sp|Q9LW77|HRD1A_ARATH ----> ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1A

Intron 1 GTAGGTTATG ... ATGGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	98.04	1	7	50
A2	100	0	4	67
A3	97.67	2	9	84
A4	96.3	2	9	52
A5	100	0	11	33
A6	100	0	0	49
A7	99.4	1	4	165
A8	100	0	2	43
A9	98.06	2	4	101
A10	99.44	1	13	178

>TRINITY_DN40563_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

AAAAGGTAAGGACGCCCAAACCCTGCTTCGGCATTTGTTTTCCTCAGGACAAAACGGTTACCCCGCACCAGAAAACCCTAATGACGAGGGCTCAACAGATGAAGTTTAAGATGCAAACGCAATTTTGTAGGAAGTTTGGTTAAGTTGAATTATGCGGGCGGAATGGAGAGTAGCGTCGTCCTGTTATTTTTATGGATATG
TTTTCAATGTCTGTGTGGGAAAGAGAAAGCAGGGATAGAAGTTGGGGTTGGATCTGAATTGAATTTCATGGAGTAGAGTAGAGAAGATGGTGA

>TRINITY_DN40563_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAAAGGTAAGGACGCCCAAACCCTGCTTCGGCATTTGTTTTCCTCAGGACAAAACGGTTACCCCGCACCAGAAAACCCTAATGACGAGGGCTCAACAGATGAAGTTTAAGATGCAAACGCAATTTTGTAGGAAGTTTGGTTAAGTTGAATTATGCGGGCGGAATGGAGAGTAGCGTCGTCCTGTTATTTTTATGGATATG
TTTTCAATGTCTGTGTGGGAAAGAGAAAGCAGGGATAGAAGTTGGGGTTGGATCTGAATTGAATTTCATGGgtaggttatgcaaatgtagacgcaggtttgaaatcgatggaatgttgcaaaattagacaggggggatgtagagtaagagatattgattcattgcttatacccaccctcaccccattagcacattaatcg
cccttatgagagggagagagggtgaaggtggaagtgcgtatttctacttaaatgttttcaatggctgtgtgggaggaacaaaacaggaacaaaatagggatagcaatttacaattggggtttgaattggtttaaatttatgtaaatttgggtcggggtaaagatgtgcatctttatgtgtatggtttcagAGTAGAGTAG
AGAAGATGGTGAGATTGGGGACATATGCAGCAGCGAGCGCAGTGGGAGCGGTGGCAGTGATATATCATGCGTTTCACAGCCGGGGCCAATTCTATCCGGCCATGGTTTATCTATCCACTTCGAAGATTAACCTTGTCTTTATGCTTAACATGGGGTTGGTGATGATGTGCGGCCTGTGGCAGTTGGTTAAGACCATATTT
CTCGGATCCCTTCGCGAAGCTGAAGTGGAACGATTAAATGAACAGTCATGGCGAGAGGTTATGGAGATTTTGTTTGCAATTACCATTTTCCGTGAAGAGTTCTCTGTCACTTTTTTGGCAATGGTGACGGTTTTGCTGTTGATTAAGGCACTTCATTGGCTGGCGCAAAAGAGGGTCGAGTATATCGAAACGACACCGTC
TGTATCCCGCTTGTCTCATTTTCGGATAATAAGCTTTATGGCATTTTTGCTTGCCCTGGATTGCGTTTTTCTATATAGTTCTGTATCGTATCTGCTGAGAACAAAGCGTCCATCAGTGGAGCTCTTCTTTTCATTTGAGTACATGATCTTGGCGACAACAACAATATCAACATTCTTGAAGTATGTCTTTTATTTGAGTG
ACATGCTTATGGAAGGGCAATGGGAGAGTAAAGCAGTTTTTACCTTTTATTTGGAACTTGTCAGAGACCTGCTTCATCTGTCTTTGTACCTGTTCTACTTCCTTGTCATATCTATAAACTATGGCCTACCATTGCATTTGATACGGGAGCTCTATGAAACATTTCGTAATTTTAAGTCACGGGTTGCTGACTTTATAAGA
