sp|Q9M7K4|POT5_ARATH ----> Potassium transporter 5

Intron 1 GTTGGTTACT ... TACCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.75	11.7	20.4	16.7
A2	77.88	4.5	15.8	6.8
A3	50.7	10.5	11.1	5.5
A4	75.84	8.8	27.5	6.8
A5	44.83	10.5	8.7	6.8
A6	57.27	11.5	15.7	7.3
A7	49.73	32.3	31.2	23.8
A8	73.37	8.3	22.8	11.2
A9	58.78	38.5	53.8	34.2
A10	67	15.5	30.4	20.2

>TRINITY_DN107086_c3_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATT
TGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCAGTCCAGAGATTTGGAACCCAAA
AAGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACC

>TRINITY_DN107086_c3_g2_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATT
TGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGGTGAGTCTGCAAACAAGACATGAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCA
GTCCAGAGATTTGGAACCCAAAAAgttggttactcatttgctcctgctattttgatatggtactcatttattgttgtcattggcatctacaacattgcaaaatatgatacaacggtctttcaagctttctacccgaaatagatatttgaatacttcagaagaaattcaaagcggggttggatttcacttggtggaatagt
tctttgtataacaagtatacagtatgcttcagctgggtgaaatttttatttaaaaattatcgaagcgaggattcattgtttacattagatgggtaccatgcagGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACC

Intron 2 GTGAGTCTGC ... TGGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	11	15	17
A2	38.74	14.5	11	7
A3	41.57	22.5	22	10
A4	41.8	23	22	11
A5	29.71	14.5	10	2
A6	20.04	18	6	3
A7	26.61	40	19	10
A8	29.61	31	20	6
A9	20.75	61.5	17	15
A10	24.15	25.5	8	8

>TRINITY_DN107086_c3_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATT
TGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCAGTCCAGAGATTTGGAACCCAAA
AAGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACC

>TRINITY_DN107086_c3_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATT
TGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGgtgagtctgcaaacaagacatggtatggttttttttttaattctgttttcgttaggttcatgcattaaa
tggtgttttggtcatgcatctttggattcttctgtacatttggacccatgtgcctagtactttacaccaagtccttatgatatgttccaacaccacgaatctgcatagatgcaggaccatatatatcacccacggcaagccggtgttcgattcttgtgaatccagtcgtgcccttatataatgcttttgatatgggcatt
ccttatcctgctgcctcaattccatagtcgctctggcatgataggaaaccgtagcaggttcctgtaggttttcagggggatgttcgaagtgcttcccttccattgttgctttttattaggccatatagctataatgataacaaaaacatgagctgcactagcgttgctcctcacagcggaagtaatatcacaggttagtc
ccgaggatgtctatccattagcccgagaacgaacatctccaacgcttattttaagttccgtgtatgctaaattgagtgaagaggatttaaggcagtaattggaggtatggggtcctattcctgcattggatatggataggagacgagaagggtttttcacagttatttattacgttcttttcacggtttgcacaattctg
actgttaaggtcttgaatctttatttaggttgcctcatactttttctcttttagaaaattataggcttttaaatattgttaaagataatggctgtgaaaatttcaattacaaatggctacgaatattgctaaagataatggctatgatactggatacccaaaatagcatgaattatttcaccctccatttctttttcaag
atcctcattgtcagttgtcgtgattaactatgggatatgtcctatcatgactcatgaggattccacatttgcatcattttattatgtatacaatgcctcaaaataatttcgatatgtagctttgatggcttgaaaatcctatacgggtgtaccttcttttagcttgatttccttggcattatttctttagtctttccttg
ttctagtggtggaaatacaatgtgtttttatccctagattgaagctcaagacttcgatatttaagtctatgcatttcctcatcttcccgggatgtcttctaaatcttgttatggagagacctttcttctatttgaagcttctttattagctcaagtgatatgattgatattaatctattattatatcaatatctcaggta
ttaggcctccaccaaatccaatctcaaaaaatattaagcaaaatatttactataaacgctatagtctacttactggttttgttttttctacattggaatttaatcttgtttccaagcaacagttatatcagcagttcaagggatatagaatattgacaattcaatcacccagggtaaatactcatcatgaagctcttgga
gatttatgttaaaaatggtaatggcaataagggaatttaattcaaattttggattgcagAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCAGTCCAGAGATTTGGAACCCAAAAAGTTGGTTACTCATTTGCTCCTGCTATTTTGATATGGTACTCATTTATTGTTGTCATTGGCATCTACAACA
TTGCAAAATATGATACAACGGTCTTTCAAGCTTTCTACCCGAAATAGATATTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGTTCTTTGTATAACAAGTATACAGTATGCTTCAGCTGGGTGAAATTTTTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGT
ACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACC

Intron 3 GTAACTTCAC ... TTTGTGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.85	18.6	7	4
A2	23.92	9.6	2	4
A3	29.02	22.4	13	5
A4	22.36	26.4	6	9
A5	17.65	7	2	1
A6	11.89	52.4	5	9
A7	14.8	71.6	6	18
A8	13.78	42.2	4	9
A9	11.23	97	7	17
A10	9.59	67.4	6	8

>TRINITY_DN123974_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAATACTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATTTGCACA
TACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCAGTCCAGAGATTTGGAACCCAAAAAGTTG
GTTACTCATTTGCTCCTGCTATTTTGATATGGTACTCATTTATTGTTGTCATTGGCATCTACAACATTGCAAAATATGATACAACGGTCTTTCAAGCTTTCTACCCGAAATAGATATTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGTTCTTTGTATAACAAGTATACAGTATGCT
TCAGCTGGGTGAAATTTTTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGTACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTT
TCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCATAAAGAAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCACGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCC
AACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCGGGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAGGATCTAATTTCGGGATTTCGCAATGGCGAGCCTGCGAACAAGACATGGAACTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTC
GTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGCCAATGTTTGCAGTTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGTGAGCCAAGCGATGATCTCTGCCAC
TT

>TRINITY_DN123974_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGTATTGGGCATTAACTGATTTGTATACTTGATTTAAATTTACCTTTTTCATTTTAAGGGTATGTATACAAGTAGCCTGACATGTGGTTCATCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAAT
CAATTCCATgtaacttcacttatcttttaattcgctctgttttgtttattttaagggttagccaacttagccttatcctgctcgggcaattttgtctagggtattgaagtaaaggtgttataggtgttgtaaccgatggtgttaattaggttttgataaatagagggtttatgagcatttcattaatattgattgacttt
ttatgaaaaattatttgtatttagaattttttttctatttttgtccatgtatagaaatgaaggttcagtatgttatcatccaaaaaaatgtctttttcaagctttattgttctataataaccaaattcataaggttaaatgactgaaattttgtttgtgccagGTGCTATATATTGGCCAATGTTTGCAGTTGCAATTGT
TGCTTCTGTTATTGTGAGCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCATAAAGAAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCACGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCCAACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCGGGGCTTCTTTCAAAGATACT
ACCAATATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAGGATCTAATTTCGGGATTTCGCAATGGCGAGCCTGCGAACAAGACATGGAACTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGG
GAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGCCAATGTTTGCAGTTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGTGAGCCAAGCGATGATCTCTGCCACTT

Intron 4 GTGAGTCTGC ... TACCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.88	14	10	19
A2	56.76	8	13	8
A3	44.93	19	25	6
A4	43.66	20	24	7
A5	40	12	8	8
A6	36.51	20	15	8
A7	34.86	57	34	27
A8	46.24	25	31	12
A9	43.84	57	48	41
A10	46.79	29	28	23

>TRINITY_DN47717_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

AAGACGTTCTCTTTATGAGAAATTGGTTCTTGACATTGTAGCTAGATTCTTCGTCTATCAAGTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCAT
TCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATTTGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGGAATTGAA
GCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTT
CTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCAGAAAGCAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCATGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCCAACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCATGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAA
TATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAGGATCTAATTTCGGGATTTCGCAATGGCGAGCCTGCGAACAAGACATGGAACTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTT
TCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGCCAATGTTTGCAGTTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGTGAGCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCATAAAGAAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCACGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCC
AACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCGGGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGCCTATGATATCATGAGCAAAAGTTAAGTTGCATGAATCAAAACCTGGAGGTACAAACCGAGTTGTTGAGATCTTTGGGACACCAGAACAGACACATGCAACTCCAA
TCTTGCTTCAAGCATTTCCAATGCCTTGTCATAATGCACAAATGGCATGTGCAAATTTCTTACTTTTCAGGTAGTGGAACTAAGAGCGGGAATGCACTATGATAAATGTATTAAGGAAATCAAGAGGGCCATCAAAAAACTAGAGGGCATAGAGACCTACAAAGTTGACACAGTTTCCCACAAGGTAACTGTTACTGGGA
TATAACTGCTAAAACGGTTCTCAAAATGCTGGTTAGATCTGGAAAGCCTGCTTCTTATTGGAATCAAAGAGCTTAGAGCTGGTTAAGCTCTGCTTATTGATTTACAAGAAGCTCCATTTCATGGAAAATCCAGAGTTCACTTTCATTATGCTGAATTTTATTCCTCAGTTTCAAAGATCGACTGCAGAACCATTTCCTCT
ACAGAACCCAATTCGGGTGACAAAATAGCAGAGACAATTAGGAATTTGCAGACCAAATGTTAAAGAACACAATTTTCTTTACGATTTAAAATTTCAGAAATTTTTTTTCTTGCAAATTATAGTAAGTAAAACAACAACCTCGCATTGGTAGACAGACATATTTTTTTACAATTACAGTTATGTGGCTGATCCACAATTAC
AAAGCCTAGCCAGGTCCATGGGCCTCCAATTTGTTCTTGGACTTCCATCTATTCTTGAATAAACCAGTCTAGGGTGTGTCTGGCGAGATTGAGATTTGAGCCTGGGTTATCATTACGACAAGCCCCCCAAATTTCTGATAGACCACAACCCGTCGGATGTATTGATGGACATAGTCACCACTCACCAAGTTTAAAAATTT
TGGTAAGTTTGGCAGGGCAAGGTTCGGAAAGGTTCTGGCTTCCAAATTCTTTTGTAAAGGATGGGAAATATGGAACATTATTTTTCAAAGAAACCATTGTGAATCTCCCCCTTTTTAGTATAATATCTAGATGGATGATGCCTCAATTTCCAGCTACAATAGCAGCTGGTAATCCTGAGGGGTTTTACTGGGGTTAAAAC
TGTGACCTATGGCCTCCAGGTCGCCATTGGGCAACATTCCTTGGGAAATATGGAACATAGAAAATTATACTTCAATTTATAGAACTTACTCAGAAATTCATATTCTCCCAGGAAAAATATATTGGTAAGTAAAACAACAACCTCGCA

