sp|P51566|AFC1_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase AFC1

Intron 1 GTTGGTCTGT ... CTGTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.85	47	18	22
A2	29.17	34	21	7
A3	40.58	41	30	26
A4	42.86	20	17	13
A5	35.59	19	8	13
A6	22.22	70	18	22
A7	33.33	109	66	43
A8	25.58	80	28	27
A9	30.43	120	44	61
A10	25.93	160	48	64

>TRINITY_DN40192_c3_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

ATAAGGGCAAGTGCTGTTAAAGATCGGATCGAGGATAATAACCAGGAAGGCACCTCCATATTCTTTCAGAAAATCTTCCTATGATTATATTTAACGCGGCCTTGGCTGGAATTTTGGTCCTTCCCGTGTCTCAGACTCTTCATGCCCATCCCCAAAATCTCACATATTTCGCCCGCCAAGTTTTCTGGTCTGAAAATCCT
CTAAAATAGCCGTTTACCCCCTCCGAAAACAGCCAGGGTTTCTGCAAATATATTTGTTTTGCCCATTTGAGGCAGGGCTAATCTTGTGGGTGTTTTGTAGATGGCCACGGAATGTGTTGCAGAGACGGAGAAACGGCCAAGGAAACGCGCCAGATTGACGTGGGACGTTGCTCCCCACGACGAAGAAGAAGAGGCTCAGC
CAACGCTACTCTATAATGGTGGCACCCACGACGCCCAGCCCCAGGTTCGAATCCTCTCCTCCTCGGCAGGGTTAGGGTTAGAGCGCGCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCTTCAGCGTACGGTGGTCAGAAGGGACATGCTGTTCAGCGTCGCATTTCTCCGCCATGGCGTGAAGATGACAAAGATGGACACTACGTC
TTCGAGCTCGGAGAGAATTTGACTCCAAGATATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAA
AAGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATAC
ACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGAAACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCA
CCTGAAGTAATTTTAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCT

>TRINITY_DN40192_c3_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATAAGGGCAAGTGCTGTTAAAGATCGGATCGAGGATAATAACCAGGAAGGCACCTCCATATTCTTTCAGAAAATCTTCCTATGATTATATTTAACGCGGCCTTGGCTGGAATTTTGGTCCTTCCCGTGTCTCAGACTCTTCATGCCCATCCCCAAAATCTCACATATTTCGCCCGCCAAGTTTTCTGGTCTGAAAATCCT
CTAAAATAGCCGTTTACCCCCTCCGAAAACAGCCAGGGTTTCTGCAAATATATTTGTTTTGCCCATTTGAGGCAGGGCTAATCTTGTGGGTGTTTTGTAGATGGCCACGGAATGTGTTGCAGAGACGGAGAAACGGCCAAGGAAACGCGCCAGATTGACGTGGGACGTTGCTCCCCACGACGAAGAAGAAGAGgttggtc
tgtgtgttgtggtgtctttgtggttttctccagatattgggtcacgggttcgagcctcgtagagaccgggaaacccccaactcaactgaactgctctcactcactcactcattcactctgtgtgtattgtttggattggattactagtgggtcaaatttgactgtgggaaacgggtcgctggctgtgtgtagGCTCAGCC
AACGCTACTCTATAATGGTGGCACCCACGACGCCCAGCCCCAGGTTCGAATCCTCTCCTCCTCGGCAGGGTTAGGGTTAGAGCGCGCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCTTCAGCGTACGGTGGTCAGAAGGGACATGCTGTTCAGCGTCGCATTTCTCCGCCATGGCGTGAAGATGACAAAGATGGACACTACGTCT
TCGAGCTCGGAGAGAATTTGACTCCAAGATATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAA
AGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACA
CACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGAAACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCAC
CTGAAGTAATTTTAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCT

Intron 2 GTAAGTGCCT ... GAATCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.08	35.3	27	18
A2	31.23	21.3	14	5
A3	39.02	16.5	18	2
A4	34.66	27.5	16	13
A5	34.78	15	7	9
A6	27.3	62.8	24	23
A7	24.71	71.8	34	13
A8	27.34	113.3	48	37
A9	25.98	84.3	33	26
A10	26.16	60.8	26	17