TATCGAAAAATCACGTCGAACATGAATGATCGATTTCCAGATGCAACTGCGGAAGAAATTGGACAAGGTGATGCCACTTGCATTATATGTCGCGAGGAGATGGTTGCCGCAAAAAAACTACCTTGTGGACACCTATTCCATGTACATTGTCTACGATCCTGGCTGGAGAGGCAACAGACTTGTCCTACATGCAGGTCTCC
AGTTATTGCTTCAGAAACTGGAGCGGCAACGTTTGGAGCAGAACGGGGTGTACAGCCTGAACAGCAGCATGCTGGAACAGAAGGTGGGAGAGGTGGACAGCCAGGGTTACAAGCAAATGTTGGATTACTAAATGCACCAGGACAAGGTCAGGAGGCAAATAATTCTGTGTCTCAGCATCAAGCAAGAGTTCAAGCTGCTC
TTGCAGCTGCTTCCCAGTATGGAAATTCTTTTGTATATCCTGCAGCACAGCCTGGCACAGTTAATTTTTTTCCAGGATATGTGTTTGTACCCCAGCCGTGTGTGGTACAAGGAGTTGATGCTGCACGGAATGTTGGCACTTTCGGAGAGGGCCTTGGAAGGGGAGCTAATAGTGATGGTTCGGCGAGAAATTTACCCATG
GATGAGCAGATGCATTTAGGGATGCAAAGATGGTTACAATTGCAATCTCAAATCTTGGCAGCACAAAGGACCTCAGTTGTCATGGGAAACAACTTGCTCTCTCCGCAAGTGCCTTTGTATCATCCCAGTCAATCCAATATAAACCACTTTAATGTGAAACCTACAGCTATGAGTGCTGCTCCAGACAATAATTCGCAAGG
TCCTTCATCCAGTTCACAATCAGCATTATTGAACATTCAGCAGATGTTACTGAAACAAAGGATAGAGGCATTGCAGGATGAGCTACAATCTGTTTTGCAACTGCAGAGTTCTCTCAGCTCAATTCCCCAGGGCAATACAGATGTTTCTACTTCTAGGACTGAGGCTATGGTTGAAGAGAGGAACCTTCCTTCGCGAGATG
CTTCTTGTCATGCAGGGGATAGAGGGAAGGGCCCTATTACTAGTGAGCTCAATCAGGAAAGCCTGTCACCATCTTCTGCAACTGGGTTATCTTCCAAGGATGCATCAGATTTTGTTGAAAAGGCTAAACAATCAACTTCTAGTCACTCAGAGATTGAAGAGATTGAAAGTTAGAAATATATAGAAATTCTTGCTTTGATA
AAATTTGAACAGGTAAAATCTGAGTGGGGGGCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTTACTAAACATCATTCTCCGAGTTTAGTGCACCATTAAAAATTCTGCACCATTAGAAATTCTTGCT
TTGATAAAATTTGAACAGGCAAAATCTGAGTAGGGGCCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTTACTAAACATCATTCTCCGAGTCTAATGCAAGATTGATGAAGATGATGTACTGGTATCC
TGCAGTATATGGGGTGTCCAATTAATGCAACTAATTATCTGTGTACTAATTTGTGTGTCAATTCTGGTGTTGCAACGATAGAGCAAATATATTCTTAATGGTCACTTGAGATTGAGCGGACATGTTATTTGTGTTGTAGTCTCTGATCACGATATAAATGGTACTTCTTTCTAAGATGGAACTTGTGATTTGTTGGTCCA
TCGGTATGATTACTCTAATGCTGGTGTAAATTCTCTGTGATGTTTTGTCTAAAATCAACTCGGGAAGAGGCACAAAACCTAAATAATATATGCTATTTAAGAGGAAGTTCATTCTATGATATTATTAGTGATTTTATAATTTGCTGTGACGGAGCTGAAAAGACTGTGTGGCTGC

Intron 2 GTAAGTCTTT ... TCCTGAGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.81	322	0	112
A2	24.35	261	0	84
A3	20.09	338	0	85
A4	25.35	324	0	110
A5	19.86	117	0	29
A6	21.35	420	1	114
A7	22.96	802	1	239
A8	24.35	612	0	197
A9	23.14	651	1	196
A10	24.58	623	1	203

>TRINITY_DN37554_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAACATTTGTAACCAGACTGACGTGGCGTTTAAGCTGAGCCGGCAGGCAGGCATTGGTCCGAGAGTAAACTGCCACGTTTTATACTTACACTGAGGTATAAATTCAATTAATTTTTGTGTGTTTCATTTGCCTGTTTCTGTTTTCAGGGGCTGCTAGCTTCGTGATAAGTCGTCTTTGTTTATTATTGGAGCGCTCTGC
