sp|Q9LH50|RAA4D_ARATH ----> Ras-related protein RABA4d

Intron 1 GCAAGTACAT ... GATTTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.3	128	384.8	396
A2	71.37	140	345.3	353
A3	72.69	131	344.5	353
A4	67.17	164	348.5	323
A5	72.7	64	160	181
A6	74.08	231	512.8	808
A7	76.08	358	920.3	1358
A8	74.09	255	544.8	914
A9	74.04	339	848	1086
A10	73.89	334	812.3	1079

>TRINITY_DN103440_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

GAATGGTTGGCAGCAGGCAAGCGCCGAGAAATCCTTCCTTGAAGTCGTTACGAACTATTTAATTCACTTTAGTTGTTAATTTTTTAAGTGGTGGAGGGAAAGGCATGGGCCCAAAGCCTCTTGATTTTTTTTCCAATAGATTAGAAAGGGGCTGTCCTCCATTATTGTTTCCAGTACTCAAGTTTCCCGTGACATACGGC
ATGATTTACTCTAATTTTCTTACAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGA
TTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGAGAG

>TRINITY_DN103440_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGCAGCTTGACTAATCATGGACTACACTACTCAGAGAGCTGAGCTGTTGTCATCTACCATCACTAAATTCCTTGGGATCTGCTACTACTAATTGACACCTTGCAGCTCTCATGATGGCAATCCTCCCAAAACTGTTTTCTTAGGGTTTCCACGGAGCGTACTCTCTTCAGCGACGCCGTAAACGATTAGACTTGTGTTTC
ATCAATGGAAAAAATTAATGACAGCAGTCGTTTTAAATATTTAATCCCAACTGCATTCCACCGCCTTTAATATCAGAAAATCTACACAGTTACCAGGTGCAGTAGCTGTACACCGGGGGCCAGACAGCTGTTGTGCAAACCTTATCGGTGAATCAAACCCCGCCAGAAGAATGAGTCTCGCTAATCACCTACCAGAATTC
AATAAGTCCGAATGGTTGGCAGCAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGgcaagtacattctaaaattctgttgcagagtttggaggcttttgtaaagtataggcaacaaa
gatttggcggaaatcactccaaatttggccggagttatagtacgcattgtggagtgtcgtgccgttgtcagaatgatcgagtctatgtttgcagaaatgtagtcggaggtcgtctgcttattttgtcagagatttagagagttttgacaagacttgaaattcagttgaagattttaaagGATGGCGAGCCCGTACGGAGA
TTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTC
AAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAA
GAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATC
AAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAA
GCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTA
GATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCTTTATCAATTGTGTGAATGATGTTTAATGCATTCCCAGCTAAAAAGGTTTTCGCCGATAGTTGAGTAGCTC

Intron 2 GCAAGCGCCG ... TTTCTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.29	168	16.7	461
A2	72.3	169	10	441
A3	79.46	129	4.7	499
A4	76.79	146	0.7	483
A5	73.15	87	7	237
A6	75.91	211	8.7	665
A7	76.33	410	16.3	1322
A8	74.77	243	10.3	720
A9	74.25	404	13.3	1165
A10	74.04	424	23.7	1209

>TRINITY_DN103440_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

AGCAGCTTGACTAATCATGGACTACACTACTCAGAGAGCTGAGCTGTTGTCATCTACCATCACTAAATTCCTTGGGATCTGCTACTACTAATTGACACCTTGCAGCTCTCATGATGGCAATCCTCCCAAAACTGTTTTCTTAGGGTTTCCACGGAGCGTACTCTCTTCAGCGACGCCGTAAACGATTAGACTTGTGTTTC
ATCAATGGAAAAAATTAATGACAGCAGTCGTTTTAAATATTTAATCCCAACTGCATTCCACCGCCTTTAATATCAGAAAATCTACACAGTTACCAGGTGCAGTAGCTGTACACCGGGGGCCAGACAGCTGTTGTGCAAACCTTATCGGTGAATCAAACCCCGCCAGAAGAATGAGTCTCGCTAATCACCTACCAGAATTC
AATAAGTCCGAATGGTTGGCAGCAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAA
GATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCATTGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGA
TTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTC
AAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAA
GAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATC
AAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAA
GCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTA
GATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCTTTATCAATTGTGTGAATGATGTTTAATGCATTCCCAGCTAAAAAGGTTTTCGCCGATAGTTGAGTAGCTC