>TRINITY_DN40192_c3_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

AATATTTCTGTTTTTATTGATACTGTTCATAAAAATTCCTGGGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAAACATCTTTTCCTTTCGATTTTCTCTACATTGTATATCTTGAAATTTCAGTGGATGTCATATGTTGTATTTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTAC
TTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATTATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATGGCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGG
GATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCATACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTTGGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAG
TAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTGCAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATGGTTATAAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATT
TTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCTTCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTATCAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTA
TGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTGAGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTGGATGACGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCAC
TGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCACCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATTCCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTG
GTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTTGTTTTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATAC
AGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTA
GTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGAAACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTT
TGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGGTCTTGGATGGACGTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTTGGATGCATACTTGTGGAGCT

>TRINITY_DN40192_c3_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATAAGGGCAAGTGCTGTTAAAGATCGGATCGAGGATAATAACCAGGAAGGCACCTCCATATTCTTTCAGAAAATCTTCCTATGATTATATTTAACGCGGCCTTGGCTGGAATTTTGGTCCTTCCCGTGTCTCAGACTCTTCATGCCCATCCCCAAAATCTCACATATTTCGCCCGCCAAGTTTTCTGGTCTGAAAATCCT
CTAAAATAGCCGTTTACCCCCTCCGAAAACAGCCAGGGTTTCTGCAAATATATTTGTTTTGCCCATTTGAGGCAGGGCTAATCTTGTGGGTGTTTTGTAGATGGCCACGGAATGTGTTGCAGAGACGGAGAAACGGCCAAGGAAACGCGCCAGATTGACGTGGGACGTTGCTCCCCACGACGAAGAAGAAGAGGTTGGTC
TGTGTGTTGTGGTGTCTTTGTGGTTTTCTCCAGATATTGGGTCACGGGTTCGAGCCTCGTAGAGACCGGGAAACCCCCAACTCAACTGAACTGCTCTCACTCACTCACTCATTCACTCTGTGTGTATTGTTTGGATTGGATTACTAGTGGGTCAAATTTGACTGTGGGAAACGGGTCGCTGGCTGTGTGTAGGCTCAGCC
AACGCTACTCTATAATGGTGGCACCCACGACGCCCAGCCCCAGGTTCGAATCCTCTCCTCCTCGGCAGGGTTAGGGTTAGAGCGCGCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCTTCAGCGTACGGTGGTCAGAAGGGACATGCTGTTCAGCGTCGCATTTCTCCGCCATGGCGTGAAGATGACAAAGATGGACACTACGTCT
TCGAGCTCGGAGAGAATTTGACTCCAAGATATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAA
AGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACA
CACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGgtaagtgcctaatggacttcattgttgttcattgagaatgttgtatgccttattcgtttctagtttcaagataatcacattaatgctcttgtaagctttttgttttccatcctccatcgtttgatttattcag
tctatactaactttaggtcttttgttaaactgaatctacagAAACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGCCGCCGAGCGG
AAAAATACTTTAGACGGGGTATACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCAGCTTCAAGGGAAAGCATTAG

Intron 3 GTATGTGCAT ... TCTGTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.46	67.2	35	16
A2	28.85	26	10	8
A3	37.77	38.4	23	3
A4	33.53	60.2	30	16
A5	46.46	22	19	1
A6	23.69	60.2	18	0
A7	22.7	125	36	3
A8	32.85	119.6	58	4
A9	28.17	141.6	54	2
A10	32.36	111.6	53	7

