sp|Q9FIE3|VIN3_ARATH ----> Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3
Intron 1 GCTACAAAGT ... TTATACCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.06 | 61 | 62 | 23 |
| A2 | 43.95 | 44 | 47 | 22 |
| A3 | 43.28 | 38 | 44 | 14 |
| A4 | 45.3 | 32 | 30 | 23 |
| A5 | 37.5 | 15 | 13 | 5 |
| A6 | 46.32 | 51 | 73 | 15 |
| A7 | 49.59 | 61 | 97 | 23 |
| A8 | 46.61 | 67 | 81 | 36 |
| A9 | 43.46 | 108 | 131 | 35 |
| A10 | 46.81 | 50 | 65 | 23 |
>TRINITY_DN42269_c0_g1_i10 from sample A9 / Example spliced isoformAAACAACTCTTTGCTCATATAAGAAATCGCTTGGGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCC
TGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCAGTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATG
AGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGGGATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGG
AGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATGGCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTC
CGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCTTCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGCGGCACGGAACAGGTCCATACAACCATACAGAAGGCTTGCATAGCAGGAAGTGACCAGTGGGCTATTTTCTTAGTTTTGAAGAGCCGTTTTCCTTAGGACAATTGCT
TACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCAAGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTGGAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGT
CAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCAATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGTTATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGT
TGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGACTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGGCCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTGTAAAGAAGGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCTCCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTA
TTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGCACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAAT
GCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGCTTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAA
GGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTATTTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACT
TGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCAGTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAG
GTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAGATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTT
TCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATGGGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAAC
TGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAAAAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACT
TGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTCTCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATATTGATGAATATGATGGCTCTTTTAT
>TRINITY_DN42269_c0_g1_i11 from sample A9 / Example unspliced isoform:AAACAACTCTTTGCTCATATAAGAAATCGCTTGGGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCC
TGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCAGTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATG
AGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGGGATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGG
AGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATGGCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTC
CGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCTTCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGGGACAATTGCTTACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCAAGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTG
GAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGTCAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCAATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGT
TATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGTTGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGACTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGG
CCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTGTAAAGAAgctacaaagtggaatgcaattaaaagatatatttggagatttacagtatagttcagtgacagttgatgcaggtcagtgatttataccaggatgttgaatttgcctcagcttcttgttttatttcaaatacatgacgaatgtttgtactcgtgaatatatt
ataccaagGGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCTCCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTATTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCA
TCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGCACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAATGCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCA
GTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGCTTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAAGGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTG
CAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTATTTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACTTGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAG
GTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCAGTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAGGTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTA
ATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAGATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTTTCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTC
CCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATGGGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAACTGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAA
CACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAAAAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTC
TCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATATTGATGAATATGATGGCTCTTTTAT
Intron 2 GTTATTTCCT ... TTATCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.49 | 64 | 25 | 26 |
| A2 | 31.82 | 45 | 15 | 27 |
| A3 | 29.73 | 39 | 13 | 20 |
