sp|Q570C0|TIR1_ARATH ----> Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1

Intron 1 GTGGGTTAGC ... CTGTCACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.62	45.7	112.3	34.7
A2	66.23	47.3	82.7	21
A3	72.26	42.3	89.3	15.3
A4	77.22	35	80.7	26.7
A5	79.44	20.3	45	21.3
A6	58.95	100.3	123.3	12.7
A7	60.96	139.7	214.3	18.7
A8	55.77	125	164.3	38
A9	60.14	164.7	248	34.3
A10	67.78	145.3	283	16.3

>TRINITY_DN44991_c1_g1_i12 from sample A6 / Example spliced isoform

CCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCTTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGCACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGGATT
CTTCTATTGATGGATTCTTTACTGAGTTTGTTTTTCTAGCCTTTAAGGAGTTCGAAGCAAAAAGCTATATGTTTGATTTATAAACAACAACAAGCAGCAGG

>TRINITY_DN44991_c1_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCTTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGCACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGgtgg
gttagctgcactatttgattctggtataataaatttaaagtatttctgtggtttcaaggagttctacattcatgtgttaaacatcatatgttagtcagggtacagggatataccaaaagggtaatcctttttaaggttagacatccttctagcaacaatctgtgttgtatccctgaacatgtttgtggcaactgcacaat
attcattgtggtcaaagatagccttctgaagtgtgcacaataggcagctaatatattcgaagaatctgaaaaaatgccagtggacagggaattgcgatctagtaagaggcagagatttgaacagatagggactgttgatgtttctattgtaaagtctgatttgtcagaacaggtttttaattgtaaatgacaaaagttgg
gtccatagttaaatatgctcatgtcagatggcgagacacataaacatattgctaatatggattctgcaaaggaaagtgaaaataattgcaggaaaatatctccagaggcttctgaagacaacataaagcaattaagttgtaagtcaggtgcaaatgaaagcgatgcaactaaggacgtgatggatgcatcgtcttttaaa
agggagaggtacaagggaagtaatgaagcctcaagtgaattgtttcctgagcagaatgagaagcttgccagtaccctgctatcattaaagggaatggatggctctgcacccaaaattgagtcgtttccaaaggctcgtcgtgaccaattactagattctaatgtttcgtgggtagctactaattgcttagacccagaaat
atgtaatgaaaaggctcttgatgttaatgaattgcatcatattgagttggaagtactagccaaattgaaaaagaacatagatgcaaatggtggatctataggagatggctggaaagtacaagctacaaagggaatcaaatgtatttataaggtttacctttctctagaggggaaaagattcaagtcaatgaaagaagttc
aaaggtctcttggaattcttcctaatcctaagaggaactactggtaatgaagaggacctagataatgcagaagcaaaagtggacaatgcgaatgcccctcaatctcatcaagtaaatggaaatttaggcggcgatcaaatttccaagggaagtgcaagcatggtgaaagaatcaagaaagtggcatggactttcaacccc
tctagttatacaacatgaactgaaacaggcagagctatgcattttaagacaatgttgaaactataactatgttgcaagtgaaggttatttcataatctatattcaatcaagtcaaatgtagtttttgctttgcagatatcatcaccttagacctgaatgatttataattatttttgaaaatttgaataatttaatgcatg
tttccttattgagaatacaatcttatgccggtcatttcctgtcactagGATTCTTCTATTGATGGATTCTTTACTGGTAAATCACTTAAGACTTCCACTGTTACAAGTAAAAATTGCTTTTTAACATAGCATAGCTGAGCAGAACTTCATATTCCTCTATAAATATTTTGCCTGATCTTAATTATGCTTTTACGCCATCC

Intron 2 GTGGGTTAGC ... CTCTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.38	109	197	81
A2	56.96	102	135	45
A3	64.15	95	170	41
A4	61.44	91	145	26
A5	61.33	58	92	20
A6	54.88	194	236	37
A7	60.75	252	390	51
A8	58.81	222	317	78
A9	59.8	322	479	64
A10	65.33	285	537	19

