sp|Q9LDD5|PYRP2_ARATH ----> 5-amino-6-(5-phospho-D-ribitylamino)uracil phosphatase, chloroplastic

Intron 1 GTTAATTGAC ... TGCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.98	81	25	18
A2	28.3	76	38	22
A3	22.84	76	22	23
A4	26.32	84	36	24
A5	16.48	38	8	7
A6	22.26	330	96	93
A7	23.48	295	89	92
A8	22.61	255	65	84
A9	22.65	251	78	69
A10	21.89	223	78	47

>TRINITY_DN43169_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

TTCGGCTAAGGTCATATTCCACCCTCGTAATGGAGAAGAAAATGTGAATATGCCAAATTACCAAGACAGCTTAGTCTGGTGTCTAACCAATTTGGGGTATCAGGGAATTCTGACATATAAATATCATCCGCCTATTTGCAAGGACACGTCAGACGATGATCTGGCAGCGGCATCCATAGCTGGCGAGATTTACAGGAAAA
CTTCTCGACTTGCTGGTGACTGCCATCCATATACCGAGAATCCCATAGACAACATTTATTAAATTGAAAACCGATTTTCTGGGTCGAAAGCCATCAAGGATTCGAATAAACCCGGGAACCCAAAAATCATATCTCATATCAGGTACCTTAATGGTGTGTTGAAGTAAAATAGAATTGCATGGAGTGCACGCATAGCTGTT
CTGCGCTCACGCCCATTCGAGGGCCGTCCCAGTTTCGAACCACAGCGCCATCGCGGCAGCTTAAAATATCTGGGTTAAGAAAAACATGGGGGAGCAAACGGGCGGTGGTGAGCAATAAGGCGCCCAGCTTCAATGAACACGATTCCAATGGTACCCACCCATCATCAAAAAATCTCTTCATGCAAGAGGCTATTGGGGCT
GAACATGGAGAGGCTTTTGAAGCTTATAGACCAAATGGACCACTAAAAGTTGATGTGGATTTCCTAAATGACCGAATGCGTGAAAGTGGCCTTCAAAGAATACGATATGCTATGAAACCTGATGAAGCTTTTGGTCTTATTTTTTCCTGGGACAATGTTGTGGCAGATACTCGGACTCTGAGGATAGATGCTTGGAATCA
ACTTGCTTCTGAAGAAGGAAAAAATATTCCAAAAGATGGTGAGACAGAACGTTGGATGCTTTGTGCTGGTGCTGAGTATGTCTTATGTAAGATTCTTTGCTGGGGAGAAGCCGGAAATGAAGTGGAGAGGCTGAAAATGCGTCTATCGGAAATTTTCTACGAGGAATTATTAAAATTACAAGCACCCATGGAGGGATTAA
AAGAGTGGCTGGAAGCTCTCTATACGGCTGGTGTCCCATGTGCAGTTGCATCATCCTTAGATCGTCAAAATCTACTTGCAGCTCTTGAAAGGATGGGACTTAAAAAATATTTTCAGGCCATAGTGTCAGATGAAGATGGAATGGAGTCAATTGCACAAAGATTTCTTTCGGCTGCTGTAAAGTTAGATCGACCACCATCC
AAATGTGTTGTTTTCGAAGACGATCCTAGAGGGATCACAGCTGCACATAACTGCACAATGATGGCCGTTGCTTTGATTGGTTCTCATCCGGCATATGAACTAGTGCAGGCCGATCTTGCTGTAGCCAGCTTTAGCGAACTTTCTGTCATCAACTTGCGGAGACTCTTTGCAAATAAGGGTTGTCAATTCATGGATTTGCA
AAAGCAAAATGCCGAGGAAAGCCCATCCAAAAAAAAGCTCATCATTGACACACTTTTTTAGAATACTAAGGACTCCATGAGTCATGGAATTCGGTTCGCTGACAGTTTTAAGTAGACTGCATGCCATTTTGCAGTCACGTTGATATGATCATGGTGAGATGAAGAGTAAAGTGATCCTGTTAAGTTCCTTCTATCTATGT
TTACCCACAACAGAGGATAGAAGTTGCAGAACTCCATCACCACTGTTTGGCCTCTCTAGAAATGAAGAATGTCGGTAGCATGGAAAAACCCATTTTAGAGACTTGTTGGAACTGGTCTTTATTATCTGGTGATTTGATACATACATGGTTGGGGAATCATTTTCATCTTCCTTTGATTCATATTGCAGCTGATCCCTAGC
