NA ----> NA
Intron 1 GTGAGTCCAG ... TTTCTGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 89.8 | 23 | 257 | 148 |
| A2 | 86.45 | 21 | 153 | 115 |
| A3 | 79.76 | 34 | 178 | 90 |
| A4 | 73.21 | 30 | 113 | 51 |
| A5 | 86.13 | 12 | 94 | 55 |
| A6 | 17.14 | 29 | 6 | 6 |
| A7 | 15.64 | 89 | 7 | 26 |
| A8 | 18.75 | 52 | 2 | 22 |
| A9 | 9.27 | 93 | 0 | 19 |
| A10 | 11.72 | 64 | 6 | 11 |
>TRINITY_DN117357_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoformCAGACATTGCTAGGATTCTTCAACAGTACGGGGGCTGTGAGAGAATAATCCTCCTTTCAGCCGGATTCGCATTAAAATAAAACCGTTTGAACCCTGTTTCGAACACGACTTGCAAAAACAAATTTCGATTCAAAACCATTCGAAGTTCGCGGTGTCTAAGCGAATCGAAGGGGTTTTTGCTTGTTTTTTGGTTAAAAGGA
TTTATCCTGGTCGGAGGCTAGAGTATAAAAATGCAGAGTATCTGGCGGCTTACAGTGTTTCTTTGCTGCGTGTGGCTTGCGAGCCTTATTTATGGAGAAATGGTGGCATTTTGGATGCCTTACTGGAAATGCTCATGGCCTCCCCCTCAACAGAATTTGACAGGAGGGCCTCATCTGGAAAAAGTGTTCAAGGTTGCAGT
GATCGCTGATCCACAGTTTACAGACCGTACATCACATGGACTTTCTCCAGGATCTTTTGTTCTAAGTGCTATAGAGTTCTTCACAGATATTTACATGCGACGCTCATTTCGTACATCTGTTCTGTCCTTTGAACCTGATGAAATTGTACATTTGGGAGACTACTTTGATGGTGGACCTTATCTTTCAGATAGAGAATGGA
AGGAGTCGTTGGACCGTTTCCAACATGTTTTTGATCAATCTCAAAGAGGTTCAAAATCAAGGTTGACAGATATTCCGGTCCATTATCTGTCAGGGAACCATGATATTGGTTACTCAGGTTTTCATTCCCAGAGACCACAGGTTGTGGAACGATATAATAATGTATTTGGAGAGACCAATTATCGCTTGAAAATTGGAAAT
GTGGAGTTTATTGCTGTCAATGCTCAAACTCTTGATGGATCTGTTGCAGGGAAGCTTACCTCTGCCTCTTGGGATTTCATCCAAAATGTATCAGCAGAGACAAATCCACTCCCAAGAGTTCTTTTGACACACATTCCACTTTACAGACCGAACAATACCTCTTGTGGTACACATCGCTCTTCACCAATTATAAACCAGAG
GATTTCAACTGGAAGATCAGGCTTTCATGGAATTATGTATCAAAACTACTTAAGTGAGGAGACATCGACACGTATATTGGAGCTAATCAAGCCTAATTTGCAATATCTGTCCTAGATCCTTGTCCTATCGGGCCATGACCATGATCAATGTACGCTATCCCATCCAACACCAAATGGACCAGTTATAGAGCATACAGTTG
GTACTTTCAGTTGGCAGCAGGGCAACCTGTATCCCTCGTTCATGTTGTTATCTGTGAGTGCACTATCATCTTCGCAGACAATCAACCAGGAGGGAATTGTATCAAGCCATTTGTGCTTTCTTCCAATGCAAACACACATATATTTGTGGTATGCAAGCTTGTTTGTTATAACTCTTGTTCTTCTTCTTTCCTGGCCAACC
AATGGTGTGGATGTTTTGTCTCATTTTAGAAAATTGACAGAATTTGCAGTAACTGTAGTAGGAACCAAATCAAAAGGTGGTATGAAAGAAAAGGATGAGGATGCTAATTACGAATATGAGATGGTTTGGGATGCGGAAGGAGCTATGCATCTCATCAGGAAAGGATACTCAAAAGTATCAAGTGGTGGTTCTGGTGAAGT
TCGATCCACTGGAAGAGGTACAGCAGTAGTAAGACCAGCTGCAAAGAAGCAAACCACAGAGGAATCAGATACATCTTGCTTGGTAATTGATTCAGACACAAATTTTGAGCAGACACCAAGGGCCCAAAGAATGGTTAAAGGAAAGACAAGATACATAGTTCGACGATTAATTCGGGTGCTTGGTCATATTGCAGTCCTAG
