sp|Q9S7R5|TSF_ARATH ----> Protein TWIN SISTER of FT

Intron 1 GTATCATGGT ... AACCTCCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.31	34	11	64
A2	62.5	36	17	60
A3	59.84	49	12	73
A4	58.44	32	12.5	45
A5	56.52	30	8.5	39
A6	60	340	82.5	510
A7	62.43	557	143	925.5
A8	61.5	581	111.5	928
A9	61.74	789	184.5	1273
A10	61.45	574	158.5	915

>TRINITY_DN46080_c0_g5_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CAGAAACGCCATCCATTCTTTCATTCTTTCTTATTTGCGATCTTCTCGCATCAAGTTGAACAAAGAATGGAGGAGCTAAAGCTGAAGCTGGTGGAATCTGGAGTCATCGGACGGGTTCTCGGCAATTTCGATCCTCGTATGGAGTTGATTGTATACTACGGCGATAAGCGAATCAACATGGGCGATGCAGCATCACCTGC
TCAACTGCAGCTCCAACCTACTCAGCTTGAACACAATGGCGATGATCTTGATCTATACTTCAAGAACGATGAAGTAGTAACAATGGTTATGACTGATCCTGACGCTCCTGACGGCGAGTATTTGCACTGGTTAATTACGCATTTCATTGTGAGCAAACCTAAAGAAGAGCCGGTGCCCACAAGATAATTTTGACAATGTT
CAAGGTTAACAAATCTGACGCTATAGTAGCTCCGTCCATGCCCAAAGAATATCGGCCCATCGTTCTTCCCAACTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAAAGCTTTTGCGCGCGTTAATGCATTTGGACCGCCTCTGGGTGCCTCTTTTTTTAACATCAAGTATGGAAATAAGGAGGATAATCAGAAGAGTCAATTATCCACAC
GCACCTATATTTGGCCCTGTAGGAAGCGGGAACAAAATGCAAAATGGGAAATTAATCCAATAAGAAGCTGAGAAAGTTCAGGGAATTAGCGTGTATAAATATATATAAACGCCAGTCCTTGAGGGCGTAGCTCCGGTGGTTGGGAGATTTGGTTGTTGCACTTCACTTGGATTCGAATCTCCGGGGACATTTGCTCCTCT
GGAGGAGTCCTTGTATGTAATGTAATGGTTGGTAAGCTGTTTATTGTGAGCGCATTAATTTGAACATATGGTCAGATTATGCTGTCCTTAGTGCAGTGCCGTGCTGTTTGATATTGTAATGTTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATAGTGCTGTTTGATATTGTAATGCTGAAAATCCAATAA
ACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATATTGTCTTGGTTGTTTGATATCGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGCTTTTATCTAGGTGATATGGTGCCTATCTTTATTACTAAATAACAATGTAACCAGGTTTTGTTTTATAATATTCAAATCACAAAATAAATTCCTTGCG

>TRINITY_DN46080_c0_g5_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAGAAACGCCATCCATTCTTTCATTCTTTCTTATTTGCGATCTTCTCGCATCAAGTTGAACAAAGAATGGAGGAGCTAAAGCTGAAGCTGGTGGAATCTGGAGTCATCGGACGGGTTCTCGGCAATTTCGATCCTCGTATGGAGTTGATTGTATACTACGGCGATAAGCGAATCAACATGGGCGATGCAGCATCACCTGC
TCAACTGCAGCTCCAACCTACTCAGCTTGAACACAATGGCGATGATCTTGATCTATACTTCAAGAACGATGAAGTAGTAACAATGGTTATGACTGATCCTGACGCTCCTGACGGCGAGTATTTGCACTGGTTAATTACGCATTTCATTGTGAGCAAACCTAAAGAAGgtatcatggttgtgtttctttctttgacgttta
aatcgatagatcgaattcgcagcgtaatattatgtgggtttcaaatgtgtttgacgtttcttgatgcaatatcagaatttttcttggaagagctttttgtgtatgaacctccaagAGCCGGTGCCCACAAGATAATTTTGACAATGTTCAAGGTTAACAAATCTGACGCTATAGTAGCTCCGTCCATGCCCAAAGAATAT
CGGCCCATCGTTCTTCCCAACTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAAAGCTTTTGCGCGCGTTAATGCATTTGGACCGCCTCTGGGTGCCTCTTTTTTTAACATCAAGTATGGAAATAAGGAGGATAATCAGAAGAGTCAATTATCCACACGCACCTATATTTGGCCCTGTAGGAAGCGGGAACAAAATGCAAAATGGGAAAT
TAATCCAATAAGAAGCTGAGAAAGTTCAGGGAATTAGCGTGTATAAATATATATAAACGCCAGTCCTTGAGGGCGTAGCTCCGGTGGTTGGGAGATTTGGTTGTTGCACTTCACTTGGATTCGAATCTCCGGGGACATTTGCTCCTCTGGAGGAGTCCTTGTATGTAATGTAATGGTTGGTAAGCTGTTTATTGTGAGCG
CATTAATTTGAACATATGGTCAGATTATGCTGTCCTTAGTGCAGTGCCGTGCTGTTTGATATTGTAATGTTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATAGTGCTGTTTGATATTGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATATTGTCTTGGTTGTTTGATATCGTA
ATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGCTTTTATCTAGGTGATATGGTGCCTATCTTTATTACTAAATAACAATGTAACCAGGTTTTGTTTTATAATATTCAAATCACAAAATAAATTCCTTGCG

