sp|Q9LRB0|LCBK1_ARATH ----> Sphingoid long-chain bases kinase 1


Intron 1 GTATAATCTT ... TCTGCTACAG

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>TRINITY_DN121772_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTG
CGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGTATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCAT
TTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCA
TCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTC
TTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCC
TTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAA
ACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGT
TATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATG
GAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGG
ATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATAT
TGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTG
ACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGG
GGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGT
CAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCAT
TTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACAT
GTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCCAGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAGTTTGGTTGCTCC
GCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCT


>TRINITY_DN121772_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGTCTTTGACATCCCATACAAATGTATCATCGGAGTGTGCCTTCTGTAAATTTATAAGAAAATGATCCAATAATAGAGCTCTTCTTAGTGTTTCTTATATTCCATTTTGGTCAAATTCTGCAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAA
TGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGgtataatcttacatgtgggtattctgttgctgtattatgcgaggatgggcgttggttttgataagcaaacttataacttaattgtaatttttacaagtattttttgtattcctgatcttcgagtgcctacaag
aatggatatctttcatacaacggcagtatgcacgctgaagattttgtattttttctgctacag
CACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATGTACTGTAAAGCCTTTTGTAATTCATCTACAAATTGTATTCTAAACAAAATAA
AATTAAAAAA




Intron 2 GCAAGTGTCT ... AATTCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN41561_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform
AGAAAATTGGATTAACACAAAGTCGAAATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTAC
AGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTGCGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGT
ATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCATTTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGG
GAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCT
CCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCC
TGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGAT
CATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGCAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAG
CCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGA
TGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAG
CCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTT
CCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAG
CACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTA
CAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTA
AATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCA
GTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGCACTTTTTGGATT
GCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATGTACTGTAAAGCCTTTTGTAATTCATCTACAAATTGTATTCTAAACATTTTTTGGGCACTTTTAGTTCTGTAAAGTTGTCGTTCTATTTTGTCCATTGAAATAATTGGCCTGGAAGAAAAGTTTTTACA
GTGAAATTACTTTGTACTCCACTTGCCCAGCAATATAATGCTGCTGCTTCTTTGCAGCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCCAGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAG
TTTGGTTGCTCCGCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCAGAGAAAGGGGTTATAACTTATAAGTAATGTGGCTC
TGCAGGCTTTATAAATTGGGAATGAAATTGACATCTTGAAACAATGGTGCATTAATCTTGAAGCCATCTTTTAATTGTTGATTTTCATGCGCCAATTTAGTGTTTGTGTCTTTTGTTCAACTTTCTATGCCTTGTAGAAATCCATATTTTTCCTATATTTTGGGATTATG


>TRINITY_DN41561_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:
AGAAAATTGGATTAACACAAAGTCGAAATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTAC
AGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTGCGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGT
ATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCATTTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGG
GAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCT
CCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCC
TGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGAT
CATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGCAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAG
CCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGA
TGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAG
CCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTT
CCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAG
CACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTA
CAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTA
AATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCA
GTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGgcaagtgtctaatctgattgctagtcgcaggacatggttgtagaaatttaaatatttagctattaacataagaaaggactgcacattgaagctctctgtatgcctatacaaatggtaggcgagtaaaaacagtttctgggttattttttttagtcag
ttgattcattcagaatggtgccttgttttccatttttatatgctatgacagtctatgccctgtagggacttttctacttctgttccttgctttcgtttctactgttttatttttctgatttgggctccggatgttgcatgtttttttgtttttaattcatgcacttttgtctagtccgcatttatatggactagtaaatc
tttgtgactgcttgcaatattcttgtgtggtatgtctgagttatttgttgaagtttttctgttgaatccaaaagtcaggtttgcattttctgatcgtgtgcagttcttactcttaccaacattatgaatgcaatctgtttggtcaatcactggagttcatgaatgtcaattaaagtagaactaggtggtaggttaaatat
atctatcattttttgggaccgatttatatgtcttttgatatccatatttttgtaaattccatacatatgtaccatcttatcgttaggttatgcatttcagacaatttatatgaaaataatctaatcatttatccattttcagggtttaagcagaatagaacatgacagggtttgctaattctaaccattttgagattact
gctttgcatgtctttgacatcccatacaaatgtatcatcggagtgtgccttctgtaaatttataagaaaatgatccaataatagagctcttcttagtgtttcttatattccattttggtcaaattctgcag
GTGAAGTCAGTAAAGCTTAAA