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGGAGGTTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAATTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGA
GGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTGAACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCAAAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGT
CATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTATATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGgtgggttagctgcactatttgattctggtataataaatttaaagtatttctgtggtttcaaggagttctacattcatgtgttaaacatcatatgttagtcagggtacagggatataccaaaagggtaatcctttttaaggttagacatccttctagcaacaatct
gtgttgtatccctgaacatgtttgtggcaactgcacaatattcattgtggtcaaagatagccttctgaagtgtgcacaataggcagctaatatattcgaagaatctgaaaaaatgccagtggacagggaattgcgatctagtaagaggtagagatttgaacagatagggactattgatgtttctattgtaaagtctgatt
tgtcagaacaggtttttaattgtaaatgacaaaagttgggtccatagttaaatatgctcatgtcagatggcgagacacataaacatattgctaatatggattctgcaaaggaaagtgaaaataattgcaggaaaatatctccagaggcttctgaagacaacataaagcaattaagttgtaagtcaggtgcaaatgaaagc
gatgcaactaaggacgtgatggatgcatcgtcttttaaaagggagaggtacaagggaagtaatgaagcctcaagtgaattgtttcctgagcagaatgagaagcttgccagtaccctgctatcattaaagggaatggatggctctgcacccaaaattgagtcgtttccaaaggctcgtcgtgaccaattactagattctaa
tgtttcgtgggtagctactaattgcttagacccagaaatatgtaatgaaaaggctcttgatgttaatgaattgcatcatattgagttggaagtactagccaaattgaaaaagaacatagatgcaaatggtggatctataggagatggctggaaagtacaagctacaaagggaaacaaatgtatttataaggtttaccttt
ctctagaggggaaaagattcaagtcaatgaaagaagttcaaaggtctcttggaattcttcctaatcctaagaggaactactggtaatgaagaggacctagataatgcagaagcaaaagtggacaatgcgaatgcccctcaatctcatcaagtaaatggaaatttaggcggcgatcaaatttccaagggaagtgcaagcat
ggtgaaagaatcaagaaagtggcatggactttcaacccctctagttatacaacatgaactgaaacaggcagagctatgcattttaagacaatgttgaaatataactatgttgcaagtgaaggattcttctattgatggattctttactgagtttgtttttctagcctttaaggagttcgaagcaaaaagctatatgtttg
atttataaacaacaacaagcagcaggaacagaagggcttcttgcgggatcacttgtagaaaggaaatgtatcttaactgtattgggaccaagatatttgaacagaatctaggaaatggatgtgaacattttttattgttggggataattaatatgaggcactactgtaaactcagttactaatggacatagcacttgcac
aaattttagtgcatctatataatgcagattatgttatcataattatataaagatgaatgtgtgatgtaatgtttctctcttggcagGAGGTTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAA
TTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGAGGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTGAACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCA
AAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGTCATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTATATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

Intron 3 GTGGGTTAGC ... CTCTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.38	109	197	81
A2	56.96	102	135	45
A3	64.15	95	170	41
A4	61.44	91	145	26
A5	61.33	58	92	20
A6	54.88	194	236	37
A7	60.75	252	390	51
A8	58.81	222	317	78
A9	59.8	322	479	64
A10	65.33	285	537	19

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGGAGGTTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAATTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGA
GGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTGAACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCAAAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGT
CATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTATATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGgtgggttagctgcactatttgattctggtataataaatttaaagtatttctgtggtttcaaggagttctacattcatgtgttaaacatcatatgttagtcagggtacagggatataccaaaagggtaatcctttttaaggttagacatccttctagcaacaatct
gtgttgtatccctgaacatgtttgtggcaactgcacaatattcattgtggtcaaagatagccttctgaagtgtgcacaataggcagctaatatattcgaagaatctgaaaaaatgccagtggacagggaattgcgatctagtaagaggtagagatttgaacagatagggactattgatgtttctattgtaaagtctgatt
tgtcagaacaggtttttaattgtaaatgacaaaagttgggtccatagttaaatatgctcatgtcagatggcgagacacataaacatattgctaatatggattctgcaaaggaaagtgaaaataattgcaggaaaatatctccagaggcttctgaagacaacataaagcaattaagttgtaagtcaggtgcaaatgaaagc
gatgcaactaaggacgtgatggatgcatcgtcttttaaaagggagaggtacaagggaagtaatgaagcctcaagtgaattgtttcctgagcagaatgagaagcttgccagtaccctgctatcattaaagggaatggatggctctgcacccaaaattgagtcgtttccaaaggctcgtcgtgaccaattactagattctaa
tgtttcgtgggtagctactaattgcttagacccagaaatatgtaatgaaaaggctcttgatgttaatgaattgcatcatattgagttggaagtactagccaaattgaaaaagaacatagatgcaaatggtggatctataggagatggctggaaagtacaagctacaaagggaaacaaatgtatttataaggtttaccttt
ctctagaggggaaaagattcaagtcaatgaaagaagttcaaaggtctcttggaattcttcctaatcctaagaggaactactggtaatgaagaggacctagataatgcagaagcaaaagtggacaatgcgaatgcccctcaatctcatcaagtaaatggaaatttaggcggcgatcaaatttccaagggaagtgcaagcat
ggtgaaagaatcaagaaagtggcatggactttcaacccctctagttatacaacatgaactgaaacaggcagagctatgcattttaagacaatgttgaaactataactatgttgcaagtgaaggttatttcataatctatattcaatcaagtcaaatgtagtttttgctttgcagatatcatcaccttagacctgaatgat
ttataattatttttgaaaatttgaataatttaatgcatgtttccttattgagaatacaatcttatgccggtcatttcctgtcactaggattcttctattgatggattctttactggtaaatcacttaagacttccactgttacaagtaaaaattgctttttaacatagcatagctgagcagaacttcatattcctctata
aatattttgcctgatcttaattatgcttttacgtcatccttttttttggcattttccagagtttgtttttctagcctttaaggagttcgaagcaaaaagctatatgtttgatttataaacaacaacaagcagcaggaacagaagggcttcttgcgggatcacttgtagaaaggaaatgtatcttaactgtattgggacca
agatatttgaacagaatctaggaaatggatgtgaacattttttattgttggggataattaatatgaggcactactgtaaactcagttactaatggacatagcacttgcacaaattttagtgcatctatataatgcagattatgttatcataattatataaagatgaatgtgtgatgtaatgtttctctcttggcagGAGG
TTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAATTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGAGGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTG
AACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCAAAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGTCATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTAT
ATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