>TRINITY_DN40192_c3_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

ATAAGGGCAAGTGCTGTTAAAGATCGGATCGAGGATAATAACCAGGAAGGCACCTCCATATTCTTTCAGAAAATCTTCCTATGATTATATTTAACGCGGCCTTGGCTGGAATTTTGGTCCTTCCCGTGTCTCAGACTCTTCATGCCCATCCCCAAAATCTCACATATTTCGCCCGCCAAGTTTTCTGGTCTGAAAATCCT
CTAAAATAGCCGTTTACCCCCTCCGAAAACAGCCAGGGTTTCTGCAAATATATTTGTTTTGCCCATTTGAGGCAGGGCTAATCTTGTGGGTGTTTTGTAGATGGCCACGGAATGTGTTGCAGAGACGGAGAAACGGCCAAGGAAACGCGCCAGATTGACGTGGGACGTTGCTCCCCACGACGAAGAAGAAGAGGTTGGTC
TGTGTGTTGTGGTGTCTTTGTGGTTTTCTCCAGATATTGGGTCACGGGTTCGAGCCTCGTAGAGACCGGGAAACCCCCAACTCAACTGAACTGCTCTCACTCACTCACTCATTCACTCTGTGTGTATTGTTTGGATTGGATTACTAGTGGGTCAAATTTGACTGTGGGAAACGGGTCGCTGGCTGTGTGTAGGCTCAGCC
AACGCTACTCTATAATGGTGGCACCCACGACGCCCAGCCCCAGGTTCGAATCCTCTCCTCCTCGGCAGGGTTAGGGTTAGAGCGCGCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCTTCAGCGTACGGTGGTCAGAAGGGACATGCTGTTCAGCGTCGCATTTCTCCGCCATGGCGTGAAGATGACAAAGATGGACACTACGTCT
TCGAGCTCGGAGAGAATTTGACTCCAAGATATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAA
AGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACA
CACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGGTAAGTGCCTAATGGACTTCATTGTTGTTCATTGAGAATGTTGTATGCCTTATTCGTTTCTAGTTTCAAGATAATCACATTAATGCTCTTGTAAGCTTTTTGTTTTCCATCCTCCATCGTTTGATTTATTCAG
TCTATACTAACTTTAGGTCTTTTGTTAAACTGAATCTACAGAAACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGCCGCCGAGCGG
AAAAATACTTTAGACGGGGTATACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCAGCTTCAAGGGAAAGCATTAG

