sp|Q9LRB0|LCBK1_ARATH ----> Sphingoid long-chain bases kinase 1
Intron 1 GTATAATCTT ... TCTGCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.1 | 24.7 | 27 | 16.8 |
| A2 | 43.36 | 19 | 22 | 6.9 |
| A3 | 78.45 | 7.4 | 37 | 14.7 |
| A4 | 57.17 | 12.4 | 16 | 15.6 |
| A5 | 32.46 | 12.5 | 9 | 3 |
| A6 | 60.83 | 56.6 | 98 | 75 |
| A7 | 61.23 | 49.4 | 102 | 52.8 |
| A8 | 64.97 | 61 | 126 | 95.7 |
| A9 | 63.03 | 43 | 84 | 61.5 |
| A10 | 70.85 | 18 | 52 | 35 |
>TRINITY_DN121772_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformAATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTG
CGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGTATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCAT
TTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCA
TCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTC
TTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCC
TTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAA
ACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGT
TATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATG
GAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGG
ATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATAT
TGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTG
ACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGG
GGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGT
CAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCAT
TTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACAT
GTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCCAGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAGTTTGGTTGCTCC
GCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCT
>TRINITY_DN121772_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTCTTTGACATCCCATACAAATGTATCATCGGAGTGTGCCTTCTGTAAATTTATAAGAAAATGATCCAATAATAGAGCTCTTCTTAGTGTTTCTTATATTCCATTTTGGTCAAATTCTGCAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAA
TGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGgtataatcttacatgtgggtattctgttgctgtattatgcgaggatgggcgttggttttgataagcaaacttataacttaattgtaatttttacaagtattttttgtattcctgatcttcgagtgcctacaag
aatggatatctttcatacaacggcagtatgcacgctgaagattttgtattttttctgctacagCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATGTACTGTAAAGCCTTTTGTAATTCATCTACAAATTGTATTCTAAACAAAATAA
AATTAAAAAA
Intron 2 GCAAGTGTCT ... AATTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.29 | 22 | 12 | 3.5 |
| A2 | 46.88 | 17 | 15 | 2.8 |
| A3 | 17.14 | 29 | 6 | 2 |
| A4 | 33.33 | 12 | 6 | 3 |
| A5 | 47.37 | 10 | 9 | 3.5 |
| A6 | 13.76 | 94 | 15 | 4.5 |
| A7 | 18.48 | 75 | 17 | 3.5 |
| A8 | 7.59 | 73 | 6 | 8.3 |
| A9 | 11.94 | 59 | 8 | 1.5 |
| A10 | 17.31 | 43 | 9 | 1 |
>TRINITY_DN41561_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformAGAAAATTGGATTAACACAAAGTCGAAATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTAC
AGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTGCGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGT
ATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCATTTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGG
GAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCT
CCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCC
TGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGAT
CATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGCAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAG
CCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGA
TGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAG
CCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTT
CCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAG
CACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTA
CAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTA
AATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCA
GTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGCACTTTTTGGATT
GCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATGTACTGTAAAGCCTTTTGTAATTCATCTACAAATTGTATTCTAAACATTTTTTGGGCACTTTTAGTTCTGTAAAGTTGTCGTTCTATTTTGTCCATTGAAATAATTGGCCTGGAAGAAAAGTTTTTACA
GTGAAATTACTTTGTACTCCACTTGCCCAGCAATATAATGCTGCTGCTTCTTTGCAGCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCCAGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAG
TTTGGTTGCTCCGCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCAGAGAAAGGGGTTATAACTTATAAGTAATGTGGCTC
TGCAGGCTTTATAAATTGGGAATGAAATTGACATCTTGAAACAATGGTGCATTAATCTTGAAGCCATCTTTTAATTGTTGATTTTCATGCGCCAATTTAGTGTTTGTGTCTTTTGTTCAACTTTCTATGCCTTGTAGAAATCCATATTTTTCCTATATTTTGGGATTATG
>TRINITY_DN41561_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:AGAAAATTGGATTAACACAAAGTCGAAATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTAC
AGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTGCGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGT
ATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCATTTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGG
GAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCT
CCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCC
TGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGAT
CATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGCAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAG
CCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGA
TGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAG
CCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTT
CCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAG
CACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTA
CAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTA
AATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCA
GTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGgcaagtgtctaatctgattgctagtcgcaggacatggttgtagaaatttaaatatttagctattaacataagaaaggactgcacattgaagctctctgtatgcctatacaaatggtaggcgagtaaaaacagtttctgggttattttttttagtcag
