NA ----> NA
Intron 1 GTGAAGGTGC ... GCCCTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.55 | 217 | 173 | 205 |
| A2 | 48.31 | 168 | 143 | 171 |
| A3 | 46.81 | 171 | 142 | 159 |
| A4 | 46.64 | 151 | 109 | 155 |
| A5 | 46.5 | 84 | 74 | 72 |
| A6 | 46.73 | 289 | 229 | 278 |
| A7 | 47.51 | 396 | 331 | 386 |
| A8 | 47.13 | 286 | 238 | 272 |
| A9 | 47.38 | 397 | 334 | 381 |
| A10 | 48.15 | 357 | 319 | 344 |
>TRINITY_DN122814_c4_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGCTACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATTCGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGCACAGTTTCCGATGCTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAG
CTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGGCAATAACAACAATCTCTACA
ACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCC
AGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAAT
GGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATG
GTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCTTTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTA
AAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGG
>TRINITY_DN122814_c4_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGTAAGCTTTCAACAGTGCAACCCGTATAAATCTGGATGCTACTTTCTTTATTAATCCTCGCTTGTCCTTCAGCAGGGACTATAAAGATGGATACTTATTTATACTATTTTTAATTTGGTCTTCCAGCACAGTTTCCGATGCTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTG
AACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGGCAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAA
AGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACAC
AGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGgtgaaggtgcttgccctgacagACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGG
AAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAG
GGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCTTTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTT
TCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGAATT
TCTCAAGGTAGCTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAG
AAAGAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAG
ACATAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGA
AGAAGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAAC
Intron 2 GTAAGCTTTC ... GGTCTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.58 | 117 | 4.8 | 54 |
| A2 | 33.5 | 131 | 6.6 | 66 |
| A3 | 33.67 | 197 | 8.4 | 100 |
| A4 | 31.79 | 103 | 3 | 48 |
| A5 | 35.77 | 79 | 9.3 | 44 |
| A6 | 38.02 | 207 | 3.9 | 127 |
| A7 | 30.2 | 409 | 18.5 | 177 |
| A8 | 35.36 | 117 | 2.8 | 64 |
| A9 | 34.64 | 366 | 9.3 | 194 |
| A10 | 32.75 | 308 | 16.3 | 150 |
>TRINITY_DN113422_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCGATTGAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGATACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATTCGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGCACAGTTTCCGATG
CTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAA
CTAGGCAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGG
ATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCTGACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGG
ATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTT
GAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCTTTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGA
TATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGT
GGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGAATTTCTCAAGGTAGCTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACAC
TCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAAGAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCG
TCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACATAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTG
ATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGAAGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACAT
ATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAATATTTAGCTTTGAAAAGCTATAGACCCACTTCATGCAGCGAGATAGTTAACATTTTCTTTTGAATCTGTGACATTGCACAATGCTCTGTTATGCTTTTGTTAAGTCATAA
>TRINITY_DN113422_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGATTGAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGATACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATTCGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGgtaagctttcaaca
gtgcaacccgtataaatctggatgctactttctttattaatcctcgcttgtccttcagcagggactataaagatggatacttatttatactatttttaatttggtcttccagCACAGTTTCCGATGCTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCT
GCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGGCAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGA
AGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGAT
GGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCTGACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGT
CCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGG
CTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCTTTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAAT
CTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGAATTTCTCAAGGTAGCTCA
GCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAAGAGTAACTGTTG
AAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACATAATTTTAATGC
ATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGAAGATTGCTGAAA
ACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAATATTTAGCTTTG
AAAAGCTATAGACCCACTTCATGCAGCGAGATAGTTAACATTTTCTTTTGAATCTGTGACATTGCACAATGCTCTGTTATGCTTTTGTTAAGTCATAA
Intron 3 GTGCAGATTA ... TATGAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.36 | 217.3 | 32 | 35 |
| A2 | 14.93 | 188 | 37 | 29 |
| A3 | 13.82 | 159 | 34 | 17 |
| A4 | 12.68 | 148 | 12 | 31 |
| A5 | 14.84 | 66 | 17 | 6 |
| A6 | 14.48 | 529 | 90.1 | 89 |
| A7 | 13.67 | 679.3 | 113 | 102 |
| A8 | 14.55 | 517 | 78 | 98 |
| A9 | 14.53 | 600 | 109 | 95 |
| A10 | 12.75 | 472 | 70 | 68 |
>TRINITY_DN32824_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformTGAATGTGAAAAGGTTTTTTTATAAAATCTCTTTTTCCCGAAGCTTTTGCCAACAAGGCGGCGATTGAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGCTACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATT
CGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGCACAGTTTCCGATGCTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATT
TCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGGCAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAA
TACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCT
GACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAG
CCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATAT
GATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGTAAGGT
CTTTCAGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGAATTTCTCAAGGTAGCTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGA
GACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAAGAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGG
GGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACATAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTAT
TTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGAAGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGA
CCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAATATTTAGCTTTGAAAAGCTATAGACCCACTTCATGCAGCGAGATAGTTAACATTTTCTTTTGA
ATCTGTGACATTGCACAATGCTCTGTTATGCTTTTGTTAAGTCATAATAAAGTTTACTGAAATAAACTGAAATATGCCCATTCAAAGCAGTTAGCTCCTGACCTATTTAATAAAATTTCTGAGAACATGTTCTCCTTTATTTATGTAGGTTTGCCTTAATT
>TRINITY_DN32824_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:TGAATGTGAAAAGGTTTTTTTATAAAATCTCTTTTTCCCGAAGCTTTTGCCAACAAGGCGGCGATTGAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGCTACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATT
CGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGCACAGTTTCCGATGCTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATT
TCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGGCAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAA
TACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCT
GACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAG
CCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATAT
GATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGTAAGGT
CTTTCAGgtgcagattatttgactgctatgattctttgtttaggagtgagcttgataaagttcgctgcattttcttgtctcagtagctttaatttgatctaatcaaagttaaaaaaccctttctcctataggctagtagttgcacctatgagtactacatcatcagatcagctttactgtttggtttgaacttatttttg
tctctacctttcagtctttttgtccttgctattttcttactctggtatattgtatgaaatagGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGAATTTCTCAAGGTAG
CTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAAGAGTAACT
GTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACATAATTTTA
ATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGAAGATTGCT
GAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAATATTTAGC
TTTGAAAAGCTATAGACCCACTTCATGCAGCGAGATAGTTAACATTTTCTTTTGAATCTGTGACATTGCACAATGCTCTGTTATGCTTTTGTTAAGTCATAATAAAGTTTACTGAAATAAACTGAAATATGCCCATTCAAAGCAGTTAGCTCCTGACCTATTTAATAAAATTTCTGAGAACATGTTCTCCTTTATTTATG
TAGGTTTGCCTTAATT
Intron 4 GTAAGGTCTT ... TATGAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.07 | 251.7 | 76 | 35 |
| A2 | 18.66 | 213.6 | 69 | 29 |
| A3 | 17.05 | 175.2 | 55 | 17 |
| A4 | 16.33 | 161.5 | 32 | 31 |
| A5 | 17.02 | 75.6 | 25 | 6 |
| A6 | 18.1 | 572.5 | 164 | 89 |
| A7 | 16.69 | 749 | 198 | 102 |
| A8 | 16.48 | 551 | 119.3 | 98 |
| A9 | 17.76 | 664.5 | 192 | 95 |
| A10 | 15.74 | 514.1 | 124 | 68 |
>TRINITY_DN32824_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformTGAATGTGAAAAGGTTTTTTTATAAAATCTCTTTTTCCCGAAGCTTTTGCCAACAAGGCGGCGATTGAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGCTACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATT
CGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGGTAAGCTTTCAACAGTGCAACCCGTATAAATCTGGATGCTACTTTCTTTATTAATCCTCGCTTGTCCTTCAGCAGGGACTATAAAGATGGATACTTATTTATACTATTTTTAATTTGGTCTTCCAGCACAGTTTCCGATGCTCTAAACTCAAT
CTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGGCAATAACA
ACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTGCCCAAAAG
CTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCTGACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTC
CAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTT
AAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGG
AGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAA
CTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGAATTTCTCAAGGTAGCTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAG
GAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAAGAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAA
GCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACATAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGC
ATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGAAGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATC
CCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAATATTTAGCTTTGAAAAGCTATAGACCCACTTCATGCAGCGAGATAGTTAACATTTTCTTTTGAATCTGTGACATTGCACAATGCTCTGTTATGCTTTTGTTAAGTCATAATAAAGTTTACTGAAATAAACTGAAATATGCCCATTCAAAGC
AGTTAGCTCCTGACCTATTTAATAAAATTTCTGAGAACATGTTCTCCTTTATTTATGTAGGTTTGCCTTAATT
>TRINITY_DN32824_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:TGAATGTGAAAAGGTTTTTTTATAAAATCTCTTTTTCCCGAAGCTTTTGCCAACAAGGCGGCGATTGAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGCTACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATT
CGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGCACAGTTTCCGATGCTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATT
TCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGGCAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAA
TACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCT
GACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAG
CCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATAT
GATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGgtaaggt
ctttcaggtgcagattatttgactgctatgattctttgtttaggagtgagcttgataaagttcgctgcattttcttgtctcagtagctttaatttgatctaatcaaagttaaaaaaccctttctcctataggctagtagttgcacctatgagtactacatcatcagatcagctttactgtttggtttgaacttatttttg
tctctacctttcagtctttttgtccttgctattttcttactctggtatattgtatgaaatagGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGAATTTCTCAAGGTAG
CTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAAGAGTAACT
GTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACATAATTTTA
ATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGAAGATTGCT
GAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAATATTTAGC
TTTGAAAAGCTATAGACCCACTTCATGCAGCGAGATAGTTAACATTTTCTTTTGAATCTGTGACATTGCACAATGCTCTGTTATGCTTTTGTTAAGTCATAATAAAGTTTACTGAAATAAACTGAAATATGCCCATTCAAAGCAGTTAGCTCCTGACCTATTTAATAAAATTTCTGAGAACATGTTCTCCTTTATTTATG
TAGGTTTGCCTTAATT
Intron 5 GTAAGACAGA ... TTCTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.53 | 223 | 16 | 89 |