>TRINITY_DN47717_c0_g2_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAGACGTTCTCTTTATGAGAAATTGGTTCTTGACATTGTAGCTAGATTCTTCGTCTATCAAGTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCAT
TCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATTTGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGgtgagtct
gcaaacaagacatgagttggtggctatgatatctctggcgatcttagttatactcttttcagtccagagatttggaacccaaaaagttggttactcatttgctcctgctattttgatatggtactcatttattgttgtcattggcatctacaacattgcaaaatatgatacaacggtctttcaagctttctacccgaaat
agatatttgaatacttcagaagaaattcaaagcggggttggatttcacttggtggaatagttctttgtataacaagtatacagtatgcttcagctgggtgaaatttttatttaaaaattatcgaagcgaggattcattgtttacattagatgggtaccatgcagGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTT
CTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTC
TGCCACTTTTTCTATCAGAAAGCAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCATGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCCAACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCATGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAG
GATCTAATTTCGGGATTTCGCAATGGCGAGCCTGCGAACAAGACATGGAACTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTAC
AAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGCCAATGTTTGCAGTTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGTGAGCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCATAAAGAAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCACGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCCAACTATACATTCCAGAAATCAACTACAT
TGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCGGGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGCCTATGATATCATGAGCAAAAGTTAAGTTGCATGAATCAAAACCTGGAGGTACAAACCGAGTTGTTGAGATCTTTGGGACACCAGAACAGACACATGCAACTCCAATCTTGCTTCAAGCATTTCCAATGCCTTG
TCATAATGCACAAATGGCATGTGCAAATTTCTTACTTTTCAGGTAGTGGAACTAAGAGCGGGAATGCACTATGATAAATGTATTAAGGAAATCAAGAGGGCCATCAAAAAACTAGAGGGCATAGAGACCTACAAAGTTGACACAGTTTCCCACAAGGTAACTGTTACTGGGATATAACTGCTAAAACGGTTCTCAAAATG
CTGGTTAGATCTGGAAAGCCTGCTTCTTATTGGAATCAAAGAGCTTAGAGCTGGTTAAGCTCTGCTTATTGATTTACAAGAAGCTCCATTTCATGGAAAATCCAGAGTTCACTTTCATTATGCTGAATTTTATTCCTCAGTTTCAAAGATCGACTGCAGAACCATTTCCTCTACAGAACCCAATTCGGGTGACAAAATAG
CAGAGACAATTAGGAATTTGCAGACCAAATGTTAAAGAACACAATTTTCTTTACGATTTAAAATTTCAGAAATTTTTTTTCTTGCAAATTATAGTAAGTAAAACAACAACCTCGCATTGGTAGACAGACATATTTTTTTACAATTACAGTTATGTGGCTGATCCACAATTACAAAGCCTAGCCAGGTCCATGGGCCTCCA
ATTTGTTCTTGGACTTCCATCTATTCTTGAATAAACCAGTCTAGGGTGTGTCTGGCGAGATTGAGATTTGAGCCTGGGTTATCATTACGACAAGCCCCCCAAATTTCTGATAGACCACAACCCGTCGGATGTATTGATGGACATAGTCACCACTCACCAAGTTTAAAAATTTTGGTAAGTTTGGCAGGGCAAGGTTCGGA
AAGGTTCTGGCTTCCAAATTCTTTTGTAAAGGATGGGAAATATGGAACATTATTTTTCAAAGAAACCATTGTGAATCTCCCCCTTTTTAGTATAATATCTAGATGGATGATGCCTCAATTTCCAGCTACAATAGCAGCTGGTAATCCTGAGGGGTTTTACTGGGGTTAAAACTGTGACCTATGGCCTCCAGGTCGCCATT
GGGCAACATTCCTTGGGAAATATGGAACATAGAAAATTATACTTCAATTTATAGAACTTACTCAGAAATTCATATTCTCCCAGGAAAAATATATTGGTAAGTAAAACAACAACCTCGCA