| A4 | 30.43 | 32 | 1 | 27 |
| A5 | 25 | 15 | 4 | 6 |
| A6 | 29.17 | 51 | 35 | 7 |
| A7 | 30.39 | 63 | 29 | 26 |
| A8 | 31.68 | 69 | 26 | 38 |
| A9 | 29.84 | 107 | 58 | 33 |
| A10 | 28.06 | 50 | 18 | 21 |
>TRINITY_DN42269_c0_g1_i10 from sample A9 / Example spliced isoformAAACAACTCTTTGCTCATATAAGAAATCGCTTGGGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCC
TGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCAGTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATG
AGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGGGATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGG
AGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATGGCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTC
CGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCTTCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGCGGCACGGAACAGGTCCATACAACCATACAGAAGGCTTGCATAGCAGGAAGTGACCAGTGGGCTATTTTCTTAGTTTTGAAGAGCCGTTTTCCTTAGGACAATTGCT
TACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCAAGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTGGAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGT
CAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCAATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGTTATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGT
TGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGACTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGGCCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTGTAAAGAAGGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCTCCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTA
TTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGCACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAAT
GCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGCTTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAA
GGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTATTTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACT
TGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCAGTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAG
GTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAGATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTT
TCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATGGGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAAC
TGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAAAAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACT
TGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTCTCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATATTGATGAATATGATGGCTCTTTTAT
>TRINITY_DN42269_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:AAACAACTCTTTGCTCATATAAGAAATCGCTTGGGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCC
TGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCAGTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATG
AGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGGGATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGG
AGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATGGCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTC
CGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCTTCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGGGACAATTGCTTACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCAAGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTG
GAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGTCAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCAATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGT
TATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGTTGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGACTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGG
CCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTGTAAAGAAGgttatttcctgaagttagtctcatgcccaacttccaactcttttggactccaggttctggtttttgcaaatcaataagttgcttggtcgtggccagccaaagctagtgttgttaaagagcaattctgtgggggtaaacctcctcggtgactataaagtt
tttatgtgattgatcctgagctgccactgaagacttacaaataccttttgacattttgtgctagagtagttttttagtagaaaatctcaaattaagtatcttctgctgcatggatgtcctggtaatcaaaagtcacggagacatgactttttgtgctagagtagttttttagtagaaaatctcaaattaagtatcttctg
ctgcatggatgtcctggtaatcaaaagtcacggagacataagtttatagcccggaacttgcactttcttttctgccatttgttcttggccaatatttttttctgattcctgtgtccttggtaaagatggtttcttcatcctcgtgtaattcaggcttcctgccagttttcttttgtgtggataattaattatatgtgaac
ttcagttttgacttggtcaacaagttttttcatttgtagcgactgccttatgtaatagaaattcatgtataatgtaataataaatcaaaagcaaacaatgtaaagattgcttttatctgcagGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCTCCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTATTTTGCTCACCAAAT
TGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGCACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAATGCATCTGCTCATGAC
CAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGCTTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAAGGATTTTGTTCTTAG
TCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTATTTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACTTGATTGGTTTTCTTG
TGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCAGTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAGGTGGATTCCCATCTT
GTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAGATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTTTCAATGCTTAAATTA
ATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATGGGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAACTGCCACTTTCAAAAG
TCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAAAAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGGG
TTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTCTCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATATTGATGAATATGATGGCTCTTTTAT
Intron 3 GTATGAGGCT ... GCTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.68 | 69.7 | 40 | 16.6 |
| A2 | 38.52 | 53.9 | 33 | 14.7 |