CTGCTTTCAACGTTCCTCTCTATATCATGTTATTGTTCAAGGACTGGACATGATTTGTAAAAGAATTGCAAGGAGAAGAGAGGCTTTATCTTGTGGCCAAGTGACATTATTAAAGACTTCTCTTTCTTGCCTATATGCATTTTGGCCAGTAAATAATTATATTATTCAGCTCAAAATCCAAAATTTCAAATATAGAGGAT
ATGTATTGAGATGTTTTAAATTTTAATACAGCCAAAGCTCTCTGAACTTGAAAGGAGATATACTTCCACAGTAATGCATTGCATAGACCTTGACCAAACAACAGAAAGAGAACGTCCTTGATATTTGAAATGTCCAATGCTTAACTTAGAGCTCAGTTTTGTATTGCCTTGTGCTGTTTAGTTAAATGCCGACAAAAGCC
ATTGCAATCGAAGCACAGTTTTAATTGAATTCAATATATAGAATTTTGG
>TRINITY_DN117357_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:GATGATTGCCAGAGTAAATGAGGTCATGGATTTCAAATTTTCAATGCATTTAATGTCTGAATATTTGAACTTATTATCGACAGAATTTGCAATATCTGTCCTAGATCCTTGTCCTATCTAGCCATGACCATGATCAATGTACACTATGCCATCCAACACCAAATGGACCAGTTATAGAGgtgagtccagatttgatggca
aatttctacaatgatataaattatttgaaattgaattgaaatattctattaagtcctttctccaccctctttgtctacatcatgtcatctccactaaaataaagttacattcatggcaagggtttcattaaagtcttatgaattgcatcttccttgtgtatttctgatagCATACAGTTGGTACTTTTAGTTGGCAGCAG
GGCAACCTGTATCCCTCGTTCATGTTGTTATCTGTGAGTGCACTATCATCTTCGCAGACAATCAACCAGGAGGGAATTGTATCAAGCCATTTGTGCTTTCTTCCAATGCAAACACACATATATTTGTGGTATGCAAGCTTGTTTGTTATAACTCTTGTTCTTCTTCTTTCCTGGCCAACCAATGGTGTGGATGTTTTGTC
TCATTTTAGAAAATTGACAGAATTTGCAGTAACTGTAGTAGGAACCAAATCAAAAGGTGGTATGAAAGAAAAGGATGAGGATGCTAATTACGAATATGAGATGGTTTGGGATGCGGAAGGAGCTATGCATCTCATCAGGAAAGGATACTCAAAAGTATCAAGTGGTGGTTCTGGTGAAGTTCGATCCACTGGAAGAGGTA
CAGCAGTAGTAAGACCAGCTGCAAAGAAGCAAACCACAGAGGAATCAGATACATCTTGCTTGGTAATTGATTCAGACACAAATTTTGAGCAGACACCAAGGGCCCAAAGAATGGTTAAAGGAAAGACAAGATACATAGTTCGACGATTAATTCGGGTGCTTGGTCATATTGCAGTCCTAGCTGCTTTCAACGTTCCTCTC
TATATCATGTTATTGTTCAAGGACTGGACATGATTTGTAAAAGAATTGCAAGGAGAAGAGAGGCTTTATCTTGTGGCCAAGTGACATTATTAAAGACTTCTCTTTCTTGCCTATATGCATTTTGGCCAGTAAATAATTATATTATTCAGCTCAAAATCCAAAATTTCAAATATAGAGGATATGTATTGAGATGTTTTAAA
TTTTAATACAGCCAAAGCTCTCTGAACTTGAAAGGAGATATACTTCCACAGTAATGCATTGCATAGACCTTGACCAAACAACAGAAAGAGAACGTCCTTGATATTTGAAATGTCCAATGCTTAACTTAGAGCTCAGTTTTGTATTGCCTTGTGCTGTTTAGTTAAATGCCGACAAAAGCCATTGCAATCGAAGCACAGTT
TTAATTGAATTCAATATATAGAATTTTGG
Intron 2 GTATGCAAGC ... GAATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 74.19 | 8 | 14 | 32 |
| A2 | 93.22 | 2 | 31 | 24 |
| A3 | 86.67 | 6 | 35 | 43 |
| A4 | 95.56 | 1 | 28 | 15 |