CTATAATATCTGATTTGTCTGCCGAGCACTGTATAATTTAGCAAGTCAGATGTAACATTGTAAAATTGTAATATTTGTGTACTGTTTAAAATTTCGAATCATGTTCCATATACTTGATTGTAACTTTCACTCTGGAGAATGGGTATACATCAATTCAGCTTCAAAGCTTCATAGTGGATAGTGAAACTTCTTGGTGTTCA
TTACATTAGTTGTGCTTTTATGTTAGTACCTGACAAATTGAGAAAGATTGGCATCCTTGTTGAATTATGAACCATCTAATTATCAAATGAAGGAGAAATTCAAAGCCAAGCAGTTTTTCTTGGCACTCCTGTTTTGAGGTTGTTAGTCCCTCAAATAATCTGATTTTCTGTGAAAACCAGAGGACAAGTTGTTTAGGCAA
CCTTTGAAACCGGAAGCAGTTAAAATTTTAAATTGTCAAGCTCCCACCGCATTTATACATTGCTTGGAATGCCAATTTATTCACTTTATTGCATTTTTCATGTAAGTACAAAAAGCAACCATTGTCA

>TRINITY_DN43169_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTCGGCTAAGGTCATATTCCACCCTCGTAATGGAGAAGAAAATGTGAATATGCCAAATTACCAAGACAGCTTAGTCTGGTGTCTAACCAATTTGGGGTATCAGGGAATTCTGACATATAAATATCATCCGCCTATTTGCAAGGACACGTCAGACGATGATCTGGCAGCGGCATCCATAGCTGGCGAGATTTACAGGAAAA
CTTCTCGACTTGCTGGTGACTGCCATCCATATACCGAGAATCCCATAGACAACATTTATTAAATTGAAAACCGATTTTCTGGGTCGAAAGCCATCAAGGATTCGAATAAACCCGGGAACCCAAAAATCATATCTCATATCAGGTACCTTAATGGTGTGTTGAAGTAAAATAGAATTGCATGGAGTGCACGCATAGCTGTT
CTGCGCTCACGCCCATTCGAGGGCCGTCCCAGTTTCGAACCACAGCGCCATCGCGGCAGCTTAAAATATCTGGGTTAAGAAAAACATGGGGGAGCAAACGGGCGGTGGTGAGCAATAAGGCGCCCAGCTTCAATGAACACGATTCCAATGGTACCCACCCATCATCAAAAAATCTCTTCATGCAAGAGGCTATTGGGGCT
GAACATGGAGAGGCTTTTGAAGCTTATAGACCAAATGGACCACTAAAAGTTGATGTGGATTTCCTAAATGACCGAATGCGTGAAAGTGGCCTTCAAAGAATACGATATGCTATGAAACCTGATGAAGCTTTTGGTCTTATTTTTTCCTGGGACAATGTTGTGGCAGATACTCGGACTCTGAGGATAGATGCTTGGAATCA
ACTTGCTTCTGAAGAAGGAAAAAATATTCCAAAAGATGGTGAGACAGAACGTTGGATGCTTTGTGCTGGTGCTGAGTATGTCTTATGTAAGATTCTTTGCTGGGGAGAAGCCGGAAATGAAGTGGAGAGGCTGAAAATGCGTCTATCGGAAATTTTCTACGAGGAATTATTAAAATTACAAGCACCCATGGAGGGATTAA
AAGAGTGGCTGGAAGCTCTCTATACGGCTGGTGTCCCATGTGCAGTTGCATCATCCTTAGATCGTCAAAATCTACTTGCAGCTCTTGAAAGGATGGGACTTAAAAAATATTTTCAGGCCATAGTGTCAGATGAAGATGGAATGGAGTCAATTGCACAAAGATTTCTTTCGGCTGCTGTAAAGgttaattgacaatttgtg
tgctgagatatgacctgaaccttgttaaattaccggtcctaactttttgaaggtcttggcgataattttctgagatgtatagtaaatgagtgcattctgggattaaagaaacttgaaattcatgaggtgccagcttcgttaaggatttatatgtcattgatcttttggacaattttgattgcagtctttttatgaccaat
gtcatttttaatgctttgcagTTAGATCGACCACCATCCAAATGTGTTGTTTTCGAAGACGATCCTAGAGGGATCACAGCTGCACATAACTGCACAATGATGGCCGTTGCTTTGATTGGTTCTCATCCGGCATATGAACTAGTGCAGGCCGATCTTGCTGTAGCCAGCTTTAGCGAACTTTCTGTCATCAACTTGCGGAG