| A2 | 25 | 135 | 8.6 | 45 |
| A3 | 25.68 | 165 | 10.7 | 57 |
| A4 | 24.68 | 174 | 16.1 | 57 |
| A5 | 28.47 | 98 | 6.8 | 39 |
| A6 | 24.44 | 337 | 17.1 | 109 |
| A7 | 25.36 | 518 | 26.2 | 176 |
| A8 | 26.24 | 298 | 15.6 | 106 |
| A9 | 20.91 | 469 | 24.9 | 124 |
| A10 | 25.57 | 390 | 17.8 | 134 |
>TRINITY_DN103319_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformGCAGGTAAGCTTTCAACAGTGCAACCCGTATAAATCTGGATGCTACTTTCTTTATTAATCCTCGCTTGTCCTTCAGCAGGGACTATAAAGATGGATACTTATTTATACTATTTTTAATTTGGTCTTCCAGCACAGTTTCCGATGCTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACT
TTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGGCAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAA
AAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCA
CACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCTGACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTC
TGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTC
CAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCT
GTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGA
ATTTCTCAAGGTAGCTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAG
AAGAAAGAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGT
CAGACATAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCC
AGAAGAAGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATG
AAGAAATATTTAGCTTTGAAAAGCTATAGACCCAC
>TRINITY_DN103319_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:TCAGTGCAATGTTTACACCAATgtaagacagacttttttttcccattattttcttctagcagtgtgtatttctttgctaaacctttaggtttctccaagacttattatgccaaaattgaagaagtgttttccagaatccatctctattgatgcccataggggtagcctggtagagcctgctcattcgtcagcacacagcg
gtaagctaataggcctttattgtcttcttcttgcaagagaggacaatttggagcatgctgcaggtcacctggaccatatccctgtaacaccgacagactaagccatggagagaatgcactaagtctcaccagctacaaaggaaaaataatatttgtttcatattggcagaaaactaaaatttaaatgcttgtgactaatg
agcagggtcactctgagcaatgaactctttttataggcacacaatttaaacagatgctggggctttattgaatgcctaaaactacatagtcatcatgcccaatcatctaggcatctgcatctgtgcttttactggcaagcgactgtctcttgaattcttattgtttgtctggtctattatatgaggatgaaaatggcaga
gagaaattgttttgtttacgcaaattacaattctcgattaaatcattaggtactggcaagtggttaaaacctaatctaggggcatggagatacattaaattcaaggtatgaagtctgagactgaggaacattgaattcaaaatgtctctaagttttatccaaaattttcatttcttaacagGGGTGATTCTGGAAAAGGA
GAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACT
GCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGTATGCAACATTTAATTCCTCGTAGATTTTGATGTTATATATGACACTTGCCTGTTGAAATTAAACTTCATAATGTGGAATTCAGTCTTTCTAAAAGTTGGATT
GAATGCCGTTGTCTTGCAGGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGG
Intron 6 GTATGCAACA ... TGTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.12 | 213 | 46.3 | 44 |
| A2 | 21.4 | 191 | 39.2 | 52 |
| A3 | 27.49 | 174.1 | 24.8 | 66 |
| A4 | 22.16 | 158.1 | 15.4 | 45 |
| A5 | 25.89 | 83 | 18.5 | 29 |
| A6 | 19.4 | 453.1 | 53.3 | 109 |
| A7 | 21.46 | 626 | 69.5 | 171 |
| A8 | 23.72 | 431 | 40.8 | 134 |
| A9 | 24.82 | 521.1 | 53.4 | 172 |
| A10 | 23.24 | 459.1 | 54.4 | 139 |
>TRINITY_DN103319_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformGCAGGTAAGCTTTCAACAGTGCAACCCGTATAAATCTGGATGCTACTTTCTTTATTAATCCTCGCTTGTCCTTCAGCAGGGACTATAAAGATGGATACTTATTTATACTATTTTTAATTTGGTCTTCCAGCACAGTTTCCGATGCTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACT
TTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGGCAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAA
AAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCA
CACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCTGACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTC
TGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTC
CAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCT
GTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGA
ATTTCTCAAGGTAGCTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAG
AAGAAAGAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGT
CAGACATAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCC
AGAAGAAGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATG
AAGAAATATTTAGCTTTGAAAAGCTATAGACCCAC
>TRINITY_DN103319_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGCTACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATTCGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGCACAGTTTCCGATGCTCTA
AACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGG
CAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTG
CCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCTGACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCG
ATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAA
TGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACgtatgcaacatttaattcctcgtagattttgatgttatatatg
acacttgcctgttgaaattaaacttcataatgtggaattcagtctttctaaaagttggattgaatgccgttgtcttgcagGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGC
AGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGG
Intron 7 GTAAGACAGA ... TTCTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.17 | 223 | 61 | 89 |
| A2 | 24.58 | 135 | 43 | 45 |
| A3 | 24.49 | 165 | 50 | 57 |
| A4 | 24.68 | 174 | 57 | 57 |
| A5 | 24.32 | 98 | 24 | 39 |
| A6 | 23.15 | 337 | 94 | 109 |
| A7 | 23.6 | 518 | 144 | 176 |
| A8 | 24.37 | 298 | 86 | 106 |
| A9 | 21.77 | 469 | 137 | 124 |
| A10 | 22.23 | 390 | 89 | 134 |
>TRINITY_DN113422_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCGATTGAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGATACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATTCGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGCACAGTTTCCGATG
CTCTAAACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAA
CTAGGCAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGG
ATTTGCCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCTGACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGG
ATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTT
GAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCTTTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGA
TATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGT
GGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGAATTTCTCAAGGTAGCTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACAC
TCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAAGAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCG
TCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACATAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTG
ATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGAAGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACAT
ATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAATATTTAGCTTTGAAAAGCTATAGACCCACTTCATGCAGCGAGATAGTTAACATTTTCTTTTGAATCTGTGACATTGCACAATGCTCTGTTATGCTTTTGTTAAGTCATAA
>TRINITY_DN113422_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATAACATAGCTATGTTAAATGAACTCGCTAGCAAAATCTGTTTTCTGTAGGAAGAAGGCTTTGGATGACTTATAAATGTAATACAGCATGTACATAACAGGTGAAGGTGCTTGCCCTGACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCG
AAATCAGTGCAATGTTTACACCAATgtaagacagactttttttttcccattattttcttctagcagtgtgtatttctttgctaaacctttaggtttctccaagacttattatgccaaaattgaagaagtgttttccagaatccatctctattgatgcccataggggtagcctggtagagcctgctcattcgtcagcacac
agcggtaagctaataggcctttattgtcttcttcttgcaagagaggacaatttggagcatgctgcaggtcacctggaccatatccctgtaacaccgacagactaagccatggagagaatgcactaagtctcaccagctacaaaggaaaaataatatttgtttcatattggcagaaaactaaaatttaaatgcttgtgact
aatgagcagggtcactctgagcaatgaactctttttataggcacacaatttaaacagatgctggggctttattgaatgcctaaaactacatagtcatcatgcccaatcatctaggcatctgcatctgtgcttttactggcaagcgactgtctcttgaattcttattgtttgtctggtctattatatgaggatgaaaatgg
cagagagaaattgttttgtttacgcaaattacaattctcgattaaatcattaggtactggcaagtggttaaaacctaatctaggggcatggagatacattaaattcaaggtatgaagtctgagactgaggaacattgaattcaaaatgtctctaagttttatccaaaattttcatttcttaacagGGGTGATTCTGGAAA
AGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGA
GACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCTTTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCA
GTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAGTAAATATTCCAGATTCAGCAATGCATGAATTTCT
CAAGGTAGCTCAGCCTATTTGGCATGATGCTATTAAGAATATCCTACTTGGTTTTGCAGAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAA
GAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACA
TAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGA
AGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAA
TATTTAGCTTTGAAAAGCTATAGACCCACTTCATGCAGCGAGATAGTTAACATTTTCTTTTGAATCTGTGACATTGCACAATGCTCTGTTATGCTTTTGTTAAGTCATAA