| A5 | 87.5 | 1 | 5 | 9 |
| A6 | 74.76 | 13 | 37 | 40 |
| A7 | 75.24 | 26 | 76 | 82 |
| A8 | 72.5 | 22 | 59 | 57 |
| A9 | 81.67 | 15 | 71.6 | 62 |
| A10 | 81.98 | 10 | 39 | 52 |
>TRINITY_DN46851_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoformAGTGCACTATCATCTTCGCAGACAATCAACCAGGAGGGAATTGTATCAAGCCATTTGTGCTTTCTTCCAATGCAAACACACATATATTTGTGTAACTGTAGTAGGAACCAAATCAAAAGGTGGTATGAAAGAAAAGGATGAGGATGCTAATTACGAATATGAGATGGTTTGGGATGCGGAAGGAGCTATGCATCTCATCA
GGAAAGGATACTCAAAAGTATCAAGTGGTGGTTCTGGTGAAGTTCGATCCACTGGAAGAGGTACAGCAGTAGTAAGACCAGCTGCAAAGAAGCAAACCACAGAGGAATCAGATACATCTTGCTTGGTAATTGATTCAGACACAAATTTTGAGCAGACACCAAGGGCCCAAAGAATGGTTAAAGGAAAGACAAGATACATA
GTTCGACGATTAATTCGGGTGCTTGGTCATATTGCAGTCCTAGCTGCTTTCAACGTTCCTCTCTATATCATGTTATTGTTCAAGGACTGGACATGATTTGTAAAAGAATTGCAAG
>TRINITY_DN46851_c0_g1_i9 from sample A10 / Example unspliced isoform:ATTTTGTCAGACATTGCTAGGATTCTTCAGCAGTACGGGGGCTGTGAGAGAATAATCCTCCTTTCAGCCGGATTCGCATTAAAATAAAACCGTTTGAACCCTGTTTCGAACACGACTTGCAAAAACAAATTTCGATTCAAAACCATTCGAAGTTCGCGGTGTCTAAGCGAATCGAAGGGGTTTTTGCTTGTTTTTTGGTT
AAAAGGATTTATCCTGGTCGGAGGCTAGAGTATAAAAATGCAGAGTATCTGGCGGCTTACAGTGTTTCTTTGCTGCGTGTGGCTTGCGAGCCTTATTTATGGAGAAATGGTGGCATTTTGGATGCCTTACTGGAAATGCTCATGGCCTCCCCCTCAACAGAATTTGACAGGAGGGCCTCATCTGGAAAAAGTGTTCAAGG
TTGCAGTGATCGCTGATCCACAGTTTACAGACCGTACATCACATGGACTTTCTCCAGGATCTTTTGTTCTAAGTGCTATAGAGTTCTTCACAGATATTTACATGCGACGCTCATTTCGTACATCTGTTCTGTCCTTTGAACCTGATGAAATTGTACATTTGGGAGACTACTTTGATGGTGGACCTTATCTTTCAGATAGA
GAATGGAAGGAGTCGTTGGACCGTTTCCAACATGTTTTTGATCAATCTCAAAGAGGTTCAAAATCAAGGTTGACAGATATTCCGGTCCATTATCTGTCAGGGAACCATGATATTGGTTACTCAGGTTTTCATTCCCAGAGACCACAGGTTGTGGAACGATATAATAATGTATTTGGAGAGACCAATTATCGCTTGAAAAT
TGGAAATGTGGAGTTTATTGCTGTCAATGCTCAAACTCTTGATGGATCTGTTGCAGGGAAGCTTACCTCTGCCTCTTGGGATTTCATCCAAAATGTATCAGCAGAGACAAATCCACTCCCAAGAGTTCTTTTGACACACATTCCACTTTACAGACCGAACAATACCTCTTGTGGTACACATCGCTCTTCACCAATTATAA
ACCAGAGGATTTCAACTGGAAGATCAGGCTTTCATGGAATTATGTATCAAAACTACTTAAGTGAGGAGACATCGACACGTATATTGGAGCTAATCAAGCCTATCCTTGTCCTATCGGGCCATGACCATGATCAATGTACGCTATCCCATCCAACACCAAATGGACCAGTTATAGAGCATACAGTTGGTACTTTCAGTTGG
CAGCAGGGCAACCTGTATCCCTCATTCATGTTGTTATCTGTGAGTGCACTATCATCTTCGCAGACAATCAACCAGGAGGGAATTGTATCAAGCCATTTGTGCTTTCTTCCAATGCAAACACACATATATTTGTGgtatgcaagcttgtttgttataactcttgttcttcttctttcctggccaaccaatggtgtggatgt