Intron 5 GTATGGTTTT ... TGGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.38	13	18	17
A2	48.72	10	12	7
A3	45.76	16	17	10
A4	50	11	11	11
A5	50	4	6	2
A6	11.11	12	0	3
A7	23.64	21	3	10
A8	21.95	16	3	6
A9	16.81	47	4	15
A10	16.67	20	0	8

>TRINITY_DN107086_c3_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATT
TGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGGTGAGTCTGCAAACAAGACATGAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCA
GTCCAGAGATTTGGAACCCAAAAAGTTGGTTACTCATTTGCTCCTGCTATTTTGATATGGTACTCATTTATTGTTGTCATTGGCATCTACAACATTGCAAAATATGATACAACGGTCTTTCAAGCTTTCTACCCGAAATAGATATTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGT
TCTTTGTATAACAAGTATACAGTATGCTTCAGCTGGGTGAAATTTTTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGTACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACC

>TRINITY_DN107086_c3_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATT
TGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGGTGAGTCTGCAAACAAGACATGgtatggttttttttttaattctgttttcgttaggttcatgcattaaa
tggtgttttggtcatgcatctttggattcttctgtacatttggacccatgtgcctagtactttacaccaagtccttatgatatgttccaacaccacgaatctgcatagatgcaggaccatatatatcacccacggcaagccggtgttcgattcttgtgaatccagtcgtgcccttatataatgcttttgatatgggcatt
ccttatcctgctgcctcaattccatagtcgctctggcatgataggaaaccgtagcaggttcctgtaggttttcagggggatgttcgaagtgcttcccttccattgttgctttttattaggccatatagctataatgataacaaaaacatgagctgcactagcgttgctcctcacagcggaagtaatatcacaggttagtc
ccgaggatgtctatccattagcccgagaacgaacatctccaacgcttattttaagttccgtgtatgctaaattgagtgaagaggatttaaggcagtaattggaggtatggggtcctattcctgcattggatatggataggagacgagaagggtttttcacagttatttattacgttcttttcacggtttgcacaattctg
actgttaaggtcttgaatctttatttaggttgcctcatactttttctcttttagaaaattataggcttttaaatattgttaaagataatggctgtgaaaatttcaattacaaatggctacgaatattgctaaagataatggctatgatactggatacccaaaatagcatgaattatttcaccctccatttctttttcaag
atcctcattgtcagttgtcgtgattaactatgggatatgtcctatcatgactcatgaggattccacatttgcatcattttattatgtatacaatgcctcaaaataatttcgatatgtagctttgatggcttgaaaatcctatacgggtgtaccttcttttagcttgatttccttggcattatttctttagtctttccttg
ttctagtggtggaaatacaatgtgtttttatccctagattgaagctcaagacttcgatatttaagtctatgcatttcctcatcttcccgggatgtcttctaaatcttgttatggagagacctttcttctatttgaagcttctttattagctcaagtgatatgattgatattaatctattattatatcaatatctcaggta
ttaggcctccaccaaatccaatctcaaaaaatattaagcaaaatatttactataaacgctatagtctacttactggttttgttttttctacattggaatttaatcttgtttccaagcaacagttatatcagcagttcaagggatatagaatattgacaattcaatcacccagggtaaatactcatcatgaagctcttgga
gatttatgttaaaaatggtaatggcaataagggaatttaattcaaattttggattgcagAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCAGTCCAGAGATTTGGAACCCAAAAAGTTGGTTACTCATTTGCTCCTGCTATTTTGATATGGTACTCATTTATTGTTGTCATTGGCATCTACAACA
TTGCAAAATATGATACAACGGTCTTTCAAGCTTTCTACCCGAAATAGATATTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGTTCTTTGTATAACAAGTATACAGTATGCTTCAGCTGGGTGAAATTTTTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGT
ACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACC

Intron 6 GTATTGGGCA ... GGTTCATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.25	25.6	4.7	12
A2	24.35	9.7	1.7	3
A3	43.82	13	1.7	10
A4	51.28	8.7	3.3	9
A5	22.56	7.1	1	2
A6	30.62	16.4	0.3	7
A7	15.34	39.2	1.7	7
A8	31.04	17.9	2	8
A9	18.57	48.8	2.3	11
A10	18.81	35.1	1.7	8