ttgattcattcagaatggtgccttgttttccatttttatatgctatgacagtctatgccctgtagggacttttctacttctgttccttgctttcgtttctactgttttatttttctgatttgggctccggatgttgcatgtttttttgtttttaattcatgcacttttgtctagtccgcatttatatggactagtaaatc
tttgtgactgcttgcaatattcttgtgtggtatgtctgagttatttgttgaagtttttctgttgaatccaaaagtcaggtttgcattttctgatcgtgtgcagttcttactcttaccaacattatgaatgcaatctgtttggtcaatcactggagttcatgaatgtcaattaaagtagaactaggtggtaggttaaatat
atctatcattttttgggaccgatttatatgtcttttgatatccatatttttgtaaattccatacatatgtaccatcttatcgttaggttatgcatttcagacaatttatatgaaaataatctaatcatttatccattttcagggtttaagcagaatagaacatgacagggtttgctaattctaaccattttgagattact
gctttgcatgtctttgacatcccatacaaatgtatcatcggagtgtgccttctgtaaatttataagaaaatgatccaataatagagctcttcttagtgtttcttatattccattttggtcaaattctgcagGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAA
Intron 3 GTGGGTATTC ... TCTGCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.03 | 13.7 | 27 | 16.6 |
| A2 | 38.74 | 21.3 | 20 | 6.8 |
| A3 | 72.69 | 11 | 43 | 14.3 |
| A4 | 59.38 | 10.7 | 13 | 15.1 |
| A5 | 37.89 | 10.7 | 10 | 3 |
| A6 | 59.38 | 61.7 | 103 | 73.7 |
| A7 | 57.43 | 60 | 108 | 52.4 |
| A8 | 62.4 | 69.3 | 131 | 93.8 |
| A9 | 65.21 | 37 | 75 | 60.9 |
| A10 | 70.09 | 19.7 | 57 | 34.9 |
>TRINITY_DN110523_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGGGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAA
TCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGA
GGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAA
CTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGCAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGT
TCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGA
TGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTT
ACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCC
ACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATC
CTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTA
CCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCAT
CCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACC
AGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGGTATAATCTTACATCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGT
GGGTATTTCCCATCAGAATGTACTGTAAAGCCTTTTGTAATTCATCTACAAATTGTATTCTAAACATTTTTTGGGCACTTTTAGTTCTGTAAAGTTGTCGTTCTATTTTGTCCATTGAAATAATTGGCCTGGAAGAAAAGTTTTTACAGTGAAATTACTTTGTACTCCACTTGCCCAGCAATATAATGCTGCTGCTTCTT
TGCAGCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCT
>TRINITY_DN110523_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTTCTAGCATCCTATCATTTCGCCTATCAATATTTTATTTGAATTATGGTATAGAAATGTGAGGTTGCAGGATGAACTGAAATTTTAACACTTATGTGGCAGATTATAATCTATACATTCGCATTTCTGCTTTTTATGTTGTATCCTTTTTTATTTGGTTCATATTCCTAATATGTGTATGTTTACATTCTTGTATTTCA
GTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGAT
CTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGG
ATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAA
AGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTG
CGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACG
ACACTAGGTATAATCTTACATgtgggtattctgttgctgtattatgcgaggatgggcgttggttttgataagcaaacttataacttaattgtaatttttacaagtattttttgtattcctgatcttcgagtgcctacaagaatggatatctttcatacaacggcagtatgcacgctgaagattttgtattttttctgcta
cagCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATGTACTGTAAAGCCTTTTGTAATTCATCTACAAATTGTATTCTAAACATTTTTTGGGCACTTTTAGTTCTGTAAAGTTGTCGTTCTATTTTGTCCATTGAAATAATTGGCCTGG
AAGAAAAGTTTTTACAGTGAAATTACTTTGTACTCCACTTGCCCAGCAATATAATGCTGCTGCTTCTTTGCAGCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCT
Intron 4 GTCACATTTG ... TTTTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.67 | 16 | 14 | 4 |
| A2 | 32.43 | 25 | 12 | 3 |
| A3 | 29.63 | 19 | 8 | 1 |
| A4 | 35.71 | 18 | 10 | 1 |
| A5 | 46.43 | 15 | 13 | 1 |
| A6 | 28.57 | 5 | 2 | 4 |
| A7 | 38.46 | 8 | 5 | 0 |
| A8 | 33.33 | 4 | 2 | 0 |
| A9 | 33.33 | 2 | 1 | 2 |
| A10 | 33.33 | 22 | 11 | 3 |
>TRINITY_DN121772_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformAATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTG
CGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGTATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCAT
TTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCA
TCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTC
TTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCC
TTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAA
ACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGT
TATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATG
GAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGG
ATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATAT
TGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTG
ACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGG
GGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGT
CAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCAT
TTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACAT
GTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCCAGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAGTTTGGTTGCTCC
GCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCT
>TRINITY_DN121772_c0_g1_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGgtcacatttgatccacgagattcc
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ATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGTATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCATTTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTT
CGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTC
CCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCA
GTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTT
TGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTG
CATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAG
CCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAAT
AGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAAC
TCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGA
AAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACC
TGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACA
GTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCG
CAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGCAAGTGTCTAATCTGATTGCTAGTCGCAGGACATGGTTGTAGAAATTTAAAT
ATTTAGCTATTAACATAAGAAAGGACTGCACATTGAAGCTCTCTGTATGCCTATACAAATGGTAGGCGAGTAAAAACAGTTTCTGG
Intron 5 GTACTGTAAA ... TTCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.98 | 8.2 | 9.4 | 5 |
| A2 | 87.17 | 1.1 | 5.9 | 5 |
| A3 | 59.84 | 7.4 | 10.9 | 11 |
| A4 | 72.36 | 4.8 | 20.5 | 3 |
| A5 | 58.55 | 3.9 | 5.4 | 5 |
| A6 | 77.56 | 17.5 | 94.6 | 20 |
| A7 | 70.57 | 13.5 | 39.3 | 18 |
| A8 | 79.35 | 17.5 | 94.5 | 22 |
| A9 | 75.02 | 17 | 57.3 | 35 |
| A10 | 72.85 | 7.5 | 31.4 | 7 |
>TRINITY_DN121772_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformAATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTG
CGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGTATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCAT
TTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCA
TCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTC
TTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCC
TTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAA
ACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGT
TATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATG
GAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGG
ATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATAT
TGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTG
ACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGG
GGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGT
CAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCAT
TTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACAT
GTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCCAGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAGTTTGGTTGCTCC
GCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCT
>TRINITY_DN121772_c0_g1_i25 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGG
TCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCG
TCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATC
TGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGG
CGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGG
ATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCA
CCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATT
TCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCT
TTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAA
GCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAG
TCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGT
AGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGG
GAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTT
ATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGGTATAATCTTACATGTGGGTATTCTGTTGCTGTATTATGCGAGGATGGGCGTTGGTTTTGATAAGCAAACTTATAACTTAATTGTAATTTTTACAAGTATTTTTTGTATTCCTGATCTTCGAGTGCCTACAAGAATGGATATCTTTCATACAACGGCAGTATGCACGCTGAAGATT
TTGTATTTTTTCTGCTACAGCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATgtactgtaaagccttttgtaattcatctacaaattgtattctaaacattttttgggcacttttagttctgtaaagttgtcgttctattttgtccat
tgaaataattggcctggaagaaaagtttttacagtgaaattactttgtactccacttgcccagcaatataatgctgctgcttctttgcagCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCC
AGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAGTTTGGTTGCTCCGCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCT
Intron 6 GTCACATTTG ... AGGGCCAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.45 | 18 | 14 | 16 |
| A2 | 40.74 | 24 | 12 | 21 |
| A3 | 45.45 | 24 | 8 | 32 |
| A4 | 48.65 | 19 | 10 | 26 |
| A5 | 41.18 | 15 | 13 | 8 |
| A6 | 37.93 | 9 | 2 | 9 |
| A7 | 53.85 | 6 | 5 | 9 |
| A8 | 37.5 | 5 | 2 | 4 |
| A9 | 50 | 5 | 1 | 9 |
| A10 | 50 | 14 | 11 | 17 |
>TRINITY_DN121772_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGG
TCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCG
TCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATC
TGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGG
CGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGG
ATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCA
CCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATT
TCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGTAGGCAAATGGTTTGCTTTTGAAGATGTGGTAATTTCAAATCTGTGAGGGTGCTTAGGTCTCTGTTTGTGACAGTTACTTCTGTAGCAGATAAAGTAATTTACTTCATTGTAAAGGTTACATACTCAAGTTAAATTTTTTGAG
>TRINITY_DN121772_c0_g1_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGgtcacatttgatccacgagattcc
aaaacattcgttttttttaaaattttttattcgatctgctcaatctttgcgcaggatttaagctatgctagccctgatctcgtcaaatgttcttatttttctgtagctcgcataaatttcggcgattttgcggaactctttgttatcttgatggtaaaaatttgaacaggaacagggaactgttaccggaacatttagat
atttataaacccttgcttagggttgcttttgcttgacttcggttcttgaattttactccgattgatcctctgtaagctggaattattttcggcttgattctagtatggtttgcattttcctccttggcatttgcttctgtttaagaggtccgccatctttttaatttcattccgcgtcagggaagatcggggcctgcttt
cgtatttcaattgggaacctgcttcaatctgttagggccagagTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTC
CCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCA
GTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTT
TGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTG
CATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAG
CCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAAT
AGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAAC
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