sp|Q8GUT5|GNAT6_ARATH ----> GCN5-related N-acetyltransferase 6, chloroplastic


Intron 1 GTTAGTTCTA ... TTAATGGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A133.2326.4138.1
A236.9417.4109.9
A329.225.610.68.2
A427.7723.495.1
A532.6918.692.6
A617.1849.21011.7
A717.7770.11511.7
A821.3152.21410.4
A917.0964.31316.6
A1025.153.91812.3



>TRINITY_DN114711_c1_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoform
CTGACGCCATCTCTGCTTAAATGTTAGGTTAAAGGAAGTTTAGAGGATGGTTTTTGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGA
GGCCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGATAACGGAGTTCTTCAAATGGGCGAAAATTCTCTCCAACATTTATGAATGGGGTGTCGGAGACACATCGATTCCGTGAATTGGGTGTGGGAGATTAGTTTGGGGAATTGGGTGTGGGAGATTTGTTGATTTTGTGAGTTGGGTACCGGGGATTTGTTAAT
TTTGTGAATTGGGTGTTTAGTTTTGCTGAAATTGTTGGATTTTGTAGGAATAAGTCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCGAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGT
TCGCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAATATCCATTTCTCCTACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGCTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCA
CTGATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGCAAATTTGTTGCCCGAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGACAGCAGCATGGTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTCGTTACGTTGATAGTCACAAGAGAAAATTTGCAGAGCAGGAGTTCAATGCTTTAAAGCGACGGTGC
TTTGGAAGAGATGGCCACTCCCTCAAGTGTTCCTGCATCGTTGCAGTTAGGAAGGAAGATAGAAACATAAGGCGCACAGTTTTGAAAAGTGTGGTTGGGACTCTTGATTTAAGCATTCGGCAGCTATTGCAAGGAGAGAATTTTCCTGGGGAACAGGTGAGAGCCTCTATGTACAAGAGCAGTAGCAAATCAGGGCATTC
TCACCGATATGGCTATGTGGCAAATGTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGTAGGCAAGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACAACAAGGTTGCTCAGCAGTTGTACAAAAATATTGGATTTGAGATGGTTGAAGCAGCAG
CATCTCACCTGTTAATAGAGCAAACACAACTCCTATGCTTGAACACAGATTCCGTGCTGTATGTTTGATTGTCTTAACCTTGTGTTTCTTTTGGGATTGTCTATAGTCAATTTATTTCGAAAGATTTTTTAATCTGCCACAGTATGAATAGTTGGATGAAGGATCCAGAAAAGCAAACATAGAAAGCATTCTGACTGTTA
GAAGAGCTGCACCTGGAAGAATTGTATATTGTTGAGAGGCTTTAAGATTGTAATATGTTGGATATAGGTTGCCATACTGTCTTCACATGTATTATATTTTATCTATTCAGCTGACTGGATAATACTTGATAGTTGATTGCAC


>TRINITY_DN114711_c1_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTGACGCCATCTCTGCTTAAATGTTAGGTTAAAGGAAGTTTAGAGGATGGTTTTTGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGA
GGCCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGATAACGGAGTTCTTCAAATGGGCGAAAATTCTCTCCAACATTTATGAATGGGGTGTCGGAGACACATCGATTCCGTGAATTGGGTGTGGGAGATTAGTTTGGGGAATTGGGTGTGGGAGATTTGTTGATTTTGTGAGTTGGGTACCGGGGATTTGTTAAT
TTTGTGAATTGGGTGTTTAGTTTTGCTGAAATTGTTGGATTTTGTAGGAATAAGTCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCGAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGT
TCGCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAATATCCATTTCTCCTACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGCTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCA
CTGATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGCAAATTTGTTGCCCGAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGgttagttctagattttgcagaatgttgccacttgttcttcattttctgacgtatcaagaatgtgtgtgtttgactaagttgttcctggtcttatgtttaatggtagACAGCAGCATG
GTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTCGGTTTGTTTTCTACCTTTATTGGGATGCTGAATTGGCTATTTCTCTTTAATTATTTGTTTGACAGTGGTATTGTCTCAGAATCTCTCTCTCTCTCGCTCATTGCTCTCACACACACACACACACACA




Intron 2 GTTTGTTATT ... GTGTGTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A116.67502
A225.8214.84.26
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A835.54105.754.562
A927.7787.329.238
A1032.7246.529.216