>TRINITY_DN103026_c0_g2_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

CCCTTCTTTTAGCTTGATTTCCTCGGCATTATTTCTTTAGTCTTTCCTTGTTCTAGTGGTGGAAATACGATGTGTTTTTATCCCTAGATTGAAGCTCGAGACTTCGATATTTAAGTCTATGCATTTCCTCATCTTCCTGGGATGTCTTCTAAATCTTGTTATGGAGAGACCTTTCTTCTATTTGAAGCTTCTTTATTACC
TCAAGTGATATGATTGATATTAATCTATTATTATATCAATATCTCAGGTATTAGGCCTCGACCGAATCCAATCTCAAAAAATATTAAGCAAAATATTTACTATAAACGCTATAGTCTACTTACTGGTTTTGTTTTTTCTACATTGGAATTTAATCTTATTTCCAAGCAACAGTTATATCAGCAGTTCAAGGGATACAAAA
TATTGACAATTCAATCACCCAGGGTAAATACTCATCATGAAGCTCTTGGAGATTTATGTTAAAAATGGTAATGGCAATAAGGGAATTTAATTCAAATTTTGGATTGCAAAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGTCGATCTTAGTTATACTATTTTCAGTCTAGAGATTTGGAACCCAAAAAGTTGGTTACTCATTTGCTCT
TCTATTTTGATATGGTACTCATTTATTGTTGTCATTGGCATCTACAACATTGCAAAATATGATACAACGGTCTTTCAAGCTTTCTACCCGAAATAGATATTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGTTCTTTGTATAACAAGTATACAGTATGCTTCAGCTGGGTGAAATTT
TTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGTACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAG
ATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCAGAAAGCAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCATGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCCAACTATACATTCCAGAA
ATCAATTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCATGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAGGATCTAATTTCGGGATTTCGCAATGGCGAGCCTGCGAACAAGACATGGTATGGGTTTTTTTTAAATTCTGTTCTCGTTAGGGTTCGTGCATTAAATGGTGTTTTGG
TCATGCATCTTTGGATTCTTCTGTACATTTGGACCCATGTGCCTAGTACTTTACACCAAGTCCTTATGATATGTTCCAACACCACGAATCTGCATAGATGCAGGACCATATATATCACCCACGGCAGGCCGGTGTTCGATTCTTGTGAATCCAGTCGTGCCCTTGTATAATGCTTTTGATATGGGTATTCCTTATCCCGC
TGCCTCAATTCCAC

>TRINITY_DN103026_c0_g2_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGTTCTTTGTATAACAAGTATACAGTATGCTTCAGCTGGGTGAAATTTTTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGTACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATT
CGTTCAATTCAGgtattgggcattaactgatttgtatacttgatttaaatttacctttttcattttaagggtatgtatacaagtagcctgacatgtggttcatcagATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACT
TTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGG

Intron 7 ATGGTGAGTC ... CAAACAAGAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.31	13.5	9.4	8.3
A2	34.5	15.8	9.5	7.4
A3	44.26	22.8	22.1	14.3
A4	34.38	23.3	19	6.1
A5	30.02	13.3	7.6	3.6
A6	31.8	19.5	12.3	6.8
A7	37.99	38.8	31.5	16.3
A8	36.91	32	26.8	11.1
A9	36.07	64.3	39.5	34.4
A10	36.55	29.3	22.5	12.5

>TRINITY_DN107086_c3_g2_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATT
TGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCAGTCCAGAGATTTGGAACCCAAA
AAGTTGGTTACTCATTTGCTCCTGCTATTTTGATATGGTACTCATTTATTGTTGTCATTGGCATCTACAACATTGCAAAATATGATACAACGGTCTTTCAAGCTTTCTACCCGAAATAGATATTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGTTCTTTGTATAACAAGTATACAG
TATGCTTCAGCTGGGTGAAATTTTTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGTACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACC

>TRINITY_DN107086_c3_g2_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATT
TGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAatggtgagtctgcaaacaagacATGAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCA
GTCCAGAGATTTGGAACCCAAAAAGTTGGTTACTCATTTGCTCCTGCTATTTTGATATGGTACTCATTTATTGTTGTCATTGGCATCTACAACATTGCAAAATATGATACAACGGTCTTTCAAGCTTTCTACCCGAAATAGATATTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGT
TCTTTGTATAACAAGTATACAGTATGCTTCAGCTGGGTGAAATTTTTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGTACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACC

Intron 8 ATGGCGAGCC ... CGAACAAGAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.88	14	4	11
A2	23.81	8	2	3
A3	29.41	18	7	8
A4	6.98	20	1	2
A5	33.33	12	5	7
A6	38.24	21	12	14
A7	37.85	55	30	37
A8	23.81	24	7	8
A9	36.14	53	22	38
A10	43.64	31	20	28

>TRINITY_DN100764_c0_g4_i4 from sample A5 / Example spliced isoform

AGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCATTCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATTTGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAAT
TCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTC
TTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCAGAAAGCAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCATGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCCAA
CTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCGGGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGCCTATGATATCATGAGCAAAAGTTAAGTTGCATGAATCAAAACCTGGAGGTACAAACCGAGTTGTTGAGATCTTTGGGACACCAGAACAGACACATGCAACTCCAATC
TTG

>TRINITY_DN100764_c0_g4_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

ACTACCAATATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAGGATCTAATTTCGGGATTTCGCAatggcgagcctgcgaacaagacATGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTC
AGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCAGAAAGCAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCATGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTA
TGAAGGCCAACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCGGGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGCCTATGATATCATGAGCAAAAGTTAAGTTGCATGAATCAAAACCTGGAGGTACAAACCGAGTTGTTGAGATCTTTGGGACACCAGAACAGACACATGC
AACTCCAATCTTG