Intron 2 GTATATGATA ... CGTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.17	44.6	5.5	4.3
A2	20.24	40.1	4.3	7
A3	8.04	51.9	5	4.5
A4	16.99	47.9	7.3	5.3
A5	5.71	29.1	2.8	2
A6	18.18	304	26.3	47.3
A7	17.45	548.3	43	89.8
A8	18.07	492.9	45.4	81.5
A9	17.76	742.1	72.4	116.8
A10	15.82	617.1	41.6	94

>TRINITY_DN47648_c3_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

AATTTAACTGACTTCTTAACCAAGAATATCTAATCTTTGAACTTATTTAAACCTTAGTAATAATATTCAGAAACGCCATCCATTCTTTCATTCTTTCTTATTTGCGATCTTCTCGCATCAAGTTGAACAAAGAATGGAGGAGCTAAAGCTGAAGCTGGTGGAATCTGGAGTCATCGGACGGGTTCTCGGCAATTTCGATC
CTCGTATGGAGTTGATTGTATACTACGGCGATAAGCGAATCAACATGGGCGATGCAGCATCACCTGCTCAACTGCAGCTCCAACCTACTCAGCTTGAACACAATGGCGATGATCTTGATCTATACTTCAAGAACGATGAAGTAGTAACAATGGTTATGACTGATCCTGACGCTCCTGACGGCGAGTATTTGCACTGGTTA
ATTACGCATTTCATTGTGAGCAAACCTAAAGAAGAATTTTTCTTGGAAGAGCTTTTTGTGTATGAACCTCCAAGAGCCGGTGCCCACAAGATAATTTTGACAATGTTCAAGGTTAACAAATCTGACGCTATAGTAGCTCCGTCCATGCCCAAAGAATATCGGCCCATCGTTCTTCCCAACTCGCGGGAGAAGTTCAGTAC
CAAAGCTTTTGCGCGCGTTAATGCATTTGGACCGCCTCTGGGTGCCTCTTTTTTTAACATCAAGTATGGAAATAAGGAGGATAATCAGAAGAGTCAATTATCCACACGCACCTATATTTGGCCCTGTAGGAAGCGGGAACAAAATGCAAAATGGGAAATTAATCCAATAAGAAGCTGAGAAAGTTCAGGGAATTAGCGTG
TATAAATATATATAAACGCCAGTCCTTGAGGGCGTAGCTCCGGTGGTTGGGAGATTTGGTTGTTGCACTTCACTTGGATTCGAATCTCCGGGGACATTTGCTCCTCTGGAGGAGTCCTTGTATGTAATGTAATGGTTGGTAAGCTGTTTATTGTGAGCGCATTAATTTGAACATATGGTCAGATTATGCTGTCCTTAGTG
CAGTGCCGTGCTGTTTGATATTGTAATGTTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATCGTGCTGTTTGATATTGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTTTGGTTGTTTGATATCGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATCGTGCTGTTTGATAT
TGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCTTTTATCTAGGTGATATGGTGCCTATCTTTATTACTAAATAACAATGTAACCAGGTTTTGTTTTATAATATTCAAATCACAAAATAAATTCCTTGCATGTTGTCTG