ACTCTTTGCAAATAAGGGTTGTCAATTCATGGATTTGCAAAAGCAAAATGCCGAGGAAAGCCCATCCAAAAAAAAGCTCATCATTGACACACTTTTTTAGAATACTAAGGACTCCATGAGTCATGGAATTCGGTTCGCTGACAGTTTTAAGTAGACTGCATGCCATTTTGCAGTCACGTTGATATGATCATGGTGAGATG
AAGAGTAAAGTGATCCTGTTAAGTTCCTTCTATCTATGTTTACCCACAACAGAGGATAGAAGTTGCAGAACTCCATCACCACTGTTTGGCCTCTCTAGAAATGAAGAATGTCGGTAGCATGGAAAAACCCATTTTAGAGACTTGTTGGAACTGGTCTTTATTATCTGGTGATTTGATACATACATGGTTGGGGAATCATT
TTCATCTTCCTTTGATTCATATTGCAGCTGATCCCTAGCCTATAATATCTGATTTGTCTGCCGAGCACTGTATAATTTAGCAAGTCAGATGTAACATTGTAAAATTGTAATATTTGTGTACTGTTTAAAATTTCGAATCATGTTCCATATACTTGATTGTAACTTTCACTCTGGAGAATGGGTATACATCAATTCAGCTT
CAAAGCTTCATAGTGGATAGTGAAACTTCTTGGTGTTCATTACATTAGTTGTGCTTTTATGTTAGTACCTGACAAATTGAGAAAGATTGGCATCCTTGTTGAATTATGAACCATCTAATTATCAAATGAAGGAGAAATTCAAAGCCAAGCAGTTTTTCTTGGCACTCCTGTTTTGAGGTTGTTAGTCCCTCAAATAATCT
GATTTTCTGTGAAAACCAGAGGACAAGTTGTTTAGGCAACCTTTGAAACCGGAAGCAGTTAAAATTTTAAATTGTCAAGCTCCCACCGCATTTATACATTGCTTGGAATGCCAATTTATTCACTTTATTGCATTTTTCATGTAAGTACAAAAAGCAACCATTGTCA

Intron 2 GTCGTGCTCT ... GTTCATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.27	149	14.4	23.2
A2	14.11	125	23	17.2
A3	7.3	121	10.8	24
A4	8.89	84	9.6	14.4
A5	10.06	53	6.4	9.6
A6	6.87	373	30.4	70.4
A7	9.13	403	45.8	76
A8	9.3	342	37.8	51.2
A9	7.15	346	29.6	51.4
A10	8.74	327	36.2	60.8

>TRINITY_DN124790_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GATGATCTGGCAGCGGCATCCATAGCTGGCGAGATTTACAGGAAAACTTCTCGACTTGCTGGTGACTGCCATCCATATACCGAGAATCCCATAGACAACATTTATTAAATTGAAAACCGATTTTCTGGGTCGAAAGCCATCAAGGATTCGAATAAACCCGGGAACCCAAAAATCATATCTCATATCAGGTACCTTAATGG
TGTGTTGAAGTAAAATAGAATTGCATGGAGTGCACGCATAGCTGTTCTGCGCTCACGCCCATTCGAGGGCCGTCCCAGTTTCGAACCACAGCGCCATCGCGGCAGCTTAAAATATCTGTAAGTCGGTTATTCTTCATTTCAATTGTTGCCTCTGAGATTTTGATTGTACATCACATGATTAATTACAGAGCTTGCTGGAT
TAATTAACCAGGGGTTAAGAAAAACATGGGGGAGCAAACGGGCGGTGGTGAGCAATAAGGCGCCCAGCTTCAATGAACACGATTCCAATGGTACCCACCCATCATCAAAAAATCTCTTCATGCAAGAGGCTATTGGGGCTGAACATGGAGAGGCTTTTGAAGCTTATAGACCAAATGGACCACTAAAAGTTGATGTGGAT
TTCCTAAATGACCGAATGCGTGAAAGTGGCCTTCAAAGAATACGATATGCTATGAAACCTGATGAAGCTTTTGGTCTTATTTTTTCCTGGGACAATGTTGTGGCAGATACTCGGACTCTGAGGATAGATGCTTGGAATCAACTTGCTTCTGAAGAAGGAAAAAATATTCCAAAAGATGGTGAGACAGAACGTTGGATGCT
