sp|P48528|PPX2_ARATH ----> Serine/threonine-protein phosphatase PP-X isozyme 2

Intron 1 GTGAATTTCT ... CAATGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.06	135.3	233	191
A2	62.68	121	159	247.5
A3	64.29	130	192	276
A4	70.97	57	151	127.8
A5	71.43	34	73	97
A6	63.92	398.8	499	913.8
A7	66.39	509.3	669	1343
A8	63.73	747.5	948	1679.5
A9	66.98	465.5	732	1157
A10	66.92	375.5	550	969

>TRINITY_DN113759_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AGCGGGGGGGAGAACATAAGAGGAGGAGGGTGGGCGAGAGGAAAGGAGGGAAAGGGAAAGCTGTAAACAGTTACATTTTCATTCCCTTTCCTTCCTGCAGGCAAGGCAGGAAGATCCAGAGCAAGAGCAGAATAAGAAGAAGAAGAGAAATGTCGGACCTAGACAGGCAAATAGAACAACTGAAGCGATGCGAGCCTTTA
AAGGAATCGGAAGTGAAGGCCCTATGCTTGAAGGCCATGGAGATCCTCGTCGAGGAGAGCAACGTCCAAAGAGTGGACGCTCCAGTTACTATTTGTGGAGACATTCATGGGCAATTTTATGATATGAAAGAGCTGTTCAAAGTTGGGGGAGATTGTCCGCAGACCAATTATTTGTTTTTAGGTGACTTTGTTGACAGAGG
TTTTTACTCTGTGGAGACTTTCTTACTGCTTCTTGCATTGAAGGTTCGATATCCTGATCGAATCACACTTATCAGGGGAAATCATGAGAGCCGGCAGATTACACAGGTATATGGGTTCTATGATGAATGCCTTCGGAAGTATGGATCAGTAAATGTGTGGCGGTACTGCACGGATATATTTGACTATTTGAGTTTATCTG
CGCTTATTGAGAATCGTATCTTTAGTGTACATGGTGGTCTTTCTCCTGCGATATCAACTTTAGATCAGATTAGAACAATTGATAGAAAGCAGGAAGTGCCTCACGATGGTGCCATGTGTGACCTTCTTTGGTCAGATCCAGAGGACATTGTTGATGGTTGGGGTCTAAGTCCAAGAGGTGCTGGATTTCTCTTTGGAGGG
AATGTTGTCTCTACATTCAATCATACCAATAAGATTGATTTCATCTGCCGTGCTCACCAGTTGGTCATGGAAGGATATAAATGGATGTTCAATAATCAGATAGTGACAGTTTGGTCAGCCCCAAATTATTGTTACAGATGTGGCAATGTTGCTGCAATATTGGAGTTAGATGAAAACTTGAATAAGAAGTTTACTGTCTT
TGAAGCAGCCTCTCAGGAAGCCAGAGGCGTTCCTTCAAAAAAGCCAGCACCAGATTACTTTCTTTAGATTCAAACTCTGAAATTGTTTTGCATCCAGTGCACTTATATAGTCATATATAACAGCTTTGGTACCCAGAAACGGGGCTGTATATCTTGCATGTTGGCACCATACTGAGTCCCTGGCAGATATTACAGGCACT
GGAAAATGGAAACACACTTTTTGCAAGTTGAGGACTATGGTGCAGTAGAAAGATTGTTGTATTCGATGTCTAGTTACTCCTTCTGGAGTTTGCATTCAGTGTTTACTTGACTGTATGGAGAGGGTTTGATATTTTGCCAAAGTTCATTTTCTAGAGTCAATAAGTAAATTTATTGACATGAATATTTGGTGTACTGAATT