Intron 3 GTGGGTATTC ... TCTGCTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A162.0313.72716.6
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>TRINITY_DN110523_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform
TACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGGGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAA
TCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGA
GGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAA
CTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGCAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGT
TCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGA
TGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTT
ACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCC
ACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATC
CTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTA
CCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCAT
CCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACC
AGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGGTATAATCTTACATCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGT
GGGTATTTCCCATCAGAATGTACTGTAAAGCCTTTTGTAATTCATCTACAAATTGTATTCTAAACATTTTTTGGGCACTTTTAGTTCTGTAAAGTTGTCGTTCTATTTTGTCCATTGAAATAATTGGCCTGGAAGAAAAGTTTTTACAGTGAAATTACTTTGTACTCCACTTGCCCAGCAATATAATGCTGCTGCTTCTT
TGCAGCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCT


>TRINITY_DN110523_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TTTCTAGCATCCTATCATTTCGCCTATCAATATTTTATTTGAATTATGGTATAGAAATGTGAGGTTGCAGGATGAACTGAAATTTTAACACTTATGTGGCAGATTATAATCTATACATTCGCATTTCTGCTTTTTATGTTGTATCCTTTTTTATTTGGTTCATATTCCTAATATGTGTATGTTTACATTCTTGTATTTCA
GTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGAT
CTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGG
ATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAA
AGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTG
CGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACG
ACACTAGGTATAATCTTACATgtgggtattctgttgctgtattatgcgaggatgggcgttggttttgataagcaaacttataacttaattgtaatttttacaagtattttttgtattcctgatcttcgagtgcctacaagaatggatatctttcatacaacggcagtatgcacgctgaagattttgtattttttctgcta
cag
CACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATGTACTGTAAAGCCTTTTGTAATTCATCTACAAATTGTATTCTAAACATTTTTTGGGCACTTTTAGTTCTGTAAAGTTGTCGTTCTATTTTGTCCATTGAAATAATTGGCCTGG
AAGAAAAGTTTTTACAGTGAAATTACTTTGTACTCCACTTGCCCAGCAATATAATGCTGCTGCTTCTTTGCAGCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCT




Intron 4 GTCACATTTG ... TTTTCTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A146.6716144
A232.4325123
A329.631981
A435.7118101
A546.4315131
A628.57524
A738.46850
A833.33420
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A1033.3322113



>TRINITY_DN121772_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTG
CGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGTATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCAT
TTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCA
TCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTC
TTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCC
TTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAA
ACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGT
TATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATG
GAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGG
ATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATAT
TGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTG
ACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGG
GGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGT
CAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCAT
TTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACAT
GTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCCAGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAGTTTGGTTGCTCC
GCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCT


>TRINITY_DN121772_c0_g1_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGgtcacatttgatccacgagattcc
aaaacattcgttttttttaaaattttttattcgatctgctcaatctttgcgcaggatttaagctatgctagccctgatctcgtcaaatgttcttatttttctgtag
CTCGCATAAATTTCGGCGATTTTGCGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGAT
ATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGTATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCATTTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTT
CGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTC
CCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCA
GTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTT
TGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTG
CATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAG
CCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAAT
AGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAAC
TCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGA
AAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACC
TGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACA
GTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCG
CAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGCAAGTGTCTAATCTGATTGCTAGTCGCAGGACATGGTTGTAGAAATTTAAAT
ATTTAGCTATTAACATAAGAAAGGACTGCACATTGAAGCTCTCTGTATGCCTATACAAATGGTAGGCGAGTAAAAACAGTTTCTGG




Intron 5 GTACTGTAAA ... TTCTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN121772_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGCTCGCATAAATTTCGGCGATTTTG
CGGAACTCTTTGTTATCTTGATGGTAAAAATTTGAACAGGAACAGGGAACTGTTACCGGAACATTTAGATATTTATAAACCCTTGCTTAGGGTTGCTTTTGCTTGACTTCGGTTCTTGAATTTTACTCCGATTGATCCTCTGTAAGCTGGAATTATTTTCGGCTTGATTCTAGTATGGTTTGCATTTTCCTCCTTGGCAT
TTGCTTCTGTTTAAGAGGTCCGCCATCTTTTTAATTTCATTCCGCGTCAGGGAAGATCGGGGCCTGCTTTCGTATTTCAATTGGGAACCTGCTTCAATCTGTTAGGGCCAGAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCA
TCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTC
TTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCC
TTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAA
ACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGT
TATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATG
GAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGG
ATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATAT
TGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTG
ACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGG
GGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGT
CAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCAT
TTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTTATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACAT
GTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATCAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCCAGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAGTTTGGTTGCTCC
GCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCT


>TRINITY_DN121772_c0_g1_i25 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGG
TCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCG
TCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATC
TGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGG
CGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGG
ATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCA
CCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATT
TCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAACTCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCT
TTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGAAAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAA
GCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACCTGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAG
TCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACAGTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGT
AGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCGCAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGG
GAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGTGAAGTCAGTAAAGCTTAAACCAGGTAAAAATGATCATCAGGGGTGTGGGATAGATGGTGAGCTTCGACATCTAAATGGGCCTATTTCAACTACTTTGCTTCCTGAGCAGTGCAAACTT
ATTGGTCGTCCTGTACGACACTAGGTATAATCTTACATGTGGGTATTCTGTTGCTGTATTATGCGAGGATGGGCGTTGGTTTTGATAAGCAAACTTATAACTTAATTGTAATTTTTACAAGTATTTTTTGTATTCCTGATCTTCGAGTGCCTACAAGAATGGATATCTTTCATACAACGGCAGTATGCACGCTGAAGATT
TTGTATTTTTTCTGCTACAGCACTTTTTGGATTGCGTTAGCGCATGAGTTTTCTTACATGTGCGTGGCAGAGGTCGTCCGCTTGTGGGTATTTCCCATCAGAATgtactgtaaagccttttgtaattcatctacaaattgtattctaaacattttttgggcacttttagttctgtaaagttgtcgttctattttgtccat
tgaaataattggcctggaagaaaagtttttacagtgaaattactttgtactccacttgcccagcaatataatgctgctgcttctttgcag
CAAGACTACATTCAACACTCGTCTCATTGGAATATACTAGTCATAATGAGGAATCCAATCAAAGGTAAATGTTCTTGTTCTGCTGATAATGGAGGACAGAATAGACACCC
AGTCTCTGAATAAACAATTATGAGCTCTAAAAGTTTGGTTGCTCCGCTGAGGACATCATTTAAACCAAATTAAGTTTTCTCTCAAAAAGAGTGTTGATGCAAAAGTTCCATGGGAGATGCCAGTATGAAAAGAGACCAGCAGAAAAAAAGCTGGCATTGTGTGTGGGGTGTTACTGGCAGAAATGTTTTACCCAAGCT




Intron 6 GTCACATTTG ... AGGGCCAGAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A145.45181416
A240.74241221
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A541.1815138
A637.93929
A753.85659
A837.5524
A950519
A1050141117



>TRINITY_DN121772_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGTGTGATAACGCAATGCGAGATAGG
TCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTCCCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCG
TCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCAGTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATC
TGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTTTGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGG
CGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTGCATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGG
ATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAGCCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCA
CCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAATAGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATT
TCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGTAGGCAAATGGTTTGCTTTTGAAGATGTGGTAATTTCAAATCTGTGAGGGTGCTTAGGTCTCTGTTTGTGACAGTTACTTCTGTAGCAGATAAAGTAATTTACTTCATTGTAAAGGTTACATACTCAAGTTAAATTTTTTGAG