TTGTGCTGGTGCTGAGTATGTCTTATGTAAGATTCTTTGCTGGGGAGAAGCCGGAAATGAAGTGGAGAGGCTGAAAATGCGTCTATCGGAAATTTTCTACGAGGAATTATTAAAATTACAAGCACCCATGGAGGGATTAAAAGAGTGGCTGGAAGCTCTCTATACGGCTGGTGTCCCATGTGCAGTTGCATCATCCTTAG
ATCGTCAAAATCTACTTGCAGCTCTTGAAAGGATGGGACTTAAAAAATATTTTCAGGCCATAGTGTCAGACGAAGATGGAATGGAGTCAATTGCACAAAGATTTCTTTCGGCTGCTGTAAAGTTAGATCGACCACCTTCCAAATGTGTTGTTTTCGAAGACGATCCTAGAGGGATCACAGCTGCACATAACTGCACAATG
ATGGCCGTTGCTTTGATTGGTTCTCATCCGGCATATGAACTAGTGCAGGCCGATCTTGCTGTAGCCAGCTTTAGCGAACTTTCTGTCATCAACTTGCGGAGACTCTTTGCAAATAAGGGTTGTCAATTCATGGATTTGCAAAAGCAAAATGCCGAGGAAAGCCCATCCAAAAAAAAGCTCATCATTGACACACTTTTTTA
GAATACTAAGGACTCCATGAGTCATGGAATTCGGTTCGCTGACAGTTTTAAGTAGACTGCATGCCATTTTGCAGTCACGTTGATATGATCATGGTGAGATGAAGAGTAAAGTGATCCTGTTAAGTTCCTTCTATCTATGTTTACCCACAACAGAGGATAGAAGTTGCAGAACTCCATCACCACTGTTTGGCCTCTCTAGA
AATGAAGAATGTCGGTAGCATGGAAAAACCCATTTTAGAGACTTGTTGGAACTGGTCTTTATTATCTGGTGATTTGATACATACATGGTTGGGGAATCATTTTCATCTTCCTTTGATTCATATTGCAGCTGATCCCTAGCCTATAATATCTGATTTGTCTGCCGAGCACTGTATAATTTAGCAAGTCAGATGTAACATTG
TAAAATTGTAATATTTGTGTACTGTTTAAAATTTCGAATCATGTTCCATATACTTGATTGTAACTTTCACTCTGGAGAATGGGTATACATCAATTCAGCTTCAAAGCTTCATAGTGGATAGTGAAACTTCTTGGTGTTCATTACATTAGTTGTGCTTTTATGTTAGTACCTGACAAATTGAGAAAGATTGGCATCCTTGT
TGAATTATGAACCATCTAATTATCAAATGAAGGAGAAATTCAAAGCCAAGCAGTTTTTCTTGGCACTCCTGTTTTGAGGTTGTTAGTCCCTCAAATAATCTGATTTTCTGTGAAAACCAGAGGACAAGTTGTTTAGGCAACCTTTGAAACCGGAAGCAGTTAAAATTTTAAATTGTCAAGCTCCT

>TRINITY_DN124790_c1_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATCCTTGGTGTTAACATGCCTTTTGCAATTTTCAGATTCTTTGCTGGGGAGAAGCCGGAAATGAAGTGGAGAGGCTGAAAATGCGTCTATCGGAAATTTTCTACGAGGAATTATTAAAAgtcgtgctcttaccttttggcaatatggtgattcaaaattgtatgtcttgctttgaaaataaaagatggtcaggcttgcca
ttcttaacattcttatttggttttgatcgttcattcagTTACAAGCACCCATGGAGGGATTAAAAGAGTGGCTGGAAGCTCTCTATACGGCTGGTGTCCCATGTGCAGTTGCATCATCCTTAGATCGTCAAAATCTACTTGCAGCTCTTGAAAGGATGGGACTTAAAAAATATTTTCAGGCCATAGTGTCAGACGAAGAT
GGAATGGAGTCAATTGCACAAAGATTTCTTTCGGCTGCTGTAAAGTTAGATCGACCACCTTCCAAATGTGTTGTTTTCGAAGACGATCCTAGAGGGATCACAGCTGCACATAACTGCACAATGATGGCCGTTGCTTTGATTGGTTCTCATCCGGCATATGAACTAGTGCAGGCCGATCTTGCTGTAGCCAGCTTTAGCGA
ACTTTCTGTCATCAACTTGCGGAGACTCTTTGCAAATAAGGGTTGTCAATTCATGGATTTGCAAAAGCAAAATGCCGAGGAAAGCCCATCCAAAAAAAAGCTCATCATTGACACACTTTTTTAGAATACTAAGGACTCCATGAGTCATGGAATTCGGTTCGCTGACAGTTTTAAGTAGACTGCATGCCATTTTGCAGTCA