tttgtctcattttagaaaattgacagaatttgcagTAACTGTAGTAGGAACCAAATCAAAAGGTGGTATGAAAGAAAAGGATGAGGATGCTAATTACGAATATGAGATGGTTTGGGATGCGGAAGGAGCTATGCATCTCATCAGGAAAGGATACTCAAAAGTATCAAGTGGTGGTTCTGGTGAAGTTCGATCCACTGGAA
GAGGTACAGCAGTAGTAAGACCAGCTGCAAAGAAGCAAACCACAGAGGAATCAGATACATCTTGCTTGGTAATTGATTCAGACACAAATTTTGAGCAGACACCAAGGGCCCAAAGAATGGTTAAAGGAAAGACAAGATACATAGTTCGACGATTAATTCGGGTGCTTGGTCATATTGCAGTCCTAGCTGCTTTCAACGTT
CCTCTCTATATCATGTTATTGTTCAAGGACTGGACATGATTTGTAAAAGAATTGCAAGGAGAAGAGAGGCTTTATCTTGTGGCCAAGTGACATTATTAAAGACTTCTCTTTCTTGCCTATATGCATTTTGGCCAGTAAATAATTATATTATTCAGCTCAAAATCCAAAATTTCAAATATAGAGGATATGTATTGAGATGT
TTTAAATTTTAATACAGCCAAAGCTCTCTGAACTTGAAAGGAGATATACTTCCACAGTAATGCATTGCATAGACCTTGACCAAACAACAGAAAGAGAACGTCCTTAGTATTTGAAATGTCCAATGCGTAACTTAGAGCTCAGTTTTGTATTGCCTTGTGCTGTTTAGTTAAATGCCGACAAAAGCCATTGCAATCGAAGC
ACAGTTTTAATTGAATTGAATATATAGAATTTTGGG
Intron 3 GTAAGAAACA ... ACTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.45 | 28 | 3.5 | 17.5 |
| A2 | 23.61 | 21 | 7.5 | 6.5 |
| A3 | 43.24 | 21 | 5 | 16 |
| A4 | 36.55 | 13 | 3 | 7.5 |
| A5 | 33.33 | 4 | 1.5 | 2 |
| A6 | 31.4 | 83 | 21 | 38 |
| A7 | 35.56 | 106 | 25 | 58.5 |
| A8 | 35.22 | 176.5 | 44 | 96 |
| A9 | 28.39 | 111 | 25 | 44 |
| A10 | 26.53 | 72 | 14.5 | 26 |
>TRINITY_DN41962_c1_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformGTCAGACATTGCTAGGATTCTTCAACAGTACGGGGGCTGTGAGAGAATAATCCTCCTTTCAGCCGGATTCGCATTAAAATAAAACCGTTTGAACCCTGTTTCGAACACGACTTGCAAAAACAAATTTCGATTCAAAACCATTCGAAGTTCGCGGTGTCTAAGCGAATCGAAGGGGTTTTTGCTTGTTTTTTGGTTAAAAG
GATTTATCCTGGTCGGAGGCTAGAGTATAAAAATGCAGAGTATCTGGCGGCTTACAGTGTTTCTTTGCTGCGTGTGGCTTGCGAGCCTTATTTATGGAGAAATGGTGGCATTTTGGATGCCTTACTGGAAATGCTCATGGCCTCCCCCTCAACAGAATTTGACAGGAGGGCCTCATCTGGAAAAAGTGTTCAAGGTTGCA
GTGATCGCTGATCCACAGTTTACAGACCGTACATCACATGGACTTTCTCCAGGATCTTTTGTTCTAAGTGCTATAGAGTTCTTCACAGATATTTACATGCGACGCTCATTTCGTACATCTGTTCTGTCCTTTGAACCTGATGAAATTGTACATTTGGGAGACTACTTTGATGGTGGACCTTATCTTTCAGATAGAGAATG
GAAGGAGTCGTTGGACCGTTTCCAACATGTTTTTGATCAATCTCAAAGAGGTTCAAAATCAAGGTTGACAGATATTCCGGTCCATTATCTGTCAGGGAACCATGATATTGGTTACTCAGGTTTTCATTCCCAGAGACCACAGGTTGTGGAACGATATAATAATGTATTTGGAGAGACCAATTATCGCTTGAAAATTGGAA