>TRINITY_DN103440_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAATGGTTGGCAGCAGgcaagcgccgagaaatccttccttgaagtcgttacgaactatttaattcactttagttgttaattttttaagtggtggagggaaaggcatgggcccaaagcctcttgattttttttccaatagattagaaaggggctgtcctccattattgtttccagtactcaagtttcccgtgacatacggc
atgatttactctaattttcttacagGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAA
GATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCATTGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGA
TTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTC
AAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAA
GAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATC
AAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAA
GCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTA
GATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCTTTATCAATTGTGTGAATGATGTTTAATGCATTCCCAGCTAAAAAGGTTTTCGCCGATAGTTGAGTAGCTC

Intron 3 GCAAGCGCCG ... GGAGGGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.12	168	0	95
A2	36.23	169	0	96
A3	38.57	129	1	81
A4	42.06	146	0	106
A5	39.16	87	0	56
A6	40.73	211	1	145
A7	37.5	410	3	246
A8	38.48	243	0	152
A9	36.08	404	0	228
A10	32.48	424	2	204

>TRINITY_DN103440_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

AGCAGCTTGACTAATCATGGACTACACTACTCAGAGAGCTGAGCTGTTGTCATCTACCATCACTAAATTCCTTGGGATCTGCTACTACTAATTGACACCTTGCAGCTCTCATGATGGCAATCCTCCCAAAACTGTTTTCTTAGGGTTTCCACGGAGCGTACTCTCTTCAGCGACGCCGTAAACGATTAGACTTGTGTTTC
ATCAATGGAAAAAATTAATGACAGCAGTCGTTTTAAATATTTAATCCCAACTGCATTCCACCGCCTTTAATATCAGAAAATCTACACAGTTACCAGGTGCAGTAGCTGTACACCGGGGGCCAGACAGCTGTTGTGCAAACCTTATCGGTGAATCAAACCCCGCCAGAAGAATGAGTCTCGCTAATCACCTACCAGAATTC
AATAAGTCCGAATGGTTGGCAGCAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAA
GATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCATTGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGA
TTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTC
AAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAA
GAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATC
AAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAA
GCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTA
GATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCTTTATCAATTGTGTGAATGATGTTTAATGCATTCCCAGCTAAAAAGGTTTTCGCCGATAGTTGAGTAGCTC

>TRINITY_DN103440_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAATGGTTGGCAGCAGgcaagcgccgagaaatccttccttgaagtcgttacgaactatttaattcactttagttgttaattttttaagtggtggagggaaagGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGAC
TGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAAGATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCATTGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTT
TGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGAT
TGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAG
GCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAAGAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGC
AGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATCAAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTC
TGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAAGCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTA
GTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTAGATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCTTTA
TCAATTGTGTGAATGATGTTTAATGCATTCCCAGCTAAAAAGGTTTTCGCCGATAGTTGAGTAGCTC

Intron 4 GTTTTCCTGT ... TTGAGCGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.32	396	95.5	101
A2	20.67	353	69.5	92
A3	18.48	353	94.1	80
A4	18.43	323	74.2	73
A5	19.91	181	45.4	45
A6	22.83	808	189.9	239
A7	17.4	1358	301.7	286
A8	19.75	914	198	225
A9	20.15	1086	268.2	274
A10	14.3	1079	287.5	180

>TRINITY_DN116884_c7_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGTTGGCAGCAGGCAAGCGCCGAGAAATCCTTCCTTGAAGTCGTTACGAACTATTTAATTCACTTTAGTTGTTAATTTTTTAAGTGGTGGAGGGAAAGGCATGGGCCCAAAGCCTCTTGATTTTTTTTCCAATAGATTAGAAAGGGGCTGTCCTCCATTATTGTTTCCAGTACTCAAGTTTCCCGTGACATACGGCATGA
TTTACTCTAATTTTCTTACAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAAGATT
TGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCATTGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTAT
GACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGA
GAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAAGAAG
ATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATCAAGT
CCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAAGCAT
ATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTAGATT
TCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCTTTATCAATTGTGTAAATGATGTTTAATGCATTCCCAGCTAAAAAGGTTTTCGCCG