>TRINITY_DN40192_c3_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAAAATGTCGGCAAAAATAAACTGAGTCTTGAAGAATTATGAAAATATCGGAAAAATTGGCAATTTGAGAGAGAAATCGGAAGTAATGGAAGAAATTGAAGATATTTGCAACATGTGACACGTGACACACTCATGCTTCAGATTAATTTGGCCACGAGCATTTCCCATCATGGTAATATTACAATGCAATGTAGCTAGC
TTGCAGCCCTCAAAAGACACTCTTCGCTGAGAAGTCACGACTAGGAATTTACTGTGCCTGATACACTAAATTCTCGTACCTAAGACAATCTGCATGAAATCCTGCTTGTGCAGGTGAGACGGGTTGCTTGCATTAGACCATCTGCATGAAGTTCTGTTTGTGCAGGTGAGAGACGGGCTGCTTGCATGGGCAAGGTGGCC
CATGAGGTGTGAAACATGTTTCTTGGGGATTTGAATCTTGTTGGGGATTATGAAAAATCACTGCTTTACCATCAAAACCAAGACCCTGTTAATGAATATCTATGTTTGGATTCAGGATAATATCGAAATATTCCTGTTTTTATCGATACTGTTCATAAAGATTCCTGTGCACTGTTTGAACACATCCAAAAAAATGGGAA
ACATTTTTTCCTTTCGATTTTCTATACATTGTACATCTTGAAATTTCAGTGAATGTCATACGTTGGATTTTCTATGGATGGAAATGTTGATATACATCAAGGATCTCAATCAATCTCAACCATTACTTATTTTAGTGCTGACAGCTATTCATCATTACCATTTAGGCCGTTCCCATATTATACTTTTGTGGATTTTTATT
ATAGGCAATATTGAAGTCAATCTGACTACTGGCATCCAATCAAAGTATTGAAACTTTATATTGTTATGGCATGCTCCCTATTTATTACTTTTATTATAGCTCACCCTTCTGGAGGGATTCTGGAGGGATCTTTGGTAAGAGGAATTACATTCCTGTTGGTGAAAAGACAGCAAACTGGGAGTCAGTCACCCAAAGTTCCA
TACCTGTAAGGAAGTTTGTTTGTATTTTTTTGTTTCTATTGTAGAAAATGTCGTGCCCCACCATTGTTGGAATTTGTTTAGAAGTGTCAACTAGTGGTCATTATACAATCTTTCTAGGTCCCATAGTAGAGTTATTGAACTTCAACAAATATTTGGCCTAGCGTCAACCAAAGAAATCTATGTTGCGACCATGATGGTTG
CAGGAAAGATATTTGGCCTAGTGTCAAGTGTCAACCAAAAAATTCTATGTTGCAACCGTGATGGTTATAAATTTAATTCTGCGAAGTGAGGAAGGTGTTAACTCTTGTTTTGATCTTAATCATATTTTATACTACAATCTAGGAGGCATCCATCAGTAAATTGTGCCTGATATTTTGTGAATTAATGAAAAACATTTTCT
TCCAACTATCATATACTGTTGACTGCAAAATGTAAGAGGTTTTACTTTTATTGTAACAATCCTCTTATCAACCCACCTGTGTTTTAAGTATGATTGCATCTGTATGTTCAGCCAAACTGTAGGGTATGTGCCCATATATCCAAGTTCCGTCGAATTTGATTCCTGCTTTTTGAGGAGTTTGCCAAGTCTGTGTTCATCTG
AGCTCTGTTGTTAATCATTGCCTCATTCTATAATAGTGGCTGCAACTTATGTGATTTTTATCTTCGATGATGCAACTTATCTCTCATTGTCAAGGTATTTGTTTTGTTGTGTCTTTTGCTAATCACTGGAATGTTCTTTGTTTACATGTCCAGTCATGTATTTTTTTAGTTATGCCCTTTTTGTTACGGGGCTAAATGCA
CCCATGTATGTGGGATATATCTTGCATTTATGATTTTATCCTTTATTCTAGTGTACTCCTTATCTATTCCCCTTTTCCTCGAGGTCTTTTAGACAAACATAAGGTTATGCATTTATGATTTACTTGGTCACAACTCTGAAGTATTATTTACCTGATAGATTATCCCCATCTGCTCTTTTTTTCACACGCTTGATTTTGTT
TTCTTGACTCTGATGTCGCAGATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCA
CGgtatgtgcatgaatggtgaaactatctcaccctatctgatttcattttgtttatgggatatggtaatgctgttgcaaagatcttctcttccctgcctgtttttgaccttagtgttttagagaaaatggatgtttggttgactatcacggttctctgtcacagGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAA
CCACATTTGTATTGTGAGTATTATGGACTAACTCCATCAATGTTAAGATTCAAGACAGTTGATTAGAGATGAATTACATTTAGTCATTGTATTCTTTCCATAAATGTATGATTTGGTTGCATGTCCTATAAGCTTCGCTGAGTAATAGTGGGTTGAGTGTTGAAACTTTTCTTTGGATGAACTTAAATGCTGTTAACAGG
TCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGAT
TACAAG

Intron 4 GTGAGTATTA ... CTGTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.74	63	20	51
A2	44.24	30.3	6	24
A3	46.91	43	2	38
A4	43.04	45	15	34
A5	39.13	14	1	9
A6	29.27	87	0	36
A7	28.8	131	5	53
A8	22.39	104	6	30
A9	17.17	130.3	0	27
A10	24.46	105	3	34

