTAATAATGCCATTGAGTCACTGACATTTATGCTATGCTAGTATGTACATTG
TAATGACGTCAGAGATTGATTTC

Intron 4 GTTTTATTCT ... TAAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.23	96.3	11.5	57
A2	28.68	87.3	3	35
A3	27.58	113.1	1	43
A4	27.4	58.5	7.8	22
A5	16.93	29.5	2.3	6
A6	24.54	564.1	4	183
A7	23.45	559.3	7.8	171
A8	25.15	537.3	9.3	180
A9	23.93	488.3	6.3	153
A10	24.95	317	1.5	105

>TRINITY_DN112763_c0_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCAAATCACAGTTGTTAAACATATTCATGGCAGAGCGAGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTC
GTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTTCTTCGTAGGCGGGGTATTCTTCTTCGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGT
TCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTGTATTCGCTATCAAGTCGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGC
AGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGGGCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCT
ATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCAGCATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATATGTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATAT
ATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTTGTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCA
GGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAATCACTCTGAGCATCTGGAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAG
TGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTATCCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGT
ATAGATTTGAAGACCTTCATTTTTAGATCTTCGAAGGTCTAGATTGCAC

>TRINITY_DN112763_c0_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGCTTGATTTTCTATTCTGGCAATGCGTAACCTTATTCTCCTTTTGTTTTTTCAATTTTAGGTCACGGGTTTAGTGTTTTTTCCTGTAAATATATCTAGATTAAATTTGCTGTTGCTGCCAATTAACAAGGTAGCAATTCTGGTTCTCCTTTTCACTAGTTTTAAGCTTTAACCTTTTACTGGTATTGTTGAGCATATTT
ATAGCTTTAAAACTGGTTATGGGCATGACTCTATTTTGATGATGTGCTAAGTTTGAAATAAAAAACGCTTTTTAAGATGGGCCTTATATGGTTGGCTTAGTCAGTTAAGCCTAGGTTGGCTGGCTTTGCATCCAATATAGAATATGCTTAAACAGGACTACTGGTAAATAAACAGTATGCTTAAGAATATTAAAATTATA
TACTTGTCAGGCTGTTACCTGGTTTTGCCTCCCGTGATATACCATTAAATTTCTCCTTCTGAAAAAGAGACGATTGTCTACAAGTTGATTCATGGCCTGCTAGTAAGATGTGCTTTCTTATTCCATGAACACTATTGTAGATTTCTCAGATTGTTGATAGGCCTTGTAGAAAACATTTAATGAGGTGGAAGTAGGAATGA
CTGCTATGCCTTGTAGAAAACATTTAATGAGGTGGAAGTAGGAATGACTGCTAAAAGACAGTGACTGGCTGGCGATAATGTTATCCAATGGGCAATGTATGATTCTGAGTTTTCTCATTTATTGCTTGTATTGCATGTCTGAACAGATATTCTGTATGATTCCTGGTCGCCAGCTATGACAGTCAGCTCTGTCTGCATCA
GCATTCTTTCAATGTTATCTAGCTCTACTGTGAAGgttttattctggtccatatttcttttctttggaggtgttaggtgatttttagttttacaagctactttaaagttttaaacctatatatagaagcacttgattatcagattgtaatgcttcactgtctgtaaaatgcagCAAAGGCCGCCAGATAATGATCGATAT
GTCAAAAATTGTAGAAATGGTCGATCACCTAAAGAGACTCGCTGGTGGTTCCATGATGACAAAGCATAGTTATAACTGCTTTGGTCGTGCTTGGTAGAAGGTCATCTGGATATATCACCATACATTGTAACTCCTTCCTCCTGAGTCACGAGATTTCTGAAACATTGCTGTGTTGCTCCGTGGCTTTTGTTTTGGAGCTT
GTCATAGGCTGCATGTTCAGCTGTTTGTAAAGATGTTGTATTTGTGCTTACTATTCCCAACGTTTTTATTGTCTACCACATGCAAATGAAAATTCACAAGGAGATCATTTGCAGGTGGAAGACCATTAGTTGTGGTTGATCAGTTTAATGAATGATCAAATAAATATTTAAGTTTGCAAAGTAATTGTTAAAATTGCAAT
CACTCTGAGCATCTGGAAGGTTAAAGGTCAGATTGCATTACATAATTTTGAAGGTCCAAAGTGGTAGGCACTGCAAGTGGCAAACTCTTTAATATGCTTGAAAGACCTAATAGTGATTGTTAAGTGGAATTCCCAAATTTCTATAGCTACATCAATTAAACAGGAAGTCTGGAATGGACTTTTAATGGTTTGTTGCGTAT
CCACATTTTGTGATCAAATTAAACATTTGAAAAAAAGATGCTCTGTTTAAAATTTTAATAGTGGTTATGGTATTGTGTCTATTGGTACCTTTCATTTCCAGATCCAGCAAAGTATAGATTTGAAGACCTTCATTTTTAGATCTTCGAAGGTCTAGATTGCAC

