NA ----> NA

Intron 1 GTCAGAACTA ... TGAAGCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.41	60.5	23.1	29.2
A2	21.87	63	29.6	18.4
A3	21.6	43.5	21	12.1
A4	14.64	61.4	30.5	10.6
A5	16.45	32.8	12.4	6.6
A6	8.73	87.5	21	8.8
A7	10.04	145.3	41.9	17
A8	13.2	80.4	18.2	13.5
A9	7.8	127.1	38.1	11.5
A10	15.86	111.7	31.5	22

>TRINITY_DN119659_c8_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTTGACATTCATAACGCGCACAGTGCAGTCTTCGTTTTGTCTCTTCAGCCACGATCATTTCTTGTGGTTGCTTCGAAGCCAAGTTAAAGGCAGCCGATGAATTATAAATGTGCATGATAAATAAATAAAGGGTTGATTCAAATTGGCATACTTTGGTGCTCGAAATGTGGTTTGCAGTTGTATTTGGGGTTCTAATTTA
CAAATTTATGAAAGGACTCATCACTTCCAGGGAATTTGGACCGGACTGGGATTCCGGCATCAAGCTCATGGTGGCCAAGAAGCTTGAGAAAATATATGGTGGGAAAGCGTTTCATGCACTTCGAATTCCAGACATAGCAAGTGGGGCTCGACAGAGCATTGATATGGTCCTTCTCACCAAAAGAGAATTATCTATTATTG
CTGTTAGGAATTTTTCGGGGATTCTGGATGTGAGTGCTGATGGTGGTTGGACTCTGAAAAACACAAAAGGTCAAACCGAGAAGATTCCTAATGTTGTAAGAAACTGCTTTTTCTACATTTGATACCTTCTTTATGCTCACTATTGGCTTTGAATCTTCTATATTTTCTGCTATCATTTGCAGTTGAGGGCTTAATAGCCT
CATCCGTGAAACTCAAATTAGATGTCCTGCAATGCCAGGTTTCTGCTTATTTGCAGTGATATTTGACAATTCTTCTGGAGTATGGGCAAATTGGTTTATTTGTGGAGATATTTGCTTTTGTTTTTATGATTGTGTTAAGAAACTTTTACATTGTTGTTCATTATGTTTTAGAGACTGGAAGGTTATCAGTGGTCCTTGCT
AGAACGGACCAAGCCTGTTTATTGAATCCAATAGTAAATGCTGACTATTTAAAATTTGGAGCTAGCTTGTTATGGAATAAGCATTTATTTCTTTCATAATTTTAAAATTTTCTTTCTGCATGTTCACCATTAATTATGTATGATCCACAACATTAGATTCACCATATAACCTCCCACCAAAAGGAGAAGAAATTAAAAAA
GAAGGATACAGTGTCAATGTGCTACCATGCAGAAGTGTGCTATACTAGTAGCCAGGAAAGGGGATCACAGACTGGATGGTTGTGAAGTTGTGAATCTTTCCAAGATCTTTCAACAACTCTCTGATAGAGCCCATACATTGTTGAGCCTTAAGCATATGTTTCATTCCAGTATGCTTTGGTTCATCTTATACTATAGTACA
AACTTACAAAGGAAGTGGCCCTTGAGCAAGTCTCTTTCTTATAGAGCTCATGCTTTGGATAAGCATCCTGCATATCCAGCAGGCTTTGTTTTGTCTTACGGCTATATCTAAGGCATGACTTCTTATTCTTGATTTTAGGCCTTTGTGCAACTTGAAGCATAACTACTTGCATTGAGGATTATGTTTGTAGTATGTAGTTG
TACATTGTCTACTTTATATAAAGAGTATAATTGTACTTTGCATCTTGATAGGAATTGGATATGCCCTTTGCTTTCTTCTTTGACATAGAAAGGATGCCAAAGCATATTTCTTTCTTAATATTTTTTTGTCAGAAGTGCTTTCAGAAATACACCATCAGGGGTTGCACATCATAACATGGACT