GTTCGATCCGGGGACCCGCGCCACCATTCCATCGACATCGAGCTCTCGAGGCAAAAGAGTAGAGTAGAGAAGATGGTGAGATTGGGGACATATGCAGCAGCGAGCGCAGTGGGAGCGGTGGCAGTGATATATCATGCGTTTCACAGCCGGGGCCAATTCTATCCGGCCATGGTTTATCTATCCACTTCGAAGATTAACCT
TGTCTTTATGCTTAACATGGGGTTGGTGATGATGTGCGGCCTGTGGCAGTTGGTTAAGACCATATTTCTCGGATCCCTTCGCGAAGCTGAAGTGGAACGATTAAATGAACAGTCATGGCGAGAGGTTATGGAGATTTTGTTTGCAATTACCATTTTCCGTGAAGAGTTCTCTGTCACTTTTTTGGCAATGGTGACGGTTT
TGCTGTTGATTAAGGCACTTCATTGGCTGGCGCAAAAGAGGGTCGAGTATATCGAAACGACACCGTCTGTATCCCGCTTGTCTCATTTTCGGATAATAAGCTTTATGGCATTTTTGCTTGCCCTGGATTGCGTTTTTCTATATAGTTCTGTATCGTATCTGCTGAGAACAAAGCGTCCATCAGTGGAGCTCTTCTTTTCA
TTTGAGTACATGATCTTGGCGACAACAACAATATCAACATTCTTGAAGTATGTCTTTTATTTGAGTGACATGCTTATGGAAGGGCAATGGGAGAGTAAAGCAGTTTTTACCTTTTATTTGGAACTTGTCAGAGACCTGCTTCATCTGTCTTTGTACCTGTTCTACTTCCTTGTCATATCTATAAACTATGGCCTACCATT
GCATTTGATACGGGAGCTCTATGAAACATTTCGTAATTTTAAGTCACGGGTTGCTGACTTTATAAGATATCGAAAAATCACGTCGAACATGAATGATCGATTTCCAGATGCAACTGCGGAAGAAATTGGACAAGGTGATGCCACTTGCATTATATGTCGCGAGGAGATGGTTGCCGCAAAAAAACTACCTTGTGGACACC
TATTCCATGTACATTGTCTACGATCCTGGCTGGAGAGGCAACAGACTTGTCCTACATGCAGGTCTCCAGTTATTGCTTCAGAAACTGGAGCGGCAACGTTTGGAGCAGAACGGGGTGTACAGCCTGAACAGCAGCATGCTGGAACAGAAGGTGGACAGCCAGGGTTACAAGCAAATGTTGGATTACTAAATGCACCAGGA
CAAGGTCAGGAGGCAAATAATTCTGTGTCTCAGCATCAAGCAAGAGTTCAAGCTGCTCTTGCAGCTGCTTCCCAGTATGGAAATTCTTTTGTATATCCTGCAGCACAGCCTGGCACAGTTAATTTTTTTCCAGGATATGTGTTTGTACCCCAGCCGTGTGTGGTACAAGGAGTTGATGCTGCACGGAATGTTGGCACTTT
CGGAGAGGGCCTTGGAAGGGGAGCTAATAGTGATGGTTCGGCGAGAAATTTACCCATGGATGAGCAGATGCATTTAGGGATGCAAAGATGGTTACAATTGCAATCTCAAATCTTGGCAGCACAAAGGACCTCAGTTGTCATGGGAAACAACTTGCTCTCTCCGCAAGTGCCTTTGTATCATCCCAGTCAATCCAATATAA
ACCACTTTAATGTGAAACCTACAGCTATGAGTGCTGCTCCAGACAATAATTCGCAAGGTCCTTCATCCAGTTCACAATCAGCATTATTGAACATTCAGCAGATGTTACTGAAACAAAGGATAGAGGCATTGCAGGATGAGCTACAATCTGTTTTGCAACTGCAGAGTTCTCTCAGCTCAATTCCCCAGGGCAATACAGAT
GTTTCTACTTCTAGGACTGAGGCTATGGTTGAAGAGAGGAACCTTCCTTCGCGAGATGCTTCTTGTCATGCAGGGGATAGAGGGAAGGGCCCTATTACTAGTGAGCTCAATCAGGAAAGCCTGTCACCATCTTCTGCAACTGGGTTATCTTCCAAGGATGCATCAGATTTTGTTGAAAAGGCTAAACAATCAACTTCTAG
TCACTCAGAGATTGAAGAGATTGAAAGTTAGAAATATATAGAAATTCTTGCTTTGATAAAATTTGAACAGGTAAAATCTGAGTGGGGGGCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTTACTAAA
CATCATTCTCCGAGTTTAGTGCACCATTAAAAATTCTGCACCATTAGAAATTCTTGCTTTGATAAAATTTGAACAGGCAAAATCTGAGTAGGGGCCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTT
ACTAAACATCATTCTCCGAGTCTAATGCAAGATTGATGAAGATGATGTACTGGTATCCTGCAGTATATGGGGTGTCCAATTAATGCAACTAATTATCTGTGTACTAATTTGTGTGTCAATTCTGGTGTTGCAACGATAGAGCAAATATATTCTTAATGGTCACTTGAGATTGAGCGGACATGTTATTTGTGTTGTAGTCT
CTGATCACGATATAAATGGTACTTCTTTCTAAGATGGAACTTGTGATTTGTTGGTCCATCGGTATGATTACTCTAATGCTGGTGTAAATTCTCTGTGATGTTTTGTCTAAAATCAACTCGGGAAGAGGCACAAAACCTAAATAATATATGCTATTTAAGAGGAAGTTCATTCTATGATATTATTAGTGATTTTATAATTT
GCTGTGACGGAGCTGAAAAGACTGTGTGGCTGCATGGG

>TRINITY_DN37554_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCACAGCCTGGCACAGTTAATTTgtaagtctttttaatcccgacgtgtttcccaagtaaaaacataaatatttgtgtaccatttttgctgtagttctgcatcagaagttggagaaataacttgggcataacctgaaagctgatccttccaggtctatttaaagagtatctttgtggtaggttgtagtgtgttgtataatg
ccctgaaaatgttacggtttaatctttatattgcaatctctatttctattgatatcttcaacaggatccaaaagatggctgattgaccatgacgtttgtcctgagtagTTTTCCAGGATATGTGTTTGTACCCCAGCCGTGTGTGGTACAAGGAGTTGATGCTGCACGGAATGTTGGCACTTTCGGAGAGGGCCTTGGAA
GGGGAGCTAATAGTGATGGTTCGGCGAGAAATTTACCCATGGATGAGCAGATGCATTTAGGGATGCAAAGATGGTTACAATTGCAATCTCAAATCTTGGCAGCACAAAGGACCTCAGTTGTCATGGGAAACAACTTGCTCTCTCCGCAAGTGCCTTTGTATCATCCCAGTCAATCCAATATAAACCACTTTAATGTGAAA
CCTACAGCTATGAGTGCTGCTCCAGACAATAATTCGCAAGGTCCTTCATCCAGTTCACAATCAGCATTATTGAACATTCAGCAGATGTTACTGAAACAAAGGATAGAGGCATTGCAGGATGAGCTACAATCTGTTTTGCAACTGCAGAGTTCTCTCAGCTCAATTCCCCAGGGCAATACAGATGTTTCTACTTCTAGGAC
TGAGGCTATGGTTGAAGAGAGGAACCTTCCTTCGCGAGATGCTTCTTGTCATGCAGGGGATAGAGGGAAGGGCCCTATTACTAGTGAGCTCAATCAGGAAAGCCTGTCACCATCTTCTGCAACTGGGTTATCTTCCAAGGATGCATCAGATTTTGTTGAAAAGGCTAAACAATCAACTTCTAGTCACTCAGAGATTGAAG
AGATTGAAAGTTAGAAATATATAGAAATTCTTGCTTTGATAAAATTTGAACAGGTAAAATCTGAGTGGGGGGCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTTACTAAACATCATTCTCCGAGTTT
AGTGCACCATTAAAAATTCTGCACCATTAGAAATTCTTGCTTTGATAAAATTTGAACAGGCAAAATCTGAGTAGGGGCCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTTACTAAACATCATTCTCC
GAGTCTAATGCAAGATTGATGAAGATGATGTACTGGTATCCTGCAGTATATGGGGTGTCCAATTAATGCAACTAATTATCTGTGTACTAATTTGTGTGTCAATTCTGGTGTTGCAACGATAGAGCAAATATATTCTTAATGGTCACTTGAGATTGAGCGGACATGTTATTTGTGTTGTAGTCTCTGATCACGATATAAAT
GGTACTTCTTTCTAAGATGGAACTTGTGATTTGTTGGTCCATCGGTATGATTACTCTAATGCTGGTGTAAATTCTCTGTGATGTTTTGTCTAAAATCAACTCGGGAAGAGGCACAAAACCTAAATAATATATGCTATTTAAGAGGAAGTTCATTCTATGATATTATTAGTGATTTTATAATTTGCTGTGACGGAGCTGAA