>TRINITY_DN112406_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform
GTTTTTGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGAGGCCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGATAACGGAG
TTCTTCAAATGGGCGAAAATTCTCTCCAACATTTATGAATGGGGTGTCGGAGACACATCGATTCCGTGAATTGGGTGTGGGAGATTAGTTTGGGGAATTGGGTGTGGGAGATTTGTTGATTTTGTGAGTTGGGTACCGGGGATTTGTTAATTTTGTGAATTGGGTGTTTAGTTTTGCTGAAATTGTTGGATTTTGTAGGA
ATAAGTCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCGAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGTTCGCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAATATCCATT
TCTCCTACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGCTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCACTGATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGCAAATTTGT
TGCCCGAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGACAGCAGCATGGTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTCGTTACGTTGATAGTCACAAGAGAAAATTTGCAGAGCAGGAGTTCAATGCTTTAAAGCGACGGTGCTTTGGAAGAGATGGCCACTCCCTCAAGTGTTCCTGCATCGTTGCAGTTA
GGAAGGAAGATAGAAACATAAGGCGCACAGTTTTGAAAAGTGTGGTTGGGACTCTTGATTTAAGCATTCGGCAGCTATTGCAAGGAGAGAATTTTCCTGGGGAACAGGTGAGAGCCTCTATGTACAAGAGCAGTAGCAAATCAGGGCATTCTCACCGATATGGCTATGTGGCAAATGTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGT
AGGCAAGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACAACAAGGTTGCTCAGCAGTTGTACAAAAATATTGGATTTGAGATGGTTGAAGCAGCAGCATCTCACCTGTTAATAGAGCAAACACAACTCCTATGCTTGAACACAGA
TTCCGTGCTGTATGTTTGATTGTCTTAACCTTGTGTTTCTTTTGGGATTGTCTATAGTCAATTTATTTCGAAAGATTTTTTAATCTGCCACAGTATGAATAGTTGGATGAAGGATCCAGAAAAGCAAACATAGAAAGCATTCTGACTGTTAGAAGAGCTGCACCTGGAAGAATTGTATATTGTTGAGAGGCTTTAAGATT
GTAATATGTTGGATATAGGTTGCCATACTGTCTTCACATGTATTATATTTTATCTATTCAGCTGACTGGATAATACTTGATAGTTGATTGTACTGCACATAGGATAGGCACATGGCCCAGCAGGTCTCGGCTTAGCATGTGTATGTAAATGACCAGCAAAAGTGAAAATCAATTCTAATGGGAATCTCTGGTTTCCTTCT
GCTAAATGTTGAGCCTCCTCATAGGCATACTTAAGGTGTAACATCACCATTTTTGGGCACCGTATATAATTTGTATGAGAATTGTTGATTTTTTGGTCAACAATGGTTTTAATATGAAATTTGG


