sp|Q9FMP5|CDPKH_ARATH ----> Calcium-dependent protein kinase 17

Intron 1 GTAAGGAAAA ... TGTGCTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.96	65	15.5	8
A2	15.71	59	5.5	11
A3	4.84	59	16.5	3
A4	23.08	40	7	12
A5	14.29	12	3.5	2
A6	16.04	555	99.5	106
A7	15.29	432	68.5	78
A8	13.39	517.3	92.5	80
A9	12.76	458	93.5	67
A10	9.96	244	46.5	27

>TRINITY_DN45220_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CGAGCTTAAACTTTTCCCGAAACAAATGTGTTCGTCTATTCCATGGAGCGTGGATACATCCAAGTTGGACAATCATGACCAGTCACTTAATAAATTATTTTGTCCTTTGATGTTTCACACACACAGAGTTCGTAGTGAACTGGTTTCAGTTGAAGCCCTGCGAGCCTTCCCGGGTAGTCTGTGTGGGTGGTAGTTATGTA
TGTCCAGCGATTTTAATATCCCTTTTACCGCAGGATTTCGCTGGACATCGACAATCTTCCTCGTTCCTCCCGAGTCCAATATCATACTAATCGTTATCAAAATATTATTGGGGATGGCCAATGAAGAGAGATTGAGGGCGTGGTTTGAATCGGTGGATGTCCAGGGAACTGGCCAAATCAATGCTTCCGACCTGAAGCAA
GCTCTGGCTGCTGGCAATCTCCACTTCTCAGATTCGATTGCGCAACAAATGATAAGGATGCACGATGCAGACAGAAATGGGACCATGAGCTTTGCAGAATTTGAGGCTCTTAACAAGTTCCTTGCAAATGTACAAAATTCTTACATTGTCATGGAAAGGGGGCGGGGATTTTTGACACTTAACGATGTGTACGAGGCTTT
GAAAATGTCTGGATATGCTCTTGACCAGCCTGCTTTCTATACTCTTTGTGAGAGTTTTGATGAGAATAGAAAGGGGAGGTTCCGTCTTGATGATTTTATTTCACTCTGCATTTTTGTGCAATCAGCCAGGAATTTGTTCACGAGTTATGACACCACCGGACAGGGTCGAGTTTCATTAGATTTTAACCAGTTTGTCTATT
GTGCTGCTAGCTGTAGGATATGAATCATCATGCCATCGCTGTTGATGTTTAGAAACAAAGATCAAGGATGCAAGAACATGCTTGAATGTTGTAGAATGAAAGTATTTTCTTAAATTTGGGTTTATATTGCCCACTTTTACTGATGCAGGTGGGTTATATGATGAAATTTATTCAGTTGAGGAATTTGTTGTCAAATATAA
AGGTGAAATGCAGTATGCTTTGATCCTTTCTTTGGTATGTTTATTCTGGCACTTTGATTTATGAGATTTCACAAGAAAAAGGAATTATAGTAGCGGGGCAGGGTAATTTCAGTAATACACTTCTATGAGAAAAGTAAATGAAACCAATTCTAAGCCCAGATAAAATTTGAAATTAGCTGGAAGTTTTGATTAGATATAGT
ACATGGCTTGTATGGATAGGGCCTGCAGTTTCTCAAGTAAAGATTAAACTAGTGAGTTTTTACTAAGTGGGCTATTTGAGGATTTGCCAGTAAGCATAAAAATCCAGTGGTTTTGGAGGATTCTTCTGGTCCTTGGAATACTACTGGCTAAATAGAGGGGTTCCAGTGGCTGCTTTGTGACCCTCGTACCATGTTAGAAC
TTAGACGTGGGAATCTAACAATCGTGCAGTATACAGTTGAACCAGAACTTTACAATGCCGGGACCTGCTAATGGGGGCATATTGAACCTAATTCTTACCAACTTTATTTGTTTATATAAAATATGAGCATCTGAAATGAAGCTTGCAGTCTTTCTCTCTCCCCACCAAGATGTGAACATCTCAAATGAAGCTTTCTGTCT
TTCTCTCTCCCCAGCTCCTTGACTATTTAGGTGTGTATCAATCTATTTACCTGCCTGCCTGTCTATTTGTTTGCTCACCTCCAACCCCTGCCCCTCTCACTCGTTCTCTCTGTGTTTATATATTTCTTAGTTCGTTTATCTATTTGTATGTCTATATATCACACTCTATTTATTCGGCATACCTCTTGTTCGGGATTTCA
TCTCACAATAGTATGAATATACGTCTATCTATTTCTCTCTCCCTCTACATTTGTCTATAATCTGTTTCTGTCTATTTGTAGGTGTTTGTTTTGACTATTTTTTTTATCTTCTATCTTCGTATGTATCTATACAGATAGAAGGATACTCTTTAGAGGAAACATGCATAATCTTAATAGTTTAAGGGTTGTTATGGTCTCTA
TGGTGGAGTTATGTTG