Intron 8 GTAAATATTC ... GGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.79 | 64 | 135.3 | 111 |
| A2 | 63.19 | 54 | 104.4 | 81 |
| A3 | 71.58 | 55 | 133.1 | 144 |
| A4 | 65.66 | 49 | 102.4 | 85 |
| A5 | 66.9 | 22 | 38 | 51 |
| A6 | 68.67 | 214 | 420.1 | 518 |
| A7 | 70.51 | 256 | 549.6 | 675 |
| A8 | 70.63 | 241 | 494.6 | 665 |
| A9 | 70.02 | 241 | 484.4 | 641.4 |
| A10 | 71.05 | 159 | 344.4 | 436 |
>TRINITY_DN103319_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformGAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGCTACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATTCGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGCACAGTTTCCGATGCTCTA
AACTCAATCTAGGCCTGAAGCTCTTCACCTTTCCATCTGGGCGGTTTCACTTTGAACAAAATTAGGGCTGCAACACTTTAAAAAGGAATTTCAACAGATAACACGCTGGGTAATGTGGTACCCACAAACACATTTCAACAAATAATACACGCCCTGCTTTCATATGCAGCCCTGTTTCATGGTCATCCTCCTCAACTAGG
CAATAACAACAATCTCTACAACAATATCTAGGTTTGTCTGTGACCAATAAAAAAAGATGGTTAATGGGAAGAAGAAGAAAAGTGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGTGCGGCACAACATTCCATGGCAACCAAATACATCCAGGAATGGTTTTGTCTGGTCTCTGCATCGCCTTCGGATGTGGCCATCAATGAGGATTTG
CCCAAAAGCTTGAGATGCCCAGAGCGTCCTGTTATCTTTGAGTTGCATTCACACAGCACTTGCAGTGATGGGTTCCTCTCTCCTTCGGCTGTCGTGGACAGAGCCTACAGGAATGGGGTGAAGGTGCTTGCCCTGACAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCG
ATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCCAGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAA
TGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATATGATGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGC
CGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATGAATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAA
TGATGAAACTGATTTAGGAAAAAAGAGACCAAGGTCATTGGTTTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAAGAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACT
TTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGTTGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACATAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAA
TTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAACACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGAAGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAA
CTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCGTATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAATATTTAGCTTTGAAAAGCTATAGACCCAC
>TRINITY_DN103319_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAAAGGTTGCGTCAAAATATGGCCTACTGTGAATTACTTTAACGGCCTAAAGCTACTTGAACGGCCTAACAGCATTAAAATAATTAACACCACCGGCGTACCATGTATGAGATGTCGAAGCTTGTGGGGTTATTCGAAGGAAGTTGATAAGCATTCAAAGCCATTTTTGCCTCTGATGCAGGTGAAGGTGCTTGCCCTGA
CAGACCATGACACTATGGCAGGCATACCGGCTGCTTTGGAAGTTGCCAATAAGTATGGGATCCGATTAATTCCAGGTGTCGAAATCAGTGCAATGTTTACACCAATGGGTGATTCTGGAAAAGGAGAACCAGTCCACATACTAGCTTATTATGGTAGTTGTGGGCCTACAAATTTTGCAGAACTGGAAGAACGCTTAGCC
AGTATAAGAGAAGGGCGCTACCTAAGGGCTCAAAATATGTTACAGAAGCTTAAGGCTTTGAAAATGCCTCTTAAATTGGAGCATGTTGCACGCATAGCTGGAGATGGTGTAGCTCCAGGGAGACTGCATGTGGCTCGTGCAATGGTTGAAGCAAGATATGTAGATAATGTAAAGCAAGCATTCAGTAAATATCTATATGA
TGGAGGACCTGCTTATGCCACGGGTGCTGAGATTCTTGCTGTAGAGGCAATACAATTGATATGCCGGACAGGAGGAGTAGCTATCTTGGCTCATCCATGGGGATTAAAGAACCCTGTTTCAGTTGTAAGAAATCTTAAAGCAGCCGGCCTTCATGGAATTGAAGTCTACAGAAGTGATGGAAAAGCAGCTGGATTTCATG
AATTAGCTGATGCTTACCAGTTACTGAAGCTTGGAGGGTCTGATTTTCATGGAAGAGGTGGCAATGATGAAACTGATTTAGGAAAAgtaaatattccagattcagcaatgcatgaatttctcaaggtagctcagcctatttggcatgatgctattaagaatatcctacttggttttgcagAAGAGACCAAGGTCATTGGT
TTTGATTCCTTTGGCAAGTATAAATGCTTAAAAGGTGACATGCATCTGAGAAATAACACTCTGGGTGACAAGGAAGAGATTGTAGCTTTGCATCTATCTCCATGGTTGACCAAAGAAGAAAGAGTAACTGTTGAAGAGGAAGCCATCAAACTTAAACTTTCATACACCGTTATCAGCGATGAGGGGAAAGAGACGTTTGT
TGTTAGTAGATAACCTCCAGTGCTATTTTATGATAATTTTGTGTGCACTGCTGCATGCGTCCACTTCTTGAAGCCCTGATTCAGGGGTATAAGATGTTCGCTAATTTACAAATGTCAGACATAATTTTAATGCATAAAAATGTTCTGTTTTCATGGAATTCAGAGCTATCATCAGTAATGTTATTTTTTGTCTTGGAAAC
ACTAGATTATTATGGTCTGAGATCACCCAGTTCGAGTTGCTCGTTGCAACCAACACTTGATCCTTAACAAGCATTTGAAGTTCAAAGCCTAATAAAGCTCCTTTCGTTGCTTTCCAGAAGAAGATTGCTGAAAACCAATGAATATTACAATGCACAAACTAGATGTTACACTTGGTACTAGAGACCTTGTAATGGGGTCG
TATTCAATTTATGTCTATGGCAGTAAACTGATTTCTAACTGCTCTATGTACAGTAACATATATGATATAATCCCACATAATTGTATCTTGTAATATTCTAATAAATTATGTAATGAAGAAATATTTAGCTTTGAAAAGCTATAGACCCAC