>TRINITY_DN112406_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GTTTTTGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGAGGCCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGATAACGGAG
TTCTTCAAATGGGCGAAAATTCTCTCCAACATTTATGAATGGGGTGTCGGAGACACATCGATTCCGTGAATTGGGTGTGGGAGATTAGTTTGGGGAATTGGGTGTGGGAGATTTGTTGATTTTGTGAGTTGGGTACCGGGGATTTGTTAATTTTGTGAATTGGGTGTTTAGTTTTGCTGAAATTGTTGGATTTTGTAGGA
ATAAGTCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCGAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGTTCGCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAATATCCATT
TCTCCTACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGCTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCACTGATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGCAAATTTGT
TGCCCGAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGACAGCAGCATGGTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTCGTTACGTTGATAGTCACAAGAGAAAATTTGCAGAGCAGGAGTTCAATGCTTTAAAGCGACGGTGCTTTGGAAGAGATGGCCACTCCCTCAAGTGTTCCTGCATCGTTGCAGTTA
GGAAGGAAGATAGAAACATAAGGCGCACAGTTTTGAAAAGTGTGGTTGGGACTCTTGATTTAAGCATTCGGCAGCTATTGCAAGGAGAGAATTTTCCTGGGGAACAGGTGAGAGCCTCTATGTACAAGAGCAGTAGCAAATCAGGGCATTCTCACCGATATGGCTATGTGGCAAATGTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGT
AGGCAAGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGGTAGGAATTTTATTTCTGTAAGTAGGATCTGAAGTTCAGCTGACGCATATCTATGGAAATTCTGAGCATTATCTTGTCACAGGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACAACAAGGTTGCTCAGCAGTTGTACA
AAAATATTGGATTTGAGgtttgttattactaaaacattattccatctgcagctattgagaaccttgcttctctaagcattttcatgattggtctcagttttgtgtgtacagATGGTTGAAGCAGCAGCATCTCACCTGTTAATAGAGCAAACACAACTCCTATGCTTGAACACAGATTCCGTGCTGTATGTTTGATTGTC
TTAACCTTGTGTTTCTTTTGGGATTGTCTATAGTCAATTTATTTCGAAAGATTTTTTAATCTGCCACAGTATGAATAGTTGGATGAAGGATCCAGAAAAGCAAACATAGAAAGCATTCTGACTGTTAGAAGAGCTGCACCTGGAAGAATTGTATATTGTTGAGAGGCTTTAAGATTGTAATATGTTGGATATAGGTTGCC
ATACTGTCTTCACATGTATTATATTTTATCTATTCAGCTGACTGGATAATACTTGATAGTTGATTGTACTGCACATAGGATAGGCACATGGCCCAGCAGGTCTCGGCTTAGCATGTGTATGTAAATGACCAGCAAAAGTGAAAATCAATTCTAATGGGAATCTCTGGTTTCCTTCTGCTAAATGTTGAGCCTCCTCATAG
GCATACTTAAGGTGTAACATCACCATTTTTGGGCACCGTATATAATTTGTATGAGAATTGTTGATTTTTTGGTCAACAATGGTTTTAATATGAAATTTGG




Intron 3 GTTTGTTTTC ... GGCATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A123.6325.457.3
A232.5521.869.6
A324.3525.309.8
A420.2915.824.4
A514.657.601.3
A624.5360.1018
A719.1973.9017.4
A822.0352.9015.2
A918.8675.7016.9
A1020.8148.3013