>TRINITY_DN116884_c7_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCATAATGGTTGTGCTTGATGCAAAGGGTGCATTATGATGCATCAGCTTGACTAATCATGGACTACACTACTCAGAGAGCTGAGCTGTTGTCATCTACCATCACTAAATTCCTTGGGATCTGCTACTACTAATTGACACCTTGCAGCTCTCATGATGGCAATCCTCCCAAAACTGTTTTCTTAGGGTTTCCACGGAGCG
TACTCTCTTCAGCGACGCCGTAAACGATTAGACTTGTGTTTCATCAATGGAAAAAATTAATGACAGCAGTCGTTTTAAATATTTAATCCCAACTGCATTCCACCGCCTTTAATATCAGAAAATCTACACAGTTACCAGGTGCAGTAGCTGTACACCGGGGGCCAGACAGCTGTTGTGCAAACCTTATCGGTGAATCAAAC
CCCGCCAGAAGAATGAGTCTCGCTAATCACCTACCAGAATTCAATAAGTCCGAATGGTTGGCAGCAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTC
TGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAAGATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCATTGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAA
ATTCAGTTGAAGATTTTAAAGgttttcctgtcttccctttttgagctttaattaccagccggtttggcattcttttccgttttttttactatactattttccgttttatttgcttccttggaggtttcaagttagttcgaattttgaaaatgtttgaggtactcatgaaatttcgtgtttgacgtactgatgaactttcg
ttgaaacttgaccttttcttgaagattgaagattttagattgtgaaaattaaactttcttttgcgttttcgatgaacttaggtccttatttgcttctctgacgaataatttagaggttttggtaaaatttcagctgagtttgggtttttgagcgtagGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTATGACCAGAGAATTGATTAC
ATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGAGAGGTTTGATGTTTATAA
AACTTTAATTTCTATGTTCTGTTTTCTTAATCTCCATGATTTTTTGAGATTATTTGAAATATTCTTGGAAAGAAACTTAAAAATAAAAATGATTGAATAGATTTGCAGGGTTTTTAGTTTTAGTTCAGTAGATTTTGATTATATTAGTTCTATGATTTAATTGACCGGAATAATCCTATTGCCTGTCAGGTTTCCGAGAA
TTTTTTCGCGTAAAATCTTGAAAGGCAGTTCAAGTAGAGATGTATGTTTAGGATTCAGATAGAAGTTTTAGA

Intron 5 GCATGGGCCC ... TTTCTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.83	95	169	461
A2	76.67	96	190	441
A3	81.42	81	211	499
A4	74.73	106	144	483
A5	75	56	99	237
A6	75.77	145	242	665
A7	78.73	246	499	1322
A8	76.85	152	289	720
A9	77.79	228	432	1165
A10	80.38	204	462	1209

>TRINITY_DN103440_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GAATGGTTGGCAGCAGGCAAGCGCCGAGAAATCCTTCCTTGAAGTCGTTACGAACTATTTAATTCACTTTAGTTGTTAATTTTTTAAGTGGTGGAGGGAAAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGAC
TGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAAGATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCATTGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTT
TGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGAT
TGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAG
GCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAAGAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGC
AGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATCAAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTC
TGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAAGCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTA
GTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTAGATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCTTTA
TCAATTGTGTGAATGATGTTTAATGCATTCCCAGCTAAAAAGGTTTTCGCCGATAGTTGAGTAGCTC

>TRINITY_DN103440_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAATGGTTGGCAGCAGGCAAGCGCCGAGAAATCCTTCCTTGAAGTCGTTACGAACTATTTAATTCACTTTAGTTGTTAATTTTTTAAGTGGTGGAGGGAAAGgcatgggcccaaagcctcttgattttttttccaatagattagaaaggggctgtcctccattattgtttccagtactcaagtttcccgtgacatacggc
atgatttactctaattttcttacagGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAA
GATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCATTGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGA
TTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTC
AAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAA
GAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATC
AAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAA
GCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTA
GATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCTTTATCAATTGTGTGAATGATGTTTAATGCATTCCCAGCTAAAAAGGTTTTCGCCGATAGTTGAGTAGCTC