CCAGATAAAAGCCTTTTTTGGGCTACAAGTATTTGATCTCATTGTTAATAAAAAGTACACTCTGCATGTAGTGAGGAGCAGGTCACAATTTAAATACCTTCGTTAACATAATTATCTGGTATGATCATTTATTTTACAAGTTAGCCGCTGTTAAGAAGAAGTCTGCACCTGTTTTAATTAGATGGAATGCCATGGCAGCT
GAACTGAAAAATTGATATTAGAAAGATAGACTGGCGAAATCCAAGTCTCAATCATCTTTACCTGGGGTTATATTGTGTGCCAAATTCATCTTTCAAGCTGTAGAAAATTCTTGTACATGTGTTTTTAATCTCAGTGGGCCTATCATCTCCAGAATTCAATTTCTTGCTTCGTTTAGTTTGGGGTGTCCTTTAATGCTTAC
AGCTGCTATCCTAGACAGTTCCTATTTGCTTCTTCCCCTTGCTTGTCATTTTGGTTCCCTAC

>TRINITY_DN113759_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGCGGGGGGGAGAACATAAGAGGAGGAGGGTGGGCGAGAGGAAAGGAGGGAAAGGGAAAGCTGTAAACAGTTACATTTTCATTCCCTTTCCTTCCTGCAGGCAAGGCAGGAAGATCCAGAGCAAGAGCAGAATAAGAAGAAGAAGAGAAATGTCGGACCTAGACAGGCAAATAGAACAACTGAAGCGATGCGAGCCTTTA
AAGGAATCGGAAGTGAAGGCCCTATGCTTGAAGGCCATGGAGATCCTCGTCGAGGAGAGCAACGTCCAAAGAGTGGACGCTCCAGTTACTATTTGTGGAGACATTCATGGGCAATTTTATGATATGAAAGAGCTGTTCAAAGTTGGGGGAGATTGTCCGCAGACCAATTATTTGTTTTTAGGTGACTTTGTTGACAGAGG
TTTTTACTCTGTGGAGACTTTCTTACTGCTTCTTGCATTGAAGGTTCGATATCCTGATCGAATCACACTTATCAGGGGAAATCATGAGAGCCGGCAGATTACACAGGTATATGGGTTCTATGATGAATGCCTTCGGAAGTATGGATCAGTAAATGTGTGGCGGTACTGCACGGATATATTTGACTATTTGAGTTTATCTG
CGCTTATTGAGAATCGTATCTTTAGTGTACATGGTGGTCTTTCTCCTGCGATATCAACTTTAGATCAGATTAGAACAATTGATAGAAAGCAGGAAGTGCCTCACGATGGTGCCATGTGTGACCTTCTTTGGTCAGATCCAGAGGACATTGTTGATGGTTGGGGTCTAAGTCCAAGAGGTGCTGGATTTCTCTTTGGAGGG
AATGTTGTCTCTACATTCAATCATACCAATAAGATTGATTTCATCTGCCGTGCTCACCAGTTGGTCATGGAAGGATATAAATGGATGTTCAATAATCAGATAGTGACAGTTTGGTCAGCCCCAAATTATTGTTACAGATGTGGCAATGTTGCTGCAATATTGGAGTTAGATGAAAACTTGAATAAGAAGTTTACTGTCTT
TGAAGCAGCCTCTCAGGAAGCCAGAGGCGTTCCTTCAAAAAAGCCAGCACCAGATTACTTTCTTTAGATTCAAACTCTGAAATTGTTTTGCATCCAGTGCACTTATATAGTCATATATAACAGCTTTGGTACCCAGAAACGGGGCTGTATATCTTGCATGTTGGCACCATACTGAGTCCCTGGCAGgtgaatttctgagg
tcactattgctatctacaaaagtgaactacggacatttcatctctaagggataaatgtctagtattcttcaacctagggtggtcatggatgagtaatgaatagatcgttgagagggttctggtatgtgatgccttaatgagcacaaaggttttgggttatttgttgggcctttgatttttatataatacttcgactttgt