>TRINITY_DN43218_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform
AAAAATCTGGTTATTGACCAAAATATCAACCTTACGCCACCTGTAATCCTTGGACTGATTGTCGTAAAATCGCCAGTAATCTGCTCCTAATTGACAACTGAACCGACCTTCTTAGCCATATATCACATTACATTAACACAATCAAGTTCATCTCAAATTCTCCGCCATACCCATCAAAGCGATTAGATCCTTTTTAAAGC
AAAAACCCAAAGATTTCTTTGACAGAGAAAGCTGCCATGTCCTGATGCCATGTGGAGCAATCACACCCGTACGCAGAATCTAACGGCAGAGCAGCAATTTTGGTTCGGATATAGTCATATTCAAGCTGTCATTGACGTTATCTATAACTAACTGAAATGCTGACGCCATCTCTGCTTAAATGTTAGGTTAAAGGAAGTTT
AGAGGATGGTTTTTGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGAGGCCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGA
TAACGGAGTTCTTCAAATGGGCGAAAATTCTCTCCAACATTTATGAATGGGGTGTCGGAGACACATCGATTCCGTGAATTGGGTGTGGGAGATTAGTTTGGGGAATTGGGTGTGGGAGATTTGTTGATTTTGTGAGTTGGGTACCGGGGATTTGTTAATTTTGTGAATTGGGTGTTTAGTTTTGCTGAAATTGTTGGATT
TTGTAGGAATAAGTCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCAAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGTTCGCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAA
TATCCATTTCTCCTACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGTTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCACTGATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGC
AAATTTGTTGCCCGAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGGTTAGTTCTAGATTTTGCAGAATGTTGCCACTTGTTCTTCATTTTCTGACGTATCAAGAATGTGTGTGTTTGACTCAGTTGTTCCTGGTCTTATGTTTAATGGTAGACAGCAGCATGGTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTC
G
TTACGTTGATAGTCACAAGAGAAAATTTGCAGAGCAGGAGTTCAATGCTTTAAAGCGACGGTGCTTTGGAAGAGATGGCCACTCCCTCAAGTGTTCCTGCATCGTTGCAGTTAGGAAGGAAGATAGAAACATAAGGCGCACAGTTTTGAAAAGTGTGGTTGGGACTCTTGATTTAAGCATTCGGCAGCTATTGCAAGGA
GAGAATTTTCCTGGGGTATGTTCTTTTTAATTGGGGTGGTACACTTTTAATTGACACACGAAAACATAGAGCAAAGTATTTTCATCTGGTATATAGACCTTAACCTGCTTCTGAATTCAAAACAGGAACAGGTGAGAGCCTCTATGTACAAGAGCAGTAGCAAATCAGGGCATTCTCACCGATATGGCTATGTGGCAAAT
GTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGTAGGCAAGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGGTAGGAATTTTATTTCTGTAAGTAGGATCTGAAGTTCAGCTGACGCATATCTATGGAAATTCTGAGCATTATCTTGTCACAGGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACA
ACAAGGTTGCTCAGCAGTTGTACAAAAATATTGGATTTGAGGTTTGTTATTACTAAAACATTATTCCATCTGCAGCTATTGAGAACCTTGCTTCTCTAAGCATTTTCATGATTGGTCTCAGTTTTGTGTGTACAGATGGTTGAAGCAGCAGCATCTCACCTGTTAATAGAGCAAACACAACTCCTATGCTTGAACACAGA
TTCCGTGCTGTATGTTTGATTGTCTTAACCTTGTGTTTCTTTTGGGATTGTCTATAGTCAATTTATTTCGAAAGATTTTTTAATCTGCCACAGTATGAATAGTTGGATGAAGGATCCAGAAAAGCAAACATAGAAAGCATTCTGACTGTTAGAAGAGCTGCACCTGGAAGAATTGTATATTGTTGAGAGGCTTTAAGATT
GTAATATGTTGGATATAGGTTGCCATACTGTCTTCACATGTATTATATTTTATCTATTCAGCTGACTGGATAATACTTGATAGTTGATTGTACTGCACATAGGATAGGCACATGGCCCAGCAGGTCTCGGCTTAGCATGTGTATGTAAATGACCAGCAAAAGTGAAAATCAATTCTAATGGGAATCTCTGGTTTCCTTCT
GCTAAATGTTGAACCTCCTCATAGGCATACTTAAGGTGTAACATCACCATTTTTGGGCACCGTATATAATTTGTATGAGAATTGTTGATTTTTTGGTCAACAATGGTTTTAATATGAAATTTGGTGTGATAGTTATGTTGAAGAGAAACATATTGCTTACTATGACCTCAAATGCATGAAATGAAGATAATAGTGTGAGT
CCAAACAAGGAGAGCTATAAAATGAGTGCAATATGAAGGGCCATGGCTTTTAAGGAGGCTTTCCAGTCAAATCCAGATGTAATAAGGTCTGTTTGTTAATTTTTACTCATTGATGCCCAGGAAAATTGTTGCGCACTATGTACACTCGTTATCTTCCAAGGTAGATAGAACCTCAAGGGCATGTATCATGAGAACAAAAT
AATACATGTACAATACGTGTACCAGAATTTTAACATTTTCATTATTTTCAGCTTTTTCATTGTCCGGGTAACAATTATATTGTGTCCTCACTCTGGAGGATGACTTAGACAGGGATCGTAAACATCAATGTTAC


>TRINITY_DN43218_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:
TGGGAGGACCAGCCATATGTTCGgtttgttttctacctttattgggatgctgaattggctatttctctttaattatttgtttgacagtggtattgtctcagaatctctctctctctcgctcattgctctcacacacacacacacacacatatgtaaatgtgttcgtgtattctgaaagtgttttcttacaggcatgtttt
ctattttccatggtgtgagatactaaatgtttttctttcatggcatggcag
TTACGTTGATAGTCACAAGAGAAAATTTGCAGAGCAGGAGTTTTGTTGATGGCAACCAGAATTTGCCTATAGGAAATTTGATTGTGACAATGTGAAAGTCATTTGCCACTGATTCGACAAATTGGCAACTTGATTATAGACTCTAACTG
GAATGATATACCCTTGCTACCCGTA




Intron 4 GTAGGAATTT ... CTTGTCACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A130.1517.6132.1
A225.978.742
A328.1324.5136.1
A432.6212.58.93.1
A528.7113.792
A631.37100.462.828.6
A732.777956.419.8
A826.681005517.3
A931.1285.853.922.8
A1022.2257.517.415.2