CGTTGATATGATCATGGTGAGATGAAGAGTAAAGTGATCCTGTTAAGTTCCTTCTATCTATGTTTACCCACAACAGAGGATAGAAGTTGCAGAACTCCATCACCACTGTTTGGCCTCTCTAGAAATGAAGAATGTCGGTAGCATGGAAAAACCCATTTTAGAGACTTGTTGGAACTGGTCTTTATTATCTGGTGATTTGA
TACATACATGGTTGGGGAATCATTTTCATCTTCCTTTGATTCATATTGCAGCTGATCCCTAGCCTATAATATCTGATTTGTCTGCCGAGCACTGTATAATTTAGCAAGTCAGATGTAACATTGTAAAATTGTAATATTTGTGTACTGTTTAAAATTTCGAATCATGTTCCATATACTTGATTGTAACTTTCACTCTGGAG
AATGGGTATACATCAATTCAGCTTCAAAGCTTCATAGTGGATAGTGAAACTTCTTGGTGTTCATTACATTAGTTGTGCTTTTATGTTAGTACCTGACAAATTGAGAAAGATTGGCATCCTTGTTGAATTATGAACCATCTAATTATCAAATGAAGGAGAAATTCAAAGCCAAGCAGTTTTTCTTGGCACTCCTGTTTTGA
GGTTGTTAGTCCCTCAAATAATCTGATTTTCTGTGAAAACCAGAGGACAAGTTGTTTAGGCAACCTTTGAAACCGGAAGCAGTTAAAATTTTAAATTGTCAAGCTCCT

Intron 3 GTAAGTCGGT ... AATTAACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.66	70	18	8
A2	9.33	68	12	2
A3	10.31	87	11	9
A4	8.8	57	8	3
A5	23.36	41	22	3
A6	14.01	132	31	12
A7	14.42	178	50	10
A8	11.76	60	6	10
A9	15.96	158	27	33
A10	11.86	171	27	19

>TRINITY_DN124790_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GATGATCTGGCAGCGGCATCCATAGCTGGCGAGATTTACAGGAAAACTTCTCGACTTGCTGGTGACTGCCATCCATATACCGAGAATCCCATAGACAACATTTATTAAATTGAAAACCGATTTTCTGGGTCGAAAGCCATCAAGGATTCGAATAAACCCGGGAACCCAAAAATCATATCTCATATCAGGTACCTTAATGG
TGTGTTGAAGTAAAATAGAATTGCATGGAGTGCACGCATAGCTGTTCTGCGCTCACGCCCATTCGAGGGCCGTCCCAGTTTCGAACCACAGCGCCATCGCGGCAGCTTAAAATATCTGGGTTAAGAAAAACATGGGGGAGCAAACGGGCGGTGGTGAGCAATAAGGCGCCCAGCTTCAATGAACACGATTCCAATGGTAC
CCACCCATCATCAAAAAATCTCTTCATGCAAGAGGCTATTGGGGCTGAACATGGAGAGGCTTTTGAAGCTTATAGACCAAATGGACCACTAAAAGTTGACGTGGATTTCCTAAATGACCGAATGCGTGAAAGTGGCCTTCAAAGAATACGATATGCTATGAAACCTGATGAAGCTTTTGGTCTTATTTTTTCCTGGGACA
ATGTTGTGGCAGATACTCGGACTCTGAGGATAGATGCTTGGAATCAACTTGCTTCTGAAGAAGGAAAAAATATTCCAAAAGATGGTGAGACAGAACGTTGGATGCTTTGTGCTGGTGCTGAGTATGTCTTATGTAAGATTCTTTGCTGGGGAGAAGCCGGAAATGAAGTGGAGAGGCTGAAAATGCGTCTATCGGAAATT
TTCTACGAGGAATTATTAAAATTACAAGCACCCATGGAGGGATTAAAAGAGTGGCTGGAAGCTCTCTATACGGCTGGTGTCCCATGTGCAGTTGCATCATCCTTAGATCGTCAAAATCTACTTGCAGCTCTTGAAAGGATGGGACTTAAAAAATATTTTCAGGCCATAGTGTCAGACGAAGATGGAATGGAGTCAATTGC
ACAAAGATTTCTTTCGGCTGCTGTAAAGTTAGATCGACCACCTTCCAAATGTGTTGTTTTCGAAGACGATCCTAGAGGGATCACAGCTGCACATAACTGCACAATGATGGCCGTTGCTTTGATTGGTTCTCATCCGGCATATGAACTAGTGCAGGCCGATCTTGCTGTAGCCAGCTTTAGCGAACTTTCTGTCATCAACT