gttccttgacaatgcacagATATTACAGGCACTGGAAAATGGAAACACACTTTTTGCAAGTTGAGGACTATGGTGCAGTAGAAAGATTGTTGTATTCGATGTCTAGTTACTCCTTCTGGAGTTTGCATTCAGTGTTTACTTGACTGTATGGAGAGGGTTTGATATTTTGCCAAAGTTCATTTTCTAGAGTCAATAAGTAA
ATTTATTGACATGAATATTTGGTGTACTGAATTCCAGATAAAAGCCTTTTTTGGGCTACAAGTATTTGATCTCATTGTTAATAAAAAGTACACTCTGCATGTAGTGAGGAGCAGGTCACAATTTAAATACCTTCGTTAACATAATTATCTGGTATGATCATTTATTTTACAAGTTAGCCGCTGTTAAGAAGAAGTCTGCA
CCTGTTTTAATTAGATGGAATGCCATGGCAGCTGAACTGAAAAATTGATATTAGAAAGATAGACTGGCGAAATCCAAGTCTCAATCATCTTTACCTGGGGTTATATTGTGTGCCAAATTCATCTTTCAAGCTGTAGAAAATTCTTGTACATGTGTTTTTAATCTCAGTGGGCCTATCATCTCCAGAATTCAATTTCTTGC
TTCGTTTAGTTTGGGGTGTCCTTTAATGCTTACAGCTGCTATCCTAGACAGTTCCTATTTGCTTCTTCCCCTTGCTTGTCATTTTGGTTCCCTAC

Intron 2 GTATGTGATG ... CAATGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.61	126	231	191
A2	68.16	110	222	249
A3	67.41	124	237	276
A4	68.06	65	150	127
A5	71.93	40	108	97
A6	69.59	374	799	913
A7	72.69	461	1111	1343
A8	67.96	734	1436	1678
A9	69.53	484	1052	1157
A10	73.79	335	917	969

>TRINITY_DN39436_c10_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

GGAAAACATAAGGCAGGGGAAATCTAGTGTAAATGGAGAACATAAGAGGAGGAGGGTGGGCGAGAGGAAAGGAGGGAAAGGGAAAGCTGTAAACAGTTACATTTTCATTCCCTTTCCTTCCTGCAGGCAAGGCAGGAAGATCCAGAGCAAGAGCAGAATAAGAAGAAGAAGAGAAATGTCGGACCTAGACAGGCAAATAG
AACAACTGAAGCGATGCGAGCCTTTAAAGGAATCGGAAGTGAAGGCCCTATGCTTGAAGGCCATGGAGATCCTCGTCGAGGAGAGCAACGTCCAAAGAGTGGACGCTCCAGTTACTATTTGTGGAGACATTCATGGGCAATTTTATGATATGAAAGAGCTGTTCAAAGTTGGGGGAGATTGTCCGCAGACCAATTATTTG
TTTTTAGGTGACTTTGTTGACAGAGGTTTTTACTCTGTGGAGACTTTCTTACTGCTTCTTGCATTGAAGGTTCGATATCCTGATCGAATCACACTTATCAGGGGAAATCATGAGAGCCGGCAGATTACACAGGTATATGGGTTCTATGATGAATGCCTTCGGAAGTATGGATCAGTAAATGTGTGGCGGTACTGCACGGA
TATATTTGACTATTTGAGTTTATCTGCGCTTATTGAGAATCGTATCTTTAGTGTACATGGTGGTCTTTCTCCTGCGATATCAACTTTAGATCAGATTAGAACAATTGATAGAAAGCAGGAAGTGCCTCACGATGGTGCCATGTGTGACCTTCTTTGGTCAGATCCAGAGGACATTGTTGATGGTTGGGGTCTAAGTCCAA
GAGGTGCTGGATTTCTCTTTGGAGGGAATGTTGTCTCTACATTCAATCATACCAATAAGATTGATTTCATCTGCCGTGCTCACCAGTTGGTCATGGAAGGATATAAATGGATGTTCAATAATCAGATAGTGACAGTTTGGTCAGCCCCAAATTATTGTTACAGATGTGGCAATGTTGCTGCAATATTGGAGTTAGATGAA