>TRINITY_DN45220_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTTAACCAGTTTGTCTATTGTGgtaaggaaaaatggattttttaatggtgctaaatatttagctttgttgggacataaatataaaggtctgtttaatgttaccatcttgctaacacactattttgctatgtgctccagCTGCTAGCTGTAGGATATGAATCATCATGCCATCGCTGTTGATTTTTAGAAACAAAGCTCA
AGGATGCAAGAACATGCTTGAATGTTGTAGAATGAAAGTATTTTCTTAAATTTGGGTTTATATTGCCCACTTTTACTGATGCAGGTGGGTTATATGATGAAATTTATTCAGTTGAGGAATTTGTTGTCAAATATAAAGGTGAAATGCAGTATGCTTTGATCCTTTCTTTGGTATGTTTATTCTGGCACTTTGATTTATGA
GATTTCACAAGAAAAAGGAATTATAGTAGCGGGGCAGGGTAATTTCAGTAATACACTTCTATGAGAAAAGTAAATGAAACCAATTCTAAGCCCAGATAAAATTTGAAATTAGCTGGAAGTTTTGATTAGATATAGTACATGGCTTGTATGGATAGGGCCTGCAGTTTCTCAAGTAAAGATTAAACTAGTGAGTTTTTACT
AAGTGGGCTATTTGAGGATTTGCCAGTAAGCATAAAAATCCAGTGGTTTTGGAGGATTCTTCTGGTCCTTGGAATACTACTGGCTAAATAGAGGGGTTCCAGTGGCTGCTTTGTGACCCTCGTACCATGTTAGAACTTAGACGTGGGAATCTAACAATCGTGCAGTATACAGTTGAACCAGAACTTTACAATGCCGGGAC
CTGCTAATGGGGGCATATTGAACCTAATTCTTACCAACTTTATTTGTTTATATAAAATATGAGCATCTGAAATGAAGCTTGCAGTCTTTCTCTCTCCCCACCAAGATGTGAACATCTCAAATGAAGCTTTCTGTCTTTCTCTCTCCCCAGCTCCTTGACTATTTAGGTGTGTATCAATCTATTTACCTGCCTGCCTGTCT
ATTTGTTTGCTCACCTCCAACCCCTGCCCCTCTCACTCGTTCTCTCTGTGTTTATATATTTCTTAGTTCGTTTATCTATTTGTATGTCTATATATCACACTCTATTTATTCGGCATACCTCTTGTTCGGGATTTCATCTCACAATAGTATGAATATACGTCTATCTATTTCTCTCTCCCTCTACATTTGTCTATAATCTG
TTTCTGTCTATTTGTAGGTGTTTGTTTTGACTATTTTTTTTATCTTCTATCTTCGTATGTATCTATACAGATAGAAGGATACTCTTTAGAGGAAACATGCATAATCTTAATAGTTTAAGGGTTGTTATGGTCTCTATGGTGGAGTTATGTTG

Intron 2 GTACAAAATT ... TCATGGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	89.47	4	34	34
A2	94.03	2	34	29
A3	92.08	4	49	44
A4	96.08	1	26	23
A5	90.91	2	23	17
A6	87.76	32	231	228
A7	86.28	38	235	243
A8	86.31	28	181	172
A9	91.58	23	255	245
A10	86.6	28	184	178

