sp|Q01JD1|SPL7_ORYSI ----> Squamosa promoter-binding-like protein 7

Intron 1 GTATGCATTT ... CTACTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.16	6	19	5
A2	44.14	11.5	9	10
A3	50	4	4	4
A4	77.09	5.5	13	7
A5	74.69	5.5	13	2
A6	71.63	19	38	0
A7	66.89	18.5	31	1
A8	59.76	18.5	25	1
A9	61.4	19.5	28	0
A10	56.25	8	10	0

>TRINITY_DN44971_c0_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

GAAGGCAGCAACGGGCAGGTGCGAATTTCGTTGTTCCTGTATCTTCTAATTATAGGTGTTTTTAACGCTAATCGCGTTCTGTGTTCCTCCCTGCATTCAATTGCTCAATTTCTCCAGGTACTCGCTCTTCTTCCAGGCTCAGTCATTTGAAATCCAAACTGACTGAACAATTCAACTGTTTTCACAATGATATAGCTGCA
TTCATTACGCTATGCCTTCAGGCCTTGTCAAAAGCTTTTCTCTTATGGAAGTTTTGTTCAGACAACAAGTTTTGGTCTGTGAAGAAGTCCATTAATGTCATCAAGGATGTTCAAGGGGATCCCTTGACGTGCGAATCCAGCCAAGGTAATTAAGCACATCTTTCGTAATAGCATTGGTGATTGTGTTTGTAAGAAGCCCA
GGGCTTTGCTGGCTTTGACCGCCCAACCCGCCCGCTGTCAAGTGGAAGGGTGCAACATAGTGTTGGAAAATGCAAAAGAATATCACAAGAGGCATAAACTCTGTGAAATGCATTCCAAATCCCCCACAGTCATTGTTCTCGGCACCGAGCAACGCTTCTGTCAGCAGTGTAGCAGATTCCATGGCATAGTGGAATTTGAC
AACGCAGAGAGAAATTGCGGGAGAAGGTTGGCGGGACACAATGAACGGCAGAGGAAGTGCTCGTTAGAGTCATTGGCTAACTCCGGCAGCCAAGGTAATTTTAATATATGTAAATTTGAATTTTATGTTATTGTAAGGCGAAGATGTGCATGCATTCAAGCACATGTTCATGAGTTGACAATCGCATACTTGTTGAACTT
TGTTTAGTTTTGTCAGACGATAATTCTCTAATTTGGCCTTGTGAAACTTTCAGATGATGAGTGTGCAAAAACCTCC

>TRINITY_DN44971_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CACGGGGGTTTCGGCCACCACGTGTCCCGTCCGTCCCGTCCTCTGTCCGACGTTCTGTGCGATGACATGAGTTTGGGAACGCGAAATTAATGGAGCCGGTGATGAAAGAGCTCGAGGCTCTGAAGGTCGTTGGGAAGGGGGCCACGGGACCGTGCTCTTGGTCCGGAGCCGGAGGGAAGGCAGGTGCGAATTTCGTTGTT
TCGGTATCTTTTATAGGTGTTTTTAATGCTCATCGCGTTCTGTGTTCCTCCCTGCATTCAATTGCTCAATTTCTCCAGGCTCAGTCATTTGAAATCCAAACTGACTGAACAATTCAACTGTTTTCACAATGgtatgcatttctgaagttctggtttgacgacatgaaggctaagatctaggatatatatttgtgctatgg
tttgtgctttgatttgatgtgtgcatttacgttgctagcaagatttctactttcagATATAGCTGCATTCATTACGCTATGCCTTCAGGCCTTGTCAAAAGCTTTTCTCTTATGGAAGTTTTGTTCAGACAACAAGTTTTGGTCTGTGAAGAAGTCCATTAATGTCATCAAGGATGTTCAAGGGGATCCCTTGACGTGCG
AATCCAGCCAAGGTAATTAAGCACATCTTTCGTAATAGCATTGGTGATTGTGTTTGTAAGAAGCCCAGGGCTTTGCTGGCTTTGACCGCCCAACCCGCCCGCTGTCAAGTGGAAGGGTGCAACATAGTGTTGGAAAATGCAAAAGAATATCACAAGAGGCATAAACTCTGTGAAATGCATTCCAAATCCCCCACAGTCAT
TGTTCTCGGCACCGAGCAACGCTTCTGTCAGCAGTGTAGCAGATTCCATGGCATAGTGGAATTTGACAACGCAGAGAGAAATTGCGGGAGAAGGTTGGCGGGACACAATGAACGGCAGAGGAAGTGCTCGTTAGAGTCATTGGCTAACTCCGGCAGCCAAGGTAATTTTAATATATGTAAATTTGAATTTTATGTTATTG
TAAGGCGAAGATGTGCATGCATTCAAGCACATGTTCATGAGTTGACAATCGCATACTTGTTGAACTTTGTTTAGTTTTGTCAGACGATAATTCTCTAATTTGGCCTTGTGAAACTTTCAGATGATGAGTGTGCAAAAACCTCC