AACTTGAATAAGAAGTTTACTGTCTTTGAAGCAGCCTCTCAGGAAGCCAGAGGCGTTCCTTCAAAAAAGCCAGCACCAGATTACTTTCTTTAGATTCAAACTCTGAAATTGTTTTGCATCCAGTGCACTTATATAGTCATATATAACAGCTTTGGTACCCAGAAACGGGGCTGTATATCTTGCATGTTGGCACCATACTG
AGTCCCTGGCAGGTGAATTTCTGAGGTCACTATTGCTATCTACAAAAGTGAACTACGGACATTTCATCTCTAAGGGATAAATGTCTAGTATTCTTCAACCTAGGGTGGTCATGGATGAGTAATGAATAGATCGTTGAGAGGGTTCTGATATTACAGGCACTGGAAAATGGAAACACACTTTTTGCAAGTTGAGGACTATG
GTGCAGTAGAAAGATTGTTGTATTCGATGTCTAGTTACTCCTTCTGGAGTTTGCATTCAGTGTTTACTTGACTGTATGGAGAGGGTTTGATATTTTGCCAAAGTTCATTTTCTAGAGTCAATAAGTAAATTTATTGACATGAATATTTGGTGTACTGAATTCCAGATAAAAGCCTTTTTTGGGCTACAAGTATTTGATCT
CATTGTTAATAAAAAGTACACTCTGCATGTAGTGAGGAGCAGGTCACAATTTAAATACCTTCGTTAACATAATTATCTGGTATGATCATTTATTTTACAAGTTAGCCGCTGTTAAGAAGAAGTCTGCACCTGTTTTAATTAGATGGAATGCCATGGCAGCTGAACTGAAAAATTGATATTAGAAAGATAGACTGGCGAAA
TCCAAGTCTCAATCATCTTTACCTGGGGTTATATTGTGTGCCAAATTCATCTTTCAAGCTGTAGAAAATTCTTGTACATGTGTTTTTAATCTCAGTGGGCCTATCATCTCCAGAATTCAATTTCTTGCTTCGTTTAGTTTGGGGTGTCCTTTAATGCTTACAGCTGCTATCCTAGACAGTTCCTATTTGCTTCTTCCCCT
TGCTTGTCATTTTGGTTCCCTACTGGAGTGCACCAGTGTACTCTACTCGTGCGTTTCTACTGGGAGGATATTTTGTTGTAAAATGCACCACAGATTTTAAAATTTTCATCTAATGAAAGGTGTGTTCAACTTGTAGCAGGAATTTAAGATTCAATGGTTAGTCTTGTTATTTGCAAATTTTTAGGGTACTTTGTATGTGT
CAGTGTGGTAAGAGTAAGTTTCAAATCAAGGTTTCCCGTTCCCGAGACTCATAACAGATTATGCTTTGTAATCTAATTTGGAGATGTATTAGACCCAAATACAGTCATTCTGGGAAATTTAT

>TRINITY_DN39436_c10_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGAAAACATAAGGCAGGGGAAATCTAGTGTAAATGGAGAACATAAGAGGAGGAGGGTGGGCGAGAGGAAAGGAGGGAAAGGGAAAGCTGTAAACAGTTACATTTTCATTCCCTTTCCTTCCTGCAGGCAAGGCAGGAAGATCCAGAGCAAGAGCAGAATAAGAAGAAGAAGAGAAATGTCGGACCTAGACAGGCAAATAG
AACAACTGAAGCGATGCGAGCCTTTAAAGGAATCGGAAGTGAAGGCCCTATGCTTGAAGGCCATGGAGATCCTCGTCGAGGAGAGCAACGTCCAAAGAGTGGACGCTCCAGTTACTTTTCCCCAGATAGAGGTTGGGGAGCTTGGCTTGTACTAGCTTGTGATATGCTGTTGATTTGTGGAGACATTCATGGGCAATTTT
ATGATATGAAAGAGCTGTTCAAAGTTGGGGGAGATTGTCCGCAGACCAATTATTTGTTTTTAGGTGACTTTGTTGACAGAGGTTTTTACTCTGTGGAGACTTTCTTACTGCTTCTTGCATTGAAGGTTCGATATCCTGATCGAATCACACTTATCAGGGGAAATCATGAGAGCCGGCAGATTACACAGGTATATGGGTTC