Intron 4 GTGGGTTAGC ... CTGTCACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.76	15	72	31.5
A2	69.88	25	58	18.5
A3	76.56	15	49	14
A4	85	9	51	24
A5	88	3	22	18.5
A6	62.5	39	65	16
A7	61.46	79	126	23.5
A8	54.6	74	89	42.5
A9	60.19	86	130	40
A10	69.6	69	158	18

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i19 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGATATATTAAACTACACGAACATCCTGCAACCAAGATTCTTCTATTGATGGATTCTTTACTGAGTTTGTTTTTCTAGCCTTTAAGGAGTTCGAAGCAAAAAGCTATATGTTTGATTTATAAACAACAACAAGCAGCAGGAACAGAAGGGCTTCTTGCGGGATCACT
TGTAGAAAGGAAATGTATCTTAACTGTATTGGGACCAAGATATTTGAACAGAATCTAGGAAATGGATGTGAACATTTTTTATTGTTGGGGATAATTAATATGAGGCACTACTGTAAACTCAGTTACTAATGGACATAGCACTTGCACAAATTTTAGTGCATCTATATAATGCAGATTATGTTATCATAATTATATAAAGA
TGAATGTGTGATGTAATGTTTCTCTCTTGGCAGG

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGATATATTAAACTACACGAACATCCTGCAACCAAgtgggttagctgcactatttgattctggtataataaatttaaagtatttctgtggtttcaaggagttctacattcatgtgttaaacatcatatgttagtcagggtacagggatataccaaaagggtaatcct
ttttaaggttagacatccttctagcaacaatctgtgttgtatccctgaacatgtttgtggcaactgcacaatattcattgtggtcaaagatagccttctgaagtgtgcacaataggcagctaatatattcgaagaatctgaaaaaatgccagtggacagggaattgcgatctagtaagaggtagagatttgaacagatag
ggactattgatgtttctattgtaaagtctgatttgtcagaacaggtttttaattgtaaatgacaaaagttgggtccatagttaaatatgctcatgtcagatggcgagacacataaacatattgctaatatggattctgcaaaggaaagtgaaaataattgcaggaaaatatctccagaggcttctgaagacaacataaag
caattaagttgtaagtcaggtgcaaatgaaagcgatgcaactaaggacgtgatggatgcatcgtcttttaaaagggagaggtacaagggaagtaatgaagcctcaagtgaattgtttcctgagcagaatgagaagcttgccagtaccctgctatcattaaagggaatggatggctctgcacccaaaattgagtcgtttcc
aaaggctcgtcgtgaccaattactagattctaatgtttcgtgggtagctactaattgcttagacccagaaatatgtaatgaaaaggctcttgatgttaatgaattgcatcatattgagttggaagtactagccaaattgaaaaagaacatagatgcaaatggtggaaagtacaagctacaaagggaaacaaatgtattta
taaggtttacctttctctagaggggaaaagattcaagtcaatgaaagaagttcaaaggtctcttggaattcttcctaatcctaagaggaactactggtaatgaagaggacctagataatgcagaagcaaaagtggacaatgcgaatgcccctcaatctcatcaagtaaatggaaatttaggcggcgatcaaatttccaag
ggaagtgcaagcatggtgaaagaatcaagaaagtggcatggactttcaacccctctagttatacaacatgaactgaaacaggcagagctatgcattttaagacaatgttgaaactataactatgttgcaagtgaaggttatttcataatctatattcaatcaagtcaaatgtagtttttgctttgcagatatcatcacct
tagacctgaatgatttataattatttttgaaaatttgaataatttaatgcatgtttccttattgagaatacaatcttatgccggtcatttcctgtcactagGATTCTTCTATTGATGGATTCTTTACTGGTAAATCACTTAAGACTTCCACTGTTACAAGTAAAAATTGCTTTTTAACATAGCATAGCTGAGCAGAACTT
CATATTCCTCTATAAATATTTTGCCTGATCTTAATTATGCTTTTACGTCATCCTTTTTTTTGGCATTTTCCAGAGTTTGTTTTTCTAGCCTTTAAGGAGTTCGAAGCAAAAAGCTATATGTTTGATTTATAAACAACAACAAGCAGCAGGAACAGAAGGGCTTCTTGCGGGATCACTTGTAGAAAGGAAATGTATCTTAA
CTGTATTGGGACCAAGATATTTGAACAGAATCTAGGAAATGGATGTGAACATTTTTTATTGTTGGGGATAATTAATATGAGGCACTACTGTAAACTCAGTTACTAATGGACATAGCACTTGCACAAATTTTAGTGCATCTATATAATGCAGATTATGTTATCATAATTATATAAAGATGAATGTGTGATGTAATGTTTCT
CTCTTGGCAGGAGGTTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAATTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGAGGATGGTACCTAGGGTATATTGTTC
AACAACTTTCTGTGAACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCAAAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGTCATAATTTCATCTATCCTAACTCGT
ATATATCTAATTATATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