Intron 9 GTGAGATTCG ... GTGATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	36	18	3
A2	30.23	30	13	4
A3	28.99	49	20	0
A4	36.21	37	21	2
A5	14.29	18	3	0
A6	11.11	8	1	0
A7	33.9	39	20	0
A8	25	15	5	0
A9	28.57	25	10	2
A10	29.79	33	14	1

>TRINITY_DN123974_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTCGATCGGTGCACTCTAAGAAAGACCGAGGAAGACCGGGTAGGCGTGGGGGCTGAGACAGGCTCTGATTTGGGAGTCGGGTAGGGCTGGGAGGCCAAAAAAATTTCAGTATTAAGAAATTCGGCATGCCAATCCTTGGCCCTGGGCAAGCATAGCCAAAGGAACGCAAAAAATGAGAAGTCAGTTGAAGGTCTTGAAG
GAGCCCGTCAAATTTGGCGTTCAGATCTGTAATTTGTGTGGAAATATTGAACTTGTAGAAGAGCCAATACATACTCTGTGCAGTTGTGGGAATTGAAATAGCGCCATGTTTGGTTCGGTTTGACACCCCGTCTTCAATGGCATATTAGGCACCCTGCAGATCCAGCATCTGCAGCAATAAGAAGGTTCAATCAAGGTATT
TACAGCATCTTTGTGTACATCATTGGGAGCTTCAATTGAAATTATGTCCATTAGGGTTCGTGCGTTAAATGGGGTTTTGGTCATGCTTCTTCGGTTTCTTCTGTACATCTGGACCCATGTGCCCAGGAGTTTACACCAGTCCTTATGCTATGTTCCAACCACCACAAATCTGCATAGATGCAGGACCATATATATCACCC
ACGGCAAGCCGGTGTTCGATTCTTGTGAATCCAGTCGTGCCCTTATATAATGCTTTTGATATGGGCATTCCTTATCCTGCTGCCTCAATTCCACAGTCGTATCCTTTTATGTCGTTTCTCGTTATTCCTTTCAATTTGGGAAGTCACGAGGAAATCAGGGAGAATCAGTTTGATGAGGATCTTCTCAGAGAACAAGCCAA
GATTGGCAATGCCTTTGCTGTTCTGAAGAATAGGTGGAAGATATTGGAGAAATTGAATGTGGATGTCAAGTATGCTGCCCAAACTGTTCTTGCTTGCTGTGTTTTGCACAACTTCTGCCAGATTGCCGGAGAGCCAGAGCCGGATGAGCAGATCGATAACTCCCCAAATCAGGATTTTGTCATTCCATATGAAAATGAAG
AAGAAGCTATTCTTTAGATAGAACGGATGGAGACTAGAAGAATCATGTTCATTGAATGGATTCGCAAGCACGAGGAGGCAGAGATGGAGAGAGAAACAAGAAGGCAGAGACTATTCTGATGGCTAAAGTTACACAGTGTATTGATTCCCCTTGAAACAACTATTGCTTATGGAGCTTAATTGGTATACGAGCCCTGAAAA
GCTAGCCAGGAAGCCAATCTCATTTTCTTCGGATATTTATTGTTTGGGTGTTCTCCTCTTCGAGGTATGAAGTTGAACAAAATTTGTTATACAATTTCACAGGAGATTGATTTCTGATAAAAATAAAATAATGAATTCAACTGTCTAAGTTGTCGTTAGCATTTTTCAAAATCAAAATAAAAAATCCAATTTTTTTGTTA
TTATCTTGCCTTGATATAAATCCTATTGGCGATAATCTTGTGAAGTGAATTGGCA

>TRINITY_DN123974_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTCGATCGGTGCACTCTAAGAAAGACCGAGGAAGACCGGGTAGGCGTGGGGGCTGAGACAGGCTCTGATTTGGGAGTCGGGTAGGGCTGGGAGGCCAAAAAAATTTCAGTATTAAGAAATTCGGCATGCCAATCCTTGGCCCTGGGCAAGCATAGCCAAAGGAACGCAAAAAATGAGAAGTCAGTTGAAGGTCTTGAAG
GAGCCCGTCAAATTTGGCGTTCAGATCTGTAATTTGTGTGGAAATATTGAACTTGTAGAAGAGCCAATACATACTCTGTGCAGTTGTGGGAATTGAAATAGCGCCATGTTTGGTTCGGTTTGACACCCCGTCTTCAATGGCATATTAGGCACCCTGCAGATCCAGCATCTGCAGCAATAAGAAGgtgagattcgaaagaa
cgcagatacgacattctcagtttcagtagtgatttctcgctccaaataaaagtatttagagcatttgtgcttcataagctccgaaaagagttctcattttgagcttcgatagtgatttcagGTTCAATCAAGGTATTTACAG