AAGACTGTGTGGCTGCATGGG

Intron 3 GTAAATTTAT ... GGTGTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.46	50	2	53
A2	50	67	4	67
A3	48.15	84	3	78
A4	47.47	52	3	47
A5	48.44	33	5	31
A6	48.96	49	1	47
A7	48.76	165	3	157
A8	48.81	43	2	41
A9	50.25	101	3	102
A10	49.72	178	5	176

>TRINITY_DN40563_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

AAAAGGTAAGGACGCCCAAACCCTGCTTCGGCATTTGTTTTCCTCAGGACAAAACGGTTACCCCGCACCAGAAAACCCTAATGACGAGGGCTCAACAGATGAAGTTTAAGATGCAAACGCAATTTTGTAGGAAGTTTGGTTAAGTTGAATTATGCGGGCGGAATGGAGAGTAGCGTCGTCCTGTTATTTTTATGGATATG
TTTTCAATGTCTGTGTGGGAAAGAGAAAGCAGGGATAGAAGTTGGGGTTGGATCTGAATTGAATTTCATGGGTAGGTTATGCAAATGTAGACGCAGGTTTGAAATCGATGGAATGTTGCAAAATTAGACAGGGGGGATGTAGAGTAAGAGATATTGATTCATTGCTTATACCCACCCTCACCCCATTAGCACATTAATCG
CCCTTATGAGAGGGAGAGAGGGTGAAGGTGGAAGTGCGTATTTCTACTTAAATGTTTTCAATGGCTGTGTGGGAGGAACAAAACAGGAACAAAATAGGGATAGCAATTTACAATTGGGGTTTGAATTGGTTTAAATTTATGTAAATTTGGGTCGGGGTAAAGATGTGCATCTTTATGTGTATGGTTTCAGAGTAGAGTAG
AGAAGATGGTGAGATTGGGGACATATGCAGCAGCGAGCGCAGTGGGAGCGGTGGCAGTGATATATCATGCGTTTCACAGCCGGGGCCAATTCTATCCGGCCATGGTTTATCTATCCACTTCGAAGATTAACCTTGTCTTTATGCTTAACATGGGGTTGGTGATGATGTGCGGCCTGTGGCAGTTGGTTAAGACCATATTT
CTCGGATCCCTTCGCGAAGCTGAAGTGGAACGATTAAATGAACAGTCATGGCGAGAGGTTATGGAGATTTTGTTTGCAATTACCATTTTCCGTGAAGAGTTCTCTGTCACTTTTTTGGCAATGGTGACGGTTTTGCTGTTGATTAAGGCACTTCATTGGCTGGCGCAAAAGAGGGTCGAGTATATCGAAACGACACCGTC
TGTATCCCGCTTGTCTCATTTTCGGATAATAAGCTTTATGGCATTTTTGCTTGCCCTGGATTGCGTTTTTCTATATAGTTCTGTATCGTATCTGCTGAGAACAAAGCGTCCATCAGTGGAGCTCTTCTTTTCATTTGAGTACATGATCTTGGCGACAACAACAATATCAACATTCTTGAAGTATGTCTTTTATTTGAGTG
ACATGCTTATGGAAGGGCAATGGGAGAGTAAAGCAGTTTTTACCTTTTATTTGGAACTTGTCAGAGACCTGCTTCATCTGTCTTTGTACCTGTTCTACTTCCTTGTCATATCTATAAACTATGGCCTACCATTGCATTTGATACGGGAGCTCTATGAAACATTTCGTAATTTTAAGTCACGGGTTGCTGACTTTATAAGA
TATCGAAAAATCACGTCGAACATGAATGATCGATTTCCAGATGCAACTGCGGAAGAAATTGGACAAGGTGATGCCACTTGCATTATATGTCGCGAGGAGATGGTTGCCGCAAAAAAACTACCTTGTGGACACCTATTCCATGTACATTGTCTACGATCCTGGCTGGAGAGGCAACAGACTTGTCCTACATGCAGGTCTCC
AGTTATTGCTTCAGAAACTGGAGCGGCAACGTTTGGAGCAGAACGGGGTGTACAGCCTGAACAGCAGCATGCTGGAACAGAAGGTGGGAGAGGTGGACAGCCAGGGTTACAAGCAAATGTTGGATTACTAAATGCACCAGGACAAGGTCAGGAGGCAAATAATTCTGTGTCTCAGCATCAAGCAAGAGTTCAAGCTGCTC