>TRINITY_DN119659_c8_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTTGACATTCATAACGCGCACAGTGCAGTCTTCGTTTTGTCTCTTCAGCCACGATCATTTCTTGTGGTTGCTTCGAAGCCAAGTTAAAGGCAGCCGATGAATTATAAATGTGCATGATAAATAAATAAAGGGTTGATTCAAATTGGCATACTTTGGTGCTCGAAATGTGGTTTGCAGTTGTATTTGGGGTTCTAATTTA
CAAATTTATGAAAGGACTCATCACTTCCAGGGAATTTGGACCGGACTGGGATTCCGGCATCAAGCTCATGGTGGCCAAGAAgtcagaactatttttattttttgaatttagtgttaattagagtatcaggatgcggattgatcgattaattgtgtagtttgtttgaattgattgatttattatgtagtttttgacttgaa
gctcagGCTTGAGAAAATATATGGTGGGAAAGCGTTTCATGCACTTCGAATTCCAGACATAGCAAGTGGGGCTCGACAGAGCATTGATATGGTCCTTCTCACCAAAAGGTACCTCATTGTCATGTGGAATTATATTTCAATTGTTCACATTACTCTGCTTTTGAGGCGTTATTGCTCTTGCACACATACAGGGAGAAGCC
CTGCTAAGTTGAAACCCTCATGCGGATCCAGATTTCAAGAGTAACCCACAATTTCTGCTGTGAACCGATGAATAACACACACATTAGGTTTATGTTTTACTTTTTAATGCCCTTTTGGACATACCTGGTTTATAGGACCTCTTCTCTTAGAATGAAAATTGAGTTTAATCAGGGGTTTGGTCTGTGTGTTAATATAACAA
TTGTACCTTCATATGCGCCTATGTTACCATATGGGAAACAAGAACAGAACGAGAAATTAGGCCACAGGGTTTTGGGGTATAAGAAACATGCATCTCCCATCCCAGAGTAAGTTATTCATATAAAATTGA

Intron 2 GTACCTCATT ... ACACATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.45	9	10	5
A2	52.94	8	7	11
A3	37.93	9	3	8
A4	39.53	13	13	4
A5	30	7	3	3
A6	0	15	0	0
A7	1.82	27	1	0
A8	3.85	25	2	0
A9	4.76	20	2	0
A10	1.59	31	1	0

>TRINITY_DN99340_c0_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoform

GGTCTTTTTAACCCAGCCAGCTTGACATTCATAACGCGCACAGTGCAGTCTTCGTTTTGTCTCTTCAGCCACGATCATTTCTTGTGGTTGCTTCGAAGCCAAGTTAAAGGCAGCCGATGAATTATAAATGTGCATGATAAATAAATAAAGGGTTGATTCAAATTGGCATACTTTGGTGCTCGAAATGTGGTTTGCAGTTG
TATTTGGGGTTCTAATTTACAAATTTATGAAAGGACTCATCACTTCCAGGGAATTTGGACCGGACTGGGATTCCGGCATCAAGCTCATGGTGGCCAAGAAGCTTGAGAAAATATATGGTGGGAAAGCGTTTCATGCACTTCGAATTCCAGACATAGCAAGTGGGGCTCGACAGAGCATTGATATGGTCCTTCTCACCAAA
AGGGAGAAGCCCTGCTAAGTTGAAACCCTCATGCGGATCCAGATTTCAAGAGTAACCCACAATTTCTGCTGTGAACCGATGAATAACACACACATTAGGTTTATGTTTTACTTTTTAATGCCCTTTTGGACATACCTGGTTTATAGGACCTC

>TRINITY_DN99340_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGTCTTTTTAACCCAGCCAGCTTGACATTCATAACGCGCACAGTGCAGTCTTCGTTTTGTCTCTTCAGCCACGATCATTTCTTGTGGTTGCTTCGAAGCCAAGTTAAAGGCAGCCGATGAATTATAAATGTGCATGATAAATAAATAAAGGGTTGATTCAAATTGGCATACTTTGGTGCTCGAAATGTGGTTTGCAGTTG
TATTTGGGGTTCTAATTTACAAATTTATGAAAGGACTCATCACTTCCAGGGAATTTGGACCGGACTGGGATTCCGGCATCAAGCTCATGGTGGCCAAGAAGTCAGAACTATTTTTATTTTTTGAATTTAGTGTTAATTAGAGTATCAGGATGCGGATTGATCGATTAATTGTGTAGTTTGTTTGAATTGATTGATTTATT
ATGTAGTTTTTGACTTGAAGCTCAGGCTTGAGAAAATATATGGTGGGAAAGCGTTTCATGCACTTCGAATTCCAGACATAGCAAGTGGGGCTCGACAGAGCATTGATATGGTCCTTCTCACCAAAAGgtacctcattgtcatgtggaattatatttcaattgttcacattactctgcttttgaggcgttattgctcttgc
acacatacagGGAGAAGCCCTGCTAAGTTGAAACCCTCATGCGGATCCAGATTTCAAGAGTAACCCACAATTTCTGCTGTGAACCGATGAATAACACACACATTAGGTTTATGTTTTACTTTTTAATGCCCTTTTGGACATACCTGGTTTATAGGACCTC