Intron 5 GTAAATCACT ... CATTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.36	25.4	41	37
A2	59.58	19	29	27
A3	54.35	19.8	20	27
A4	66.06	17	33	31
A5	76.01	6	26	8
A6	24.68	50.4	5	28
A7	26.4	78.4	7	48
A8	30.77	95.4	26	58
A9	27.4	104.8	19	60
A10	31.48	45.8	11	31

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGGTGGGTTAGCTGCACTATTTGATTCTGGTATAATAAATTTAAAGTATTTCTGTGGTTTCAAGGAGTTCTACATTCATGTGTTAAACATCATATGTTAGTCAGGGTACAGGGATATACCAAAAGGGTAATCCTTTTTAAGGTTAGACATCCTTCTAGCAACAATCT
GTGTTGTATCCCTGAACATGTTTGTGGCAACTGCACAATATTCATTGTGGTCAAAGATAGCCTTCTGAAGTGTGCACAATAGGCAGCTAATATATTCGAAGAATCTGAAAAAATGCCAGTGGACAGGGAATTGCGATCTAGTAAGAGGTAGAGATTTGAACAGATAGGGACTATTGATGTTTCTATTGTAAAGTCTGATT
TGTCAGAACAGGTTTTTAATTGTAAATGACAAAAGTTGGGTCCATAGTTAAATATGCTCATGTCAGATGGCGAGACACATAAACATATTGCTAATATGGATTCTGCAAAGGAAAGTGAAAATAATTGCAGGAAAATATCTCCAGAGGCTTCTGAAGACAACATAAAGCAATTAAGTTGTAAGTCAGGTGCAAATGAAAGC
GATGCAACTAAGGACGTGATGGATGCATCGTCTTTTAAAAGGGAGAGGTACAAGGGAAGTAATGAAGCCTCAAGTGAATTGTTTCCTGAGCAGAATGAGAAGCTTGCCAGTACCCTGCTATCATTAAAGGGAATGGATGGCTCTGCACCCAAAATTGAGTCGTTTCCAAAGGCTCGTCGTGACCAATTACTAGATTCTAA
TGTTTCGTGGGTAGCTACTAATTGCTTAGACCCAGAAATATGTAATGAAAAGGCTCTTGATGTTAATGAATTGCATCATATTGAGTTGGAAGTACTAGCCAAATTGAAAAAGAACATAGATGCAAATGGTGGATCTATAGGAGATGGCTGGAAAGTACAAGCTACAAAGGGAAACAAATGTATTTATAAGGTTTACCTTT
CTCTAGAGGGGAAAAGATTCAAGTCAATGAAAGAAGTTCAAAGGTCTCTTGGAATTCTTCCTAATCCTAAGAGGAACTACTGGTAATGAAGAGGACCTAGATAATGCAGAAGCAAAAGTGGACAATGCGAATGCCCCTCAATCTCATCAAGTAAATGGAAATTTAGGCGGCGATCAAATTTCCAAGGGAAGTGCAAGCAT
GGTGAAAGAATCAAGAAAGTGGCATGGACTTTCAACCCCTCTAGTTATACAACATGAACTGAAACAGGCAGAGCTATGCATTTTAAGACAATGTTGAAATATAACTATGTTGCAAGTGAAGGATTCTTCTATTGATGGATTCTTTACTGAGTTTGTTTTTCTAGCCTTTAAGGAGTTCGAAGCAAAAAGCTATATGTTTG
ATTTATAAACAACAACAAGCAGCAGGAACAGAAGGGCTTCTTGCGGGATCACTTGTAGAAAGGAAATGTATCTTAACTGTATTGGGACCAAGATATTTGAACAGAATCTAGGAAATGGATGTGAACATTTTTTATTGTTGGGGATAATTAATATGAGGCACTACTGTAAACTCAGTTACTAATGGACATAGCACTTGCAC
AAATTTTAGTGCATCTATATAATGCAGATTATGTTATCATAATTATATAAAGATGAATGTGTGATGTAATGTTTCTCTCTTGGCAGGAGGTTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAA
TTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGAGGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTGAACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCA
AAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGTCATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTATATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGGTGGGTTAGCTGCACTATTTGATTCTGGTATAATAAATTTAAAGTATTTCTGTGGTTTCAAGGAGTTCTACATTCATGTGTTAAACATCATATGTTAGTCAGGGTACAGGGATATACCAAAAGGGTAATCCTTTTTAAGGTTAGACATCCTTCTAGCAACAATCT
GTGTTGTATCCCTGAACATGTTTGTGGCAACTGCACAATATTCATTGTGGTCAAAGATAGCCTTCTGAAGTGTGCACAATAGGCAGCTAATATATTCGAAGAATCTGAAAAAATGCCAGTGGACAGGGAATTGCGATCTAGTAAGAGGTAGAGATTTGAACAGATAGGGACTATTGATGTTTCTATTGTAAAGTCTGATT
TGTCAGAACAGGTTTTTAATTGTAAATGACAAAAGTTGGGTCCATAGTTAAATATGCTCATGTCAGATGGCGAGACACATAAACATATTGCTAATATGGATTCTGCAAAGGAAAGTGAAAATAATTGCAGGAAAATATCTCCAGAGGCTTCTGAAGACAACATAAAGCAATTAAGTTGTAAGTCAGGTGCAAATGAAAGC
GATGCAACTAAGGACGTGATGGATGCATCGTCTTTTAAAAGGGAGAGGTACAAGGGAAGTAATGAAGCCTCAAGTGAATTGTTTCCTGAGCAGAATGAGAAGCTTGCCAGTACCCTGCTATCATTAAAGGGAATGGATGGCTCTGCACCCAAAATTGAGTCGTTTCCAAAGGCTCGTCGTGACCAATTACTAGATTCTAA
TGTTTCGTGGGTAGCTACTAATTGCTTAGACCCAGAAATATGTAATGAAAAGGCTCTTGATGTTAATGAATTGCATCATATTGAGTTGGAAGTACTAGCCAAATTGAAAAAGAACATAGATGCAAATGGTGGATCTATAGGAGATGGCTGGAAAGTACAAGCTACAAAGGGAAACAAATGTATTTATAAGGTTTACCTTT
CTCTAGAGGGGAAAAGATTCAAGTCAATGAAAGAAGTTCAAAGGTCTCTTGGAATTCTTCCTAATCCTAAGAGGAACTACTGGTAATGAAGAGGACCTAGATAATGCAGAAGCAAAAGTGGACAATGCGAATGCCCCTCAATCTCATCAAGTAAATGGAAATTTAGGCGGCGATCAAATTTCCAAGGGAAGTGCAAGCAT
GGTGAAAGAATCAAGAAAGTGGCATGGACTTTCAACCCCTCTAGTTATACAACATGAACTGAAACAGGCAGAGCTATGCATTTTAAGACAATGTTGAAACTATAACTATGTTGCAAGTGAAGGTTATTTCATAATCTATATTCAATCAAGTCAAATGTAGTTTTTGCTTTGCAGATATCATCACCTTAGACCTGAATGAT
TTATAATTATTTTTGAAAATTTGAATAATTTAATGCATGTTTCCTTATTGAGAATACAATCTTATGCCGGTCATTTCCTGTCACTAGGATTCTTCTATTGATGGATTCTTTACTGgtaaatcacttaagacttccactgttacaagtaaaaattgctttttaacatagcatagctgagcagaacttcatattcctctata
aatattttgcctgatcttaattatgcttttacgtcatccttttttttggcattttccagAGTTTGTTTTTCTAGCCTTTAAGGAGTTCGAAGCAAAAAGCTATATGTTTGATTTATAAACAACAACAAGCAGCAGGAACAGAAGGGCTTCTTGCGGGATCACTTGTAGAAAGGAAATGTATCTTAACTGTATTGGGACCA
AGATATTTGAACAGAATCTAGGAAATGGATGTGAACATTTTTTATTGTTGGGGATAATTAATATGAGGCACTACTGTAAACTCAGTTACTAATGGACATAGCACTTGCACAAATTTTAGTGCATCTATATAATGCAGATTATGTTATCATAATTATATAAAGATGAATGTGTGATGTAATGTTTCTCTCTTGGCAGGAGG
TTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAATTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGAGGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTG
AACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCAAAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGTCATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTAT
ATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