TTGCAGCTGCTTCCCAGTATGGAAATTCTTTTGTATATCCTGCAGCACAGCCTGGCACAGTTAATTTTTTTCCAGGATATGTGTTTGTACCCCAGCCGTGTGTGGTACAAGGAGTTGATGCTGCACGGAATGTTGGCACTTTCGGAGAGGGCCTTGGAAGGGGAGCTAATAGTGATGGTTCGGCGAGAAATTTACCCATG
GATGAGCAGATGCATTTAGGGATGCAAAGATGGTTACAATTGCAATCTCAAATCTTGGCAGCACAAAGGACCTCAGTTGTCATGGGAAACAACTTGCTCTCTCCGCAAGTGCCTTTGTATCATCCCAGTCAATCCAATATAAACCACTTTAATGTGAAACCTACAGCTATGAGTGCTGCTCCAGACAATAATTCGCAAGG
TCCTTCATCCAGTTCACAATCAGCATTATTGAACATTCAGCAGATGTTACTGAAACAAAGGATAGAGGCATTGCAGGATGAGCTACAATCTGTTTTGCAACTGCAGAGTTCTCTCAGCTCAATTCCCCAGGGCAATACAGATGTTTCTACTTCTAGGACTGAGGCTATGGTTGAAGAGAGGAACCTTCCTTCGCGAGATG
CTTCTTGTCATGCAGGGGATAGAGGGAAGGGCCCTATTACTAGTGAGCTCAATCAGGAAAGCCTGTCACCATCTTCTGCAACTGGGTTATCTTCCAAGGATGCATCAGATTTTGTTGAAAAGGCTAAACAATCAACTTCTAGTCACTCAGAGATTGAAGAGATTGAAAGTTAGAAATATATAGAAATTCTTGCTTTGATA
AAATTTGAACAGGTAAAATCTGAGTGGGGGGCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTTACTAAACATCATTCTCCGAGTTTAGTGCACCATTAAAAATTCTGCACCATTAGAAATTCTTGCT
TTGATAAAATTTGAACAGGCAAAATCTGAGTAGGGGCCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTTACTAAACATCATTCTCCGAGTCTAATGCAAGATTGATGAAGATGATGTACTGGTATCC
TGCAGTATATGGGGTGTCCAATTAATGCAACTAATTATCTGTGTACTAATTTGTGTGTCAATTCTGGTGTTGCAACGATAGAGCAAATATATTCTTAATGGTCACTTGAGATTGAGCGGACATGTTATTTGTGTTGTAGTCTCTGATCACGATATAAATGGTACTTCTTTCTAAGATGGAACTTGTGATTTGTTGGTCCA
TCGGTATGATTACTCTAATGCTGGTGTAAATTCTCTGTGATGTTTTGTCTAAAATCAACTCGGGAAGAGGCACAAAACCTAAATAATATATGCTATTTAAGAGGAAGTTCATTCTATGATATTATTAGTGATTTTATAATTTGCTGTGACGGAGCTGAAAAGACTGTGTGGCTGC

>TRINITY_DN40563_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAAAGGTAAGGACGCCCAAACCCTGCTTCGGCATTTGTTTTCCTCAGGACAAAACGGTTACCCCGCACCAGAAAACCCTAATGACGAGGGCTCAACAGATGAAGTTTAAGATGCAAACGCAATTTTGTAGGAAGTTTGGTTAAGTTGAATTATGCGGGCGGAATGGAGAGTAGCGTCGTCCTGTTATTTTTATGGATATG
TTTTCAATGTCTGTGTGGGAAAGAGAAAGCAGGGATAGAAGTTGGGGTTGGATCTGAATTGAATTTCATGGGTAGGTTATGCAAATGTAGACGCAGGTTTGAAATCGATGGAATGTTGCAAAATTAGACAGGGGGGATGTAGAGTAAGAGATATTGATTCATTGCTTATACCCACCCTCACCCCATTAGCACATTAATCG
CCCTTATGAGAGGGAGAGAGGGTGAAGGTGGAAGTGCGTATTTCTACTTAAATGTTTTCAATGGCTGTGTGGGAGGAACAAAACAGGAACAAAATAGGGATAGCAATTTACAATTGGGGTTTGAATTGGTTTAAATTTATGTAAATTTGGGTCGGGGTAAAGATGTGCATCTTTATGTGTATGGTTTCAGgtaaatttat
gtaaatgtgtatgttttcagccaaatttatgtaaatatttggggctgggggtgaagatgtgtaattgtatgttttcactgtatgggtaggagtatgtgcatgctttcagtgtatgtgtgtgggaggaacaaaacagggtttgaattgagttaaatggatgatgcaaatgtagggttgagctttaactttatgtaaatgtt