TGCGGAGACTCTTTGCAAATAAGGGTTGTCAATTCATGGATTTGCAAAAGCAAAATGCCGAGGAAAGCCCATCCAAAAAAAAGCTCATCATTGACACACTTTTTTAGAATACTAAGGACTCCATGAGTCATGGAATTCGGTTCGCTGACAGTTTTAAGTAGACTGCATGCCATTTTGCAGTCACGTTGATATGATCATGG
TGAGATGAAGAGTAAAGTGATCCTGTTAAGTTCCTTCTATCTATGTTTACCCACAACAGAGGATAGAAGTTGCAGAACTCCATCACCACTGTTTGGCCTCTCTAGAAATGAAGAATGTCGGTAGCATGGAAAAACCCATTTTAGAGACTTGTTGGAACTGGTCTTTATTATCTGGTGATTTGATACATACATGGTTGGGG
AATCATTTTCATCTTCCTTTGATTCATATTGCAGCTGATCCCTAGCCTATAATATCTGATTTGTCTGCCGAGCACTGTATAATTTAGCAAGTCAGATGTAACATTGTAAAATTGTAATATTTGTGTACTGTTTAAAATTTCGAATCATGTTCCATATACTTGATTGTAACTTTCACTCTGGAGAATGGGTATACATCAAT
TCAGCTTCAAAGCTTCATAGTGGATAGTGAAACTTCTTGGTGTTCATTACATTAGTTGTGCTTTTATGTTAGTACCTGACAAATTGAGAAAGATTGGCATCCTTGTTGAATTATGAACCATCTAATTATCAAATGAAGGAGAAATTCAAAGCCAAGCAGTTTTTCTTGGCACTCCTGTTTTGAGGTTGTTAGTCCCTCAA
ATAATCTGATTTTCTGTGAAAACCAGAGGACAAGTTGTTTAGGCAACCTTTGAAACCGGAAGCAGTTAAAATTTTAAATTGTCAAGCTCCT

>TRINITY_DN124790_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATGATCTGGCAGCGGCATCCATAGCTGGCGAGATTTACAGGAAAACTTCTCGACTTGCTGGTGACTGCCATCCATATACCGAGAATCCCATAGACAACATTTATTAAATTGAAAACCGATTTTCTGGGTCGAAAGCCATCAAGGATTCGAATAAACCCGGGAACCCAAAAATCATATCTCATATCAGGTACCTTAATGG
TGTGTTGAAGTAAAATAGAATTGCATGGAGTGCACGCATAGCTGTTCTGCGCTCACGCCCATTCGAGGGCCGTCCCAGTTTCGAACCACAGCGCCATCGCGGCAGCTTAAAATATCTgtaagtcggttattcttcatttcaattgttgcctctgagattttgattgtacatcacatgattaattacagagcttgctggat
taattaaccagGGGTTAAGAAAAACATGGGGGAGCAAACGGGCGGTGGTGAGCAATAAGGCGCCCAGCTTCAATGAACACGATTCCAATGGTACCCACCCATCATCAAAAAATCTCTTCATGCAAGAGGCTATTGGGGCTGAACATGGAGAGGCTTTTGAAGCTTATAGACCAAATGGACCACTAAAAGTTGATGTGGAT
TTCCTAAATGACCGAATGCGTGAAAGTGGCCTTCAAAGAATACGATATGCTATGAAACCTGATGAAGCTTTTGGTCTTATTTTTTCCTGGGACAATGTTGTGGCAGATACTCGGACTCTGAGGATAGATGCTTGGAATCAACTTGCTTCTGAAGAAGGAAAAAATATTCCAAAAGATGGTGAGACAGAACGTTGGATGCT
TTGTGCTGGTGCTGAGTATGTCTTATGTAAGATTCTTTGCTGGGGAGAAGCCGGAAATGAAGTGGAGAGGCTGAAAATGCGTCTATCGGAAATTTTCTACGAGGAATTATTAAAATTACAAGCACCCATGGAGGGATTAAAAGAGTGGCTGGAAGCTCTCTATACGGCTGGTGTCCCATGTGCAGTTGCATCATCCTTAG
ATCGTCAAAATCTACTTGCAGCTCTTGAAAGGATGGGACTTAAAAAATATTTTCAGGCCATAGTGTCAGACGAAGATGGAATGGAGTCAATTGCACAAAGATTTCTTTCGGCTGCTGTAAAGTTAGATCGACCACCTTCCAAATGTGTTGTTTTCGAAGACGATCCTAGAGGGATCACAGCTGCACATAACTGCACAATG