Intron 2 GTGAGTAAAT ... GGATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.95	32	4	9
A2	17.07	34	1	7
A3	19.35	50	0	12
A4	21.43	33	0	9
A5	19.23	21	2	5
A6	20.43	183	0	47
A7	19.4	187	0	45
A8	16.3	113	1	22
A9	18.18	153	0	34
A10	16.42	168	0	33

>TRINITY_DN44971_c0_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

GTGAGCGTTATTAATGATTGTAAATGAATACGTCAGTCATCGACATGTGAATTAATGGTTGATTAATGCGTCGCTTATTATTAATGGTTGATTGCTTCGCAAGGCAGGTGCGAATTTCGTTGTTCCGGTATCTTTTATAGGTGTTTTTAACACTCATCGCGTTCTGTGTTCCTCCCTGCATTCAATTGCTCAATTTCTCC
AGGCTCAGTCATTCGAAATCCAAACTGACTGAACAATTCAACTGTTTTCACAATGTTCTTTGGGGGTTATGGATATCCTGCTACATCATTCGAGCAGACTTATAGATGTTATTCGGCTTCATTTATTGACAAGCCTCAGCTGGAAAGTGGTGACAAAATTATAATGCCTCCGTCAGCTCTTGATCGTCTGGCATCTCTAC
ACATAGATTATCCAATGCTTTTTGAGCTTCATAATCCAGTAACGCAGCGTACATCACACTGTGGAGTACTTGAGTTTATTGCTGAGGAGGGCATGATTTATATGCCATATTGGATGATGGAAAATATGGTTTTAAAAGAGGGAGATACACTGAAAGTGAAGAATGCCACCCTTCCAAAAGGGACATATGTTAAACTGCAG
CCGCATACAAAGGATTTTCTTGACATATCTAATCCTAAAGCAGTGTGAGTGCTTAAGATGAATGTTAAACAGCAGCCCCATACAAGGATTCTGTTACATTCTGCTTAATTGGAGTGTATAGATTTGTATAGATTTGTAGAGATTCAAATCCTGCATGTAAAATGATGATATTTGGCAAAATTTAAATGTGTGAAATAAGG
CATTTGCATGTTGCGATTCTTGGTAGAGTACAGTTAATTTTATTTTCAATAATTGCAGGTTGGAGACTAC

>TRINITY_DN44971_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCCGTCAGCTCTTGATCGTCTGGgtgagtaaatgctttattcgtgttttactgtttgttctatatcctgttttactatttgttcatttgttcttaatcacataacattgcagagaccattattgtagaataggtttagggttgattgtatgcttaataattctttacacagaaattgtcatatcagtagtgttggtcatt
ttactttaatgctacacaaacaaagtatagtggccatttgtactactttgttcatccttttctatgcgcgttcatcctggatggtacaaactacatactacattctcctgccctgaagtaaatctcattacctttgtttaatggatttgcagCATCTCTACACATAGATTATCCAATGCTTTTTGAGCTTCATAATCCAG
TAACGCAGCGTACATCACACTGTGGAGTACTTGAGTTTATTGCTGAGGAGGGCATGATTTATATGCCATATTGGATGATGGAAAATATGGTTTTAAAAGAGGGAGATACACTGAAAGTGAAGAATGCCACCCTTCCAAAAGGGACATATGTTAAACTGCAGCCGCATACAAAGGATTTTCTTGACATATCTAATCCTAAA
GCAGTGTGAGTGCTTAAGATGAATGTTAAACAGCAGCCCCATACAAGGATTCTGTTACATTCTGCTTAATTGGAGTGTATAGATTTGTATAGATTTGTAGAGATTCAAATCCTGCATGTAAAATGATGATATTTGGCAAAATTTAAATGTGTGAAATAAGGCATTTGCATGTTGCGATTCTTGGTAGAGTACAGTTAATT
TTATTTTCAATAATTGCAGGTTGGAGACTAC