>TRINITY_DN121772_c0_g1_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AATCGAAACCACCATTTGGGTTTTATTTAATTCTGCGCCACCTAAAACGCCATTATCACAGTACAGCTAGAATAATTGAGGATTATCAATATATATTAATTTGATTGAATCGGCCGCTGGATCGTCCAATTTAAGCAATTCAAGCTGTGTGCTCAGCTCGATCCACATTATTACAGgtcacatttgatccacgagattcc
aaaacattcgttttttttaaaattttttattcgatctgctcaatctttgcgcaggatttaagctatgctagccctgatctcgtcaaatgttcttatttttctgtagctcgcataaatttcggcgattttgcggaactctttgttatcttgatggtaaaaatttgaacaggaacagggaactgttaccggaacatttagat
atttataaacccttgcttagggttgcttttgcttgacttcggttcttgaattttactccgattgatcctctgtaagctggaattattttcggcttgattctagtatggtttgcattttcctccttggcatttgcttctgtttaagaggtccgccatctttttaatttcattccgcgtcagggaagatcggggcctgcttt
cgtatttcaattgggaacctgcttcaatctgttagggccagag
TGTGATAACGCAATGCGAGATAGGTCTCTCCATAACTGCAAAAGCTTTTTATAATTGATGGGAGGGCTAAGAGAATTCAGCTAGGCATCTCCATTATCCCGGTGGAAGTTGTTGCAGTTGTCTGCTGTACTTTTTGGTGGTAGAGCGATGCGGAGTC
CCCTTGGGAAGCTTGGGGCTCTTTCTCAAAAGATAAACCCCTTGGTATTGTCACAAAATCATCATCGTCATGCTTTATCTGAACCACAGAGGAATAATGTTTCTCCTCAGGTAACTTCTGGGCAGAATTCTTCTCCAGGAACTGCTCGTGAAAAGCGAGGCAGAGTGAAATCCTCCAAAACAGATGAATTGAATTTATCA
GTTGAGAATTTGGAGCATGTTAATGGACATGAGCATAGGATTGATATTGGAGATGAGAGTTCTGATCTGCTGGGACAACTTTTGGTTTCTGGAAAGCTGGTCCCTGTTAAGAAAAAATCAAGTGTAGGCCTTGATAATCAAACTATGAAGTCAAATACAACCAAAGCTGAGGTCACCGCAAAGCTTACCATTAAGGTGTT
TGCATGGGATACACACTGCCTTAGTCTTGGTGACATTATTGCTGTCTCTTACAATGATGGATTAAGGCGTTTCACAGTGCATTCTTATCCATTGGTAAAGAGATCATGGGTGCCATCTTCATTAATAAAAACTGAGAGAAGGCGGAAGGATCTGCATTTCTTGGCATCAACTCCTGATGATGCACTACGGTGGGTCAGTG
CATTTGCAGAGCTGCAGTGTTTTGTAAATTGCTTGCCACATCCTTTGTTGTCTTCCAAGAAACAGGGATCAGTCGTTGATTTAAGAGATTTTCCACCTGGGCAGCCAGTTAAATGTAAAAGTCCTCCTGTTATGCGTGTTATACTTAATCCTCATTCAGGACGAGGTCGTTCAAGCAAGGTTTTCTATGGCAAAGTGGAG
CCAATATTGAAGCTTGCAGGTTTCCAGCTTGACGTAGTTGAAACTGAATCTGCTGGTCATGCACGCACCTTGGCAAGGACAGTTGATCTCAGCACCTGCCGTGATGGTATCATATGTGTTGGTGGAGATGGAATTGTAAATGAGGTTCTCAATGGTTTGATTAGCAGAGATGACCCAAAAGAGGCGATGACGGTTCCAAT
AGGCATCATTCCTGCAGGTTCTGATAACTCACTTGTCTGGACAGTGTTGGGAGTCAGAGATCCTATTTCAGCTGCAGTGGCTATCGTAAAGGGAGGCTTAACAGCCACGGATGTCTTTGCGGTTGAGTGGATTCAGACTGGTGCTATTCATGCAGGGCTCACAGTTGCTTACTATGGATTTGTGAGTGATGTTTTAGAAC
TCTCAGAGAAGTACCAAAAACGTTTTGGTCCTTTTAGGTACTTTGTGGCTGGTGCTTTAAAAATCCTTTGCTTGCCAAAGTACAACTATGAAGTTGAGTATCTTCCTGTACCAGAACCAGCAACCAATATTGGCAGTGCAGGGGCAAGTCGGGGGTGCATGGTAGATGCCACTGAGAATCACTCTGATATTCATGGGAGA
AAATCAAACGTTGAAGGATTACCAAGAGCATCAAGTTTGTCAAGCATTGATTCAATTTTGACACCAAGCCGAATGTCAGGAGATCTTGACGTGATCACAGGTAGCACATATGCAAGCAGTGAGCCGTCTGACTATGTGCGGGGTATAGGTGCCAAAACAAAGCGTCTATCCTCTGGGAGAAACAACCTTGTTCTAGAACC
TGAAGAAGTTGTTCACCCTCCGTTGCCTGGATCTGTAACTCCTAGTAGACCCCGAACAAGAGTCAAGTCACATACAGATAAGGGATGGAGTGGACTAAGCACTACAAATGATTGCTCCAGAGGATCATGGGGAAACCACGTGGGGGTTGACAGGGAGGATATATCCTCTACCATGTCTGACCCTGGTCCAATATGGGACA
GTGAACCAAAATGGGACACAGAACCAAAATGGGATGCTGAGAATAACTTTGAGATGAAAGGGTCTGTAGATGAGATGCTCACAAAGTCAAATCAAAATGGACTAAATATAGAGGAGGAAAAGTGGGTGGTCAGACAAGGTCCATTTCTTGGTATATTGATATGTAACCATCCGTGCAAGACAGTGCAGAACCTAAGGTCG
CAAGTGCTTGCTCCCAGAGCTGAGCATGATGATAATACTTTGGACTTGTTGTTGGTTCGTGGTGTGGGAAGGTTGCAACTTCTGCGATTCTTTGTGTTAATGCAGTTTGGACGTCATCTCTCTCTTCCATTTGTAGAGTATACCAAGGCAAGTGTCTAATCTGATTGCTAGTCGCAGGACATGGTTGTAGAAATTTAAAT
ATTTAGCTATTAACATAAGAAAGGACTGCACATTGAAGCTCTCTGTATGCCTATACAAATGGTAGGCGAGTAAAAACAGTTTCTGG