Intron 10 GTTGGTTACT ... TACCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.12	14	21.5	19
A2	67.74	5	13	8
A3	33.33	11	5	6
A4	56.1	9	16	7
A5	38.89	11	6	8
A6	42.16	12	9.5	8
A7	41.46	36	24	27
A8	60.44	9	16	11.5
A9	46.92	43	36	40
A10	53.55	18	18.5	23

>TRINITY_DN47717_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

AAGACGTTCTCTTTATGAGAAATTGGTTCTTGACATTGTAGCTAGATTCTTCGTCTATCAAGTGAATAAAATCCTGTCACGCATATCTTTGTCCAAATTCTCAAGGTTTCATCTTCCTTCGGCGAGGGTTTGTCTTTTCTGTTAAATTCGCTTTTCCGCCAAACTCACCAATTGAAGGTGGCAAGGAAGTCTCAATTCAT
TCGTCTTTTCCGCAATATTTTGTGTCAGAGCTTGATATTAAAGGTCGATCTTGCGGAGATTTGCACATACTGTGGAGATTTGTTGCAGGATATCCTAAGGAATTTTGGGACCCAACAATTCGAATTCACAACAATCTGGTGGCAACCCGGGGAGTTCAAGTTTTGAGGATCTGATTTCGGGATTTCGCAATGAGTTGGTG
GCTATGATATCTCTGGCGATCTTAGTTATACTCTTTTCAGTCCAGAGATTTGGAACCCAAAAAGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGT
GTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCAGAAAGCAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCATGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCCAACTATACATTC
CAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCATGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAGGATCTAATTTCGGGATTTCGCAATGGCGAGCCTGCGAACAAGACATGGAACTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGA
TTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGCCAATGTTTGCAGTTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGTGAGCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCAT
AAAGAAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCACGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCCAACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCGGGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGCCTATGATATCATGAGCAAAAGTTAAGTTGCATGA
ATCAAAACCTGGAGGTACAAACCGAGTTGTTGAGATCTTTGGGACACCAGAACAGACACATGCAACTCCAATCTTGCTTCAAGCATTTCCAATGCCTTGTCATAATGCACAAATGGCATGTGCAAATTTCTTACTTTTCAGGTAGTGGAACTAAGAGCGGGAATGCACTATGATAAATGTATTAAGGAAATCAAGAGGGC
CATCAAAAAACTAGAGGGCATAGAGACCTACAAAGTTGACACAGTTTCCCACAAGGTAACTGTTACTGGGATATAACTGCTAAAACGGTTCTCAAAATGCTGGTTAGATCTGGAAAGCCTGCTTCTTATTGGAATCAAAGAGCTTAGAGCTGGTTAAGCTCTGCTTATTGATTTACAAGAAGCTCCATTTCATGGAAAAT
CCAGAGTTCACTTTCATTATGCTGAATTTTATTCCTCAGTTTCAAAGATCGACTGCAGAACCATTTCCTCTACAGAACCCAATTCGGGTGACAAAATAGCAGAGACAATTAGGAATTTGCAGACCAAATGTTAAAGAACACAATTTTCTTTACGATTTAAAATTTCAGAAATTTTTTTTCTTGCAAATTATAGTAAGTAA
AACAACAACCTCGCATTGGTAGACAGACATATTTTTTTACAATTACAGTTATGTGGCTGATCCACAATTACAAAGCCTAGCCAGGTCCATGGGCCTCCAATTTGTTCTTGGACTTCCATCTATTCTTGAATAAACCAGTCTAGGGTGTGTCTGGCGAGATTGAGATTTGAGCCTGGGTTATCATTACGACAAGCCCCCCA
AATTTCTGATAGACCACAACCCGTCGGATGTATTGATGGACATAGTCACCACTCACCAAGTTTAAAAATTTTGGTAAGTTTGGCAGGGCAAGGTTCGGAAAGGTTCTGGCTTCCAAATTCTTTTGTAAAGGATGGGAAATATGGAACATTATTTTTCAAAGAAACCATTGTGAATCTCCCCCTTTTTAGTATAATATCTA
GATGGATGATGCCTCAATTTCCAGCTACAATAGCAGCTGGTAATCCTGAGGGGTTTTACTGGGGTTAAAACTGTGACCTATGGCCTCCAGGTCGCCATTGGGCAACATTCCTTGGGAAATATGGAACATAGAAAATTATACTTCAATTTATAGAACTTACTCAGAAATTCATATTCTCCCAGGAAAAATATATTGGTAAG
TAAAACAACAACCTCGCA