ATGTGGAGTTTATTGCTGTCAATGCTCAAACTCTTGATGGATCTGTTGCAGGGAAGCTTACCTCTGCCTCTTGGGATTTCATCCAAAATGTATCAGCAGAGACAAATCCACTCCCAAGAGTTCTTTTGACACACATTCCACTTTACAGACCGAACAATACCTCTTGTGGTACACATCGCTCTTCACCAATTATAAACCAG
AGGATTTCAACTGGAAGATCAGGCTTTCATGGAATTATGTATCAAAACTACTTAAGTGAGGAGACATCGACACGTATATTGGAGCTAATCAAGCCTAATTTGCAATATCTGTCCTAGATCCTTGTCCTATCGGGCCATGACCATGATCAATGTACGCTATCCCATCCAACACCAAATGGACCAGTTATAGAGCATACAGT
TGGTACTTTCAGTTGGCAGCAGGGCAACCTGTATCCCTCATTCATGTTGTTATCTGTGAGTGCACTATCATCTTCGCAGACAACCAACCAGGAGGGAATTGTATCAAGCCATTTGTGCTTTCTTCCAATGCAAACACACATATATTTGTGGTATGCAAGCTTGTTTGTTATAACTCTTGTTCTTCTTCTTTCCTGGCCAA
CCAATGGTGTGGATGTTTTGTCTCATTTTAGAAAATTGACAGAATTTGCAGTAACTGTAGTAGGAACCAAATCAAAAGGTGGTATGAAAGAAAAGGATGAGGATGCTAATTACGAATATGAGATGGTTTGGGATGCGGAAGGAGCTATGCATCTCATCAGGAAAGGATACTCAAAAGTATCAAGTGGTGGTTCTGGTGAA
GTTCGATCCACTGGAAGAGGTACAGCAGTAGTAAGACCAGCTGCAAAGAAGCAAACCACAGAGGAATCAGATACATCTTGCTTGGTAATTGATTCAGACACAAATTTTGAGCAGACACCAAGGGCCCAAAGAATGGTTAAAGGAAAGACAAGATACATAGTTCGACGATTAATTCGGGTGCTTGGTCATATTGCAGTCCT
AGCTGCTTTCAACGTTCCTCTCTATATCATGTTATTGTTCAAGGACTGGACATGATTTGTAAAAGAATTGCAAGGAGAAGAGAGGCTTTATCTTGTGGCCAAGTGACATTATTAAAGACTTCTCTTTCTTGCCTATATGCATTTTGGCCAGTAAATAATTATATTATTCAGCCTAAAATCCAAAATTTCAAATATAGAGG
ATATGTATTGAGATGTTTTAAATTTTAATACAGCCAAAGCTCTCTGAACTTGAAAGGAGATATACTTCCACAGTAATGCATTGCATAGACCTTGACCAAACAACAGAAAGAGAACGTCCTTAGTATTTGAAATGTCCAATGCGTAACTTAGAGCTCAGTTTTGTATTGCCTTGTGCTGTTTAGTTAAATGCCGACAAAAG
CCATTGCAATCGAAGCACAGTTTTAATTGAATTGAATATATAGAATTTTGGGTATGAAATTGAATTTCTATTGTGAATGATTTTTCATTTTCCATACAAAAAAGTTCTATCCACACACACAAGTATGCACATACTTTAAGTTGCTCAACCTTGTACCTCATACAGCCT
>TRINITY_DN41962_c1_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTCAGACATTGCTAGGATTCTTCAACAGTACGGGGGCTGTGAGAGAATAATCCTCCTTTCAGCCGGATTCGCATTAAAATAAAACCGTTTGAACCCTGTTTCGAACACGACTTGCAAAAACAAATTTCGATTCAAAACCATTCGAAGTTCGCGGTGTCTAAGCGAATCGAAGGGGTTTTTGCTTGTTTTTTGGTTAAAAG
GATTTATCCTGGTCGGAGGCTAGAGTATAAAAATGCAGAGTATCTGGCGGCTTACAGTGTTTCTTTGCTGCGTGTGGCTTGCGAGCCTTATTTATGGAGAAATGGTGGCATTTTGGATGCCTTACTGGAAATGCTCATGGCCTCCCCCTCAACAGAATTTGACAGGAGGGCCTCATCTGGAAAAAGTGTTCAAGGTTGCA
GTGATCGCTGATCCACAGTTTACAGACCGTACATCACATGGACTTTCTCCAGGATCTTTTGTTCTAAGTGCTATAGAGTTCTTCACAGATATTTACATGCGACGCTCATTTCGTACATCTGTTCTGTCCTTTGAACCTGATGAAATTGTACATTTGGGAGACTACTTTGATGGTGGACCTTATCTTTCAGATAGAGAATG