Intron 6 GTGGGTTAGC ... CTCTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.38	109	197	81
A2	56.96	102	135	45
A3	64.15	95	170	41
A4	61.44	91	145	26
A5	61.33	58	92	20
A6	54.88	194	236	37
A7	60.75	252	390	51
A8	58.81	222	317	78
A9	59.8	322	479	64
A10	65.33	285	537	19

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGGAGGTTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAATTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGA
GGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTGAACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCAAAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGT
CATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTATATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i20 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGgtgggttagctgcactatttgattctggtataataaatttaaagtatttctgtggtttcaaggagttctacattcatgtgttaaacatcatatgttagtcagggtacagggatataccaaaagggtaatcctttttaaggttagacatccttctagcaacaatct
gtgttgtatccctgaacatgtttgtggcaactgcacaatattcattgtggtcaaagatagccttctgaagtgtgcacaataggcagctaatatattcgaagaatctgaaaaaatgccagtggacagggaattgcgatctagtaagaggtagagatttgaacagatagggactattgatgtttctattgtaaagtctgatt
tgtcagaacaggtttttaattgtaaatgacaaaagttgggtccatagttaaatatgctcatgtcagatggcgagacacataaacatattgctaatatggattctgcaaaggaaagtgaaaataattgcaggaaaatatctccagaggcttctgaagacaacataaagcaattaagttgtaagtcaggtgcaaatgaaagc
gatgcaactaaggacgtgatggatgcatcgtcttttaaaagggagaggtacaagggaagtaatgaagcctcaagtgaattgtttcctgagcagaatgagaagcttgccagtaccctgctatcattaaagggaatggatggctctgcacccaaaattgagtcgtttccaaaggctcgtcgtgaccaattactagattctaa
tgtttcgtgggtagctactaattgcttagacccagaaatatgtaatgaaaaggctcttgatgttaatgaattgcatcatattgagttggaagtactagccaaattgaaaaagaacatagatgcaaatggtggatctataggagatggctggaaagtacaagctacaaagggaaacaaatgtatttataaggtttaccttt
ctctagaggggaaaagattcaagtcaatgaaagaagttcaaaggtctcttggaattcttcctaatcctaagaggaactactggtaatgaagaggacctagataatgcagaagcaaaagtggacaatgcgaatgcccctcaatctcatcaagtaaatggaaatttaggcggcgatcaaatttccaagggaagtgcaagcat
ggtgaaagaatcaagaaagtggcatggactttcaacccctctagttatacaacatgaactgaaacaggcagagctatgcattttaagacaatgttgaaactataactatgttgcaagtgaaggttatttcataatctatattcaatcaagtcaaatgtagtttttgctttgcagatatcatcaccttagacctgaatgat
ttataattatttttgaaaatttgaataatttaatgcatgtttccttattgagaatacaatcttatgccggtcatttcctgtcactaggattcttctattgatggattctttactgagtttgtttttctagcctttaaggagttcgaagcaaaaagctatatgtttgatttataaacaacaacaagcagcaggaacagaag
ggcttcttgcgggatcacttgtagaaaggaaatgtatcttaactgtattgggaccaagatatttgaacagaatctaggaaatggatgtgaacattttttattgttggggataattaatatgaggcactactgtaaactcagttactaatggacatagcacttgcacaaattttagtgcatctatataatgcagattatgt
tatcataattatataaagatgaatgtgtgatgtaatgtttctctcttggcagGAGGTTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAATTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAA
TATTCTTCTCATTCTGAGGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTGAACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCAAAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTT
TATTGACATAAGTCAGTCATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTATATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

Intron 7 GTTATTTCAT ... CTGTCACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.53	39	98	31.4
A2	69.04	31.9	71	18.6
A3	66.49	33.8	67	14.1
A4	74.03	14.1	40	24.4
A5	73.53	9	25	19.3
A6	70.48	133.2	318	12.3
A7	66.34	259.4	511	17.9
A8	67.52	486	1010.1	37
A9	69.63	289.2	663	33.3
A10	67.05	154.8	314.9	15.4

>TRINITY_DN44991_c1_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

CCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCTTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGCACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGATAT
ATTAAACTACACGAACATCCTGCAACCAAGTGGGTTAGCTGCACTATTTGATTCTGGTATAATAAATTTAAAGTATTTCTGTGGTTTCAAGGAGTTCTACATTCATGTGTTAAACATCATATGTTAGTCAGGGTACAGGGATATACCAAAAGGGTAATCCTTTTTAAGGTTAGACATCCTTCTAGCAACAATCTGTGTTG
TATCCCTGAACATGTTTGTGGCAACTGCACAATATTCATTGTGGTCAAAGATAGCCTTCTGAAGTGTGCACAATAGGCAGCTAATATATTCGAAGAATCTGAAAAAATGCCAGTGGACAGGGAATTGCGATCTAGTAAGAGGCAGAGATTTGAACAGATAGGGACTGTTGATGTTTCTATTGTAAAGTCTGATTTGTCAG
AACAGGTTTTTAATTGTAAATGACAAAAGTTGGGTCCATAGTTAAATATGCTCATGTCAGATGGCGAGACACATAAACATATTGCTAATATGGATTCTGCAAAGGAAAGTGAAAATAATTGCAGGAAAATATCTCCAGAGGCTTCTGAAGACAACATAAAGCAATTAAGTTGTAAGTCAGGTGCAAATGAAAGCGATGCA
ACTAAGGACGTGATGGATGCATCGTCTTTTAAAAGGGAGAGGTACAAGGGAAGTAATGAAGCCTCAAGTGAATTGTTTCCTGAGCAGAATGAGAAGCTTGCCAGTACCCTGCTATCATTAAAGGGAATGGATGGCTCTGCACCCAAAATTGAGTCGTTTCCAAAGGCTCGTCGTGACCAATTACTAGATTCTAATGTTTC
GTGGGTAGCTACTAATTGCTTAGACCCAGAAATATGTAATGAAAAGGCTCTTGATGTTAATGAATTGCATCATATTGAGTTGGAAGTACTAGCCAAATTGAAAAAGAACATAGATGCAAATGGTGGATCTATAGGAGATGGCTGGAAAGTACAAGCTACAAAGGGAATCAAATGTATTTATAAGGTTTACCTTTCTCTAG
AGGGGAAAAGATTCAAGTCAATGAAAGAAGTTCAAAGGTCTCTTGGAATTCTTCCTAATCCTAAGAGGAACTACTGGTAATGAAGAGGACCTAGATAATGCAGAAGCAAAAGTGGACAATGCGAATGCCCCTCAATCTCATCAAGTAAATGGAAATTTAGGCGGCGATCAAATTTCCAAGGGAAGTGCAAGCATGGTGAA
AGAATCAAGAAAGTGGCATGGACTTTCAACCCCTCTAGTTATACAACATGAACTGAAACAGGCAGAGCTATGCATTTTAAGACAATGTTGAAACTATAACTATGTTGCAAGTGAAGGATTCTTCTATTGATGGATTCTTTACTGAGTTTGTTTTTCTAGCCTTTAAGGAGTTCGAAGCAAAAAGCTATATGTTTGATTTA
TAAACAACAACAAGCAGCAGG