Intron 3 GTGTTGAATG ... ATTTACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.79	50	3	13
A2	7.02	53	5	3
A3	11.3	51	0	13
A4	12.96	47	3	11
A5	17.95	16	2	5
A6	17.93	119	20	32
A7	11.21	206	25	27
A8	14.49	183	18	44
A9	16.59	186	31	43
A10	15.2	145	18	34

>TRINITY_DN37093_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

AGCTTGACATTCATAACGCGCACAGTGCAGTCTTCGTTTTGTCTCTTCAGCCACGATCATTTCTTGTGGTTGCTTCGAAGCCAAGTTAAAGGCAGCCGATGAATTATAAATGTGCATGATAAATAAATAAAGGGTTGATTCAAATTGGCATACTTTGGTGCTCGAAATGTGGTTTGCAGTTGTATTTGGGGTTCTAATTT
ACAAATTTATGAAAGGACTCATCACTTCCAGGGAATTTGGACCGGACTGGGATTCCGGCATCAAGCTCATGGTGGCCAAGAAGCTTGAGAAAATATATGGTGGGAAAGCGTTTCATGCACTTCGAATTCCAGACATAGCAAGTGGGGCTCGACAGAGCATTGATATGGTCCTTCTCACCAAAAGAGAATTATCTATTATT
GCTGTTAGGAATTTTTCGGGGATTCTGGATGTGAGTGCTGATGGTGGTTGGACTCTGAAAAACACAAAAGGTCAAACCGAGAAGATTCCTAATGTTGTGGAGGAAACAAGAAACCAAGCTGCTATTCTTGAATCTTATCTTGAAAGAAGAGGAGTTGTCCTACCGGCAGGGTTTTTGAGTTGTAAAGTCATACTTACCAA
TCCTAATTGCAGGCCATTGCTGTCAGTTGCTTTTCTGCCAGAGGTCTTCTTCTATGACAGATGGCTGCAACTAAAGGAGGAGGCACATGGTGTTCGCTCATGGGCAAAGCGCATGTTTTCTGGAATGGAACTTGACACATCGGACAAAATTGATAAAAAGATTCGCTTCATTCTCAATACTTCTCCAACATGGGACAGGT
TGGAGCTAAAAGCTAATCACCCAATATTTGGAGAATTTCTGGGGTTCAAAGGCAAGAAGGAGGATATGGATGCCCTTAAAGTTGTAAAGAGGTCAAAAGTGGCAAAGATAGTGAACTACAAGCCATTAATGTTTGATCTTTTAGTTTCAAATATTCAGTTATTTTGTACGTCTCGTGATTACCGACATGAAAGTTCTTCT
CAACCTGATGAGATAGTGGTCGATGTGAGGACAGACACAGAAGTGATATTTCAACCTATGGATGCAAAAAAGGCTCAACAGTTCAAGATTAAAAAACTTGTCTGTATGTCATTGAGTCCATGAATAACGTTGCAGGTTACTGACTCTTTCCTTTGAATAGTACATCGGATACATTCATTTTGAGACAGAAGGAAGGGACG