GAAGGAGTCGTTGGACCGTTTCCAACATGTTTTTGATCAATCTCAAAGAGGTTCAAAATCAAGGTTGACAGATATTCCGGTCCATTATCTGTCAGGGAACCATGATATTGGTTACTCAGGTTTTCATTCCCAGAGACCACAGGTTGTGGAACGATATAATAATGTATTTGGAGAGACCAATTATCGCTTGAAAATTGGAA
ATGTGGAGTTTATTGCTGTCAATGCTCAAACTCTTGATGGATCTGTTGCAGGGAAGCTTACCTCTGCCTCTTGGGATTTCATCCAAAATGTATCAGCAGAGACAAATCCACTCCCAAGAGTTCTTTTGACACACATTCCACTTTACAGACCGAACAATACCTCTTGTGGTACACATCGCTCTTCACCAATTATAAACCAG
AGGATTTCAACTGGAAGATCAGGCTTTCATGGAATTATGTATCAAAACTACTTAAGTGAGGAGACATCGACACGTATATTGGAGCTAATCAAGCCTATCCTTGTCCTATCGGGCCATGACCATGATCAATGTACGCTATCCCATCCAACACCAAATGGACCAGTTATAGAGCATACAGTTGGTACTTTCAGTTGGCAGCA
GGGCAACCTGTATCCCTCATTCATGTTGTTATCTGTGAGTGCACTATCATCTTCGCAGACAACCAACCAGGAGGGAATTGTATCAAGCCATTTGTGCTTTCTTCCAATGCAAACACACATATATTTGTGGTATGCAAGCTTGTTTGTTATAACTCTTGTTCTTCTTCTTTCCTGGCCAACCAATGGTGTGGATGTTTTGT
CTCATTTTAGAAAATTGACAGAATTTGCAGTAACTGTAGTAGGAACCAAATCAAAAGGTGGTATGAAAGAAAAGGATGAGGATGCTAATTACGAATATGAGATGGTTTGGGATGCGGAAGGAGCTATGCATCTCATCAGGAAAGGATACTCAAAAGTATCAAGTGGTGGTTCTGGTGAAGTTCGATCCACTGGAAGAGGT
ACAGCAGTAGTAAGACCAGCTGCAAAGAAGCAAACCACAGAGGAATCAGATACATCTTGCTTGGTAATTGATTCAGACACAAATTTTGAGCAGACACCAAGGGCCCAAAGAATGGTTAAAGGAAAGACAAGATACATAGTTCGACGATTAATTCGGGTGCTTGGTCATATTGCAGTCCTAGCTGCTTTCAACGTTCCTCT
CTATATCATGTTATTGTTCAAGGACTGGACATGATTTGTAAAAGAATTGCAAGgtaagaaacaatcttgttgttaataaagctgagcaaaagtttgatctttccataattacttatgaaatggaatttgttattttttcctgtatagttttgaaggaaacgttaagcatagtgcatcagcagagctatccttcctttgtg
ttgcggatgcatttgatattcaagtgcctgaatgtgtctcagactctgatgccagtatttatgtaaaatatcaaaaattgacattcaattttgtgcagtattctgatatgaaattatcaactattgcagGAGAAGAGAGGCTTTATCTTGTGGCCAAGTGACATTATTAAAGACTTCTCTTTCTTGCCTATATGCATTTT
GGCCAGTAAATAATTATATTATTCAGCTCAAAATCCAAAATTTCAAATATAGAGGATATGTATTGAGATGTTTTAAATTTTAATACAGCCAAAGCTCTCTGAACTTGAAAGGAGATATACTTCCACAGTAATGCATTGCATAGACCTTGACCAAACAACAGAAAGAGAACGTCCTTAGTATTTGAAATGTCCAATGCGTA
ACTTAGAGCTCAGTTTTGTATTGCCTTGTGCTGTTTAGTTAAATGCCGACAAAAGCCATTGCAATCGAAGCACAGTTTTAATTGAATTGAATATATAGAATTTTGGGTATGAAATTGAATTTCTATTGTGAATGATTTTTCATTTTCCATACAAAAAAGTTCTATCCACACACACAAGTATGCACATACTTTAAGTTGCT
CAACCTTGTACCTCATACAGCCT
Intron 4 GTAAGAAACA ... TCCTGTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0 | 10 | 4.2 | 0 |
| A2 | 0 | 22 | 9 | 0 |
| A3 | 6.67 | 14 | 6 | 1 |
| A4 | 0 | 8 | 3.6 | 0 |
| A5 | 25 | 3 | 1.8 | 1 |
| A6 | 12 | 66 | 25.2 | 9 |
| A7 | 13.25 | 72 | 29.8 | 11 |