>TRINITY_DN43491_c1_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TCTTAACAAGTTCCTTGCAAATGGGGCGGGGATTTTTGACACTTAACGATGTGTACGAGGCTTTGAAAATGTCTGGATATGCTCTTGACCAGCCTGCTTTCTATACTCTTTGTGAGAGTTTTGATGAGAATAGAAAGGGGAGGTTCCGTCTTGATGATTTTATTTCACTCTGCATTTTTGTGCAATCAGCCAGGAATTTG
TTCACGAGTTATGACACCACCGGACAGGGTCGAGTTTCATTAGATTTTAACCAGTTTGTCTATTGTGCTGCTAGCTGTAGGATATGAATCATCATGCCATCGCTGTTGATGTTTAGAAACAAAGATCAAGGATGCAAGAACATGCTTGAATGTTGTAGAATGAAAGTATTTTCTTAAATTTGGGTTTATATTGCCCACTT
TTACTGATGCAGGTGGGTTATATGATGAAATTTATTCAGTTGAGGAATTTGTTGTCAAATATAAAGGTGAAATGCAGTATGCTTTGATCCTTTCTTTGGTATGTTTATTCTGGCACTTTGATTTATGAGATTTCACAAGAAAAAGGAATTATAGTAGCGGGGCAGGGTAATTTCAGTAATACACTTCTATGAGAAAAGTA
AATGAAACCAATTCTAAGCCCAGATAAAATTTGAAATTAGCTGGAAGTTTTGATTAGATATAGTACATGGCTTGTATGGATAGGGCCTGCAGTTTCTCAAGTAAAGATTAAACTAGTGAGTTTTTACTAAGTGGGCTATTTGAGGATTTGCCAGTAAGCATAAAAATCCAGTGGTTTTGGAGGATTCTTCTGGTCCTTGG
AATACTACTGGCTAAATAGAGGGGTTCCAGTGGCTGCTTTGTGACCCTCGTAACATGTTAGAACTTAGACGTGGGAATCTAACAATCGTGCAGTATACAGTTGAACCAGAACTTTACAATGCCGGGACCTGCTAATGGGGGCATATCGAACCTAATTCTTACCAACTTTATCTGTTTACATAAAATATGAGCATCTGAAA
TGAAGCTTGCAGTCTTTCTGTCTCCCCACCAAGATGTGAACATCTCAAATGAAGCTTTCTGTCTTTCTCTCTCCCCAGCTCCTTGACTATTTAGGTGTGTATCAATCTATTTACCTGCCTGCCTGTCTATTTGTTTGCTCACCTCCAACCCCTGCCCCTCTCACTCGTTCTCTCTGTGTTTATATATTTCTTAGTTCGTT
TATCTATTTGTATGTCTATATATCTCACTCTATTTATTCGGCATACCTCTTGTTCGGGATTTCATCTCACAATAGTATGAATATACGTCTATCTATTTCTCTCTCCCTCTACATTTGTCTATAATCTGTTTCTGTC