>TRINITY_DN112406_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform
GTTTTTGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGAGGCCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGATAACGGAG
TTCTTCAAATGGGCGAAAATTCTCTCCAACATTTATGAATGGGGTGTCGGAGACACATCGATTCCGTGAATTGGGTGTGGGAGATTAGTTTGGGGAATTGGGTGTGGGAGATTTGTTGATTTTGTGAGTTGGGTACCGGGGATTTGTTAATTTTGTGAATTGGGTGTTTAGTTTTGCTGAAATTGTTGGATTTTGTAGGA
ATAAGTCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCGAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGTTCGCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAATATCCATT
TCTCCTACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGCTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCACTGATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGCAAATTTGT
TGCCCGAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGACAGCAGCATGGTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTCGTTACGTTGATAGTCACAAGAGAAAATTTGCAGAGCAGGAGTTCAATGCTTTAAAGCGACGGTGCTTTGGAAGAGATGGCCACTCCCTCAAGTGTTCCTGCATCGTTGCAGTTA
GGAAGGAAGATAGAAACATAAGGCGCACAGTTTTGAAAAGTGTGGTTGGGACTCTTGATTTAAGCATTCGGCAGCTATTGCAAGGAGAGAATTTTCCTGGGGAACAGGTGAGAGCCTCTATGTACAAGAGCAGTAGCAAATCAGGGCATTCTCACCGATATGGCTATGTGGCAAATGTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGT
AGGCAAGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACAACAAGGTTGCTCAGCAGTTGTACAAAAATATTGGATTTGAGATGGTTGAAGCAGCAGCATCTCACCTGTTAATAGAGCAAACACAACTCCTATGCTTGAACACAGA
TTCCGTGCTGTATGTTTGATTGTCTTAACCTTGTGTTTCTTTTGGGATTGTCTATAGTCAATTTATTTCGAAAGATTTTTTAATCTGCCACAGTATGAATAGTTGGATGAAGGATCCAGAAAAGCAAACATAGAAAGCATTCTGACTGTTAGAAGAGCTGCACCTGGAAGAATTGTATATTGTTGAGAGGCTTTAAGATT
GTAATATGTTGGATATAGGTTGCCATACTGTCTTCACATGTATTATATTTTATCTATTCAGCTGACTGGATAATACTTGATAGTTGATTGTACTGCACATAGGATAGGCACATGGCCCAGCAGGTCTCGGCTTAGCATGTGTATGTAAATGACCAGCAAAAGTGAAAATCAATTCTAATGGGAATCTCTGGTTTCCTTCT
GCTAAATGTTGAGCCTCCTCATAGGCATACTTAAGGTGTAACATCACCATTTTTGGGCACCGTATATAATTTGTATGAGAATTGTTGATTTTTTGGTCAACAATGGTTTTAATATGAAATTTGG


>TRINITY_DN112406_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GTTTTTGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGAGGCCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGATAACGGAG
TTCTTCAAATGGGCGAAAATTCTCTCCAACATTTATGAATGGGGTGTCGGAGACACATCGATTCCGTGAATTGGGTGTGGGAGATTAGTTTGGGGAATTGGGTGTGGGAGATTTGTTGATTTTGTGAGTTGGGTACCGGGGATTTGTTAATTTTGTGAATTGGGTGTTTAGTTTTGCTGAAATTGTTGGATTTTGTAGGA
ATAAGTCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCGAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGTTCGCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAATATCCATT
TCTCCTACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGCTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCACTGATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGCAAATTTGT
TGCCCGAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGACAGCAGCATGGTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTCGTTACGTTGATAGTCACAAGAGAAAATTTGCAGAGCAGGAGTTCAATGCTTTAAAGCGACGGTGCTTTGGAAGAGATGGCCACTCCCTCAAGTGTTCCTGCATCGTTGCAGTTA
GGAAGGAAGATAGAAACATAAGGCGCACAGTTTTGAAAAGTGTGGTTGGGACTCTTGATTTAAGCATTCGGCAGCTATTGCAAGGAGAGAATTTTCCTGGGGAACAGGTGAGAGCCTCTATGTACAAGAGCAGTAGCAAATCAGGGCATTCTCACCGATATGGCTATGTGGCAAATGTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGT
AGGCAAGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGgtaggaattttatttctgtaagtaggatctgaagttcagctgacgcatatctatggaaattctgagcattatcttgtcacagGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACAACAAGGTTGCTCAGCAGTTGTACA
AAAATATTGGATTTGAGGTTTGTTATTACTAAAACATTATTCCATCTGCAGCTATTGAGAACCTTGCTTCTCTAAGCATTTTCATGATTGGTCTCAGTTTTGTGTGTACAGATGGTTGAAGCAGCAGCATCTCACCTGTTAATAGAGCAAACACAACTCCTATGCTTGAACACAGATTCCGTGCTGTATGTTTGATTGTC
TTAACCTTGTGTTTCTTTTGGGATTGTCTATAGTCAATTTATTTCGAAAGATTTTTTAATCTGCCACAGTATGAATAGTTGGATGAAGGATCCAGAAAAGCAAACATAGAAAGCATTCTGACTGTTAGAAGAGCTGCACCTGGAAGAATTGTATATTGTTGAGAGGCTTTAAGATTGTAATATGTTGGATATAGGTTGCC
ATACTGTCTTCACATGTATTATATTTTATCTATTCAGCTGACTGGATAATACTTGATAGTTGATTGTACTGCACATAGGATAGGCACATGGCCCAGCAGGTCTCGGCTTAGCATGTGTATGTAAATGACCAGCAAAAGTGAAAATCAATTCTAATGGGAATCTCTGGTTTCCTTCTGCTAAATGTTGAGCCTCCTCATAG
GCATACTTAAGGTGTAACATCACCATTTTTGGGCACCGTATATAATTTGTATGAGAATTGTTGATTTTTTGGTCAACAATGGTTTTAATATGAAATTTGG