ATGGCCGTTGCTTTGATTGGTTCTCATCCGGCATATGAACTAGTGCAGGCCGATCTTGCTGTAGCCAGCTTTAGCGAACTTTCTGTCATCAACTTGCGGAGACTCTTTGCAAATAAGGGTTGTCAATTCATGGATTTGCAAAAGCAAAATGCCGAGGAAAGCCCATCCAAAAAAAAGCTCATCATTGACACACTTTTTTA
GAATACTAAGGACTCCATGAGTCATGGAATTCGGTTCGCTGACAGTTTTAAGTAGACTGCATGCCATTTTGCAGTCACGTTGATATGATCATGGTGAGATGAAGAGTAAAGTGATCCTGTTAAGTTCCTTCTATCTATGTTTACCCACAACAGAGGATAGAAGTTGCAGAACTCCATCACCACTGTTTGGCCTCTCTAGA
AATGAAGAATGTCGGTAGCATGGAAAAACCCATTTTAGAGACTTGTTGGAACTGGTCTTTATTATCTGGTGATTTGATACATACATGGTTGGGGAATCATTTTCATCTTCCTTTGATTCATATTGCAGCTGATCCCTAGCCTATAATATCTGATTTGTCTGCCGAGCACTGTATAATTTAGCAAGTCAGATGTAACATTG
TAAAATTGTAATATTTGTGTACTGTTTAAAATTTCGAATCATGTTCCATATACTTGATTGTAACTTTCACTCTGGAGAATGGGTATACATCAATTCAGCTTCAAAGCTTCATAGTGGATAGTGAAACTTCTTGGTGTTCATTACATTAGTTGTGCTTTTATGTTAGTACCTGACAAATTGAGAAAGATTGGCATCCTTGT
TGAATTATGAACCATCTAATTATCAAATGAAGGAGAAATTCAAAGCCAAGCAGTTTTTCTTGGCACTCCTGTTTTGAGGTTGTTAGTCCCTCAAATAATCTGATTTTCTGTGAAAACCAGAGGACAAGTTGTTTAGGCAACCTTTGAAACCGGAAGCAGTTAAAATTTTAAATTGTCAAGCTCCT

Intron 4 GTTAATTGAC ... CTTTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.82	64	12.5	18
A2	28.18	55.5	21	19.5
A3	24.47	64	11.5	20.5
A4	27.41	65	18	23
A5	17.78	33	6.5	7
A6	24	277.5	48	85.5
A7	27.22	244.5	42.5	89
A8	27.66	218	34.5	81.5
A9	24.48	207.5	38.5	65
A10	20.91	180	39.5	45.5

>TRINITY_DN102554_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

GGAATTCTGACATATAAATATCATCCGCCTATTTGCAAGGACACGTCAGACGATGATCTGGCAGCGGCATCCATAGCTGGCGAGATTTACAGGAAAACTTCTCGACTTGCTGGTGACTGCCATCCATATACCGAGAATCCCATAGACAACATTTATTAAATTGAAAACCGATTTTCTGGGTCGAAAGCCATCAAGGATTC
GAATAAACCCGGGAACCCAAAAATCATATCTCATATCAGGTACCTTAATGGTGTGTTGAAGTAAAATAGAATTGCATGGAGTGCACGCATAGCTGTTCTGCGCTCACGCCCATTCGAGGGCCGTCCCAGTTTCGAACCACAGCGCCATCGCGGCAGCTTAAAATATCTGGGTTAAGAAAAACATGGGGGAGCAAACGGGC
GGTGGTGAGCAATAAGGCGCCCAGCTTCAATGAACACGATTCCAATGGTACCCACCCATCATCAAAAAATCTCTTCATGCAAGAGGCTATTGGGGCTGAACATGGAGAGGCTTTTGAAGCTTATAGACCAAATGGACCACTAAAAGTTGATGTGGATTTCCTAAATGACCGAATGCGTGAAAGTGGCCTTCAAAGAATAC
GATATGCTATGAAACCTGATGAAGCTTTTGGTCTTATTTTTTCCTGGGACAATGTTGTGGCAGATACTCGGACTCTGAGGATAGATGCTTGGAATCAACTTGCTTCTGAAGAAGGAAAAAATATTCCAAAAGATGGTGAGACAGAACGTTGGATGCTTTGTGCTGGTGCTGAGTATGTCTTATGTAAGATTCTTTGCTGG
GGAGAAGCCGGAAATGAAGTGGAGAGGCTGAAAATGCGTCTATCGGAAATTTTCTACGAGGAATTATTAAAATTACAAGCACCCATGGAGGGATTAAAAGAGTGGCTGGAAGCTCTCTATACGGCTGGTGTCCCATGTGCAGTTGCATCATCCTTAGATCGTCAAAATCTACTTGCAGCTCTTGAAAGGATGGGACTTAA