| A8 | 7.25 | 128 | 52.6 | 10 |
| A9 | 6.25 | 75 | 30 | 5 |
| A10 | 11.76 | 45 | 17.4 | 6 |
>TRINITY_DN41962_c1_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformCTTGGAGAGATATAAAGAAGCAATCTTCTTTCCTAATTGCCTGCTGGTATTAACATCTCATGTTGTCTGTACAAATCATATGTTTTAACGTGGTCTCCTGATCTTTTTATCTTAACTGAACAGGTTGTGGAACGATATAATAATGTATTTGGAGAGACCAATTATCGCTTGAAAATTGGAAATGTGGAGTTTATTGCTGT
CAATGCTCAAACTCTTGATGGATCTGTTGCAGGGAAGCTTACCTCTGCCTCTTGGGATTTCATCCAAAATGTATCAGCAGAGACAAATCCACTCCCAAGAGTTCTTTTGACACACATTCCACTTTACAGACCGAACAATACCTCTTGTGGTACACATCGCTCTTCACCAATTATAAACCAGAGGATTTCAACTGGAAGAT
CAGGCTTTCATGGAATTATGTATCAAAACTACTTAAGTGAGGAGACATCGACACGTATATTGGAGCTAATCAAGCCTATCCTTGTCCTATCGGGCCATGACCATGATCAATGTACGCTATCCCATCCAACACCAAATGGACCAGTTATAGAGCATACAGTTGGTACTTTCAGTTGGCAGCAGGGCAACCTGTATCCCTCA
TTCATGTTGTTATCTGTGAGTGCACTATCATCTTCGCAGACAACCAACCAGGAGGGAATTGTATCAAGCCATTTGTGCTTTCTTCCAATGCAAACACACATATATTTGTGGTATGCAAGCTTGTTTGTTATAACTCTTGTTCTTCTTCTTTCCTGGCCAACCAATGGTGTGGATGTTTTGTCTCATTTTAGAAAATTGAC
AGAATTTGCAGTAACTGTAGTAGGAACCAAATCAAAAGGTGGTATGAAAGAAAAGGATGAGGATGCTAATTACGAATATGAGATGGTTTGGGATGCGGAAGGAGCTATGCATCTCATCAGGAAAGGATACTCAAAAGTATCAAGTGGTGGTTCTGGTGAAGTTCGATCCACTGGAAGAGGTACAGCAGTAGTAAGACCAG
CTGCAAAGAAGCAAACCACAGAGGAATCAGATACATCTTGCTTGGTAATTGATTCAGACACAAATTTTGAGCAGACACCAAGGGCCCAAAGAATGGTTAAAGGAAAGACAAGATACATAGTTCGACGATTAATTCGGGTGCTTGGTCATATTGCAGTCCTAGCTGCTTTCAACGTTCCTCTCTATATCATGTTATTGTTC
AAGGACTGGACATGATTTGTAAAAGAATTGCAAGTTTTGAAGGAAACGTTAAGCATAGTGCATCAGCAGAGCTATCCTTCCTTTGTGTTGCGGATGCATTTGATATTCAAGTGCCTGAATGTGTCTCAGACTCTGATGCCAGTATTTATGTAAAATATCAAAAATTGACATTCAATTTTGTGCAGTATTCTGATATGAAA
TTATCAACTATTGCAGGAGAAGAGAGGCTTTATCTTGTGGCCAAGTGACATTATTAAAGACTTCTCTTTCTTGCCTATATGCATTTTGGCCAGTAAATAATTATATTATTCAGCCTAAAATCCAAAATTTCAAATATAGAGGATATGTATTGAGATGTTTTAAATTTTAATACAGCCAAAGCTCTCTGAACTTGAAAGGA
GATATACTTCCACAGTAATGCATTGCATAGACCTTGACCAAACAACAGAAAGAGAACGTCCTTAGTATTTGAAATGTCCAATGCGTAACTTAGAGCTCAGTTTTGTATTGCCTTGTGCTGTTTAGTTAAATGCCGACAAAAGCCATTGCAATCGAAGCACAGTTTTAATTGAATTGAATATATAGAATTTTGGGTATGAA
ATTGAATTTCTATTGTGAATGATTTTTCATTTTCCATACAAAAAAGTTCTATCCACACACACAAGTATGCACATACTTTAAGTTGCTCAACCTTGTACCTCATACAGCCT