Intron 5 GTATGTTCTT ... TTCAAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.3141.46.414
A217.652866
A319.0746.717.611
A418.2935.99.18
A534.695.73.43
A613.83143.522.323
A714.0312921.721
A815.74160.926.330
A911.29125.812.916
A1016.43112.123.122



>TRINITY_DN107953_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform
CCGCCATACCCATCAAAGCGATTAGATCCTTTTTAAAGCAAAAACCCAAAGATTTCTTTGACAGAGAAAGCTGCCATGTCCTGATGCCATGTGGAGCAATCACACCCGTACGCAGAATCTAACGGCAGAGCAGCAATTTTGGTTCGGATATAGTCATATTCAAGCTGTCATTGACGTTATCTATAACTAACTGAAATGCT
GACGCCATCTCTGCTTAAATGTTAGGTTAAAGGAAGTTTAGAGGATGGTTTTTGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGAGG
CCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGATAACGGAGTTCTTCAAATGGGCGAAAATTCTCTCCAACATTTATGAATGGGGTGTCGGAGACACATTGATTCCGTGAATTGGGTGTGGGAGATTAGTTTGGGGAATTGGGTGTGGGAGATTTGTTGATTTTGTGAGTTGGGTACCGGGGATTTGTTAATTT
TGTGAATTGGGTGTTTAGTTTTGCTGAAATTGTTGGATTTTGTAGGAATAAGTCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCAAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGTTC
GCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAATATCCATTTCTCCTACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGCTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCACT
GATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGCAAATTTGTTGCCCGAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGACAGCAGCATGGTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTCGTTACGTTGATAGTCACAAGAGAAAATTTGCAGAGCAGGAGTTCAATGCTTTAAAGCGACGGTGCTT
TGGAAGAGATGGCCACTCCCTCAAGTGTTCCTGCATCGTTGCAGTTAGGAAGGAAGATAGAAACATAAGGCGCACAGTTTTGAAAAGTGTGGTTGGGACTCTTGATTTAAGCATTCGGCAGCTATTGCAAGGAGAGAATTTTCCTGGGGAACAGGTGAGAGCCTCTATGTACAAGAGCAGTAGCAAATCAGGGCATTCTC
ACCGATATGGCTATGTGGCAAATGTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGTAGGCAAGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACAACAAGGTTGCTCAGCAGTTGTACAAAAATATTGGATTTGAGATGGTTGAAGCAGCAGCA
TCTCACCTGTTAATAGAGCAAACACAACTCCTATGCTTGAACACAGATTCCGTGCTGTATGTTTGATTGTCTTAACCTTGTGTTTCTTTTGGGATTGTCTATAGTCAATTTATTTCGAAAGATTTTTTAATCTGCCACAGTATGAATAGTTGGATGAAGGATCCAGAAAAGCAAACATAGAAAGCATTCTGACTGTTAGA
AGAGCTGCACCTGGAAGAATTGTATATTGTTGAGAGGCTTTAAGATTGTAATATGTTGGATATAGGTTGCCATACTGTCTTCACATGTATTATATTTTATCTATTCAGCTGACTGGATAATACTTGATAGTTGATTGTACTGCACATAGGATAGGCACATGGCCCAGCAGGTCTCGGCTTAGCATGTGTATGTAAATGAC
CAGCAAAAGTGAAAATCAATTCTAATGGGAATCTCTGGTTTCCTTCTGCTAAATGTTGAACCTCCTCATAGGCATACTTAAGGTGTAACATCACCATTTTTGGGCACCGTATATAATTTGTATGAGAATTGTTGATTTTTTGGTCAACAATGGTTTTAATATGAAATTTG