Intron 5 GTTGGCTCCT ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.79	81.3	17.3	6.3
A2	7.54	73.5	16.8	6.5
A3	4	79.5	12.8	4
A4	5.6	83.8	15.3	5.5
A5	4.72	40	9.8	2.5
A6	4.68	508.5	94.3	30.5
A7	4.57	485.3	83	27.5
A8	4.1	397.3	59.3	20.8
A9	4.36	473.8	79.5	26.5
A10	3.65	417.8	74.3	19

>TRINITY_DN112763_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCAAATCACAGTTGTTAAACATATTCATGGCAGAGCGAGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTC
GTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTTCTTCGTAGGCGGGGTATTCTTCTTCGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGT
TCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTGTATTCGCTATCAAGTCGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGC
AGAGGTGGATAATTGAGCTCACAGGGGCCCCTGGCACAATGTATGCCAATGAATCTTATCAGCTCCAAGTGGATTTCCCTGATCATTACCCCATGGAAGCTCCACAGGTTATTTTTCTCCCACAAGCGCCTATGCATCCTCATATTTACAGCAATGGTCACATATGTCTAGGTATGTATCCCGTTGCCGTAGAGTTAAAT
CATTGGTATTCTATCAGGTCTGTTATGATTTGTATTTATGTTTTTTTCTGGAATTAGATTTGAAATTTGAATGCATACTGTTTTCTTGTACTGATTTTGGCATGAAATTGCTATTCTTTTTGTTTATGTTTTTTCTTTAATGTATCTTGAGATCTATCTAGTCTATTCTAGCTCTTTTTAAAAATCAAAATCGCAAATGA
TTATGTAATTCTTACATTCTTCTTATTCAAGATGCATATTGCAATCCAATATTTCAGCAACAAGCATAAAGTGTCAGCAATGCACAATGAAAACTACTGATATATTGATGTCATGTAATGAAAATGATCTTCATAAAAAATGCTGATTGTAGAATTTATGGTCTTATTGTTTTAGTATTTAGAAGGCAATTTCAAACTTT
CTACCATTCTCTATCCCAGGCTTTTGTTTTGGTATACGCCATATTAATTGTTCCTTTCCAATTAATTGATGGAAGTCATGCCATGGAAGAATGAGCACTTTATTCTCAGCTATTTGAAACTAGTTGAATATTTCCATAACTTGCATTTTGTGATCAGCATGCAGTCAGACTCCC

>TRINITY_DN112763_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCAAATCACAGTTGTTAAACATATTCATGGCAGAGCGAGAAAAACGGAATAATAAAAGCCAATGAGTGGTCCTGTGCGTGCCCTAAAAAGATGTCGGTCGCTTGGTATGAACCCCATGTGATCGATGCTTATTTATAAGACTAGGTTAAAGGCAATTAATTCCATCAAAGAGAAGAGACAGTAGCTTTTGGCATCATTC
GTTCCAATCCTCTTATCACATTCTTTCTTCGTAGGCGGGGTATTCTTCTTCGCTTTTTGGACGACGGGATTTCACTTTTATTGGGTTCCAGGGATTCTTTCTGCTCCCTTCTCTTATCCCATAAAACCCTCATTCTCTTCAACGGAGACCCTACCCTGACCTTCACATCTGTCTCTCTATCCTTTATTTGTGGTCTCAGT
TCGGTACTCTGGGATTTTTGTTTCTGTATTCGCTATCAAGTCGATTACTAGGTTTATTTTTGCAATCACCATGAGCTCGTCCACCGCTCACAAGGGCCAGGGCCTCAGCAAAATAGCTTCCAATAGGCTCCAGAAGGAACTTGTGGAATGGCAAGTGAACCCACCTGCTGGTTTCAAGCACAAACCCACTGACAATTTGC
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