AAAGCACCACAGGAAAAGTTCTACAGCTACATTTCCATGTAGATGTGTAAACTAGTAAAACTTGTGTGGAATTTGATATGTAAATATTACAGTGTTTGTAATAAAGGACAAGTTGTGACATTCTGCGTGGTCAGTGCCTTTGAAAACTCTGATTAATGATTAGCTTTAGTAATGGACTATGAATCAGAAGAATTTGGTCT
AGTGACAACAGTCACTTGGCAGAAAATAATAGAAATGAAAAAGATCACCTGAGACTGGAGGAAGTGAAGGTGAACTTCCAAGTTGGCAGAGGAGTTTCAGCTTTTGTTTACACATGAACTGGTTGGGAATAGCAATACTGGAGTTTCTATGTTTATTCCAGTTTTATCATAATTTGTAAAGACCATGAAGAAACGTACGG
GGTATATGTTACAATATTAAGGGTTTAATTTAGTGACAAAGACTATTGGCTGCATTAAGGTGGCCTAGTTTGAATGACATGGACGTATGTACAGGGTCGTGGATGTAGTAGCGACATTTTTTCAATCACTCAGCTAATTGGATTCAAGTTTTCCATAAAAATGATAGATTAGAGGTCAAATAGGATCCACAAGCAGAAGC
AAAGTAGCATCATCTAGTGTTTTAGATTCCGATTATCCTGTAATCTTTGCCTTGGGAGAGTTGGAACCTAATCTGAGGTTAGGTTAAAATTGAAAATAATCACATGCTCTTCGTTCTCCATCTCTGGAGTTCTCTAAATCAACCAGCCAAAACAGGCTTCAAATAAGATAACTACATTTGTTGTGCATAATCCTCCACGT
CAAAGCTTCATCCTAATGTTTAAAATTCATTGCAATACAGGTTAAAATGCGAGGATAAGCTGCCCGAAATATATGATTGTAACATGCCAATATTCAAGGGCAATAATAAATGAATTGGTAATCTTGCTGCAGCGGAGATTGGTGACTGTTTGGAGTTGCCTTTGTAGTCTCGATGGTCACTGTAGTCTTGAAATTATAAA
GTGCCATAAATGCATTTTCTTTAGTGGGCATTCATCTTTTTATATTTGTTATGACGACTCTTTAATACAAGTCTGGCCATGCTACTAAATATAACCACTTCTTTTATAGTGTGCTATTGAACATACATAAAAACAAAAGCTTACAAAATGATTCACTATAGGGGATTAAAATCTCGATATTCTAGCTTTTTGAGTGAATG
AAGCTCAAGGCTGAACCATAACTTTGTGCATATTATGCATCCATGTTCTCGACGTGGCTTGGGAGGTCTACACCATATAATTTATGAATTTCCCGTCATGATTTCAGTCATATTTGTCTCGGTGATGTTGGAGGCTCTCCAAATTACCACCCCTAGTGCGGTTAACAATAAAATTTGATTAGTTGGCCTTTGCATCCTTT
GAAGAAAAGTTAGTTCCATC