>TRINITY_DN107953_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:
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GCGCACAGTTTTGAAAAGTGTGGTTGGGACTCTTGATTTAAGCATTCGGCAGCTATTGCAAGGAGAGAATTTTCCTGGGgtatgttctttttaattggggtggtacacttttaattgacacacgaaaacatagagcaaagtattttcatctggtatatagaccttaacctgcttctgaattcaaaacagGAACAGGTGAG
AGCCTCTATGTACAAGAGCAGTAGCAAATCAGGGCATTCTCACCGATATGGCTATGTGGCAAATGTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGTAGGCAAGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGGTAGGAATTTTATTTCTGTAAGTAGGATCTGAAGTTCAGCTGACGCATATCTAT
GGAAATTCTGAGCATTATCTTGTCACAGGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACAACAAGGTTGCTCAGCAGTTGTACAAAAATATTGGATTTGAGGTTTGTTATTACTAAAACATTATTCCATCTGCAGCTATTGAGAACCTTGCTTCTCTAAGCATTTTCATGATTGGTCTCAGTTTTGTGTGTACAGA
TGGTTGAAGCAGCAGCATCTCACCTGTTAATAGAGCAAACACAACTCCTATGCTTGAACACAGATTCCGTGCTGTATGTTTGATTGTCTTAACCTTGTGTTTCTTTTGGGATTGTCTATAGTCAATTTATTTCGAAAGATTTTTTAATCTGCCACAGTATGAATAGTTGGATGAAGGATCCAGAAAAGCAAACATAGAAA
GCATTCTGACTGTTAGAAGAGCTGCACCTGGAAGAATTGTATATTGTTGAGAGGCTTTAAGATTGTAATATGTTGGATATAGGTTGCCATACTGTCTTCACATGTATTATATTTTATCTATTCAGCTGACTGGATAATACTTGATAGTTGATTGTACTGCACATAGGATAGGCACATGGCCCAGCAGGTCTCGGCTTAGC
ATGTGTATGTAAATGACCAGCAAAAGTGAAAATCAATTCTAATGGGAATCTCTGGTTTCCTTCTGCTAAATGTTGAACCTCCTCATAGGCATACTTAAGGTGTAACATCACCATTTTTGGGCACCGTATATAATTTGTATGAGAATTGTTGATTTTTTGGTCAACAATGGTTTTAATATGAAATTTG