AAAATATTTTCAGGCCATAGTGTCAGACGAAGATGGAATGGAGTCAATTGCACAAAGATTTCTTTCGGCTGCTGTAAAGTTAGATCGACCACCATCCAAATGTGTTGTTTTCGAAGACGATCCTAGAGGGATCACAGCTGCACATAACTGCACAATGATGGCCGTTGCTTTGATTGGTTCTCATCCGGCATATGAACTAG
TGCAGGCCGATCTTGCTGTAGCCAGCTTTAGCGAACTTTCTGTCATCAACTTGCGGAGACTCTTTGCAAATAAGGGTTGTCAATTCATGGATTTGCAAAAGCAAAATGCCGAGGAAAGCCCATCCAAAAAAAAGCTCATCATTGACACACTTTTTTAGAATACTAAGGACTCCATGAGTCATGGAATTCGGTTCGCTGAC
AGTTTTAAGTAGACTGCATGCCATTTTGCAGTCACGTTGATATGATCATGGTGAGATGAAGAGTAAAGTGATCCTGTTAAGTTCCTTCTATCTATGTTTACCCACAACAGAGGATAGAAGTTGCAGAACTCCATCACCACTGTTTGGCCTCTCTAGAAATGAAGAATGTCGGTAGCATGGAAAAACCCATTTTAGAGACT
TGTTGGAACTGGTCTTTATTATCTGGTGATTTGATACATACATGGTTGGGGAATCATTTTCATCTTCCTTTGATTCATATTGCAGCTGATCCCTAGCCTATAATATCTGATTTGTCTGCCGAGCACTGTATAATTTAGCAAGTCAGATGTAACATTGTAAAATTGTAATATTTGTGTACTGTTTAAAATTTCGAATCATG
TTCCATATACTTGATTGTAACTTTCACTCTGGAGAATGGGTATACATCAATTCAGCTTCAAAGCTTCATAGTGGATAGTGAAACTTCTTGGTGTTCATTACATTAGTTGTGCTTTTATGTTAGTACCTGACAAATTGAGAAAGATTGGCATCCTTGTTGAATTATGAACCATCTAATTATCAAATGAAG

>TRINITY_DN102554_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GGAATTCTGACATATAAATATCATCCGCCTATTTGCAAGGACACGTCAGACGATGATCTGGCAGCGGCATCCATAGCTGGCGAGATTTACAGGAAAACTTCTCGACTTGCTGGTGACTGCCATCCATATACCGAGAATCCCATAGACAACATTTATTAAATTGAAAACCGATTTTCTGGGTCGAAAGCCATCAAGGATTC
GAATAAACCCGGGAACCCAAAAATCATATCTCATATCAGGTACCTTAATGGTGTGTTGAAGTAAAATAGAATTGCATGGAGTGCACGCATAGCTGTTCTGCGCTCACGCCCATTCGAGGGCCGTCCCAGTTTCGAACCACAGCGCCATCGCGGCAGCTTAAAATATCTGGGTTAAGAAAAACATGGGGGAGCAAACGGGC
GGTGGTGAGCAATAAGGCGCCCAGCTTCAATGAACACGATTCCAATGGTACCCACCCATCATCAAAAAATCTCTTCATGCAAGAGGCTATTGGGGCTGAACATGGAGAGGCTTTTGAAGCTTATAGACCAAATGGACCACTAAAAGTTGATGTGGATTTCCTAAATGACCGAATGCGTGAAAGTGGCCTTCAAAGAATAC
GATATGCTATGAAACCTGATGAAGCTTTTGGTCTTATTTTTTCCTGGGACAATGTTGTGGCAGATACTCGGACTCTGAGGATAGATGCTTGGAATCAACTTGCTTCTGAAGAAGGAAAAAATATTCCAAAAGATGGTGAGACAGAACGTTGGATGCTTTGTGCTGGTGCTGAGTATGTCTTATGTAAGATTCTTTGCTGG
GGAGAAGCCGGAAATGAAGTGGAGAGGCTGAAAATGCGTCTATCGGAAATTTTCTACGAGGAATTATTAAAATTACAAGCACCCATGGAGGGATTAAAAGAGTGGCTGGAAGCTCTCTATACGGCTGGTGTCCCATGTGCAGTTGCATCATCCTTAGATCGTCAAAATCTACTTGCAGCTCTTGAAAGGATGGGACTTAA
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