gtggtgttgtagAGTAGAGTAGAGAAGATGGTGAGATTGGGGACATATGCAGCAGCGAGCGCAGTGGGAGCGGTGGCAGTGATATATCATGCGTTTCACAGCCGGGGCCAATTCTATCCGGCCATGGTTTATCTATCCACTTCGAAGATTAACCTTGTCTTTATGCTTAACATGGGGTTGGTGATGATGTGCGGCCTGTG
GCAGTTGGTTAAGACCATATTTCTCGGATCCCTTCGCGAAGCTGAAGTGGAACGATTAAATGAACAGTCATGGCGAGAGGTTATGGAGATTTTGTTTGCAATTACCATTTTCCGTGAAGAGTTCTCTGTCACTTTTTTGGCAATGGTGACGGTTTTGCTGTTGATTAAGGCACTTCATTGGCTGGCGCAAAAGAGGGTCG
AGTATATCGAAACGACACCGTCTGTATCCCGCTTGTCTCATTTTCGGATAATAAGCTTTATGGCATTTTTGCTTGCCCTGGATTGCGTTTTTCTATATAGTTCTGTATCGTATCTGCTGAGAACAAAGCGTCCATCAGTGGAGCTCTTCTTTTCATTTGAGTACATGATCTTGGCGACAACAACAATATCAACATTCTTG
AAGTATGTCTTTTATTTGAGTGACATGCTTATGGAAGGGCAATGGGAGAGTAAAGCAGTTTTTACCTTTTATTTGGAACTTGTCAGAGACCTGCTTCATCTGTCTTTGTACCTGTTCTACTTCCTTGTCATATCTATAAACTATGGCCTACCATTGCATTTGATACGGGAGCTCTATGAAACATTTCGTAATTTTAAGTC
ACGGGTTGCTGACTTTATAAGATATCGAAAAATCACGTCGAACATGAATGATCGATTTCCAGATGCAACTGCGGAAGAAATTGGACAAGGTGATGCCACTTGCATTATATGTCGCGAGGAGATGGTTGCCGCAAAAAAACTACCTTGTGGACACCTATTCCATGTACATTGTCTACGATCCTGGCTGGAGAGGCAACAGA
CTTGTCCTACATGCAGGTCTCCAGTTATTGCTTCAGAAACTGGAGCGGCAACGTTTGGAGCAGAACGGGGTGTACAGCCTGAACAGCAGCATGCTGGAACAGAAGGTGGGAGAGGTGGACAGCCAGGGTTACAAGCAAATGTTGGATTACTAAATGCACCAGGACAAGGTCAGGAGGCAAATAATTCTGTGTCTCAGCAT
CAAGCAAGAGTTCAAGCTGCTCTTGCAGCTGCTTCCCAGTATGGAAATTCTTTTGTATATCCTGCAGCACAGCCTGGCACAGTTAATTTTTTTCCAGGATATGTGTTTGTACCCCAGCCGTGTGTGGTACAAGGAGTTGATGCTGCACGGAATGTTGGCACTTTCGGAGAGGGCCTTGGAAGGGGAGCTAATAGTGATGG
TTCGGCGAGAAATTTACCCATGGATGAGCAGATGCATTTAGGGATGCAAAGATGGTTACAATTGCAATCTCAAATCTTGGCAGCACAAAGGACCTCAGTTGTCATGGGAAACAACTTGCTCTCTCCGCAAGTGCCTTTGTATCATCCCAGTCAATCCAATATAAACCACTTTAATGTGAAACCTACAGCTATGAGTGCTG
CTCCAGACAATAATTCGCAAGGTCCTTCATCCAGTTCACAATCAGCATTATTGAACATTCAGCAGATGTTACTGAAACAAAGGATAGAGGCATTGCAGGATGAGCTACAATCTGTTTTGCAACTGCAGAGTTCTCTCAGCTCAATTCCCCAGGGCAATACAGATGTTTCTACTTCTAGGACTGAGGCTATGGTTGAAGAG
AGGAACCTTCCTTCGCGAGATGCTTCTTGTCATGCAGGGGATAGAGGGAAGGGCCCTATTACTAGTGAGCTCAATCAGGAAAGCCTGTCACCATCTTCTGCAACTGGGTTATCTTCCAAGGATGCATCAGATTTTGTTGAAAAGGCTAAACAATCAACTTCTAGTCACTCAGAGATTGAAGAGATTGAAAGTTAGAAATA
TATAGAAATTCTTGCTTTGATAAAATTTGAACAGGTAAAATCTGAGTGGGGGGCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTTACTAAACATCATTCTCCGAGTTTAGTGCACCATTAAAAATTC