>TRINITY_DN37093_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGCTTGACATTCATAACGCGCACAGTGCAGTCTTCGTTTTGTCTCTTCAGCCACGATCATTTCTTGTGGTTGCTTCGAAGCCAAGTTAAAGGCAGCCGATGAATTATAAATGTGCATGATAAATAAATAAAGGGTTGATTCAAATTGGCATACTTTGGTGCTCGAAATGTGGTTTGCAGTTGTATTTGGGGTTCTAATTT
ACAAATTTATGAAAGGACTCATCACTTCCAGGGAATTTGGACCGGACTGGGATTCCGGCATCAAGCTCATGGTGGCCAAGAAGCTTGAGAAAATATATGGTGGGAAAGCGTTTCATGCACTTCGAATTCCAGACATAGCAAGTGGGGCTCGACAGAGCATTGATATGGTCCTTCTCACCAAAAGAGAATTATCTATTATT
GCTGTTAGGAATTTTTCGGGGATTCTGGATGTGAGTGCTGATGGTGGTTGGACTCTGAAAAACACAAAAGGTCAAACCGAGAAGATTCCTAATGTTGTGGAGGAAACAAGAAACCAAGCTGCTATTCTTGAATCTTATCTTGAAAGAAGAGGAGTTGTCCTACCGGCAGGGTTTTTGAGTTGTAAAGTCATACTTACCAA
TCCTAATTGCAGGCCATTGCTGTCAGTTGCTTTTCTGCCAGAGGTCTTCTTCTATGACAGATGGCTGCAACTAAAGGAGGAGGCACATGGTGTTCGCTCATGGGCAAAGCGCATGTTTTCTGGAATGGAACTTGACACATCGGACAAAATTGATAAAAAGATTCGCTTCATTCTCAATACTTCTCCAACATGGGACAGGT
TGGAGCTAAAAGCTAATCACCCAATATTTGGAGAATTTCTGGGGTTCAAAGGCAAGAAGGAGGATATGGATGCCCTTAAAGTTGTAAAGAGGTCAAAAGTGGCAAAGATAGTGAACTACAAGCCATTAATGTTTGATCTTTTAGgtgttgaatggagagctggatttacacagTTTCAAATATTCAGTTATTTTGTACGT
CTCGTGATTACCGACATGAAAGTTCTTCTCAACCTGATGAGATAGTGGTCGATGTGAGGACAGACACAGAAGTGATATTTCAACCTATGGATGCAAAAAAGGCTCAACAGTTCAAGATTAAAAAACTTGTCTGTATGTCATTGAGTCCATGAATAACGTTGCAGGTTACTGACTCTTTCCTTTGAATAGTACATCGGATA
CATTCATTTTGAGACAGAAGGAAGGGACGAAAGCACCACAGGAAAAGTTCTACAGCTACATTTCCATGTAGATGTGTAAACTAGTAAAACTTGTGTGGAATTTGATATGTAAATATTACAGTGTTTGTAATAAAGGACAAGTTGTGACATTCTGCGTGGTCAGTGCCTTTGAAAACTCTGATTAATGATTAGCTTTAGTA
ATGGACTATGAATCAGAAGAATTTGGTCTAGTGACAACAGTCACTTGGCAGAAAATAATAGAAATGAAAAAGATCACCTGAGACTGGAGGAAGTGAAGGTGAACTTCCAAGTTGGCAGAGGAGTTTCAGCTTTTGTTTACACATGAACTGGTTGGGAATAGCAATACTGGAGTTTCTATGTTTATTCCAGTTTTATCATA
ATTTGTAAAGACCATGAAGAAACGTACGGGGTATATGTTACAATATTAAGGGTTTAATTTAGTGACAAAGACTATTGGCTGCATTAAGGTGGCCTAGTTTGAATGACATGGACGTATGTACAGGGTCGTGGATGTAGTAGCGACATTTTTTCAATCACTCAGCTAATTGGATTCAAGTTTTCCATAAAAATGATAGATTA
GAGGTCAAATAGGATCCACAAGCAGAAGCAAAGTAGCATCATCTAGTGTTTTAGATTCCGATTATCCTGTAATCTTTGCCTTGGGAGAGTTGGAACCTAATCTGAGGTTAGGTTAAAATTGAAAATAATCACATGCTCTTCGTTCTCCATCTCTGGAGTTCTCTAAATCAACCAGCCAAAACAGGCTTCAAATAAGATAA
CTACATTTGTTGTGCATAATCCTCCACGTCAAAGCTTCATCCTAATGTTTAAAATTCATTGCAATACAGGTTAAAATGCGAGGATAAGCTGCCCGAAATATATGATTGTAACATGCCAATATTCAAGGGCAATAATAAATGAATTGGTAATCTTGCTGCAGCGGAGATTGGTGACTGTTTGGAGTTGCCTTTGTAGTCTC
GATGGTCACTGTAGTCTTGAAATTATAAAGTGCCATAAATGCATTTTCTTTAGTGGGCATTCATCTTTTTATATTTGTTATGACGACTCTTTAATACAAGTCTGGCCATGCTACTAAATATAACCACTTCTTTTATAGTGTGCTATTGAACATACATAAAAACAAAAGCTTACAAAATGATTCACTATAGGGGATTAAAA
TCTCGATATTCTAGCTTTTTGAGTGAATGAAGCTCAAGGCTGAACCATAACTTTGTGCATATTATGCATCCATGTTCTCGACGTGGCTTGGGAGGTCTACACCATATAATTTATGAATTTCCCGTCATGATTTCAGTCATATTTGTCTCGGTGATGTTGGAGGCTCTCCAAATTACCACCCCTAGTGCGGTTAACAATAA
AATTTGATTAGTTGGCCTTTGCATCCTTTGAAGAAAAGTTAGTTCCATC