Intron 6 GTATGTTTGA ... GGTGTGATAG

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>TRINITY_DN43218_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform
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AAAAACCCAAAGATTTCTTTGACAGAGAAAGCTGCCATGTGGAGCAATCACACCCGTACGCAGAATCTAACGGCAGAGCAGCAATTTTGGTTCGGATATAGTCATATTCAAGCTGTCATTGACGTTATCTATAACTAACTGAAATGCTGACGCCATCTCTGCTTAAATGTTAGGTTAAAGGAAGTTTAGAGGATGGTTTT
TGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGAGGCCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGATAACGGAGTTCTT
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TCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCAAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGTTCGCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAATATCCATTTCTCC
TACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGTTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCACTGATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGCAAATTTGTTGCCC
GAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGACAGCAGCATGGTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTCGTTACGTTGATAGTCACAAGAGAAAATTTGCAGAGCAGGAGTTCAATGCTTTAAAGCGACGGTGCTTTGGAAGAGATGGCCACTCCCTCAAGTGTTCCTGCATCGTTGCAGTTAGGAAG
GAAGATAGAAACATAAGGCGCACAGTTTTGAAAAGTGTGGTTGGGACTCTTGATTTAAGCATTCGGCAGCTATTGCAAGGAGAGAATTTTCCTGGGGAACAGGTGAGAGCCTCTATGTACAAGAGCAGTAGCAAATCAGGGCATTCTCACCGATATGGCTATGTGGCAAATGTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGTAGGCA
AGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGGTAGGAATTTTATTTCTGTAAGTAGGATCTGAAGTTCAGCTGACGCATATCTATGGAAATTCTGAGCATTATCTTGTCACAGGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACAACAAGGTTGCTCAGCAGTTGTACAAAAAT
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>TRINITY_DN43218_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:
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AGAGGATGGTTTTTGCTTAATACAACAGGCATAGGAGGTGGGAACCCGTTGTTAGGTCAGTTTGAATGGTATCTACTTTTTGATATCTTACTTGGGCCTACAAATCCAAGGTTCTGATCACATGGGCCCGAATTTCGCTTACAAAAATTCAATCTTGGAGGCCACAGAACGGTTTTCTCGGATGTCCAGGGGCTATCGGA
TAACGGAGTTCTTCAAATGGGCGAAAATTCTCTCCAACATTTATGAATGGGGTGTCGGAGACACATCGATTCCGTGAATTGGGTGTGGGAGATTAGTTTGGGGAATTGGGTGTGGGAGATTTGTTGATTTTGTGAGTTGGGTACCGGGGATTTGTTAATTTTGTGAATTGGGTGTTTAGTTTTGCTGAAATTGTTGGATT
TTGTAGGAATAAGTCTTTGGAGATGTGAGAATTTTGGGGTTGGGATGCATTGTATTGGTTCAGAGGTTTACCAGTGTTACAGAATTTTTAAGCGTTCAAAGGGTGAAATACAATGTTTCCAGTCTCTTGGCGTCTGCCAGTATTTCCTGCGCCAGTGGTTCGCTTAGGTAGAAGAAAAGACCGTTCTTTCTCCTGTATAA
TATCCATTTCTCCTACCAGGCAGAAGATGTCAAGAAAACGAACAAGGAAATATGCTATAATTCAATGTAACAACAGTGTACCGGGCATTCAGAATTCGACACCACCCCAGGTTGATGCTGTAGGCTTGTCCGGCCTCTCATTTGACAGATTACAACCCACTGATCAGGACTGTAAGAACCGACATAAAAGGGCATTTGGC
AAATTTGTTGCCCGAGAAGCCATTCTAGATGAAGAGTATTGGGTTAGTTCTAGATTTTGCAGAATGTTGCCACTTGTTCTTCATTTTCTGACGTATCAAGAATGTGTGTGTTTGACTCAGTTGTTCCTGGTCTTATGTTTAATGGTAGACAGCAGCATGGTTACGTGCGGAGAGCCATTGGGAGGACCAGCCATATGTTC
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GTATGTGTTGCAAAGTTTGCTCGTAGGCAAGGGATAGCAAGCAACATGTTGCAACTTGCTGTTGAGATTGCTAAATCCTCTGGTAGGAATTTTATTTCTGTAAGTAGGATCTGAAGTTCAGCTGACGCATATCTATGGAAATTCTGAGCATTATCTTGTCACAGGAGTGAAGGACGTTTTTATTCATGTAAATACGAACA
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TTCCGTGCTgtatgtttgattgtcttaaccttgtgtttcttttgggattgtctatagtcaatttatttcgaaagattttttaatctgccacagtatgaatagttggatgaaggatccagaaaagcaaacatagaaagcattctgactgttagaagagctgcacctggaagaattgtatattgttgagaggctttaagatt
gtaatatgttggatataggttgccatactgtcttcacatgtattatattttatctattcagctgactggataatacttgatagttgattgtactgcacataggataggcacatggcccagcaggtctcggcttagcatgtgtatgtaaatgaccagcaaaagtgaaaatcaattctaatgggaatctctggtttccttct
gctaaatgttgaacctcctcataggcatacttaaggtgtaacatcaccatttttgggcaccgtatataatttgtatgagaattgttgattttttggtcaacaatggttttaatatgaaatttggtgtgatag
TTATGTTGAAGAGAAACATATTGCTTACTATGACCTCAAATGCATGAAATGAAGATAATAGTGTGAGT
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AATACATGTACAATACGTGTACCAGAATTTTAACATTTTCATTATTTTCAGCTTTTTCATTGTCCGGGTAACAATTATATTGTGTCCTCACTCTGGAGGATGACTTAGACAGGGATCGTAAACATCAATGTTAC