>TRINITY_DN40192_c3_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

ATAAGGGCAAGTGCTGTTAAAGATCGGATCGAGGATAATAACCAGGAAGGCACCTCCATATTCTTTCAGAAAATCTTCCTATGATTATATTTAACGCGGCCTTGGCTGGAATTTTGGTCCTTCCCGTGTCTCAGACTCTTCATGCCCATCCCCAAAATCTCACATATTTCGCCCGCCAAGTTTTCTGGTCTGAAAATCCT
CTAAAATAGCCGTTTACCCCCTCCGAAAACAGCCAGGGTTTCTGCAAATATATTTGTTTTGCCCATTTGAGGCAGGGCTAATCTTGTGGGTGTTTTGTAGATGGCCACGGAATGTGTTGCAGAGACGGAGAAACGGCCAAGGAAACGCGCCAGATTGACGTGGGACGTTGCTCCCCACGACGAAGAAGAAGAGGTTGGTC
TGTGTGTTGTGGTGTCTTTGTGGTTTTCTCCAGATATTGGGTCACGGGTTCGAGCCTCGTAGAGACCGGGAAACCCCCAACTCAACTGAACTGCTCTCACTCACTCACTCATTCACTCTGTGTGTATTGTTTGGATTGGATTACTAGTGGGTCAAATTTGACTGTGGGAAACGGGTCGCTGGCTGTGTGTAGGCTCAGCC
AACGCTACTCTATAATGGTGGCACCCACGACGCCCAGCCCCAGGTTCGAATCCTCTCCTCCTCGGCAGGGTTAGGGTTAGAGCGCGCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCTTCAGCGTACGGTGGTCAGAAGGGACATGCTGTTCAGCGTCGCATTTCTCCGCCATGGCGTGAAGATGACAAAGATGGACACTACGTCT
TCGAGCTCGGAGAGAATTTGACTCCAAGATATAAAATTCTCAGCAAAATGGGGGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAAAGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAA
AGTAGTTCACGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCGGCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACA
CACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAGGTAAGTGCCTAATGGACTTCATTGTTGTTCATTGAGAATGTTGTATGCCTTATTCGTTTCTAGTTTCAAGATAATCACATTAATGCTCTTGTAAGCTTTTTGTTTTCCATCCTCCATCGTTTGATTTATTCAG
TCTATACTAACTTTAGGTCTTTTGTTAAACTGAATCTACAGAAACATCCCCAGGATGAAACACATTATAAACGACTGCCAAAGTCAAGCGCAATTAAGCTCATTGATTTTGGTAGTACTACATTTGAAAGTCAGGATCATAGCTCAATCGTCTCCACAAGGCATTACCGGGCACCTGAAGTAATTTTAGCCGCCGAGCGG
AAAAATACTTTAGACGGGGTATACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCAGCTTCAAGGGAAAGCATTAG

>TRINITY_DN40192_c3_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTACTCTTTTCCGGATTTTTGTTTGCACAGCATTATTACTGAAGTTCTTCTAGATATTTTAGGATTAGTAAGTCAAATGAGAGTTAAATCCATTAGTACTATTACGCTTGTTGTTTTTTGTTGTTTTGTCTAATTTATCATATACTTGTGTTTGAAGGGACCTTTGGTCGTGTTTTAGAATGTTGGGACCGAGAAGCAAA
AGAGTTTGTGGCGGTGAAAATTATTCGCAGCATACAGAAATATCGTGATGCAGCAATGATTGAAATCGATGTTCTTAGTGTTCTCTCCAAACATGATAAAAGTAGTTCACGGTATGTGCATGAATGGTGAAACTATCTCACCCTATCTGATTTCATTTTGTTTATGGGATATGGTAATGCTGTTGCAAAGATCTTCTCTT
CCCTGCCTGTTTTTGACCTTAGTGTTTTAGAGAAAATGGATGTTTGGTTGACTATCACGGTTCTCTGTCACAGGTGTGTCCAGATAAGGAATTGGTTTGATTTTCGGAACCACATTTGTATTgtgagtattatggactaactccatcaatgttaagattcaagacagttgattagagatgaattacatttagtcattgta
ttctttccataaatgtatgatttggttgcatgtcctataagcttcgctgagtaatagtgggttgagtgttgaaacttttctttggatgaacttaaatgctgttaacagGTCTGTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATTCGATTTTCTACGCAAAAACAAATATCGCCCATTTCCTGTTGATCTAGTCCGGGAGTTTGGTCG
GCAACTTTTGGAATCTGTAGCATATATGCACGAATTACGTCTAATACACACGGATTTAAAGCCAGAGAATATACTTCTTGTTTCTTCAGACTATTTAAAGGTTCCAGATTACAAG