>TRINITY_DN47717_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ACAATGTGTTTTTATCCCTAGATTGAAGCTCAAGACTTCGATATTTAAGTCTATGCATTTCCTCATCTTCCCGGGATGTCTTCTAAATCTTGTTATGGAGAGACCTTTCTTCTATTTGAAGCTTCTTTATTAGCTCAAGTGATATGATTGATATTAATCTATTATTATATCAATATCTCAGGTATTAGGCCTCCACCAAA
TCCAATCTCAAAAAATATTAAGCAAAATATTTACTATAAACGCTATAGTCTACTTACTGGTTTTGTTTTTTCTACATTGGAATTTAATCTTGTTTCCAAGCAACAGTTATATCAGCAGTTCAAGGGATATAGAATATTGACAATTCAATCACCCAGGGTAAATACTCATCATGAAGCTCTTGGAGATTTATGTTAAAAAT
GGTAATGGCAATAAGGGAATTTAATTCAAATTTTGGATTGCAAAGTTGGTGGCTATGATATCTCTGTCGATCTTAGTTATACTATTTTCAGTCTAGAGATTTGGAACCCAAAAAgttggttactcatttgctcttctattttgatatggtactcatttattgttgtcattggcatctacaacattgcaaaatatgataca
acggtctttcaagctttctacccgaaatagatatttgaatacttcagaagaaattcaaagcggggttggatttcacttggtggaatagttctttgtataacaagtatacagtatgcttcagctgggtgaaatttttatttaaaaattatcgaagcgaggattcattgtttacattagatgggtaccatgcagGAATTGAA
GCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTT
CTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCAGAAAGCAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCATGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCCAACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCATGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAA
TATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAGGATCTAATTTCGGGATTTCGCAATGGCGAGCCTGCGAACAAGACATGGAACTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGAGTT
TCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGCCAATGTTTGCAGTTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGTGAGCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCATAAAGAAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCACGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTATGAAGGCC
AACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCGGGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGCCTATGGTATGTATCTATTA

Intron 11 GTATTGGGCA ... ACTGGAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.5	26.4	4	12
A2	16.53	10.3	2	2
A3	37.94	11.6	5	9
A4	44.87	8	4	9
A5	19.57	6.4	1	2
A6	24.75	13.8	3	6
A7	18.71	35.2	12	4
A8	30.75	17.3	8	7
A9	18.78	46.3	10	11
A10	22.61	33.3	10	9

>TRINITY_DN42472_c0_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

AAAAGTTGGTTACTCATTTGCTCTTCTATTTTGATATGGTACTCGTTTATTGTTTTCATTGGCATCTACAACATTGCAAAATATGATACAACGGTCTTTCAAGCTTTCTACCCGAAATAGATATTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGTTCTTTGTATAACAAGTATACA
GTATGCTTCAGCTGGGTGAAATTTTTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGTACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCA
GGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCAGAAAGCAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCATGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTAT
GAAGGCCAACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCATGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAGGATCTAATTTCGGGATTTCGCAATGGCGAGCCTGCGAACAAGACATGGAACTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTT
TCTATTCGTTCAATTCAGGTATTGGGCATTAACTGATTTGTATACTTGATTTAAATTTACCTTTTTCATTTTAAGGGTATGTATACAAGTAGCCTGACATGTGGTTCATCAGATTGCTTTTACTGGAATAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGA
GTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGG

>TRINITY_DN42472_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAAAGTTGGTTACTCATTTGCTCTTCTATTTTGATATGGTACTCGTTTATTGTTTTCATTGGCATCTACAACATTGCAAAATATGATACAACGGTCTTTCAAGCTTTCTACCCGAAATAGATATTTGAATACTTCAGAAGAAATTCAAAGCGGGGTTGGATTTCACTTGGTGGAATAGTTCTTTGTATAACAAGTATACA
GTATGCTTCAGCTGGGTGAAATTTTTATTTAAAAATTATCGAAGCGAGGATTCATTGTTTACATTAGATGGGTACCATGCAGGAATTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTTTCTATTCGTTCAATTCAGATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCA
GGGAGTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGGTCAATGTTTGCAGCTGCAATTGTTGCTTCTGTTATTGCGATCCAAGCGATGATCTCTGCCACTTTTTCTATCAGAAAGCAATACATGTCCCTTGCATGCTTTCCATGAGTTACAGTAGTGCACACTTCACCCAAGTAT
GAAGGCCAACTATACATTCCAGAAATCAACTACATTGATCCTTATGATGGCATGCGCTATTGTCATGGCTTCTTTCAAAGATACTACCAATATCAACAATGGGAGTTCAGGTTTTGAGGATCTAATTTCGGGATTTCGCAATGGCGAGCCTGCGAACAAGACATGGAACTGAAGCTATGTTTGCAGACCTAGGTCATTTT
TCTATTCGTTCAATTCAGgtattgggcattaactgatttgtatacttgatttaaatttacctttttcattttaagggtatgtatacaagtagcctgacatgtggttcatcagattgcttttactggaatagATTGCTTTTACTGGAATAGTGTACCCTGCTTTAATCTGCGCTATGTGGGGAAGCTGCATATCTCAGGGA
GTTTCTTGAAAATGTGTCAGATACTTTCTACAAATCAATTCCATGTGCTATATATTGG