Intron 6 GTTTTCCTGT ... TTGAGCGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.92	396	115	82
A2	18	353	84	71
A3	21.21	353	113	77
A4	19.95	323	90	71
A5	20.26	181	55	37
A6	21.13	808	231	202
A7	18.95	1358	367	268
A8	19.82	914	241	211
A9	20.87	1086	325	248
A10	19.39	1079	350	169

>TRINITY_DN43330_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

TTTGTATAAGTAAACCATAATGGTTGTGCTTGATGCAAAGGGTGCATTATGATGCATCAGCTTGACTAATCATGGACTACACTACTCAGAGAGCTGAGCTGTTGTCATCTACCATCACTAAATTCCTTGGGATCTGCTACTACTAATTGACACCTTGCAGCTCTCATGATGGCAATCCTCCCAAAACTGTTTTCTTAGGG
TTTCCACGGAGCGTACTCTCTTCAGCGACGCCGTAAACGATTAGACTTGTGTTTCATCAATGGAAAAAATTAATGACAGCAGTCGTTTTAAATATTTAATCCCAACTGCATTCCACCGCCTTTAATATCAGAAAATCTACACAGTTACCAGGTGCAGTAGCTGTACACCGGGGGCCAGACAGCTGTTGTGCAAACCTTAT
CGGTGAATCAAACCCCGCCAGAAGAATGAGTCTCGCTAATCACCTACCAGAATTCAATAAGTCCGAATGGTTGGCAGCAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATTTTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTA
CATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAAGATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCATTGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTT
GACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGG
ACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGT
TATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAAGAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATG
AAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATCAAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAG
GTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAAGCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGC
TGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTAGATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCT

>TRINITY_DN43330_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTACGAACTATTTAATTCACTTTAGTTGTTAATTTTTTAAGTGGTGGAGGGAAAGGCATGGGCCCAAAGCCTCTTGATTTTTTTTCCAATAGATTAGAAAGGGGCTGTCCTCCATTATTGTTTCCAGTACTCAAGTTTCCCGTGACATACGGCATGATTTACTCTAATTTTCTTACAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATT
TTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAAGATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCAT
TGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGgttttcctgtcttccctttttgagctttaattaccagccggtttggcattcttttccgttttttttta
ctatactattttccgttttatttgcttccttggaggtttcaagttagttcgaattttgaaaatgtttgagctgagtttgggtttttgagcgtagGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTT
GCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAG
CTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAAGAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCAT
TTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATCAAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCA
TTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAAGCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGT
TTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTAGATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATT
TCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCT

Intron 7 GTGAAAATTA ... TTGAGCGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.49	81	23	101
A2	54.76	76	16	92
A3	45.98	94	17	80
A4	47.71	80	11	73
A5	56.96	34	6	45
A6	54.2	202	46	239
A7	47.35	318	36	286
A8	48.91	235	42	225
A9	52.29	250	33	274
A10	47.24	201	10	180

>TRINITY_DN37659_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGAGTTTTGACAAGACTTGAAAGTAAGTTGAAGATTTTAAAGGTTTTCCTGTCTTCCCTTTTTGAGCTTTAATTACCAGCCGGTTTGGCATTCTTTTCCGTTTTTTTTACTATACTATTTTCCGTTTTATTTGCTTCCTTGGAGGTTTCAAGTTAGTTCGAATTTTGAAAATGTTTGAGGTACTCATGAAATTTCGTGT
TTGACGTACTGATGAACTTTCGTTGAAACTTGACCTTTTCTTGAAGATTGAAGATTTTAGATTGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAAT
CAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGAGAG

>TRINITY_DN37659_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAGAGTTTTGACAAGACTTGAAAGTAAGTTGAAGATTTTAAAGGTTTTCCTGTCTTCCCTTTTTGAGCTTTAATTACCAGCCGGTTTGGCATTCTTTTCCGTTTTTTTTACTATACTATTTTCCGTTTTATTTGCTTCCTTGGAGGTTTCAAGTTAGTTCGAATTTTGAAAATGTTTGAGGTACTCATGAAATTTCGTGT
TTGACGTACTGATGAACTTTCGTTGAAACTTGACCTTTTCTTGAAGATTGAAGATTTTAGATTgtgaaaattaaactttcttttgcgttttcgatgaacttaggtccttatttgcttctctgacgaataatttagaggttttggtaaaatttcagctgagtttgggtttttgagcgtagGATGGCGAGCCCGTACGGAGA
TTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTC
AAGAGAGGTTTGATGTTTATAAAACTTTAATTTCTATGTTCTGTTTTCTTAATCTCCATGATTTTTTGAGATTATTTGAAATATTCTTGGAAAGAAACTTAAAAATAAAAATGATTGAATAGATTTGCAGGGTTTTTAGTTTTAGTTCAGTAGATTTTGATTATATTAGTTCTATGATTTAATTGACCGGAATAATCCTA
TTGCCTGTCAGGTTTCCGAGAATTTTTTCGCGTAAAATCTTGAAAGGCAGTTCAAGTAGAGATGTATGTTTAGGATTCAGATAGAAGTTTTAGAGTTATATGCCTGATTTCATGCTTTCTTTAAAAAGTTGTAGCTATTCAGCCCTTTCGTTCGTTGCCTTTTGGATTTTACTGTTTATAAAAATGGGGGTTATGTTCTA
TTTTTTTTCCTCGATTGTTTCCAGGGTAAAGCTATAAATATTGTTGTTATTTTCACACATATGAAGCGTTTATTCACCATATTTCACTGGGATTCGCTGAGCTTTGGCGTTTTGCTGCGATCATTGCATTCAGAGTTACACTGAACAAGAAATGGAAAATATCTCTTCCAGATCTTTTGAAATGCAATCTCATTAGCCTG
AAAATACTTTGGCCGAAGAAGTTGGCCGGCTGTCATCTATGCATAGAACTGTCTACTGCTGTCAATAATCTGGTATTTCTTTGGGCAAAACCATCATCAACCACAATCTGTGGAATATGCTAGAAAATGAAACGTTATTTTATTATTTTAGCACTATCTATGGTGTCTATTTTCCATATGGGCCC

Intron 8 GTACTCATGA ... AAAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.09	45	7	65
A2	66.15	22	8	43
A3	53.42	34	5	39
A4	57.38	26	6	35
A5	63.64	12	2	21
A6	60.95	82	6	128
A7	54.44	123	8	147
A8	56.67	91	7	119
A9	57.98	108	8	149
A10	54.67	68	1	82

>TRINITY_DN43330_c1_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

TTACGAACTATTTAATTCACTTTAGTTGTTAATTTTTTAAGTGGTGGAGGGAAAGGCATGGGCCCAAAGCCTCTTGATTTTTTTTCCAATAGATTAGAAAGGGGCTGTCCTCCATTATTGTTTCCAGTACTCAAGTTTCCCGTGACATACGGCATGATTTACTCTAATTTTCTTACAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATT
TTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAAGATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCAT
TGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGTTTTCCTGTCTTCCCTTTTTGAGCTTTAATTACCAGCCGGTTTGGCATTCTTTTCCGTTTTTTTTTA
CTATACTATTTTCCGTTTTATTTGCTTCCTTGGAGGTTTCAAGTTAGTTCGAATTTTGAAAATGTTTGAGCTGAGTTTGGGTTTTTGAGCGTAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTT
GCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTCTAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAG
CTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTGAGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAAGAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCAT
TTATAACAGCTCTGACTGAAATTTACCGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATCAAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCA
TTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGATTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAAGCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGT
TTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAATAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTAGATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATT
TCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATAGTTTGCTCT

>TRINITY_DN43330_c1_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTACGAACTATTTAATTCACTTTAGTTGTTAATTTTTTAAGTGGTGGAGGGAAAGGCATGGGCCCAAAGCCTCTTGATTTTTTTTCCAATAGATTAGAAAGGGGCTGTCCTCCATTATTGTTTCCAGTACTCAAGTTTCCCGTGACATACGGCATGATTTACTCTAATTTTCTTACAGGAATTCTCAATCTTGCGGAATT
TTATTAAACAGTCGCAGCAGGTATCTGTTGCTGTAGCGCCATGGCGCTTTTCGGAAACCTAAAGGATAGCACCGACTGATATCAGCTCTGGGCAAGTACATTCTAAAATTCTGTTGCAGAGTTTGGAGGCTTTTGTAAAGTATAGGCAACAAAGATTTGGCGGAAATCACTCCAAATTTGGCCGGAGTTATAGTACGCAT
TGTGGAGTGTCGTGCCGTTGTCAGAATGATCGAGTCTATGTTTGCAGAAATGTAGTCGGAGGTCGTCTGCTTATTTTGTCAGAGATTTAGAGAGTTTTGACAAGACTTGAAATTCAGTTGAAGATTTTAAAGGTTTTCCTGTCTTCCCTTTTTGAGCTTTAATTACCAGCCGGTTTGGCATTCTTTTCCGTTTTTTTTAC
TATACTATTTTCCGTTTTATTTGCTTCCTTGGAGGTTTCAAGTTAGTTCGAATTTTGAAAATGTTTGAGgtactcatgaaatttcgtgtttgacgtactgatgaactttcgttgaaacttgaccttttcttgaagattgaagattttagattgtgaaaattaaactttcttttgcgttttcgatgaacttaggtccttat
ttgcttctctgacgaataatttagaggttttggtaaaatttcagCTGAGTTTGGGTTTTTGAGCGTAGGATGGCGAGCCCGTACGGAGATTATGACCAGAGAATTGATTACATGTTTAAGGTGGTAGTGATTGGAGATTCTGCAGTTGGAAAGTCGCAAATACTGTCTCGGTTTGCAAAGAATGAATTCAGTCTGGATTC
TAAATCAACGATTGGAGTCGAGTTCCAGACGAGGACACTCGTTATTGATAACAAGACTATCAAGACACAAATATGGGACACAGCTGGTCAAGAGAGATACAGAGCAGTTACTAGTGCTTACTACAGGGGTGCTCTTGGGGCAATGTTGGTGTACGACATAACCAAGCGCCAAAGCTTCGATCATGTGGCCAGGTGGCTTG
AGGAGTTGAGAGGCCATGCTGACAACAATATTGTTATCATGCTGATAGGCAACAAATGTGATCTTCGAGACATGCGTGCTGTGCCGGAAGAAGATGCAAAAGAATTTGCACAGAGGGAAGGTCTGTTTTTCTTTGAAACATCAGCGCTGGAGGCAATTAATGTGGAGACGGCATTTATAACAGCTCTGACTGAAATTTAC
CGGATAGTAAGCAGAAAGGCCCTTACAGCAAATGAAGATGAAGTGAATGGGAATGCTGCTGCATTGACTGGCACTAAAATTGTTCTATCAAGTCCAGAACAGCCTGTTATGCCTGTGAAGAAAAAGAGCTGTTGTTGATCACATTTATTGTTTATCGTTTCAATCTGCTTGGCATTGACGTGATCCCTCTGTAATATTGA
TTTGCATTTTTCTGTGATCCTTCCTTAACTGCAGGTGTACTTCCGAGAGTTGTTGAAACGCTTTTAGATTCTAAAATTTCGTTGCCCAAGCATATCTTTTGCATCTTTGCAGTATTCACAGTATACGAGATTTTCTCTGCATTCTGATTTGATATCTGGAATATTTTACGGTGTTTCATTGGTATCAAAATGGAAGCCAA
TAGTTGCAACTAGTTAAAGCATTTTCTCAGTCGCTGGCTAAAGGGGCACAAACAATGCTCATTCCTTCTGGCTACAAACGGAATAGTTAGATTTCTTGAACAAAATGTCACACGTTATCCTTTGTCAGATCCATGTTAGGATGTCTGCCCACCACAAAAATGTTTACATATATTTCATTATTTTGCAGTAAGAAAAAATA
GTTTGCTCT