TGCACCATTAGAAATTCTTGCTTTGATAAAATTTGAACAGGCAAAATCTGAGTAGGGGCCAACAATGAGTCTGTGCAGCATAAGAACTTAAAGATGTTGATGGCTAGATAGTAGAAAGTGAAATCTGCTTTGATACTCATGTTGGCTGCCAATTTTTTAATTTTACTAAACATCATTCTCCGAGTCTAATGCAAGATTGA
TGAAGATGATGTACTGGTATCCTGCAGTATATGGGGTGTCCAATTAATGCAACTAATTATCTGTGTACTAATTTGTGTGTCAATTCTGGTGTTGCAACGATAGAGCAAATATATTCTTAATGGTCACTTGAGATTGAGCGGACATGTTATTTGTGTTGTAGTCTCTGATCACGATATAAATGGTACTTCTTTCTAAGATG
GAACTTGTGATTTGTTGGTCCATCGGTATGATTACTCTAATGCTGGTGTAAATTCTCTGTGATGTTTTGTCTAAAATCAACTCGGGAAGAGGCACAAAACCTAAATAATATATGCTATTTAAGAGGAAGTTCATTCTATGATATTATTAGTGATTTTATAATTTGCTGTGACGGAGCTGAAAAGACTGTGTGGCTGC

Intron 4 GTGAGTGGTT ... TGTGAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.34	343	0	67
A2	18.96	265	1	62
A3	18.46	318	0	72
A4	16.43	300	0	59
A5	14.84	109	0	19
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A7	13.92	631	0	102
A8	13.81	362	1	58
A9	17.73	501	0	108
A10	16.61	507	0	101

>TRINITY_DN37554_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAACATTTGTAACCAGACTGACGTGGCGTTTAAGCTGAGCCGGCAGGCAGGCATTGGTCCGAGAGTAAACTGCCACGTTTTATACTTACACTGAGGTATAAATTCAATTAATTTTTGTGTGTTTCATTTGCCTGTTTCTGTTTTCAGGGGCTGCTAGCTTCGTGATAAGTCGTCTTTGTTTATTATTGGAGCGCTCTGC
GTTCGATCCGGGGACCCGCGCCACCATTCCATCGACATCGAGCTCTCGAGGCAAAAGAGTAGAGTAGAGAAGATGGTGAGATTGGGGACATATGCAGCAGCGAGCGCAGTGGGAGCGGTGGCAGTGATATATCATGCGTTTCACAGCCGGGGCCAATTCTATCCGGCCATGGTTTATCTATCCACTTCGAAGATTAACCT
TGTCTTTATGCTTAACATGGGGTTGGTGATGATGTGCGGCCTGTGGCAGTTGGTTAAGACCATATTTCTCGGATCCCTTCGCGAAGCTGAAGTGGAACGATTAAATGAACAGTCATGGCGAGAGGTTATGGAGATTTTGTTTGCAATTACCATTTTCCGTGAAGAGTTCTCTGTCACTTTTTTGGCAATGGTGACGGTTT
TGCTGTTGATTAAGGCACTTCATTGGCTGGCGCAAAAGAGGGTCGAGTATATCGAAACGACACCGTCTGTATCCCGCTTGTCTCATTTTCGGATAATAAGCTTTATGGCATTTTTGCTTGCCCTGGATTGCGTTTTTCTATATAGTTCTGTATCGTATCTGCTGAGAACAAAGCGTCCATCAGTGGAGCTCTTCTTTTCA
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GCTGTGACGGAGCTGAAAAGACTGTGTGGCTGCATGGG

>TRINITY_DN37554_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAAGAAATTGGACAgtgagtggttttttctcttggcctttttcaagcaattggtgttttaacatttaaaatagaagcccctgtgttagtgaaagcaataacaattcatgaaatgtgaagcagAGGTGATGCCACTTGCATTATATGTCGCGAGGAGATGGTTGCCGCAAAAAAACTACCTTGTGGACACCTATTCCATG
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GAGGCAAATAATTCTGTGTCTCAGCATCAAGCAAGAGTTCAAGCTGCTCTTGCAGCTGCTTCCCAGTATGGAAATTCTTTTGTATATCCTGCAGCACAGCCTGGCACAGTTAATTT