sp|C0HLQ1|CMLN_CRYJA ----> Cypmaclein

Intron 1 GTAAGTTTGT ... TGTTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	6	2	1
A2	8.34	5	0.5	2
A3	50	1	1	2
A4	-1	0	0	0
A5	50	1	1	0
A6	22.41	45	13	4
A7	12.59	93.5	13.5	10
A8	22.66	107.5	31.5	11.5
A9	13.71	85	13.5	3
A10	0	7	0	0

>TRINITY_DN38978_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCATCTAGGCATTGAAGGGCGTTGAAGAGGAGGATTTGTAGCTGAGAGCCCTATTAACAATGGCAGCAGCCCAGAAAACGTTTGCTCTGTTGCTTTTTTGTGTGATAGTCCTGCAGGTGCAGCAGGGTTTTGCTTTGGAGATAATGCACCGTCAATTGCTGCAAACAGGTGATGCCACTAATAGTACAGACTGCCCAAC
GCTATGTGATGGGCGGTGCGCGGTGGCTGGACGGGCGAACAGATGCCTTCAGTTCTGCCTTATATGCTGCGGTAAATGTAATTGTGTGCCCTCTGGAACATATGGTTACCCTCCGGGCGACTGCGACTGCTACGCCAACTTGAAGAACTCTAAAGGCGGGCACAAATGTCCTTGAACTACTTTGCAATCTCGGAATGTGA
TCATGCTCCAAATTTTATTATTCGTTAAGATGGCGTTGTAAATCGAGTTAGTCTGTTGTTGTCTCCGGATTATTTAATCTATTGTGTTTCTCAGCTTTCAACTTTCAGTGAAAATATTTAATCCTTTGTATTTCTCAACTTTCAAATTTCAGTGAAAACAGTGAATATAAGTTCACTAATTTTCATTGAAAATAGTGAAT
AAAACTTCGCCTCCTTTTGTGGGCT

>TRINITY_DN38978_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCATCTAGGCATTGAAGGGCGTTGAAGAGGAGGATTTGTAGCTGAGAGCCCTATTAACAATGGCAGCAGCCCAGAAAACGTTTGCTCTGTTGCTTTTTTGTGTGATAGTCCTGCAGgtaagtttgttccattaagaattgtatcatccagataacgttaaaaaatcaggcttgactgaaaatggttgtgttttacagGT
GCAGCAGGGTTTTGCTTTGGAGATAATGCACCGTCAATTGCTGCAAACAGGTGATGCCACTAATAGTACAGACTGCCCAACGCTATGTGATGGGCGGTGCGCGGTGGCTGGACGGGCGAACAGATGCCTTCAGTTCTGCCTTATATGCTGCGGTAAATGTAATTGTGTGCCCTCTGGAACATATGGTTACCCTCCGGGCG
ACTGCGACTGCTACGCCAACTTGAAGAACTCTAAAGGCGGGCACAAATGTCCTTGAACTACTTTGCAATCTCGGAATGTGATCATGCTCCAAATTTTATTATTCGTTAAGATGGCGTTGTAAATCGAGTTAGTCTGTTGTTGTCTCCGGATTATTTAATCTATTGTGTTTCTCAGCTTTCAACTTTCAGTGAAAATATTT
AATCCTTTGTATTTCTCAACTTTCAAATTTCAGTGAAAACAGTGAATATAAGTTCACTAATTTTCATTGAAAATAGTGAATAAAACTTCGCCTCCTTTTGTGGGCT

Intron 2 GTATGCTATT ... TAAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	4	1	0
A2	16.67	5	2	1
A3	33.33	2	1.5	1
A4	-1	0	0	0
A5	50	1	0	1
A6	21.28	37	10.5	10
A7	21.62	87	24	24
A8	21.77	97	31.5	27
A9	25.91	90	22.5	31.5
A10	27.27	8	2.5	3

>TRINITY_DN39788_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GGTTCGGCCATCTAGGCATTGAAGGGCGTTGAAGAGGAGGATTTGTAGCTGAGAGCCCTATTAACAATGGCAGCAGCCCAGAAAACGTTTGCTCTGTTGCTTTTTTGTGTGATAGTCCTGCAGGTGCAGCAGGGTTTTGCTTTGGAGATAATGCACCGTCAATTGCTGCAAACAGGTGATGCCACTAATAGTACAGACTG
CCCAACGCTATGTGATGGGCGGTGCGCGGTGGCTGGACGGGCGAACAGATGCCTTCAGTTCTGCCTTATATGCTGCGGTAAATGTAATTGTGTGCCCTCTGGAACATATGGTTACCCTCCGGGCGACTGCGACTGCTACGCCAACTTGAAGAACTCTAAAGGCGGGCACAAATGTCCTTGAACTACTTTGCAATCTCGGA
ATGTGATCATGCTCCAAATTTTATTATTCGTTAAGATGGCGTTGTAAATCGAGTTAGTCTGTTGTTGTCTCCGGATTATTTAATCTATTGTGTTTCTCAGCTTTCAACTTTCAGTGAAAATATTTAATCCTTTGTATTTCTCAACTTTCAAATTTCAGTGAAAACAGTGAATATAAGTTCACTAATTTTCATTGAAAATA
GTGAATAAAACTTCGCCTCCTTTTGTGGGTTCTGATTTTACTGTTTCTTCTTCTTCTTATTATTATTTTAAAGTTGATACTTTGATCCTCAAACAGAAATTGTTTGAGGATAAGATGGACAATAAACTCTCAAAATTGATCTCGCTCCCAC

>TRINITY_DN39788_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGTTCGGCCATCTAGGCATTGAAGGGCGTTGAAGAGGAGGATTTGTAGCTGAGAGCCCTATTAACAATGGCAGCAGCCCAGAAAACGTTTGCTCTGTTGCTTTTTTGTGTGATAGTCCTGCAGGTAAGTTTGTTCCATTAAGAATTGTATCATCCAGATAACGTTAAAAAATCAGGCTTGACTGAAAATGGTTGTGTTTT
ACAGGTGCAGCAGGGTTTTGCTTTGGAGATAATGCACCGTCAATTGCTGCAAACAGgtatgctattcattattgggattatgatactgtgcaagattgaatgagagtcattaatggagatggtattgctttttggtttttagttttcttgatcagtgatatgttttgatatgatctggatccataaaatgcagGTGATGC
CACTAATAGTACAGACTGCCCAACGCTATGTGATGGGCGATGCGCGGTGGCTGGACGGGCGAACAGATGCCTTCAGTTCTGCCTTATATGCTGCGGTAAATGTAATTGTGTGCCCTCTGGAACATATGGTTACCCTCCGGGCGACTGCGACTGCTACGCCAACTTGAAGAACTCTAAAGGCGGGCACAAATGTCCTTGAA
CTACTTTGCAATCTCGGAATGTGATCATGCTCCAAATTTTATTATTCGTTAAGATGGCGTTGTAAATCGAGTTAGTCTGTTGTTGTCTCCGGATTATTTAATCTATTGTGTTTCTCAGCTTTCAACTTTCAGTGAAAATATTTAATCCTTTGTATTTCTCAACTTTCAAATTTCAGTGAAAACAGTGAATATAAGTTCAC
TAATTTTCATTGAAAATAGTGAATAAAACTTCGCCTCCTTTTGTGGGTTCTGATTTTACTGTTTCTTCTTCTTCTTATTATTATTTTAAAGTTGATACTTTGATCCTCAAACAGAAATTGTTTGAGGATAAGATGGACAATAAACTCTCAAAATTGATCTCGCTCCCAC