TATGATGAATGCCTTCGGAAGTATGGATCAGTAAATGTGTGGCGGTACTGCACGGATATATTTGACTATTTGAGTTTATCTGCGCTTATTGAGAATCGTATCTTTAGTGTACATGGTGGTCTTTCTCCTGCGATATCAACTTTAGATCAGATTAGAACAATTGATAGAAAGCAGGAAGTGCCTCACGATGGTGCCATGTG
TGACCTTCTTTGGTCAGATCCAGAGGACATTGTTGATGGTTGGGGTCTAAGTCCAAGAGGTGCTGGATTTCTCTTTGGAGGGAATGTTGTCTCTACATTCAATCATACCAATAAGATTGATTTCATCTGCCGTGCTCACCAGTTGGTCATGGAAGGATATAAATGGATGTTCAATAATCAGATAGTGACAGTTTGGTCAG
CCCCAAATTATTGTTACAGATGTGGCAATGTTGCTGCAATATTGGAGTTAGATGAAAACTTGAATAAGAAGTTTACTGTCTTTGAAGCAGCCTCTCAGGAAGCCAGAGGCGTTCCTTCAAAAAAGCCAGCACCAGATTACTTTCTTTAGATTCAAACTCTGAAATTGTTTTGCATCCAGTGCACTTATATAGTCATATAT
AACAGCTTTGGTACCCAGAAACGGGGCTGTATATCTTGCATGTTGGCACCATACTGAGTCCCTGGCAGGTGAATTTCTGAGGTCACTATTGCTATCTACAAAAGTGAACTACGGACATTTCATCTCTAAGGGATAAATGTCTAGTATTCTTCAACCTAGGGTGGTCATGGATGAGTAATGAATAGATCGTTGAGAGGGTT
CTGgtatgtgatgccttaatgagcacaaaggttttgggttatttgttgggcctttgatttttatataatacttcgactttgtgttccttgacaatgcacagATATTACAGGCACTGGAAAATGGAAACACACTTTTTGCAAGTTGAGGACTATGGTGCAGTAGAAAGATTGTTGTATTCGATGTCTAGTTACTCCTTCTG
GAGTTTGCATTCAGTGTTTACTTGACTGTATGGAGAGGGTTTGATATTTTGCCAAAGTTCATTTTCTAGAGTCAATAAGTAAATTTATTGACATGAATATTTGGTGTACTGAATTCCAGATAAAAGCCTTTTTTGGGCTACAAGTATTTGATCTCATTGTTAATAAAAAGTACACTCTGCATGTAGTGAGGAGCAGGTCA
CAATTTAAATACCTTCGTTAACATAATTATCTGGTATGATCATTTATTTTACAAGTTAGCCGCTGTTAAGAAGAAGTCTGCACCTGTTTTAATTAGATGGAATGCCATGGCAGCTGAACTGAAAAATTGATATTAGAAAGATAGACTGGCGAAATCCAAGTCTCAATCATCTTTACCTGGGGTTATATTGTGTGCCAAAT
TCATCTTTCAAGCTGTAGAAAATTCTTGTACATGTGTTTTTAATCTCAGTGGGCCTATCATCTCCAGAATTCAATTTCTTGCTTCGTTTAGTTTGGGGTGTCCTTTAATGCTTACAGCTGCTATCCTAGACAGTTCCTATTTGCTTCTTCCCCTTGCTTGTCATTTTGGTTCCCTACTGGAGTGCACCAGTGTACTCTAC
TCGTGCGTTTCTACTGGGAGGATATTTTGTTGTAAAATGCACCACAGATTTTAAAATTTTCATCTAATGAAAGGTGTGTTCAACTTGTAGCAGGAATTTAAGATTCAATGGTTAGTCTTGTTATTTGCAAATTTTTAGGGTACTTTGTATGTGTCAGTGTGGTAAGAGTAAGTTTCAAATCAAGGTTTCCCGTTCCCGAG
ACTCATAACAGATTATGCTTTGTAATCTAATTTGGAGATGTATTAGACCCAAATACAGTCATTCTGGGAAATTTAT