>TRINITY_DN44991_c1_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCTTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGCACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGGTGG
GTTAGCTGCACTATTTGATTCTGGTATAATAAATTTAAAGTATTTCTGTGGTTTCAAGGAGTTCTACATTCATGTGTTAAACATCATATGTTAGTCAGGGTACAGGGATATACCAAAAGGGTAATCCTTTTTAAGGTTAGACATCCTTCTAGCAACAATCTGTGTTGTATCCCTGAACATGTTTGTGGCAACTGCACAAT
ATTCATTGTGGTCAAAGATAGCCTTCTGAAGTGTGCACAATAGGCAGCTAATATATTCGAAGAATCTGAAAAAATGCCAGTGGACAGGGAATTGCGATCTAGTAAGAGGCAGAGATTTGAACAGATAGGGACTGTTGATGTTTCTATTGTAAAGTCTGATTTGTCAGAACAGGTTTTTAATTGTAAATGACAAAAGTTGG
GTCCATAGTTAAATATGCTCATGTCAGATGGCGAGACACATAAACATATTGCTAATATGGATTCTGCAAAGGAAAGTGAAAATAATTGCAGGAAAATATCTCCAGAGGCTTCTGAAGACAACATAAAGCAATTAAGTTGTAAGTCAGGTGCAAATGAAAGCGATGCAACTAAGGACGTGATGGATGCATCGTCTTTTAAA
AGGGAGAGGTACAAGGGAAGTAATGAAGCCTCAAGTGAATTGTTTCCTGAGCAGAATGAGAAGCTTGCCAGTACCCTGCTATCATTAAAGGGAATGGATGGCTCTGCACCCAAAATTGAGTCGTTTCCAAAGGCTCGTCGTGACCAATTACTAGATTCTAATGTTTCGTGGGTAGCTACTAATTGCTTAGACCCAGAAAT
ATGTAATGAAAAGGCTCTTGATGTTAATGAATTGCATCATATTGAGTTGGAAGTACTAGCCAAATTGAAAAAGAACATAGATGCAAATGGTGGATCTATAGGAGATGGCTGGAAAGTACAAGCTACAAAGGGAATCAAATGTATTTATAAGGTTTACCTTTCTCTAGAGGGGAAAAGATTCAAGTCAATGAAAGAAGTTC
AAAGGTCTCTTGGAATTCTTCCTAATCCTAAGAGGAACTACTGGTAATGAAGAGGACCTAGATAATGCAGAAGCAAAAGTGGACAATGCGAATGCCCCTCAATCTCATCAAGTAAATGGAAATTTAGGCGGCGATCAAATTTCCAAGGGAAGTGCAAGCATGGTGAAAGAATCAAGAAAGTGGCATGGACTTTCAACCCC
TCTAGTTATACAACATGAACTGAAACAGGCAGAGCTATGCATTTTAAGACAATGTTGAAACTATAACTATGTTGCAAGTGAAGgttatttcataatctatattcaatcaagtcaaatgtagtttttgctttgcagatatcatcaccttagacctgaatgatttataattatttttgaaaatttgaataatttaatgcatg
tttccttattgagaatacaatcttatgccggtcatttcctgtcactagGATTCTTCTATTGATGGATTCTTTACTGGTAAATCACTTAAGACTTCCACTGTTACAAGTAAAAATTGCTTTTTAACATAGCATAGCTGAGCAGAACTTCATATTCCTCTATAAATATTTTGCCTGATCTTAATTATGCTTTTACGCCATCC

Intron 8 GTGGGTTAGC ... CATTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.15	120	197	37
A2	55.79	107	135	27
A3	60.93	109	170	27
A4	59.67	98	145	31
A5	59.74	62	92	8
A6	47.39	262	236	28
A7	55.24	316	390	48
A8	51.21	302	317	58
A9	54.37	402	479	60
A10	61.87	331	537	31

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i17 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGAGTTTGTTTTTCTAGCCTTTAAGGAGTTCGAAGCAAAAAGCTATATGTTTGATTTATAAACAACAACAAGCAGCAGGAACAGAAGGGCTTCTTGCGGGATCACTTGTAGAAAGGAAATGTATCTTAACTGTATTGGGACCAAGATATTTGAACAGAATCTAGGAA
ATGGATGTGAACATTTTTTATTGTTGGGGATAATTAATATGAGGCACTACTGTAAACTCAGTTACTAATGGACATAGCACTTGCACAAATTTTAGTGCATCTATATAATGCAGATTATGTTATCATAATTATATAAAGATGAATGTGTGATGTAATGTTTCTCTCTTGGCAGGAGGTTGCTTACTAGGGCCTGAATTACT
GCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAATTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGAGGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTGAACTTATGATATTTTATTCTTATA
TCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCAAAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGTCATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTATATGCTGCATACTTTATGAATGTAT
AGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC

>TRINITY_DN44788_c1_g2_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTTTGTGGACTTTAACATGGTTCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCCCCGCTGGCTTCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAAATCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCTGCTCGCGCATTCTTTTCCCAATTTCCAGGTTCTTGCGCTTACCAGTTGCGACGGCTTAAGC
ACGGACGGGCTCCCTACCATTTCCGCGCACTGCAGgtgggttagctgcactatttgattctggtataataaatttaaagtatttctgtggtttcaaggagttctacattcatgtgttaaacatcatatgttagtcagggtacagggatataccaaaagggtaatcctttttaaggttagacatccttctagcaacaatct
gtgttgtatccctgaacatgtttgtggcaactgcacaatattcattgtggtcaaagatagccttctgaagtgtgcacaataggcagctaatatattcgaagaatctgaaaaaatgccagtggacagggaattgcgatctagtaagaggtagagatttgaacagatagggactattgatgtttctattgtaaagtctgatt
tgtcagaacaggtttttaattgtaaatgacaaaagttgggtccatagttaaatatgctcatgtcagatggcgagacacataaacatattgctaatatggattctgcaaaggaaagtgaaaataattgcaggaaaatatctccagaggcttctgaagacaacataaagcaattaagttgtaagtcaggtgcaaatgaaagc
gatgcaactaaggacgtgatggatgcatcgtcttttaaaagggagaggtacaagggaagtaatgaagcctcaagtgaattgtttcctgagcagaatgagaagcttgccagtaccctgctatcattaaagggaatggatggctctgcacccaaaattgagtcgtttccaaaggctcgtcgtgaccaattactagattctaa
tgtttcgtgggtagctactaattgcttagacccagaaatatgtaatgaaaaggctcttgatgttaatgaattgcatcatattgagttggaagtactagccaaattgaaaaagaacatagatgcaaatggtggatctataggagatggctggaaagtacaagctacaaagggaaacaaatgtatttataaggtttaccttt
ctctagaggggaaaagattcaagtcaatgaaagaagttcaaaggtctcttggaattcttcctaatcctaagaggaactactggtaatgaagaggacctagataatgcagaagcaaaagtggacaatgcgaatgcccctcaatctcatcaagtaaatggaaatttaggcggcgatcaaatttccaagggaagtgcaagcat
ggtgaaagaatcaagaaagtggcatggactttcaacccctctagttatacaacatgaactgaaacaggcagagctatgcattttaagacaatgttgaaactataactatgttgcaagtgaaggttatttcataatctatattcaatcaagtcaaatgtagtttttgctttgcagatatcatcaccttagacctgaatgat
ttataattatttttgaaaatttgaataatttaatgcatgtttccttattgagaatacaatcttatgccggtcatttcctgtcactaggattcttctattgatggattctttactggtaaatcacttaagacttccactgttacaagtaaaaattgctttttaacatagcatagctgagcagaacttcatattcctctata
aatattttgcctgatcttaattatgcttttacgtcatccttttttttggcattttccagAGTTTGTTTTTCTAGCCTTTAAGGAGTTCGAAGCAAAAAGCTATATGTTTGATTTATAAACAACAACAAGCAGCAGGAACAGAAGGGCTTCTTGCGGGATCACTTGTAGAAAGGAAATGTATCTTAACTGTATTGGGACCA
AGATATTTGAACAGAATCTAGGAAATGGATGTGAACATTTTTTATTGTTGGGGATAATTAATATGAGGCACTACTGTAAACTCAGTTACTAATGGACATAGCACTTGCACAAATTTTAGTGCATCTATATAATGCAGATTATGTTATCATAATTATATAAAGATGAATGTGTGATGTAATGTTTCTCTCTTGGCAGGAGG
TTGCTTACTAGGGCCTGAATTACTGCTGATATGGAATTTGCTTATTTACAGTGTGAACATTGAGTGCAATAAAAGATTTCCTGGGGACCCACTTGTGTTATCAATAACAATTGAAAAAGTGGTTTTTAACTTTTTAATAAATAATATTCTTCTCATTCTGAGGATGGTACCTAGGGTATATTGTTCAACAACTTTCTGTG
AACTTATGATATTTTATTCTTATATCTGTGATTTTGGGTAGCATCCTGCTCCACAAGCTCACCTAGCAAAAAGCCCTCTTGCATCATGATAACTAGAATGTAGGTTTTCAAAGTTGTATGCATCTGATAAGCTTATTCATGCTTTATTGACATAAGTCAGTCATAATTTCATCTATCCTAACTCGTATATATCTAATTAT
ATGCTGCATACTTTATGAATGTATAGTGGCATTGTCCTTCTAATTTGGCTTTTTCTGAATTGTGTCAGAGCTTTGGGGCTCCACAACCATCGTAGC