>TRINITY_DN41962_c1_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTCAGACATTGCTAGGATTCTTCAACAGTACGGGGGCTGTGAGAGAATAATCCTCCTTTCAGCCGGATTCGCATTAAAATAAAACCGTTTGAACCCTGTTTCGAACACGACTTGCAAAAACAAATTTCGATTCAAAACCATTCGAAGTTCGCGGTGTCTAAGCGAATCGAAGGGGTTTTTGCTTGTTTTTTGGTTAAAAG
GATTTATCCTGGTCGGAGGCTAGAGTATAAAAATGCAGAGTATCTGGCGGCTTACAGTGTTTCTTTGCTGCGTGTGGCTTGCGAGCCTTATTTATGGAGAAATGGTGGCATTTTGGATGCCTTACTGGAAATGCTCATGGCCTCCCCCTCAACAGAATTTGACAGGAGGGCCTCATCTGGAAAAAGTGTTCAAGGTTGCA
GTGATCGCTGATCCACAGTTTACAGACCGTACATCACATGGACTTTCTCCAGGATCTTTTGTTCTAAGTGCTATAGAGTTCTTCACAGATATTTACATGCGACGCTCATTTCGTACATCTGTTCTGTCCTTTGAACCTGATGAAATTGTACATTTGGGAGACTACTTTGATGGTGGACCTTATCTTTCAGATAGAGAATG
GAAGGAGTCGTTGGACCGTTTCCAACATGTTTTTGATCAATCTCAAAGAGGTTCAAAATCAAGGTTGACAGATATTCCGGTCCATTATCTGTCAGGGAACCATGATATTGGTTACTCAGGTTTTCATTCCCAGAGACCACAGGTTGTGGAACGATATAATAATGTATTTGGAGAGACCAATTATCGCTTGAAAATTGGAA
ATGTGGAGTTTATTGCTGTCAATGCTCAAACTCTTGATGGATCTGTTGCAGGGAAGCTTACCTCTGCCTCTTGGGATTTCATCCAAAATGTATCAGCAGAGACAAATCCACTCCCAAGAGTTCTTTTGACACACATTCCACTTTACAGACCGAACAATACCTCTTGTGGTACACATCGCTCTTCACCAATTATAAACCAG
AGGATTTCAACTGGAAGATCAGGCTTTCATGGAATTATGTATCAAAACTACTTAAGTGAGGAGACATCGACACGTATATTGGAGCTAATCAAGCCTATCCTTGTCCTATCGGGCCATGACCATGATCAATGTACGCTATCCCATCCAACACCAAATGGACCAGTTATAGAGCATACAGTTGGTACTTTCAGTTGGCAGCA
GGGCAACCTGTATCCCTCATTCATGTTGTTATCTGTGAGTGCACTATCATCTTCGCAGACAACCAACCAGGAGGGAATTGTATCAAGCCATTTGTGCTTTCTTCCAATGCAAACACACATATATTTGTGGTATGCAAGCTTGTTTGTTATAACTCTTGTTCTTCTTCTTTCCTGGCCAACCAATGGTGTGGATGTTTTGT
CTCATTTTAGAAAATTGACAGAATTTGCAGTAACTGTAGTAGGAACCAAATCAAAAGGTGGTATGAAAGAAAAGGATGAGGATGCTAATTACGAATATGAGATGGTTTGGGATGCGGAAGGAGCTATGCATCTCATCAGGAAAGGATACTCAAAAGTATCAAGTGGTGGTTCTGGTGAAGTTCGATCCACTGGAAGAGGT
ACAGCAGTAGTAAGACCAGCTGCAAAGAAGCAAACCACAGAGGAATCAGATACATCTTGCTTGGTAATTGATTCAGACACAAATTTTGAGCAGACACCAAGGGCCCAAAGAATGGTTAAAGGAAAGACAAGATACATAGTTCGACGATTAATTCGGGTGCTTGGTCATATTGCAGTCCTAGCTGCTTTCAACGTTCCTCT
CTATATCATGTTATTGTTCAAGGACTGGACATGATTTGTAAAAGAATTGCAAGgtaagaaacaatcttgttgttaataaagctgagcaaaagtttgatctttccataattacttatgaaatggaatttgttattttttcctgtatagTTTTGAAGGAAACGTTAAGCATAGTGCATCAGCAGAGCTATCCTTCCTTTGTG
TTGCGGATGCATTTGATATTCAAGTGCCTGAATGTGTCTCAGACTCTGATGCCAGTATTTATGTAAAATATCAAAAATTGACATTCAATTTTGTGCAGTATTCTGATATGAAATTATCAACTATTGCAGGAGAAGAGAGGCTTTATCTTGTGGCCAAGTGACATTATTAAAGACTTCTCTTTCTTGCCTATATGCATTTT
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