>TRINITY_DN43491_c1_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTTTTACTAATGACTGCGACGAGCTTAAACTTTTCCCGAAACAAATGTGTTCGTCTATTCCATGGAGCGTGGATACATCCAAGTTGGACAATCATGACCAGTCACTTAATAAATTATTTTGTCCTTTGATGTTTCACACACACAGAGTTCGTAGTGAACTGGTTTCAGTTGAAGCCCTGCGAGCCTTCCCGGGTAGTCTG
TGTGGGTGGTAGTTATGTATGTCCAGCGATTTTAATATCCCTTTTACCGCAGGATTTCGCTGGACATCGACAATCTTCCTCGTTCCTCCCGAGTCCAATATCATACTAATCGTTATCAAAATATTATTGGGGATGGCCAATGAAGAGAGATTGAGGGCGTGGTTTGAATCGGTGGATGTCCAGGGAACTGGCCAAATCAA
TGCTTCCGACCTGAAGCAAGCTCTGGCTGCTGGCAATCTCCACTTCTCAGATTCGATTGCGCAACAAATGATAAGGATGCACGATGCAGACAGAAATGGGACCATGAGCTTTGCAGAATTTGAGGCTCTTAACAAGTTCCTTGCAAATgtacaaaattcttacattgtcatggaaagGGGGCGGGGATTTTTGACACTTA
ACGATGTGTACGAGGCTTTGAAAATGTCTGGATATGCTCTTGACCAGCCTGCTTTCTATACTCTTTGTGAGAGTTTTGATGAGAATAGAAAGGGGAGGTTCCGTCTTGATGATTTTATTTCACTCTGCATTTTTGTGCAATCAGCCAGGAATTTGTTCACGAGTTATGACACCACCGGACAGGGTCGAGTTTCATTAGAT
TTTAACCAGTTTGTCTATTGTGCTGCTAGCTGTAGGATATGAATCATCATGCCATCGCTGTTGATGTTTAGAAACAAAGATCAAGGATGCAAGAACATGCTTGAATGTTGTAGAATGAAAGTATTTTCTTAAATTTGGGTTTATATTGCCCACTTTTACTGATGCAGGTGGGTTATATGATGAAATTTATTCAGTTGAGG
AATTTGTTGTCAAATATAAAGGTGAAATGCAGTATGCTTTGATCCTTTCTTTGGTATGTTTATTCTGGCACTTTGATTTATGAGATTTCACAAGAAAAAGGAATTATAGTAGCGGGGCAGGGTAATTTCAGTAATACACTTCTATGAGAAAAGTAAATGAAACCAATTCTAAGCCCAGATAAAATTTGAAATTAGCTGGA
AGTTTTGATTAGATATAGTACATGGCTTGTATGGATAGGGCCTGCAGTTTCTCAAGTAAAGATTAAACTAGTGAGTTTTTACTAAGTGGGCTATTTGAGGATTTGCCAGTAAGCATAAAAATCCAGTGGTTTTGGAGGATTCTTCTGGTCCTTGGAATACTACTGGCTAAATAGAGGGGTTCCAGTGGCTGCTTTGTGAC
CCTCGTAACATGTTAGAACTTAGACGTGGGAATCTAACAATCGTGCAGTATACAGTTGAACCAGAACTTTACAATGCCGGGACCTGCTAATGGGGGCATATCGAACCTAATTCTTACCAACTTTATCTGTTTACATAAAATATGAGCATCTGAAATGAAGCTTGCAGTCTTTCTGTCTCCCCACCAAGATGTGAACATCT
CAAATGAAGCTTTCTGTCTTTCTCTCTCCCCAGCTCCTTGACTATTTAGGTGTGTATCAATCTATTTACCTGCCTGCCTGTCTATTTGTTTGCTCACCTCCAACCCCTGCCCCTCTCACTCGTTCTCTCTGTGTTTATATATTTCTTAGTTCGTTTATCTATTTGTATGTCTATATATCTCACTCTATTTATTCGGCATA
CCTCTTGTTCGGGATTTCATCTCACAATAGTATGAATATACGTCTATCTATTTCTCTCTCCCTCTACATTTGTCTATAATCTGTTTCTGTC

Intron 3 GTGGGTTATA ... AAATATAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.95	8	34	9
A2	94.87	2	37	7
A3	100	0	13	0
A4	86.36	3	19	6
A5	100	0	8	2
A6	93.26	23	318	51
A7	85.02	34	193	37
A8	85.33	54	314	57
A9	86.08	44	272	40
A10	87.05	18	121	23