>TRINITY_DN47648_c3_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AATTTAACTGACTTCTTAACCAAGAATATCTAATCTTTGAACTTATTTAAACCTTAGTAATAATATTCAGAAACGCCATCCATTCTTTCATTCTTTCTTATTTGCGATCTTCTCGCATCAAGTTGAACAAAGAATGGAGGAGCTAAAGCTGAAGCTGGTGGAATCTGGAGTCATCGGACGGGTTCTCGGCAATTTCGATC
CTCGTATGGAGTTGATTGTATACTACGGCGATAAGCGAATCAACATGGGCGATGCAGCATCACCTGCTCAACTGCAGCTCCAACCTACTCAGCTTGAACACAATGGCGATGATCTTGATCTATACTTCAAGAACGATGAAGTAGTAACAATGGTTATGACTGATCCTGACGCTCCTGACGGCGAGTATTTGCACTGgtat
atgataatcctcttgaactctgaataaatttctgaatccataaaataatttcgtaataacagtattaatcgagcctacgttgtgcagGTTAATTACGCATTTCATCGTGAGCAAACCTAAAGAAGGTATCATGGTTGTGTTTCTTTCTTTGACGTTTAAATCGATAGATCGAATTCGCAGCGTAATATTATATGGGTTTC
AAATGTGTTTGACGTTTCTTGATGCAATATCAGAATTTTTATTGGAAGAGCTTTTTGTGTATGAACCTCCAAGAGCCGGTGCCCACAAGATAATTTTGACAATGTTCAAGGTTAACAAATCTGACGCTATAGTAGCTCCGTCCATGCCCAAAGAATATCGGCCCATCGTTCTTCCCAACTCGCGGGAGAAGTTCAGTACC
AAAGCTTTTGCGCGCGTTAATGCATTTGGACCGCCTCTGGGTGCCTCTTTTTTTAACATCAAGTATGGAAATAAGGAGGATAATCAGAAGAGTCAATTATCCACACGCACCTATATTTGGCCCTGTAGGAAGCGGGAACAAAATGCAAAATGGGAAATTAATCCAATAAGAAGCTGAGAAAGTTCAGGGAATTAGCGTGT
ATAAATATATATAAACGCCAGTCCTTGAGGGCGTAGCTCCGGTGGTTGGGAGATTTGGTTGTTGCACTTCACTTGGATTCGAATCTCCGGGGACATTTGCTCCTCTGGAGGAGTCCTTGTATGTAATGTAATGGTTGGTAAGCTGTTTATTGTGAGCGCATTAATTTGAACATATGGTCAGATTATGCTGTCCTTAGTGC
AGTGCCGTGCTGTTTGATATTGTAATGTTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATCGTGCTGTTTGATATTGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTTTGGTTGTTTGATATCGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATCGTGCTGTTTGATATT
GTAATGCTGAAAATCCAATAAAC

Intron 3 GTATCATGGT ... GCAATATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.87	84.3	6	43.2
A2	37.33	74.5	12.6	43
A3	32.46	80.2	6.8	35
A4	32.89	68.6	7.6	31
A5	36.07	43.7	5.8	23
A6	31.52	574.7	52.4	249.6
A7	31.19	1067.3	90.4	461
A8	31.38	981.5	75.4	427.8
A9	32.23	1415.1	122	638.6
A10	30.25	1164	100.1	472.8

>TRINITY_DN117912_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GACGGCGAGTATTTGCACTGGTTAATTACGCATTTCATTGTGAGCAAACCTAAAGAAGAATTTTTCTTGGAAGAGCTTTTTGTGTATGAACCTCCAAGAGCCGGTGCCCACAAGATAATTTTGACAATGTTCAAGGTTAACAAATCTGACGCTATAGTAGCTCCGTCCATGCCCAAAGAATATCGGCCCATCGTTCTTCC
CAACTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAAAGCTTTTGCGCGCGTTAATGCATTTGGACCGCCTCTGGGTGCCTCTTTTTTTAACATCAAGTATGGAAATAAGGAGGATAATCAGAAGAGTCAATTATCCACACGCACCTATATTTGGCCCTGTAGGAAGCGGGAACAAAATGCAAAATGGGAAATTAATCCAATAAGAAGCT
GAGAAAGTTCAGGGAATTAGCGTGTATAAATATATATAAACGCCAGTCCTTGAGGGCGTAGCTCCGGTGGTTGGGAGATTTGGTTGTTGCACTTCACTTGGATTCGAATCTCCGGGGACATTTGCTCCTCTGGAGGAGTCCTTGTATGTAATGTAATGGTTGGTAAGCTGTTTATTGTGAGCGCATTAATTTGAACATAT
GGTCAGATTATGCTGTCCTTAGTGCAGTGCCGTGCTGTTTGATATTGTAATGTTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATCGTGCTGTTTGATATTGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGAT

>TRINITY_DN117912_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GACGGCGAGTATTTGCACTGGTTAATTACGCATTTCATTGTGAGCAAACCTAAAGAAGgtatcatggttgtgtttctttctttgacgtttaaatcgatagatcgaattcgcagcgtaatattatgtgggtttcaaatgtgtttgacgtttcttgatgttatatcagAATTTTTCTTGGAAGAGCTTTTTGTGTATGAACC
TCCAAGAGCCGGTGCCCACAAGATAATTTTGACAATGTTCAAGGTTAACAAATCTGACGCTATAGTAGCTCCGTCCATGCCCAAAGAATATCGGCCCATCGTTCTTCCCAACTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAAAGCTTTTGCGCGCGTTAATGCATTTGGACCGCCTCTGGGTGCCTCTTTTTTTAACATCAAGTATG
GAAATAAGGAGGATAATCAGAAGAGTCAATTATCCACACGCACCTATATTTGGCCCTGTAGGAAGCGGGAACAAAATGCAAAATGGGAAATTAATCCAATAAGAAGCTGAGAAAGTTCAGGGAATTAGCGTGTATAAATATATATAAACGCCAGTCCTTGAGGGCGTAGCTCCGGTGGTTGGGAGATTTGGTTGTTGCAC
TTCACTTGGATTCGAATCTCCGGGGACATTTGCTCCTCTGGAGGAGTCCTTGTATGTAATGTAATGGTTGGTAAGCTGTTTATTGTGAGCGCATTAATTTGAACATATGGTCAGATTATGCTGTCCTTAGTGCAGTGCCGTGCTGTTTGATATTGTAATGTTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTG
ATCGTGCTGTTTGATATTGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGAT

Intron 4 GTAGGTTTAA ... ACATGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.76	83.2	14	2
A2	23.72	84.8	25	0
A3	29.22	105.8	43	0
A4	22.95	97.2	28	0
A5	30.79	50	22	0
A6	27.21	440	163	2
A7	24.87	820.8	265	2
A8	26.02	726.6	251	6
A9	23.72	1059.8	323	12
A10	26.38	931.4	326	4

>TRINITY_DN46080_c0_g5_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

CAGAAACGCCATCCATTCTTTCATTCTTTCTTATTTGCGATCTTCTCGCATCAAGTTGAACAAAGAATGGAGGAGCTAAAGCTGAAGCTGGTGGAATCTGGAGTCATCGGACGGGTTCTCGGCAATTTCGATCCTCGTATGGAGTTGATTGTATACTACGGCGATAAGCGAATCAACATGGGCGATGCAGCATCACCTGC
TCAACTGCAGCTCCAACCTACTCAGCTTGAACACAATGGCGATGATCTTGATCTATACTTCAAGAACGATGAAGTAGTAACAATGGTTATGACTGATCCTGACGCTCCTGACGGCGAGTATTTGCACTGGTTAATTACGCATTTCATTGTGAGCAAACCTAAAGAAGGTATCATGGTTGTGTTTCTTTCTTTGACGTTTA
AATCGATAGATCGAATTCGCAGCGTAATATTATGTGGGTTTCAAATGTGTTTGACGTTTCTTGATGCAATATCAGAATTTTTCTTGGAAGAGCTTTTTGTGTATGAACCTCCAAGAGCCGGTGCCCACAAGATAATTTTGACAATGTTCAAGGTTAACAAATCTGACGCTATAGTAGCTCCGTCCATGCCCAAAGAATAT
CGGCCCATCGTTCTTCCCAACTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAAAGCTTTTGCGCGCGTTAATGCATTTGGACCGCCTCTGGGTGCCTCTTTTTTTAACATCAAGTATGGAAATAAGGAGGATAATCAGAAGAGTCAATTATCCACACGCACCTATATTTGGCCCTGTAGGAAGCGGGAACAAAATGCAAAATGGGAAAT
TAATCCAATAAGAAGCTGAGAAAGTTCAGGGAATTAGCGTGTATAAATATATATAAACGCCAGTCCTTGAGGGCGTAGCTCCGGTGGTTGGGAGATTTGGTTGTTGCACTTCACTTGGATTCGAATCTCCGGGGACATTTGCTCCTCTGGAGGAGTCCTTGTATGTAATGTAATGGTTGGTAAGCTGTTTATTGTGAGCG
CATTAATTTGAACATATGGTCAGATTATGCTGTCCTTAGTGCAGTGCCGTGCTGTTTGATATTGTAATGTTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATAGTGCTGTTTGATATTGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATATTGTCTTGGTTGTTTGATATCGTA
ATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGCTTTTATCTAGGTGATATGGTGCCTATCTTTATTACTAAATAACAATGTAACCAGGTTTTGTTTTATAATATTCAAATCACAAAATAAATTCCTTGCG