Intron 3 GTTAGCATTT ... ATTGGATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	21	7
A2	51.72	7	9	6
A3	71.43	5	15	10
A4	58.82	7	16	4
A5	100	0	5	2
A6	33.33	1	0	1
A7	40	6	1	7
A8	27.27	4	0	3
A9	75	1	1	5
A10	0	1	0	0

>TRINITY_DN36659_c2_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TATTTGTGCTATGGTTTGTGCTTTGATTTGATGTGTGCATTTACGTTGCTAGCAAGATTTCTACTTTCAGATATAGCTGCATTCATTACGCTATGCCTTCAGGCCTTGTCAAAAGCTTTTCTCTTATGGAAGTTTTGTTCAGACAACAAGTTTTGGTCTGTGAAGAAGTCCATTAATGTCATCAAGGATGTTCAAGGGGA
TCCCTTGACGTGCGAATCCAGCCAAGGTAATTAAGCACATCTTTCGTAATAGCATTGGTGATTGTGTTTGTAAGAAGCCCAGGGCTTTGCTGGCTTTGACCGCCCAACCCGCCCGCGGTCAAGTGGAAGGGTGCAACATAGTGTTGGAAAATGCAAAAGAATATCACAAGAGGCATAAACTCTGTGAAATGCATTCCAAA
TCCCCCACAGTCATTGTTCTCGGCACCGAGCAACGCTTCTGTCAGCAGTGTAGCAGATTCCATGGCATAGTGGAATTTGACAACGCAGAGAGAAATTGCGGGAGAAGGTTGGCGGGACACAATGAACGGCAGAGGAAGTGCTCGTTAGAGTCATTGGCTAACTCCGGCAGCCAAGGTAATTTTAATATATGTAAATTTGA
ATTTTATGTTATTGTAAGGCGAAGATGTGCATGCATTCAAGCACATGTTCATGAGTTGACAATCGCATACTTGTTGAACTTTGTTTAGTTTTGTCAGACGATAATTCTCTAATTTGGCCTTGTGAAACTTTCAGATGATGAGTGTG

>TRINITY_DN36659_c2_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TATTTGTGCTATGGTTTGTGCTTTGATTTGATGTGTGCATTTACGTTGCTAGCAAGATTTCTACTTTCAGATATAGCTGCATTCATTACGCTATGCCTTCAGGCCTTGTCAAAAGCTTTTCTCTTATGGAAGTTTTGTTCAGACAACAAGgttagcatttttatcatcccggatttggaaatcgaactaaatatggtatc
gctggatttggaaatattcatcatgtgaaaagaacctgaaagtgtatctgtattttcgttggattggattagTTTTGGTCTGTGAAGAAGTCCATTAATGTCATCAAGGATGTTCAAGGGGATCCCTTGACGTGCGAATCCAGCCAAGGTAATTAAGCACATCTTTCGTAATAGCATTGGTGATTGTGTTTGTAAGAAGC
CCAGGGCTTTGCTGGCTTTGACCGCCCAACCCGCCCGCGGTCAAGTGGAAGGGTGCAACATAGTGTTGGAAAATGCAAAAGAATATCACAAGAGGCATAAACTCTGTGAAATGCATTCCAAATCCCCCACAGTCATTGTTCTCGGCACCGAGCAACGCTTCTGTCAGCAGTGTAGCAGATTCCATGGCATAGTGGAATTT
GACAACGCAGAGAGAAATTGCGGGAGAAGGTTGGCGGGACACAATGAACGGCAGAGGAAGTGCTCGTTAGAGTCATTGGCTAACTCCGGCAGCCAAGGTAATTTTAATATATGTAAATTTGAATTTTATGTTATTGTAAGGCGAAGATGTGCATGCATTCAAGCACATGTTCATGAGTTGACAATCGCATACTTGTTGAA
CTTTGTTTAGTTTTGTCAGACGATAATTCTCTAATTTGGCCTTGTGAAACTTTCAGATGATGAGTGTG

Intron 4 GTATGCATTT ... ATGCCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.78	1	5	2
A2	54.84	7	7	10
A3	45.45	6	3	7
A4	100	0	1	7
A5	66.67	1	3	1
A6	38.46	8	9	1
A7	40.74	8	7	4
A8	41.94	9	10	3
A9	36.36	7	7	1
A10	33.33	8	7	1