>TRINITY_DN45220_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

TTTTAGAAACAAAGCTCAAGGATGCAAGAACATGCTTGAATGTTGTAGAATGAAAGTATTTTCTTAAATTTGGGTTTATATTGCCCACTTTTACTGATGCAGGTTTAACGTGGAGATTTATTATGAGAATTTAATCCATCTACCCCTTAGCAAAGGGAAAGATTGAGTTGCCAAATATTTTCATGATTACATGCATGTCC
TCATGTACTTGTTAGATCATTTCATTTGCCTGAATTATCATGATTTATCAGTTGAAGCATAAATAGAAGGCATTGATCACCGATGAACAGAGATTTTTGCACCAGATCGTGAGCGTATCTTGTGTGTATCTTGTGCTTTGAGAGATCGTGAGTTGTTGATCAACAATTAATCTTTCTTTATTACACCATTTCCGAAAGTG
TTTGTCTTGCTGCATCCATATATTTTATGTTAACTTGATTATGTCTTGTATCTAGTTTTATGATACATTAAACATTTAAATTTATGGTTGTGATTGTGATTGGTTAGTAAATCTCTGATTCTCTTAAATTGCAATCATTTGTTTATTTGGGATGTATTGCTGGATGAACAAG

>TRINITY_DN45220_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGAGCTTAAACTTTTCCCGAAACAAATGTGTTCGTCTATTCCATGGAGCGTGGATACATCCAAGTTGGACAATCATGACCAGTCACTTAATAAATTATTTTGTCCTTTGATGTTTCACACACACAGAGTTCGTAGTGAACTGGTTTCAGTTGAAGCCCTGCGAGCCTTCCCGGGTAGTCTGTGTGGGTGGTAGTTATGTA
TGTCCAGCGATTTTAATATCCCTTTTACCGCAGGATTTCGCTGGACATCGACAATCTTCCTCGTTCCTCCCGAGTCCAATATCATACTAATCGTTATCAAAATATTATTGGGGATGGCCAATGAAGAGAGATTGAGGGCGTGGTTTGAATCGGTGGATGTCCAGGGAACTGGCCAAATCAATGCTTCCGACCTGAAGCAA
GCTCTGGCTGCTGGCAATCTCCACTTCTCAGATTCGATTGCGCAACAAATGATAAGGATGCACGATGCAGACAGAAATGGGACCATGAGCTTTGCAGAATTTGAGGCTCTTAACAAGTTCCTTGCAAATGTACAAAATTCTTACATTGTCATGGAAAGGGGGCGGGGATTTTTGACACTTAACGATGTGTACGAGGCTTT
GAAAATGTCTGGATATGCTCTTGACCAGCCTGCTTTCTATACTCTTTGTGAGAGTTTTGATGAGAATAGAAAGGGGAGGTTCCGTCTTGATGATTTTATTTCACTCTGCATTTTTGTGCAATCAGCCAGGAATTTGTTCACGAGTTATGACACCACCGGACAGGGTCGAGTTTCATTAGATTTTAACCAGTTTGTCTATT
GTGCTGCTAGCTGTAGGATATGAATCATCATGCCATCGCTGTTGATGTTTAGAAACAAAGATCAAGGATGCAAGAACATGCTTGAATGTTGTAGAATGAAAGTATTTTCTTAAATTTGGGTTTATATTGCCCACTTTTACTGATGCAGgtgggttatatgatgaaatttattcagttgaggaatttgttgtcaaatataa
agGTTTAACGTGGAGATTTATTATGAGAATTTAATCCATCTACCCCTTAGCAAAGGGAAAGATTGAGTTGCCAAATATTTTCATGATTACATGCATGTCCTCATGTACTTGTTAGATCATTTCATTTGCCTGAATTATCATGATTTATCAGTTGAAGCATAAATAGAAGGCATTGATCACCGATGAACAGAGATTTTTGC
ACCAGATCGTGAGCGTATCTTGTGTGTATCTTGTGCTTTGAGAGATCGTGAGTTGTTGATCAACAATTAATCTTTCTTTATTACACCATTTCCGAAAGTGTTTGTCTTGCTGCATCCATATATTTTATGTTAACTTGATTATGTCTTGTATCTAGTTTTATGATACATTAAACATTTAAATTTATGGTTGTGATTGTGAT
TGGTTAGTAAATCTCTGATTCTCTTAAATTGCAATCATTTGTTTATTTGGGATGTATTGCTGGATGAACAAG