>TRINITY_DN46080_c0_g5_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAGAAACGCCATCCATTCTTTCATTCTTTCTTATTTGCGATCTTCTCGCATCAAGTTGAACAAAGAATGGAGGAGCTAAAGCTGAAGCTGGTGGAATCTGGAGTCATCGGACGGGTTCTCGGCAATTTCGATCCTCGTATGGAGTTGATTGTATACTACGGCGATAAGCGAATCAACATGGGCGATGCAGCATCACCTGC
TCAACTGCAGCTCCAACCTACTCAGCTTGAACACAATGGCGATGATCTTGATCTATACTTCAAGAACGATGAAGTAGTAACAATGGTTATGACTGATCCTGACGCTCCTGACGGCGAGTATTTGCACTCAGAAACGCCATCCATTCTTTCATTCTTTCTTATTTGCGATCTTCTCGCATCAAGTTGAACAAAGAATGGAG
GAGCTAAAGCTGAAGCTGGTGGAATCTGGAGTCATCGGACGGGTTCTCGGCAATTTCGATCCTCGTATGGAGTTGATTGTATACTACGGCGATAAGCGAATCAACATGGGCGATGCAGCATCACCTGCTCAACTGCAGCTCCAACCTACTCAGCTTGAACACAATGGCGATGATCTTGATCTATACTTCAAGAACGATGA
AGTAGTAACAATGgtaggtttaattcgtattttcgtaaatatcttgcgtaataattatttatttatattttatatctgtccaatctggaattcacatcattaacctgttcataattctacatgatcagGTTATGACTGATCCTGACGCTCCTGACGGCGAGTATTTGCACTGGTATATGATAATCCTCTTGAACTCTGAA
TAAATTTCTGAATCCATAAAATAATTTCGTAATAACAGTATTAATCGAGCCTACGTTGTGCAGGTTAATTACGCATTTCATTGTGAGCAAACCTAAAGAAGAATTTTTCTTGGAAGAGCTTTTTGTGTATGAACCTCCAAGAGCCGGTGCCCACAAGATAATTTTGACAATGTTCAAGGTTAACAAATCTGACGCTATAG
TAGCTCCGTCCATGCCCAAAGAATATCGGCCCATCGTTCTTCCCAACTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAAAGCTTTTGCGCGCGTTAATGCATTTGGACCGCCTCTGGGTGCCTCTTTTTTTAACATCAAGTATGGAAATAAGGAGGATAATCAGAAGAGTCAATTATCCACACGCACCTATATTTGGCCCTGTAGGAAG
CGGGAACAAAATGCAAAATGGGAAATTAATCCAATAAGAAGCTGAGAAAGTTCAGGGAATTAGCGTGTATAAATATATATAAACGCCAGTCCTTGAGGGCGTAGCTCCGGTGGTTGGGAGATTTGGTTGTTGCACTTCACTTGGATTCGAATCTCCGGGGACATTTGCTCCTCTGGAGGAGTCCTTGTATGTAATGTAAT
GGTTGGTAAGCTGTTTATTGTGAGCGCATTAATTTGAACATATGGTCAGATTATGCTGTCCTTAGTGCAGTGCCGTGCTGTTTGATATTGTAATGTTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGATAGTGCTGTTTGATATTGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGTTTGA
TATTGTCTTGGTTGTTTGATATCGTAATGCTGAAAATCCAATAAACCATACTGTGTCTCTGGTTGCTTTTATCTAGGTGATATGGTGCCTATCTTTATTACTAAATAACAATGTAACCAGGTTTTGTTTTATAATATTCAAATCACAAAATAAATTCCTTGCG