>TRINITY_DN43616_c0_g4_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GGTGGCCACGGGACCGTGCTCTTGGTCCGGAGCCGGAGGGAAGGCAGGTGCGAATTTCGTTGTTTCGGTATCTTTTATAGGTGTTTTTAATGCTCATCGCGTTCTGTGTTCCTCCCTGCATTCAATTGCTCAATTTCTCCAGGTACTCGCTCTTCTTCCAGGCTCAGTCATTTGAAATCCAAACTGACTGAACAATTCAA
CTGTTTTCACAATGGCCTTGTCAAAAGCTTTTCTCTTATGGAAGTTTTGTTCAGACAACAAGTTTTGGTCTGTGAAGAAGTCCATTAATGTCATCAAGGATGTTCAAGGGGATCCCTTGACGTGCGAATCCAGCCAAGGTAATTAAGCACATCTTTCGTAATAGCATTGGTGATTGTGTTTGTAAGAAGCCCAGGGCTTT
GCTGGCTTTGACCGCCCAACCCGCCCGCTGTCAAGTGGAAGGGTGCAACATAGTGTTGGAAAATGCAAAAGAATATCACAAGAGGCATAAACTCTGTGAAATGCATTCCAAATCCCCCACAGTCATTGTTCTCGGCACCGAGCAACGCTTCTGTCAGCAGTGTAGCAGATTCCATGGCATAGTGGAATTTGACAACGCAG
AGAGAAATTGCGGGAGAAGGTTGGCGGGACACAATGAACGGCAGAGGAAGTGCTCGTTAGAGTCATTGGCTAACTCCGGCAGCCAAGGTAATTTTAATATATGTAAATTTGAATTTTATGTTATTGTAAGGCGAAGATGTGCATGCATTCAAGCACATGTTCATGAGTTGACAATCGCATACTTGTTGAACTTTGTTTAG
TTTTGTCAGACGATAATTCTCTAATTTGGCCTTGTGAAACTTTCAGATGATGAGTGTG

>TRINITY_DN43616_c0_g4_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGTGGCCACGGGACCGTGCTCTTGGTCCGGAGCCGGAGGGAAGGCAGGTGCGAATTTCGTTGTTTCGGTATCTTTTATAGGTGTTTTTAATGCTCATCGCGTTCTGTGTTCCTCCCTGCATTCAATTGCTCAATTTCTCCAGGTACTCGCTCTTCTTCCAGGCTCAGTCATTTGAAATCCAAACTGACTGAACAATTCAA
CTGTTTTCACAATGgtatgcatttctgaagttctggtttgacgacatgaaggctaagatctaggatatatatttgtgctatggtttgtgctttgatttgatgtgtgcatttacgttgctagcaagatttctactttcagatatagctgcattcattacgctatgccttcagGCCTTGTCAAAAGCTTTTCTCTTATGGAA
GTTTTGTTCAGACAACAAGTTTTGGTCTGTGAAGAAGTCCATTAATGTCATCAAGGATGTTCAAGGGGATCCCTTGACGTGCGAATCCAGCCAAGGTAATTAAGCACATCTTTCGTAATAGCATTGGTGATTGTGTTTGTAAGAAGCCCAGGGCTTTGCTGGCTTTGACCGCCCAACCCGCCCGCTGTCAAGTGGAAGGG
TGCAACATAGTGTTGGAAAATGCAAAAGAATATCACAAGAGGCATAAACTCTGTGAAATGCATTCCAAATCCCCCACAGTCATTGTTCTCGGCACCGAGCAACGCTTCTGTCAGCAGTGTAGCAGATTCCATGGCATAGTGGAATTTGACAACGCAGAGAGAAATTGCGGGAGAAGGTTGGCGGGACACAATGAACGGCA
GAGGAAGTGCTCGTTAGAGTCATTGGCTAACTCCGGCAGCCAAGGTAATTTTAATATATGTAAATTTGAATTTTATGTTATTGTAAGGCGAAGATGTGCATGCATTCAAGCACATGTTCATGAGTTGACAATCGCATACTTGTTGAACTTTGTTTAGTTTTGTCAGACGATAATTCTCTAATTTGGCCTTGTGAAACTTT
CAGATGATGAGTGTG