| A3 | 27.69 | 47.3 | 18 | 8 |
| A4 | 8.27 | 33.9 | 3 | 12.6 |
| A5 | 27.6 | 16.6 | 6 | 2.2 |
| A6 | 47.35 | 78.1 | 70 | 14.1 |
| A7 | 47.76 | 108.6 | 98 | 19.6 |
| A8 | 54.05 | 87.2 | 102 | 13 |
| A9 | 48.77 | 138.1 | 131 | 20.1 |
| A10 | 49.5 | 76.1 | 73 | 18 |
>TRINITY_DN38738_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformGGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCCTGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCA
GTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATGAGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGG
GATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGGAGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATG
GCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTCCGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCT
TCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGGGACAATTGCTTACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCAAGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTGGAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTG
GACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGTCAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCAATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGTTATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTAT
CGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGTTGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGACTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGGCCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTG
TAAAGAAGCTACAAAGTGGAATGCAATTAAAAGATATATTTGGAGATTTACAGTATAGTTCAGTGACAGTTGATGCAGGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCTCCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTATTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCA
ACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGCACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAATGCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCA
GAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGCTTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAAGGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAA
ATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTATTTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACTTGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAG
GCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCAGTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAGGTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGA
ACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAGATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTTTCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTC
ATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATGGGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAACTGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTC
CATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAAAAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCT
GATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTCTCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATATTGATGAATATGATGGCTCTTTTATGCATTTTTAACTTGG
>TRINITY_DN38738_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCCTGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCA
GTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATGAGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGG
GATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGGAGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATG
GCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTCCGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCT
TCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGCGGCACGGAACAGGTCCATACAACCATACAGAAGGCTTGCATAGCAGGAAGTGACCAGTGGGCTATTTTCTTAGTTTTGAAGAGCCGTTTTCCTTAGGACAATTGCTTACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCA
AGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTGGAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGTCAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCA
ATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGTTATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGTTGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGA
CTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGGCCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTGTAAAGAAGgtatgaggcttcatttgtgtttagtagttgtgagtagctcatgtaaaggctcttaagatctcccgttggttcattaaagcacagattcaacatctt
aaggcatgctttacaacgaactgcagctgcctttctattaaaaactcttaaatcatggttgcatttatttcataccgatgttaaataaaacaaaactagaatatccaaatcttgtcattatacatgaattctgacttcacacatcacttgggttagctaaacttctatttgaagtggatttttcttatgctttgtgttgt
gctaaacaattttatgttatatttattacaggatagttttcatcattgaaaaataagtttatgttgtctggccacttatataaatgctattgcagCTACAAAGTGGAATGCAATTAAAAGATATATTTGGAGATTTACAGTATAGTTCAGTGACAGTTGATGCAGGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCT
CCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTATTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGC
ACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAATGCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGC
TTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAAGGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTAT
TTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACTTGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCA
GTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAGGTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAG
ATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTTTCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATG
GGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAACTGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAA
AAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTCTCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATAT
TGATGAATATGATGGCTCTTTTATGCATTTTTAACTTGG
Intron 4 GTATGAGGCT ... GTTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.82 | 64 | 40 | 52 |
| A2 | 49.15 | 45 | 33 | 54 |
| A3 | 39.06 | 39 | 18 | 32 |
| A4 | 43.86 | 32 | 3 | 47 |
| A5 | 36.17 | 15 | 6 | 11 |
| A6 | 52.34 | 51 | 70 | 42 |
| A7 | 58.14 | 63 | 98 | 77 |
| A8 | 56.47 | 69 | 102 | 77 |
| A9 | 49.65 | 107 | 131 | 80 |
| A10 | 56.9 | 50 | 73 | 59 |
>TRINITY_DN38738_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoformGGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCCTGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCA
GTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATGAGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGG
GATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGGAGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATG
GCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTCCGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCT
TCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGCGGCACGGAACAGGTCCATACAACCATACAGAAGGCTTGCATAGCAGGAAGTGACCAGTGGGCTATTTTCTTAGTTTTGAAGAGCCGTTTTCCTTAGGACAATTGCTTACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCA
AGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTGGAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGTCAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCA
ATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGTTATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGTTGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGA
CTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGGCCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTGTAAAGAAGGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCTCCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTATTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCA
TTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGCACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAATGCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGA
TTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGCTTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAAGGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGA
TGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTATTTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACTTGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGA
AAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCAGTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAGGTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACT
TACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAGATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTTTCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACAT
TTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATGGGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAACTGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTG
AAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAAAAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTT
TTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTCTCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATATTGATGAATATGATGGCTCTTTTATGCATTTTTAACTTGG
>TRINITY_DN38738_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCCTGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCA
GTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATGAGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGG
GATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGGAGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATG
GCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTCCGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCT
TCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGCGGCACGGAACAGGTCCATACAACCATACAGAAGGCTTGCATAGCAGGAAGTGACCAGTGGGCTATTTTCTTAGTTTTGAAGAGCCGTTTTCCTTAGGACAATTGCTTACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCA
AGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTGGAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGTCAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCA
ATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGTTATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGTTGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGA
CTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGGCCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTGTAAAGAAGgtatgaggcttcatttgtgtttagtagttgtgagtagctcatgtaaaggctcttaagatctcccgttggttcattaaagcacagattcaacatctt
aaggcatgctttacaacgaactgcagctgcctttctattaaaaactcttaaatcatggttgcatttatttcataccgatgttaaataaaacaaaactagaatatccaaatcttgtcattatacatgaattctgacttcacacatcacttgggttagctaaacttctatttgaagtggatttttcttatgctttgtgttgt
gctaaacaattttatgttatatttattacaggatagttttcatcattgaaaaataagtttatgttgtctggccacttatataaatgctattgcagctacaaagtggaatgcaattaaaagatatatttggagatttacagtatagttcagtgacagttgatgcagGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCT
CCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTATTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGC
ACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAATGCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGC
TTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAAGGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTAT
TTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACTTGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCA
GTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAGGTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAG
ATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTTTCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATG
GGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAACTGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAA
AAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTCTCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATAT
TGATGAATATGATGGCTCTTTTATGCATTTTTAACTTGG
Intron 5 GTATGAGGCT ... TTTATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.82 | 28 | 40 | 6 |
| A2 | 68.75 | 15 | 33 | 3 |
| A3 | 62.07 | 11 | 18 | 2 |
| A4 | 50 | 3 | 3 | 6 |
| A5 | 60 | 4 | 6 | 0 |
| A6 | 61.4 | 44 | 70 | 4 |
| A7 | 73.68 | 35 | 98 | 0 |
| A8 | 80.31 | 25 | 102 | 2 |
| A9 | 67.88 | 62 | 131 | 5 |
| A10 | 78.49 | 20 | 73 | 1 |
>TRINITY_DN38738_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformGGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCCTGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCA
GTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATGAGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGG
GATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGGAGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATG
GCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTCCGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCT
TCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGCGGCACGGAACAGGTCCATACAACCATACAGAAGGCTTGCATAGCAGGAAGTGACCAGTGGGCTATTTTCTTAGTTTTGAAGAGCCGTTTTCCTTAGGACAATTGCTTACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCA
AGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTGGAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGTCAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCA
ATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGTTATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGTTGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGA
CTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGGCCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTGTAAAGAAGGATAGTTTTCATCATTGAAAAATAAGTTTATGTTGTCTGGCCACTTATATAAATGCTATTGCAGCTACAAAGTGGAATGCAATTAAAAGATATATT
TGGAGATTTACAGTATAGTTCAGTGACAGTTGATGCAGGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCTCCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTATTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAG
CTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGCACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAATGCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGA
GCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGCTTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAAGGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACA
TGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTATTTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACTTGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGA
ACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCAGTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAGGTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATC
GTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAGATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTTTCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGAC
CTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATGGGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAACTGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAG
TCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAAAAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTAC
TTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTCTCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATATTGATGAATATGATGGCTCTTTTATGCATTTTTAACTTGG
>TRINITY_DN38738_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCATCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCCTGTACACAAAATCATAATTCTCAGCACTTGGCA
GTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATGAGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCCACCGGG
GATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGGAGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGGTGAATG
GCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTCCGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCGCTTCCT
TCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGCGGCACGGAACAGGTCCATACAACCATACAGAAGGCTTGCATAGCAGGAAGTGACCAGTGGGCTATTTTCTTAGTTTTGAAGAGCCGTTTTCCTTAGGACAATTGCTTACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCA
AGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTGGAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAATGCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGTCAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCA
ATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGTTATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAGGAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGTTGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGA
CTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGGCCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAAAGGCTGTAAAGAAGgtatgaggcttcatttgtgtttagtagttgtgagtagctcatgtaaaggctcttaagatctcccgttggttcattaaagcacagattcaacatctt
aaggcatgctttacaacgaactgcagctgcctttctattaaaaactcttaaatcatggttgcatttatttcataccgatgttaaataaaacaaaactagaatatccaaatcttgtcattatacatgaattctgacttcacacatcacttgggttagctaaacttctatttgaagtggatttttcttatgctttgtgttgt
gctaaacaattttatgttatatttattacagGATAGTTTTCATCATTGAAAAATAAGTTTATGTTGTCTGGCCACTTATATAAATGCTATTGCAGCTACAAAGTGGAATGCAATTAAAAGATATATTTGGAGATTTACAGTATAGTTCAGTGACAGTTGATGCAGGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCT
CCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTATTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGC
ACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAATGCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGC
TTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAAGGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTAT
TTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACTTGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCA
GTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAGGTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAG
ATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTTTCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATG
GGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAACTGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAA
AAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGTATTTCTCGACAAAAATGCATAATCTCACTCAGAGTGAGCTTGCAAATAT
TGATGAATATGATGGCTCTTTTATGCATTTTTAACTTGG
Intron 6 GTTATTTCCT ... TGGACTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.81 | 65.5 | 37 | 31 |
| A2 | 23.09 | 62.5 | 15 | 22 |
| A3 | 27.38 | 39.5 | 15 | 14 |
| A4 | 26.05 | 53 | 14 | 23 |
| A5 | 25.63 | 15.5 | 6 | 4 |
| A6 | 24.05 | 52 | 23 | 9 |
| A7 | 24.25 | 99 | 38 | 23 |
| A8 | 27.33 | 94 | 32 | 37 |
| A9 | 25.81 | 99 | 38 | 29 |
| A10 | 26.59 | 80 | 36 | 19 |
>TRINITY_DN120655_c12_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGTGGATTTTTCTTATGCTTTGTGTTGTGCTAAACAATTTTATGTTATATTTATTACAGGATAGTTTTCATCATTGAAAAATAAGTTTATGTTGTCTGGCCACTTATATAAATGCTATTGCAGCTACAAAGTGGAATGCAATTAAAAGATATATTTGGAGATTTACAGTATAGTTCAGTGACAGTTGATGCAGGTAAAGGT
GATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCTCCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTATTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTC
TGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGCACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAATGCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGC
GGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGCTTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAAGGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGT
ACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTATTTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACTTGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTA
ATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCAGTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAGGTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATC
CAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAGATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTTTCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACC
TACATTTGATGACCACACATCAACATGGGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAACTGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAA
AGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAAAAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGC
>TRINITY_DN120655_c12_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGCTTGGGGAAACGGGATGCCGCTTTTAATTCAATTCTTACTCCTCTCGTTTCCCTTAGAAGTAGGCTACACGGGTCCATAAGGCTGGCATGAAAGTGGGCAACATGTGACCTTGGGCTACGTGTGTAATTTTCATAACAGCAACAGTAAAATAAAGGTGACCGTTCGACGCCTGTACACAAAATCATAATTCTCAGCAC
TTGGCAGTGTTCGACTTCTCAACGTATTACAGACCGAGAAGTGGGACATGAATCCTTACATTATGCAGCAACACTTGGAAATGAAATCCTAATTCTCTGCACTCGGAAGGATTCGTCTTGCGACGTATGAACGGCCAAAAATTTAGACAAAAAAACTGGATGATGCAAATATGAGAGGGAGGATTACAGAAAATGGCTCC
ACCGGGGATTGCGATGAAATGGATTCAGAGGCTAATGAGGCATCGGTTCCGGACAGCCCGGGCTGTTTCGATTCCGCTCTTTCAGCACCCGATGTACAGAAACCCCGTTTGGATTTTGAAACCCTTAAAACCCTAGAAATCGCGTCCTTGGAGCCCGTGGGACCTTCTCAGGGAGGAGAAGGTTTTCCTTACGCTCCAGG
TGAATGGCCAAATCCGGGAGATAAGTGGAAATGGAAGGTTGGGAAAAGGAGGAGTTCACATGGGTATTGGACGGACAGGTACTTGATTTTGCCCAAGACCCTGCAATGTGGCAGGAGGCAGGCCTGGTTTTCGAGCAAAGGTGCGGTTGAAAAATATCTCATGAAACATTTTCCGAATGCAGACCATAAAACTTTTTTCG
CTTCCTTCCAATGGCAAATTCCATGTCCTCCCCTTTCACCGACTCCGGCAGAAGACAATAATGGAGGGACAATTGCTTACACTGTAAAGCGTTTGAGAGGATCAGATTCAAGATGTGATGGACAGACACCTGTTAAGATACATTGCAAAGCTGGTAATTTAAAATGCCGCTTGGAGGCTGGAAAAGCCAAATTTTCCAAT
GCCTTGGACTGTGACATATGTTGTGTTGAGTCTGGATTTTGCCGCGAGTGTTCCTGCATTCTTTGTGGGAAGTCTGTCAACCAAGAATTGGGGGAGTATTACTTTGTCCAATGTGAAGGGAATCTGGGTGAAGACTTCATTTGTGGGCATGTAGCCCACTTGGAATGTGCTGTTATTTGCCAGACAGCAGGGGTTGTGAG
GAGTATCGGTTTAGATGTGGAATATTATTGTAGACGTTGTGACAAGAAAACAGATCTCCTAAAGCATGTTTTAGGGTTGATTCCCACAGCAGAATTAAGCAAGACGGGGACTGATTTTGGAAGTAACTTGAATTTAGCTCTACGTCTTGTTCAAGGTACACAGCAATTGGGGGCCAGAATCCTTGAGAATCTATTCCAAA
AGGCTGTAAAGAAGCTACAAAGTGGAATGCAATTAAAAGATATATTTGGAGATTTACAGTATAGTTCAGTGACAGTTGATGCAGgttatttcctgaagttagtctcatgcccaacttccaactcttttggactccagGTAAAGGTGATACTATTAAGGAAAATATTCCTTCTCCGATGGAGCCTTCAAGCAATACCCCTA
TTTTGCTCACCAAATTGGGTTGTAAGGGGGGCATTCATTGTGAAAATTTGCGTCTTCCAACTTCTCCTGTTTCCACCTCAGCTGCGACCAATGATGGAGCTGATTTGGATTATGGGATTCGGTCAGCATCTCGTACAGTGTGTTCTGATTTGCTGCAATCAAGGACTCTTGCACCTGATATGAGTTCCGAGAAAGGAAAT
GCATCTGCTCATGACCAATTCAAGAGGACAAGATTGCTTTCAGAAGATACTCAGAGTCAGAGAGCTTCTGATTTACAAAATTTACCTGATTATATAAGAGCATTAAAATTGGAGAATATGGTTTTCCAGTCTCTTCATACGTTGCGGCAGTCACAGGAAACAGAATTCAAGCTTGCCCAAGAGAAACTATTTGCTCAGAA
GGATTTTGTTCTTAGTCTCTTCCAGCAAGTGGATGGGACAAGCTGTGAATTCGCAAAAAATCCATCTCCCTCACTTGAAAATTCTGCAGAGAAAGAACATGAAAAATTTGTAAATATGCTGGCAATTGCAAATGGGTTTGGCAGTACTCCCAAGGGTTTTCTGCGTCATTATTTTGGCATTGGATGAGAGGAAAATAACT
TGATTGGTTTTCTTGTGTACACAGTGGATTAGAAAATGATTACAGATTGCAGTTATAAGGCAATTGGGAAAACGTGAGCACAACTCCACTATAATAGGAACTCAATACGATTCTTTCTTCGACCTGAGGTTTTCCAAAATGACTAATTTAACACTGTAAAACAGCACTTGCAGTCATGGCCATGGATTATTGGCTAGAAG
GTGGATTCCCATCTTGTGTATTATTGTATTACTTACCAAGTTACCATGGACCTCCATGAACTGTGGAAAGATGAATAAATGGCAGCGGATTACCACATCGTGTGGAAATGAAAGGAGGCCACAGGCTAATACAATAGTGAACATCCAGAATCCATCAATGGCTCTCGGAAAGATGTGTTAGGATTGGCTTATAGCTATTT
TCAATGCTTAAATTAATTTAACAGTGGCAACATTTTTCCGAATTATCTTTATGAAATTCATTTAAAAAAGTTTTTGTATTAAGTACATATCTGAGAGACCTTCATTAACAAAGTGTAGAGGGTTTCTCCCCTGGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCACACATCAACATGGGGCAAGATCTAAAGCCATACATGAAAC
TGCCACTTTCAAAAGTCATTATTGGATGGTTTGAAAAACTTGTTGCTTTACGGTGTTTCCATTTTTCAAATTTTTATCATGTCAATTATATTAGAACAGTCTACCTACATTTGATGACCAAACATCAACACGGGGCAGGATCTAAAGCCATACATGAAACTGGCACTTTCAAAAGTTGTTATTGGATGATTTGAAAAACT
TGTTGCTTTACGGGGTTTCCATTTTTAAAATTTTTATCATATCAATTATATTAGATCCTGATCTCTATTGCATCTCATCATTCACCTATGGACGTCTACTTGATACCCTAATGCATTAAGCGC